가. 청구인은 OOO(이하 “쟁점주택”이라 한다)를 2006.12.8. 취득하여 2017.8.27. 매매대금 OOO원에 매매계약을 체결하고 2017.12.11. 잔금을 수령 후 같은 날 소유권이전등기를 하였다.

나. 청구인은 주택임대업 목적으로 OOO(이하 “쟁점 다세대주택”이라 한다)를 2017.7.18. 매매대금 OOO원에 매수하는 계약을 체결하고, 2017.12.11. 잔금을 지급하였으나 은행대출 문제로 인하여 잔금일자보다 빠른 2017.12.8. 소유권이전등기를 하였다.

다. 청구인은 쟁점주택 양도당시 지정지역내 1세대 3주택 이상 보유자로 판단하고 기본세율에 10% 가산한 세율을 적용하여 2018.2.22. 양도소득세 OOO원을 예정신고ㆍ납부하였으며, 2017년에 쟁점주택 이외에 다른 양도자산이 있어 2018.5.16. 두 자산을 합산하여 확정신고하면서 OOO원을 추가 납부하였다.

라. 청구인은 2019.9.27. 쟁점 다세대주택을 취득하는 과정에서 부득이한 사유로 일시적 다주택자가 되었으므로 중과세율 적용을 배제하여 OOO원을 환급해달라는 취지의 경정청구를 하였으나, 처분청은 지정지역내 1세대 3주택자로 중과세율을 적용한 청구인의 당초 신고가 적정하다고 보아 2019.12.31. 청구인의 경정청구에 대하여 거부통지 하였다.

마. 청구인은 이에 불복하여 2020.3.9. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

(1) 청구인은 쟁점주택을 양도하면서 2017.12.11. 잔금을 받고 같은 날 소유권 이전등기를 하였고, 쟁점 다세대주택의 취득은 부동산 임대업을 승계하는 조건으로 기존 임차인 및 임대사항(보증금, 임대료, 임대료 미수금)에 대하여 잔금일을 기준으로 정산하는 것으로 하여 부동산 매매계약을 체결하고, 거래시기가 연말(당초 계약서상 잔금지급일은 2017.12.15.)이라 대출실행이 많다는 은행 담당직원의 요청을 받아들여 어쩔 수 없이 대출실행을 앞당기기 위하여 부득이 2017.12.8. 소유권이전 등기를 먼저하고, 2017.12.11. 쟁점주택의 양도대금과 대출금 등을 합하여 잔금을 지급하게 되었다.

(2) 쟁점주택은 잔금청산일 기준으로 보면 1세대1주택에 해당하나 등기접수일 기준으로 보면 단 3일 차이로 1세대3주택 이상자가 되어 중과세율로 양도소득세를 부담하여야 하는 불합리한 결과가 초래되었는바, 청구인이 2017.12.11. 잔금을 지급하고 그 날짜를 기준으로 보증금, 임대료, 임대료미수금을 일할 계산하여 정산한 점 등을 감안하면 비록 잔금청산일 전에 등기부등본상 소유권이전 되었다 하더라도 법령의 해석 및 적용에 있어서 그 경제적 실질에 의하여 거래시기 등을 판단하여야 하므로 처분청이 쟁점 다세대주택의 소유권이전 등기일(2017.12.8.)만을 쟁점 다세대주택의 취득시기로 보는 것은 문리적이고 단편적인 법령해석이라 할 것이므로 경제적 실질관계를 고려하여 쟁점 다세대주택의 잔금청산일인 2017.12.11.을 취득시기로 보아야 할 것이다.

(3) 처분청은 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석하여야 하고 합리적 이유없이 확장해석하거나 유추해석 하는 것은 허용되지 아니하므로 중과세 규정을 적용함이 정당하다고 주장하나, 이에 대해서는 엄격해석의 원칙에도 불구하고 법규 상호간 해석을 통하여 그 의미를 명백히 할 필요가 있는 경우에는 조세법률주의가 지향하는 법적 안정성과 예측가능성을 해치지 않는 범위에서 입법 취지 및 목적 등을 고려한 합목적적 해석을 하는 것은 불가피하다고 할 것이므로(대법원 2008.2.15. 선고 2007두4438 판결 등 참조) 관련 규정의 입법취지 등을 고려하여 청구인의 사정을 살펴볼 때 중과세 적용을 배제하는 것이 타당하며, 또한 「소득세법」 제104조 제4항은 부동산 투기를 차단하기 위한 규정으로 청구인의 경우 노후생활을 대비하기 위하여 오랜 교직생활을 하면서 마련한 전 재산으로 쟁점 다세대주택을 취득한 것이므로 부동산 투기목적과는 전혀 관련이 없어 동 법 조항을 적용하기는 어렵다 할 것이다.

(4) 따라서 중과세율의 규정은 주택을 부동산 투기의 수단으로 사용하는 것을 차단하고 투기로 인한 이득을 세금으로 흡수하여 과세형평을 도모하고자 하는 규정으로 보아야 하고, 이러한 입법취지의 관점에서 보면 청구인은 쟁점주택을 양도하고 이주목적의 대체주택을 취득하는 과정에서 부득이하게 3주택 이상을 보유할 수밖에 없었던 사정이 있었으므로 청구인이 중과세율을 적용하여 신고한 것에 대한 경정청구를 거부한 처분청의 당초처분은 부당하여 취소하여야 마땅할 것이다(대법원 2009.12.24. 선고 2009두13788 판결, 조심 2010서3445, 2010.12.29. 같은 뜻).

나. 처분청 의견

(1) 「소득세법」 제98조는 자산의 양도차익을 계산함에 있어 그 취득시기 및 양도시기에 관하여는 대통령령으로 정한다고 규정하고, 같은 법 시행령 제162조 제1항은 ‘법 제98조의 규정에 의한 취득시기 및 양도시기는 다음 각 호의 경우를 제외하고는 당해 자산의 대금을 청산한 날로 한다’라고 규정하면서 제2호에서 ‘대금을 청산하기 전에 소유권이전등기(등록 및 명의의 개서를 포함한다)를 한 경우에는 등기부·등록부 또는 명부 등에 기재된 등기접수일’이라고 규정하고 있는바, 위 규정은 납세자의 자의를 배제하고 과세소득을 획일적으로 파악하여 과세의 공평을 기할 목적으로 소득세법령의 체계 내에서 여러 기준이 되는 자산의 취득시기 및 양도시기를 통일적으로 파악하고 관계 규정들을 모순 없이 해석ㆍ적용하기 위하여 세무계산상 자산의 취득시기 및 양도시기를 의제한 규정(헌법재판소 2009.10.29. 선고 2008헌바137 결정 참조)이라 할 것이므로 쟁점 다세대주택의 등기접수일은 2017.12.8., 잔금청산일은 2017.12.11.인바, 청구인 주장대로 잔금 대출 문제로 부득이하게 먼저 등기를 하였다 하더라도 잔금을 지급하기 전에 소유권이전 등기를 마친 경우에는 ‘소유권 이전 등기접수일’을 취득시기로 보도록 의제하고 있는 관련 소득세법령의 취지에 비추어 볼 때 쟁점 다세대주택의 취득시기는 등기접수일인 2017.12.8.이 되어 쟁점주택 양도 당시(2017.12.11.)를 기준으로 청구인은 1세대3주택 이상 보유자에 해당함이 명백하다 할 것이다.

(2) 청구인은 투기목적으로 쟁점 다세대주택을 취득한 것이 아니므로 중과세율을 적용하는 것은 부당하다고 주장하나, 조세법률주의의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고, 합리적 이유없이 확장해석하거나 유추해석 하는 것은 허용되지 아니하고, 특히 감면요건 규정 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합하는 것이므로(대법원 2004.5.28. 선고 2003두7392 판결 등 참조) 잔금일자나 등기접수일의 불가피한 조정 등으로 일시적 1세대 3주택 이상이 된 경우 이에 대해 중과세율 적용을 배제하고 일반세율을 적용한다는 예외규정이 별도로 존재하지 아니하는 이상 청구인의 주장을 받아들이기 어렵다고 판단된다.

(3) 또한 조세법률주의의 원칙에서 파생되는 엄격해석의 원칙은 과세요건에 해당하는 경우는 물론이고 비과세 및 조세감면요건에 해당하는 경우에도 적용되는 것으로 납세자에게 유리하다고 하여 비과세요건이나 조세감면요건을 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 조세법의 기본이념인 조세공평주의에 반하는 결과를 초래하게 되므로 허용되어서는 아니 된다(대법원 1983.12.27. 선고 83누213 판결, 2003.1.24. 선고 2002두9537 판결 외 다수 참조)할 것이므로 「소득세법 시행령」 제167조의3에서는 중과세율이 적용되는 「소득세법」 제104조 제4항 제1호에서의 “대통령령으로 정하는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택”이란 국내에 주택을 3개 이상 소유하고 있는 1세대가 소유하는 주택으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하지 아니하는 주택을 말한다고 규정하면서 1세대 3주택 이상 중과에서 제외되는 주택을 열거하고 있는바, 조세법규의 엄격해석의 원칙상 관련 소득세법령에서 명시하고 있는 열거된 사유에 해당되는 경우에만 제한적으로 예외를 인정하여야 하고, 청구인처럼 열거된 사유에 해당되지 아니하는 경우에는 중과세율이 적용되어야 마땅하다 할 것이다.

그러므로 청구인이 주장하는 잔금일자 또는 등기접수일의 불가피한 조정 등으로 인한 1세대 3주택의 경우에는 중과세율 적용이 배제되는 사유에 해당하지 않음이 법 규정상 명백함에도 청구인에게만 법령에 규정되어 있지 아니한 사유로 특별히 예외를 인정하여 달라는 것은 조세법의 기본이념인 조세공평주의에 반하는 것이므로 처분청의 당초경정청구 거부처분은 정당하다 할 것이다.

(4) 따라서 청구인이 쟁점주택 양도당시 1세대 3주택 이상을 보유한 사실에 대하여 「소득세법」제104조 제4항 제1호의 규정에 따라 같은 법 제55조 제1항에 따른 세율에 100분의 10을 더한 세율을 적용하여 신고한 내용은 정당하다 할 것이므로 처분청이 일반세율을 적용하여 기 신고한 세액을 환급해 달라는 청구인의 경정청구를 거부한 당초 처분은 정당한 것이다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

청구인이 쟁점주택 양도당시 1세대 3주택 이상을 보유한 것으로 보아 경정청구를 거부한 처분의 당부

나. 관련 법령

(1) 소득세법

제89조(비과세양도소득) ① 다음 각호의 소득에 대해서는 양도소득에 대한 소득세(이하 “양도소득세”라 한다)를 과세하지 아니한다.

3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주택(가액이 대통령령으로 정하는 기준을 초과하는 고가주택은 제외한다)과 이에 딸린 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 대통령령으로 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지(이하 이 조에서 “주택부수토지”라 한다)의 양도로 발생하는 소득

가. 1세대가 1주택을 보유하는 경우로서 대통령령으로 정하는 요건을 충족하는 주택

나. 1세대가 1주택을 양도하기 전에 다른 주택을 대체취득하거나 상속, 동거봉양, 혼인 등으로 인하여 2주택 이상을 보유하는 경우로서 대통령령으로 정하는 주택

제98조(양도 또는 취득의 시기) 자산의 양도차익을 계산할 때 그 취득시기 및 양도시기는 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우 등 대통령령으로 정하는 경우를 제외하고는 해당 자산의 대금을 청산한 날로 한다. 이 경우 자산의 대금에는 해당 자산의 양도에 대한 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액을 양수자가 부담하기로 약정한 경우에는 해당 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액은 제외한다.

제104조(양도소득세의 세율) ④ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 부동산을 양도하는 경우 제55조 제1항에 따른 세율에 100분의 10을 더한 세율을 적용한다. 이 경우 해당 부동산 보유기간이 2년 미만인 경우에는 제55조 제1항에 따른 세율에 100분의 10을 더한 세율을 적용하여 계산한 양도소득 산출세액과 제1항 제2호 또는 제3호의 세율을 적용하여 계산한 양도소득 산출세액 중 큰 세액을 양도소득 산출세액으로 한다.

1. 제104조의2 제2항에 따른 지정지역에 있는 부동산으로서 대통령령으로 정하는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택(이에 딸린 토지를 포함한다. 이하 이 항에서 같다)

제104조의2(지정지역의 운영) ① 기획재정부장관은 해당 지역의 부동산 가격 상승률이 전국 소비자물가 상승률보다 높은 지역으로서 전국 부동산 가격 상승률 등을 고려할 때 그 지역의 부동산 가격이 급등하였거나 급등할 우려가 있는 경우에는 대통령령으로 정하는 기준 및 방법에 따라 그 지역을 지정지역으로 지정할 수 있다.

② 제104조 제4항 제1호부터 제3호까지의 규정에서 "지정지역에 있는 부동산"이란 제1항에 따른 지정지역에 있는 부동산 중 대통령령으로 정하는 부동산을 말한다.

(2) 소득세법 시행령

제162조(양도 또는 취득의 시기) ① 법 제98조 전단에서 “대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우 등 대통령령으로 정하는 경우”란 다음 각 호의 경우를 말한다.

2. 대금을 청산하기 전에 소유권이전등기(등록 및 명의의 개서를 포함한다)를 한 경우에는 등기부·등록부 또는 명부 등에 기재된 등기접수일

제167조의3(1세대 3주택 이상에 해당하는 주택의 범위) ① 법 제104조 제4항 제1호에서 “대통령령으로 정하는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택”이란 국내에 주택을 3개 이상(제1호에 해당하는 주택은 주택의 수를 계산할 때 산입하지 아니한다) 소유하고 있는 1세대가 소유하는 주택으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하지 아니하는 주택을 말한다.

2. 법 제168조에 따른 사업자등록과 「민간임대주택에 관한 특별법」 제5조에 따른 임대사업자 등록(이하 이 조에서 “사업자등록 등”이라 한다)을 한 거주자가 민간임대주택으로 등록하여 임대하는 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주택(이하 이 조에서 “장기임대주택”이라 한다). 다만, 2003년 10월 29일(이하 이 조에서 “기존사업자기준일”이라 한다) 현재 「민간임대주택에 관한 특별법」 제5조에 따른 임대사업자등록을 하였으나 법 제168조에 따른 사업자등록을 하지 아니한 거주자가 2004년 6월 30일까지 동조 동항의 규정에 의한 사업자등록을 한 때에는 「민간임대주택에 관한 특별법」 제5조에 따른 임대사업자등록일에 법 제168조에 따른 사업자등록을 한 것으로 본다.

가. 「민간임대주택에 관한 특별법」 제2조 제3호에 따른 민간매입임대주택을 1호 이상 임대하고 있는 거주자가 5년 이상 임대한 주택으로서 해당 주택 및 이에 부수되는 토지의 기준시가의 합계액이 해당 주택의 임대개시일 당시 6억원(수도권 밖의 지역인 경우에는 3억원)을 초과하지 아니하는 주택

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인은 쟁점주택의 양도와 관련하여 양도소득세 신고서 및 매매계약서를 제출하였는바, 양도소득세 신고서에는 기본세율OOO에 100분의 10의 세율을 더한OOO의 세율을 적용하여 양도소득세를 신고한 것으로 나타나고, 매매계약서에는 총 매매대금이 OOO원, 잔금청산일은 2017.12.11.로 나타난다.

(2) 청구인이 제출한 쟁점주택 매매대금 영수증 및 수표에는 쟁점주택 양수인으로부터 2017.12.11. 잔금을 받은 것으로 나타나고, 쟁점 다세대주택 영수증 및 이체결과확인서에는 2017.12.11. 청구인이 쟁점 다세대주택 양도인에게 잔금을 지급한 것으로 나타난다.

(3) 청구인은 쟁점 다세대주택의 매매계약서를 제출하였는바, 동 계약서에는 총 매매대금이 OOO원, 잔금청산일은 2017.12.15.로 나타나고, 청구인이 제출한 ‘여신거래내역’에는 OOO지점에서 청구인의 배우자 OOO 명의로 2017.12.8. OOO원을 대출받아 2018.3.7. 상환 완료한 것으로 나타난다.

(4) 청구인이 제출한 OOO 발행 ‘임대사업자 등록증’에는 임대물건은 쟁점 다세대주택, 등록일자는 2018.1.3., 임대개시일은 2017.12.27.로 나타난다.

(5) 처분청이 제출한 쟁점주택의 등기부등본에는 2017.12.11. 청구인에서OOO로 소유권이 이전된 것으로 나타나고, 쟁점 다세대주택의 등기부등본에서는 2017.12.8. OOO에서 청구인 앞으로 소유권이 이전된 사실이, 처분청 발급 청구인의 쟁점 다세대주택(OOO) 임대 사업자등록증 사본에는 사업개시일은 2017.11.1., 사업자등록일은 2017.11.6.임이 각각 확인된다.

(6) 처분청은 청구인이 쟁점 다세대주택을 2017.12.8. 소유권이전 등기하면서 쟁점주택 양도일 기준으로 1세대 3주택 이상인 사실을 입증하는 자료로 아래 ＜표＞과 같이 자료를 정리하여 제출하였다.

＜표＞ 쟁점주택 양도당시 청구인이 1세대 3주택이상 보유 현황

(7) 기획재정부공고(제2017-114호, 2017.8.3.)에 의하면 청구인의 쟁점주택(OOO) 및 쟁점 다세대주택(OOO)은 「소득세법」 제104조 제4항 제1호의 규정에 의하여 중과세율이 적용되는 지정지역에 해당하는 것으로 나타난다.

(8) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 자산의 양도 또는 취득시기를 규정하고 있는 「소득세법」 제98조 및 같은 법 시행령 제162조 제1항은 납세자의 자의를 배제하고 과세소득을 획일적으로 파악하여 과세의 공평을 기할 목적으로 소득세법령의 체계 내에서 여러 기준이 되는 자산의 취득시기 및 양도시기를 통일적으로 파악하고 관계 규정들을 모순 없이 해석․적용하기 위하여 세무계산상 자산의 취득시기 및 양도시기를 의제한 규정(헌법재판소 2009.10.29. 선고 2008헌바137 결정 참조)이라 할 것이므로 동 규정에 의하면 쟁점 다세대주택의 취득시기는 소유권이전 등기접수일인 2017.12.8.이라 할 것인바, 비록 쟁점 다세대주택의 은행대출 등 부득이한 사정으로 잔금지급 이전 2017.12.8. 소유권이전등기를 마쳤다 하더라도 이로 인하여 쟁점 다세대주택의 취득시기를 잔금청산일로 볼 것은 아닌 점, 양도소득세 중과세율을 규정하고 있는 「소득세법」 제104조 제4항 및 같은 법 시행령 제167조의3 제1항도 조세법률주의의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고, 합리적 이유없이 확장해석하거나 유추해석 하는 것은 허용되지 아니한다(대법원 2004.5.28. 선고 2003두7392 판결 등 참조)할 것이므로 잔금일자나 등기접수일의 불가피한 조정 등으로 일시적 1세대 3주택 이상이 되었다 하더라도 중과세율 적용을 배제하고 일반세율을 적용할 것은 아니라고 보이는 점 등에 비추어 볼 때 처분청이 청구인의 경정청구를 거분한 당초 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.