원심판결 이유에 의하면 원심은, 그 내세운 증거에 의하여 서울특별시에서는 1987. 9. 19.경부터 개인택시운송사업자의 차고지확보를 의무화하고 있는 사실, 원고는 1992. 11. 16. 개인택시운송사업면허를 얻어 (자동차등록번호 1 생략) 개인택시를 운전하는 자인데, 1993. 10. 18.부터 서울 노원구 (주소 1 생략)에서 ○○주차장을 경영하는 소외 1과 사이에 차고지계약을 체결하고 위 주차장을 원고의 개인택시 차고지로 이용하여 왔으나 위 주차장이 재개발사업을 이유로 1996. 2. 28. 폐쇄된 사실, 피고는 같은 해 5. 28.경 원고에게 같은 해 6. 30.까지 차고지를 확보할 것을 지시하였으나 원고는 같은 해 8. 19.에서야 비로소 중계동에 차고지를 마련하여 이를 피고에게 신고한 사실, 그러자 피고는 원고에게 1996. 6. 30.까지 차고지를 확보하여 신고하지 아니하였다는 이유로 자동차운수사업법시행령(이하 법시행령이라고만 한다) 제3조 제1항 [별표 1]의 제5호를 적용하여 같은 해 12. 9.자로 원고에 대하여 금 1,000,000원의 과징금을 부과하는 처분을 한 사실을 각 인정한 다음, 원고는 위 ○○주차장이 폐쇄된 때로부터 중계동에 차고지를 확보할 때까지는 차고지 없이 개인택시운송사업을 하였다 할 것이고 이는 법 제31조의2 제1항, 제31조 제1항 제1호 소정의 과징금부과사유에 해당한다 할 것이나, 원고가 위와 같이 차고지 없이 개인택시운송사업을 한 것은 법시행령 제3조 제1항 [별표 1]의 제5호 (마)목에 해당하므로 이 사건 과징금의 액수는 금 100,000원으로 정함이 상당하다 할 것이고, 따라서 이 사건 처분 중 금 100,000원을 초과하는 부분은 재량권을 일탈·남용한 것으로 위법하다며 이 부분만 취소하였다.

기록에 의하여 살펴보면, 원심이 원고의 위와 같은 행위를 법시행령 제3조 제1항 [별표 1]의 제5호 (마)목에 해당한다고 판단한 조치는 옳다고 여겨지나, 자동차운수사업면허조건 등을 위반한 사업자에 대하여 행정청이 행정제재수단으로 사업정지를 명할 것인지, 과징금을 부과할 것인지, 과징금을 부과키로 한다면 그 금액은 얼마로 할 것인지에 관하여 재량권이 부여되었다 할 것이므로 과징금부과처분이 법이 정한 한도액을 초과하여 위법할 경우 법원으로서는 그 전부를 취소할 수밖에 없고, 그 한도액을 초과한 부분이나 법원이 적정하다고 인정되는 부분을 초과한 부분만을 취소할 수는 없는 것 임에도(대법원 1993. 7. 27. 선고 93누1077 판결 참조), 원심이 위와 같이 그 일부분만을 취소한 조치에는 과징금부과처분취소에 관한 법리를 오해하여 판결에 영향을 미친 위법을 저질렀다 할 것이다.

그러므로 원심판결을 파기하고 사건을 다시 심리·판단하게 하기 위하여 원심법원에 환송하기로 관여 법관들의 의견이 일치되어 주문과 같이 판결한다.