2. 항소비용은 원고가 부담한다. (1심판결을 인용함)

가. 원고의 종합소득세 과세표준 확정신고 원고는 2007. 2. 15. ** **구 1337-1 외 1필지에 있는 S상가 105호(아래에서는 '이 사건 상가'라 한다)를 취득하여 부동산임대사업을 영위하면서, 2007년 ~ 2009년 귀속 종합소득세 과세표준 확정신고시 이 사건 상가에 대한 감가상각비합계 91,541,393원 ＝26,923,939원(2007년) ＋ 32,308,727원(2008년) ＋ 32,308,727원(2009년) 을 부동산임대소득의 필요경비로 계상하여 이 사건 상가에 대한 부동산임대소득을 합계 －103,247,269원으로 신고하였다. 나. 원고의 양도소득 과세표준 예정신고 원고는 2011. 1. 26. 이 사건 상가를 매각한 후, 그 양도가액을 1,400,000,000원, 취득가액을 1,403,096,080원으로, 과세표준을 -3,096,080원으로, 세액을 0원으로 하여 2011년 귀속 양도소득 과세표준 예정신고를 하였다.다. 피고의 경정처분 이에 피고는 2013. 6. 14. 원고에 대하여, 원고가 2007년 ~ 2009년 귀속 종합소득세 과세표준 확정신고시 부동산임대사업소득의 필요경비로 계상한 이 사건 상가에 대한 감가상각비 합계 91,541,393원을 위 취득가액에서 공제하여 계산한 2011년 귀속 양도소득세 15,349,050원(가산세 포함)을 증액경정 고지하였다(아래에서는 '이 사건 처분'이라한다). 라. 원고의 종합소득세 수정신고 원고는 위와 같이 이 사건 상가에 대한 감가상각비 합계 91,541,393원을 양도소득의 필요경비로 공제받지 못하자, 2013. 7. 10. 2007년 ~ 2009년 귀속 종합소득세 수정신고를 하면서 위 감가상각비를 이 사건 상가에 대한 부동산임대소득의 필요경비로 계상하지 않는 것으로 하였다(아래에서는 '이 사건 수정신고'라 한다). 마. 전심절차

원고는 이 사건 처분에 불복하여 2013. 7. 13. 조세심판원에 심판을 청구하였으나2013. 12. 10. 기각되었다. [인정근거] 다툼 없는 사실, 을 제1 내지 4호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 원고의 주장 및 관계법령

가. 원고의 주장

2007년 ~ 2009년 귀속 종합소득세 계산시 부동산임대사업으로 인한 결손이 과다하게 발생하여 이 사건 상가에 대한 감가상가비를 계상하지 않아도 원고가 납부하여야 할 종합소득세에는 변함이 없으므로, 원고는 국세기본법 제45조에 의하여 종합소득세 과세표준 확정신고시 계상하였던 이 사건 상가에 대한 감가상각비를 계상하지 않는 내용으로 이 사건 수정신고를 하였다. 따라서 이 사건 상가에 대한 감가상각비를 양도소득세의 필요경비로 공제받을 수 있으므로, 양도소득세의 필요경비로 공제가 불가능함을 전제로 이루어진 이 사건 처분은 위법하다.

나. 관계법령

별지 관계법령 기재와 같다.

3. 판단

가. 이 사건 처분이 위법한지

1) 국세기본법 제45조 제1항은, 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자는 ① 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액에 미치지 못할 때(제1호), ② 과세표준신고서에 기재된 결손금액 또는 환급세액이 세법에 따라 신고하여야 할 결손금액이나 환급세액을 초과할 때(제2호), ③ 그 밖에 원천징수의무자의 정산 과정에서의 누락, 세무조정 과정에서의 누락 등 대통령령으로 정하는 사유로 불완전한 신고를 하였을 때(제3호)에 관할 세무서장이 각 세법에 따라 해당 국세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하여 통지하기 전으로서 국세기본법 제26조의2 제1항에 따른 부과제척기간이 끝나기 전까지 과세표준수정신고서를 제출할 수 있다고 하여 수정신고 제도를 규정하고 있다.

신고납세방식의 국세에 있어서는 납세의무자의 신고에 의하여 조세채무가 확정되는데, 법정신고기한까지 과세표준신고서를 제출한 납세의무자는 당초의 신고에 의하여 조세채무가 확정되었다고 하더라도 위와 같은 요건이 구비된 경우 수정신고를 할 수 있고, 적법한 수정신고가 이루어지면 과세관청의 별도의 처분을 기다릴 필요 없이 당초의 신고는 수정신고에 흡수되어 소멸하고 수정신고의 내용대로 조세채무가 확정되게 된다.

한편, 조세소송에서 과세처분의 위법 여부는 과세처분이 있을 때의 법령과 사실상태를 기준으로 하여야 하고, 처분 후 법령의 개폐나 사실상태의 변동에 의하여 영향을 받지 않는다(대법원 2007. 5. 11. 선고 2007두1811 판결 등 참조). 2) 위와 같은 법리에 비추어 이 사건에 관하여 보건대, 사업소득의 필요경비 계상과 관련하여 소득세법 제33조 제1항 제6호, 같은 법 시행령 제62조 제1항은, 감가상각자산의 감가상각비는 사업용 고정자산의 상각액을 필요경비로 계상한 경우에 각 과세기간마다 고정자산별로 관할 세무서장에게 신고한 방법에 의하여 계산한 금액을 한도로 하여 이를 소득금액계산에 있어서 필요경비로 계상하도록 규정하고 있고, 양도소득의 필요경비의 계산과 관련하여 소득세법 제97조 제3항은, 양도자산에 대한 감가상각비로서 사업 소득금액의 계산에 있어서 필요경비로 산입하였거나 산입할 금액이 있는 때에는 이를 공제한 금액을 취득가액으로 한다고 규정하고 있다. 그런데 원고는 소득세법 제33조 제1항 제6호, 같은 법 시행령 제62조 제1항에 따라

2007년 ~ 2009년 귀속 종합소득세 과세표준 확정신고시 손익계산서 등 장부에 계상한 이 사건 상가의 감가상각비를 사업소득금액의 필요경비로 적법하게 계상하여 그러한 내용으로 종합소득세 과세표준이 확정되었으므로, 피고는 소득세법 제97조 제3항에 따라 양도소득세 계산을 위한 취득가액 산정시 위 감가상각비를 공제하여야 한다. 따라서 취득가액에서 위 감가상각비를 공제하여 양도소득세를 계산한 이 사건 처분은 적법하다고 할 것이다. 한편, 원고는 이 사건 처분이 있은 이후 이 사건 수정신고를 하였는바, 이 사건 수정신고가 국세기본법 제45조 제1항의 요건을 구비하여 적법한 수정신고에 해당한다고 하더라도, 수정신고가 이루어진 시점에 당초의 신고는 수정신고에 흡수되어 소멸하고 수정신고한 내용대로 당초 사업소득금액의 필요경비로 계상된 감가상각비가 필요경비로 계상되지 않는 것으로 2007년 ~ 2009년 귀속 종합소득세 과세표준이 확정될 뿐이므로, 이로써 당초 적법하게 이루어진 이 사건 처분이 그와 같은 사후적인 사정 변경에 의하여 위법해진다고 할 수 없다. 따라서 원고는 이 사건 수정신고가 적법하다면 국세기본법 제45조의2의 요건에 해당하는 경우 피고를 상대로 이 사건 처분에 대한 경정청구를 하거나, 그에 대한 거부처분에 대하여 취소소송을 제기함으로써 권리구제를 받을 수 있을 뿐이다. 3) 결국 이 사건 신고의 적법 여부와 상관없이 이 사건 처분은 적법하다.

나. 이 사건 수정신고가 적법한지(부가적 판단)

1) 이 사건 수정신고는 당초 종합소득세 과세표준 확정신고에 의하여 사업소득금액의 필요경비로 계상한 이 사건 상가의 감가상각비를 필요경비로 계상하지 않겠다는 것인바, 이는 당초 신고한 결손금액을 줄이는 내용의 수정신고에 해당하므로 국세기본법 제45조 제1항 제2호에 의하여 그러한 수정신고가 허용될 수 있는지가 문제된다. 2) 국세기본법 제45조 제1항 제2호가 수정신고 사유로 규정하고 있는 '과세표준신고서에 기재된 결손금액이 세법에 따라 신고하여야 할 결손금액을 초과하는 때'라 함은 납세의무자가 착오 등으로 세법에 위반하여 필요경비로 계상하여서는 아니되는 항목을 필요경비로 계상하여 과세표준신고를 함으로써 세법에 따라 정당하게 신고하여야할 결손금액을 초과하게 된 경우를 의미하는 것이다. 한편, 소득세법 제33조 제1항 제6호, 제97조 제3항 및 같은 법 시행령 제62조 제1항 에 의하면, 사업용 고정자산의 감가상각비를 종합소득세 과세표준 계산시 사업소득금액의 필요경비로 계상할지 여부는 납세의무자 스스로의 판단에 달려 있고, 사업소득금액의 필요경비로 계상하지 않은 감가상각비는 양도소득의 필요경비 계산시 취득가액에서 공제하지 않음으로써 양도소득의 필요경비로 계상할 수 있으므로, 납세의무자는 감가상각비를 사업소득과 양도소득의 필요경비 중 어느 것에 계상할 것인지를 선택할 수 있고, 위와 같은 선택에 따라 감가상각비를 사업소득금액의 필요경비로 계상하는 과세표준신고는, 결과적으로 결손액이 감가상각비를 초과하여 필요경비 계상으로 인한 종합소득세액 절감의 효과를 얻지 못하였다고 하더라도, 착오 등으로 세법에 위반하여 필요경비로 계상하여서는 아니되는 항목을 필요경비로 계상하여 과세표준신고를 한 것으로 볼 수는 없다.

3) 위와 같은 법리에 비추어 보건대, 원고가 자신의 선택에 따라 이 사건 상가에 대한 감가상각비를 사업소득금액의 필요경비로 계상하여 2007년 ~ 2009년 귀속 종합소득세 과세표준 확정신고를 하였음은 앞서 본 바와 같으므로, 이를 국세기본법 제45조 제1항 제2호가 규정하고 있는 '과세표준신고서에 기재된 결손금액이 세법에 따라 신고하여야 할 결손금액을 초과하는 때'에 해당한다고 볼 수는 없다. 따라서 이 사건 수정신고는 부적법하다.

4. 결 론

그렇다면 원고의 이 사건 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.