미등록사업자에 대하여 부가가치세 및 종합소득세 추계결정

부가가치세 과세표준 결정은 정당하나, 종합소득세 결정시 수입금액에서 수입금액에 단순경비율을 곱한 금액을 공제하여 소득금액을 산정한 다음 소득세법에 의한인적공제와 특별공제를 하여야 함.

구 소득세법 제50조 기본공제

1. 피고가 2006. 1. 4.원고에 대하여 한 종합소득세 88,963,714원의 부과처분 중 88,109,218원을 초과하는 부분을 취소한다.

2. 원고의 나머지 청구를 모두 기각한다.

3. 소송비용은 이를 10분하여 그 9는 원고의, 나머지는 피고의 부담으로 한다.

피고가 2006. 1. 4. 원고에 대하여 한 부가가치세 433,236,000원의 부과처분 중 340,116,223원을 초과하는 부분과 종합소득세 88,963,714원의 부과처분을 각 취소한다.

1. 처분의 경위

가. 미등록사업자인 원고는 ○○건설 주식회사(이하 '○○건설'이라 한다) 명의로 2001. 4. 17.경 박○○과 사이에 파주시 조리면 장족리 산 61-69외 수 필지 지상에 납골당시설인 ○○추모공원을 신축하기로 하는 도급계약서를 작성하고, 같은 해 5. 28. ○○건설과 주식회사 □□(이하 '□□'이라 한다) 사이에 하도급계약서를 작성한 다음, 그 무렵부터 원고가 실제 위 신축공사(이하 '이 사건 공사'라 한다)를 진행하였다.

나. 이후 박○○은 주식회사 ○○추모공원에 이 사건 공사 부지를 매도하였고, 이에 원고는 2002. 5. 23. 주식회사 ○○추모공원과 사이에 원고가 공사를 포기하는 대신에 위 ○○추모공원이 원고에게 ○○추모공원 신축공사에 대하여는 공정률 39.15%, 총 투입금액 1,730,000,000원으로, 추가공사(마을회관 신축공사 등)에 대하여는 공정률 81%, 총 투입비용 640,000,000원으로 정하여 기성공사금으로 합계 2,370,000,000원을 지급하기로 합의하였다.

다. 한편, 피고는 원고에 대한 세무조사를 실시하여, 이 사건 기성공사금의 귀속시기를 2001년 2기로 보아 위 기성공사금을 부가가치세 과세표준으로 하고, 종합소득세의 과세표준을 추계조사결정함에 있어 2001년도 토목공사업의 표준소득율 9.9%를 적용하여 2005. 1. 10. 원고에게 2001년 2기분 부가가치세 411,195,000원 및 2001년 귀속 종합소득세 135,184,540원(각 가산세 포함)을 각 경정 고지하였다.

라. 원고는 2005. 3. 31. 위 처분에 불복하여 국세심판청구를 제기하였고, 국세심판원은 위 부가가치세에 대하여는 위 기성공사금의 귀속시기를 2002년 1기로 보아 그 과세표준과 세액을 경정하고, 종합소득세에 대하여는 종합소득금액의 귀속연도를 2002년으로 하여, 원고의 영위업종을 일반건축공사업으로 보아 일반건축공사의 단순경비율 91.6%를 적용하여 그 과세표준 및 세액을 경정하라고 결정하였다. 이에 따라 피고는 2006. 1. 4. 원고에게 2002년 1기분 부가가치세 433,236,000원 및 2002년 귀속 종합소득세 88,963,710원을 재경정 고지하였다(이하 '이 사건 부가가치세 및 종합소득세 부과처분'이라 한다).

[인정근거] 갑제1, 2, 3, 4호증, 을제1, 2, 7호증(각 가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 추분의 적법 여부

가. 당사자의 주장

피고는 위 처분사유와 관계법령에 비추어 이 사건 부가가치세 및 종합소득세 부과처분은 적법하다고 주장하고, 이에 대하여 원고는 아래와 같은 사유를 들어 위 각 처분은 위법하다고 주장한다.

(1) 이 사건 부가가치세 부과처분과 관련하여 원고가 이 사건 공사를 진행함에 있어서 필요한 자재 등을 구입하면서 별지 매입세액 내역 기재와 같이 ○○건설(매입세액 766,000원)과 □□(매입세액 31,238,371원) 명의로 세금계산서를 받고 그에 상응하는 부가가치세를 공급자에게 지급하였으므로, 피고가 부가가치세액을 결정함에 있어서 매출세액 합계 237,000,000원에서 매입세액 합계 32,004,371원을 공제하여야 함에도 불구하고 이를 공제하지 아니한 잘못이 있다.

(2) 이 사건 종합소득세 부과처분과 관련하여 원고가 이 사건 공사를 진행함에 있어서 공사 타절 당시까지 투입한 비용이 3,000,000,000원 상당으로 이 사건 매출액보다 많아서 실제 소득이 없는데도 불구하고, 이와 다른 전제에서 이 사건 종합소득세를 부과한 잘못이 있다.

나. 관계법령

별지 관계법령 기재와 같다.

다. 판단

(1) 이 사건 부가가치세 부과처분에 관한 판단

(가) 부가가치세법 제17조 제1항에 의하면 사업자가 납부하여야 할 부가가치세액은 자기가 공급한 재화 또는 용역에 대한 세액(매출세액)에서 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역의 공급에 대한 세액(매입세액)을 공제한 금액으로 한다고 규정하고 있다.

이 사건에 관하여 보건대, 갑제3, 4, 5, 6호중(각 가지번호 포함)의 각 기재에 의하면, 원고가 2001. 4월경부터 2002. 5월경까지 ○○건설과 □□명의로 이 사건 공사를 진행한 사실, 그 무렵 ○○건설과 □□이 별지 매입세액 내역 기재와 같이 여러 업체로부터 매입세금계산서를 교부받은 사실은 인정되나, 한편 갑제7, 8호증(각 가지번호 포함)의 각 기재 및 변론 전체의 취지를 종합하면, □□은 원고 뿐만 아니라 다른 사람들에게도 수 차례에 걸쳐 그 명의를 대여해 주고 그 명의로 매출세금계산서를 발행하고 매입세금계산서를 교부받아 세금 처리해 준 사실, ○○건설과 □□은 이 사건 공사와 관련하여 매출세금계산서를 발행하지도 않은 상황에서, 이 사건 공사와는 별개의 공사에 대한 매출세액에서 원고가 주장하고 있는 매입세금계산서에 기한 매입세액 중 상당 부분을 이미 공제받은 사실, □□의 실제 운영자인 김○○은 2001. 7월경부터 2002. 6월경까지 사이에 실물거래 없이 자료상으로부터 허위의 매입세금계산서를 교부받아 조세범처벌법위반죄로 처벌받은 전력이 있는 점 등을 인정할 수 있는바, 위 인정 사실에 비추어 원고가 주장하고 있는 매입세금계산서가 이 사건 공사를 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역의 공급에 대하여 발행된 것으로 보기 어렵다 할 것이다.

(나) 가사 원고가 이 사건 공사를 진행함에 있어서 별지 매입세액 내역 기재와 같이 ○○건설과 □□명의로 필요한 자재 등을 구입하였다 하더라도 부가가치세법 제17조 제1항, 제2항 제5호, 같은 법 시행령 제60조 제8, 9항에 의하면 사업자가 납부하여야 할 부가가치세액은 매출세액에서 매입세액을 공제한 금액이고, 부가가치세법 제5조 제1항의 규정에 의한 등록을 하기 20일 이전의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다고 규정하고 있는바, 앞에서 본 바와 같이 원고는 무등록사업자로 이 사건 공사를 진행하였으므로, 위 공사에 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역의 공급에 대한 세액이 존재한다 하더라도 이를 매출세액에서 공제할 것은 아니라 할 것이다.

(다) 따라서 피고의 이 사건 부가가치세 부과처분은 적법하고 이를 다투는 원고의 이 부분 주장은 어느 모로 보나 이유 없다.

(2) 이 사건 종합소득세 부과처분에 관한 판단

(가) 구 소득세법(2003. 12. 30. 법률 제7006호로 개정되기 전의 것, 이하 '구 소득세법'이라 한다) 제80조 제1항, 제3항, 구 소득세법 시행령(2006. 2. 9. 대통령령 제19327호로 개정되기 전의 것, 이하 '구 소득세법 시행령'이라 한다) 제143조에 의하면 납세의무자가 종합소득 과세표준확정신고를 하지 아니한 때에는 납세지 관할세무서장 또는 지방국세청장이 장부 기타 증빙서류를 근거로 당해 거주자의 당해 연도의 과세표준과 세액을 결정하고, 과세표준을 계산함에 있어서 필요한 장부와 증빙서류가 없거나 중요한 부분이 미비 또는 허위이기 때문에 소득금액을 계산할 수 없는 경우에는 기준경비율 또는 단순경비율 등을 적용하여 소득금액을 추계조사결정할 수 있고, 당해 과세기간에 신규로 사업을 개시한 사업자에 대하여는 단순경비율을 적용하여 소득금액을 추계조사결정한다고 규정되어 있다.

(나) 이 사건에 관하여 보건대, 갑제2호증, 을제2호증의 3, 4의 기재 및 변론 전체의 취지를 종합하면, 원고가 일반건축공사업을 영위하면서 종합소득 과세표준확정신고를 하지 아니하여 피고가 소득금액을 추계조사결정하여 원고에게 종합소득세를 부과한 사실, 원고가 최초 종합소득세 부과처분 이후 제무제표 등을 작성하여 피고에게 제출하였으나, 위 제무제표는 쟁점매출액에 대한 총수입금액 계상이 누락되었을 뿐만 아니라 제무제표 상의 세금계산서 교부대상금액에 모순이 있는 등으로 그 내용에 신빙성이 결여되어 있는 사실, 피고는 원고가 당해 과세긴간에 신규로 사업을 개시한 사업자에 해당한다고 보아 단순경비율(91.6%)을 적용하여 2002년도 소득금액을 추계조사결정한 사실을 인정할 수 있는바, 이러한 사실에 비추어 보면, 피고가 추계조사방식에 따라 원고에 대한 2002년도 소득금액을 결정한 것은 적법하고, 원고가 이 사건 공사를 진행함에 있어서 수입금액보다 비용이 더 많아 실제 소득이 없다는 주장은 비용 내역이나 지출 시기 및 그 경위 등에 관한 구체적인 주장이나 관련 자료가 없는 이상 받아들이기 어렵다.

(다) 그러나, 구 소득세법 시행령 제143조 제2항, 제3항 제1호의 2에 의하면 추계 조사방식에 따라 과세표준을 계산함에 있어서 수입금액에서 수입금액에 단순경비율을 곱한 금액을 공제하여 소득금액을 산정한 다음, 구 소득세법 제50조 내지 제52조에 의한 인적공제와 특별공제를 하여야 한다고 규정하고 있는바, 피고는 단순경비율을 적용하여 소득금액을 산정한 다음 인적공제와 특별공제를 하지 아니하였으므로, 이 점에서 피고의 이 사건 종합소득세 부과처분은 위법하다.

(라) 정당한 세액의 계산

따라서, 원고가 납부하여야 할 2002년 귀속 종합소득세액은 아래 기재와 같이 88,109,218원이므로, 피고가 2006. 1. 4. 원고에 대하여 한 2002년 귀속 종합소득세 88,963,714원의 부과처분 중 88,109,218원을 초과하는 부분은 위법하여 이를 취소하여야 할 것이다.

① 수입금액총계 2,370,000,000원

② 종합소득금액 199,080,000원{2,370,000,000원 X (100% - 91.6%)}

③ 소득공제(인적공제 + 특별공제) 1,600,000원

④ 과세표준 197,480,000원(199,080,000원 - 1,600,000원)

⑤ 산출세액 59,392,800원

⑥ 종합소득세액 88,109,218원(결정세액 59,382,800원 + 가산세액 28,716,418원)

3. 결 론

그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 위 인정범위 내에서 이유 있어 이를 인용하고, 나머지 청구는 모두 이유 없어 이를 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.