가. 청구인은 2014.9.11. OOO토지 및 건물(이하 “쟁점건물”이라 한다)을 취득한 후 부동산임대업으로 사업자등록하고 건물 리모델링 비용을 자본적 지출로 보아 2014년 제2기부터 2015년 제2기까지 부가가치세 OOO환급받았으나,

OOO지방국세청장이 2017.10.11. 쟁점건물 일부를 노인요양원으로 사용한 사실과 관련하여 면세 전용 혐의에 대한 해명 및 수정신고 안내문을 발송하자 2017.11.27. 노인요양원으로 사용되는 면적에 대하여 간주공급으로 보아 2016년 제1기 부가가치세를 수정신고하였다.

나. 이후 청구인은 노인복지시설로 사용한 면적도 매입세액 공제대상이라고 주장하며 2018.9.27. 수정신고하였던 2016년 제1기 부가가치세 OOO환급을 구하는 경정청구를 제기하였고, 처분청은 2018.11.30. 이를 거부하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2018.12.11. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

(1) OOO지방국세청장이 청구인에게 수정신고 안내문을 발송할 당시, 그 담당자는 수정신고를 하지 않으면 부과하겠다는 결론을 이미 내린 상태였다. 그로 인하여 청구인의 소명이 받아들여지지 않았으며, 담당자로부터 지속적인 수정신고 권고를 받았다.

(2) 쟁점건물 일부를 노인요양원으로 사용하였더라도 건물 리모델링 공사비용을 매입세액으로 공제하여야 한다. 인용사례인 법원 판례(인천지방법원 2014.6.12. 선고 2013구합11301 판결, 서울고등법원 2015.7.8. 선고 2014누55474 판결) 및 심판례(조심 2012중480, 2012.3.29.)를 쟁점건물에도 적용하여야 한다. 위 판례의 요지는 지방자치단체가 민간단체 등에게 위탁운영한 “노인복지시설 관련 매입세액”은 사업성 및 유상성이 인정되므로 부동산임대사업자의 지위에서 공급한 것으로 보이므로 매입세액을 공제해야한다는 것인데, 청구인의 경우와 비교하면, 청구인도 쟁점건물의 임대인으로서 1층 근린생활시설에서 발생한 임대수익금을 다른 층의 OOO포함한 쟁점건물 전체의 보수 및 운영비용으로 재투자하고 있기 때문이다. 또한, 청구인도 판례의 지방자치단체(임대인)처럼 쟁점건물을 건립하여 OOO운영위원회 위원장인 시설장에게 위탁운영하고 있으므로 매입세액을 공제하여야 한다.

(3)「노인복지법 시행규칙」별표4는 노인요양원 설치에 있어서 소유권을 가지고 있을 것을 필요조건으로 하고 있다. 판례의 지방자치단체가 노인복지시설의 소유자로서 의료재단에게 노인복지시설 중 요양원과 재가노인지원센터 부분을 위탁운영하며 무상임대한 것과 같이, 청구인도 쟁점건물의 소유자로서 쟁점건물 중 요양원을 요양원 운영위원회 위원장인 시설장에게 위탁운영하며 무상임대할 수밖에 없는 이유이다.

(4) 청구인이 2016.2.2. 쟁점건물에 OOO상호로 신청한 것은 면세사업자 등록이 아니라 고유번호증이다. 요양원은 면세사업자등록증이 아니라 고유번호증이 발급된다.

(5) 조심 2014전3538, 2014.12.8. 심판례는 노인요양원이 아니라 면세사업자인 OOO이전과 연관된 경우이다. 과세사업에 사용할 목적으로 신축한 OOO의 일부에 본인의 면세사업장인 OOO을 사용승인 후 10일 만에 이전하여 운영한 경우이다. 하지만, 청구인의 경우 쟁점건물의 건출물대장에는 병의원이 포함되지 않았고, 면세사업자인 병의원에게 임대하지도 않았으며, 청구인 소유의 의원OOO이 입주하지도 않았다. 사업자등록증의 상호 및 주소도 OOO(서울특별시 양천구 소재)과 OOO(서울특별시 강서구 소재)으로 서로 다르다. 또한 쟁점건물인 OOO(임대사업자)의 임대료로서 OOO발행한 세금계산서(금융증빙)가 있다. 이런 차이점을 보면 위 심판례는 청구인의 경우에 적용될 수 없다.

(6) 쟁점건물을 2014.9.11. 취득하고 리모델링 공사를 2015.10.14. 준공한 이후 1층을 임대하기 시작하여 2015년 제2기 부가가치세 신고부터 1층 부분에 대하여 임대업 매출을 신고하였다. OOO은 2016.2.2. 개원하였으므로 설령, 면세 사용 면적에 대하여 간주공급으로 보아 부가가치세를 과세하더라도 리모델링 공사 준공일부터 요양원 개원일 사이의 기간동안에 대한 감가상각비를 적용하여야 한다.

나. 처분청 의견

(1) 청구인이 부동산임대업에 사용할 쟁점건물을 취득하고 리모델링공사 비용을 매입세액 공제받은 후 그 건물 일부를 노인복지시설로 사용하는 것은 사업의 공익성과는 무관하게 면세전용에 따른 간주공급에 해당하므로 「부가가치세법 시행령」제66조 제3항 및 제5항에 따라 부가가치세 과세대상이며 청구인의 당초 수정신고가 정당하였다.

(2) 청구인 자신이 쟁점건물을 노인복지시설로 사용·수익한 것은 타인에게 대한 임대용역을 제공한 것이 아니므로 부동산임대업의 일환으로 이루어진 것으로 볼 수 없고, 청구인이 제시하는 판례 등과는 사실관계가 다르다. 따라서 청구인의 경정청구를 거부한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

쟁점건물 일부를 면세전용한 것으로 보아 부가가치세를 과세한 처분의 당부

나. 관련 법령

(1) 부가가치세법

제10조【재화 공급의 특례】① 사업자가 자기의 과세사업과 관련하여 생산하거나 취득한 재화로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 재화(이하 이 조에서 "자기생산ㆍ취득재화"라 한다)를 자기의 면세사업을 위하여 직접 사용하거나 소비하는 것은 재화의 공급으로 본다.

1. 제38조에 따른 매입세액, 그 밖에 이 법 및 다른 법률에 따른 매입세액이 공제된 재화

제26조【재화 또는 용역의 공급에 대한 면세】① 다음 각 호의 재화 또는 용역의 공급에 대하여는 부가가치세를 면제한다.

5. 의료보건 용역(수의사의 용역을 포함한다)으로서 대통령령으로 정하는 것과 혈액

제38조【공제하는 매입세액】① 매출세액에서 공제하는 매입세액은 다음 각 호의 금액을 말한다.

1. 사업자가 자기의 사업을 위하여 사용하였거나 사용할 목적으로 공급받은 재화 또는 용역에 대한 부가가치세액(제52조 제4항에 따라 납부한 부가가치세액을 포함한다)

(2) 부가가치세법 시행령

제35조【면세하는 의료보건 용역의 범위】법 제26조 제1항 제5호에 따른 의료보건 용역은 다음 각 호의 용역(「의료법」또는「수의사법」에 따라 의료기관 또는 동물병원을 개설한 자가 제공하는 것을 포함한다)으로 한다.

14. 「노인장기요양보험법」제2조 제4호에 따른 장기요양기관이 같은 법에 따라 장기요양인정을 받은 자에게 제공하는 신체활동·가사활동의 지원 또는 간병 등의 용역

제66조【감가상각자산 자가공급 등의 공급가액 계산】① 법 제29조 제11항에서 "대통령령으로 정하는 감가상각자산"이란 「소득세법 시행령」제62조 또는 「법인세법 시행령」제24조에 따른 감가상각자산(이하 "감가상각자산"이라 한다)을 말한다.

② 과세사업에 제공한 재화가 감가상각자산에 해당하고, 해당 재화를 법 제10조 제1항·제2항 및 제4항부터 제6항까지의 규정에 따라 공급한 것으로 보는 경우에는 다음 각 호의 계산식에 따라 계산한 금액을 공급가액으로 본다. 이 경우 경과된 과세기간의 수는 법 제5조에 따른 과세기간 단위로 계산하되, 건물 또는 구축물의 경과된 과세기간의 수가 20을 초과할 때에는 20으로, 그 밖의 감가상각자산의 경과된 과세기간의 수가 4를 초과할 때에는 4로 한다.

1. 건물 또는 구축물