2. 피고가 20OO. O. OO. 원고에 대하여 한 20OO 사업연도 법인세 O,OOO,137,810원(가산세 포함)의 부과처분 중 OOO,660,630원을 초과하는 부분을 취소한다.

3. 원고의 나머지 청구를 각 기각한다.

4. 소송비용 중 1/5은 원고가, 나머지는 피고가 각 부담한다.

청 구 취 지

피고가 20OO. O. OO. 원고에 대하여 한, 20OO 사업연도 법인세 O,OOO,622,410원(가산세 포함)의 부과처분 중 O,OOO,545,180원을 초과하는 부분, 20OO 사업연도 법인세 O,OOO,137,810원(가산세 포함)의 부과처분 중 OOO,651,460원을 초과하는 부분, 20OO 사업연도 법인세 산출세액 OOO,639,470원의 부과처분, 20OO 사업연도 법인세 산출세액 OOO,387,649원의 부과처분을 모두 취소한다.

가. 원고의 지위

원고는 20OO. O. O. 한국OO공사로부터 물적 분할되어 전력자원 개발 등을 목적으로 설립된 내국법인이다.

나. 이 사건 회처리장 제방시설 관련

1) 원고(이하 원고 회사가 물적 분할되기 이전의 한국OO공사와 원고를 구분하지

아니하고 '원고'라 한다)는 구 전원개발에 관한 특례법(1996. 12. 30. 법률 제5215호로 개정되기 전의 것)에 따른 전원개발사업자로서 인천 옹진군 영흥면 외리 일원에 OO화력발전소(이하 '이 사건 발전소'라 한다) 건립 사업을 진행하기 위해 19OO. O. O. 당시 통상산업부장관으로부터 전원개발사업 실시계획을 승인받았다.

2) 원고는 인천 옹진군 영흥면 외리 일원 O,OOO,172㎡(본부지 OOO,685㎡, 회처리장 O,OOO,487㎡)를 매립면적으로 하여 19OO. O. OO. 인천광역시장으로부터 구 공유수면매립법(2010. 4. 15. 공유수면 관리 및 매립에 관한 법률 제정으로 폐지된 것) 제9조의2에 따른 공유수면매립 실시계획을 인가받았는데, 인천광역시장은 위 인가에 '회처리장 부지는 회처리 완료 후 시민 편익시설로 이용할 수 있는 공공시설로 활용해야 한다'는 조건을 부가하였다.

3) 위 공유수면매립 실시계획은 이후 수차례 변경되었고, 매립면적이 이 사건 발전소 본부지 제1공구 OOO,719㎡, 본부지 제2공구 OOO,500㎡, 회처리장 O,OOO,487㎡ 합계 O,OOO,706㎡로 최종 확정되었다.

4) 원고는 19OO. O. O. 옹진군수로부터 '매립용적 O,OOO,000㎥, 매립기간 20OO년부터 20OO년까지'를 조건으로 하여 이 사건 발전소 석탄회(연소재) 처리를 위한 회처리장 O,OOO,487㎡(매립면적 O,OOO,359㎡, 제방 및 관리도로 O,128㎡, 이하 위 회처리장 전체를 '이 사건 회처리장', 제방 부분에 한하여 '이 사건 제방'이라 한다) 설치를 구 폐기물관리법(1999. 12. 31. 법률 제6096호로 개정되기 전의 것) 제30조에 따라 승인받았다.

5) 원고는 20OO년경 이 사건 발전소 본부지 제1공구 및 제2공구 매립공사와 이 사건 제방 공사를 종료하였고, 위 제방 공사에 투입된 비용을 회처리장제방시설이용권이라는 무형자산으로 계상하여 상각하기 시작하였다.

6) 원고는 20OO. O. OO. 이 사건 발전소 본부지 제1공구에 대한 준공인가를 받았고, 그 후 이 사건 제방의 재무제표상 계정과목을 '구축물'로 변경하여 위 제방 공사에 투입된 비용 중 미상각 잔액을 위 구축물의 '취득원가'로 계상한 다음, 20OO년부터 이를 매년 감가상각하여 법인세법이 정한 한도 내의 감가상각비를 손금산입하였다.

다. 이 사건 시제품 관련

1) 원고는 20OO. O. OO. 구 산업기술혁신촉진법(2013. 3. 23. 법률 제11690호로 개정되기 전의 것, 이하 같다)에 따른 기술혁신사업인 '해안 복합 풍력단지 최적 설계 및 신뢰도 향상기술 개발' 과제(이하 '이 사건 과제'라 한다)에 관하여 전담기관(한국OOO기술평가원), 참여기관{한국OO연구원, OO중공업 주식회사(이하 'OO중공업'이라 한다), 주식회사 OO중공업(이하 'OO중공업'이라 한다), OOO 주식회사(이하 'OOO'이라 한다)}들과 사이에 '지식경제 기술혁신사업 협약'(이하 '이 사건 협약'이라 한다)을 체결하였다.

2) 이 사건 과제 중 1단계는 국산 풍력발전기의 신뢰도 및 성능향상 기술개발 등을 목표로 하는 것으로서, 구체적으로는 참여기관 중 한국OO연구원은 풍력단지 상태 감시 모니터링 시스템 기술을, OO중공업은 블레이드 공력소음 해석 및 소음예측 프로그램을, OO중공업은 제어시스템 제어알고리즘 튜닝 및 최적화 기술을, OOO은 풍력발전기 니셀 구조물 설계 개산을 통한 경량화 및 지능형 주제어장치를 각 개발하여 위 각 참여기관이 해당 기술을 취득하는 것인데, 참여기관 중 한국OO연구원을 제외한 OO중공업, OO중공업, OOO(이하 합하여 'OO중공업 등'이라 한다)은 그 과정에서 인천 옹진군 영흥면 소재 원고가 관리하는 풍력발전 단지에 풍력발전기 시제품을 각 1기씩 총 3기(이하 '이 사건 시제품'이라 한다)를 설치하였고, 이 사건 협약에 따라 이 사건 시제품의 소유권은 원고에게 귀속되었다.

3) 원고는 20OO 사업연도 중 이 사건 시제품에 대한 대가로 OO중공업 등이 부담해야 할 기술료 O,OOO,318,000원을 대납하였다는 이유로 재무제표에 위 O,OOO,318,000 원을 취득원가로 한 이 사건 제품을 유형자산으로 계상하였다.

라. 이 사건 지급이자 관련

원고는 20OO, 20OO 각 사업연도에 자금조달을 위하여 국외에서 외화표시채권을 발행한 후 채권소지자인 외국법인에게 이자(원고가 20OO 사업연도 지급이자에 대하여는 이 사건으로 다투고 있지 아니하므로 20OO 사업연도 지급이자에 한하여 이하 '이 사건 지급이자'라 한다)를 지급하였고, 이 사건 지급이자가 구 조세특례제한법(2011. 12. 31. 법률 제11133호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제21조 제1항 제1호에 따라 법인세가 면제되는 외국법인의 국내원천소득에 해당함을 전제로 구 법인세법(2010. 12. 30. 법률 제10423호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제120조의2, 구 법인세법 시행령(2010. 12. 30. 대통령령 제22577호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제162조의2 제1항 제1호에 따라 지급명세서를 제출하지 않았다.

마. 서울지방국세청장의 세무조사 및 피고의 과세처분

1) 서울지방국세청장은 20OO. O. OO.부터 20OO. O. O.까지 원고에 대한 세무조사를 실시한 결과, 아래와 같이 판단하여 피고에게 과세자료를 통보하였다.

가) 이 사건 제방 관련

이 사건 제방과 관련하여 투입한 비용은 향후 이 사건 회처리장이 모두 매립되어 준공검사를 필한 때에 원고가 취득할 토지의 취득원가에 해당하므로, 원고가 20OO 내지 20OO 사업연도 사이에 손금산입한 이 사건 제방 관련 감가상각비 합계 O,OOO,641,490원1)을 손금불산입 해야 한다.

나) 이 사건 시제품 관련

OO중공업 등이 20OO년 원고에게 이 사건 시제품을 무상으로 증여하였고 위 시제품의 시가는 OO중공업 등이 이 사건 과제와 관련하여 현물 및 현금으로 지출한 총 OO,OOO,706,068원이므로, 20OO 사업연도에 위 OO,OOO,706,068원을 자산수증이익으로 익금산입하고, 원고가 20OO 사업연도에 자산으로 계상한 이 사건 시제품 취득원가 O,OOO,318,000원을 손금산입 해야 한다.

다) 이 사건 지급이자 관련

이 사건 지급이자의 경우 구 법인세법 시행령 제162조의2 제1항 제1호 소정의 '조세특례제한법에 따라 비과세・면제신청서를 제출하지 아니하는 경우'에 해당하여 지급명세서 제출 면제 대상에 해당하지 않는다는 이유로 20OO 사업연도 법인세에 관한 지급명세서미제출가산세 OOO,000,000원을 부과하여야 한다.

라) 보일러 최종과열기 튜브 교체 공사비 관련

원고는 발전소 운전정비관리규정에 의하여 기기고장을 미연에 방지하기 위해 계획예방정비지침을 마련하고 있는데, 20OO년 OO화력발전소 1, 2호기 계획예방정비공사 중 보일러 최종과열기 튜브를 교체하는 공사를 수행하였고, 공사비 O,OOO,242,122원을 수선유지비로 처리하였다. 그러나 위 공사비는 수익적 지출이 아니므로 손금불산입 해야 한다.

2) 이에 피고는 20OO. O. OO. 원고에게 20OO 사업연도 법인세 O,OOO,983,920원을, 20OO 사업연도 법인세 O,OOO,677,770원을 각각 경정・고지하였고, 20OO, 20OO 각 사업연도의 경우 다음 표와 같이 원고가 당초 신고하였던 법인세를 감액 경정(이하 '이 사건 감액 경정'이라 한다)하였으나 법인세 환급세액이 발생하여 납세고지서를 발급하지 않았다.

3) 다만 2012 사업연도의 경우 농어촌특별세 고지세액이 발생하여 이에 대한 납세고지서는 발급되었는데, '세액산출근거'란은 다음과 같다.

바. 조세심판원 결정

원고는 이에 불복하여 20OO. O. OO. 조세심판원에 심판청구를 하였고, 조세심판원은 20OO. O. OO. 위 보일러 최종과열기 튜브 교체 공사비 손금부인 부분을 취소하여 20OO, 20OO 각 사업연도의 과세표준 및 세액을 경정하되 나머지 청구는 기각한다는 결정을 하였으며, 이에 피고는 20OO 사업연도 법인세 OOO,361,510원을, 20OO 사업연도 법인세 O,OOO,593,960원을 각각 감액 경정하였다(20OO. O. OO.자 법인세 부과처분 중 위와 같이 감액되고 난 나머지 20OO 사업연도 법인세 O,OOO,622,410원, 20OO 사업연도 법인세 O,OOO,137,810원 부분을 이하 '이 사건 처분'이라 한다).

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 8호증, 을 제1호증(각 가지번호 있는 것은 가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 소 중 20OO, 20OO 각 사업연도 법인세 산출세액 부과처분 취소 청구 부분의 적법 여부

직권으로 살피건대, 법인세는 신고납부방식의 조세로서 법인세의 과세표준과 세액을 신고하는 때에 확정되고 국세기본법 제22조의2 제2항에 의하면 세법에 따라 당초 확정된 세액을 감소시키는 경정은 그 경정으로 감소되는 세액 외의 세액에 관한 이 법 또는 세법에서 규정하는 권리・의무관계에 영향을 미치지 아니한다. 또한 감액경정처분은 당초의 신고 또는 부과처분과 별개인 독립의 과세처분이 아니라 그 실질은 당초의 신고 또는 부과처분의 변경이고 그에 의하여 세액의 일부 취소라는 납세자에게 유리한 효과를 주는 처분이므로, 그 경정결정으로도 아직 취소되지 않고 남아 있는 부분이 위법하다 하여 다투는 경우에 항고소송의 대상은 당초 신고나 부과처분 중 경정결정에 의하여 취소되지 않고 남은 부분이며, 감액경정결정이 항고소송의 대상이 되지는 아니한다 할 것이다(대법원 1996. 11. 15. 선고 95누8904 판결 등 참조).

위 법리에 비추어 이 사건으로 돌아와 살피건대, 을 제1호증의 3, 4의 기재에 의하면 원고가 20OO. O. OO. 20OO 사업연도 법인세 OO,OOO,751,983원을, 20OO. O. OO. 20OO 사업연도 법인세 61,916,025,724원을 각각 신고・납부한 사실이 인정되고, 20OO, 20OO 각 사업연도 모두 이 사건 감액 경정으로 당초 신고 시 법인세 산출세액이 감액되어 오히려 법인세를 일부 환급받게 된 사실은 앞서 본 바와 같은바, 원고의 신고로 20OO, 20OO 각 사업연도 법인세의 과세표준과 세액이 확정되었고, 위와 같이 확정된 20OO, 20OO 각 사업연도 법인세액 중 이 사건 감액 경정으로 감소되는 세액 외의 세액만 남게 되었다고 봄이 상당하다. 이외에 피고가 20OO. O. OO. 원고에게 원고가 취소를 구하는 '20OO 사업연도 법인세 산출세액 OOO,639,470원의 부과처분', '20OO 사업연도 법인세 산출세액 OOO,387,649원의 부과처분'을 하였다고 인정할 아무런 증거가 없다.

따라서 이 사건 소 중 20OO, 20OO 각 사업연도 법인세 산출세액 부과처분이 존재함을 전제로 하는 부분은 행정소송의 대상이 되는 처분이 부존재하여 부적법하다(조세채무는 개별세법이 정한 과세요건의 충족에 의하여 자동적으로 성립하지만, 이와 같이 성립한 조세채무는 당해 과세표준과 세액을 구체적으로 확인한 다음 이를 납세의무자에게 통지하는 절차에 의하여 확정되는바, 2011 사업연도 법인세의 경우 원고에 대한 납세의 고지가 없었다는 사실은 앞서 본 바와 같으므로, 이와 같은 점에서도 이 사건 소 중 20OO 사업연도 법인세 산출세액 부과처분의 취소를 구하는 부분은 부적법하다).

3. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

이 사건 처분은 아래와 같은 이유로 위법하므로 취소되어야 한다.

1) 이 사건 제방 감가상각비 손금불산입의 위법

가) 자산의 분류는 회사의 취득목적에 따라 판단하는 것으로 동일한 자산이라 하더라도 취득목적이 상이하면 그 분류도 달리 하여야 하는바, 이 사건 회처리장은 유연탄을 원재료로 하는 화력발전소를 운영하는데 필수불가결한 발전시설로서 준공예정일인 20OO년 또는 그 이후까지 폐기물을 처리하기 위한 사업용 자산에 해당함이 명백하고, 위 회처리장 조성을 위한 이 사건 제방은 토지 취득 목적이 아니라 발전사업을 목적으로 하는 것이므로 별도의 사업용 자산으로서 감가상각자산에 해당하며, 이를 이미 매립을 완료하여 취득한 토지의 취득원가로 보거나 건설중인 자산으로 볼 수는 없다. 따라서 원고가 이 사건 회처리장 제방시설을 '구축물'로 보아 회계처리를 한 것은 기업회계기준에 따른 회계처리일 뿐만 아니라 계속된 회계관행에 부합한 것이다.

나) 과세관청은 20OO. O. OOOO발전 주식회사(이하 'OOOO발전'이라 한다)에 대한 세무조사 과정에서 이 사건 회처리장과 같은 회처리장의 제방시설이 감가상각대상 자산이라는 과세사실판단자문 결과(이하 '이 사건 과세사실판단자문 결과'라 한다)에 따라 한국남부발전의 감가상각비를 손금불산입하는 내용의 경정을 하지 아니하였는바 이로써 비과세관행이 성립된 것이라 볼 수 있고, 이에 정면으로 반하는 이 사건 처분은 위법하다.

다) 설령 이 사건 처분이 적법하더라도 원고가 이 사건 회처리장 제방시설을 감가상각 대상 자산이라고 판단한 데에는 위와 같이 정당한 사유가 있었으므로 적어도 이 사건 처분 중 가산세 부분은 위법하다.

2) 이 사건 시제품 관련 익금산입 및 손금산입의 위법

가) 원고는 이 사건 시제품의 소유권을 원고에게 귀속시키는 대가로 OO중공업 등이 부담하여야 할 기술료를 한국OOO기술평가원에 대납하였으므로 이 사건 시제품은 원고가 OO중공업 등으로부터 매입한 자산일 뿐 증여받은 자산이라 할 수 없다.

나) 설령 원고가 삼성중공업 등으로부터 이 사건 시제품을 증여받은 것이라고 하더라도 OO중공업 등이 이 사건 과제 수행 과정에서 지출한 총액 OO,OOO,706,068원을 위 시제품의 시가라고 볼 수 없다.

3) 이 사건 지급이자에 대한 지급명세서미제출가산세 부과의 위법

가) 구 법인세법 시행령 제162조의2 제1항 제1호의 취지는 법인세법 또는 조세특례제한법에 따라 비과세・면제신청서를 제출하여야 할 의무가 있음에도 이를 이행하지 아니한 경우에 한하여 지급명세서를 제출하여야 한다는 것인데 이 사건 지급이자는 별도의 비과세・면제신청서를 제출할 필요 없이 구 조세특례제한법 제21조 제1항에 의하여 당연히 법인세가 면제되는 소득에 해당하므로 구 법인세법 시행령 제162조의2 제1항 제1호의 규정에 따른 지급명세서 제출대상으로 볼 수 없다. 그럼에도 이와 전제를 달리 한 이 사건 처분은 위법하다.

나) 설령 법인세법 또는 조세특례제한법에 따라 비과세・면제신청서를 제출할 의무가 없는 경우에도 이를 제출하지 아니하면 지급명세서 제출의무 면제 대상에서 제외되는 것이라 해도 납세자로서는 위 법령의 취지를 파악할 수 없었으므로 원고가 이 사건 지급이자에 관한 지급명세서를 제출하지 아니한 것에는 이를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있었다. 따라서 이러한 경우에 대해서까지 가산세를 부과하는 것은 위법하다.

나. 관계 법령

별지 기재와 같다.

다. 판단

1) 이 사건 제방 감가상각비에 관하여

가) 감가상각 대상 자산 해당 여부

구 법인세법 시행령 제24조 제1항 제1호 (가)목 및 (바)목이 정한 '구축물' 또는 '이와 유사한 유형고정자산'에 해당하기 위해서는 토지에 정착한 건물 이외의 공작물로서 그 구조와 형태가 물리적으로 토지와 구분되어 독립적인 경제적 가치를 가진 것이어야 할 것이고, 그렇지 않은 경우에는 시간의 경과에 따라 가치가 감소하지 아니하는 자산(법인세법 제23조 제2항)인 토지와 일체로서 평가되므로 감가상각의 대상이 될 수 없다(대법원 2009. 5. 14. 선고 2006두11224 판결). 살피건대, 앞서 본 처분의 경위에 변론 전체의 취지를 더하여 알 수 있는 다음과 같은 사정들, 즉 ① 이 사건 회처리장은 이 사건 발전소 폐기물 처리를 위해 별도로 설치되는 '건물'이 아니라 위 발전소에서 배출되는 석탄회를 매립하기 위한 용도로 사용하는 공유수면의 일부를 일컫는 것에 불과하고 위 공유수면을 회처리장 용도로 사용하기 위해서는 이 사건 제방의 설치가 필수불가결한 점, ② 이 사건 발전소에서 배출되는 석탄회의 매립이 완료되면 궁극적으로는 위 공유수면에 토지가 조성되므로(이하 위 토지를 '공유수면매립지'라 한다) 이 사건 제방은 결국 공유수면매립지를 취득하기 위해 설치되는 것과 다를 바 없어 위 매립지와 경제적으로 독립한 가치를 가진다고 할 수 없고, 이러한 점에서 공유수면매립지는 이 사건 회처리장 운영의 부산물에 불과하다는 원고의 주장을 받아들일 수 없는 점, ③ 현재도 이 사건 제방의 상단은 도로로 사용되고 있는바 석탄회의 매립이 완료되면 위 제방과 공유수면매립지는 그 구조와 형태가 물리적으로 명확히 구분될 수 없을 것으로 보이는 점, ④ 향후 위 공유수면 매립이 완료될 때까지 이 사건 제방의 가치를 유지하기 위하여 개보수 비용이 소요될 것으로 보이기는 하나 그렇다고 하여 위 제방의 가치가 시간의 경과나 사용에 따라 지속적으로 감소한다고 할 수 없고, 오히려 특단의 사정이 없는 한 이 사건 제방의 가치가 공유수면매립지와 함께 계속 유지될 것으로 보이는 점, ⑤ 따라서 이 사건 제방의 건설비용은 추후 공유수면매립지의 가치에 흡수될 것으로 보이는 점, ⑥ 원고는 이 사건 제방과 달리 이 사건 발전소 본부지 제1공구 부지 조성을 위한 제방 건설비용은 위 부지 부분 공유수면을 매립하여 소유권을 취득한 토지의 취득원가로 계상하였는데, 공유수면 매립을 흙으로 하여 매립지를 곧바로 발전소 부지로 사용할 것인지 아니면 석탄회로 매립하다가 나중에 복토를 할 것인지 여부는 공유수면 매립 사업과정의 일부에 불과할 뿐 제방을 회계상 어떻게 인식할 것인지에 관하여 본질적인 차이를 불러일으키는 요소라고 볼 수는 없는 점 등에 비추어 보면, 이 사건 제방을 감가상각의 대상이라고 보기는 어려우므로, 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

나) 비과세관행 성립 여부

국세기본법 제18조 제3항이 규정하고 있는 '일반적으로 납세자에게 받아들여진 세법의 해석 또는 국세행정의 관행'이란 비록 잘못된 해석 또는 관행이라도 특정납세자가 아닌 불특정한 일반납세자에게 정당한 것으로 이의 없이 받아들여져 납세자가 그와 같은 해석 또는 관행을 신뢰하는 것이 무리가 아니라고 인정될 정도에 이른 것을 말하고, 그와 같은 비과세관행이 성립하려면, 상당한 기간에 걸쳐 과세하지 아니한 객관적 사실이 존재할 뿐만 아니라, 과세관청 자신이 그 사항에 관하여 과세할 수 있음을 알면서도 어떤 특별한 사정 때문에 과세하지 않는다는 의사가 있어야 하므로, 위와 같은 공적 견해의 표시는 비과세의 사실상태가 장기간에 걸쳐 계속되는 경우에 그것이 그 사항에 대하여 과세의 대상으로 삼지 아니하는 뜻의 과세관청의 묵시적인 의향의 표시로 볼 수 있는 경우 등에도 이를 인정할 수 있다(대법원 2009. 12. 24. 선고 2008두15350 판결). 위 법리에 비추어 이 사건으로 돌아와 살피건대, 갑 제11호증의 기재 및 이 법원의 OOOO발전 주식회사, OOOO발전 주식회사, OOOO발전 주식회사, OOOO발전 주식회사(이하 원고까지 합하여 '화력발전 5사'라 한다)에 대한 각 사실조회결과에 의하면, 위 각 회사는 회처리장 제방시설을 감가상각 대상 자산인 '구축물'로 보아 회계처리를 하고 있는 사실, 과세관청이 OOOO발전에 대한 세무조사 과정에서 20OO. O. O. 과세사실판단자문위원회에 회처리장 제방시설을 감가상각 대상 자산으로 볼 수 있는지에 관하여 자문을 신청하였고 그 무렵 이 사건 과세사실판단자문 결과가 채택된 사실을 인정할 수 있다. 그러나, 화력발전 5사는 모두 한국OO공사로부터 분할된 자회사로서 이해관계가 실질적으로 동일한 회사들이므로 화력발전 5사에서 회처리장 제방시설을 감가상각 대상 자산인 구축물로 계상하였다는 사정만으로 이를 계속된 회계관행이라고 볼 수 없을 뿐만 아니라, 과세사실판단자문사무처리규정 제2조 제1항, 제10조에 의하면 국세공무원은 세무조사의 업무처리 중 과세쟁점사실, 즉 국세의 부과 등과 관련된 일정한 사실관계를 확정하거나 확정된 사실관계를 해석된 법령에 적용함에 있어서 국세공무원과 납세자 간에 다른 의견이 있거나 있을 소지가 있는 경우 그 사실관계 전부에 대하여 과세사실판단자문위원회에서 심의하여 과세여부 등을 판단해 줄 것을 신청할 수 있는바, 규정상 위 절차는 임의적인 것에 불과하므로 과세사실판단자문위원회의 의결이 있었다고 하더라도 이를 두고 과세관청이 신뢰의 대상이 되는 공적인 견해표명을 한 것으로 볼 수 없으며, 나아가 과세사실판단자문사무처리규정 제23조 제1항은 "과세사실판단자문신청에 대한 심의결과를 통보받은 신청인은 그 결과를 업무처리에 활용하여야 한다."라고 규정하고 있을 뿐, 반드시 그 결과에 따라 업무처리를 하여야 한다고 규정하고 있지는 아니한 점까지 더하여 보면, 원고가 제출한 증거들만으로는 이 사건 제방을 감가상각 대상 자산인 구축물로 보아 감가상각을 인정하는 관행이 성립되었다고 인정하기 부족하고, 달리 이를 인정할 증거가 없다. 따라서 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

다) 가산세 면제에 관한 정당한 사유의 존부

세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 사유 없이 법에 규정된 신고・납세의무 등을 위반한 경우에 법이 정하는 바에 의하여 부과하는 행정상의 제재로서, 납세자의 고의・과실은 고려되지 아니하며, 또한 납세의무자가 그 의무를 알지 못한 것이 무리가 아니었다고 할 수 있어서 그를 정당화할 수 있는 사정이 있는 경우에는 가산세를 부과할 수 없는 것이지만, 법령의 부지 또는 오인은 그 정당한 사유에 해당한다고 볼 수 없다(대법원 2013. 5. 23. 선고 2013두1829 판결 등 참조).

살피건대, 앞서 본 처분의 경위와 인정사실에 변론 전체의 취지를 더하여 알수 있는 다음과 같은 사정, 즉 ① 원고가 이 사건 제방을 구축물로 계상하여 감가상각하기 시작한 것은 20OO. O.경으로 이 사건 과세사실판단자문 결과가 나오기 약 4년 전이었던 점, ② 화력발전 5사가 회처리장 제방시설을 감가상각 대상 자산이 구축물로 계상하였다는 사정과 이 사건 과세사실판단자문 결과만으로 그와 같은 회계관행이 성립하였다고 보기 어려움은 앞서 본 바와 같은 점 등에 비추어 보면, 원고가 주장하는 사정들만으로는 원고가 법인세의 신고・납부 의무의 이행을 해태한 데에 정당한 사유가 있다고 인정하기 부족하며 달리 이를 인정할 증거도 없다. 따라서 원고의 이 부분 주장 역시 이유 없다.

2) 이 사건 시제품 관련 익금산입 및 손금산입에 관하여

가) 인정사실

(1) 이 사건 협약서의 주된 내용은 다음과 같다.

(2) 참여기관이 한국OOO기술평가원장에게 제출한 참여기업대표의 기술개발사업 참여의사 확인서에는 "위의 연구개발과제 수행을 위하여 제출한 지식경제 기술혁신사업 계획서의 사업내용에 동의하고, 신재생에너지기술개발사업 관련 법령의 제반사항을 준수하면서 기술개발사업에 적극 참여하겠으며, 개발완료 후 최종평가 결과에 따라 해당 기술료의 납부 규정도 준수할 것을 확약합니다."라는 문구가 기재되어 있다.

(3) 이 사건 과제의 최종보고서에는 참여기관별 '사업화 계획 및 매출실적'이 기재되어 있다.

[인정근거] 갑 제4 내지 6호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

나) 판단

살피건대, 위 인정사실에 변론 전체의 취지를 더하여 알 수 있는 다음과 같은 사정, 즉 ① 이 사건 협약서 제4조 제4항에 의하면 OO중공업 등 참여기관은 이 사건 과제 수행의 결과를 활용할 수 있는 권한을 가지고, 이 사건 과제의 최종보고서에는 참여기관별 '사업화 계획'이 포함되어 있는바, 이 사건 과제 수행의 결과란 위 과제 수행에 따라 참여기관들이 각기 개발한 기술을 의미하는 것이고 '사업화 계획'이란 위 기술을 활용한 사업 계획을 의미하는 것으로 보이는 점, ② 한편 구 산업기술혁신촉진법 제12조 제1항에 의하면 지식경제부장관은 산업기술개발사업이 끝난 경우에는 그 결과를 사용・양도・대여 또는 수출하려는 자로부터 기술료를 징수할 수 있고, 이 사건 협약서 제11조 제1항 본문에 의하면 원고는 기술료를 참여기관으로부터 징수하여 이를 전담기관인 한국OOO기술평가원에 납부하여야 하며, 참여기업대표의 기술개발사업 참여의사 확인서에도 기술료의 납부 규정 준수 확약 내용이 포함되어 있는 점에 비추어 기술료의 부담 주체는 원칙적으로 OO중공업 등 참여기관인 것으로 판단되는 점, ③ 그런데 이 사건 협약서 일반조건에 "1단계 사업에 참여한 풍력발전기(이 사건 시제품)는 건설이 완료된 이후 주관기업(원고)에게 무상으로 양도하여야 하며, 해당기관(참여기관)의 기술료는 주관기관(원고)이 납부키로 한다."라고 정하고 있는바, 위 규정의 문언상 원고는 이 사건 시제품 취득의 대가로 삼성중공업 등에게 삼성중공업 등이 부담해야 할 기술료를 대납하여 준 것으로 해석되는 점 등에 비추어 보면, 피고가 주장하는 사정들만으로는 OO중공업 등이 원고에게 이 사건 시제품을 무상으로 증여하였다고 보기 어렵고, 달리 이를 인정할 증거가 없다. 설령 이와 달리 보더라도 을 제7호증(확인서)의 기재만으로는 이 사건 시제품의 시가가 피고 주장과 같이 OO중공업 등이 이 사건 과제 수행과 관련하여 현물 및 현금으로 지출한 금액의 합계인 OO,OOO,706,068원이라고 단정하기 어렵고, 달리 이를 인정할 증거가 없다. 따라서 피고가 OO중공업 등이 이 사건 과제 수행에 지출한 총 OO,OOO,706,068원을 20OO 사업연도에 자산수증이익으로 익금산입하고, 원고가 20OO 사업연도에 자산으로 계상한 이 사건 시제품 취득원가 O,OOO,318,000원을 손금산입한 것은 위법하다.

3) 이 사건 지급이자에 관하여

가) 구 법인세법 시행령 제162조의2 제1항 제1호가 정한 지급명세서 제출대상의

범위

(1) 지급명세서 제출의무에 관한 규정

구 법인세법 제120조의2 제1항은 국내원천소득을 외국법인에 지급하는 자는 원칙적으로 납세지 관할 세무서장에게 지급명세서를 제출하여야 한다고 규정하면서 다만 그 단서에서 비과세 또는 면제대상임이 확인되는 소득 등 대통령령으로 정하는 소득을 지급하는 경우에는 지급명세서를 제출하지 않는 것으로 규정하고 있다. 이에 관하여 구 법인세법 시행령 제162조의2 제1항 제1호는 법인세법 및 조세특례제한법에 의하여 법인세가 과세되지 아니하거나 면제되는 국내원천소득에 대해서는 지급명세서를 제출할 의무가 없다고 규정하면서(이하 '특례규정'이라 한다) 다만, '법인세법 또는 조세특례제한법에 따라 비과세・면제신청서를 제출하지 아니하는 경우'에는 지급명세서를 제출하여야 한다고 규정하고 있다(이하 '제외규정'이라 한다).

(2) 제외규정의 해석

조세법률주의의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석하여야 할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니한다(대법원 2014. 2. 13. 선고 2012두20540 판결 등 참조). 앞서 본 바와 같이 특례규정은 법인세가 면제되는 국내원천소득에 대해서는 지급명세서 제출의무를 면제해 주면서도 제외규정을 통하여 비과세・면제신청서를 제출하지 '아니하는' 경우에는 원칙으로 돌아가 지급명세서를 제출하여야 한다고 규정하여 그 면제범위를 제한하고 있다. 이에 관하여 원고는 비과세・면제신청서를 제출하여야 할 의무가 있는 자가 이를 해태한 경우에만 제외규정을 적용할 수 있다고 주장하지만, 제외규정의 문언은 그와 같이 비과세・면제신청서가 '의무에 반하여 제출되지 아니한' 경우만을 적용대상으로 한정하고 있지 않고 결과적으로 비과세・면제신청서를 제출하지 '아니하는' 모든 경우를 대상으로 규정하고 있을 뿐이다. 따라서 제외규정에 따라 지급명세서를 제출해야 하는 대상에는 비과세・면제신청서 제출의무가 이행되지 않은 경우뿐만 아니라 처음부터 비과세・면제신청서를 제출할 필요가 없거나 제출대상에 해당하지 않는 경우까지도 모두 포함된다고 새기는 것이 타당하다. 제외규정의 전제가 된다고 할 수 있는 특례규정 역시 '법인세법 및 조세특례제한법에 의하여 법인세가 과세되지 아니하거나 면제되는 국내원천소득' 전부를 대상으로 규정하고 있을 뿐 그 중에서도 '법률의 규정에 의하여 별도의 신청서 제출없이 비과세・면제되는 소득'은 제외한 채 '신청서를 제출하여야 비과세・면제되는 소득'만을 적용대상으로 규정하고 있지 아니하다.

또한, 법인세법상 지급명세서는 소득을 지급하는 자와 이를 지급받는 자에 관한 사항 및 지급하는 소득의 종류, 지급일자, 지급액 등을 기재하여 과세의 기초정보를 보고하는 것으로 그 개념상 비과세・면제신청서의 제출의무를 당연히 전제하는 것이 아니다. 법인세법 시행령은 2010. 2. 18. 개정(대통령령 제22035호)을 통하여 특례규정의 적용범위를 제한하는 제외규정을 신설하였는데, 그 개정취지 역시 별도의 신청서를 제출하지 않더라도 국내세법에 의하여 당연히 비과세 또는 면세되는 소득의 경우 소득수취자의 과세정보를 확인하는데 어려움이 있었다는 점을 감안하여, 지급명세서를 제출받음으로써 관련 자료를 확보하기 위함이다. 나아가 법인세법 시행령은 2014. 2. 21. 개정(대통령령 제25194호)을 통하여 제외규정의 적용대상이 되는 '비과세・면제신청서를 제출하지 아니하는 경우'를 구체적으로 열거하였는데 그 중 하나로 이 사건 지급이자와 같이 조세특례제한법 제21조 제1항에 따라 비과세되는 국내원천소득을 규정하여 비과세・면제신청서를 제출할 의무가 없는 경우에도 지급명세서의 제출대상이 될 수 있다는 점을 명확히 확인하였다(만일 원고의 주장과 같이 비과세・면제신청서를 제출할 의무가 없는 경우에는 논리필연적으로 지급명세서의 제출대상이 될 수 없는 것이라면 위와 같은 개정이 불가능하였을 것이다).

(3) 이 사건 지급이자의 경우

이 사건 지급이자는 외국법인에게 지급하는 내국법인이 발행하는 외화표시채권의 이자로서 구 법인세법 제93조 제1호 가목이 정한 국내원천소득이자 구 조세특례제한법 제21조 제1항에 의하여 비과세・면제신청서를 제출하지 않더라도 당연히 법인세가 면제되는 소득이다. 따라서 이 사건 지급이자는 일응 특례규정이 정한 법인세가 면제되는 국내원천소득에는 해당하나 동시에 비과세・면제신청서를 제출하지 아니하는 경우로서 제외규정의 적용을 받아 다시 구 법인세법 제120조의2 제1항이 정한 원칙에 따라 납세지 관할 세무서장에게 지급명세서를 제출해야 하는 소득에 해당한다. 그럼에도 원고는 이 사건 지급이자에 관한 지급명세서를 전혀 제출하지 않았으므로 지급명세서미제출가산세의 부과대상이 되고, 이와 다른 전제에 선 원고의 주장은 이유없다.

나) 가산세 면제에 관한 정당한 사유의 존부

앞서 본 가산세에 관한 법리에 비추어 이 사건을 보건대, 관계 법령의 체계와 문언 등에 비추어 볼 때 제외규정이 비과세・면제신청서를 제출할 필요가 없이 국내세법에 의하여 법인세가 부과되지 않는 소득에 대해서도 지급명세서 제출대상으로 규정하고 있음은 앞서 본 바와 같다. 그런데 원고가 이와 달리 제외규정에 의한 지급명세서 제출대상이 비과세・면제신청서를 제출할 의무가 있음에도 이를 이행하지 아니한 경우로 국한된다고 판단한 것은 자의적으로 법령을 해석한 나머지 법문에도 없는 내용을 오신한 것에 지나지 않는다. 따라서 원고가 이 사건 지급이자에 대한 지급명세서를 제출하지 아니한 것에 정당한 사유가 있다고 보기 어렵고, 달리 이를 인정할 증거도 없다. 이에 반하는 원고의 주장 역시 이유 없다.

라. 소결

피고는 원고에게 이 사건 처분으로 20OO 사업연도 법인세 O,OOO,622,410원, 20OO 사업연도 법인세 O,OOO,137,810원을 부과하였고, 원고는 20OO 사업연도 법인세 O,OOO,622,410원(가산세 포함)의 부과처분 중 O,OOO,545,180원을 초과하는 부분, 20OO 사업연도 법인세 O,OOO,137,810원(가산세 포함)의 부과처분 중 OOO,651,460원을 초과하는 부분의 각 취소를 구하고 있다. 그런데 앞서 위법하다고 판단한 이 사건 시제품 관련 익금산입 및 손금산입 부분을 취소하여 법인세 정당세액을 계산할 경우, 변론 전체의 취지에 의하면 20OO 사업연도는 O,OOO,579,490원, 20OO 사업연도는 OOO,660,630원이 되므로, 피고가 20OO. O. OO. 원고에 대하여 한 20OO 사업연도 법인세 O,OOO,137,810원의 부과처분 중 OOO,660,630원을 초과하는 부분은 위법하므로 취소되어야 하는 한편, 20OO 사업연도의 경우 원고가 오히려 법인세를 추가 납부하여야 하는 결과에 이르므로 결국 원고의 위 사업연도 부분 청구는 이유 없게 된다.

4. 결 론

그렇다면 원고의 이 사건 청구는 위 인정범위 내에서 이유 있어 이를 인용하고, 나머지 청구는 각 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.