가. 청구법인은 1995.4.20. 정밀평판유리의 제조 및 판매를 목적으로 OOO과 OOO(주) 등이 출자하여 설립된 외국인투자기업으로, OOO가 개발한 OOO(이하 “감면사업”이라 한다)에 대해 2005.9.4. 주무부장관으로부터 ｢조세특례제한법｣(이하 “조특법”이라 한다) 제121조의2에 따라 ‘고도기술수반사업을 하기 위한 외국인투자에 대한 법인세 등의 감면’(이하 “외투감면”이라 한다) 승인을 받았다.

나. OOO는 청구법인 설립 당시인 OOO주를 취득하여 총 OOO주의 청구법인 발행주식을 보유하고 있던 중, OOO에게 OOO주 전부를 현물출자하였다OOO.

다. 청구법인은 2006.2.3. 승인받은 감면사업을 영위하기 위해 OOO 및 OOO(주)로부터 OOO의 증자를 받았다OOO.

라. 청구법인은 2007.12.28. 위 감면사업과 관련이 없는 OOO(주)(제조/TV․모니터 유리관련부품, 이하 “OOO”이라 한다)을 흡수합병함에 따라, OOO의 주주인 OOO 및 OOO(주)에게 합병신주를 각 OOO주씩 교부하였다(이로 인해 청구법인에 대한 OOO의 지분율은 합병 전에 비해 소폭 하락하였다).

마. 청구법인은 2006.2.3. 취득한 증자주식분에 대해 법인세 외투감면을 적용받는 사업연도인 2007년～2010년에 발생한 잉여금을 재원으로 하여 2010년 11월부터 2012년 11월까지 총 5회에 걸쳐 합계 OOO원의 배당을 실시하였으며, 그 중 OOO에게는 아래 ＜표2＞와 같이 OOO가 소유한 전체 주식 OOO을 대상으로 하여 총 OOO원의 배당금(이하 “쟁점배당금”이라 한다)을 지급하였다.

바. 청구법인은 쟁점배당금 지급시 구분경리를 통해 산출된 각 사업연도별 감면사업소득비율에 따라 당초 외투기업에 대한 법인세 감면 신고시 적용하였던 감면비율인 총배당금에 잉여금이 발생한 사업연도의 외국인투자비율(이하 “외투비율”이라 한다)을 적용하고, 전체 주식수를 기준으로 하여 외국투자가(OOO)의 감면대상 배당금을 산출OOO하고, 감면 대상이 아닌 배당금(외국투자가가 지급받은 배당금-감면대상 배당금, 이하 “과세대상 배당금”이라 한다)에 대해 원천징수세율 20%를 적용하여 외국투자가의 국내원천소득에 대한 법인(원천)세 합계 OOO원을 신고․납부하였다.

사. 처분청은 ‘외국투자가의 배당소득에 대한 원천징수 적정 여부’ 점검 결과, 청구법인이 2010년부터 2012년까지 OOO에게 지급한 배당금에 대해 배당소득에 대한 감면세액을 계산하면서, 총배당금에 법인세 감면비율[잉여금이 발생한 사업연도(2007～2010)의 외투비율]을 곱하여 배당금을 산정하고, 기존주식OOO과 증자주식OOO을 구분하지 아니하고 전체주식OOO에 대한 배당금을 기준으로 감면사업소득비율 및 법인세 감면율을 반영함으로써 감면대상 배당금이 과다하게 산정되었으며 배당소득에 대한 원천징수세액이 과소신고․납부되었다고 보아, OOO가 실제 지급받은 쟁점배당금 중 증자주식분 OOO에 상당하는 배당금을 기준으로 감면대상 배당금을 산정OOO한 후, 과세대상 배당금에 대해 ｢법인세법｣상 배당소득에 대한 원천징수세율 20%를 적용하여[(총배당금-감면대상 배당금)×20%], 2015.7.15. 청구법인에게 2010～2012사업연도 귀속 법인(원천)세 합계 OOO을 경정․고지하였다.

아. 청구법인은 이에 불복하여 2015.10.5. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 조특법 제121조의2 제2항 외국인투자기업(이하 “외투기업”이라 한다)에 대한 법인세 감면(이하 “제2항” 또는 “외투기업 감면”이라 한다)과 같은 조 제3항 외국투자가에 대한 배당소득세 감면(이하 “제3항” 또는 “외국투자가 감면”이라 한다)은 동일한 외투비율을 적용해서 계산하여야 한다.

(가) 조특법 제121조의2는 제1항에서 외국인투자에 대한 감면이 적용되는 사업의 종류를 열거한 후, 제2항에서 외투기업이 감면사업을 영위함으로써 발생하는 소득에 대한 법인세 감면세액 산정방법을 정하였고, 이어 제3항에서 외국투자가 배당에 대한 법인세 또는 소득세의 감면을 규정하고 있는데, 제3항 외국투자가 감면은 “외투기업의 각 과세연도의 소득에 대하여 제1항에 따른 감면대상사업을 영위함으로써 발생한 소득의 비율에 따라 감면하되, 제2항에 따라 법인세 감면대상세액의 전액이 감면되는 동안은 세액의 전액을, 법인세 감면대상세액의 100분의 50에 상당하는 세액이 감면되는 동안은 100분의 50에 상당하는 세액을 감면한다”고 명시하고 있다.

이와 같이 조특법 제121조의2가 외국인투자에 대해 제1항과 제2항에서 각각 “감면사업의 범위”와 “외투기업의 법인세 감면방법”을 규정한 후, 제3항에서 제1항과 제2항에 따라 감면하도록 하고 있는 전체 조문의 체계상, 제2항 외투기업 감면과 제3항 외국투자가 감면의 외투비율은 달리 적용될 수 없다.

(나) 외투기업이 매 사업연도의 배당가능이익을 외국투자가에게 매년 배당할지 유보하였다가 나중에 배당할지의 여부는 외투기업 및 외국투자가가 자유로이 결정할 부분으로, 외투기업이 배당가능이익을 매년 배당하는 경우와 그렇지 아니한 경우 간 감면세액에 차이가 있어야 할 아무런 법적 근거가 없으며, 예를 들어 잉여금이 창출될 당시에는 외국투자가의 지분이 50%였다가 배당시점에 외국투자가의 지분이 100%가 되었다면, 배당시점을 기준으로 해서 100% 조세감면을 해주어야 한다는 불합리한 결론에 도달한다.

(다) 청구법인과 처분청의 각 방법은 감면규정의 해석에 대한 견해 차이로 인해 감면대상 배당금과 과세대상 배당금의 구분만 달리하는 것일 뿐, OOO가 실제로 지급받은 배당금을 한도로 하고 있다는 점에서, 청구법인의 감면배당금 계산방법에 중대한 오류가 있다는 처분청의 주장은 사실과 다르다.

(라) 청구법인의 방식은 국세청이 발간한 ‘외국인투자법인 납세안내’ 책자 등을 근거로 한 것인바, 이 건 부과처분은 신의칙에 반한다.

법인이 쟁점배당금을 지급하던 시점에 법인세 감면세액의 산정방법은 관련 조특법 규정 및 공제감면세액계산서(4)(별지 제8호 서식 부표4) 서식을 통해 구체적으로 규정되어 있었으나, 외국투자가에게 지급하는 배당소득에 대한 감면에 대해서는 구체적인 서식이나 규정이 없었기에 청구법인은 ‘2004년 외국인투자법인 납세안내’ 책자를 참조하여 OOO에 지급한 배당에 대한 원천징수세액을 산정하였는데, 동 책자에서 제시하고 있는 방법은 배당의 원천이 되는 이익이 발생한 사업연도의 법인세 감면액 산정방식과 유사한 것으로서, 제2항과 제3항의 외투비율이 달라야 한다고 볼 어떠한 근거도 없다.

또한 국세청도 외투감면 규정의 해석과 관련하여 “ 조특법 제121조의2 제3항 규정에 의한 외국투자가가 수취한 배당금에 대한 감면세액 계산시에는 동법의 입법취지에 따라 외투비율을 고려하여 결정되어야 하며, 이때 외국투자가가 취득한 주식 또는 출자지분에서 생긴 배당금이란 감면대상 사업에서 발생한 소득에 대한 배당을 뜻하는 것으로 감면기간 중에 생기는 이익의 배당금 또는 잉여금의 분배금을 말한다(국업 46500-395, 2000.8.22.)”라고 판단함에 따라 감면세액 산정시 외투비율을 고려하여야 한다고 해석했으며, 외투법인이 여러 과세연도에 걸쳐 축적된 소득으로 배당금을 지급하는 경우, 각 과세연도의 배당소득을 계산하는 방법은 세무상 배당가능이익을 선이익·선배당의 원칙에 따라 배분하여야 하고, 외국투자가에게 지급하는 배당에 대한 법인세 또는 감면세액의 계산은 조특법 제121조의2 제3항에 따르는 것으로서, 이 때 적용되는 감면율은 배당소득이 발생한 과세연도의 감면율을 말한다(재국조-69, 2003.11.3. 및 서이 46017-10531, 2002.3.19., 같은 뜻임)”라고 해석함으로써 배당에 대한 원천징수세액 산정시 이익이 발생한 각 사업연도의 감면율이 적용되어야 한다는 점을 명확히 하였다.

(2) 외국투자가가 증자 이전에 취득한 기존주식(OOO주) 및 신규사업에 새로이 투자한 증자주식(OOO주)에 대해 배당금을 수령한 경우 감면사업에서 발생한 소득(잉여금)을 재원으로 배당한 이상, 기존주식(OOO주)에 상당하는 배당금도 포함하여 감면대상 배당금을 산정하여야 한다.

(가) 청구법인은 동 쟁점에 대하여 기획재정부 세제실에 유권해석을 신청하여 청구법인의 계산방식이 타당하다는 회신을 수령하였다OOO

(나) 제3항 외국투자가 감면은 ① 외국투자가가 취득한 주식에서 생기는 배당금, ② 외투기업의 각 과세연도 소득 중 감면사업에서 발생한 소득이 차지하는 비율 및 ③ 제2항에 따른 기간별 감면율(100% 또는 50%)만을 기준으로 감면대상 배당금을 산정하도록 규정하고 있다. 즉, 외국인투자 감면은 첫째, 감면사업에서 발생한 법인소득을 감면하고, 둘째, 감면사업소득을 재원으로 한 배당소득을 감면하는 것 으로 모두 사업기준으로 적용되어야 하는 것이다.

그럼에도 불구하고 주식발행시기라는 임의의 기준을 추가하여 증자사업에서 발생한 소득에 대한 감면을 제한하여야 한다는 처분청의 주장은 부당하다. 청구법인은 기투자 감면기간을 증자에 따른 감면기간까지 확대해 달라는 것이 아니라, 증자사업에서 발생한 소득에 대해서 증자사업 감면기간 내에서 감면을 적용하여 달라고 주장하는 것으로 이러한 주장은 관련 법령에 기초한 정당한 주장이다.

(다) 조특법 제121조의4는 증자방식의 외투감면에 대해서도 제3항 외국투자가 감면 규정을 준용하도록 하고 있는데, 준용은 동일내용을 반복하지 않기 위한 입법기술이지 해석상의 유추적용(類推適用)이 아니므로 제3항의 “외국투자가가 취득한 주식”은 문구 그대로 “외국투자가가 투자를 통해 보유하고 있는 주식”으로 해석하는 것이 문리해석상 타당하다. 따라서, 외투기업이 감면사업에서 발생한 소득을 원천으로 하여 외국투자가에게 배당금을 지급하는 경우, 당해 외국투자가의 주식 또는 출자지분의 취득 시기에 대한 제한 없이 외국투자가가 수령하는 총 배당금을 기준으로 감면대상을 산정하여야 한다.

(라) 외국투자가 감면은 기존 법인에 증자하여 감면을 받는 경우와 신규로 법인을 설립하여 감면을 받는 경우 감면세액이 동일하게 산정되어야 한다.

청구법인의 감면대상 배당금 산정방식은 배당금을 창출한 원천에 기초하여 감면비율을 산정함으로써, 일률적인 방법으로 감면비율을 산정하는 경우 감면사업과 무관한 자본금으로 인해 감면효과가 희석되는 것을 방지하고, 별도의 외투법인을 설립하는 경우에 비해 증자를 하는 경우 외국인투자 감면효과가 낮아지는 것을 방지함으로써 추가적인 법인설립에 따른 비효율을 제거하기 위한 데에 목적이 있는 것으로 쟁점①에서 설명한 외투감면 규정의 입법취지에 더욱 부합하는 방식이다.

이에 비해 처분청의 감면대상 배당금 산정방식은 OOO가 새로운 외투법인을 설립하여 동일한 증자자본금 상당액을 출자하는 경우에는 감면사업에서 발생한 배당소득의 100%OOO를 감면 받는데 반해, 본건과 같이 기존 법인인 청구법인에 증자하는 경우에는 감면사업과 무관한 증자 전 자본금(OOO주)으로 감면효과가 희석되어 감면사업에서 발생한 동일한 배당소득의 86.21%OOO만 감면을 받게 되는 불합리한 결과가 초래된다.

외국인투자에 대한 조세감면은 투자 유치를 위해 기존 내국인 투자 지분을 취득하는 대체투자에 대해서는 적용되지 않으나, 투자방식(증자 또는 신규법인 설립)에 따라 감면효과가 차이가 나지 않도록 기존 법인에 대한 증자방식의 외국인투자와 신규법인 설립방식의 외국인투자에 대해 동일한 감면혜택을 부여하고 있으며, 이와 동일한 취지에서 관련 규정 역시 개정되어 왔다.

특히, 증자분 감면세액 계산방법에 따르면, 기존 법인에 대한 증자를 통하여 감면사업을 영위하는 경우에도 신규로 법인을 설립하여 감면사업을 영위하는 경우와 동일한 법인세 감면혜택을 부여하고 있는바, 이와 동일한 취지에서 증자 후 외국투자가가 수령하는 배당금에 대한 감면분 배당금도 같은 방법에 따라 산정되어야 할 것이다.

(마) 청구법인은 증자사업을 위하여 증자자본금 및 그 이전 청구법인이 보유하고 있던 유보금 등을 구분 없이 투자하였던바, 증자 전후로 모두 50%의 지분율을 유지하고 있었던 외국투자가 OOO는 증자 이후 청구법인의 모든 사업(감면사업, 비감면사업 등)에서 발생하는 잉여금에 대해 50%의 공헌을 한 것으로 볼 수 있다.

따라서, 증자 이후 감면사업에서 발생한 소득에 대한 OOO의 공헌도를 증자시 투자한 자본금의 비율(약 43%)에 국한하는 것은 불합리하며, 이러한 이유로 증자 이후 감면사업에서 발생한 소득을 원천으로 배당금을 지급받는 경우 증자 이전에 투자된 자본금액에 관계없이 그 총액을 기준으로 감면분 배당금을 산정하여야 한다.

(바) 2013.2.23. 신설된 서식인 ＜공제감면세액 및 배당소득세 계산서(조특법 시행규칙 별지 제70호의4)＞를 보더라도, 제2항 감면비율과 제3항 감면비율은 동일해야 함을 알 수 있다.

대통령령 제24368호(2013.2.15.)로 비로소 외국투자가 감면배당금의 구체적인 계산방식이 조특법 시행령 제116조의2 제13항에 반영되었으며 관련 서식도 신설되었는데, 동 서식 작성요령에 따르면 법인세 감면세액을 계산하기 위한 공제감면세액계산서(4)와 동일하게 증자분 감면사업을 그 밖의 사업과 구분경리한 경우에는 각 사업에서 지급한 배당금 별로 각각 서식을 작성하도록 되어 있다.

청구법인은 증자자본금 관련 감면사업과 비감면사업(상품판매 및 전자재료사업)을 각각 영위하고 있으며, 구분경리 관련 규정( 조특법 제143조 및 ｢법인세법｣ 제113조)에 따라 감면사업과 비감면사업을 구분경리한 후, 증자분 감면사업에서 발생한 이익에 대해서만 증자분 감면세액계산방법에 따라 법인세를 감면하고 있다.

따라서 증자분 감면사업에서 발생한 소득을 원천으로 지급되는 배당에 대해서는 외투법인의 법인세 감면과 동일하게 증자자본금을 기준으로 산정된 감면비율에 따라 감면을 적용하여야 하는바, 이와 같은 방법을 통해 배당의 원천을 파악하여 감면사업과 무관한 자본금으로 인한 감면대상세액의 감소효과가 제거된다.

(사) 한편, 조특법 제121조의2 제9항에서는 ｢외국인투자촉진법｣ 제2조 제1항 제8호 사목 또는 같은 법 제6조에 따른 외국인투자를 감면이 배제되는 외국인투자의 유형으로 열거하고 있으나, OOO가 증자 전 보유하고 있던 기존주식은 ｢외국인투자촉진법｣ 제7항에 따라 취득한 주식이므로 감면이 배제되는 외국인투자에 해당하지 않는다.

(아) 청구법인은 과세관청의 공적인 견해표시를 신뢰하여 원천징수세액을 산정하였으므로 이 건 처분은 신의칙에 반한다.

제2항 외투기업 감면과 관련하여 종전까지는 ① 총자본금 감면세액계산방법(전체 감면사업소득 Ⅹ 총자본금 기준 감면비율)만이 허용되었으나, 2008.3.31. ｢법인세법 시행규칙｣ 별지 8호 서식 부표4의 개정으로 증자감면사업과 비감면사업을 구분경리한 경우에는 ② 증자분 감면세액계산방법(증자분 감면사업소득 Ⅹ 증자분 자본금 기준 감면비율)이 추가되어 둘 중 유리한 방법을 선택할 수 있게 되었다.

청구법인은 개정된 증자분 감면세액계산방법에 따라 계산된 2008～2009사업연도 귀속 감면세액을 기준으로 하여 제2항에 따른 법인세를 환급하여 달라는 취지로 OOO에게 법인세 경정청구를 제기하여 법인세를 환급받은 사실이 있고, 2009사업연도 법인세 경정청구 결과가 나오기 전인 2010년 11월 및 2011년 3월 배당금의 경우에는 당초 법인세 신고시 적용하였던 총자본금 감면세액계산방식에 따라 계산된 제2항의 감면비율(43%)에 따라 제3항의 배당감면세액을 산출하여 신고․납부하였으나, 2009사업연도 법인세 경정청구가 받아들여져 환급결정이 나온 이후에는 제2항의 감면비율(50%)과 동일하게 제3항의 감면비율을 적용, 배당감면세액을 재산출하여 OOO에게 법인(원천)세 조정환급을 신청하였으며, OOO은 별도의 보정요구 없이 관할 지방자치단체OOO에게 납세자의 원천징수 수정신고 상황을 통보하였다.

한편, 2010.11.8.부터 2011.4.26.까지 수행된 OOO의 세무조사에서 한․미 조세조약상 15%의 제한세율이 적용되어 부과처분된 원천징수세액에 대해 제기한 심판청구(조심 2012구218, 2014.5.29.)에서도 과세관청은 청구법인의 당초 원천징수세액 산정방법이 타당하다는 공적인 견해를 표명한 바 있다.

즉, OOO에 대한 원천징수 수정신고 상황 통보, OOO의 세무조사와 심판청구 과정에서 과세관청은 청구법인의 당초 법인(원천)세 산정방법을 여러 차례 검토하였으나, 당해 방법에 대해 아무런 이의나 문제를 제기하지 아니하였다가 이제 와서 처분청이 청구법인의 감면배당금 계산방법에 오류가 있다고 주장하는 것은 신의성실의 원칙에 위배된다.

(3) 쟁점배당금 중 과세대상 배당금에 대해 한․미 조세조약에 따른 제한세율 10%를 적용하여야 한다.

(가) 조세조약은 타방체약국의 거주자가 일방체약국 내의 원천으로부터 받은 배당에 일방체약국이 부과할 수 있는 세액의 상한선을 규정한 것에 불과하며, 국내세법 등 기타 요소를 고려하여 어떤 방법으로 제한세율을 적용함으로써 산출세액을 산정하는지에 대해서는 아무런 규정을 두고 있지 아니한바, 쟁점배당금을 감면대상 배당금과 과세대상 배당금으로 구분하여 감면대상 배당금에 대해서는 감면율(100%) 및 ｢법인세법｣상 원천징수세율(20%)을 적용하고 과세대상 배당금에 대해서는 제한세율(10%)을 적용하여 산출한 세액이 조세조약에 규정된 세액의 상한선을 초과하지 아니하므로 청구법인의 세액산정방법은 조세조약에 부합하며 조세법률주의에 반하지 않는다.

(나) 쟁점배당금 지급 당시 조특법 제121조의2 제3항에서는 제1항 및 제2항을 준용하여 외국투자가가 지급받은 배당금에 대한 감면세액을 계산하라는 규정만 두고 있었을 뿐 구체적인 계산방법을 규정하고 있지 않았던 반면, ｢국제조세조정에 관한 법률｣의 기본통칙, 집행규칙, 국세청의 유권해석(서면2팀-1858, 2006.9.20.)과 국세청이 매년 발간하는 ‘외국인투자법인 납세안내’에서는 외국투자가가 취득한 주식 등에서 발생하는 배당소득에 대한 감면세액을 산정하는 경우, 총배당액을 감면대상 배당금과 과세대상 배당금으로 각각 구분한 다음, 각각에 대한 감면 후 세액과 제한세율을 비교하여 적은 금액을 원천징수하도록 일관되게 규정하였는바, “과세표준이 분리 및 축소되거나 감면대상 배당금과 과세대상 배당금에 대한 세율이 달리 적용될 수 없다”는 처분청의 주장은 근거가 없다.

나. 처분청 의견

(1) 외국투자가 감면은 조특법 제121조의2 제3항에 명시된 계산방식에 따라 실제 수령한 배당금을 기준으로 계산하면 족한 것이다.

(가) 제3항은 외국투자가 감면의 계산방식으로 “외국투자가가 취득한 주식 등에서 생기는 배당금에 대한 법인세 또는 소득세는 감면대상이 되는 사업을 함으로써 발생한 소득비율에 따라 감면”하도록 명시하고 있는바, 이에 따라 외국투자가가 실제 수령한 배당금에 대해 감면사업소득비율을 곱하면 되는 것임에도 불구하고, 제2항의 외투기업 감면소득을 계산할 때 적용한 외투비율을 제3항에 차용하는 것은 법적 근거가 없는 것으로 이는 조세법률주의 및 특례규정의 엄격해석 원칙에 명백히 위배된다.

제3항을 보면 “외국투자가가 취득한 주식 또는 출자지분에서 생기는 배당금”을 감면대상으로 규정하면서, 그에 대하여 내국법인의 감면사업소득비율 및 해당 연도 감면율을 반영하여 감면배당금을 산정하도록 명확히 하고 있고, 이는 ｢법인세법｣ 제59조 ‘감면 및 공제세액의 계산’에서 규정하고 있는 감면세액 계산 방식, 즉 “감면 또는 면제되는 세액은 산출세액에 그 감면 또는 면제되는 소득이 과세표준에서 차지하는 비율을 곱하여 산출한 금액으로 한다”는 규정과 일맥상통하는 것으로 지극히 일반적이고 명확한 규정이다. 그럼에도 불구하고, 청구법인은 해당 법문을 벗어나는 자의적 해석을 통해 감면가능 배당금이 실제 수령한 배당금을 초과하게 되는 중대하고 명백한 오류를 범하였음에도 제2항의 감면논리만을 반복적으로 인용하면서 무리한 주장을 펼치고 있다.

(나) 청구법인은 피투자자의 위치에서 감면혜택을 받는 제2항 외투기업 감면과, 투자자의 위치에서 감면혜택을 받는 제3항 외국투자가 감면을 혼동하는 명백한 오류를 범하였다.

외국인투자에 대한 조세지원은 제2항 외투기업 감면과 제3항 외국투자가 감면으로 구분할 수 있고 그 중 제2항에서는 외국인투자를 받아 감면사업을 영위하는 내국법인의 법인세 감면을 규정하면서 외투비율을 고려하도록 명시하고 있는데, 이는 내국법인을 감면 수혜자로 하고 있기 때문이다. 즉, 감면 수혜자가 내국법인인 경우, 해당 법인은 피투자자의 위치에서 감면 혜택을 받는 것이므로 내국법인에 투자된 외국투자금에 대한 조세혜택 부여라는 입법 취지에 부합하기 위해서는 피투자자인 내국법인에 대한 외국투자의 기여도를 측정할 이유가 있는 것이며, 해당 감면 조항에서는 이러한 이유를 반영하여 외투비율을 고려하도록 명시하고 있는 것이다.

그러나, 제3항에서 감면 수혜자는 주주인 외국투자가이며 배당금은 외국투자가가 투자로 취득한 주식에서 생긴 결과물이므로, 이러한 배당금에 외투비율을 별도로 적용하여 감면대상 배당금을 산정할 이유는 없는 것이며 따라서 제3항 본문은 다른 감면 조항과 달리 외투비율의 고려를 명시하고 있지 아니한 것이다.

따라서, 청구주장은 피투자자와 투자자라는 감면 수혜자의 근본적인 차이에서 발생할 수밖에 없는 감면세액 계산방식의 차이에 대한 몰이해 및 이러한 차이를 고려하여 만들어진 법 규정을 벗어나는 주장으로 타당하지 않다.

(다) 배당은 주당 배당률에 따른 이익분배행위이므로 지분율, 즉 외투비율은 배당행위에 의해 이미 자연스럽게 반영되었음에도 불구하고 청구법인은 주주별 배당금을 자의적으로 재구성하려 하고 있다.

제3항은 배당금의 크기에 대해 다만 “외국투자가가 취득한 주식에서 생기는 배당금”으로 규정하고 있는바, 여기에서 배당금은 주식발행법인이 ｢상법｣에 따라 행한 이익배당의 결과물이며, 이익배당은 각 주주가 가진 주식 수를 기준으로 이루어진다.

즉, 이익배당을 회사에 대한 기여도를 기준으로 하는 각 주주에 대한 보상행위라고 볼 때 배당의 기준을 각 주주가 가진 주식의 수에 두는 것은 지극히 당연하고 합리적인 행위라고 할 수 있는바, 조세법에서는 ｢상법｣에 따라 행한 이익배당의 결과물인 배당금에 대하여 그 속에 포함된 감면소득의 크기(총소득 중 감면사업소득이 차지하는 비율) 및 투자기간에 대응하는 감면율(최초 5년간 100%, 이후 2년간 50%)을 고려하여 감면의 범위를 명확히 하고 있는 것이다.

(라) 청구법인은 제3항을 적용하면서 자의적으로 제2항의 계산방식을 차용한 결과, 주주총회 결의에 따라 지분별로 각 주주에게 실제 지급한 배당금의 본질을 왜곡하였다.

감면사업을 영위하는 내국법인이 제2항의 외투기업 감면을 적용받기 위해 감면사업과 비감면사업을 구분경리하였다면 해당 법인의 잉여금도 감면사업소득분과 비감면사업소득분으로 구분되는바, 이러한 잉여금을 재원으로 한 배당에 있어서도 구분 소득별 배분순서에 대한 별도의 규정이 없는 한, 각 주주에 대한 배당금은 감면사업분 잉여금과 비감면사업분 잉여금에서 같은 비율로 배분되는 것이며, 제3항에서 외국투자가가 지급받은 배당금에 내국법인의 감면사업소득비율을 곱하여 감면대상 배당금을 산정하도록 규정하고 있는 것도 이러한 의미로 해석해야 할 것이다.

그러나, 청구법인은 감면사업소득분 잉여금에 실제 배당금 분배율(OOO가 수령한 배당금/총배당금)과 상관없이 잉여금 발생 당시의 외투비율을 곱하여 감면대상 배당금을 산정하였는데 이러한 계산 방식은 법적 근거가 없으며, 특히 청구법인의 경우 우선주 배당률이 보통주 배당률과 달랐기 때문에 주주별 또는 주식 종류별로 차등배당이 이루어졌는바, 잉여금 발생 당시의 외투비율 뿐만 아니라 배당금 지급 당시의 지분율과 실제 배당금 분배율에도 차이가 발생하였는데, 이러한 차등배당의 경우까지 그대로 잉여금 발생 당시의 지분율을 적용함으로써 감면대상 배당금의 크기를 왜곡하였다.

실제로 쟁점배당금 지급에 있어서 각 배당금 지급시기별 OOO의 지분율과 실제 배당금 분배율이 일치하지 않는 것은 청구법인도 스스로 밝히고 있는 것인데, 그럼에도 불구하고 청구법인은 총 배당액에 잉여금 발생 당시의 외투비율(배당시점의 OOO의 지분율과도 불일치)을 적용하여 아래 ＜표3＞과 같이 실제 감면사업 소득분에서 지급받은 배당금보다 감면배당금을 더 많이 산정하는 중대한 오류를 범하였다.

상기와 같이 청구법인이 주장하는 OOO의 감면배당금은 쟁점배당금 중 청구법인의 감면사업소득에서 배분된 배당금(감면대상 배당금)을 초과하고 있는데, 이처럼 청구법인의 감면대상 배당금 산정 방식은 외국투자가가 실제 지급받은 배당금에 내국법인의 감면사업소득비율을 적용하도록 한 제3항 규정에 어긋나는 것으로 조세법률주의에 어긋날 뿐만 아니라, 실제 배분된 주주별 배당금을 왜곡하는 것으로 타당하지 않다.

(2) 청구법인의 기존주식(OOO주)은 이미 감면이 종료된 주식이므로 외국투자가의 전체주식OOO에 대해 받은 배당금 중 기존주식에 상당OOO하는 배당금은 비적격감면배당금으로서 더 이상 감면이 적용되지 아니한다.

(가) OOO가 2005.12.12. OOO의 현물출자로 취득한 기존주식 OOO주는 조특법 제121조의2 제9항 및 ｢외국인투자촉진법｣ 제6조 제1항에 따라 “대한민국국민 또는 대한민국법인이 경영하는 기업이 이미 발행한 기존주식등의 취득에 의한 외국인투자”에 해당하므로 제3항의 감면배당금을 계산하기 이전에 원천적으로 감면이 배제되는 주식에 해당한다.

(나) 청구법인의 방식은 이미 감면기간이 종료된 기존주식분에 대한 감면기간을 부활시키는 것으로 이는 조세법률주의와 특례규정의 엄격해석의 원칙에 정면으로 위배된다.

조세감면결정의 효력은 조세감면 잔여기간 동안만 세액감면을 적용받을 수 있는 것인바(경총 41500-396, 2000.7.7., 같은 뜻임), 기존주식(OOO주)은 이미 1998년부터 2005년까지 8년간 감면을 받아 감면기간이 종료되었다.

내국법인이 증자하는 경우, 당해 증자분에 대한 조세감면에 대해서는 조특법 제121조의2를 준용하는 것이며, 이때 사업개시일은 조특법 제121조의4 제3항에 따라 자본증가에 관한 변경등기를 한 날로 하는 것으로서, 증자분에 대한 감면기간은 기존 투자의 감면기간에 종속되지 않으며 마찬가지로 기존 투자의 감면기간도 증자에 따른 외국인투자에 의해 변경되지 않는다.

즉, 외투법인이 증자를 한 경우에는 각 투자시기별로 감면기간의 기산을 달리하도록 규정함으로써, 증자에 따른 감면기간이 이미 감면을 받아왔던 기투자 감면기간에 종속되어 감면기간이 부당하게 짧아지거나, 기투자 감면기간이 새로이 시작되는 증자에 따른 감면기간에 포함되어 감면기간이 부당하게 길어지는 것을 방지하고 있는데, 청구주장은 기투자 감면기간을 증자에 따른 감면기간까지 확대해 달라는 주장으로 이는 감면기간(5년간 100%, 2년간 50%) 및 증자분 감면방식을 규정한 법문을 무력화시키는 자의적 주장이다.

(다) 조특법 제121조의2 제3항은 외국투자가가 취득한 주식에서 생기는 배당금에 대해 외투기업의 각 과세연도 소득 중 감면사업에서 발생한 소득이 차지하는 비율 및 제2항에 따른 기간별 감면율(5년간 100%, 2년간 50%)을 기준으로 감면대상 배당금을 산정하도록 정하고 있으며, 조특법 제121조의4는 증자방식의 외투감면에 대해서도 ‘그 증자분’에 대해 조특법 제121조의2 제3항을 준용하도록 규정하고 있다.

따라서 이와 같은 조문 문언과 체계상 기존주식(OOO주)에서 생기는 배당금은 제3항에 따라 감면배당금을 산정하고, 증자주식(OOO주)에서 생기는 배당금은 위 규정을 준용하여 별도로 감면배당금을 산정한다고 해석하는 것이 법문에 부합하는 것이며, 주식의 취득 시기에 대한 제한 없이 외국투자가가 수령하는 총배당금을 기준으로 감면대상 배당금을 산정하여야 한다는 청구주장은 법문에 명시적으로 규정된 기간별 감면율을 무시한 것으로 조특법 제121조의2 제3항 후문을 사문화하게 되고, 극단적으로는 외국투자가가 감면기간의 종료시기에 맞춰 소규모 증자만 반복하더라도 감면기간을 무제한으로 연장할 수 있어 일정 기간에 한해 감면을 부여하는 조세특례의 입법취지에도 부합하지 아니하게 된다.

(라) 아울러, 법인세 감면한도 계산시 비적격 외국인투자는 제외되는 취지에 비추어 보아도 비적격 투자주식분 배당금은 감면대상에서 제외하는 것이 타당하다. 즉, 법인세 감면한도 계산시 적용되는 ‘외국인투자누계액’에는 ① 감면기간이 종료된 투자, ② 기존주식 인수 등 감면이 배제되는 투자, ③ 거주자 등의 우회투자, ④ 감면결정을 받지 않은 투자 등이 포함되는데, 자본의 국외유출인 배당에 대해 자본의 국내유입인 투자(증자) 이상의 혜택을 부여할 이유가 없다는 측면에서도 비적격 투자주식분인 ‘감면기간이 종료된 투자주식분’은 감면대상에서 배제하는 것이 합리적이다.

(마) 신규투자와 증자투자 간 조세중립성이 훼손된다는 청구주장은 다음과 같은 이유로 타당하지 아니하다.

첫째, 별도의 내국법인을 설립하는 경우, 기존에 투자한 내국법인과 신설 내국법인은 별개의 회사이므로 신설 내국법인에서 발생한 잉여금을 기존 내국법인에 분배할 이유가 없으며, 기존에 투자한 내국법인에 증자하는 경우와 제반 상황이 상이하여(자본금 규모의 차이, 새로운 내국법인 설립시 기존 내국법인의 사업용 자산을 사용할 수 없게 되는 점 등 위험부담이 커지게 됨) 두 가지 경우에 동일한 수준의 잉여금이 발생한다는 기대를 갖기 어렵다.

둘째, 설령 이러한 차이를 무시한 채 동일한 수준의 배당금이 각각의 자본금에 배분된다는 가정을 한다고 하더라도, 두 가지 경우에 모두 기존 자본금과 증자 자본금은 각각에 고유의 감면기간이 존재하는 것이며 그에 따라 각각의 해당 연도 감면율이 적용되는 것에는 차이가 없다.

따라서 처분청 방식에 따를 경우 기존 내국법인에 증자하는 방식의 투자는 감면효과가 희석되는 것이 아니며, 별도의 내국법인을 신설하는 경우와 동일하게 각각의 자본금에 대해 법에서 정해진 기간 동안의 감면혜택이 유지되는 것으로, 외투기업과 외국투자가는 각각 피투자자와 투자자의 위치에서 감면혜택을 받는 것이고 이러한 감면수혜자의 차이는 감면세액 계산 구조에 근본적인 차이를 발생시키는 것인데, 이러한 차이를 무시한 채 제3항 외국투자가 감면에 제2항 외투기업 감면 논리를 억지로 끼워 맞추는 것은 논리적으로도 타당하지 아니하다.

(바) 제2항 외투기업 감면 관련 서식 개정으로 인해 제3항 외국투자가 감면의 계산방식이 달라질 수 없다.

2008.3.31. ｢법인세법 시행규칙｣ 별지 제8호 서식 부표4가 개정되면서 제2항 외투기업 감면과 관련하여 증자분 감면대상사업만을 기준으로 하는 ‘증자분 감면세액계산방법’이 추가되었고, ‘증자분 감면세액계산방법’과 ‘총자본금 감면세액계산방법’ 중 납세자가 하나의 방법을 선택하여 감면세액을 계산할 수 있도록 개정되었다.

즉, ｢법인세법｣ 서식 개정은 제2항을 적용받는 외투기업이 증자한 경우 법인세 감면세액을 계산할 때 종전처럼 총자본금을 기준으로 안분하지 아니하고 증자분 감면대상사업만을 기준으로 감면세액을 계산할 수 있도록 계산방법을 추가한 것뿐이므로, 이는 제2항 외투기업 감면에 한하여 적용되는 것이며, 제3항 외국투자가 감면에 대해 기존에 감면이 진행 중이거나 또는 이미 종료된 자본금의 감면기간을 새로운 증자금의 감면기간에 맞추어 연장하도록 변경한 것이 아니다.

따라서 제2항 관련 서식 개정 전후로 제3항 관련 외국투자가 감면에 적용되는 감면율이 변동될 이유가 없음에도, 청구법인은 2007사업연도까지 발생한 잉여금의 배당에 대해서는 처분청과 동일한 방식의 감면율OOO을 적용하다가, 2008년 이후 사업연도에서 발생한 잉여금의 배당에서는 제2항 관련 서식이 개정되었다는 이유로 감면율OOO로 변경하여 적용하는 오류를 범하였다.

이는 제2항 법인세 감면세액 계산방식 변경을 자의적으로 제3항 배당세액 감면계산에 차용한 것이며 그로 인해 OOO가 OOO로부터 2005.12.12. 현물출자받은 기존주식 OOO주에 대한 감면기간까지 부활시키고 있는데, 이는 법적 근거가 없을 뿐만 아니라 외국투자가에게 일정 기간에 한해 조세혜택을 부여하고자 하는 해당 감면조항의 입법취지에도 반하는 것으로 타당하지 않다.

(사) 처분청은 쟁점배당금 지급시기에 시행되던 제3항에 근거하여 이 사건 부과처분을 하였으며, 해당 법령에 근거한 이 사건 부과처분의 적법성을 앞서 설명하였다. 그럼에도 불구하고 청구법인은 쟁점배당금 지급시기 이후에 신설된 서식(조특법 시행규칙 별지 제70호의4 ‘공제감면세액 및 배당소득세 계산서’, 2013.2.23. 신설)의 작성요령 일부를 인용하면서 자신의 주장을 뒷받침하려 하고 있는데, 이는 조세법률주의 원칙에 위배되는 것으로 타당하지 않다.

또한, 시행규칙 서식이 법률 규정과 상충되는 경우 법률을 우선 적용하여야 하는바, 2013.2.23. 서식 신설에도 불구하고 배당금 감면에 관한 조세특례제한법제121조의2 제3항, 제121조의4 제1항 조문은 전혀 변경된 바가 없다는 점에서 서식 신설 이후에도 여전히 법조문에 부합하도록 계산함이 마땅하며, 처분청은 동 서식이 조세법률주의에 위배되어 무효이므로 삭제할 것을 이미 기획재정부에 건의한 바 있다.

(아) 원천세 감액 수정신고를 통한 조정환급은 일반적인 경정청구에 의한 환급과는 달리 과세관청의 사전 검토를 통해 환급되는 것이 아니며, 설령 청구법인의 원천세 감액 수정신고에 대하여 관할세무서의 검토를 거친 후 환급이 이루어졌고 조사 당시 청구법인의 감면배당금 계산 방식에 대한 검토가 이루어졌다고 할지라도, 과세관청은 납세의무자의 법인세 신고 내용이나 과세처분에 오류 또는 탈루가 있는 경우 부과권의 제척기간 등 장애 사유가 없는 한 횟수에 제한 없이 이를 시정하기 위한 경정처분을 할 수 있는바, 이러한 처분은 신의성실의 원칙에 위배되지 아니한다(대법원 1992.7.28. 선고 91누10732 판결, 같은 뜻임).

(3) 제한세율은 쟁점배당금 총액에 대해 적용하여야 한다.

(가) 한․미 조세조약 제12조에서는 배당소득에 대해 소득 원천지국에 과세권을 부여하면서 “총배당액의 15% 또는 10%”로 제한세율을 적용하도록 규정하고 있을 뿐이며, 소득 원천지국에서 해당 배당금에 대한 세액계산 목적으로 구분한 소득별로 각각 제한세율을 적용한다고는 규정하고 있지 아니하므로 쟁점배당금을 감면대상 배당금과 과세대상 배당금으로 구분하여 제한세율을 적용하여야 한다는 청구법인의 주장은 조세조약에 규정되지 않은 내용으로 조세법률주의에 부합하지 아니한다.

(나) 청구법인은 국세청의 유권해석(서면2팀-1858, 2006.9.20.) 등을 근거로 제한세율 적용방법을 청구주장과 같이 하여 줄 것을 주장하고 있는데, 또 다른 유권해석에서는 청구주장과 상반되는 해석(제도46017-11837, 2001.7.2.)을 하고 있다. 즉, 유권해석은 법적 효력이 없어 법원이나 납세의무자를 구속할 근거로 삼을 수 없음은 별론으로 하더라도, 동일한 법령의 적용에 있어서 상반된 유권해석이 존재한다면 그러한 해석을 기준으로 삼을 수는 없을 것이며, 국세청 발간 해설서에 해석내용이 잘못 기재되어 있다 하더라도 과세관청이 법령을 해석하는 과정에서 발생한 단순한 착오에 불과할 뿐 그 부분에 관하여 과세할 수 있음을 알면서도 특별한 사정에 의하여 과세하지 않는다는 의사가 표시된 것이 아니므로(대법원 2013.1.24. 선고 2012두20199 판결, 같은 뜻임), 잘못된 해석내용이 납세자 자신에게 유리하다고 하여 해당 법령의 규정과 상반된 해석을 따를 수는 없는 것이다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

① 조특법 제121조의2 제3항에 따라 외국투자가 배당금에 대한 감면세액 계산시 “외국투자가가 취득한 주식에서 생기는 배당금은 외투법인이 지급한 총배당금에 배당의 재원이 되는 잉여금 발생당시의 외투비율을 곱하여 산정하여야 한다”는 청구주장의 당부

② 감면이 종료된 사업에 투자한 기존주식(OOO주)과 신규 감면사업에 투자한 증자주식(OOO주)을 보유하고 있던 외국투자가가 신규 감면사업에서 발생한 잉여금을 재원으로 하여 배당을 받은 경우, 전체 주식에 대한 배당금OOO을 기준으로 감면대상 배당금을 산정하여야 하는지, 증자주식에 대한 배당금OOO을 기준으로 감면대상 배당금을 산정하여야 하는지 여부

③ 쟁점배당금 중 감면대상 배당금은 제외하고 과세대상 배당금에 대해서만 제한세율을 적용하여야 한다는 청구주장의 당부

나. 관련 법령 등

(1) 조세특례제한법(2013.1.1. 법률 제11614호로 개정되기 전의 것)

제121조의2【외국인투자에 대한 법인세 등의 감면】① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사업을 하기 위한 외국인투자(｢외국인투자촉진법｣ 제2조 제1항 제4호에 따른 외국인투자를 말한다. 이하 이 장에서 같다)로서 대통령령으로 정하는 기준에 해당하는 외국인투자에 대해서는 제2항부터 제5항까지 및 제12항에 따라 법인세, 소득세, 취득세, 등록세 및 재산세를 각각 감면한다.

1. 국내산업의 국제경쟁력 강화에 긴요한 사업으로서 ｢외국인투자촉진법｣ 제27조에 따른 외국인투자위원회의 심의를 거쳐 정하는 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 사업

가. 산업지원서비스업 : 부가가치가 높고 제조업지원 등 다른 산업의 발전을 지원하는 효과가 큰 서비스업

나. 고도의 기술을 수반하는 사업 : 국내에서의 개발수준이 낮거나 개발이 되지 아니한 기술을 수반하는 사업

② ｢외국인투자촉진법｣ 제2조 제1항 제6호에 따른 외국인투자기업(이하 이 장에서 "외국인투자기업"이라 한다)에 대한 법인세 또는 소득세는 제1항에 따라 감면대상이 되는 사업을 함으로써 발생한 소득에 대해서만 감면하되, 그 사업을 개시한 후 해당 사업에서 최초로 소득이 발생한 과세연도(사업개시일부터 5년이 되는 날이 속하는 과세연도까지 해당 사업에서 소득이 발생하지 아니한 경우에는 5년이 되는 날이 속하는 과세연도)의 개시일부터 5년 이내에 끝나는 과세연도에는 해당 사업소득에 대한 법인세 또는 소득세 상당금액(총산출세액에 제1항 각 호의 사업을 함으로써 발생한 소득이 총과세표준에서 차지하는 비율을 곱한 금액을 말한다)에 외국인투자비율(외국인투자기업이 발행한 주식의 종류 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 외국인투자비율을 말한다. 이하 이 장에서 같다)을 곱한 금액(이하 이 항, 제12항 제1호ㆍ제2호 및 제121조의4 제4항에서 "감면대상세액"이라 한다)의 전액을, 그 다음 2년 이내에 끝나는 과세연도에는 감면대상세액의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면한다. (중략) 이 경우 감면대상세액을 산정할 때 외국인투자기업이 감면기간 중에 내국법인(감면기간 중인 외국인투자기업은 제외한다)과 합병하여 해당 합병법인의 외국인투자비율이 감소한 경우에는 합병 전 외국인투자기업의 외국인투자비율을 적용한다.

③ ｢외국인투자촉진법｣ 제2조 제1항 제5호에 따른 외국투자가(이하 이 장에서 "외국투자가"라 한다)가 취득한 주식 또는 출자지분(이하 이 장에서 "주식등"이라 한다)에서 생기는 배당금에 대한 법인세 또는 소득세는 해당 외국인투자기업의 각 과세연도의 소득에 대하여 그 기업이 제1항에 따라 법인세 또는 소득세 감면대상이 되는 사업을 함으로써 발생한 소득의 비율에 따라 감면하되, 제2항에 따라 법인세 또는 소득세의 감면대상세액의 전액이 감면되는 동안은 세액의 전액을, 법인세 또는 소득세 감면대상세액의 100분의 50에 상당하는 세액이 감면되는 동안은 100분의 50에 상당하는 세액을 감면한다.

⑨ ｢외국인투자촉진법｣ 제2조 제1항 제8호 사목 또는 같은 법 제6조에 따른 외국인투자에 대해서는 제2항부터 제5항까지 및 제12항을 적용하지 아니한다.

제121조의4【증자의 조세감면】① 외국인투자기업이 증자하는 경우에 그 증자분에 대한 조세감면에 대해서는 제121조의2 및 제121조의3을 준용한다. (후단 생략)

③ 제1항을 적용할 때 사업개시일은 자본증가에 관한 변경등기를 한 날로 한다.

④ 제1항에 따라 외국인투자기업에 대한 감면대상세액을 계산하는 경우 제121조의2에 따른 감면기간이 종료된 사업의 사업용 고정자산을 제1항에 따른 증자분에 대한 조세감면을 받는 사업(이하 이 항에서 "증자분사업"이라 한다)에 계속 사용하는 경우 등 대통령령으로 정하는 사유가 있는 경우에는 다음 계산식에 따라 계산한 금액을 증자분사업에 대한 감면대상세액으로 한다.