2. 원고의 나머지 청구를 기각한다.

3. 소송비용 중 70%는 피고가, 나머지 30%는 원고가 각 부담한다.

가. 원고는 2003. 4. 15.경부터 2006. 12. 31.까지 서울 동대문구 ☆☆동 451-8에서 귀금속, 모조장신구 도ㆍ소매업을 영위하던 법인으로서 2003년 1기분 부가가치세, 2003년 2기분 부가가치세, 2004년 1기분 부가가치세, 2004년 2기분 부가가치세, 2003 년 및 2004년 사업연도 귀속 법인세를 신고함에 있어, 별지 1목록 기재 [매입거래처에 대한 거래내역]과 같은 매입세금계산서(이하 '이 사건 매입세금계산서'라고 한다)를 교부받아 그 매입세액을 공제하며 매입액을 손금산입하고 별지 2목록 기재 [매출거래처에 대한 거래내역]과 같은 매출세금계산서(이하 '이 사건 매출세금계산서'라고 한다)를 발행하여 이를 위 부가가치세 및 법인세 과세표준에 산입하여 위 부가가치세 및 법인세를 신고납부하였다.

나. 피고는 이 사건 매입ㆍ매출세금계산서가 실물거래 없이 발행된 것으로 보아, 그 에 따른 매출액을 부인하는 한편, 매입세액을 불공제하고 매입액을 손금불산입하여 2008. 2. 5. 원고에게 2003년 1기분 부가가치세 31,894,340원, 2003년 2기분 부가가치세 81,340,900원, 2004년 1기분 부가가치세 64,964,510원, 2004년 2기분 22,760,770원, 2003년 사업 연도 법인세 234,895,720원, 2004년 사업 연도 법인세 132,974,370원을 각 부과ㆍ고지하였다(위 각 금액에 가산세가 포함되어 있다, 이하 '이 사건 처분'이라고 한다).

다. 원고는 2008. 5. 2. 조세심판원에 이 사건 처분에 대한 심판청구를 하였으나, 2008. 10. 13. 기각되었다.

[인정근거 : 다툼 없는 사실, 을제1호증의 1 내지 4, 을제5, 6호증의 각 1 내지 8, 을 제7호증, 을제8호증의 1 내지 6의 각 기재, 변론 전체의 취지]

2. 이사건처분의적법여부

가.원고의주장

이 사건 매입ㆍ매출세금계산서는 실질에 부합하는 것으로서 원고는 성실히 2003년 및 2004년 1, 2기분 부가가치세와 2003년 및 2004년 사업연도 법인세를 신고납부하였을 뿐만 아니라, 세금계산서가 사실과 다른 허위라는 점에 대한 입증책임은 원칙적으로 과세관청인 피고에게 있는 것임에도 불구하고 별다른 이유나 증거도 없이 일방적으로 이 사건 매입ㆍ매출세금계산서에 따른 거래가 가공 매입ㆍ매출이라고 보아 한 피고의 이 사건 처분은 위법하다.

나. 관계법령

별지관계법령기재와같다.

다. 인정사실

1) 피고 소속 담당공무원들은 2007. 12. 원고에 대한 세무조사를 실시하여, '원고 회사가 금지금 변칙 거래(폭탄업체가 무자료로 지금을 매입하여 매출처에 시세보다 낮 은 가격으로 판매한 다음 부가가치세 신고를 하지 않고 도주하고, 각 거래단계 제공자 들은 도관업체로서 거래단계만을 제공하여 지금을 유통시키며, 최종 도매상들은 시세 보다 낮은 지금을 매입하여 귀금속 소매상 등에게 판매하는 거래)의 도관업체로서 자료상으로 이미 고발된 도관업체로부터 지금을 매입하는 형식으로 대금은 인터넷뱅킹 등으로 당일 결제하면서 허위의 이 사건 매입세금계산서를 교부받고 다른 도관업체에 게 다시 지금을 판매하는 형식으로 대금을 지급받으면서 허위의 이 사건 매출세금계산 서를 교부하였다'는 취지의 조사종결복명서를 작성하여 피고에게 제출하였고, 이에 피고는 이 사건 처분을 행함과 아울러 원고를 조세범처벌법위반죄 등으로 동대문경찰서 장에게 고발하였다.

2) 위 조사종결복명서 등에 따르면 ① 이 사건 매입세금계산서에 따른 거래(이하 '이 사건 매입거래'라고 한다) 중 원고가 금지금 변칙거래로 인해 자료상으로 이미 고발된 주식회사 ◎◎종합상사, ⊖⊖⊖골드 주식회사, 주식회사 ☊☊☊쥬얼리, 주식회사 ☄☄☄☄골드, ●●금은 주식회사, ★★골드 주식회사, 주식회사 △△유스, 주식회사 ▼▼, 주식회사 ◉◉인터내셔날(이하 위 각 회사를 주식회사를 제외한 상호로만 지칭한다)로부터 매입한 거래분은 거래상대방이 자료상이라는 이유로 가공거래로 인정되었고, ② 이 사건 매입거래 중 원고가 주식회사 ◇◇금은, 주식회사 ⊗⊗골드, 주식회사 ☖☖지씨, 주식회사 ♈♈골드(이하 위 각 회사를 주식회사를 제외한 상호로만 지칭한다)로부터 매입한 거래분은 원고가 법인 계좌에 미리 현금을 입금한 후 위 각 매입처에 대금을 송금하거나 매출대금을 먼저 지급받고 곧바로 위 각 매입처에 송금하는 등 같은 날짜에 입출금거래가 반복ㆍ순차적으로 이루어졌다는 이유로 가공거래로 인정되었으며, ③ 이 사건 매출세금계산서에 따른 거래(이하 '이 사건 매출거래'라고 한다)는 같은 날짜에 입출금거래가 반복ㆍ순차적으로 이루어졌거나 거래상대방이 가공거래임을 시인하였다는 이유로 위 매출 거래분이 가공거래로 인정되었다(각 거래별 가공거래 인정사유는 별지 각 목록 기재 [매입거래처에 대한 거래내역], [매출거래처에 대한 거래내역] 중 가공거래 인정사유란 기재와 같다).

3) ⊖⊖⊖골드의 운영자인 조▣▣, 그 대표이사인 조♤♤ 및 ◉◉인터내셔날의 공동 운영자인 조▣▣, 조♧♧가 원고에게 별지 1목록 기재 [매입거래처에 대한 거래내역] 중 매입처란 위 각 회사 해당 부분과 같이 허위의 세금계산서를 발행한 범죄사실에 대하여 위 사람들이 서울서부지방법원 2004고합368, 2005고합2(병합), 2005고합42(병합), 2005고합49(병합)호로 기소되자, 위 법원은 2005. 12. 15. 위 사람들에 대하여 구 조세범처벌법위반죄 등으로 유죄판결을 선고하였고, 이에 검사와 피고인들이 서울고등법원 2006노62호로 항소를, 피고인들이 대법원 2006도7681호로 상고를 각 제기하였으나, 위 범죄사실에 대한 부분은 모두 기각되어 그대로 확정되었다.

4) 서울중앙지방검찰청은 2005. 4. 6. △△유스의 대표이사 이◐◐이 원고에게 별지 1목록 기재 [매입거래처에 대한 거래내역] 중 매입처란 위 회사 해당 부분과 같이 허위의 세금계산서를 발행한 피의사실에 대하여 이◐◐이 도피 중이므로 피의자의 소재를 발견할 때까지 기소중지처분을 하였고, 서울북부지방검찰청은 2005. 10. 26. ☄☄☄☄골드의 대표이사 김▦▦이 원고에게 별지 1목록 기재 [매입거래처에 대한 거래내역] 중 매입처 란 위 회사 해당 부분과 같이 허위의 세금계산서를 발행한 피의사실에 대하여 불기소(혐의 없음)처분을 하였으며, 서울중앙지방검찰청은 2007. 1. 11. ☊☊☊쥬얼리의 대표이사 조♨♨가 원고에게 별지 1목록 기재 [매입거래처에 대한 거래내역] 중 매입처란 위 회사 해당 부분과 같이 허위의 세금계산서를 발행한 피의사실에 대하 여 조♨♨가 도피 중이므로 피의자의 소재를 발견할 때까지 기소중지처분을 하였고, 같은 검찰청은 2008. 3. 4. ●●금은의 운영자 조▣▣가 원고에게 별지 1목록 기재 [매입거래처에 대한 거래내역] 중 매입처란 위 회사 해당 부분과 같이 허위의 세금계산서를 발행한 피의사실에 대하여 혐의는 인정되나 조▣▣가 이미 중형을 선고받고 복역 중에 있다는 이유로 기소유예 처분을 하였다.

5) 피고가 자료상으로 고발한 업체로서 위 4)항 기재 업체를 제외한 ◎◎종합상사, ★★골드, ▼▼에 대한 부가가치세 부과처분취소 사건의 판결문, 자료상 조회 및 조사 종결복명서 등에는 위 각 회사들이 원고 회사에 허위 세금계산서를 발행하였다는 사실 은 기재되어 있지 아니하다.

6) 이 사건 매출거래의 매출처 중 ☏☏쥬얼리, ☎☎사, ￡￡사의 각 대표자는 피고 소속 담당공무원에게 원고 회사와 거래한 사실이 없다는 취지의 진술서를 작성하여 제 출하였고, ※※※는 의류도소매업을 영위하는 업체로 최현숙에게 ※※※의 사업자등록 명의를 대여한 바 있으며, ∵∵보석은 원고로부터 별지 2목록 기재 [매출거래처에 대한 거래내역] 중 매출처란 위 회사 해당 부분 기재와 같이 세금계산서를 허위로 교부받았다는 이유로 피고가 2008. 7. 8. ∵∵보석에게 위 세금계산서에 따른 매입세액을 불공제하여 부과한 부가가치세 6,488,400원을 2008. 7. 17. 전액 납부하였다[이 사건 매출거래 중 원고가 주식회사 ◇◇금은, 주식회사 ♉♉제이씨(이하 위 각 회사를 주식회사를 제외한 상호로만 지칭한다)에게 매출한 거래분은 같은 날짜에 입출금거래가 반복ㆍ순차적으로 이루어졌다는 이유로 가공거래로 인정되었다J.

[인정근거 : 다툼 없는 사실, 을제8호증의 1 내지 6, 을제9호증의 1 내지 8, 을제11, 12, 13호증, 을제14호증의 2, 을제15호증, 을제17, 18호증의 각 1, 2, 을제19호증, 을제 20호증의 1, 2, 을제21호증의 1, 2, 3, 을제22호증의 1, 2, 을제26, 27, 28호증의 각 기 재, 변론 전체의 취지]

라.판단

1) 부가가치세법 제1조 제1항 제1호는 부가가치세 과세대상으로서 '재화의 공급'을 규정하고 있고, 제6조 제1항은 재화의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 의 하여 재화를 인도 또는 양도하는 것으로 한다 고 규정하고 있는바, 부가가치세가 다단 계 거래세로서의 특성이 있는 점 등에 비추어 볼 때, 부가가치세법 제6조 제1항 소정 의 '인도 또는 양도'는 실질적으로 얻은 이익의 유무에 불구하고, 재화를 사용ㆍ소비할 수 있는 권한을 이전하는 일체의 원인행위를 모두 포함하고, 이 경우 어느 일련의 거래과정 가운데 특정 거래가 부가가치세법 소정의 재화의 공급에 해당하는지 여부는 각 거래별로 거래당사자의 거래의 목적과 경위 및 태양, 이익의 귀속주체, 대가의 지급관계 등 제반 사정을 종합하여 개별적ㆍ구체적으로 판단하여야 하며, 그 특정 거래가 실질적인 재화의 인도 또는 양도가 없는 명목상의 거래라는 이유로 그 거래과정에서 수취한 세금계산서가 매입세액의 공제가 부인되는 부가가치세법 제17조 제2항 제1의2호 가 규정하고 있는 '사실과 다른 세금계산서'에 해당한다는 점에 관한 증명책임은 과세 관청이 부담함이 원칙이다(대법원 1992. 9. 22. 선고 92누2431 판결, 대법원 2006. 4. 14.선고 2005두16406 판결 등 참조).

다만, 피고가 합리적으로 수긍할 수 있을 정도로 이 점에 관한 상당한 정도의 입증을 한 경우라면, 그 세금계산서가 허위가 아니라고 주장하면서 피고 처분의 위법성을 다투는 납세의무자인 원고로서도 관련된 증빙과 자료를 제시하기가 용이한 지위에 있음을 감안해 볼 때 자신의 주장에 부합하는 입증의 필요가 있다고 할 것이나, 그에 대한 상당한 정도의 입증을 하지 못한 경우라면 처분의 근거되는 과세요건을 인정할 수는 없다고 할 것이다(대법원 1997. 9. 26. 선고 96누8192 판결 등 참조).

2) 그런데 위 인정사실에 의하여 드러나는 다음과 같은 사정, 즉, ① 피고에 의해 자료상으로 고발된 업체인 △△유스, ☄☄☄☄골드, ☊☊☊쥬얼리 및 ●●금은은 원고 에게 허위의 세금계산서를 발행한 피의사실에 대하여 검찰로부터 불기소처분, 기소중 지처분 및 기소유예 처분을 받았을 뿐, 형사판결에 의하여 유죄로 인정된 것은 아닌 접(앞에서 본 바와 같이 ⊖⊖⊖골드, ◉◉인터내셔날의 대표자 등만이 원고에게 허위의 세금계산서를 발행한 피의사실에 대하여 유죄판결을 받아 확정되었다), ② 이처럼 △△유스, ☄☄☄☄골드, ☊☊☊쥬얼리 및 ●●금은은 피고에 의해 조세범처벌법위반죄 등으로 고발되어 그에 따른 검찰의 처분을 받은 사실이 인정될 뿐, 위 피의사실을 직접 인정할 수 있는 수사기록 등의 실질적인 증거를 찾아볼 수 없는 점, ③ 피고에 의해 자료상으로 고발된 또 다른 업체인 ◎◎종합상사, ★★골드, ▼▼ 역시 허위의 세금계산서를 발행한 사실이 피고에 의해 적발되어 자료상으로 고발되었음이 인정될 뿐, 위 각 업체가 원고에게 허위의 세금계산서를 발행하였다는 사실을 뒷받침할 수 있는 별다른 증거가 없는 점, ④ 또한 앞서 본 바와 같이 이 사건 매입거래 중 원고가 ◇◇금은 ⊗⊗골드, ☖☖지씨, ♈♈골드로부터 매입한 거래분은 같은 날짜에 입출금거래가 반복ㆍ순차적으로 이루어진 것이 원고가 위 각 업체와 사전 공모하여 실거래를 가장한 때문인 것으로 보인다는 이유로 가공거래로 인정된 것이나, 위 거래분이 부가가치세 상당액을 납부하지 않는 폭탄업체가 존재하는 일련의 금지금 변칙 거래 중 하나의 거래단계에 속하였을 뿐만 아니라, 그 각 단계거래의 밀착성ㆍ근접성 등의 면에서 다소 이례적이었다는 등의 사정만으로는 위 거래분이 세금계산서만을 발행하여 수수하거나 실제 금지금이 인도되거나 대금이 지급되었더라도 폭탄영업을 실제거래로 위장하기 위한 명목상의 거래로서 부가가치세 과세대상이 되는 재화의 공급이 아니라고 단정짓기는 어려운 점(대법원 2008. 12. 11. 선고 2008두9737 판결 참조), ⑤ 또한, 이 사건 매출거래 중 원고가 ◇◇금은, ♉♉제이씨에 매출한 거래분도 같은 날짜에 입출금거래가 반복ㆍ순차적으로 이루어진 것이 원고가 위 각 업체와 사전 공모하여 실거래를 가장한 때문인 것으로 보인다는 이유로 가공거래로 인정된 것이나, 위 ④항에서 본 바와 같은 이유로 위 거래분이 부가가치세 과세대상이 되는 재화의 공급이 아니라고 단정하기 어려운 점 등에 비추어 보면, 원고가 자료상 혐의로 고발된 업체와 거래하였다거나 이 사건 매입ㆍ매출거래가 단기간 내에 근접하여 이루어지고 그 부가가치세 상당액을 납부하지 않는 폭탄업체가 존재하는 일련의 거래과정에서 이루어졌다는 등의 사정만으로는 이 사건 매입ㆍ매출거래가 폭탄영업을 실제거래로 위장하기 위한 명목상의 거래로서 가공거래라고 볼 수 없고 달리 이를 인정할 증거가 없다.

3) 다만, 행정재판에 있어서는 형사재판의 사실인정에 구속을 받는 것은 아니라고 하더라도 동일한 사실관계에 관하여 이마 확정된 형사판결이유죄로 인정한 사실은 유력한 증거 자료가 되므로 행정재판에서 제출된 다른 증거들에 비추어 형사재판의 사실 판단을 채용하기 어렵다고 인정되는 특별한 사정이 없는 한 이와 반대되는 사실은 인정할 수 없는바(대법원 1997. 9. 30. 선고 97다24276 판결 참조), 앞서 본 바와 같이 ⊖⊖⊖골드, ◉◉인터내셔날의 대표자 등이 별지 1목록 기재 [매입거래처에 대한 거래 내역] 중 매입처란 위 각 회사 해당 부분과 같이 허위의 세금계산서를 발행한 범죄사 실에 대하여 유죄판결이 확정되었으므로, 위 판결의 판단을 채용하기 어렵다고 인정되는 별다른 증거가 없는 이 사건에 있어서는 이 사건 매입거래 중 원고가 ⊖⊖⊖골드, ◉◉인터내셔날로부터 매입한 거래분은 가공거래라고 봄이 상당하다.

또한, 이 사건 매출거래 중 원고가 ☏☏쥬얼리, ☎☎사, ￡￡사, ※※※, ∵∵보석에게 매출한 거래분은 위 각 업체가 가공거래임을 시인하거나 사업자등록명의 대여를 이유로 세금계산서 수취사실 자체를 부인하거나 가공거래임을 사실상 시인하고 부가가치세를 납부한 사실은 앞서 본 바와 같으므로, 피고로서는 위 각 거래분이 가공거래라는 점에 관한 상당한 정도의 입증을 하였다고 볼 수 있어 원고로서는 자신의 주장에 부합하는 입증을 할 필요가 있다고 할 것이나, 원고의 이러한 주장을 인정할 별다른 증거가 없는 이 사건에서는 위 거래분 역시 가공거래라고 봄이 상당하다.

4) 결국 피고는 위 3)항 기재 매입ㆍ매출거래만을 가공거래라고 인정하여 그에 따른 매출액을 부인하는 한편, 매입세액을 불공제하고 매입액을 손금불산입하여 이 사건 처분을 하였어야 할 것임에도 불구하고 이 사건 매입ㆍ매출거래 전체를 가공거래라고 보아 한 이 사건 처분은 위법하다고 할 것이므로 2003년 및 2004년 1, 2기분 부가가치세, 2003년 및 2004년 사업연도 법인세의 정당한 세액을 다시 계산하면 별지 3목록 기재 [정당세액 산출내역] 기재와 같이 2004년 2기분 부가가치세는 그 세액이 없게 되고 2003년 1기분 부가가치세는 14,450,985원, 2003년 2기분 부가가치세는 20,713,076원, 2004년 1기분 부가가치세는 50,073,927원, 2003년 사업연도 법인세는 68,467,814원, 2004년 사업연도 법인세는 46,037,461원이 각 그 정당세액이 되므로, 이 사건 처분 중 위 각 금원을 초과하는 부분은 취소되어야 한다.

3. 결론

그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 위 인정범위 내에서 이유 있어 이를 인용하고 나머지 청구는 이유 없어 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.