2. 소송비용은 원고가 부담한다.

가. 원고는 택시운수업을 영위하는 법인으로서 원고 공동대표이사 정AA, 정BB 및 정AA의 처와 자녀가 100% 주식지분을 가지고 있는 XX프라임산업 주식회사(이하 'XX프라임')에 2004년부터 2006년까지 자금을 대여하고 연 6%의 이자를 수입하였다.

나. 서울지방국세청장은 2009. 8. 11.부터 2009. 10. 30.까지 원고 법인의 2004년 내 지 2006년 사업연도에 대한 법인제세 통합조사를 실시하였다. 피고는 위 조사결과를 바탕으로 원고가 특수관계자인 XX프라임에 시가보다 낮은 이자율로 자금을 대여함으로써 조세부담을 부당하게 감소시킨 것으로 보아 법인세법(2009. 12. 31. 법률 제9898 호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제52조 제1항, 제2항, 법인세법 시행령(2007. 2. 28. 대통령령 제19891호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제88조 제1항 제6호, 제89조 제3항 본문에 의하여 당좌대출이자율 연 9%를 적용하여 2004 내지 2006 사업연도 인 정이자 합계액 114,586,971원을 익금에 산입하였다.

다. 한편 피고는 원고가 XX프라임에게 지급한 대여금은 '법인이 특수관계자에게 업무와 관련 없이 지급한 가지급금 등'에 해당된다고 보고 법인세법 제28조 제1항 제4호 나.목, 법인세법 시행령 제53조 제l항에 의하여 위 대여금과 관련된 2004 내지 2006 사업연도 원고의 차입금 지급이자 합계액 252,728,449원을 손금불산업하였다.

라. 각 사업연도별 익금산입 및 손금불산입 상세내역은 다음과 같다.

마. 피고는 2010. 2. 3. 원고에 대하여 2005 사업연도 법인세 6,603,540원, 2006 사 업연도 법인세 101,671,930원을 각 경정 ・ 고지하였다(이하 '이 사건 부과처분'이라 한다)

인정 근거 다툼 없는 사실, 갑 제1(가지번호 포함, 이하 같다), 2호증, 을 제1 내지 5호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 부과처분의 적법여부

가. 원고의 주장

1) 부당행위계산부인 적용 관련

원고는 은행대출이자율을 적정하게 감하여 연 6%의 이자율을 적용하여 XX프라임에게 대여한 것으로서 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 사실이 없으므로, 법인세법 제52조 소정의 부당행위계산부인의 대상이 되지 아니한다.

2) 지급이자 손금불산입 관련

XX프라임은 액화가스충전업체로서 원고의 택시운수업과 밀접한 관련이 있는 점, 원고에게 차량연료를 시가보다 할인된 금액으로 제공하고 있는 점, 원고 소유의 건물을 임차하여 매월 높은 수준의 임대료를 지급하고 있는 점 등을 고려하여 볼 때, 원고의 XX프라임에 대한 대여금은 원고의 엽무와 관련성이 있으므로, 이와 관련된 차입금의 지급이자는 법인세법 제28조 제1항 제4호 나.목 소정의 손금불산업 대상이 되지 아니한다.

나. 관계법령

별지 기재와 같다.

다. 판단

1) 부당행위계산부인 규정의 적용 여부

먼저 XX프라임은 원고의 임원인 정AA, 정BB과 그 친족이 발행주식 100%를 소유하고 있는 회사로서, 법인세법 시행령 제87조 제1항 제3호, 제4호에 의하여 원고와 특수관계에 있음은 분명하다. 법인세법 제52조 제1항에서 특수관계자와의 거래로서 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당히 감소시키는 것을 '부당행위계산'으로 정의하면서 제3항에서 구체적인 부당행위계산의 유형을 시행령에 위임하고 있으며, 법인세법 시행령 제88조 제1항 제6호는 이를 받아 부당행위계산의 유형 중 하나로 '자산을 시가 보다 낮은 이율로 대부하는 경우'를 적시하고 있다. 한편, 위 시가에 관하여 법인세법 시행령 제89조 제3항은 금전의 대여에 있어서는 재정경제부령이 정하는 당좌대출이자 율을 시가로 정의하면서 그 구체적인 수치는 재정경제부령에 위임하고 있고, 법인세법 시행규칙(2007. 3. 30. 재정경제부령 제547호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제43조 제1항, 국세청고시 규정 등에 의하면 시가에 부합하는 이자율이 연 9%임을 알 수 있다. 앞에 서 본 바와 같이 원고가 특수관계자인 XX프라임에 자금을 대여하면서 연 9%보다 낮은 연 6%의 이자를 수취한 이상, 위 법령들에 의하여 부당행위계산에 해당 된다고 보아 원고의 위와 같은 계산을 배제하고, 시가에 부합하는 이자율인 연 9%로 이자소득을 재산정하여 각 사엽연도별로 익금산업한 이 사건 부과처분에 어떠한 위법 이 있다고 보기 어렵다. 따라서 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

2) 지급이자 손금불산입의 적용 여부

법인세법 제28조 제1항 제4호 나.목에서는 '특수관계자에게 당해 법인의 업무와 관련 없이 지급한 가지급금 등 대통령령이 정하는 자산을 보유하고 있는 내국법인이 각 사업연도에 지급한 차입금의 이자 중 대통령령에 따라 계산한 금액(차입금 중 당해 자산가액에 상당하는 금액의 이자를 한도로 함)'을 손금불산입의 대상으로 규정하고 있고, 법인세법 시행령 제53조 제1항은 위와 같은 자산의 유형을 보다 구체화하여 '명칭 여하에 불구하고 당해 법인의 업무와 관련이 없는 자금의 대여액'으로 정의하고 있다. 위 규정들에 의한 자산에는 순수한 의미의 대여금은 물론 구상금 채권 등과 같이 채권 의 성질상 대여금에 준하는 것도 포함되고, 적정한 이자율에 의하여 이자를 받으면서 가지급금을 제공한 경우도 포함된다 할 것이며, 가지급금의 업무관련성 여부는 당해 법인의 목적사업이나 영업내용을 기준으로 객관적으로 판단하여야 한다(대법원 2003. 3. 11. 선고 2002두4068 판결 등 참조).

원고는 액화석유가스충전업체인 XX프라임이 택시운수업체인 원고에게 시가보다 할인된 금액에 연료를 제공하고 있고, 원고 소유 건물을 임차하면서 높은 수준의 임대료를 지급하고 있으므로 XX프라임에 대한 대여행위가 원고의 업무와 관련성이 있다고 주장하나, 원고가 주장하는 바와 같은 사정을 인정할만한 별다른 증거를 제출하고 있지 아니하고, 가사 그와 같은 사정들이 인정된다고 하더라도, 원고의 목적사업 및 영업내용에 비추어 볼 때 위 대여금이 원고의 사업과 어떠한 직접적인 견련성이 있다고 보기도 어렵다. 따라서 원고의 이 부분 주장도 이유 없다.

3. 결론

그렇다면, 원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.