가. 청구인은 2002.8.28. OOO(이하 “쟁점양도주택”이라 한다)를 취득하였다가 2017.11.1. OOO에 양도한 후, 청구인의 배우자가 OOO(이하 “쟁점건물”이라 한다)를 1999.1.20. 취득하여 현재까지 소유하고 있어 쟁점양도주택이 1세대 1주택 비과세대상이 아닌 것으로 보아 2017.11.17. 2017년 귀속 양도소득세 OOO을 신고․납부하였다.

이후, 2018.12.24. 쟁점양도주택 양도 당시 쟁점건물을 청구인이 장기간 어린이집으로 사용하고 있었으므로 이를 1세대 1주택 판정 시 보유주택 수에서 제외하여 쟁점양도주택에 대하여 1세대 1주택 비과세를 적용하여 달라는 취지의 2017년 귀속 양도소득세 경정청구를 하였다.

나. 처분청은 쟁점건물이 어린이집으로 사용되었다고 하더라도 주택 수에 포함하는 것이 타당한 것으로 보아 2019.2.20. 이를 거부하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2019.3.18. 이의신청을 거쳐 2019.5.30. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

쟁점건물을 어린이집의 시설요건에 맞게 용도 및 시설을 변경하여 20년 넘게 어린이집으로 사용한 사실이 확인됨에도 이를 주택 수에 포함하여 쟁점양도주택에 대하여 1세대 1주택 비과세 적용을 배제한 처분은 부당하다.

(1) 어린이집은 2009.7.1. 「영유아보육법 시행령」이 개정되면서 시설요건을 갖추어 관할 지방자치단체에서 인․허가를 받아야 운영할 수 있게 되었고, 관련규정에 따라 어린이집 일부라도 대표자 및 보육 교직원의 주거시설로 사용하는 것이 금지되어 어린이집으로 전용되어야 하였으며, 「화재예방, 소방시설 설치․유지 및 안전관리에 관한 법률」, 「환경보건법」 등의 이행여부를 엄격관리하고 있다.

청구인은 쟁점건물에 대하여 사적 용도를 위한 주거시설을 폐기하고 어린이집 시설요건에 맞게 용도 및 시설을 변경하여 인․허가를 받은 후 어린이집으로 전용하여 일시적이 아니라 장기간(20년) 어린이집으로 사용한 사실이 객관적으로 입증되므로 실질과세의 원칙에 따라 주택 수에서 제외하여야 한다.

(2) 「지방세특례제한법」제19조 및 같은 법 시행령 제8조의3 규정에 따라 「영유아보육법」에 따른 ‘장기어린이집’은 어린이집 운영기간동안 소유자의 재산권 행사(임대, 거주 등)가 불가능하고, 사용이 제한된 부동산으로 보아 재산세를 감면하고 있는바, 쟁점건물도 같은 이유로 재산세가 부과되지 아니한 것을 보더라도 주택으로 봄은 부당하다.

(3) 청구인의 배우자는 쟁점건물을 국가 및 지방자치단체에 제공하고 그에 따른 소유자로서 어떠한 권리를 주장하거나 행사하지 아니하였으며, 어린이집 제공으로 인한 임대소득, 사업소득 등이 발생하지 않았다.

즉, 공공어린이집은 일종의 국가 정책적 차원의 비영리 사업장으로 청구인은 단지 어린이집 운영규정에 따라 근로를 제공하였을 뿐이고(원장 겸 보육교사 1명, 전임 보육교사 3명, 취사부 1명 등 공공어린이집에 5명이 근로를 제공함), 어린이집은 국가 및 지방자치단체의 보조금으로 운영되었기 때문에 청구인이 주택으로 사용하였다고 볼 수 없다.

(4) 처분청은 “언제든지 용도나 구조의 변경 없이 주거용으로 사용할 수 있음을 전제로” 주택으로 판단한 심판결정례 및 법원판례 등을 처분근거로 제시하고 있으나, 청구인이 2019.2.28. 어린이집을 폐업한 후에 용도변경 및 구조변경을 위하여 인테리어회사와 2019.3.15.부터 2019.4.20.까지 공사계약에 따라 쟁점건물의 시설변경을 한 사실에 비추어 보더라도 쟁점건물을 주택 수에 포함하는 것은 부당하다.

나. 처분청 의견

쟁점건물은 주택으로 사용할 수 있는 것으로 판단되고, 1세대 1주택 비과세 판단 시 장기가정어린이집을 주택 수에서 제외하도록 한 세법개정내용은 2018.2.13. 이후 양도 건부터 적용되는 것이므로 개정일 이전에 양도한 쟁점양도주택의 경우 적용대상이 아니다.

(1) 청구인은 쟁점건물은 주거가 아닌 가정보육시설인 어린이집으로 사용하여 사실상 주택이 아니므로 쟁점양도주택에 대한 1세대 1주택 비과세 판정 시 보유주택 수에서 제외하여야 한다고 주장하나, 아래와 같은 이유로 청구주장을 받아들이기 어렵다.

(가) 일시적으로 주거가 아닌 다른 용도로 사용되고 있다 하더라도 그 구조․기능이나 시설 등이 본래 주거용으로서 주거용에 적합한 상태에 있고 주거기능이 그대로 유지․관리되고 있어 언제든지 본인이나 제3자가 주택으로 사용할 수 있는 건물의 경우에는 이를 주택으로 보아야 할 것이다(서울행정법원 2017.5.16. 선고 2017구단5686 판결, 조심 2016서4236, 2017.1.2. 같은 뜻임).

(나) 쟁점건물의 경우 아파트를 어린이집으로 운영할 당시의 사진을 보면 유아용 세면기, 유아용 변기 등 욕실설치 기기가 성인용이 아닌 어린이용이라는 차이만 있을 뿐 건물의 본질적인 내용인 주택이 아닌 것으로 바뀌었다고 볼 수 없으며, 언제든지 주거에 사용해도 무방할 정도로 아파트로서의 구조․기능․시설 등이 갖추어져 있는바, 그 용도나 구조의 변경 없이 주거용으로 사용할 수 있는 것으로 판단된다.

(2) 기획재정부장관의 “2017년 세법개정안” 자료에 의하면 5년 이상 운영한 가정어린이집과 거주주택을 각각 1채 보유하는 경우 거주주택 양도 시 1세대 1주택 비과세특례를 적용하도록 하는 보도자료를 2017.8.2. 배포한 것으로 나타나나, 개정된 「소득세법 시행령」제155조 제20항을 위와 같은 내용으로 개정하면서 관련 부칙에서 개정된 시행령의 시행일인 2018.2.13.이후 양도하는 분부터 적용하도록 규정하였는바, 시행령 개정일 이전에 양도한 쟁점양도주택의 경우 적용대상이 아니다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

어린이집으로 사용중인 쟁점건물을 다른 주택의 1세대 1주택 판정 시 보유주택 수에서 제외하여야 한다는 청구주장의 당부

나. 관련 법령 : ＜별지＞ 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인과 그 배우자의 쟁점건물과 쟁점양도주택의 취득, 보유 및 양도내역은 아래 ＜표1＞과 같다.

＜표1＞ 청구인 등의 쟁점건물 등 취득, 보유 및 양도내역

(2) 청구인은 쟁점양도주택을 2017.11.1. OOO에 양도하고, 1세대 1주택 비과세 대상이 아닌 것으로 보아 양도소득세 OOO을 예정신고 하였다가, 2018.12.24. 쟁점건물은 장기어린이집에 해당하여 주택 수에서 제외함이 타당하다는 이유로 기 신고․납부한 양도소득세의 환급을 구하는 경정청구를 하였다.

(3) 처분청은 2019.2.20. 아래 ＜표2＞와 같이 쟁점건물은 주택에 해당하므로 쟁점양도주택의 양도에 대하여 1세대 1주택 비과세를 적용할 수 없음을 이유로 경정청구를 거부하였다.

＜표2＞ 경정청구 거부통지내용

(4) 청구인은 쟁점건물은 주택으로 볼 수 없다며 2005.4.7. OOO이 발급한 보육시설 인가증, 2005.4.21. OOO세무서장이 발급한 고유번호증, 여성가족부장관이 2005.8.19., 2007.8.6. 청구인에게 발급한 보육교사자격증 및 보육시설장자격증, 보건복지부장관이 1997.2.19., 2002.8.25. 발급한 보육교사 양성교육 및 보수교육 수료증과 함께 쟁점건물을 어린이집으로 사용하던 당시의 사진 14매 등을 제출하였다.

(5) 쟁점건물에 대한 지방세 세목별 과세증명서에 의하면 2008년 귀속분부터 2017년 귀속분까지 주택분 재산세를 면제받은 것으로 나타난다.

(6) 청구인은 어린이집으로 사용하던 쟁점건물을 주거용으로 사용할 수 없어서 용도변경 등 공사를 진행한 것이라며 제출한 2019.3.10. 청구인의 배우자 OOO과 체결한 계약서의 내용은 아래 ＜표3＞과 같다.

＜표3＞ 쟁점건물 인테리어 계약서

(7) 2017.8.2. 기획재정부장관은 아래 ＜표4＞와 같은 “2017년 세법개정안” 보도자료를 배포한 사실이 확인된다.

＜표4＞ “2017년 세법개정안” 보도자료 중 일부