1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

1. 처분의 경위

가. 원고는 2016. 4. 21. 중소기업인 B 주식회사가 발행한 비상장주식 98,000주(지분율 67.86%, 이하 ‘이 사건 주식’이라 한다)를 주식회사 C에 70억 원에 양도하고 2016. 8. 31. 양도소득세 세율 20%를 적용하여 양도소득세를 신고납부하였다.

나. 이후 원고는 2018. 1. 31. 피고에게, 증권거래세 3,500만 원을 필요경비로 추가 공제해야 하고, 원고가 ‘주권상장법인’의 대주주가 아니므로 구 소득세법(2016. 12. 20. 법률 제14389호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제104조 제1항 제11호 나목의 10%의 양도소득세 세율을 적용해야 한다고 주장하며 양도소득세 합계 654,245,821원을 환급해달라는 내용의 경정청구를 하였다.

다. 이에 대하여 피고는 2018. 4. 11. 원고의 위 주장 중 증권거래세를 필요경비로 추가 인정해야 한다는 주장만 받아들이고, 양도소득세 세율은 원고가 주장하는 위 구 소득세법 제104조 제1항 제11호 나목의 10%가 아닌 같은 호 다목의 20%를 적용해야 한다고 보아 원고의 경정청구를 일부 거부하는 처분(위 처분 중 경정청구를 거부한 부분을 이하 ‘이 사건 처분’이라 한다)을 하였다. 라.

원고는 이 사건 처분에 불복하여 2018. 6. 28. 피고에게 이의신청을 하였으나 2018. 8. 8. 기각되었고, 다시 2018. 10. 31. 국세청장에게 심사청구를 하였으나 2018. 12. 13. 기각되었다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1호증, 을 제1, 2호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고 주장의 요지 구 소득세법 제94조 제1항 제3호 가목에서 ‘대주주’의 범위를 대통령령으로 위임하여 구 소득세법 시행령(2017. 2. 3. 대통령령 제27829호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제157조 제4항에서 대주주에 대하여 규정하였으나, 이는...