가. OOO지방국세청장은 청구법인이 2011년 OOO주식회사(이하 “청구외법인”이라 한다)의 발행주식 OOO%를 취득하여 최다출자자에 해당하여 청구법인은 지배기업, 청구외법인은 종속기업이 되는 지배종속 관계의 기업집단에 해당하고, 청구법인의 2012사업연도 매출액 OOO원과 청구외법인의 매출액 OOO원에 지분율OOO을 곱하여 산정한 매출액이 OOO원이므로, 「조세특례제한법 시행령」(이하 “조특법 시행령”이라 한다) 제2조 제1항 단서의 매출액 OOO원을 초과하므로 같은 법 시행령 제2조 제1항 제3호의 실질적 독립성 요건에 위배되어 중소기업에 해당되지 않는다는 내용의 과세자료를 처분청에 통보하였다.

나. 처분청은 OOO지방국세청장의 과세자료에 근거하여, 청구법인이 2012사업연도 법인세 신고시 적용한 중소기업특별세액감면, 기업어음제도 관련 세액공제(농어촌특별세 환급발생), 연구 및 인력개발비 세액공제율, 접대비 한도초과액 등을 재계산하여, 2013.11.14. 청구법인에게 2012사업연도 법인세 OOO원(농어촌특별세 △OOO원)을 경정·고지하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2014.1.13. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

관계기업제도는 규모가 큰 기업으로부터 출자를 받은 다른 중소기업이 현실과 다르게 중소기업의 적용을 받음으로써 초래될 수 있는 자원배분의 왜곡을 방지하고, 나아가 규모 초과 등으로 중소기업에 해당되지 아니하게 된 기업이 무분별한 분할 등으로 중소기업에 안주하는 것을 방지하기 위한 취지에서 도입된 제도로서, 청구법인이 출자한 청구외법인에 중소기업의 적용을 배제하는 것은 별론으로 하고, 청구법인은 이미 2009사업연도 매출액이 OOO을 초과하여 조특법 시행령 제2조 제1항 본문 규정에 근거하여 2009사업연도부터 2012사업연도까지 4년간 유예기간을 적용받은 중소기업이므로, 2012사업연도에 「중소기업법 시행령」제3조 제1항 제2호 다목에 따른 실질적 독립성이 위배되었다 하더라도 기왕에 적용하고 있던 중소기업 유예기간은 계속 적용되어야하는 것이므로 2012사업연도는 중소기업에 해당됨에도 중소기업 유예기간 적용을 배제한 처분은 소급과세에 해당된다.

나. 처분청 의견

청구법인은 2009사업연도 매출액이 OOO원을 초과하여 당해 사업연도인 2009사업연도부터 2012사업연도까지 유예기간이 적용되고, 2012사업연도는 유예기간의 마지막 4년차에 해당하는바, 이 건 과세처분이 부당하다는 청구주장은 조특법 시행령 제2조 제2항 본문 규정에 근거한 것이나, 같은 법 시행령 제2조 제2항 본문 단서 규정에서 각 호의 사유가 발생하는 경우에는 유예기간을 적용하지 않는다고 명백히 규정하고 있고, 청구법인은 제2조 제2항 제3호(제1항 제3호의 규정에 의한 기업 외의 기업에 해당하는 경우 즉, 실질적인 독립성 요건 미충족)에 따라 잔여 유예기간인 2012사업연도는 유예기간이 배제되는 것이므로 소급과세라는 청구법인의 주장은 이유 없고, 「중소기업기본법」상 관계회사 제도는 2009.3.25. 개정으로 관계기업 제도를 도입하여 1년 9개월의 시행유예를 거쳐 2011.1.1.부터 시행되었고, 조특법에서도 중소기업 범위의 일관성 유지를 위해 2010.12.30. 조특법 시행령 제2조 제1항 제3호 개정으로 1년의 시행유예를 거쳐 2012.1.1. 이후 최초로 개시하는 과세연도 분부터 적용(영 부칙 제1조)하도록 개정되었는바, 이런 관계기업 제도도입이 조특법 시행령 제2조 제5항에서 규정하는 유예기간 적용 사유에도 해당되지 않으므로 과세처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

중소기업 적용 유예기간 중 타법인의 주식을 취득하여 「중소기업기본법」제2조 제3호에 따른 관계기업에 해당된다하여 중소기업 유예기간의 적용을 배제하여 과세한 처분의 당부

나. 관련법령

(1) 조세특례제한법 시행령 제2조【중소기업의 범위】①「조세특례제한법」(이하 "법"이라 한다) 제5조 제1항 각 호 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 중소기업"이란 작물재배업, 축산업, 어업, 광업, 제조업(제조업과 유사한 사업으로서 기획재정부령으로 정하는 사업을 포함한다. 이하 같다), 하수·폐기물 처리(재활용을 포함한다)·원료재생 및 환경복원업, 건설업, 도매 및 소매업, 운수업 중 여객운송업, 음식점업, 출판업, 영상·오디오 기록물 제작 및 배급업(비디오물 감상실 운영업은 제외한다), 방송업, 전기통신업, 컴퓨터 프로그래밍·시스템 통합 및 관리업, 정보서비스업, 연구개발업, 광고업, 그 밖의 과학기술서비스업, 포장 및 충전업, 전문디자인업, 전시 및 행사대행업, 창작 및 예술관련 서비스업, 인력공급 및 고용알선업(농업노동자 공급업을 포함한다), 콜센터 및 텔레마케팅 서비스업, 법 제7조 제1항 제1호 커목에 따른 직업기술 분야 학원, 제5조 제6항에 따른 엔지니어링사업, 제5조 제8항에 따른 물류산업, 제6조 제1항에 따른 수탁생산업, 제54조 제1항에 따른 자동차정비공장을 운영하는 사업, 「해운법」에 따른 선박관리업,「의료법」에 따른 의료기관을 운영하는 사업, 「관광진흥법」에 따른 관광사업(카지노, 관광유흥음식점업 및 외국인전용 유흥음식점업은 제외한다), 「노인복지법」에 따른 노인복지시설을 운영하는 사업, 「노인장기요양보험법」제32조에 따른 재가장기요양기관을 운영하는 사업, 「전시산업발전법」에 따른 전시산업, 「에너지이용 합리화법」제25조에 따른 에너지절약전문기업이 하는 사업, 「근로자직업능력 개발법」에 따른 직업능력개발훈련시설을 운영하는 사업, 건물 및 산업설비 청소업, 경비 및 경호 서비스업, 시장조사 및 여론조사업을 주된 사업으로 영위하는 기업으로서 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 기업(이하 "중소기업"이라 한다)을 말한다. 다만, 상시 사용하는 종업원수가 1천명 이상, 자기자본이 1천억원 이상, 매출액이 1천억원 이상 또는 자산총액이 5천억원 이상인 경우에는 중소기업으로 보지 아니한다.

1. 상시 사용하는 종업원수·자본금 또는 매출액이 업종별로 「중소기업기본법 시행령」 별표 1의 규정에 의한 규모기준(이하 이 조에서 "중소기업기준"이라 한다) 이내일 것

3. 실질적인 독립성이 「중소기업기본법 시행령」제3조 제1항 제2호에 적합할 것. 이 경우 「중소기업기본법 시행령」제3조 제1항 제2호 나목에 따른 주식의 소유는 직접소유 및 간접소유(「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」에 따른 집합투자기구를 통하여 간접소유한 경우는 제외한다)를 포함하며, 같은 영 제3조 제1항 제2호 다목을 적용할 때 "별표 1의 기준에 맞지 아니하거나 제1항 제1호 각 목의 어느 하나에 해당하는"은 " 「조세특례제한법 시행령」 제2조 제1항 각 호 외의 부분 단서에 따른 기준에 해당하는"으로 본다.

② 제1항의 규정을 적용함에 있어서 중소기업이 그 규모의 확대 등으로 동항 각호외의 부분 단서에 해당되거나 동항 제1호의 기준을 초과함에 따라 중소기업에 해당하지 아니하게 된 때에는 최초로 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도와 그 다음 3개 과세연도까지는 이를 중소기업으로 보고, 동 기간(이하 이 조에서 "유예기간"이라 한다)이 경과한 후에는 과세연도별로 제1항의 규정에 따라 중소기업 해당여부를 판정한다. 다만, 중소기업이 다음 각 호의 어느 하나의 사유로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우에는 유예기간을 적용하지 아니하고, 제2호에 따른 유예기간 중에 있는 기업에 대해서는 합병일이 속하는 과세연도부터 유예기간을 적용하지 아니한다.

1. 「중소기업기본법」의 규정에 의한 중소기업외의 기업과 합병하는 경우

2. 유예기간중에 있는 기업과 합병하는 경우

3. 제1항 제3호의 규정에 의한 기업외의 기업에 해당되는 경우

4. 창업일이 속하는 과세연도 종료일부터 2년 이내의 과세연도 종료일 현재 중소기업기준을 초과하는 경우

⑤ 제1항을 적용할 때 기업이 「중소기업기본법 시행령」제3조 제1항제2호, 별표 1 및 별표 2의 개정으로 새로이 중소기업에 해당하게 되는 때에는 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도부터 중소기업으로 보고, 중소기업에 해당하지 아니하게 되는 때에는 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도와 그 다음 3개 과세연도까지 중소기업으로 본다.

(2) 중소기업기본법 제2조【중소기업자의 범위】① 중소기업을 육성하기 위한 시책(이하 "중소기업시책"이라 한다)의 대상이 되는 중소기업자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 기업(이하 "중소기업"이라 한다)을 영위하는 자로 한다.

1. 다음 각 목의 요건을 모두 갖추고 영리를 목적으로 사업을 하는 기업

가. 업종별로 상시 근로자 수, 자본금, 매출액 또는 자산총액 등이 대통령령으로 정하는 기준에 맞을 것

나. 지분 소유나 출자 관계 등 소유와 경영의 실질적인 독립성이 대통령령으로 정하는 기준에 맞을 것

2. 「사회적기업 육성법」 제2조 제1호에 따른 사회적기업 중에서 대통령령으로 정하는 사회적기업

② 중소기업은 대통령령으로 정하는 구분기준에 따라 소기업(小企業)과 중기업(中企業)으로 구분한다.

③ 제1항을 적용할 때 중소기업이 그 규모의 확대 등으로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우 그 사유가 발생한 연도의 다음 연도부터 3년간은 중소기업으로 본다. 다만, 중소기업 외의 기업과 합병하거나 그 밖에 대통령령으로 정하는 사유로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우에는 그러하지 아니하다.

④ 중소기업시책별 특성에 따라 특히 필요하다고 인정하면 「중소기업협동조합법」이나 그 밖의 법률에서 정하는 바에 따라 중소기업협동조합이나 그 밖의 법인ㆍ단체 등을 중소기업자로 할 수 있다.

(3) 중소기업기본법 시행령(2011.12.28. 대통령령 제23412호로 개정된 것) 제3조【중소기업의 범위】①「중소기업기본법」(이하 "법"이라 한다) 제2조 제1항 제1호에 따른 중소기업은 다음 각 호의 기준을 모두 갖춘 기업으로 한다.

1. 해당 기업이 영위하는 주된 업종과 해당 기업의 상시 근로자 수, 자본금 또는 매출액의 규모가 별표 1의 기준에 맞는 기업. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 기업은 제외한다.

가. 상시 근로자 수가 1천명 이상인 기업

나. 자산총액이 5천억원 이상인 기업

다. 자기자본이 1천억원 이상인 기업

라. 직전 3개 사업연도의 평균 매출액이 1천5백억원 이상인 기업

2. 소유와 경영의 실질적인 독립성이 다음 각 목의 어느 하나에 해당하지 아니하는 기업

가. 「독점규제 및 공정거래에 관한 법률」 제14조 제1항에 따른 상호출자제한기업집단에 속하는 회사

나. 제1항 제1호 나목에 따른 법인(외국법인을 포함하되, 제3조의2 제2항 각 호의 어느 하나에 해당하는 자는 제외한다)이 주식등의 100분의 30 이상을 직접적 또는 간접적으로 소유한 경우로서 최다출자자인 기업. 이 경우 최다출자자는 해당 기업의 주식등을 소유한 법인 또는 개인으로서 단독으로 또는 다음의 어느 하나에 해당하는 자와 합산하여 해당 기업의 주식등을 가장 많이 소유한 자를 말하며, 주식등의 간접소유 비율에 관하여는 「국제조세조정에 관한 법률 시행령」 제2조 제2항을 준용한다.

1) 주식등을 소유한 자가 법인인 경우 : 그 법인의 임원

2) 주식등을 소유한 자가 1)에 해당하지 아니하는 개인인 경우 : 그 개인의 친족

다. 관계기업에 속하는 기업의 경우에는 제7조의4에 따라 산정한 상시 근로자 수, 자본금, 매출액, 자기자본 또는 자산총액(이하 "상시근로자수등"이라 한다)이 별표 1의 기준에 맞지 아니하거나 제1항제1호 각 목의 어느 하나에 해당하는 기업

제7조의4【관계기업의 상시근로자수등의 산정】① 관계기업에 속하는 지배기업과 종속기업의 상시근로자수등의 산정은 별표 2에 따른다.

② 제1항에 따른 지배기업과 종속기업이 상호간 의결권 있는 주식등을 소유하고 있는 경우에는 그 소유비율 중 많은 비율을 해당 지배기업의 소유 비율로 본다.

③ 제1항에 따른 상시근로자수등은 관계기업에 속하게 된 사업연도의 직전 사업연도의 지배기업과 종속기업의 상시근로자수등에 따른다.

제9조【유예 제외】법 제2조 제3항 단서에서 "그 밖에 대통령령으로 정하는 사유"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유를 말한다.

1. 법 제2조 제3항 본문에 따라 중소기업으로 보는 기간 중에 있는 기업과 중소기업이 합병하는 경우

2. 창업한 중소기업이 창업일이 속하는 달부터 12개월이 되는 달 말일 이전에 별표 1의 기준에 맞지 아니하거나 제3조 제1항 제1호 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우

3.중소기업이 제3조 제1항 제1호 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우

4. 중소기업이제3조 제1항 제2호 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우

부칙(2011.12.28. 대통령령 제23412호로 개정된 것) 제1조【시행일】이 영은 2012년 1월 1일부터 시행한다. 다만, 제3조 제2항, 제10조의2 및 제15조부터 제18조까지의 개정규정은 2012년 1월 26일부터 시행한다.

제3조【중소기업의 범위에 관한 경과조치】이 영 시행당시 종전의 규정에 따라 중소기업에 해당하는 기업이 이 영 시행으로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우에는 2012년 12월 31일까지는 중소기업으로 본다. 다만, 제3조 제1항 제1호 다목 및 라목의 개정규정에 따라 중소기업에 해당하지 아니하게 되는 경우에는 그러하지 아니하다.

다. 사실관계 및 판단

(1) OOO지방국세청장은 청구법인에 대한 2012사업연도 법인세 신고사항에 대한 서면분석을 실시하여 청구법인이 2012사업연도에 중소기업에 해당하지 않고 유예기간이 적용되지 않는 것으로 처분청에 과세자료를 통보하였는바, 처분청의 경정내역은 아래의 〈표1〉과 같고, 청구법인 및 청구외법인의 연도별 매출액은 〈표2〉와 같으며, 과세자료의 주요 내용은 다음과 같다.

OOO

(가) 청구법인은 철강제품 제조업을 영위하는 외부감사대상법인으로 2009사업연도의 매출액이 OOO원을 초과하여 조특법 시행령 제2조 제2항의 규정에 따라 2012사업연도까지 4년간 중소기업 유예기간을 적용받던 중 2011사업연도에 청구외법인의 주식을 OOO% 취득하여 최다출자자이므로 청구법인은 지배기업, 청구외법인은 종속기업이 되는 지배·종속관계의 관계기업(집단)이다.

(나) 청구법인의 2012년 귀속 매출액 OOO원과 종속기업인 청구외법인의 2012년 귀속 매출액 OOO원의 합계는 OOO으로 졸업기준을 초과한다.

(다) 중소기업이 일반적인 사유로 ‘중소기업규모기준’이나 ‘졸업기준’에서 벗어나 중소기업에 해당하지 않는 경우에는 유예기간을 적용하는 것이나, 실질적인 독립성 위반 등 특별한 사유( 조특법 시행령 제2조 제2항 단서 및 제3호)로 졸업기준을 초과하여 중소기업에 해당하지 않는 경우에는 유예기간이 적용되지 않는 것이다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련법령을 종합하여 살피건대, 청구법인은 2009사업연도 매출액이 OOO원을 초과하여 당해 사업연도인 2009년부터 2012사업연도까지 4년간 유예기간이 적용중이므로, 2012사업연도에 대하여 중소기업 유예기간의 적용을 배제하여 과세한 처분이 부당하다는 주장이나, 중소기업이 「중소기업기본법 시행령」제3조 제1항 제2호에 위배되어 실질적 독립성이 없는 기업으로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우에는 중소기업 유예기간을 적용하지 아니하도록 조특법 시행령 제2조 제2항 본문 단서에서 규정하고 있는바, 청구법인은 2009사업연도 매출액이 OOO원 이상인 경우에 해당하여 조특법 시행령 제2조 제2항에 따른 중소기업 유예기간을 적용받던 중 2012사업연도에 청구외법인의 주식을 OOO% 취득하여 관계기업에 해당되고, 2012사업연도는 「중소기업기본법 시행령」제3조 제1항 제2호 다목의 관계기업 기준을 적용하는 경우 조특법 시행령 제2조 제1항제3호의 ‘실질적인 독립성’ 요건을 갖추지 못하게 된 경우에 해당하며, 이 경우 관계기업은 지배기업 또는 종속의 관계에 있는 기업의 집단을 말하는 것인 점 등을 종합하여 볼 때, 2012사업연도에 대해 중소기업 유예를 적용하여야 한다는 청구주장은 받아들이기 어려운 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구의 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」제81조, 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.