가. 인정사실

다음 각 사실은 당사자 사이에 다툼이 없거나 갑 제1호증, 갑 제2호증의 1, 2, 갑 제3호증의 1, 2, 갑 제4호증의 1 내지 3, 갑 제5 내지 9호증, 을 제1, 2호증의 각 기재에 의하여 이를 인정할 수 있다.

"(1) 원고는 1976.12.31. 이전부터 별지 목록 기재 각 부동산(이하이 사건 부동산'이라고만 한다)을 취득하여 소유하여 왔는데, ㅇㅇ위원회는 1996. 10. 21. 기업자인 ㅇㅇ공사(이하공사'라고만 한다)의 신청에 의하여 ㅇㅇ2 ㅇㅇ사업지구에 편입된 이 사건 부동산에 관하여 수용재결일을 1996.11.30.로 하여 수용재결을 하였고, 공사는 1996. 11. 29. 이 사건 부동산의 수용보상금 3,380,147,550원(현금 1,656,000,000원, 유가증권 금1,724,147,550원)을 공탁하였으며, 이 사건 부동산에 관하여 1997. 1. 7. 공사 명의로 소유권이전등기가 경료되었다.",(2) 한편, 원고가 위 수용재결에 불복하여 이의신청을 한 결과 ㅇㅇ위원회는 1997. 4. 18. 이 사건 부동산에 관한 수용보상금 48,847,400원을 증액하는 결정을 하였고, 공사는 같은 해 6. 2. 이를 공탁하였으며, 원고는 같은 해 7. 1. 이를 수령하였다.

(3) 원고는 1997. 1. 20. 피고에게 이 사건 부동산의 양도일을 수용일인 1996. 11. 30.로 보고, 양도소득금액을 금1,652,058,603원으로 계산하여 이를 기초로 그 양도소득세를 금817,029,300원으로 산출한 뒤, 구 조세감면규제법(1993. 12. 31. 법률 제4666호로 개정되기 전의 것) 제57조 제1항, 제88조의2, 구 조세감면규제법(1993.12.31. 법률 제4666호로 개정되어 1994.1.1.부터 시행된 것) 부칙 제16조 제8항, 구 조세감면규제법(1995.12.29. 법률 제5038호로 개정되어 1996.1.1.부터 시행된 것) 부칙 개정조항의 각 규정에 의한 양도소득세 감면의 종합한도액 금 3억 원 등을 공제한 금 465,326,370원을 납부할 세액으로 신고하고, 이에 따라 1997. 1. 31. 및 같은 해 3. 14. 이를 모두 납부하였다.

(4) 그런데 피고는, 이 사건 부동산의 양도시기를 이 사건 부동산에 대한 소유권이전등기가 경료된 1997. 1. 7.로 보고 부과처분을 하였다. 즉, 이 사건 부동산과 원고가 1997. 1. 23. 양도한 ㅇㅇ시 ㅇㅇ동 356 임야 137㎡의 양도로 인한 양도차손 금 127,410원을 이 사건 부동산의 양도차익과 통산하되, 이 사건 부동산의 취득가액은 의제취득일인 1985. 1. 1. 당시의 기준시가로 하여 양도소득금액을 금1,444,809,937원으로 산출하고 이를 기초로 양도소득세액을 산출한 뒤, 구 조세감면규제법(1995. 12. 29. 법률 제5038호로 개정되어 1996. 1. 1.부터 시행된 것) 제63조 제1항 제1호, 제119조 제1항의 각 규정에 의한 양도소득세감면의 종합한도액 금 1억 원 등을 공제하여 총결정세액을 금569,964,600원으로 결정하고, 여기서 원고가 자진 납부한 세액을 공제한 다음, 1998. 12. 3. 원고에 대하여 양도소득세 금 104,638,230원을 추가로 부과・고지하는 이 사건 처분을 하였다.

나. 처분의 특정과 취소청구의 범위

위 처분 경위 사실에 의하면, 이 사건 처분은 1998. 12. 3.자 양도소득세 금569,964,600원(납부세액 금465,326,370원 + 추가고지세액 금104,638,230원, 농어촌특별세 금 60,000,000원 별도)의 부과처분이 되고, 원고는 이 중 자진납부세액을 초과한 부분, 즉 추가고지세액 금 104,638,230원만의 취소를 구하고 있다.

2. 처분의 적법 여부

가. 관련 법령과 이 사건의 쟁점

(1) 구 조세감면규제법(1993. 12. 31. 법률 제4666호로 개정되기 전의 것) 제57조 제1항 제1호, 제88조의2, 구 조세감면규제법(1993.12.31. 법률 제4666호로 개정되어 1994.1.1.부터 시행된 것) 부칙 제16조 제8항, 구 조세감면규제법(1995.12.29. 법률 제5038호로 개정되어 1996.1.1.부터 시행된 것) 부칙 개정조항의 각 규정에 의하면, 1994. 1. 1. 당시 내국인이 15년 이전에 취득한 토지로서 1996. 12. 31. 이전에 공공용지의취득및손실보상에관한특례법이 적용되는 공공사업에 필요한 토지 등을 당해 공공사업의 시행자에게 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 과세연도별로 금 3억 원을 한도로 양도소득세를 감면하는 것으로 규정하고 있고, 구 조세감면규제법 (1997.4.10. 법률 제5319호로 개정되기 전의 것) 제63조 제1항 제1호, 제119조 제1항은 공공용지의취득및손실보상에관한특례법이 적용되는 공공사업에 필요한 토지 등을 당해 공공사업의 시행자에게 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 과세연도별로 금 1억 원을 한도로 양도소득세를 감면하는 것으로 규정하고 있다( 구 조세감면규제법은 1993.12.31. 법률 제4666호로 개정되면서 개정전 제57조 제1항, 제88조의 2에 의한 양도소득세감면의 종합한도를 금 3억 원으로 하는 기한을 1995.12.31.까지로 하였다가 1995.12.29. 법률 제5038호로 개정되면서 위 기한을 1996.12.31.까지로 연장하였다.).

(2) 따라서 이 사건 부동산의 양도시기가 당초의 수용재결에서 정한 수용시기인 1996. 11. 30.이라면 그 양도소득세에 대하여 금 3억 원의 세액이 공제되어야 하고, 그 양도시기가 등기접수일인 1997. 1. 7.이라면 금 1억 원의 세액이 공제되어야 하므로, 이 사건의 쟁점은 이 사건 부동산의 양도시기를 언제로 볼 것인가에 관한 것이다.

나. 판단

"(1) 구 소득세법(1997.12.13. 법률 제5424호로 개정되기 전의 것,이하법'이라고 한다) 제88조 제1항은 양도라 함은 자산에 대한 등기 또는 등록에 관계없이 매도ㆍ교환ㆍ법인에 대한 현물출자 등으로 인하여 그 자산이유상으로 사실상 이전되는 것을 말한다 고 규정하고 있고, 법 제98조는 자산의 양도차익을 계산함에 있어서 그 취득시기 및 양도시기에 관하여는 대통령령으로 정한다 라고 규정하고 있으며, 구 소득세법시행령(1997.10.25. 대통령령 제15500호로 개정되기 전의 것, 이하법시행령'이라고 한다) 제162조 제1항은 법 제98조의 규정에 의한 취득시기 및 양도시기는 다음 각호의 경우를 제외하고는 당해 자산의 대금을 청산한 날로 한다 고 규정하면서, 제2호에서 대금을 청산하기 전에 소유권이전등기(등록 및 명의의 개서를 포함한다)를 한 경우에는 등기부・등록부 또는 명부등에 기재된 등기접수일 이라고 규정하고 있다.",(2) 위 각 규정에 의하면, 법상 양도소득이라 함은 부동산소유권 등 자산의 양도로 인하여 발생하는 소득을 말하고, 여기서 부동산소유권이란 원칙적으로 등기를 마친 법률상의 소유권을 말하되, 법률상으로는 아직 소유권을 취득하지 못하였더라도 유상취득의 경우 그 대가적 급부가 사회통념상 거의 전부 이행되었다고 볼 만한 정도에 이른, 사실상의 소유권도 포함하는 개념이라고 할 것이다(대법원 1993. 4. 27. 선고 92누8934 판결 참조).

한편 법 제98조는 위와 같은 자산의 양도시 양도차익을 계산함에 있어서 자산의 취득시기 및 양도시기에 관하여 대통령령에 포괄적으로 위임하고 있고, 그 위임에 의하여 법시행령 제162조에서 취득시기 또는 양도시기를 규율하고 있는바, 위와 같이 법과 법시행령에서 자산의 취득시기 및 양도시기에 관하여 획일적인 규정을 두고 있는 것은 그 취득시기 및 양도시기가 자산의 양도차익의 계산을 위한 기준시기가 됨은 물론 과세요건 또는 면세요건에 해당하는지 여부를 가리는 기준시기도 되고, 나아가 법령적용의 기준시기도 되는 것이므로 소득의 귀속시기를 획일적으로 정하기 위하여, 민법 등 다른 법률에서 그 자산의 소유권이전시기를 정한 것과는 별도로, 특별히 자산의 취득시기 또는 양도시기에 관한 의제규정을 둔 것이라고 할 것이고, 따라서 법률행위에 의한 소유권의 이전이거나 법률의 규정에 의한 소유권의 이전이거나를 불문하고 위 규정에 의하여 자산의 양도차익의 계산을 위한 취득시기 또는 양도시기가 정하여져야 한다고 할 것이다(대법원 1994.10.25. 선고 94누6154 판결, 1991.11.22. 선고 91누1691 판결 참조).

본건에 돌아와 살피건대, 이 사건 부동산에 대한 수용재결에서 정한 수용시기가 1996.11.30.이고, 그에 따른 이 사건 부동산의 소유권이전등기 접수일이 1997.1.7.이고, 이 사건 부동산에 대한 증액결정된 수용보상금의 공탁시기가 1997.6.2.인 이 사건에 있어서, 이 사건 부동산에 관한 법률의 규정에 의한 소유권이전이 토지수용법 제61조 제1항, 제2항, 제67조 제1항, 제76조의 각 규정에 의하여 이 사건 부동산에 대한 수용재결시의 수용시기인 1996.11.30.에 있었다고 하더라도 양도소득세의 산정을 위한 이 사건 부동산의 양도시기는 법 제98조, 법시행령 제162조 제1항 제2호에서 정하는 바에 따라 이 사건 부동산의 등기부에 기재된 등기접수일인 1997.1.7.이라고 할 것이다(원고는 이 사건 부동산에 대한 수용재결에 관하여 이의를 제기함으로써 수용보상금이 금 48,847,400원 증액되는 대신 양도소득세가 금 104,638,230원 추가로 부과・고지되어 오히려 불리하게 되었으나 법 제98조, 법시행령 제162조의 규정을 양도차익의 계산을 위한 의제규정이라고 해석하는 한 그러한 결과를 용인할 수밖에 없다고 할 것이다).

따라서 이 사건 부동산의 양도시기가 1996.11.30.이므로 그 양도소득에 대하여 금 3억 원의 세액이 공제되어야 함을 전제로 한 원고의 이 사건 청구는 이유없다고 할 것이다.

3. 결론

그렇다면 원고의 이 사건 청구는 이유없어 이를 기각할 것인바, 제1심 판결은 이와 결론을 달리하여 부당하므로 이를 취소하고, 원고의 청구를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.