2. 소송비용은 원고가 부담한다.

청 구 취 지

피고가 2015. 7. 1. 원고에 대하여 한, ① 2012 사업년도 법인세 4,735,735,490원(가산세 포함)의 부과처분 중 124,798,710원을 초과하는 부분, 2013 사업년도 법인세 1,650,187,340원(가산세 포함)의 부과처분, ② 소득자를 문OO로 한 2012년 귀속 14,406,155,446원의 소득금액변동통지 중 387,784,368원을 초과하는 부분 및 2013년 귀속 5,392,627,244원의 소득금액변동통지를 각 취소한다.

가. 원고는 2009. 11. 20. OO시 O구 OO동 4OO-OOO에서 설립되어 폐전선 등을 매입하여 중국에 수출하는 사업을 영위하여 오던 중 2015. 4. 30. 폐업하였다.

나. 피고는 2015. 2. 9.부터 2015. 5. 31.까지 사이에 실시된 원고의 2012 사업연도, 2013 사업연도에 관한 조세범칙조사 과정에서 원고의 사무실 PC에 보관되어 있던 "2012년 ~ 2013년 매입매출자료" 엑셀파일[① 2012 세금계산서 시트(을 제2호증의 1), ② 2012 손익계산서 시트(을 제2호증의 2), ③ ㈜ OO자원마진 시트(을 제2호증의 3)로 각 구성되어 있다. 이하 '이 사건 엑셀파일'이라고 하고 각 시트별로 칭할 때에는 위 순번에 따라 '1 시트' 등으로 특정한다)을 발견하고, 원고에 대한 2012 사업연도, 2013 사업연도의 각 법인세 과세표준 및 세액을 경정함에 있어서 구 법인세법 시행령 (2016. 2. 12. 대통령령 제26981호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제104조 제2항에서 정한 추계의 방법으로 2012 사업연도, 2013 사업연도의 각 소득금액(단위 : 원)을 아래 표와 같이 산출하였다.

다. 피고는 위 소득금액을 과세표준으로 하여 2015. 7. 1. 원고에 대하여, ① 2012사업연도 법인세 4,735,735,490원, 2013 사업연도 법인세 1,650,187,340원을 각 경정・고지(이하 '이 사건 법인세 부과처분'이라고 한다)하고, ② 과소신고소득액[추계조사・결정 방법에 의하여 결정된 과세표준과 법인 대차대조표상 당기순이익의 차액(법인세 상당액을 공제하지 아니한 금액)]인 2012년 귀속 14,406,155,446원, 2013년 귀속 5,392,627,244원을 원고의 대표자인 문OO에 대한 상여로 보고 각 소득금액변동통지(이하 '이 사건 소득금액변동통지처분'이라고 하고, 이 사건 법인세 부과처분과 함께 '이 사건 각 처분'이라고 한다)를 하였다.

라. 원고는 이 사건 각 처분에 불복하여 2015. 10. 12. 조세심판원에 심판청구를 하였으나 2015. 12. 30. 기각되었다.

[인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 4호증, 을 제1호증(가지번호 있는 경우 가지 번호 포함, 이하 같다)의 기재, 변론 전체의 취지

2. 당사자의 주장

가. 원고의 주장

피고는 법인세 과세표준 및 세액을 경정하는 과정에서 이 사건 엑셀파일의 기재 중 매출과 관련된 기록은 신빙성이 있다고 보아 이를 그대로 익금에 산입하면서도, 이 사건 엑셀파일의 기재 중 매입과 관련된 기록은 신빙성이 없다고 보아 이를 손금으로 인정하지 않고 추계의 방법을 통해 2012 사업연도, 2013 사업연도의 각 소득금액을 산정하고 이를 전제로 이 사건 각 처분을 하였다.

그러나 ① 이 사건 엑셀파일상 매입금액의 기재도 신빙성을 인정하여 실지조사의 방법으로 법인세의 과세표준을 산정할 수 있음에도 추계의 방법을 선택하였다는 점(추계과세의 요건 미비), ② 원고가 영위하고 있던 폐전선 도소매업의 소득율은 1 ~ 2% 정도에 불과한데도 추계로 산정된 소득율은 30% 정도(2012년 28%, 2013년 31.7%)에 이른다는 점(추계과세의 합리성, 타당성 결여)에서 이 사건 각 처분은 위법하다.

나. 피고의 주장

이 사건 엑셀파일의 매출에 관한 기록에는 수출일자, 수출상대방, 매출단가 금액 등이 자세히 기재되어 있었을 뿐 아니라 수출신고필증, 원고의 금융계좌 등 관련 증빙서류도 존재하고 있어 그 기록에 신빙성이 있으나, 이 사건 엑셀파일의 매입에 관한 기록에는 매입금액만이 기재되어 있고 매입수량, 매입처 등이 기재되어 있지 않으며 관련 증빙서류도 존재하지 아니하여 그 기록에 신빙성이 없다고 보고 그 매입금액을 손금에 산입하지 않고, 법인세법령에 따른 추계조사를 통하여 과세표준을 산정한 후 이 사건 각 처분을 하였던 것이므로, 이 사건 각 처분은 적법하다.

3. 이 사건 각 처분의 적법 여부에 관한 판단

가. 이 사건 법인세 부과처분 부분

1) 먼저 추계과세의 요건이 인정되는지 여부에 관하여 살펴본다.

가) 과세관청은 법인세의 과세표준과 세액을 실지조사의 방법에 따라 밝혀진 실액에 의하여 결정하는 것이 원칙이지만, 납세자의 장부나 증빙서류 등이 없거나 그 중요 부분이 미비 또는 허위로 기재되어 신뢰성이 없고 달리 과세관청이 그 실액을 밝힐 수 있는 근거과세의 방법이 없는 때에는 추계의 방법으로 과세표준 등을 결정할 수 있고, 이러한 추계과세의 요건은 과세관청이 이를 입증하여야 할 것이다(대법원 1999.10. 8. 선고 98두915 판결 등 참조). 한편 사업수입금액과 과세표준은 모두 세액산출의 근거가 되는 수액이나, 양자는 그 산출의 근거와 단계를 달리하므로 이를 어떠한 방법으로 조사・결정할 것인가 하는 문제는 각각 그 조사결정방법에 관한 법정사유 중 어느 것에 해당하는가에 따라 각별로 결정되어야 할 것이고 그 두 가지가 반드시 같은 방법에 의하여 조사・결정되어야 하는 것은 아니어서 각 사업연도의 수입금액과 과세표준을 한쪽은 실지조사 다른 한쪽은 추계조사・결정한 것이 위법하다고 할 수는 없다(대법원 1990. 1. 25. 선고89누5799 판결 등 참조).

나) 갑 제3, 5호증, 을 제2, 4, 5호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면 아래와 같은 사실이 인정된다.

(1) 원고는 ① 주식회사 OOO엔티로부터 2012년 제1기 및 제2기에 526,000,000원 상당의, ② 주식회사 OO메탈로부터 2012년 제2기에 692,000,000원 상당의, ③ 매O자원으로부터 2012년 제2기에 411,000,000원 상당의 각 폐전선을 공급받았다는(이하 위 세 업체를 합쳐서 'OOO엔티 등'이라고 한다) 매입세금계산서 55매(이하 '이 사건 세금계산서'라고 한다)를 교부받고, 피고에게 그 세액을 매입세액으로 공제하고 매입액을 손금산입하여 부가가치세 및 법인세를 신고하였다.

(2) OO지방국세청장, OO세무서장, OO세무서장은 OOO엔티 등에 대하여 조사를 실시한 후 OOO엔티 등을 자료상으로 고발하였고, 피고에게 이 사건 세금계산서가 사실과 다르게 발급된 것이라고 통보하였다.

(3) 피고는 원고에 대해 조사를 실시한 후 2014. 3. 7. 원고에게 2012년 제1기 부가가치세 26,795,340원, 2012년 제2기 부가가치세 253,710,140원, 2012 사업연도 법인세 35,854,780원(증빙미수취가산세)을 각 경정・고지(이하 '부가가치세 등 부과처분'이라 한다)하였다.

(4) 원고는 부가가치세 등 부과처분에 대하여 2014. 3. 28. OO지방국세청장에게 이의신청을 하였으나 2014. 5. 16. 기각되었고, 2014. 8. 8. 조세심판원에 심판청구를 하였으나 2014. 12. 30. 기각되었다.

(5) 원고는 부가가치세 등 부과처분의 취소를 구하는 소(인천지방법원 2015구합51044)를 제기하였는데, 2016. 5. 12. '원고에게 실제로 폐전선을 공급한 업체가 OOO엔티 등이 아니라는 점에 관하여 상당한 정도로 증명이 된 반면 실제 거래가 있었다는 점에 관한 원고의 증명은 충분하지 않으므로, 이 사건 세금계산서는 사실과 다른 세금계산서에 해당한다고 봄이 상당하다.'는 이유로 청구기각 판결이 선고되었고, 이에 대하여 원고가 항소(서울고등법원 2016누45525)하였으나 2016. 11. 24. 항소기각 판결(이하 위 제1심 판결 및 항소심 판결을 '관련 판결'이라고 한다)이 선고되었다.

(6) 이 사건 엑셀파일 중 ① 1 시트는 원고의 매입거래 또는 기타 지출(식대,운송료 등) 내역을 정리한 장부로서 그 안에는 거래처, 거래내역, 매입금액, 부가가치세 등의 항목이 기재되어 있고, ② 2 시트는 월별로 원고의 손익을 정산한 내용(매출금액, 매입금액이 기재되어 있다)을 담은 손익계산서이며, ③ 3 시트는 매출일별로 원고의 손익을 정산한 내용(매출금액, 매입금액이 기재되어 있다)을 담은 손익계산서이다.

(7) 2 시트의 월별 매출금액, 매입금액과 3 시트의 매출일별 매출금액, 매입금액의 월별 합계액은 서로 일치하고 있으나, 1 시트의 매입금액 월별 합계액과 2 시트의 월별 매입금액(= 3 시트의 매출일별 매입액의 월별 합계액)은 서로 일치하지 아니한다. 예를 들어 2012년 1월분의 경우 1 시트의 월별 매입금액은 159,191,831원(폐전선, 비철금속 등 명목상 매입비용만을 합산할 경우에는 155,404,150원이다)이나, 2 시트의 월별 매입금액(= 3 시트의 매출일별 매입액의 월별 합계액)은 359,202,020원이다.

(8) 또한 1 시트의 경우 위와 같이 거래처와 거래내역, 매입금액에 관한 기재가 되어 있으나, 관련 판결에서 사실과 다른 세금계산서로 판단된 이 사건 세금계산서 발급자인 OOO엔티 등과의 매입거래도 기재되어 있다.

(9) 3 시트 중 매출에 관한 기록에는 매출일자, 매출처, 매출품명, 매출수량,kg당 매출단가, 매출금액, 매출에 따른 부대비용(관세, 수출대행료) 등이 구체적으로 기재되어 있는 반면 매입에 관한 기재는 매출일별로 해당 매출에 대응하는 매입에 관한 총 매입금액과 매입단가만이 기재되어 있을 뿐 매입처에 관한 기재는 전혀 되어 있지않고, 2 시트는 매출일별로 매출금액 및 해당 매출에 대응하는 매입금액만이 기재되어 있다.

(10) 한편 매입일별로 매입품목과 매입액 등을 정리한 자료는 존재하지 아니한다.

(11) 원고의 직원으로 경리업무를 담당하면서 원고의 이 사건 엑셀파일을 직접 작성하였던 송OO는, 피고가 원고에 대하여 실시한 세무조사 당시인 2015. 4. 21. 피고에게 '장부상 매출금액에 관하여는 원고의 대표자 문OO의 지시에 따라 실제 거래내용대로 이 사건 엑셀파일을 작성하였다. 문OO의 남편 한OO가 2012년 초부터 업무에 직접 관여하였는데, 당시 한OO의 지시대로 통장이체해주고 세금계산서를 수취하였다.'는 취지로 진술하였다.

다) 위 인정사실을 종합하면 아래와 같은 사정을 알 수 있다.

(1) 이 사건 엑셀파일의 매출금액 부분에 관하여는, ㉠ 작성자인 송OO가 그 내용이 실제 거래에 부합하게 작성되었음을 진술하였던 점, ㉡ 그 신빙성을 뒷받침하는 수출신고필증, 관련 금융자료 등도 존재하고 있는 점, ㉢ 원고도 피고가 이 사건 엑셀파일의 매출금액의 기재가 진실하다고 본 것에 관하여는 별다른 이의를 제기하지 않고 있는 점에 비추어, 그 기재의 신빙성을 인정할 수 있으므로 이 사건 엑셀파일의 매출금액 부분 등에 대한 실지조사에 의하여 밝혀진 실제 사업수입금액을 법인세 산정을 위한 기초로 삼아야 한다고 할 것이다.

(2) 반면 이 사건 엑셀파일의 매입금액 부분에 관하여는, ㉠ 이 사건 엑셀파일상 매출에 대응하는 매입금액의 총액만이 기재되어 있을 뿐 매입품, 매입처, 매입일에 관하여는 아무런 기재가 없고, 별도로 매입일별, 매입품목별로 작성된 매입에 관한 장부는 존재하지 아니하는 점(2 시트는 3 시트의 매출일별 매출금액 및 해당 매출에 상응하는 매입금액의 기재를 기초로 월별로 작성된 손익계산서로 보이므로, 2 시트는 3시트와는 별개의 매입금액에 관한 장부로 볼 수 없다), ㉡ 관련 판결에서 사실과 다른 세금계산서로 판단된 이 사건 세금계산서와 관련된 매입금액까지 포함되어 있기도 한 점, ㉢ 원고는 '고철거래의 특성상 매입처를 특정하거나 매입에 관한 자료를 구비하는 것이 어렵다.'라고만 주장할 뿐 매입처 특정이나 매입금액을 확인할 금융거래 증빙 등 매입에 관한 자료는 전혀 제출하지 않고 있는 점 등에 비추어, 매출에 대응하는 매입을 만들어내기 위한 것으로 의심이 가므로 그 기재의 신빙성을 인정할 수 없다.

(3) 사정이 이와 같다면, 이 사건은 소득금액을 계산함에 있어서 필요한 장부 또는 증빙서류가 없거나 그 중요한 부분이 미비 또는 허위인 경우로 장부나 그 밖의 증명서류에 의하여 소득금액을 계산할 수 없는 경우에 해당한다고 할 것이므로, 피고가 원고에 대한 이 사건 법인세 부과처분을 함에 있어 법인세법 제66조 제3항 단서, 구 법인세법 시행령 제104조 제1항 제1호의 추계과세의 요건은 인정된다고 할 것이다.

2) 나아가 피고가 선택한 추계방법이 위법한지 여부에 관하여 살펴본다.

가) 추계과세가 정당한 것으로 시인되기 위해서는 과세표준을 추계할 수 있는 요건을 갖추었다는 것만으로 부족하고, 추계의 내용과 방법이 구체적인 사안에서 가장 진실에 가까운 과세표준의 실액을 반영할 수 있도록 합리적이고 타당성이 있는 것이어야 하며, 추계방법의 적법 여부가 다투어지는 경우에 합리성과 타당성에 대한 증명책임은 과세관청에 있지만, 과세관청이 관계 규정이 정한 방법과 절차에 따라 추계하였다면 합리성과 타당성은 일단 증명되었다고 할 것이고, 그 경우 구체적인 내용이 현저하게 불합리하여 과세표준의 실액을 반영하기에 적절하지 않다거나 좀 더 사실과 근접한 추계방법이 존재한다는 점에 관한 입증의 필요는 납세의무자가 부담한다(대법원2010. 10. 14. 선고 2008두7687 판결 등 참조).

나) 법인세법 시행령 제104조 제2항 제1호는 추계결정 또는 경정을 하는 경우에는 사업수입금액에서, 매입비용과 임차료, 임금 등 인건비 및 사업수입금액에 소득세법시행령 제145조의 규정에 의한 기준경비율을 곱하여 계산한 금액을 공제한 금액을 과세표준으로 하여 세액을 결정 또는 경정하는 방법에 관하여 규정하고 있다.

다) (1) 갑 제6호증의 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면, ① 피고는 원고의 사업수입금액에서 매입비용, 임차료, 인건비, 사업수입금액에 위 기준경비율을 곱하여 계산한 금액을 각 공제하는 방법으로 법인세의 과세표준을 추계하였던 사실, ② 원고가 매입비용, 임차료, 인건비에 관하여는 원고가 당초 법인세 신고 당시 피고에게 제출한 손익계산서를 근거로 그 기재 내용에 따라 이를 그대로 인정하였고, 기준경비율은 소득세법 시행령 제145조의 위임을 받아 국세청장이 고시한 '재생용 재료 수집 및 판매업'에 관한 기준경비율 6.2%를 적용하였던 사실이 인정되는바, 이는 법인세법 시행령 제104조 제2항 제1호에서 정한 추계방법에 따른 것으로서 일응 합리성과 타당성을 갖추었다고 봄이 타당하다. 나아가 갑 제4, 5호증의 각 기재만으로는 원고가 주장하는 바와 같이 원고와 동종업종의 소득율이 1 ~ 2% 정도에 불과하다는 사실을 인정하기 부족하고 달리 이를 인정할 증거가 없을 뿐만 아니라, 원고와 동일업종에 종사하는 다른 사업자의 소득율을 확인할 객관적 증거 또한 전혀 제출되어 있지 아니하므로, 피고가 한 추계과세의 구체적인 내용이 현저하게 불합리하여 과세표준의 실액을 반영하기에 적절하지 않다거나 좀 더 사실과 근접한 추계방법이 존재한다는 점에 관한 입증이 되었다고 볼 수도 없다.

(2) 한편 원고는 '피고에게 당초 법인세를 신고할 당시 사업수입금액을 줄여서 신고하면서 매입비용까지 함께 줄여 신고하였으므로 원고가 신고한 매입비용을 기초로 과세표준을 추계하는 것은 부당하다.'는 취지로도 주장하나, 이는 납세의무자가 수입 중 일부의 신고를 누락하여 과소신고하는 경우에도 비용만큼은 누락 없이 전부 신고하는 것이 통상적이라는 경험칙(대법원 1992. 7. 28. 선고 91누10695 판결 참조)에 반하는 것으로서, 을 제2호증의 기재만으로는 원고가 손금에 산입할 매입비용 중 일부를 스스로 누락하여 과소신고하였다는 특별한 사정이 밝혀졌다고 보기 부족하고 달리 이를 인정할 자료도 없으므로, 원고의 위 주장도 받아들일 수 없다.

3) 따라서 이 사건 법인세 부과처분은 적법하다고 할 것이다.

나. 이 사건 소득금액변동통지처분 부분

앞서 본 바와 같이, 피고가 이 사건 법인세 부과처분을 하면서, 추계조사・결정 방법에 의하여 결정된 과세표준과 원고의 대차대조표상 당기순이익의 차액이 사외유출된 것으로 보고 원고의 대표자인 문OO에게 상여처분을 하고 이를 원고에게 통지하였는바, 이는 법인세법 제67조, 구 법인세법 시행령 제106조 제1항 제1호 단서, 제2항, 소득세법 시행령 제192조 제1항에 따른 것으로서 적법하다고 할 것이다.

4. 결론

그렇다면 원고의 청구는 모두 이유 없어 이를 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.