[서울행정법원2006구합27618 (2007.04.18)]

2. 피고가 원고에 대하여 한

가. 2006. 8. 8. 1997 사업연도 법인세 1,501,012,629원의 부과처분 중 591,116,400원을 초과하는 부분을 취소하고.

나. 2004. 3. 26. 1998 사업연도 법인세 104,910,957원의 부과처분 중 23,639,222원을 초과하는 부분을 취소한다.

3. 원고의 나머지 청구를 기각한다.

4. 소송비용은 이를 3분하여 그 2는 원고가, 나머지는 피고가 각 부담한다.

다음 각 사실은 당사자 사이에 다툼이 없거나, 감1호증의 1 내지 갑11호증, 갑13호증의 1 내지 갑18호증의 7, 을1호증의 1 내지 을3호증의 6, 을6호증의 1 내지 을 18호증의 3의 각 기재에 변론 전체의 취지을 종합하면 인정할 수 있다.

가. 원고에 대한 특별세무조사의 실시와 2003. 2. 3.자 법인세 부과처분 및 2003. 5. 1.자 원천징수 근로소득세 부과처분

(1) 특별세무조사의 실시

○○지방국세청장은 2002. 6. 20.부터 2002. 12. 31.까지 원고에 대하여 특별세무조사를 실시하였는데, 그 세무조사결과 원고가 1997년도 기말재고를 재고조사표 현황표에 의한 수량과 장부상 수량 차이인 1,241,071,732원 만큼 과소계상하였고, 아래 <표1>에서 보는 바와 같이 1998∼2001 사업연도에 가지급금 가공반제(返濟), 가수금 가공불입(拂入), 관계회사 대여금 가공회수 등을 통하여 가공매출원가 합계 5,765,421,564원을 계상하고 1998 사업연도에 61,055,735원의 매출을 누락하였다고 판단하여 관할세무서인 피고에게 각 사업연도별로 손금불산입 및 대표자 상여처분을 하도록 통지하였다.

<표 1>

사업연도

계정과목

2003. 2. 3.자

법인세 부과처분

2003. 5. 1.자

원천징수 근로

소득세 부과처분

기말재고누락

가공매출원가

매출누락

전기가공원가

1997

1,241,071,732

61,055,735

591,116,401

1998

2,330,567,904

478,706,789

1,034,538,400

1999

2,135,446,672

79,168,364

633,941,850

924,416,534

2000

479,499,387

893,866,941

589,138,511

195,201,160

2001

819,907,601

309,047,029

326,446,283

합계

1,241,071,732

5,765,421,564

61,055,735

973,035,305

2,601,950,580

2,480,602,377

1) 전기에 가공매출원가 중 기말재고계상액 부분을 손금산입하고 유보처분하였다가, 당기에 기초재고가 증가된 것으로 보아 손금불산입된 부분을 말한다.

2) 당초 ○○지방국세청은 1998년도 매출누락액을 61,055,735원으로 판단하였으나, 피고는 아래에서 보는 바와 같이 2003. 2. 3.자 법인세부과처분 당시 매출누락액을 55,055,735원으로 인정하여 법인세를 산정하였다.

(2) 2003. 2. 3.자 법인세 부과처분

이에 따라 피고는 2003. 2 .3. 다음과 같은 세무조정을 하고, 원고에게 위 <표 1>에서 보는 바와 같이 1997∼2001 사업연도 법인세 부과처분을 하였다.

(가) 1997년도 : 기말재고 누락분 1,241,071,732원을 손금불산입하고 유보로 처분 하였다.

(나) 1998년도 : 가공매출원가 2,330,567,904원, 매출누락분 55,055,735원을 손금불산입 및 익금산입하고 대표자 상여로 처분하고, 전기 기말재고 누락분 1,241,071,732원, 가공매출원가 중 기말재고계상분 79,168,364원, 매출누락분 부가가치세 5,005,066원을 손금산입 및 익금불산입하고 유보로 처분하였다.

(다) 1999년도 : 가공매출원가 2,135,446,672원을 손금불산입하고 유보로 처분하며, 가공매출원가 중 기말재고계상분 893,866,941원을 손금산입하고 유보로 처분하였다.

(라) 2000년도 : 가공매출원가 479,499,387원을 손금불산입하고 대표자 상여로 처분하고, 전기 가공매출원가 중 기말재고계상분 893,866,941원을 손금불산입하고 유보로 처분하였다.

(마) 2001년도 : 가공매출원가 819,907,601원을 손금불산입하고 대표자 상여로 처분하였다.

(3) 2003. 5. 1.자 원천징수 근로소득세 부과처분

피고는 2003. 5. 1. 위에서 본 바와 같이 1998∼2001 사업연도 각 가공매출원가를 대표자 상여로 처분하고 <표 1>에서 보는바와 같이 1998∼2001년도 귀속 원천징수 근로소득세 부과처분을 하였다.

나. ○○지방국세청의 재조사결정과 2004. 3. 26.자 법인세 부과처분, 2005. 3. 24.자 법인세 부과처분 및 2004. 3. 26.자 원천징수 근로소득세 부과처분, 2005. 9. 9.자 원천징수 근로소득세 부과처분

(1) 원고는 2003. 4. 8. ○○지방국세청에게 1998년부터 2001년까지 각 사업연도 법인세 부과처분에 대한 이의신청을 하였고, ○○지방국세청은 2003. 11. 20. 가공매출원가를 전액 대표자 상여처분으로 한 것이 적정한지 여부와 1998년도 2000년도까지의 매출원가로 계상될 1997년도의 장부외 기말재고액이 존재하는지 여부 및 가공매입액을 장부에 계상하면서 상품을 어떻게 처리하였는지 등을 재조사하라고 결정하였다.

(2) 피고는 ○○지방국세청의 재조사결정에 따라 재조사를 실시하여 가공매출원가에 대한 대표자 상여처분을 아래 <표 2>에서 보는 바와 같이 대표이사 가지급금 4,762,006,564원과 관계회사인 주식회사 ○○전자에 대한 가지급금 1,003,415,000원으로 나누어 유보로 소득처분을 변경하고, 이에 따라 증가된 가지급금에 대하여 인정이자(수입이자)를 계산하여 이를 익금산입하고 위 가지급금을 업무무관 가지급금으로 보아 해당 지급이자를 손금불산입하기로 결정하고, 아래의 2004. 3. 26.자 법인세 부과처분, 2005. 3. 24.자 법인세 부과처분 및 2004. 3. 26.자 원천징수 근로소득세 부과처분, 2005. 9. 9.자 원천징수 근로소득세 부과처분을 하였다.

<표 2>

1998년도

1999년도

2000년도

2001년도

계

대표이사 가지급금

2,330,567,904

1,132,031,672

479,499,387

819,907,601

4,762,006,564

관계회사 가지급금

1,003,415,000

1,003,415,000

(3) 2004. 3. 26.자 법인세 부과처분(증액결정)

피고는 2004. 3. 26. 1998 사업연도 귀속 소득금액에 대하여 당초 대표자 상여로 처분하였던 가공매출원가 2,330,567,904원에 대하여 유보로 처분을 변경하고, 증가된 대표이사 가지급금 2,330,567,904원에 대한 인정이자(수입이자) 230,867,649원을 익금산입하고 대표자 상여로 처분하고, 업무무관 가지급금 관련 지급이자 249,227,645원을 손금불산입하고 기타 사외유출로 처분하는 세무조정을 하고, 원고에게 1998 사업연도 법인세를 231,173,567원 증액하는 처분을 하였다.

(4) 2005. 3. 24.자 법인세 부과처분(증액결정)

피고는 2005. 3. 24. 아래와 같은 1999∼2002 사업연도 법인세 부과처분을 하였다.

(가) 1999년도 : 당초 대표자 상여로 처분하였던 가공매출원가 2,135,446,672원(=1,132,031,672원+1,003,415,000원)에 대하여 유보로 처분을 변경하고, 증가된 대표이사 가지급금에 대한 인정이자(수입이자) 304,196,506원을 추가로 익금산입하고 대표자 상여로 처분하고, 관계회사 가지급금에 대한 인정이자(수입이자) 111,628,217원을 익금산입하여 기타 사외유출로 처분하며, 업무무관 가지급금 관련 지급이자 77,572,384원을 손금불산입하고 기타 사외유출로 처분하는 세무조정을 하고, 원고에게 1999 사업연도 법인세를 289,196,123원 증액하는 처분을 하였다.

(나) 2000년도 : 당초 대표자 상여로 처분하였던 가공매출원가 479,499,387원에 대하여 유보로 처분을 변경하고, 증가된 대표이사 가지급금에 대한 인정이자(수입이자) 419,418,578원을 추가로 익금산입하고 대표자 상여로 처분하고, 관계회사 가지급금에 대한 인정이자(수입이자) 110,375,626원을 익금산입하여 기타 사외유출로 처분하며, 업무무관 가지급금 관련 지급이자 81,119,238원을 손금불산입하고 기타 사외유출로 처분하는 세무조정을 하고, 원고에게 2000 사업연도 법인세를 327,265,170원 증액하는 처분을 하였다.

(다) 2001년도 : 당초 대표자 상여로 처분하였던 가공매출원가 819,907,601원에 대하여 유보로 처분을 변경하고, 증가된 대표이사 가지급금에 대한 인정이자(수입이자) 483,090,768원을 익금산입하고 대표자 상여로 처분하고, 관계회사 가지급금에 대한 인정이자(수입이자) 110,375,626원을 익금산입하여 기타 사외유출로 처분하며, 업무무관 가지급금 관련 지급이자 69,055,170원을 손금불산입하고 기타 사외유출로 처분하는 세무조정을 하고, 원고에게 2001 사업연도 법인세를 321,408,621원 증액하는 처분을 하였다.

(라) 2002년도 : 증가된 대표이사 가지급금에 대한 인정이자(수입이자)422,268,603원을 익금산입하고 대표자 상여로 처분하고, 업무무관 가지급금 관련 지급이자 66,451,206원을 추가고 손금불산입하고 기타 사외유출로 처분하는 세무조정을 하고, 원고에게 2002 사업연도 법인세를 158,407,958원 증액하는 처분을 하였다.

(5) 2004. 3. 26.자 원천징수 근로소득세 부과처분(감액결정)

피고는 2004. 3. 26. 위에서 본 바와 같이 당초 대표자 상여로 처분하였던 1998∼2001년도 가공매출원가에 대하여 유보로 처분을 변경하고, 각 사업연도에 증가된 대표이사 가지급금에 대한 인정이자(수입이자)를 익금산입하고 대표자 상여로 처분하고, 1998∼2001년도 귀속 원천징수 근로소득세를 1998년도 86,445,764원, 1999년도 118,402,240원, 2000년도 169,099,920원, 2001년도 182,198,038원으로 감액하는 부과처분을 하였다.

(6) 2005. 9. 9.자 원천징수 근로소득세 부과처분

피고는 2005. 9. 9. 2002년도 증가된 대표이사 가지급금에 대한 인정이자(수입이자)를 익금산입하고 대표자 상여로 처분하고, 2002년도 귀속 원천징수 근로소득세 144,540,683원의 부과처분을 하였다.

다. 2005. 12. 5.자 부과처분(감액결정)

피고는 2005. 12. 5. 직권으로 아래와 같은 1998, 2000, 2002 사업연도 소득에 대한 세무조정을 하고, 그 법인세에 대하여 감액결정을 하였다.

(1) 1998년도 : 당초 매출누락분 55,055,735원에 대하여 익금산입 및 대표자 상여처분을 하였던 것을 거래처의 확인으로 매출 52,085,735원에 대하여만 익금산입하고 기타 사외유출로 처분하는 것으로 변경하고, 업무무관 가지급금 관련 지급이자

249,227,645원을 할인료 등 과소차감을 이유로 246,316,700원으로 변경하는 것으로 세무조정하고, 1998 사업연도 법인세를 252,153,045원 감액하는 조정을 하였다.

(2) 2000년도 : 업무무관 가지급금 관련 지급이자 80,119,038원을 할인료 등 과소차감을 이유로 76,342,581원으로 변경하는 것으로 세무조정하고, 2000 사업연도 법인세를 2,445,163원 감액하는 결정을 하였다.

(3) 2002년도 : 2005. 3. 24.자 법인세 부과처분에서 추가로 손금불산입하고 기타 사외유출처분을 하였던 업무무관 가지급금 관련 지급이자 65,450,206원을 할인이자 등 과소차감을 이유로 55,565,878원으로 변경하는 것으로 세무조정하고, 2002 사업연도 법인세를 3,760,695원 감액하는 결정을 하였다.

라. 2006. 5. 2.자 국세심판원의 결정과 2006. 8. 8.자 법인세 부과처분 및 2006. 9. 1.자 원천징수 근로소득세 부과처분

(1) 원고는 국세심판원에 심판청구를 제기하였고, 국세심판원은 2006. 5. 2. ① 원고의 1997 사업연도 기말재고자산가액을 3,109,768,810원, 1999 사업연도 기초재고자산가액(1998 사업연도 기말재고자산가액)을 2,135,627,105원으로 하고, ② 1998∼2001 사업연도 대표이사 가지급금 합계 4,762,006,564원 중 판매촉진비, 지급임차료, 세금공과금, 광고선전비, 지급수수료, 이자비용, 보험료 등의 비용으로 지출된 것으로서 실제 가지급금으로 발생한 사실이 없다고 확인된 1,831,880,693원(=1998년도 595,246,295원 + 1999년도 385,091,590 + 2000년도 340,143,728원 + 2001년도 511,399,080원)은 대표이사 가지급금에서 제외하여야 하고, 대표이사인 이○○의 부동산임대사업(개인사업자)용 건축신축 등에 지출된 2,327,616,225원(=1998년도 137,196,690원 + 1999년도 956,557,430원 + 2000년도 573,505,104원 + 2001년도 208,182,068원 + 2002년도 452,074,033원)에 대한 인정이자 상당액은 대표자 상여가 아닌 기타 사외유출(사업을 영위하는 개인에게 지출된 금액)로 소득처분하며, ③ 관계회사인 주식회사 ○○전자에 대한 1999 사업연도 가지급금(단기대여금) 1,003,415,000원 중 원고가 주식회사 ○○전자에게 수입관행에 따른 가지급금으로 볼 수 있는 성격의 금액이 있는지 여부를 재조사하여 만일 선급금 성질의 금액이 있다면 가지급금에 대한 인정이자를 다시 계산하여 각 사업연도의 과세표준과 세액을 경정하라고 결정하였다.

(2) 2006. 8. 8.자 법인세 부과처분

피고는 2006. 8. 8. 국세심판원의 결정에 따라 재조사를 실시한 후 다음과 같은 1997∼2002년도 귀속 소득에 대한 세무조정을 하고, 원고에게 1997∼2002 사업연도 법인세 부과처분을 하였다.

(가) 1997년도 : 기말재고누락분 1,556,044,587원을 손금불산입하고, 그 중 1,108,688,038원을 유보로, 나머지 447,356,549원을 기타 사외유출로 처분하고, 1997 사업연도 법인세 909,896,228원을 증액하는 처분을 하였다.

(나) 1998년도 : 1998년도 가공매출원가 2,330,567,904원 중 판매촉진비, 지급임차료, 세금공과금, 광고선전비, 지급수수료, 이자비용, 보험료 등의 비용으로 지출된 것으로서 실제 가지급금으로 발생한 사실이 없다고 확인된 595,246,295원만큼 손금불산입에서 제외하여 1,735,321,609원만 손금불산입하고 유보로 처분하고, 대표이사 가지급금에 대한 인정이자(수입이자) 230,867,649원 중 179,128,613원만큼 익금산입에서 제외하여 51,739,036원만 익금산입하고 대표자 상여로 처분하며, 대표이사 가지급금 중 원고의 대표이사인 이○○의 부동산임대사업(개인사업자)용 건축신축 등에 지출된 137,196,690원에 대한 인정이자(수입이자) 11,157,372원을 익금산입하고 기타 사외유출로 처분하고, 업무무관가지급금에 대한 지급이자 246,316,708원 중 143,753,132원만큼 손금불산입에 제외하여 102,563,576원만 손금불산입하고 기타 사외유출로 처분하며,기말재고누락분 1,251,017,770원을 손금불산입하고 유보로 처분하고, 1997년도 기말재고누락분 중 유보로 처분하였던 1,108,688,038원을 손금산입하고 유보로 처분하고 1998 사업연도 법인세 352,816,354원을 감액하는 처분을 하였다.

(다) 1999년도 : 1999년도 가공매출원가 2,135,446,672원 중 판매촉진비, 지급임차료, 세금공과금, 광고선전비, 지급수수료, 이자비용, 보험료 등의 비용으로 지출된 것으로서 실제 가지급금으로 발생한 사실이 없다고 확인된 385,091,590원만큼 손금불산입에서 제외하여 1,750,355,082원만 손금불산입하고 유보로 처분하고, 대표이사 가지급금에 대한 인정이자(수입이자) 317,024,612원 중 201,118,626원만큼 긱금산입에서 제외하여 115,905,986원만 익금산입하고 대표자 상여로 처분하며, 대표이사 가지급금 중 워고의 대표이사인 이○○의 부동산임대사업(개인사업자)용 건축신축 등에 지출된 금원에 대한 인정이자(수입이자) 101,762,588원을 익금산입하고 기타 사외유출로 처분하고, 유보로 처분하였던 1998년도 기말재고누락분 1,251,017,770원을 손금산입하고 유보로 처분하고, 1999사업연도 법인세 885,744,472원을 감액하는 처분을 하였다.

(라) 2000년도 : 2000년도 가공매출원가 479,499,387원 중 판매촉진비, 지급임차료, 세금공과금, 광고선전비, 지급수수료, 이자비용, 보험료 등의 비용으로 지출된 것으로서 실제 가지급금으로 발생한 사실이 없다고 확인된 340,143,728원만큼 손금불산입에서 제외하여 139,355,659원만 손금불산입하고 유보로 처분하고,대표이사 가지급금에 대한 인정이자(수입이자) 425,533,062원 중 311,051,621원만큼 익금산입에서 제외하여 114,481,441원만 익금산입하고 대표자 상여로 처분하며, 대표이사 가지급금 중 원고의 대표이사인 이○○의 부동산임대사업(개인사업자)용 건축신축 등에 지출된 금원에 대한 인정이자(수입이자) 160,144,728원을 익금산입하고 기타 사외유출로 처분하고, 2000 사업연도 법인세 264,843,048원을 감액하는 처분을 하였다.

(마) 2001년도 : 2001년도 가공매출원가 819,907,601원 중 판매촉진비, 지급임차료, 세금공과금, 광고선전비, 지급수수료, 이자비용, 보험료 등의 비용으로 지출된 것으로서 실제 가지급금으로 발생한 사실이 없다고 확인된 511,399,080원만큼 손금불산입에서 제외하여 308,508,521원만 손금불산입하고 유보로 처분하고,대표이사 가지급금에 대한 인정이자(수입이자) 483,090,768원 중 376,077,216원만큼 익금산입에서 제외하여 107,013,552원만 익금산입하고 대표자 상여로 처분하며, 대표이사 가지급금 중 원고의 대표이사인 이○○의 부동산임대사업(개인사업자)용 건축신축 등에 지출된 금원에 대한 인정이자(수입이자) 197,384,519원을 익금산입하고 기타 사외유출로 처분하고, 2001 사업연도 법인세 333,701,399원을 감액하는 처분을 하였다.

(바) 2002년도 : 대표이사 가지급금에 대한 인정이자(수입이자) 422,268,603원 중 274,214,144원만큼 익금산입에서 제외하여 148,054,459원만 익금산입하고 대표자 상여로 처분하며, 대표이사 가지급금 중 원고의 대표이사인 이○○의 부동산임대사업(개인사업자)용 건축신축 등에 지출된 금원에 대한 인정이자(수입이자) 145,717,010원을 익금산입하고 기타 사외유출로 처분하고, 2002 사업연도 법인세 47,726,068을 감액하는 처분을 하였다.

(사) 소결론

이 사건 법인세 부과처분을 종합하면 아래의 <표 3>과 같다.

<표 3> △은 감액처분

처분일자

법인세 부과세액

1997년

1998년

1999년

2000년

2001년

2002년

합계

2003.2.3.

591,116,401

478,706,789

633,941,850

589,138,511

309,047,029

2,601,950,580

2004.3.26.

231,173,567

231,173,567

2005.3.24.

289,196,123

327,265,170

321,408,621

158,007,953

1,096,277,872

2005.12.5.

△252,153,045

△2,445,163

△3,000,695

△258,358,903

2006.8.8.

909,896,228

△352,816,354

△885,744,472

△264,843,048

△333,701,399

△47,006,068

△974,935,113

합계

1,501,012,629

104,910,957

37,393,501

649,115,470

296,75,251

106,921,195

2,696,108,003

(3) 2006. 9. 1.자 원천징수 근로소득세 부과처분(감액결정)

피고는 2006. 9. 1. 위에서 본 바와 같이 1998∼2002년도 대표자 상여처분이 감소됨에 따라 1998∼2002년도 귀속 원천징수 근로소득세를 1998년도 10,946,881원, 1999년도 29,910,267원, 2000년도 32,237,461원, 2001년도 24,997,665, 2002년도 41,381,322원으로 감액하는 부과처분을 하였고, 이 사건 원천징수 근로소득세 부과처분을 종합하면 아래의 <표 4> 과 같다.

<표 4> △은 감액 의미, ( )부분은 감액된 결과의 원천징수세액

처분일자

원천징수 근로소득세(상여처분) 부과세액

1998년도

1999년도

2000년도

2001년도

2002년도

합계

2003.5.1.

1,034,538,400

924,416,534

195,201,160

326,446,283

2,480,602,377

2004.3.6.

△948,092,636

(86,445,764)

△806,014,294

(118,402,240)

△26,101,240

(169,099,920)

△144,248,245

(182,198,038)

1,924,456,415

(978.414.565)

2005.9.9.

144,540,683

△277,727,920

(144,540,683)

2006.9.1.

△75,498,883

(10,946,881)

△88,491,973

(29,910,267)

△136,862,459

(32,237,461)

△157,200,373

(24,997,665)

△103,159,361

(41,381,322)

△561,213,049

(139,473,596)

최종부과세액

10,946,881

29,910,267

32,237,461

24,997,665

41,381,322

139,473,596

2. 원고의 주장 및 판단

가. 원고의 주장

(1) 1997 사업연도 법인세 부과처분에 대하여,① 1998. 8. 8. 발생한 수해로 원고의 장부 및 증빙서류가 멸실되어 1997 사업연도의 기초재고, 당기매입, 매출원가 등을 확인할 수 없음에 기말재고자산 현황표에 의하여 기말재고액만을 산정하여 1997사업연도 법인세 부과처분을 하였는데, 이러한 피고의 법인세 부과처분에 의하면 원고의 매출홍이익률이 63.3%에 달하여 동종업종의 전국평균 매출홍이익률 30% 내외보다 훨씬 많게 될 뿐만 아니라 법인세를 산정함에 있어서 1997 사업연도의 기초재고, 당기매입 및 매출원가의 적정성을 조사하지 않아 당해연도 소득이 왜곡되었으므로, 1997 사업연도 법인세를 적정하게 과세하기 위하여는 기장이 가장 정확하다고 인정되는 동일업종의 다른 법인의 권형에 따라 추계결정하거나 동일업종의 다른 법인이 없는 경우에는 당해 법인이 제출한 과세표준신고서 및 그 첨부서류들에 의하여 법인세를 과세하여야 하고, ② 2006. 8. 8.자 1997 사업연도 법인세 부과처분(증액결정) 중 증액된 부분은 제척기간 경과 후의 처분이며, ③ 2006. 8. 8.자 1997 사업연도 법인세 부과처분(증액결정)은 불이익변경금지 원칙에도 위배된다.

(2) 1998 사업연도 법인세 부과처분은 1998. 8. 8. 수해로 인하여 발생한 재해손실 241,612,440원을 반영하지 않았으므로, 이를 손금에 산입하여 법인세를 산정하여야 한다.

(3) 1999 사업연도 법인세 부과처분에 대하여, ① 실제 수입한 사실이 없음에도 장부상 허위 매입가액을 계상하였다는 이유로 가공매출원가 2,135,446,672원을 손금불산입하여 과세표준을 산정하였으나, 위와 같은 가액 산정은 기초재고가액과 기말재고가액 부분에 오류가 있어 과다 산정된 것이고, 또 그 중 일부인 385,092,000원은 원고가 지출한 비용을 항목을 달리하여 계상한 것이고, ② 관계회사인 주식회사 ○○전자에 대한 가지급금(단기대여금) 1,003,415,000원 중 589,000,000원은 수입대금으로 지출한 선급금적 성격의 금원이므로, 이 부분과 관련된 관계회사 가지급금에 대한 인정이자의 익금산입과 업무무관 가지급금 관련 지급이자의 손금불산입은 위법하다.

(4) 2000 사업연도 법인세 부과처분에 대하여, ① 전기 이월재고 차액인 56,045,000원(=피고가 1999 사업연도에 손금산입하고 2000 사업연도에 손금불산입 유보로 처분한 893,867,000원-재고자산표상 남아 있는 재고자산액 837,822,000원)만을 손금불산입하여 유보처분하고, ② 당기 가공매출원가 계상액인 479,499,000원 중 당기에 비용으로 지출된 것으로서 실제 가지급금으로 발생한 사실이 없다고 확인된 340,143,000원을 제외한 139,355,000원만을 손금에 불산입하며, ③ 대표이사 가지급금 중 자산성 지출액은 대표이사 개인용도 인출이 아닌 별개의 업무용 지출로서 기타 내지 유보처분하고, ④ 2001 사업연도에 이월계상하여야 할 재고자산 평가액 146,970,000원(사업연도말 이월재고액=실제재고액-대차대조표상 재고액)은 손금에 불산입하면서 유보처분을 하며, ⑤ 관계회사인 주식회사 ○○전자에 대한 가지급금(단기대여금) 1,003,415,000원 중 589,000,000원은 수입대금으로 지출한 선급금적 성격의 금원이므로, 이 부분과 관련된 관계회사 가지급금에 대한 인정이자의 익금산입과 업무무관 가지급금 관련 지급이자의 손금불산입한 세무조정을 부인하면, 2000 사업연도 법인세 추징세액은 95,863,704원이 되므로, 이를 초과한 부분은 위법하다.

(5) 2001 사업연도 법인세 부과처분에 대하여, ① 전기 이월재고 차액인 146,970,000원만을 손금불산입하여 유보처분하고, ② 당기 가공매출원가 계상액인 819,907,000원에 대하여 손금에 불산입하고 상여처분한 것을 당기에 비용으로 지출된 것으로서 실제 가지급금으로 발생한 사실이 없다고 확인된 511,399,000원만을 손금에 불산입하며, ③ 대표이사 가지급금 중 자산성 지출액은 대표이사 개인용도 인출이 아닌 별개의 업무용 지출로서 기타 내지 유보처분하고, ④ 관계회사인 주식회사 ○○전자에 대한 가지급금(단기대여금) 1,003,415,000원 중 589,000,000원은 수입대금으로 지출한 선급금적 성격의 금원이므로, 이 부분과 관련된 관계회사 가지급금에 대한 인정이자의 익금산입과 업무무관 가지급금 관련 지급이자의 손금불산입한 세무조정을 부인하면, 2001 사업연도 법인세 추징세액은 45,230,914원이 되므로, 이를 초과한 부분은 위법하다.

(6) 2002 사업연도 법인세 부과처분에 대하여, ① 1998∼2001 사업연도의 대표이사 가지급금 4,762,006,564원을 2002 사업연도에 이월계상하여 2002 사업연도 법인세를 산출하였는데, 앞서 본 바와 같이 대표이사 가지급금에 대한 1998∼2001 사업연도의 세무조정 및 소득금액계산은 위법하므로, 이에 근거한 2002 사업연도 법인세 부과처분 또한 위법하고,② 2002 사업연도 법인세 소득금액계산시 대표이사 가지급금으로 처리된 금액 중에도 장부상 계상되지 아니한 업무상 비용인 여비 ・교통비 121,657,537원, 복리후생비 7,150,862원, 접대비 10,844,049원, 기타 제비용 2,678,990원 합계 142,331,438원을 손금에 산입하여야 한다.

(7)1998∼2002 년도 귀속 원천징수 근로소득세 부과처분에 대하여, ① 1998∼2001년도 귀속 원천징수 근로소득세에 대한 2003. 5. 1.자 각 처분에서 각 사업연도 가공매출원가에 대하여 대표자 상여로 처분하였던 것을 2004. 3. 26.자 각 처분에서 대표이사 가지급금으로 유보로 처분하고 대표이사 가지급금에 대한 인정이자를 계산하여 대표자 상여로 처분하는 것으로 변경하였는데, 2004. 3. 26.자 각 처분은 2003. 5. 1.자 각 처분을 취소하고 새로운 처분을 한 것으로 볼 수 있으므로 소송의 대상은 2004. 3. 26.자 각 처분이 되어야 하고, 마찬가지로 2002년도 귀속 원천징수 근로소득세 또한 2005. 9. 9.자 처분은 2004. 3. 26.자 처분을 취소하고 새로운 처분을 한 것으로 볼 수 있으므로 소송의 대상은 2005. 9. 9.자 처분이 되어야 하나, 이 사건에 있어서 위 각 처분에 대한 취소를 선택적으로 구하고, ② 1998∼2001년도 귀속 원천징수 근로소득세 부과처분은 대표이사 가지급금으로 본 4,672,005,564원에서 비용성 가지급금 1,831,880,693원과 자산성 가지급금 2,327,616,225원(이에 대한 인정이자는 기타 사외유출로 처분됨)을 차감계산하여 나온 602,509,646원에 대한 인정이자를 계산하여 이를 익금산입하고 대표자 상여로 처분한 것을 근거로 부과한 것인데, 원고 및 그 대표이사였던 이○○에 대한 ○○중앙지방법원2003고약31232호 조세법처벌위반사건에 대한 약식명령에서도 위 각 사업연도 귀속 원천징수 근로소득세에 관하여는 원고의 주장을 받아들여 세액을 추징한 바 없고, 이미 각 사업연도 법인세 신고시 기반영되었으므로, 위 각 사업연도 귀속 원천징수 근로소득세 부과처분은 위법하며, ③ 2002년도 귀속 원천징수 근로소득세 부과처분은 1998∼2001 사업연도의 대표이사 가지급금 4,762,006,564원을 2002사업연도에 이월계상하여 산정된 것인데, 앞서 본 바와 같이 대표이사 가지급금에 대한 1998∼2001 사업연도의 세무조정 및 소득금액계산은 위법하므로, 2002년도 귀속 원천징수 근로소득세 부과처분은 위법하다.

나. 관계법령

별지 관계법령 기재와 같다.

다. 판단

(1) 1997 사업연도 법인세 부과처분에 대하여

(가) 추계과세의 가능 여부

① 구 법인세법(1998. 12. 28. 법률 제5581호로 개정되기 전의 것, 이하 '구 법인세법'이라 한다) 제32조 제3항에 의하면 납세지 관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하는 경우에는 장부 기타 증빙서를 근거로 하여야 하고, 다만, 대통령령이 정하는 사유로 장부 기타 증빙서류에 의하여 소득금액을 계산할 수 없는 경우에는 대통령령이 정하는 바에 따라 추계할 수 있다고 규정하고 있고, 그 위임을 받은 구 법인세법 시행령(1998. 12. 31. 대통령령 제15970호로 개정되기 전의 것, 이하 '구 법인세법 시행령'이라 한다) 제93조 제1항에는 추계할 수 있는 경우를 규정하면서 그 제1호로 소득금액을 계산함에 있어서 필요한 장부 또는 증빙서류가 없거나 그 중요한 부분이 미비 또는 허위인 경우를, 제2호로 기장의 내용이 시설규모・종업원 수・원자재・상품・제품 또는 각종 요금의 시가 등에 비추어 허위임이 명백한 경우를, 제3호로 기장의 내용이 원자재 사용량・전력 사용량 기타 조업상황에 비추어 허위임이 명백한 경우를 들고 있다.

위 각 규정을 종합하여 보면, 법인세의 과세표준과 세액은 실지조사방법에 따라 밝혀진 실액에 의하여 결정하는 것이 원칙이고, 추계조사방법에 의하여 이를 결정 또는 경정하려면 납세자의 장부나 증빙서류 등이 없거나 그 중요부분이 미비 또는 허위로 기재되어 신뢰성이 없고 달리 과세관청이 그 소득의 실액을 밝힐 수 있는 방법이 없는 때에 한하여 예외적으로 허용되는 것이므로 납세자가 비치, 기장한 장부나 증빙서류 중 일부 허위로 기재된 부분이 포함되어 있다고 하더라도 그 부분을 제외한 나머지 부분은 모두 사실에 부합하는 자료임이 분명하여 이를 근거로 과세표준을 계산할 수 있다면 그 과세표준과 세액은 실지조사의 방법에 의하여 결정하여야지 추계조사방법에 의해서는 아니된다고 할 것이고(대법원 1996. 1. 26. 선고 95누6809 판결 등 참조), 또한 장부 기타 증빙서류가 아닌 진정성립과 내용의 합리성이 인정되는 다른 자료에 의하여 그 신고내용에 오류 또는 탈루가 있음이 인정되고 실지조사가 가능한 경우에는 그 다른 자료에 의하여서도 이를 경정할 수 있으며(대법원 2003. 11. 27. 선고 2002두2673 판결 등 참조), 실지조사에 의한 부과처분이 결과적으로 추계과세에 의한 부과처분보다 불리하다거나 납세자 스스로 추계의 방법에 의한 조사결정을 원하고 있다는 사유만으로는 추계조사의 요건이 갖추어진 것으로 볼 수 없다(대법원 1995. 8. 22. 선고 95누2241 판결).

② 이 사건에 관하여 보건대, 갑11호증, 을5호증, 을6호증의 1 내지 5, 을11호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면, 원고는 당초에는 피고에게 장부 등에 의하여 법인세를 신고하였다가 ○○지방국세청과 특별세무조사를 받고 이 사건 법인세 부과처분을 받게 된 사실, 위 특별세무조사에서 원고의 1997년도 기말재고자산을 산정함에 있어서 기초가 된 1997. 12. 31.자 작성 기말재고자산 현황표는 작성목적 등 그 경위는 불분명하나 담당자를 비롯하여 사장의 결재까지 받은 사실, 원고가 특별세무조사 당시 ○○지방국세청으로부터 수차례에 걸쳐 상품수불부, 전표 및 증빙철 등 자료제출을 요구받았으나 자료들을 제대로 제출하지 않은 사실, 원고는 각 사업연도말 기말재고자산을 계속기록법이 아닌 기말실사법에 의하여 산정하여 온 사실을 인정할 수 있고 반증이 없는바, 위에서 인정한 바와 같이 1997. 12. 31.자 작성 기말재고자산 현황표는 별다른 허위사항이 발견되지 아니하였고 담당자가 작성하고 사장까지 결재한 것이어서 그 신뢰성을 인정할 수 있고, 원고는 당초 경리회계장부 등에 의하여 1997 사업연도 법인세를 신고하였는데 추가로 장부보다 재고가액이 많은 기말재고자산 현황표가 발견되어 이를 근거로 법인세를 추징하였다고 하여 추계과세요건이 갖추어졌다고 보기는 어려우며, 원고는 기말재고자산을 계속기록법이 아닌 실지조사법에 의하여 평가하여 왔는데 수해로 인하여 경리회계장부 등이 멸실되었다고 하더라도 원고의 1997연도 매출원가(=기초재고액+당기매입액-기말재고액)를 산출하기 위하여는 기초재고액과 기말재고액은 실지조사에 의하여 평가하고 당기매입액은 각 매입처별 매입금액을 파악하여 그 금액을 산출하는 등 다른 방법에 의하여 입증할 수 있다고 보여짐에도 그런 노력을 기울인 흔적이 없으므로, 결국 기말재고자산 현황표에 의하여 매출원가를 산정함에 따라 1997 사업연도 소득금액이 증가되었고 매출총이익율이 다른 사업연도에 비하여 높아졌다는 사정만으로 원고의 소득금액을 산정함에 있어서 필요한 장부 또는 증빙서류가 없거나 원고가 작성한 장부 및 증빙서류의 중요한 부분이 미비 또는 허위인 때에 해당한다고 할 수 없으므로 추계조사결정의 요건을 갖추었다고 할 수 없고, 또한 실지조사에 의한 부과처분이 결과적으로 추계과세에 의한 부과처분보다 원고에게 불리하다거나 원고 스스로 추계의 방법에 의한 조사결정을 원하고 있다고 하여 추계조사의 요건이 갖추어진 것으로 볼 수도 없으므로, 피고가 기말재고자산 현황표로 근거로 하여 원고의 1997 사업연도 과세표준과 세액을 경정한 것은 위법하다고 할 수 없다. 따라서 원고의 이 부분 주장은 받아들일 수 없다.

(나)국세기본법 제26조2 제2항 제척기간에 대한 특례 적용 여부

① 국세기본법 제26조2 제1항에는 국세부과의 제척기간을 사기 기타 부정한 행위로써 국세를 포탈하거나 납세자가 법정신고기한 내에 과세표준서를 제출하지 아니한 경우를 제외하고는 국세를 부과할 수 있는 날로부터 5년간으로 한정하고 있고, 제2항에는 제1항의 제척기간에도 불구하고 국세기본법에 따른 이의신청, 심사청구,심판청구, 감사원법에 따른 심사청구 또는 행정소송법에 따른 소송에 대한 결정 또는 판결이 있는 경우 그 결정 또는 판결이 확정된 날로부터 1년이 경과되기 전까지는 당해 결정, 판결에 따라 경정결정 기타 필요한 처분을 할 수 있도록 규정하고 있다.

② 이 사건에 있어서 1997 사업연도 법인세에 대한 제척기관은 법인세신고기한 다음날인 1998. 4. 1.부터 5년이 지난 2003. 3. 31.까지이므로 피고가 1997 사업연도 법인세 증액경정처분을 한 2006. 8. 8. 당시에 이미 제척기관이 도과하였음은 역수상 명백하다. 그런데 국세심판원 결정이 2006. 5. 2.에 있었고 위 결정에 따른 증액결정처분이 위 결정일로부터 1년이 경과되지 아니한 2006. 8. 8.에 있었으므로, 국세기본법 제26조의2 제2항에 따라 제척기간에 대한 특례규정을 적용할 것인지 문제된다.

③ 국세기본법 제26조의2 제2항의 해석을 둘러싸고 위 제척기간 특례규정은 납세자만을 위하여 적용된다는 편면적용설과 과세관청을 위하여도 적용될 수 있다는 양면적용설 등 견해의 대법이 있는데, 편면적용설은 제척기간에 대한 특례규정을 둔 입법취지에 비추어 재결 또는 판결에 의하여 그 대상이 된 부과처분이 감액 또는 취소된 경우 그 범위 내에 한하여 경정 기타 필요한 처분을 할 수 있다는 것으로 제척기간 특례규정은 당해 쟁송의 판결 또는 결정을 과세관청이 이행하기 위한 처분인 경우에 한하여 적용된다고 보아야 한다는 견해이고, 양면적용설은 납세자에게 유리한 결정이나 판결을 이행하기 위해서만 경정 기타 필요한 처분을 할 수 있는 것이 아니고 과세권자에게도 유리한 경정 기타 필요한 처분을 할 수 있다는 견해이다.

대법원은 1996. 5. 10. 선고 93누4885판결에서 "지방세법 제30조의2 제2항(이는 국세기본법 제26조의2 제2항과 규정내용이 동일하다)의 규정을 오로지 납세자를 위한 것이라고 보아 납세자에게 유리한 결정이나 판결을 이행하기 위하여만 허용된다고 볼 근거는 없다는 이유로 고지절기상의 잘못을 바로잡아 다시 행한 부과처분이 적법하다"고 판시한 것을 비롯하여, 1994. 8. 26. 선고 97다3667판결에서 "구 지방세법 제30조의2 규정은 부과권의 제척기간에는 시효와는 달리 그 기간의 중단이나 중지가 없으므로 과세관청이 부과처분의 불복에 대한 결정 또는 판결이 있은 후 그에 따라 다시 부과처분을 하려는 시점에 이미 제척기간을 도과하였다고 하여 그 결정이나 판결의 결과에 따른 부과처분조차 할 수 없게 된다면 그 결정이나 판결은 무의미하게 되며 과세관청에게 가혹하고 또한 과세관청이 제척기간의 만료를 염려하여 재차 부과처분을 하게 되면 납세의무자에게 부담을 가중하는 것이 되므로 일정기간의 예외를 두자는 취지에서 비롯된 것이다. 그리고 위 규정은 결정이나 판결이 확정된 날로부터 1년 내라하여 당해 결정이나 판결에 따르지 아니하는 새로운 결정이나 증액경정결정까지 할 수 있다는 취지가 아님은 분명하나, 그렇다고 하여 위 규정을 오로지 납세자를 위한 것이라고 보아 납세자에게 유리한 결정이나 판결을 이행하기 위하여만 허용된다고 볼 근거는 없으므로, 납세고지의 위법을 이유로 과세 처분이 취소되자, 과세관청이 그 판결 확정일로부터 1년 내에 그 잘못을 바로잡아 다시 지방세 부과처분을 하였다면, 이는 위 구 지방세법 제30조의2 제2항이 정하는 당해 판결에 따른 처분으로 제1항이 정하는 제척기간의 적용이 없다"고 판시하는 등 기본적으로 양면적용설의 입장에서 위 제척기간 특례규정을 적용하고 있는 것으로 보인다.

④ 그런데 양면적용설의 입장에 따를 때에는 다음과 문제점이 있는 것으로 보여진다. 첫째, 하자있는 과세처분에 대한 쟁송이 진행하는 중에 그 지연으로 과세제척기간이 경과되었다면 그 하자있는 처분을 한 과세관청에게 그 하자를 바로 잡을 수 있는 기회를 상실한 불이익이 돌아가는 것은 당연한 조리이고, 둘째, 당초 제척기간 특례규정의 입법취지는 과세처분의 위법성을 다루는 행정상 재송절차에서 납세자의 주장이 받아들여진 경우에도 그 인용재결 또는 판결이 부과권의 제척기간이 만료된 이후에 행하여진 경우에는 부과권의 제척기간의 만료로 인하여 과세관청이 그 재결 또는 판결에 따른 경정결정 기타 필요한 조치를 취할 수 없게 된 경우에 재결 또는 판결을 이행하기 위하여 신설된 것으로 보여지며, 셋째, 세액산정의 불능으로 과세처분의 전부를 취소하는 경우 과세관청이 이미 제척기간이 경과한 후에 위법 등 하자를 치유하는 처분을 허용할 수 있고, 넷째, 양면적용설에 따를 경우 형식 또는 절차상의 하자가 있는 과세처분, 추계과세의 요견에 위배된 추계방법에 의한 과세처분 또는 절차상의 하자가 있는 과세처분, 추계과세의 요건에 위배된 추계방법에 의한 과세처분 또는 소득구분을 오인하여 행한 과세처분 등에 관하여 제척기간제도를 유명무실하게 만들 우려가 있으며, 다섯째, 절차상 하자있는 처분에 대하여 과세관청이 제척기간 내라면 절차상의 하자를 보완할 수 있지만 제척기간 경과 후에는 뒤늦게 제척기간 특례규정을 적용하여 이를 보완할 수 있는 것으로 해석되면 제척기간 본래의 취지에 반한다고 할 것이고, 여섯째, 조세법률주의 원칙상 조세법령의 해석은 엄격하여야 하고 특히 예외규정 내지 특례규정은 더욱 엄격하게 해석되어져야 한다. 따라서 편면적용설리 타당하다고 보여진다.

⑤ 이 사건에 관하여 보건대, 국세심판원 결정에 따른 2006. 8. 8자 증액경정처분이 위 결정일로부터 1년이 경과되지는 아니하였으나, 당초 2003. 2. 3자 처분보다 원고에게 불리하여 국세기본법 제26조의2 제2항에 따른 제척기간 특례규정을 적용하지 아니하기로 한다. 따라서 2006. 8. 8자 1998 사업연도 1,501,012,629원의 증액경정처분 중 당초 처분을 초과하는 909,896,228원의 증액 부분은 제척기간을 도과하여 무효라고 할 것이다.

(다) 불이익변경금지원칙의 적용 여부

① 국세기본법 제79조 제2항에서는 국세심판관회의 또는 국세심판관합동회의는 심판청구에 대한 결정을 함에 있어서 심판청구를 한 처분보다 청구인에게 불이익이 되는 결정을 하지 못한다고 규정하고 있다.

② 그런데 2006. 8. 8.자 1997 사업연도 법인세 증액경정처분은, 소위 불이익 변경금지원칙을 위해한 2005. 5. 2.자 국세심판원 결정에 따른 처분으로서 당초의 2003. 3. 3.자 처분보다 피고에게 불리하므로, 2006. 8. 8.자 1,501,012,629원의 증액경정처분 중 당초 처분을 초과하는 909,896,228원의 증액 부분은 불이익변경금지원칙에 위배되는 처분으로서 무효라고 할 것이다(대법원 2004. 12. 9. 선고 2003두278판결 참조).

(라) 소결론

따라서 2006. 8. 8.자 1997 사업연도 법인세 증액경정처분 중 당초 처분을 초과하는 909,896,228원의 증액 부분, 즉 1,501,012,629원의 부과처분 중 591,116,400원(=1,501,012,629원-909,896,228원, 10원 미만 버림)을 초과하는 부분은 제척기간을 도과하고 또한 불이익변경금지원칙에 위배되는 처분으로서 무효라고 할 것이나, 원고가 이에 대하여 취소를 구하고 있고 전심절차와 그 제소기간을 준수하는 등 취소소송의 제소요건을 갖추고 있으므로, 위와 같이 무효인 증액 부분은 취소되어야 할 것이다.

(2) 1998 사업연도 법인세 부과처분에 대하여

(가) 재해손실의 손금산입 여부

살피건대, 갑20호증, 을11호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면 원고는 서울 서초구 양재동 일대가 수해를 입었던 때인 1998. 8. 8. 그 본점 소재지의 건물 지하 및 서류창고에 있던 디지털 인쇄기 21대, GR MASTER PAPER 656 BOX, GR INK 638 BOX, 경리회계장부 및 서류 등이 침수되는 피해를 입었고 서울 서초구 양재2동장 및 피해조사자가 원고의 위와 같은 피해사실을 확인한 사실, 원고의 수해피해액이 시가 기준으로는 합계 976,880,000원 정액이고 매입단가 기준으로는 합계 241,612,440원 정도인 사실, 위 재해손실을 1998 사업연도 소득을 산정함에 있어서 반영되었음을 인정할 자료가 없는 사실을 인정할 수 있고 반증이 없으므로, 위 재해손실을 1998 사업연도 소득금액을 산정함에 있어서 손금에 산입하여야 하고, 그 금액은 원고가 입은 실제 손해액으로 볼 수 있는 매입단가 기준의 241,612,440원이라고 보는 것이 타당하다.

(나) 정당한 세액의 계산

① 먼저 가산세를 제외한 1998 사업연도 법인세에 관하여 보건대, 갑1호증의1, 갑14호증의 4의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면 1998 사업연도 법인세에 대하여 원고가 1999. 3. 31. 피고에게 처음 신고한 내용과 피고가 2006. 8. 8. 원고에 대하여 감액경정처분을 한 내용은 아래 <표 5 > '신고(당초)'란과 '2006. 8. 8.경정'란 각 기재와 같은 사실, 피고의 원고에 대한 2003. 2. 3.자 1998 사업연도 법인세 부과처분이 2003. 2. 3. 원고에게 고지된 사실을 인정할 수 있고 반증이 없는데, 위 재해손실 241,612,440원을 손금에 산입하면 과세표준은 <표 5 >의 '정당한 세액계산의 소득금액 및 과세표준'란에 기재된 바와 같이 238,927,826원이 되고, 여기에 구 법인세법 제22조제1항의 세율을 적용하면 산출세액은 54,899,791원{=100,000,000원X16%+(238,927,826원-100,000,000원)X28%}이 된다.

<표 5 >

구 분

번호

신고(당초)

2006. 8. 8. 경정

정당한 세액계산

결산서상 당기순이익

01

129,465,353

129,465,353

129,465,353

소득조정금액

입금산입

02

102,328,098

3,306,213,196

3,306,213,196

손금산입

03

2,955,138,283

3,196,750,723

소득금액 및 과세표준(=01+02+03)

세율

05

28%

28%

28%

산출세액

06

52,902,166

122,551,274

54,899,791

가산세액

07

1,120,000

36,381,849

2,311,582

총결정세액(=06+07)

08

54,022,166

158,933,123

57,211,373

공

제

세

액

자진예납세액

09

21,345,997

21,345,997

21,345,997

원천납부세액

10

9,063,950

9,063,950

9,063,950

자진납부세액

11

11,292,219

11,292,219

11,292,219

자진신고납부불이행고지세액

12

12,320,000

12,320,000

12,320,000

소계(=09+10+11+12)

13

54,022,166

104,910,957

54,022,166

차감징수할세액(=08-13)

14

3,189,207

② 다음 가산세 대하여 보건대, 구 법인세법 제41조 제1항 제1호에는 신고하여야 할 과세표준금액에 미달하게 고한 경우에는 그 미달하는 금액에 해당하는 산출세액의 100분의 10에 해당하는 금액을 가산세(신고불성실가산세)로 징수하고, 제3호에는 신고기한 내에 법인세를 납부하지 않았거나 납부하여야 할 세액에 미달되게 납부한 경우 미납부세액에 대하여 납부기한 다음날부터 고지일까지의 기간을 참작하여 대통령령이 정하는 이자율을 적용하여 계산한 금액을 가산세(납부불성실가산세)로 징수하되, 다만 그 금액이 미납부세액의 100분의 10에 상당하는 금액에 미달하는 경우에는 미납부세액의 100분의 10에 상당하는 금액을 징수하도록 규정하고 있고, 구 법인세법 시행령 제113조의3에는 납부불성실가산세를 산정함에 있어서 적용될 이자율은 납부일 전일 또는 고지일로부터 2년 이내의 기간에 대하여는 1일 1만원의 4의율, 납부일 전일 또는 고지일로부터 역산하여 2년을 초과하는 기간에 대하여는 1만분의 3의 율에 의하도록 규정하고 있다.

그런데 <표 5 >에서 보듯이 원고가 당초 1998 사업연도 법인세를 신고할 당시 이미 가산세 1,120,000원이 부과되어 납부한 사실을 알 수 있으므로, 1998 사업연도 법인세에 대한 총 가산세는 이미 납부한 가산세 1,120,000원에 추가로 납부하여야 할 신고불성실가산세와 납부불성실가산세를 합한 금액이 될 것이고, 추가로 납부하여야 할 신고불성실가산세는 정당한 산출세액에서 당초 신고한 산출세액을 차감하여 여기에 가산세율을 적용하면 199,762원{=(4,899,791]원-52,902,166원)X10%}이 되고, 추가로 납부하여야 할 납부불성실가산세는 원고가 납부하지 아니한 1998 사업연도 법인세(가산세 제외) 1,997,625원(=54,899,791원-52,902,166원)에 납부기한 다음날인 1999. 4. 1.부터 고지일인 2003. 2. 3.까지의 기간인 1,405일에 대한 구 법인세법 시행령이 정한 이자율을 적용하면 991,820원[=1,997,625원X{0.0004X750+0.0003X(1,405-750)}]이 된다{납부세액의 100분의 10을 초과하므로 구 법인세법 제41조 제1항 제3호 단서는 적용하지 않는다}. 따라서 1998 사업연도 법인세에 대한 총 가산세는 2,311,582원(=1,120,000원+197,762원+991,820원)이 된다.

③ 그렇다면 1998 사업연도 법인세에 대한 총결정세액은 57,211,373원(=54,899,791원+2,311,582원)이 되고, 추가로 징수할 세액은 총결정세액에서 2003. 2. 3.자 부과처분 이전에 이미 납부한 자진예납세액, 원천납부세액, 자진납부세액, 자진신고납부불이행고지세액을 공제한 3,187,207원(=57,211,373원-54,022,166원)이 되고, 이것이 2003. 2. 3.자 1998 사업연도 법인세 부과처분 둥 정당한 세액이 된다.

(다) 따라서 2004. 3. 26자 1998 사업연도 법인세 104,910,957원의 부과처분 중 3,187,207원을 초과하는 부분은 위법하여 취소되어야 할 것이나, 원고가 위 부과처분 중 23,639,222원을 초과하는 부분에 대한 취소를 구하고 있으므로, 2004. 3. 26.자 1998 사업연도 법인세 104,910,957원의 부과처분 중 23,639,222원을 초과하는 부분은 취소되어야 한다.

(3) 1999 사업연도 법인세 부과처분에 대하여

(가) 가공매출원가 산정에 있어서의 오류 등의 여부

살피건대 2003. 2. 3.자 1999 사업연도 법인세 부과처분을 함에 있어서 가공매출원가 2,135,446,672원에 대하여 손금불산입으로 세무조정을 한 것은 장부상 허위로 당기매입가액을 계상하여 매출원가(손금산입)를 증가시켰기 때문인데 이는 기초재고가액이나 기말재고가액 부분과는 관련이 없을 뿐만 아니라(왜냐하면 매출원가=기초재고+당기매입-기말재고이므로), 나아가 1999 사업연도의 기초재고가액이나 기말재고가액의 산정에 오류가 있음을 인정할 아무런 증거가 없으며, 가공매출원가 2,135,446,672원 중 판매촉진비, 지급임차료, 세금공과금, 광고선전비, 지급수수료, 이자비용, 보험료 등의 비용으로 지출된 것으로서 실제 가지급금으로 발생한 사실이 없다고 확인된 385,091,590원은 이미 손금불산입에서 제외하여 1999 사업연도 법인세액을 산출하였음은 앞서 본 바와 같으므로, 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

(나) 주식회사 ○○전자에 대한 가지급금 중 선급금적 성격의 금원이 있는지 여부

살피건대 이에 부합하는 듯한 갑27호증의 기재만으로는 원고의 주장을 인정하기에 부족하고, 달리 이를 인정할 증거가 없으므로, 원고의 이 부분 주장도 이유 없다.

(4) 2000 사업연도 법인세 부과처분에 대하여

(가) 2000 사업연도 소득에 대한 세무조정시 기반영된 부분

1999 사업연도 세무조정을 함에 있어서 가공매출원가 중 기말재고계상분 893,866,941원을 손금산입하고 유보로 처분하였던 것을 2000 상업연도 세무조정 당시 전기 기말재고계상분 893,866,941원을 손금불산입하고 유보로 처분하였고, 가공매출원가가 479,499,387원 중 판매촉진비, 지급임차료, 세금공과금, 광고선전비, 지급수수료, 이자비용, 보험료 등의 비용으로 지출된 것으로서 실제 가지급금으로 발생한 사실이 없다고 확인된 340,143,728원만큼 손금불산입에서 제외하여 139,355,659원만 손금불산입하고 유보로 처분하였으며, 대표이사 가지급금에 대한 인정이자(수입이자) 425,533,062원 중 311,051,621원만큼 익금산입에서 제외하여 114,481,441원만 익금산입하고 대표이사 상여로 처분하였고, 대표이사 가지급금 중 원고의 대표이사인 이○○의 부동산임대사업(개인사업자)용 건축신축 등에 지출된 금원에 EI한 인정이자(수입이자) 160,144,728원을 익금산입하고 기타 사외유출로 처분한 사실은 앞서 본 바와 같다.

(나) 전기 기말재고계상분 893,866,941원 이외에 다른 기말재고자산액의 인정 여부

살피건대 1999년도 가공매출원가 중 기말재고게상분 893,866,941원을 1999 사업연도 법인세에 대한 세무조정시 손금산입하였다가 2000 사업연도 법인세 대한 세무저정시 손금불산입한 사실은 앞서 본 바와 같은데, 위 기말재고계상분 이외에 재고자산표상 1999 사업연도 기말재고자산액 837,822,000원의 재고자산이 존재함을 인정할 아무런 증거가 없으므로, 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

(다) 2001 사업연도에 이월계상하여야 할 재고자산이 있는지 여부

살피건대 원고가 주장하는 바와 같이 2000 사업연도말 실제재고액과 대차대조표상 재고액의 차이가 146,970,000원 발생한다는 점을 인정할 증거가 없으므로, 원고의 이 부분 주장도 이유 없다.

(라) 주식회사 ○○전자에 대한 가지급금 중 선급금적 성격의 금원이 있는지 여부

살피건대 이에 부합하는 듯한 갑27호증의 기재만으로는 원고의 주장을 인정하기에 부족하고, 달리 이를 인정할 증거가 없으므로, 원고의 이 부분 주장 또한 이유 없다.

(5)2001 사업연도 법인세 부과처분에 대하여

(가) 2001 사업연도 소득에 대한 세무조정시 기반영된 부분

가공매출원가 819,907,601원 중 판매촉진비, 지금임차료, 세금공과금, 광고선전비, 지금수수료, 이자비용, 보험료 등의 비용으로 지출된 것으로서 실제 가지급금으로 발생한 사실이 없다고 확인된 511,399,080원만큼 손금산입에서 제외하여 308,508,521원만 손금불산입하고 유보로 처분하였고, 대표이사 가지급금에 대한 인정이자(수입이자) 483,090,768원 중 376,077,216원만큼 익금산입에서 제외하여 107,013,552원만 익금산입하고 대표자 상여로 처분하였으며, 대표이사 가지급금 중 원고의 대표이사인 이○○의 부동산임대사업(개인사업자)용 건축신축 등에 지출된 금원에 대한 인정이자(수입이자) 197,384,519원을 익금산입하고 기타 사외유출로 처분한 사실은 앞서 본 바와 같다.

(나) 2000 사업연도로부터 이월계상하여야 할 재고자산이 있는지 여부

살피건대 2000 사업연도로부터 이월계상하여야 할 재고자산이 없음은 앞서 본바와 같으므로, 원고의 잉 부분 주장은 이유 없다.

(다) 주식회사 ○○전자에 대한 가지급금 중 선급금적 성격의 금원이 있는지 여부

산피건대 이에 부합하는 듯한 갑27호증의 기재만으로는 원고의 주장을 인정하기에 부족하고, 달리 이를 인정할 증거가 없으므로, 원고의 이 부분 주장도 이유 없다.

(6) 2002 사업연도 법인세 부과처분에 대하여

살피건대 앞서 본 바와 같이 대표이사 가지급금에 대한 1998∼2001 사업연도의 세무조정 및 소득금액계산이 위법하다고 볼 만한 증거가 없고, 원고가 업무관련비용을 추가로 지출하였는지에 관하여 보면 이에 부합하는 듯한 갑28호증의 기재만으로는 원고가 업무와 관련하여 비용을 지출하였고 위와 같은 지출이 2002 사업연도 소득금액을 산정함에 있어서 반영되지 않았다고 보기에는 부족하고, 달리 원고의 주장을 인정할 증거가 없으므로 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

(7) 1998∼2002년도 귀속 원천징수 근로소득세 부과처분에 대하여

(가) 1998∼2001 년도 귀속 원천징수 근로소득세 부과처분 취소소송에 있어서의 소소의 대상

살피건대 앞서 본 바와 같이 1998∼2001년도 귀속 원천징수 근로소득세에 대한 2003. 5. 1.자 각 처분에서 각 사업연도 가공매출원가에 대하여 대표자 상여로 처분하였던 것을 2004. 3. 26.자 각 처분에서 대표자 상여가 아닌 대표자 가지급금으로 보고 유보로 처분하면서 대표이사 가지급금에 대한 인정이자(수입이자)를 계산하여 이를 대표자 상여로 처분하였으므로, 2004. 3. 26.자 각 처분은 2003. 5. 1.자 각 처분에 비하여 합산과세되는 종합소득의 범위 안에서 그 소득의 원천만을 달리하는 것으로서 처분사유의 변경에 해당한다고 할 것이고, 위 2003. 5. 1.자 각 처분과 2004. 3. 26.자 각처분은 가공매출원가를 손금불사입하고 이에 대한 소득처분을 어떻게 할 것인가와 관련된 것으로서 그 기본적 사실관계가 동일하다고 할 것이므로(대법원 1999. 9. 17. 97누9666판결, 대법원 1989. 6. 27. 선고 88누6160판결 등 참조), 2004. 3. 26.자 각 처분을 2003. 5. 1.자 각 처분과는 다른 새로운 처분으로 볼 수는 없다고 할 것이다.

그리고 위와 같이 당초의 처분이 있은 후에 감액경정처분이 행하여진 경우 감액경정처분은 당초 처분의 일부 취소에 불과하므로(대법원 1996. 7. 30. 선고 95부6320판결 등 참조), 1998∼2001년도 귀속 원천징수 근로소득세에 대한 소송의 대상은 2003. 5. 1.자 각 처분이라고 할 것이다.

(나) 2002년도 귀속 원천징수 근로소득세 부과처분 취소소송에 있어서의 소송의 대상

먼저 2002년도 귀속 원천징수 근로소득세에 대한 2004. 3. 26.자 처분이 존재하는지에 관하여 보건대, 피고가 원고에게 위와 같은 처분을 하였음을 인정할 아무런 증거는 없으므로, 2002년도 귀속 원천징수 근로소득세에 대한 소송의 대상은 2005. 9. 9.자 처분이라고 할 것이다.

(다) 1998∼2001년도 귀속 원천징수 근로소득세 부과처분의 적법 여부

살피건대, 이 사건과 관련된 형사사건에서 원고 및 그 대표이사였던 이○○이 약식명령을 고지받으면서 위 각 사업년도 귀속 원천징수 근로소득세에 관하여 세액을 추징받은 바 없다고 하더라도, 이로써 원고가 대표자 상여로 처분된 근로소득세에 대하여 원천징수의무를 변하는 것은 아니고, 원고가 주장하는 바와 같이 각 사업연도 법인세 신고시 무엇을 이미 반영하였는지는 불분명하나 원고에 대한 원천징수 근로소득세 부과처분은 법인세와는 별개의 처분이고 세무조정 및 소득처분을 함에 있어서 대표자 상여로 처분한 금원이 있으면 위 소득처분이 위법이 아닌 한 그에 대한 근로소득세의 원천징수의무를 면할 수는 없다고 할 것이므로, 1998∼2001년도 귀속 원천징수 근로소득세 부과처분은 위법하다고 볼 수 없다.

(다) 2002년도 귀속 원천징수 근로소득세 부과처분의 적법 여부

살피건대, 앞서 본 바와 같이 대표이사 가지급금에 대한 1998∼2001 사업년도의 세무조정 및 소득금액계산이 위법하다고 볼 만한 증거가 없고, 원고가 업무관련비용을 추가로 지출하였는지에 관하여 보면 이에 부합하는 듯한 갑28증의 기재만으로는 원고가 업무와 관련하여 비용을 지출하였고 위와 같은 지출이 2002 사업연도 소득금액을 산정함에 있어서 반영되지 않았다고 보기에는 부족하고, 달리 원고의 주장을 인정할 증거가 없으므로, 2002년도 귀속 원천징수 근로소득세 부과처분은 위법하다고 볼 수 없다.

(마) 소결론

따라서 1998∼2001년도 귀속 원천징수 근로소득세에 대한 소송의 대상은 2003. 5. 1자 각 처분이므로, 이와 다른 전제에서 2004. 3. 26.자 1998∼2001년도 귀속 원천징수 근로소득세 부과처분의 취소를 구하는 청구 부분은 부적법하고, 2004. 3. 26.자 1998∼2001년도 귀속 원천징수 근로소득세 부과처분 및 2005. 9. 9.자 2002년도 귀속 원천징수 근로소득세 부과처분은 위법하다고 볼 수 없으므로, 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

3. 결론

그렇다면 이 사건 소 중 원고의 2004. 3. 26.자 1998∼2002년도 귀속 각 원천징수 근로소득세 부과처분 취소 청구 부분은 부적법하여 이를 각 각하하고, 피고가 원고에 대하여 한 2006. 8. 8. 1997 사업연도 법인세 1,501,012,629원의 부과처분 중 591,116,400원을 초과하는 부분과 2004. 3. 26. 1998 사업연도 법인세 104,910,957원의 부과처분 중 23,630,220원을 초과하는 부분을 각 취소하며, 원고의 나머지 청구는 이유 없어 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결 한다.

[서울고등법원2007누11667 (2008.01.11)]

2. 원고 및 피고의 항소를 모두 기각한다.

3. 원고의 청구취지 확장에 따른 소송비용은 피고가, 항소비용은 각자 부담한다.

피고가 원고에 대하여 한,

가. 2006.8.8.자 1997 사업연도 법인세 1,501,912,629원의 부과처분,

나. 2004.3.26.자 1998 사업연도 법인세 104,910,957원의 부과처분 중 3,187,207원을 초과하는 부분(원고는 제1심에서 23,639,222원을 초과하는 부분의 취소를 구하다가 당심에서 청구취지를 위와 같이 확장하였다),

다. 2005.3.24.자 1999 사업연도 법인세 37,393,501원의 부과처분,

라. 2005.3.24.자 2000 사업연도 법인세 649,115,470원의 부과처분 중 95,863,704원을 초과하는 부분

마. 2005.3.24.자 2001 사업연도 법인세 296,754,251원의 부과처분 중 45,230,914원을 초과하는 부분,

바. 2005.3.24.자 2002 사업연도 법인세 106,921,195원의 부과처분,

사. 2003.5.1.자 1998년도 귀속 원천