2. 피고가 2010. 6. 11. 원고에 대하여 한 2007년 귀속 양도소득세 000원에 대한 경정청구 거부처분을 취소한다.

3. 소송총비용은 피고가 부담한다.

아래의 사실은 당사자 사이에서 다툼이 없거나 갑 제1 내지 5, 8호증, 을 제1 내지 3호증(가지번호 포함)의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하여 인정된다.

[1]

○ 원고는 1999. 10. 15. 서울 서초구 0000 OO아파트 0000호(이하 '이 사건 구주택'이라 한다)를 000원에 취득하였다. 원고는 BBB재건축조합의 조합원으로서의 지위를 취득한 후 위 재건축조합으로부터 분양받은 같은 동 OOOOO아파트 000동 00000호(이하 '이 사건 신축주택'이라 한다)를 2007. 12. 14. 000원에 양도한 후 양도소득금액을 0000원으로 계산하여 피고에게 양도소득세 0000원을 신고・납부하였다.

○원고는 2010. 3. 8. 피고에게, 이 사건 신축주택을 그 취득일인 2004. 12. 14.(사용검사 승인일)로부터 5년 이내에 양도하였으므로「조세특례제한법」(2008. 12. 26. 법률 제9272호로 개정되기 전의 것, 이하 '법'이라고 한다) 제99조의3 제1항이 규정하는 양도소득세 전액 감면 대상에 해당한다는 이유로 원고가 납부한 양도소득세액 0000원에서 법에 따른 조세감면 시 부과되는 농어촌특별세를 공제한 나머지 금액인 0000원을 환급하여 달라는 경정청구를 하였다.

○ 이에 대하여 피고는 2010. 6. 11., 이 사건 신축주택이 법 제99조의3 제1항 소정의 취득기간(2001. 5. 23.~2003. 6. 30.) 경과 후에 사용승인을 받았으나 재건축조합이 그 취득기간 내에 잔여주택에 대한 매매계약을 직접 체결하여 계약금을 납부 받은 사실이 있는 경우에 해당하고, 이 사건 신축주택은 잔여주택의 일반분양 당시 고급주택에 해당하지 않으므로 원고가 이 사건 신축주택을 취득하여 5년 이내에 양도함으로써 발생한 소득에 대해서는 양도소득세가 면제된다고 전제한 후, 다만 신축주택의 취득일로부터 5년 이내의 양도소득에 대해서만 양도소득세가 면제되는 것이어서 이 사건 구주택의 취득일부터 신축주택 취득일(사용검사 승인일) 전까지의 소득에 대한 양도소득세는 면제되지 않고 이 사건 신축주택의 취득일인 2004. 12. 14.부터 양도일인 2007. 12. 14.까지의 양도소득에 대한 양도소득세만이 면제되므로 이 사건 구주택을 취득한 때로부터 이 사건 신축주택을 양도한 때까지 발생한 소득에 대한 양도소득세 산출세액 124,183,081원에서 면제되는 양도소득세액을 000원으로 계산하여 00000원만을 환급하고 나머지 금액에 대하여는 환급을 거부하는 처분을 하였다가, 2010. 8. 13. 면제되는 양도소득세액을 0000원으로 경정하여 00원을 추가로 환급하는 처분을 하여 결국 원고가 환급을 구하는 금액 중 000원(=0000원-0000원-00000원)에 관해서는 환급을 거부하였다(피고의 경정청구 거부처분 중 이와 같이 추가 환급된 부분을 제외한 나머지를 편의상 '이 사건 처분'이라 한다).

[2]

○피고는 이 사건 신축주택 취득 후 발생한 감면대상 양도소득세액을 계산함에 있어서, 신축주택의 취득일로부터 5년이 경과한 후에 양도하는 경우에 과세대상 소득금액에서 차감하는 당해 신축주택의 취득일로부터 5년간 발생한 양도소득금액을 계산하는 방법인「조세특례제한법」시행령(2009. 2. 4. 대통령령 제21307호로 개정되기 전의 것, 이하 '시행령'이라고 한다) 제99조의3 제2항, 제40조 제1항을 준용하여, 전체 양도소득금액을 기준시가를 이용하여 안분하여 환산하는 방법으로 감면대상 양도소득금액을 계산하였는데, 그 구체적인 계산식 및 계산금액은 다음과 같다.

(계산금액 생략)

○피고가 위 전체 양도소득금액 00000원을 계산함에 있어서는「소득세법」시행령(2008. 2. 22. 대통령령 제20618호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제166조 제2항 제1호에 따라 계산하였다.

2. 원고의 주장

가. 신축주택 취득일까지의 양도소득에 대한 양도소득세를 면제하지 않은 위법

(1) 구주택을 취득하여 보유하다가 주택재건축으로 신축주택을 취득하여 그 취득일로부터 5년 이내에 양도한 경우에는 그 신축주택을 양도함으로써 발생하는 모든 소득에 대하여 양도소득세가 전액 면제되어야 한다. 따라서 구주택 취득일부터 신축주택 취득일 전일까지의 양도소득에 대하여 양도소득세가 부과될 수 없다. 설령 그렇지 않다 하더라도 법 제99조의3 제1항에 의하여 면제되는 신축주택의 양도로 인한 양도소득세는 재건축조합이 재건축사업계획승인을 받은 2000. 12. 16.부터 이 사건 신축주택의 양도일인 2007. 12. 14.까지의 기간 동안 발생한 양도소득세라고 보아야 한다. 만약 조합원이 '부동산을 취득할 수 있는 권리'를 취득하게 되는 재건축사업계획승인일 이후부터 신축주택 양도일까지의 양도소득금액에 대한 양도소득세를 면제받지 못한다면, 이는 일반분양자의 경우 '부동산을 취득할 수 있는 권리'를 얻게 되는 분양계약 체결 이후부터 신축주택 양도일까지의 양도소득금액 전액에 대하여 양도소득세를 면제받는 것과 균형이 맞지 않아 부당하다. 따라서 이와 다른 전제에 선 이 사건 처분은 위법하다.

(2) 과세관청은 수년 동안 주택재건축으로 신축주택을 취득하여 5년 내에 양도하는 경우에 대하여 양도소득세를 전액 감면해 왔고, 조세심판원도 이와 같은 경우에 양도소득세가 전액 감면된다는 결정을 해 옴으로써 이러한 사안에 대하여 과세하지 않겠다는 의사를 묵시적으로 표시한 것으로 볼 수 있으므로 법 제99조의3 제1항 전문에 따라 신축주택을 취득하여 5년 내에 양도하는 경우에는 양도소득세를 전액 감면한다는 비과세관행이 성립되었다고 할 것이다. 따라서 이 사건 처분은 납세자에게 받아들여진 국세행정의 관행에 반하는 것이어서 위법하다.

나. 법적 근거 없이 시행령 제40조 제1항의 계산식을 준용한 위법

피고는 감면할 양도소득세액을 계산함에 있어서 시행령 제40조 제1항의 계산식을 준용하였는바, 시행령 제40조 제1항의 계산식은 신축주택 취득일로부터 5년 이후에 양도하는 경우 그 5년이 되는 시점에 실지거래가액이 존재하지 않기 때문에 이를 기준시가로 안분하기 위한 것일 뿐임에도 피고가 아무런 법적 근거 없이 원고가 신축주택을 취득한 날로부터 5년 이내에 양도한 이 사건에 위 규정의 계산식을 적용한 것은 위법하다. 뿐만 아니라 피고는 위 계산식의 분모와 분자에서 공통으로 공제할 '취득 당시 기준시가'를 아무런 법적 근거 없이 분모의 '취득 당시 기준시가'에는 '구주택의 취득 당시 기준시가'를 대입한 반면, 분자의 '취득 당시 기준시가'에는 '신축주택의 취득 당시 기준시가'를 대입하여 원고가 이 사건 신축주택을 취득하기 위하여 납부한 조합원 분담금 000원이 분모에서 공제되지 않게 됨으로써 분모금액이 과대 산정된 결과 감면되는 양도소득금액이 부당하게 과소 산정되었다. 따라서 이 사건 처분은 위법하다.

3. 판단

가. 신축주택 취득일까지의 양도소득에 대한 양도소득세를 면제하지 않은 위법 여부

(1) 신축주택 취득일까지의 양도소득이 법 제99조의3 제1항 전문의 적용 대상인지 여부

(가)「소득세법」시행령 제166조 제2항 제1호 및 제1항 제1호에 의하면, 주택재건축조합의 조합원이 해당 조합에 기존건물과 그 부수토지를 제공하고 관리처분계획에 따라 청산금을 납부하고 취득한 신축주택 및 그 부수토지를 양도하는 경우의 양도차익은 '청산금납부분 양도차익'과 '기존건물분 양도차익'으로 구성되는데, '기존건물분 양도차익'이란 관리처분계획인가전 양도차익{=(기존건물과 그 부수토지의 평가액-기존건물과 그 부수토지의 취득가액)-필요경비}에 관리처분계획인가후 양도차익의 일정한 안분액을 합한 금액이다. 따라서「소득세법」상 주택재건축조합의 조합원이 해당 조합에 기존건물과 그 부수토지를 제공하고 관리처분계획에 따라 취득한 신축주택 및 그 부수토지를 양도하는 경우에 신축주택의 취득일부터 그 양도일까지의 양도차익(가격상승분)뿐만 아니라 구주택의 취득일부터 신축주택 취득일까지의 양도차익(가격상승분)도 양도소득세의 부과 대상이 된다. 그런데 법 제99조의3 제1항 전문은 신축주택을 취득하여 그 취득일로부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 양도소득에 대한 과세특례를 규정한 조항으로서 양도소득의 발생 기산일이 신축주택의 취득일이므로, 재건축・재개발의 경우에 발생하는 '구주택의 취득일부터 신축주택의 취득일까지의 양도소득'은 위 조항이 규정하는 감면대상이라고 볼 수 없다. 따라서 법 제99조의3 제1항 전문은 구주택을 취득하여 재건축・재개발로 분양받은 신축주택을 양도할 경우에 발생하는 전체 양도소득 중 구주택의 취득일부터 신축주택 취득일까지의 양도소득에 대해서까지 양도소득세를 면제하는 것으로 해석할 수는 없다. 만약 원고의 주장과 같이 법 제99조의3 제1항 전문을 신축주택의 취득일로부터 5년 이내에 양도함으로써 발생한 모든 소득에 대한 양도소득세를 면제하는 것으로 해석할 경우, 신축주택의 취득일부터 5년이 경과한 후 양도하는 경우 당해 신축주택 취득일로부터 5년간 발생한 양도소득금액만이 양도소득세 과세대상소득금액에서 차감되는 것으로 규정한 같은 항 후문과 균형이 맞지 않을 뿐만 아니라 신축주택 취득일로부터 5년이 경과하게 되면서 이미 면제되었던 구주택 취득일부터 신축주택 취득일까지의 양도소득세가 되살아나게 되는 불합리한 결과를 초래한다. 법 제99조의3 제1항의 입법취지가 신규주택 수요를 촉진하여 입법 당시 침체된 주택건설경기를 부양하기 위한 것임을 감안할 때, 위 규정은 자기가 건설한 신축주택의 경우 신축주택을 취득한 후 5년 내에 양도하든 5년 경과 후에 양도하든 간에 신축주택 취득일로부터 5년 이내에 발생한 양도소득에 대하여 양도소득세를 감면해 주겠다는 것으로 해석함이 상당하다. 또한 조세법률주의의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석하여야 할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 않으며, 특히 감면요건 규정 가운데 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합하는바(대법원 2008. 2. 15. 선고 2006두8969 판결 등 참조), 법 제99조의3 제1항의 '그 취득일로부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면'하는 감면요건은 특혜규정이 명백하므로 이를 '신축주택 취득일로부터 5년 이내에 양도하기만 하면 구주택의 취득시기 또는 취득가격을 불문하고 그 양도와 관련된 모든 양도소득세를 면제'하는 것으로 확장 또는 유추 해석하는 것은 부당하고, '당해 신축주택의 취득일로부터 양도일까지 발생한 양도소득에 대하여만 양도소득세를 면제'하는 것으로 엄격하게 해석함이 타당하다.

(나) 원고는 일반분양자나 승계조합원의 경우 부동산을 취득할 수 있는 권리를 보유하는데 불과한 사업계획 승인일부터 사용검사 승인일까지의 기간에 대하여 양도소득세를 과세하지 않음에도 원시조합원의 경우 위 기간에 대한 양도소득세를 과세하는 것은 불합리하다고 주장하나, 원시조합원은 기존 주택 및 그 부수토지를 소유하고 있었다는 점에서 일반분양자나 승계조합원과 동일하게 취급할 이유가 없고,「소득세법」제94조 제1항 제2호 가.목은 부동산을 취득할 수 있는 권리도 과세 대상 양도소득으로 규정하고 있으며,「소득세법」제100조, 같은 법 시행령 제166조는 재개발・재건축 사업을 시행하는 정비사업조합의 조합원의 양도차익에 관리처분계획 인가 후의 양도차익도 포함되는 것으로 규정하고 있으므로 원고와 같은 원시조합원의 경우에 관리처분계획인가 후부터 사용승인일까지의 양도소득에 대하여 과세하는 것이 부당하다고 볼 수 없다{원고는 그 밖에도 2000. 12. 6. 재건축사업계획승인으로 인하여 이 사건 구주택은 법적으로 소멸하여 '부동산을 취득할 수 있는 권리'로 변경되었으므로 원고가 2000. 12. 6.부터 이 사건 신축주택의 취득일인 2004. 12. 14.까지 보유한 '부동산을 취득할 수 있는 권리'는 이 사건 구주택과는 법적으로 완전히 별개이므로 이 사건 구주택의 가치상승분에 대하여는 당연히 양도소득세가 면제되어야 한다고 주장하나, 재건축조합원이 당해 조합에 기존주택이나 그 부수토지를 제공하여 그 사업계획에 따라 신축주택을 취득하였다고 하더라도 신축주택은 기존주택과 그 부수토지에 관한 권리가 변형된 것에 불과하고 그와 별개의 주택과 토지를 취득한 것으로 볼 수 없으므로(대법원 2008. 9. 25. 선고 2007두8973 판결 등 참조) 이와 다른 전제에 선 원고의 위 주장은 받아들일 수 없다}.

(다) 위에서 살펴본 여러 사정을 종합해 보면, 주택재건축조합의 조합원이 기존주택이나 그 부수토지를 재건축조합에 제공하여 재건축을 통하여 취득한 신축주택을 5년 이내에 양도하여 법 제99조의3 제1항 전문이 적용될 경우 면제되는 양도소득세액은 신축주택의 취득일로부터 양도일까지의 양도소득에 한정되고, 신축주택의 취득일 이전의 양도소득은 면제 대상이 되지 않는 것으로 보아야 할 것이다. 따라서 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

(2) 비관세관행의 성립 여부

「국세기본법」제18조 제3항에 규정된 비과세관행이 성립하려면, 상당한 기간에 걸쳐 과세를 하지 아니한 객관적 사실이 존재할 뿐만 아니라, 과세관청 자신이 그 사항에 관하여 과세할 수 있음을 알면서도 어떤 특별한 사정 때문에 과세하지 않는다는 의사가 있어야 하며, 위와 같은 공적 견해나 의사는 명시적 또는 묵시적으로 표시되어야 하지만 묵시적 표시가 있다고 하기 위하여는 단순한 과세누락과는 달리 과세관청이 상당기간의 불과세 상태에 대하여 과세하지 않겠다는 의사표시를 한 것으로 볼 수 있는 사정이 있어야 한다(대법원 2003. 9. 5. 선고 2001두7855 판결 등 참조). 살피건대, 주택재건축조합의 조합원이 당해 조합에 구주택을 제공하고 관리처분계획에 따라 취득한 신축주택을 5년 내에 양도하는 경우에 원고 주장과 같이 과세관청이 납세자에 부과된 양도소득세 전액을 면제한 적이 일부 있었다 하더라도 그러한 사정만으로는 이와 같은 사안에서 상당한 기간에 걸쳐 과세관청이 구주택 취득일부터 신축주택 취득일까지의 양도소득에 대하여 양도소득세를 전액 감면해 오면서 과세관청이 그 사항에 대하여 과세할 수 있음을 알면서도 어떤 특별한 사정 때문에 그에 대하여 과세하지 않겠다는 공적 견해나 의사를 명시적 또는 묵시적으로 표시하였다고 보기는 어렵고, 달리 원고 주장과 같은 비과세관행이 있었음을 인정할 증거가 없다. 따라서 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

나. 법적 근거 없이 시행령 제40조 제1항의 계산식을 준용한 위법 여부

(1) 법 제99조의3 제1항은 신축주택을 취득한 날로부터 5년 이내에 양도하는 경우에는 '세액을 감면하는 방식'에 의하여 산정하도록 규정하고 있는 반면, 신축주택을 취득한 날로부터 5년 이후에 양도한 경우에는 '양도소득금액을 차감하는 방식'에 의하여 산정하도록 규정하고 있다. 그러므로 신축주택을 취득한 날로부터 5년 이내에 양도하는 경우에는 신축주택을 취득한 날로부터 5년 이후에 양도한 경우에 적용되는 '양도소득금액을 차감하는 방식'으로 계산할 수 없다(대법원 2012. 6. 28. 선고 2010두3725 판결 참조). 법 제99조의3 제4항은 제1항의 규정을 적용함에 있어서 '신축주택의 취득일로부터 5년간 발생한 양도소득금액'의 계산 기타 필요한 사항은 대통령령으로 정한다고 규정하고 있고, 위 규정의 위임을 받은 시행령 제99조의3 제2항은 법 제99조의3 제1항 본문의 규정을 적용함에 있어서 '당해 신축주택의 취득일로부터 5년간 발생한 양도소득금액'은 제40조 제1항의 규정을 준용하여 계산한 금액으로 한다고 규정하고 있다. 여기서 '당해 신축주택의 취득일로부터 5년간 발생한 양도소득금액'이란 법 제99조의3 제1항의 후문, 즉 신축주택의 취득일로부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우에 양도소득세 과세대상소득금액에서 차감되는 양도소득금액을 의미하는 것이다. 따라서 신축주택 취득일로부터 5년 이내에 양도하는 경우에 감면되는 세액을 계산함에 있어서는 시행령 제40조 제1항의 계산식을 준용할 아무런 법령상 근거가 없는 것으로 보인다. 시행령 제40조 제1항의 계산식은 신축주택 취득일로부터 5년 이후에 양도하는 경우 취득일로부터 5년이 되는 날의 실제 양도가액이 존재하지 않기 때문에「소득세법」제95조 제1항에 의하여 산출한 양도소득금액(양도소득의 총수입금액-필요경비-장기보유 특별공제액)을 '취득일로부터 양도일까지의 기준시가 상승분' 중 '취득일로부터 5년이 되는 날까지의 기준시가 상승분'이 차지하는 비율로 안분하여 양도소득세 과세특례대상인 취득일로부터 5년이 되는 날까지의 양도소득금액을 추산하는 것이다(대법원 2013. 1. 31. 선고 2012두8588 판결 참조). 위 계산식은 원래 구조조정대상 부동산에 대한 양도소득세 감면을 위한 규정으로서 구조조정대상 부동산은 취득 전의 양도소득세가 문제되지 않는다. 따라서 위 계산식은 주택재건축을 통하여 취득한 신축주택의 취득일 이전의 양도소득을 전혀 염두에 두지 않고 만들어진 것이어서 위 계산식의 구성요소를 다르게 바꿔 적용하도록 하는 별도의 규정이 없는 이상 신축주택의 취득일부터 5년 이내에 양도하는 경우에는 적용하기에 적합하지 않은 계산식이라 할 것이다.만약 신축주택을 취득한 날로부터 5년 이내에 양도하는 경우에 시행령 제40조 제1항의 계산식을 적용한다면, 분모와 분자에서 차감하는 '취득당시의 기준시가'는 동일한 개념임에도 분모의 '취득당시의 기준시가'에 '구주택 취득 당시의 기준시가'를, 분자의 '취득당시의 기준시가'에 '신축주택 취득 당시의 기준시가'를 각 대입해야 하는데, 이는 법령상의 근거 없이 계산식을 자의적으로 변경한 것이므로 허용될 수 없다 할 것이다. 또한 피고와 같이 계산할 경우, 원고가 보유했던 이 사건 구주택과 재건축 후 취득한 신축주택이 마치 동일한 주택인 것처럼 취급하여 두 부동산의 기준시가를 단순비교하는 오류를 범하게 될 뿐만 아니라 분모의 취득당시 기준시가에 구주택 취득 당시 기준시가를 대입할 경우, 원고가 이 사건 신축주택을 취득하기 위하여 납부한 조합원 분담금을 분모에서 공제되지 않게 하여 분모 금액이 과다 산정되어 결과적으로 감면되는 양도소득금액이 과소 산정되어 부당하다.

(2) 따라서 주택재건축조합의 조합원인 원고가 당해 조합에 이 사건 구주택을 제공하고 관리처분계획에 따라 취득한 이 사건 신축주택을 5년 이내에 양도하여 법 제99조의3 제1항 전문이 적용되는 이 사건에서 면제되는 양도소득세액을 계산함에 있어 법적 근거 없이 시행령 제40조 제1항의 계산식을 준용하여 감면되는 양도소득금액을 계산한 이 사건 처분은 위법하다.

4. 결론

그렇다면 이 사건 처분의 취소를 구하는 원고의 청구는 이유 있어 이를 인용할 것인바, 제1심 판결은 이와 결론을 달리하여 부당하므로, 제1심 판결을 취소하고, 원고의 청구를 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다.