2. 피고가 2007. 5. 7. 원고에 대하여 한 2004년 귀속 종합소득세 165，712，297원의 부과처분 중 138，362，147원을 초과하는 부분을 취소한다.

3. 원고의 나머지 청구를 기각한다.

4. 소송비용 중 9/10는 원고가, 나머지는 피고가 각 부담한다.

가. 원고는 기획부동산업체인 BB부동산개발 주식회사(2002. 10. 초경 설립, 이하 'BB부동산개발'이라고 한다), CCCCC 주식회사(2003.7.31. 설립, 이하 'CCCCC'라고 한다), 주식회사 DDDDDD(2004.6.1. 설립, 이하 'DDDDDD'이라고 한다)을 각 설립, 운영하면서 김EE, 장FF, 김GG 등으로부터 공급받은 전남 무안군 일대의 전, 답, 임야 등 토지를 수도권 등지의 최종 매수자들에게 전매하는 형태로 부동산매매업을 영위하였다.

나. 광주지방국세청장이 2005년경부터 원고 등에 대해 부동산투기 관련 일제 세무조사를 실시하자, 원고는 2006. 5.경 납세지 관할세무서장인 피고에게 아래와 같이 2005년 귀속 종합소득세 과세표준 확정신고(이하 '이 사건 확정신고'라고 한다)를 하였다.

다. 원고가 위와 같이 종합소득세를 확정신고한 후 이를 납부하지 않자 피고는 2006. 9.경 원고에게 2005년 귀속 종합소득세 700，993，400원(종합소득세 결정세액 568，471，358원 + 가산세액 132，522，042원)을 같은 달 31일까지 납부할 것을 고지하였 고, 원고는 같은 달 25일 피고에게 '종합소득금액을 실제 매매가액이 아닌 토지의 기준 시가로 추계결정해달라'는 취지의 경정청구를 하였다.

라. 피고는 광주지방국세청장으로부터 원고에 대한 세무조사 결과 등 과세자료를 송부받은 다음 2007. 4.경 서울도봉경찰서에 '원고가 2002년부터 2005년까지 기간 동 안 기업도시개발의 호재가 있는 전남 무안군 일대의 전, 답, 임야 등 토지 104필지를 취득하고 단기에 226필지로 분할양도하면서 명의를 김EE, 고HH, 문II 등으로 등기하고 토지의 양도대금을 김JJ, 박KK 등의 차명계좌로 입금받는 방법으로 조세포탈 등의 범죄를 저질렸다'고 고발하였다(이하 '이 사건 고발'이라고 한다).

마. 그 후 피고는 2007. 5. 7. 원고에 대하여 2002년 귀속 종합소득세 1，128，149원, 2003년 귀속 종합소득세 150，695，060원, 2004년 귀속 종합소득세 165，712，297원을 각 부과(위 각 부과처분 중 2004년 귀속 종합소득세 부과처분을 '이 사건 부과처분'이라고 한다)하는 한편, 2005년 귀속 종합소득세를 아래와 같이 692，075，473원(종합소득세 결정세액 563，763，012원 + 가산세액 128，312，461원)으로 감액하는 경정결정을 하였다(이 하 '이 사건 경정결정'이라고 한다).

바. 원고는 경찰 및 검찰 수사를 거쳐 '2002년경부터 2003년 초순경까지는 BB부 동산개발을, 2003년 중순경부터 2004. 12.경까지는 BBBBB를, 2004. 6.경부터 같은 해 11월경까지는 DDDDDD을 각 설립, 운영하면서 타인의 명의로 부동산 매매를 하여 사업소득을 취득하고도 관할세무서에 종합소득세 과세표준 확정신고를 하지 않음으로써 합계 140，127，540원의 종합소득세를 포탈하였다'는 내용의 범죄사실로 기소되어 2009. 7. 8. 서울북부지방법원 2009고단904호로 징역 10월에 집행유예 2년을 선고 받았다(이하 '이 사건 형사판결'이라고 한다). 위 형사판결은 같은 달 16일 확정되었다.

사. 한편, 이 사건 고발내용(이 사건 부과처분 빛 이 사건 경정결정 내역과 같다) 과 이 사건 형사판결상 원고의 2004년 및 2005년도 토지거래 횟수 및 그 수입금액의 차이는 아래와 같다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 1, 3 내지 6호증, 갑 13, 15, 19호증, 을 1호증의 1내지 4, 을 2, 3호증, 을 12호증의 1, 2의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

(1) 쟁점 토지거래 내역

아래의 각 토지거래로 인한 수엽은 원고에게 귀속되지 않았다.

(2) 이 사건 부과처분에 대한 주장

원고가 2004. 12. 초경 정LL에게 DDDDDD을 양도하였고 그 후 같은 달 20 일경 정LL이 DDDDDD을 통하여 박MM와 토지거래를 하였다. 또한, 김GG이 김NN, 임PP과, 고HH이 노QQ와 토지거래를 하였다. 따라서 위 각 토지거래에 따른 수입금액이 원고에게 귀속되지 않았으므로 이 사건 부과처분 중 이와 관련된 부분은 위법하다.

(3) 이 사건 경정결정에 대한 주장

피고는 원고가 2005년에 152건의 토지거래로 수입을 얻었다고 보았으나, 위 152건의 토지거래 중 101건은 DDDDDD을 운영하던 정LL이, 나머지 51건은 김GG 이 토지거래를 하였을 뿐 원고가 위 각 토지거래에 관여한 바 없다. 따라서 이와 다른 전제에서 이루어진 이 사건 경정결정은 위법하다.

나. 관계 법령

별지 관계 법령 기재와 같다.

다.판단

(1) 본안전 판단

(가) 종합소득세는 신고납세 방식의 조세로서 납세의무자가 그 과세표준과 세액을 신고하는 때에 세액이 확정되어 그로써 종합소득세 본세의 납부의무가 확정되는 것이 므로 그 후 납세고지서가 발부되었다 하더라도 이는 종합소득세 본세에 관한 한 이미 확정된 조세채무의 이행을 명하는 정수처분에 지나지 않으므로 항고소송의 대상이 되 는 과세처분으로 볼 수 없다(대법원 1995. 2. 3. 선고 94누910 판결, 대법원 2004. 9. 3. 선고 2003두8180 판결 등 참조). 또한, 감액경정결정은 당초의 신고 또는 부과처분과 별개인 독립의 과세처분이 아니라 그 실질은 당초의 신고 또는 부과처분의 변경이고 그에 의하여 세액의 일부취소 라는 납세자에게 유리한 효과를 가져오는 처분이므로 그 경정결정으로도 아직 취소되 지 않고 남아 있는 부분이 위법하다고 하여 다투는 경우 항고소송의 대상은 당초 신고 나 부과처분 중 경정결정에 의하여 취소되지 않고 남은 부분이며, 감액경정결정이 항고소송의 대상이 되는 것은 아니다(대법원 1995. 8. 11. 선고 95누351 판결, 대법원 1996. 11. 15. 선고 95누8904 판결 등 참조).

(나) 위 법리에 비추어 이 사건에 관하여 살펴보건대, 원고는 이 사건 경정결정이 종합소득세 부과처분임을 전제로 그 취소를 구하고 있으나, 위 인정사실 및 변론 전체 의 취지를 종합하여 인정되는 다음과 같은 사정, 즉 ① 원고가 2006. 5.경 피고에게 이 사건 확정신고를 함으로써 2005년 귀속 종합소득세 본세의 세액 및 그 납부의무가 확 정된 점，② 피고는 원고가 이 사건 확정신고 이후에도 종합소득세를 납부하지 않자 2006. 9.경 이미 확정된 종합소득세의 징수를 위해 납부고지를 한 적이 있는 점，③ 이 사건 경정결정은 이 사건 확정신고상의 수입금액(5，113，127，359원)의 일부(41，430，294 원)를 감액하고 나머지 수입금액을 기준으로 세액을 계산함으로써 이 사건 확정신고에 의해 이미 확정된 2005년 귀속 종합소득세 본세를 568，471，358원에서 563，763，012원으로 일부 감액하여 변경하는 내용이고 그로 인해 세액의 일부취소라는 원고에게 유리한 효과가 발생한 점 등에 비추어 보면, 이 사건 경정결정 중 종합소득세 본세 부분이 이 사건 확정신고와 별개의 독립된 부과처분에 해당한다고 보기 어렵다. 따라서 이 사건 경정결정 중 본세 부분은 항고소송의 대상이 되는 과세처분에 해당하지 않으므로 그 취소를 구하는 부분은 부적법하다.

(2) 본안 판단

(가) 이 사건 부과처분에 관한 판단

① 원고가 2004년에 박MM와의 토지거래로 수입을 얻었는지 여부에 관하여 살펴 보건대, 이에 부합하는 듯한 증거로는 을 8호증의 9(부동산 취득 관련 질문서)의 기재 가 있고 이는 '박MM가 DDDDDD 직원의 권유로 전남 무안군 운남면 OO리 000-00 전 2832㎡를 매수하였다'는 취지인데, 갑 2호증의 1, 갑 3, 4호증, 을 8호증의 11의 각 기재에 변론 전체의 취지를 더하여 알 수 있는 다음과 같은 사정, 즉，㉠ 정RR은 경찰에서 원고와 대질신문을 함에 있어 '원고로부터 DDDDDD을 인수하여 2004. 12.경부터 2005. 5.경까지 단독으로 위 회사를 운영하였다'고 진술한 접，㉡ 위 토지에 대해 박MM 앞으로 소유권이전등기가 마쳐진 날은 2004. 12. 20.인 점，㉢ 당 초 이 사건 고발내용에 박MM와의 토지거래와 관련된 부분이 포함되어 있었으나 검찰 수사 이후 기소되지 않은 점 등에 비추어 보면, 을 8호증의 9의 기재에 의하더라도 원고가 박SS와의 토지거래로 수입을 얻었다고 단정하기 어렵고, 을 8호증의 10 내지 13의 각 기재만으로 이를 인정하기에 부족하며 달리 이를 인정할 만한 증거가 없다. 따라서 원고의 이 부분 주장은 이유 있다.

② 원고가 2004년에 김TT, 임PP과의 토지거래로 수입을 얻었는지 여부에 관하여 살펴보건대, 갑 3, 4, 16, 17호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 더하여 알 수 있는 다음과 같은 사정, 즉 ㉠ 김NN는 2004. 9. 15. 전남 무안군 운남면 OO리 000-0 답 1，389㎡를 매수하였고, 임PP은 같은 해 11. 10. 같은 면 연리 000-00 전 826㎡를 매수하였는데 당시 법무사 이UU가 위 각 토지에 대한 소유권이전등기업무를 대행한 것으로 보이는 점，㉡ 이UU는 '당시 김GG으로부터 위 각 토지에 대한 소유권이전등 기업무를 위임받았고 그에 대한 보수도 김GG으로부터 지급받았다'는 내용의 확인서를 작성한 점，㉢ 이 사건 고발내용에 김NN, 임PP과의 토지거래와 관련된 부분이 포함되어 있었으나 검찰 수사 이후 기소되지 않은 점 등에 비추어 보면, 피고가 제출 한 증거들만으로는 원고가 김NN, 임PP과의 토지거래로 수입을 얻었다고 인정하기에 부족하고 달리 이를 인정할 만한 증거가 없다. 따라서 원고의 이 부분 주장도 이유 있다.

③ 원고가 2004년에 노QQ와의 토지거래로 수입을 얻었는지 여부에 관하여 살펴보건대, 갑 3, 4호증, 을 8호증의 1, 2의 각 기재에 변론 전체의 취지를 더하여 알 수 있는 다음과 같은 사정, 즉 ㉠ 행정재판에 있어서 형사재판의 사실인정에 구속을 받는 것은 아니라고 하더라도 통일한 사실관계에 관하여 이미 확정된 형사판결에서 유죄로 인정된 사실은 유력한 증거 자료가 되므로 행정재판에서 제출된 다른 증거들에 비추어 형사재판의 사실 판단을 채용하기 어렵다고 인정되는 특별한 사정이 없는 한 이와 반대되는 사실을 인정할 수 없는 점(대법원 1999. 11. 26. 선고 98두10424 판결 참조), ㉡ 이 사건 확정판결에 노QQ와의 토지거래와 관련된 부분이 포함되어 있고 원고가 제출한 증거들만으로 위 형사재판의 사실 판단을 뒤집기에 부족한 점，㉢ 더욱이 원고 는 위 형사재판에서 공소사실 모두를 자백하였고 항소를 제기하지도 않았던 점 등에 비추어 보면, 원고가 노QQ와의 토지거래로 수입을 얻었다고 봄이 상당하다. 따라서 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

④ 그러므로 이 사건 부과처분 중 정당한 세액인 138，362，147원(종합소득세 결정 세 액 116，190，934원 + 가산세액 38，728，963원 - 기납부세액 16，557，750원)을 초과하는 부분은 위법하다(구체적인 세액산출 내역은 별지 목록 기재와 같다).

(나) 이 사건 경정결정 중 가산세 부분에 관한 판단

세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고, 납세 등 각종 의무를 위반한 경우에 개별 세법이 정하는 바에 따라 부과되는 행정상의 제재로서 납세자의 고의 ・ 과실은 고려되지 아니하고 납세의무자가 그 의무를 알지 못한 것이 무리가 아니었다고 할 수 있어 그를 정당시할 수 있는 사정이 있거나 그 의무의 이행을 당사자에게 기대하는 것이 무리라고 볼 만한 사정이 있을 때 등 그 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우에만 그 부과를 면할 수 있다(대법원 2005. 4. 15. 선고 2003두4089 판결, 대법원 2007. 4. 26. 선고 2005두10545 판결 등 참조). 위 법리에 비추어 이 사건에 관하여 살펴보건대, 위 인정사실에 변론 전체의 취지를 더하여 알 수 있는 다음과 같은 사정, 즉 ① 종합소득세는 납세의무자가 스스로 과세표준과 세액을 계산하여 신고 ・ 납부하여야 하는 신고납세 방식의 세목이고 그 신고 • 납부액의 적정 여부에 대한 책임은 일차적으로 납세의무자에게 있는 점，② 원고 가 스스로 이 사건 확정신고를 하였고 그로 인해 2005년 귀속 종합소득세 본세의 세액 및 그 납부의무가 확정되었음에도 원고가 이를 납부하지 않았을 뿐만 아니라, 이 사건 확정신고에 당연무효의 하자가 있거나 또는 위 확정신고가 취소되지도 않았으므로 확정된 종합소득세의 납부불성실로 인한 가산세의 부과처분 자체에 어떠한 하자가 있다고 보기 어려운 점[구 소득세법(2006.12.30.법률 제8144호로 개정되기 전의 것) 제76조 제1항 참조. ③ 원고가 이 사건 확정신고를 대행한 세무사로부터 과세표준 확정신고 후 세액을 납부하지 않는 경우에 가산세가 부과된다는 얘기를 들은 적이 있는 사정 등을 고려하면 원고에게 종합소득세 납부의무의 해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있다고 보기도 어려운 점 등에 비추어 보면, 이 사건 경정결정 중 가산세 부분은 적법하다고 할 것이다.

3. 결론

그렇다면, 이 사건 소 중에서 ① 이 사건 경정결정 중 본세의 취소를 구하는 부분은 부적법하여 이를 각하하고 가산세의 취소를 구하는 부분은 이유 없어 이를 기각하며，② 이 사건 부과처분의 취소를 구하는 부분은 위 인정범위 내에서 이유 있어 이를 인용하고 나머지는 이유 없어 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.