대영무역주식회사(소송대리인 변호사 노무현)

중부산세무서장

1979. 7. 16.

피고가 1978. 4. 12. 원고에 대하여 한 1978년도 수시분 부가가치세 금 14,157,524원의 부과처분을 취소한다.

소송비용은 피고의 부담으로 한다.

주문과 같다.

제1. 이건 처분의 경위와 내용

피고가 원고에 대하여 주문기재의 과세처분을 한 사실은 당사자간에 다툼이 없고, 성립에 다툼이 없는 을제1호증, 같은 2호증의 1, 2, 갑제5, 6호증의 각 기재와 변론의 전취지에 의하여 그 경위와 내용을 살펴보면, 원고는 부산근해에서 산출되는 선어류를 수집, 일본에 수출하는 것을 주된 사업으로 하는 회사로서 부가가치세법 제11조 제1항 제1호 소정의 영세율의 적용대상이 됨과 동시에 같은법 제12조 제1항 제1호 소정의 부가가치세 면세대상이 해당되는 사업자인바, 1977. 7. 1.부가가치세법의 시행에 따라 그 법 제12조 제4항 , 그 시행령 제47조 제1항 , 부칙 제3조의 규정에 의하여 1977. 7. 1.부터 1980. 6. 30.까지의 과세기간동안 부가가치세의 면제를 받지 아니하고자하여 1977. 6. 21. 피고에게 면세포기신고를 하고, 피고가 이를 수리함으로써 원고는 영세율적용대상자로서 사업자등록과 그 밖의 법 소정의 절차를 거친 다음 시행령 제73조 의 규정에 따라 1977년도 하반기중 원고가 부담지출한 매입세액으로서 도합 금 14,157,524원의 부가가치세를 조기환급 받았는데, 피고는 1978. 4. 12.에 이르러, 원고의 면세포기신고일자가 시행령 제47조 제1항 및 부칙 제3조의 "부가가치세의 면제를 받지 아니하고자 하는 과세기간 개시 10일전"을 하루지난 1977. 6. 21.이여서 부적법하므로, 부가가치세의 면세포기의 효과가 발생될 수 없어 영세율적용대상이 될 수 없고, 부가가치세 면세 대상자일 뿐이어서 같은 법 제17조 제2항 제4호 에 따라 그 매입세액은 면제되지 아니하는데도, 오류로 위와 같이 환급하였다하여 당초의 환급결정을 갱정하여 그 환급세액의 회수를 위하여 1978년도 수시분 부가가치세로 동액을 부과고지한 것임을 알 수 있고, 반증이 없다.

제2. 당사자의 주장

원고는, 영세율이 적용되면, 매입세액의 공제를 받을 수 있음에 반하여 면세의 경우에는 그 공제를 받을 수 없어 이 점에서 영세율의 적용을 받음이 유리하기 때문에 원고는 1977. 7. 1.로 시작되는 과세기간부터 부가가치세의 면제를 포기하고 영세율의 적용을 받고자 위와 같이 1977. 6. 21. 소정의 면세포기신고서를 제출한 것이고, 피고는 이를 수리하여 그 때부터 원고는 영세율 적용대상자로서의 의무를 이행한 끝에 위와 같이 매입세액의 환급까지 받은 것인바, 원고의 면세포기신고가 위 시행령 제47조 제1항 에 규정된 신고기한보다 하루 늦었다하더라도, 위 면세포기신고는 그 성질상 영세율적용의 요건이 아니고 그 요건사실의 통지행위에 불과하다고 보아야 할 것이므로, 영세율적용의 요건을 갖추고 있는 이상, 면세포기신고의 유무에 관계없이 영세율적용에 따른 매입세액의 환급은 정당하다 할 것이고, 또 영세율적용의 배제가 결과적으로 납세의무자에게 무거운 부담을 지우게 되므로, 이러한 경우에는 조세법률주의의 정신에 비추어 영세율적용의 배제에는 법률의 규정이 있어야 할 것인데, 부가가치세법상 그러한 규정을 찾아 볼 수 없는 것으로 보아서도, 원고에 대한 영세율의 적용은 정당하고, 설령 면세포기신고가 영세율적용의 요건이고, 그 신고가 법정된 신고기한에 늦은 까닭으로 부적법하다하더라도, 피고가 이를 수리한 이상 그 하자는 치유되고, 나아가, 그 후 매입세액을 환급해줌으로써 이를 추인한 것으로 보아야 할 것이고, 또 피고의 이 사건 과세처분은 앞서 환급한 매입세액의 회수를 위한 것인바, 그러한 처분을 함에 있어서는 법률상근거가 있어야 할 것인데, 부가가치세법상 그 근거가 될 수 있는 규정이 없으므로, 피고의 이 사건 처분은 어느모로보나 위법 부당하다고 주장함에 대하여, 피고는, 기한 경과후의 면세포기신고는 부적법하고, 따라서 그러한 경우에는 영세율적용대상이 될 수 없어 매입세액공제를 할 수 없는 것이므로, 이를 배제하기 위한 이 사건 처분은 적법하다고 주장하고 있으므로 이에 대하여 판단한다.

제3. 당원의 판단

(1) 부가가치세법 제21조 제1항 제2호 , 제3항 에 의하면, 정부는 사업자가 한 확정신고의 내용에 오류 또는 탈루가 있는 때에는 그 과세기간에 대한 부가가치세의 과세표준과 납부 세액 또는 환급 세액을 조사에 의하여 갱정하고, 그와같이 갱정한 과세표준과 납부 세액 또는 환급 세액에 오류 또는 탈루가 있는 것이 발견된 때에는 즉시 이를 재 갱정한다고 규정하고 있으므로, 이 사건의 경우, 원고가 피고의 주장처럼 영세율적용대상이 아니라면 원고는 영세율적용대상이 아니면서, 소정의 절차를 밟아 확정신고를 하고 그 매입세액상당을 환급받은 것이 되므로 이는 원고가 한 확정신고의 내용에 오류가 있는때에 해당한다 할 것이고 피고로서는 그 오류에 기한 환급 세액을 갱정하여 그 과세기간내에 납부할 납부 세액으로 다시 부과고지할 수 있다 할것이니 부당하게 환급한 매입세액의 회수를 위한 과세처분의 법적근거가 없는 것은 아니라 할 것이다.

(2) 부가가치세법상 부가가치세라 함은 재화 또는 용역을 공급하는 사업자가 납세의무자로 되어 그 거래상대방으로부터 일정율의 세액을 징수하여 이를 정부에 납부하는 간접세의 일종이고( 제1조 , 제2조 , 제13조 , 제15조 등 참조), 같은법 제17조 제1항 에 의하면, 사업자가 정부에 납부하여야 할 부가가치세액(이하 "납부세액"이라 한다)은 자기가 공급한 재화 또는 용역에 대한 세액(이하 "매출세액"이라 한다)에서 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화의 공급과 수입 또는 용역의 공급에 대한 세액(이하 "매입세액"이라 한다)을 공제한 금액으로 한다. 다만, 매출세액을 초과하는 매입세액은 환급받을 세액(이하 "환급 세액"이라 한다)으로 한다고 규정하고, 그 제2항 제4호 에 의하면, 제12조 의 규정에 의하여 면세되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업에 관련된 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다고 규정하는바, 여기에서 영세율적용의 경우와 면세의 경우와를 견주어 보면, 전자에 있어서는 부가가치세 납부의무를 지되, 매출세액이 항상 영으로 되어 매입세액만큼을 고스란히 환급받게 됨에 반하여, 후자에 있어서는 부가가치세가 면제됨으로써 법 제12조 소정의 재화 또는 용역의 공급은 부가가치세 없이(즉 사업자가 거래상대방으로부터 부가가치세를 징수하지 아니하고) 이루어지게 되어 결과적으로 매출세액이 영으로 되나, 법 제17조 제2항 제4호 에 의하여 그 사업에 관련된 매입세액은 매출세액에서 공제되지 아니함으로써 영세율적용의 경우처럼 그 매입세액을 환급받을 수 없고, 고작 세무회계상 그 매입세액상당이 그 사업에 소요되는 경비로서 반영됨에 그치게 되어, 사업자가 영세율의 적용을 받는 편이 유리하기는 하나 영세율적용의 경우에는 세율이 영이기 때문에 면세와 같은 효과가 있을 뿐, 부가가치세 납부의무자임에는 아무런 소장이 없으므로, 부가가치세법상의 각종의무를 지고, 신고등의 절차를 이행하는 등 소정의 규제를 받게 되는 부담이 따르게 되고 면세인 경우에는 그런 부담은 경감이 될 이치여서 양자간에는 각기 일장일단이 있다.

(3) 그런데, 피고의 이건 처분은 원고의 경우처럼 영세율의 적용대상이 됨과 동시 면세대상이 되는 경우 사업자가 면세포기신고를 하여야만 영세율의 적용을 받고 적법한 면세포기신고를 하지 않으면 면세의 혜택은 받되 영세율적용 대상에서는 제외한다는 전제하에서한 처분임이 명백하나 이는 다음에서 밝히는 바와 같이 부당한 처사이다.

(가) 첫째, 영세율의 적용대상이 됨과 동시 면제대상이 되는 사업자가 면세포기신고를 하지 않으면 면세의 혜택밖에 받을 수 없고 영세율적용대상에 제외할 법적 근거가 없다.

부가가치세법 제11조 제1항 에 의하면 다음 각호의 재화 또는 용역의 공급에 대하여는 영의 세율을 적용한다고 규정하고 그 제1호 에 수출하는 재화를 들고 있음에 반하여, 동법 제12조 제1항 에 다음 각호의 재화 또는 용역의 공급에 대하여는 부가가치세를 면제한다고 규정하고 가공되지 아니한 식료품을 들고 있고 그 제4항 에 사업자는 제1항 의 규정에 의하여 부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역의 공급으로서 제11조 의 규정에 의하여 영세율적용의 대상이 되는 것은 대통령령이 정하는 바에 의하여 부가가치세의 면제를 받지 아니할 수 있다고만 규정했을 뿐인데, 그 시행령 제47조 제1항 에 법 제12조 제1항 의 규정에 의하여 부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역의 공급이 법 제11조 의 규정에 의하여 영세율적용대상이 되는 경우에 법 제12조 제4항 의 규정에 의하여 부가가치세의 면제를 받지 아니하고자 하는 사업자는 그 면제를 받지 아니하고자하는 과세기간 개시 10일전까지 다음 각호의 사항을 기재한 면세포기신고서에 의하여 소관 세무서장에게 신고하고 법 제5조 의 규정에 의하여 지체없이 등록을 하여야 한다. 그 제2항 에 제1항 의 신고를 한 사업자는 그 면세를 받지 아니하고자 하는 과세기간 개시일부터 3년간은 부가가치세의 면세를 받지 못한다. 그 제3항 에 제1항 의 신고를 한 사업자가 제2항 의 기간경과 후 부가가치세의 면제를 받고자할 때는 면제를 받고자 하는 과세기간 개시 10일전까지 다음 각호의 사항을 기재한 면세신고서와 함께 제7조 제3항 의 규정에 의하여 교부받은 사업자등록증을 제출하지 아니한 경우에는 계속하여 면세를 포기한 것으로 본다고 규정하여 면세를 받고 못받는 절차에 관해서 상세히 규정하였을 뿐, 영세율의 적용대상이 됨과 동시 면세대상이 되는 경우 면세포기신고를 하여야만 영세율의 적용을 받고 그렇지 않으면 면세의 혜택은 받아도 영세율적용을 받을 수 없다는 취지의 것은 보이지 아니하므로, 영세율의 적용대상임과 동시 면세대상이 되는 때에는 사업자가 면세포기신고를 하면 면세의 혜택은 받을 수 없고 영세율의 적용만 받을 것이나 그렇지 않으면 영세율의 적용절차와 의무이행을 하여 영세율적용을 받을 수도 있고 그러한 의무이행이 없으면 자연 면세적용대상이 된다고 해석할 수 밖에 없다할 것이며, 이를 달리 해석할 아무런 다른 근거가 없고, 원고는 영세율적용절차와 의무를 이행하여 세액환급을 받았음은 앞서 본바와 같으므로 이점에 있어 피고의 이건 과세처분은 부당하다하지 않을 수 없다.

(나) 가사, 부가가치세법 제12조 제4항 과 그 시행령 제47조 의 규정상 면세포기신고를 하지 않으면 면세의 혜택은 받아도 영세율의 적용은 받을 수 없다고 해석된다하더라도 피고가 원고의 기한도과후의 면세포기신고에도 불구하고 이를 수리하고, 원고는 영세율적용대상자로서 사업자등록( 법 제5조 )을 하고, 재화 또는 용역을 공급할 때마다 상대방으로부터 부가가치세액(영세율이므로 영이기는 하지만)을 징수하고( 법 제15조 ), 세금계산서를 교부하고( 법 제16조 ), 소정의 장부를 기록 비치하고( 법 제31조 ), 소정기간 별로 예정신고( 법 제18조 )및 확정신고( 법 제19조 )를 하고, 세금계산서를 제출하는( 법 제20조 )등 소정의 의무와 절차를 이행해 왔으며, 그때마다 피고는 이를 시인하여 법 제24조 제2항 , 시행령 제73조 에 의하여 한 원고의 조기환급신고에 따라 앞서와 같이 그 매입세액을 환급하기에 이른 것임이 뚜렷한 이건에 있어서 이러한 일련의 과정을 놓고 보건대, 피고는 원고에 대하여, 원고가 한 기한 경과후의 면세포기신고를 적법한 것으로 수리하고 그 이래 이를 토대로 하여 원고와 간에 부가가치세법상의 법률관계를 유지발전시켜 왔다할 것이고, 원고로서는 이와같은 피고의 태도를 신뢰하여 영세율이 적용될 것으로 믿고서 면세의 경우에는 전혀 필요하지 아니한 제반의무와 절차를 이행해 온 것이라 할 것인바, 이에, 영세율적용의 경우와 면세의 경우가 경합되면, 특단의 사정이 없는한, 의례이 전자쪽이 유리하여 사업자로서는 당연히 면세포기신고를 하려 할 것이라는 사정과 부가가치세법이 그무렵 바야흐로 시행되어 납세의무자들이 그 내용을 미처 파악하지 못하고 있었을 가능성이 많은 점등을 아울러보면, 피고로서는 국세기본법 제15조 의 신의칙상 앞서 본 원고의 기한후 면세포기신고를 아예 수리하지 아니하거나, 그 수리직후에라도 원고에게 그 부적법성을 지적하여 줌으로써, 원고로 하여금 법률상 무의미한 영세율적용대상자로서의 각종의무이행을 하지 아니하게 할 직무상 의무가 있다 할 것임에도 불구하고, 원고의 부적법한 면세포기신고를 방치하고, 나아가 그에 동조함으로써 원고로 하여금 그 면세포기신고에 따른 법적효과를 기대하게 하였을 뿐만 아니라, 이 사건 과세기간에 이은 1978년도 제1기 과세기간에 있어서도 소정기간내에 면세포기신고를 할 수 없게 하였다 할 것이니, 이러한 경우에는 피고로서는 신의성실의 원칙의 한 단면인 금반언의 원칙에 따라, 원고의 면세포기신고가 기한후에 된 것이라는 사정만으로써 자신의 종전의 태도를 뒤집어 원고에게 불리한 처분을 하는 것은 허용되지 아니한다고 보아야 할 것이다.

제4. 결론

그렇다면, 피고의 이 사건 처분은 어느모로 보나 위법한 처분으로서 취소를 면할 수 없다 할 것이니, 이를 구하는 원고의 청구는 이유있어 인용하고, 소송비용은 패소자인 피고의 부담으로 하여 주문과 같이 판결한다.

1979. 8. 7.