2. 소송비용은 원고가 부담한다.

청 구 취 지

피고가 2016. 6. 8.원고에 대하여 한 양도소득세 1,268,885,050원 부과처분을 취소한

다.

가. 원고는 1997. 11. 26. 당시 CC로부터 종합의료시설용지인 00시 00동 000 대지 6,448.3㎡(이하 '이 사건 토지'라 한다)를 취득한 후 2015. 4. 14. 이를 DDD에게 양도하고 같은 날 소유권이전등기까지 마쳐주었다.

나. 이후 원고는 이 사건 토지가 비사업용 토지에 해당하지 아니한다고 보고, 양도차익 9,292,120,550원(= 양도가액 14,500,000,000원 - 취득가액 5,207,879,450원)에서 소득세법상의 장기보유특별공제를 적용한 후 산출된 양도소득세 2,564,606,620원을 예정 신고・납부하였는데, 피고는 이 사건 토지가 비사업용 토지에 해당한다는 이유로 장기보유특별공제의 적용을 배제하여 2016. 6. 8. 원고에 대하여 2015년 귀속 양도소득세 1,268,885,050원을 증액하여 고지하는 처분(이하 '이 사건 처분'이라고 한다)을 하였다.

[인정 근거] 다툼 없는 사실, 을 제1, 2호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

소득세법 시행규칙 제83조의5 제1항 제5호(이하 '이 사건 규정'이라고 한다)는 지상에 건축물이 정착되어 있지 아니한 토지를 취득하여 사업용으로 사용하기 위하여 건설에 착공한 토지는 당해 토지의 취득일로부터 2년 및 착공일 이후 건설이 진행 중인 기간은 비사업용 토지로 보지 아니한다고 규정하고 있다.

원고는 1997. 11. 26. 나대지인 상태인 이 사건 토지를 취득한 이후 1998. 1. 14. 00시장으로부터 건축허가를 받아 병원건물을 신축하기 위하여 착공하였으나, IMF 금융위기를 맞아 공사의 진행에 어려움을 겪던 중 2010. 5. 4. 00시로부터 건축허가 취소처분을 받았고, 2015. 4. 14. 이 사건 토지를 DDD에게 처분하였다.

이와 같이 원고가 이 사건 토지를 총 6,348일간(1997. 11. 26. ~ 2015. 4. 14.) 소유하였는데, 그 중 위 취득일로부터 2년(730일) 및 위 착공일 1998. 1. 14.부터 공사 중단일인 2010. 5. 4.까지 3,812일(위 취득일로부터 2년의 기간과 중복되는 681일 제외)을 합한 총 4,542일 기간 동안은 이 사건 토지가 비사업용 토지에 해당하지 아니하였던 것으로 보아야 한다.

결국 이 사건 토지는 원고가 소유한 기간 중 약 71% 상당(4,542일/6,348일)의 기간 동안 비사업용 토지에 해당하지 않았던 것이므로, 이 사건 토지는 소득세법 제104조의3에 따른 사업용 토지에 해당하는 것으로 보아야 한다.

그런데도 피고는 이 사건 토지가 위 4,542일 기간 동안에도 비사업용 토지에 해당하였던 것으로 보고 이 사건 처분을 하였으므로, 이 사건 처분은 위법하여 취소되어야 한다.

나. 관계 법령

별지 관계 법령의 기재와 같다.

다. 판단

1) 구 소득세법(2015. 12. 15. 법률 제13558호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제95조는 양도소득금액을 양도가액에서 필요경비와 장기보유특별공제액을 공제하여 계산하되(제1항), 제104조의3에 따른 비사업용 토지의 경우에는 장기보유특별공제액을 공제하지 않도록 규정하고 있다(제2항). 한편 구 소득세법 제104조의3 제1항 제4호 (가), (나)목, 제2항, 구 소득세법 시행령(2016. 2. 17. 대통령령 제26982호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제168조의6 제1호 (가), (나), (다)목은, '농지, 임야 및 목장용지 외의 토지'의 경우 그 소유기간이 5년 이상인 때에는 '양도일 직전 5년 중 2년을 초과하는 기간', '양도일 직전 3년 중 1년을 초과하는 기간' 및 '토지의 소유기간의 100분의 40에 상당하는 기간을 초과하는 기간' 동안 '지방세법 또는 관계 법률에 따라 재산세가 비과세되거나 면제되는 토지', '지방세법 제106조제1항제2호 및 제3호에 따른 재산세 별도 합산과세대상 또는 분리과세대상이 되는 토지'를 제외한 토지는 비사업용 토지에 해당하고, 그 토지의 취득 후 법률에 따른 사용 금지나 그 밖에 대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있어 비사업용 토지에 해당하는 경우에는 대통령령이 정하는 바에 따라 해당 토지를 비사업용 토지로 보지 아니할 수 있다고 규정하고 있다.

위와 같은 위임에 따른 구 소득세법 시행령 제168조의14 제1항 제4호는 그 밖에 공익, 기업의 구조조정 또는 불가피한 사유로 인한 법령상 제한, 토지의 현황・취득 사유 또는 이용상황 등을 감안하여 기획재정부령으로 정하는 부득이한 사유에 해당되는 토지는 기획재정부령이 정하는 기간 동안 비사업용에 해당하지 아니하는 토지로 보아 비사업용 토지 해당 여부를 판정하도록 하였고, 다시 그 위임을 받은 이 사건 규정은 지상에 건축물이 정착되어 있지 아니한 토지를 취득하여 사업용으로 사용하기 위하여 건설에 착공(착공일이 불분명한 경우에는 착공신고서 제출일을 기준으로 한다)한 토지는 당해 토지의 취득일로부터 2년 및 착공일 이후 건설이 진행 중인 기간(천재지변, 민원의 발생 그 밖의 정당한 사유로 건설을 중단한 경우에는 중단한 기간을 포함한다) 동안을 비사업용에 해당하지 아니하는 토지로 보아 비사업용 토지 해당 여부를 판정하도록 규정하고 있다.

2) 사회통념상 특정 토지에서 건물을 신축하기 위한 공사에 "착공"하였다고 인정하기 위해서는, 건물을 착공하기 위하여 필요한 준비 행위, 즉 토지의 측량이나 지반조사, 건물신축도급계약의 체결, 기존 건물의 철거나 착공신고서를 제출하는 것만으로는 부족하고, 건축 공정상 일련의 행정절차를 마친 다음 건물 신축을 위한 실질적인 공사의 실행이라 볼 수 있는 행위로서 신축할 건물을 유지할 수 있는 최소한의 정도로 부지를 파내는 정도의 굴착공사나 터파기공사에 착수하는 경우에 비로소 공사에 "착공"하였다고 볼 수 있다 할 것이므로(대법원 2013. 5. 23. 선고 2013두2723 판결, 대법원 1997. 9. 9. 선고 96누15558 판결 등 참조), 이 사건 규정에서 말하는 건설에 "착공"은 당해 토지에서 굴착공사 등과 같은 토목공사를 포함한 건설공사가 시작된 경우를 의미한다고 해석함이 타당하다.

3) 이 사건에 관하여 살피건대, 원고가 이 사건 토지에 관하여 터파기공사를 하는 등으로 건설에 착공하였음을 인정할 아무런 증거도 없고, 오히려 을 제3호증의 1, 2, 을 제4, 6, 7호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면, ① 원고가 1998. 1. 14. 00시장으로부터 이 사건 토지에 관한 건축허가를 받은 후 같은 해 건축허가취소 처분을 받았던 사실 ② 원고가 2004. 7. 3. 다시 00시장으로부터 이 사건 토지에 관한 건축허가를 받았으나 2010. 5. 4. '장기간 공사를 착공하지 않아 공사착수 촉구 등 수차례 걸쳐 행정지도 하였음에도 이를 이행하지 않았다.'는 이유로 건축허가취소 처분을 받았던 사실, ③ 2000년, 2006년, 2012년, 2014년 각 촬영된 이 사건 토지의 항공사진상 이 사건 토지에 관한 굴착공사나 터파기공사의 흔적을 확인할 수 없는 사실이 인정 된다.

4) 따라서 원고가 이 사건 토지에 관하여 '건설에 착공'하였다고 볼 수 없으므로, 이와 다른 전제에서 하는 원고의 주장은 이유 없다.

3. 결론

그렇다면 원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.