법인세법 제15조 (익금불산입)

2. 항소비용은 원고가 부담한다.

다음의 사실은 당사자들 사이에 다툼이 없거나, 갑 제1호증의 1, 2, 3, 갑 제2호증의 1, 2, 갑 제3, 4호증, 을 제1 내지 6호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하여 인정할 수 있다.

"가. 원고 회사(원래 상호가주식회사 ○○케이엠'이었다가 2007. 1. 1.○○케이엠면세점 주식회사'로, 다시 2008. 3. 25.○○케이리테일 주식회사'로 각 변경되었다, 이하원고 회사'라고 한다)는 서울지방법원으로부터 2000. 12. 12. 회사정리절차개시결정을 받고, 2001. 7. 3. 회사정리계획인가결정을 받았다가 2006. 1. 26. 회사정리절차가 종결된 자기테이프(오디오, 비디오, 컴퓨터 등) 제조ㆍ판매회사로서, 1990. 12. 31. 법률 제4285호로 개정되기 전의 것) 제56조의2(이하종전의 제56조의2'라 한다) 제1항에 따라 처음으로 한국증권거래소에 주식을 상장하는 것을 전제로 소유 재산에 대하여 자산재평가를 실시하고 그 재평가차액 24,563,617,398원(이하쟁점재평가차액'이라고 한다)을 구 법인세법(1994. 12. 22. 제4803호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제15조 제1항 제5호에 의하여 익금에 산입하지 아니한 채 1990사업연도 법인세를 신고하는 한편, 위 자산재펴가가 자산재평가법에 의한 자산재평가임을 전제로 하여 1990. 12. 4.과 1991. 11. 29.에 1990년 귀속 자산재평가세 736,908,520원을 신고ㆍ납부하였다.",다. 한편 기업공개시 재평가특례를 규정한 구 조세감면규제법 시행령 또는 조세특례제한법 시행령이 여러 차례 개정되면서 주식의 상장기간이 최종적으로 2003. 12. 31.까지로 규정되었으나 원고 회사는 그 때까지 주식을 상장하지 아니하였다.

"라. 이에 피고는 2004. 1. 16. 원고 회사가 상장기간 내에 주식을 상장하지 아니하였음을 이유로 구 조세감면규제법 부칙(1990. 12. 31. 법률 제4285호) 제23조(이하이 사건 부칙규정'이라 한다) 제1항에 의하여 쟁점재평가차액을 자산재평가법에 의한 재평가차액이 아닌 임의평가차익으로 보고 1990사업연도 법인세 21,617,335,700원(과세신고가산세 1,650,192,206원 및 미납부가산세 11,957,961,967원 포함)과 방위세 자산재평가가 자산재평가법에 의한 자산재평가에 해당하지 않는다는 이유로 원고가 종전에 신고ㆍ납부한 자산재평가세에 대하여 환급결정을 하고, 1998. 7. 1.자 자산재평가에 대하여는 자산재평가법 제13조 제1항 제2호, 제1호에 따라 재평가 세율을 100분의 1이 아닌 100분의 3을 적용하여 그 차액에 대하여 1998년 귀속 자산재평가세 164,522,600원을 결정ㆍ고지하였다(이하이 사건 자산재평가세 부과처분'이라고 한다).", "마. 원고는 이에 불복하여 국세심판을 제기하였는데, 국세심판원은 2005. 3. 24. 1990사업연도 법인세와 방위세 중 과소신고가산세와 미납부가산세를 부과하지 않는 것으로 세액을 경정하라는 결정을 하였고, 이에 따라 피고는 당초 결정금액을 법인세는 8,356,506,769원으로, 방위세는 2,065,508,871원으로 감액 경정하였다(피고가 2004. 1. 16. 원고에 대하여 부과한 1990사업연도 법인세 21,617,335,700원의 부과처분 중 위와 같이 감액 경정되고 남은 8,356,506,769원의 부과처분을이 사건 법인세 부과처분'이라고 하며, 방위세 2,478,610,640원의 부과처분 중 감액 경정되고 남은 2,065,508,871원의 부과처분을이 사건 방위세 부과처분'이라고 하고, 여기에 이 사건 자산재평가세 부과처분을 합하여이 사건 부과처분'이라고 한다).",2. 이 사건 부과처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

(1) 피고가 이 사건 부과처분을 함에 있어 적용한 근거 법률은 이 사건 부칙규정과 그 위임에 따라 1994. 1. 1. 이후 상장기한을 규정했던 구 조세감면규제법 시행령(별지 관계법령에 기재된 각 개정된 구 조세감면규제법 시행령의 각 조항 전부를 의미한다, 이하 같다) 또는 조세특례제한법 시행령(별지 관계법령에 기재된 조세특례제한법 시행령 중 대통령령 제16693호, 제17458호로 각 개정되기 전의 것 및 현행 조세특례제한법 시행령 각 조항 전부를 의미한다, 이하 같다)의 규정들이라 할 것인데, 이 사건 부칙규정은 1993. 12. 31. 법률 제4666호로 전문 개정된 구 조세감면규제법의 시행으로 그 효력을 상실하였고, 모법인 이 사건 부칙규정이 실효된 이상 하위 규정인 위 조세감면규제법 시행령 또는 조세특례제한법 시행령 역시 근거 규정이 없는 무효의 규정이다. 따라서 이 사건 부과처분은 무효의 규정에 근거한 것으로서 조세법률주의에 위배된다.

(2) 구 조세감면규제법 시행령 및 조세특례제한법 시행령 각 조에서 규정하는 상장기한은 그 기간 내에 주식을 상장하지 아니하는 경우 이미 행한 자산재평가를 자산재평가법에 의한 재평가로 보지 아니하고 재평가된 결과에 기초하여 과다계상된 감가상각비 및 과소계상된 자산양도차익이 손금불산입, 익금산입되는 결과가 발생한다는 점에서 제척기간과 무관하게 재평가를 한 법인이 주식을 상장할 수 있는 기간을 의미하는 것에 불과할 뿐, 국세기본법 시행령 제12조의3(1990. 12. 31. 대통령령 제13192호로 개정되기 전의 구 국세기본법 시행령은 제12조의2이다) 제2항 제2호, 제3호 소정의 국세부과제척기간 기산일의 예외사유에 해당하지 아니한다. 따라서 이 사건 법인세와 방위세 부과처분의 제척기간은 1990사업연도 과세표준과 세액의 신고기간인 1991. 3. 31.의 다음날인 1991. 4. 1.부터 5년이 경과한 1996. 3. 31.에 만료되었고, 이 사건 자산재평가세 부과처분의 제척기간은 신고기한 다음날인 1998. 9. 29.부터 2년이 경과한 2000. 9. 28. 만료됨으로써 모든 납세의무가 소멸하였다.

(3) 이 사건 법인세와 방위세의 성립시기는 그 과세기간이 종료한 1990. 12. 31.이고, 이 사건 자산재평가세의 성립시기는 그 과세기간이 종료한 1990. 12. 31.이고, 이 사건 자산재평가세의 성립시기는 재평가를 실시한 1998. 7. 1.이며, 한편 회사정리법상 정리채권은 그 신고기간 내에 법원에 신고하여야 하고 그 기간 내에 신고하지 아니하는 경우에는 그 채권은 정리계획인가결정으로 실권되는 것인데, 피고는 이 사건 부과처분에 대하여 회사정리법 소정의 신고기간 내에 신고를 하지 아니하였고, 원고회사의 정리계획안이 이미 인가된 이상 이 사건 부과처분을 할 권리는 모두 실권ㆍ소멸되었다.

나. 관계 법령

구 조세감면규제법 제56조의2 (기업공개시의 재평가특례)

구 조세감면규제법 시행령 제66조 (기업공개시 자산재평가에 관한 특례)

구 조세감면규제법 시행령 제109조 (기업공개시 자산재평가에 관한 특례)

법인세법 제9조 (각 사업연도의 소득)

법인세법 제15조 (익금불산입)

다. 판단

(1) 조세법률주의에 위배된다는 주장에 관하여

(가) 기업공개시 재평가특례규정에 관한 개정 연혁

종전의 제56조의2 제1항은 증권거래법 제88조 제1항의 규정에 의하여 한국증권거래소에 처음으로 주식을 상장하고자 하는 법인은 자산재평가법 제4조 및 동법 제38조의 규정에 불구하고 매월 1일을 재평가일로 하여 자산재평가법에 의한 재평가를 할 수 있다. 다만, 재평가를 한 법인이 재평가일로부터 2년 이내에 한국증권거래소에 주식을 상장하지 아니하는 경우에는 이미 행한 재평가는 자산재평가법에 의한 재평가로 보지 아니한다. 고 규정함으로써, 기업을 공개하는 경우에는 자산재평가법에 의한 재평가요건을 갖추지 못한 경우에도 같은 법에 의한 재평가를 할 수 있도록 하였는바, 구 법인세법 제15조 제1항 제5호에 의하면 자산재평가법에 의한 재평가차액은 임의평가차익과는 달리 법인의 소득금액계산상 익금에 산입되지 아니하도록 규정하고 있고, 재평가 이후의 각 사업연도소득을 계산함에 있어서도 재평가된 자산가액을 기초로 감가상각비나 양도차익 등을 산정하게 된다.

"그 후 구 조세감면규제법 종 개정법률(1990. 12. 31. 법률 제4285호로 개정된 것)은 종전의 제56조의2를 삭제하고 위 규정에 의하여 이미 재평가를 실시한 법인에 관한 경과규정으로 이 사건 부칙규정을 두었는데, 그 제1항은 종전의 제56조의2에 의하여 재평가를 한 법인에 대하여는 재평가일로부터 대통령령이 정하는 기간 이내에 주식을 상장하지 아니하는 경우에 한하여 이미 행한 재평가를 자산재평가법에 의한 재평가로 보지 아니한다. 고 규정하고 있고, 그 제2항은 재평가를 한 법인이 제1항의 기간 이내에 재평가를 취소하는 경우에는 각 사업연도소득에 대한 법인세를 재계산하여 재평가를 취소한 날이 속하는 사업연도분 법인세 과세표준신고와 함께 신고ㆍ납부하여야 한다. 고 규정하고 있으며, 구 조세감면규제법 시행령(1990. 12. 31. 대통령령 제13202호로 개정되어 1993. 12. 31. 대통령령 제14084호로 전부 개정되기 전의 것) 제66조는 이 사건 부칙규정을 모법으로 하여 법률 제4285호 조세감면규제법 중 개정법률 부칙 제23조 제1항에서대통령령이 정하는 기간'이라 함은 5년을 말한다. 고 규정하고 있다.", "한편, 1993. 12. 31. 법률 제4666호로 전부 개정되어 1994. 1. 1.부터 시행된 구 조세감면규제법(이하전부 개정된 조세감면규제법'이라 한다)은 그 부칙 제2조에서 이 법 중 소득세 및 법인세에 관한 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 개시하는 과세연도분부터 적용한다. 고 규정하면서도 종전의 제56조의2 내지 이 사건 부칙규정에 대하여는 별도의 경과규정을 두지 아니하였으나, 전부 개정된 조세감면규제법이 시행된 후에도 구 조세감면규제법 시행령 등은 여전히 이 사건 부칙규정을 모법으로 하여 그 위임에 의한대통령령이 정하는 기간'을8년'(1993. 12. 31. 대통령령 제14084호로 전문 개정된 조세감면규제법 시행령 제109조),10년'(1996. 12. 31. 대통령령 제15197호로 개정된 조세감면규제법 시행령 제109조),11년'(1998. 12. 31. 대통령령 제15976호로 전문 개정된 조세특례제한법 시행령 제138조),13년'(2000. 1. 10. 대통령령 제16693호로 개정된 조세특례제한법 시행령 제138조),2003년 12월 31일까지의 기간'(2001. 12. 31. 대통령령 제17458호로 개정된 조세특례제한법 시행령 제138조)으로 순차 연장하는 내용의 규정을 두어 왔다.",(나) 이 사건 부칙조항의 실효 여부

법률의 일부 개정시에는 종전 법률의 부칙에 경과규정은 이를 개정하거나 삭제한다는 별도의 규정이 없는 한 당연히 실효되는 것은 아니고, 다만 개정 법률이 전부 개정인 경우에는 종전의 본칙은 물론 부칙과 그 경과 규정도 모두 폐지되는 것이 원칙이지만, 이 경우에도 그와 다른 규정을 두거나 그와 같이 볼 특별한 사정이 있는 경우에는 그 효력이 상실되지 않는다(대법원 2002. 7. 26. 선고 2001두11168 판결 등 참조). 따라서 전부 개정된 법률이, 종전의 경과규정이 계속 적용된다고 볼 사정이 있는 경우에는 전부 개정되기 전 법률 부칙의 경과규정이 실효되지 않으며(대법원 2002. 7. 26. 선고 2001두11168 판결 등 참조), 그와 같은 사정이 있는지 여부는 종전 경과규정의 입법 경위와 취지, 전부 개전된 법령의 입법 취지 및 전반적 체계, 종전의 경과규정이 실효된다고 볼 경우 법률상 공백상태가 발생하는지 여부 등의 여러 사정을 종합하여 판단하여야 한다.

위 법리에 비추어 살피건대, 이 사건 부칙규정은 자산재평가에 관한 특례규정인 종전의 제56조의2가 삭제되면서 위 규정에 따라 이미 자산재평가를 실시한 법인에 관하여 당해 법인의 상장기한 및 미상장시 기존의 자산재평가의 효력(제1항), 법인이 자산재평가를 취소한 경우의 효력(제2항) 등을 정하는 한편, 그 상장기한에 대하여 대통령령에 위임하였으므로, 전부 개정된 조세감면규제법에서 이 사건 부칙규정을 계속하여 적용한다는 경과규정을 두지 않더라도 이미 폐지된 자산재평가 특례제도와 관련된 사항을 충분히 규율할 수 있다고 보아, 전문 개정된 조세감면규제법은 이에 대한 별도의 경과규정을 두지 않은 것으로 보인다. 그렇지 않고 만약 전부 개정된 조세감면규제법의 시행으로 인하여 이 사건 부칙규정의 효력이 1994. 1. 1.자로 상실된다고 한다면 종전의 제56조의2에 따라 자산재평가를 실시한 법인에 대한 사후관리가 불가능하게 되며, 그렇게 되면 상장기한 내에 상장을 하지 않은 법인의 경우 이미 실시한 자산재평가를 자산재평가법에 의한 재평가로 보지 않으면서도 그 재평가차액을 당해 재평가일이 속하는 사업연도의 소득금액계산상 익금에 산입하지 못하게 되거나(이 사건 부칙규정 제1항이 실효되는 경우) 재평가를 취소한 법인이 재평가된 자산가액을 기초로 계산한 감가상각비나 양도차익 등을 재계산하지 못하게 되어(이 사건 부칙규정 제2항이 실효되는 경우), 종전의 제56조의2에 따른 자산재평가를 실시하지 아니한 채 원가주의에 입각하여 법인세 등을 신고ㆍ납부하여 온 법인이나 상장기한 내에 상장을 실시한 법인에 비하여 합리적 이유 없이 우대하는 결과가 되고, 이는 조세공평의 이념에도 반하게 될 것인데, 그 반면에 종전의 제56조의2에 의하여 이미 자산재평가를 한 법인에 대하여 이 사건 부칙규정을 적용하여 과세를 하더라도 이를 두고 그 법인에게 예측하지 못한 부담을 지우는 것으로서 법적 안정성을 해친다고 보기는 어렵다(대법원 2008. 11. 27. 선고 2006두19419 판결, 대법원 2008. 12. 11. 선고 2006두17550 판결 각 참조).

"그렇다면, 이 사건 부칙규정은 전부 개정된 조세감면규제법의 시행에도 불구하고 실효되지 않았다고 볼특별한 사정'이 있다고 보아야 할 것이다.",(다) 소결

"따라서, 이 사건 법인세 및 방위세 부과처분의 근거규정인 이 사건 부칙규정과 이를 모법으로 한 구 조세감면규제법 시행령 또는 조세특례제한법 시행령은 전부 개정된 조세감면규제법의 시행 이후에도 실효되지 않았다고 할 것이므로, 이를 근거로 한 이 사건 법인세 부과처분 및 방위세 부과처분은 적법하다. 또한 1990. 10. 1.에 실시된 자산재평가를 자산재평가법상의 재평가로 보지 아니하는 이상 1998. 7. 1.의 자산재평가는 자산재평가법 제13조 제1항 제1호 소정 세율 100분의 1의 적용 예외사유인1983. 12. 31. 이전에 취득한 토지로서 1984. 1. 1. 이후 재평가를 실시하지 아니한 토지를 최초로 재평가하는 경우'에 해당하여 100분의 1의 세율을 적용할 수 없다 할 것이고, 따라서 자산재평가법 제13조 제1항 제1호 이외의 세율인 같은 항 제2호 소정의 세율 100분의 3을 적용한 이 사건 자산재평가세 부과처분 역시 적법하다 할 것이다.",따라서, 이에 반하는 원고의 주장은 이유 없다.

(2) 제척기간이 만료되었다는 주장에 관하여

"국세기본법 제26조 제2호는 같은 법 제26조의2의 규정에 의하여 국세를 부과할 수 있는 제척기간 내에 국세가 부과되지 아니하고 그 기간이 만료된 때에는 그 국세를 납부할 의무가 소멸한다고 규정하고 있고, 국세기본법 제26조의2는국세부과의 제척기간'이라는 제목으로 그 제1항에서 상속세 및 증여세를 제외한 국세의 부과제척기간은 원칙적으로 국세를부과할 수 있는 날'부터 5년간으로 규정하고 있다.", "구 법인세법 제9조 제2항, 구 법인세법 시행령(1994. 12. 31. 대통령령 제14468호로 개정되기 전의 것) 제12조 제1항 제5호에 의하면 자산재평가법에 의하지 아니한 자산의 임의평가차익은 당해 법인의 소득을 계산함에 있어 익금에 산입되는 반면, 자산재평가법에 의한 재평가차액은 구 법인세법 제15조 제1항 제5호에 의하여 익금에 산입되지 않으나, 종전의 제56조의2에 따라 자산재평가를 한 법인이 이 사건 부칙규정 제1항 소정의대통령령이 정하는 기간'인 2003. 12. 31.까지 주식을 상장하지 아니한 경우에도 이 사건 부칙규정 제1항에 의하여 그 자산재평가를 자산재평가법에 의한 재평가로 보지 않게 됨에 따라 비로소 그 재평가차액이 익금에 산입되어야 하는 점, 따라서 과세관청으로서는 위 기간이 도래하기 전까지는 당해 법인이 주식을 상장하지 않고 있다고 하더라도 그 재평가차액을 재평가일이 속하는 사업연도의 소득금액계산상 익금에 산입하여 당해 사업연도의 법인세를 부과할 수는 없었던 점 등에 비추어 보면, 원고 회사가 종전의 제56조의2에 의하여 1990. 1. 1. 자산재평가를 실시하였음에도 상장기한인 2003. 12. 31.까지 주식을 상장하지 아니하였으므로, 이 사건 법인세와 부가세인 방위세의 제척기간의 기산일은 2004. 1. 1.을 기준으로 하여야 한다고 볼 것이다(대법원 2008. 11. 27. 선고 2006두19419 판결 참조).",또한 마찬가지로, 원고 회사가 2003. 12. 31.까지 주식을 상장하지 아니함으로써 이 사건 부칙규정 제1항에 따라 종전에 원고 회사가 시행한 1990. 10. 1.자 자산재평가를 자산재평가법 소정의 자산재평가로 보지 않게 됨에 따라 비로소 피고가 원고 회사의 1998. 7. 1.자 자산재평가에 대하여 대하여 자산재평가법 제13조 제1항 제2호, 제1호에 따른 100분의 3의 재평가 세율을 적용하여 그 재평가차액에 대하여 이 사건 자산재평가세를 결정ㆍ고지하였는바, 과세관청으로서는 위 2003. 12. 31.이 도래하기 전까지는 100분의 3의 재평가 세율을 적용하여 자산재평가세를 부과할 수는 없었으므로, 이 사건 자산재평가세의 제척기간 또한 2004. 1. 1.부터 기산한다고 할 것이다.

따라서, 2004. 1. 16.에 부과된 이 사건 부과처분이 제척기간 내인 것은 역수상 명백하므로, 원고의 위 주장도 이유 없다.

(3) 실권되었다는 주장에 관하여

정리회사에 대한 조세채권이 회사정리 개시결정 전에 법률에 의한 과세요건이 충족되어 있으면 그 부과처분이 정리절차 개시 후에 있는 경우라도 그 조세채권은 정리채권이 되고, 정리회사에 대한 조세채권은 회사정리법 제157조에 따라 지체 없이, 즉 정리계획안 수립에 장애가 되지 않는 시기로서 늦어도 통상 정리계획안 심리기일 이전인 제2회 관계인 집회일 전까지 신고하지 아니하면 실권ㆍ소멸된다(대법원 2002. 9. 4. 선고 2001두7268 판결, 대법원 1994. 3. 25. 선고 93누14417 판결 등 참조).

이 사건에 관하여 살피건대, 원고 회사가 2000. 12. 12. 회사정리절차개시결정을, 2001. 7. 3. 회사정리계획인가결정을 각 받았고, 이 사건 부과처분은 그 이후인 2004. 1. 16.에 이루어진 사실은 앞서 인정한 바와 같으나, 다른 한편, 이 사건 부칙규정 제1항과 구 조세감면규제법 시행령 및 조세특례제한법 시행령의 각 규정에 의하면, 처음으로 주식을 상장하는 회사가 자산재평가차액을 익금에 불산입하고 법인세를 신고ㆍ납부하였다가 그 후 정해진 상장기간 내에 상장하지 아니함으로써 자산재평가차액을 익금에 산입하여 해당 금액을 납부하여야 하는 경우에 있어서는 과세기간의 완성 외에 회사의 상장 여부에 따라 과세요건의 충족 여부가 최종적으로 결정된다는 점에서 그 과세요건의 충족일은 그 정해진 상장기간의 종료일로 보아야 할 것인바, 그러한 법리에 비추어 보면, 이 사건 부과처분의 과세요건은 회사정리절차 개시결정 이후로서 상장기간의 종료일인 2003. 12. 31.에 비로소 충족되었다고 할 것이며, 따라서 피고가 원고 회사에 대한 회사정리절차에서 신고기한 내에 법원에 신고를 하지 않았다고 하더라도 이 사건 부과처분을 할 권리가 실권ㆍ소멸되었다고 볼 수 없으므로, 그와 다른 전제에 선 원고의 위 주장도 받아들일 수 없다.

3. 결론

그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 이유 없어 이를 기각할 것인바, 제1심 판결은 이와 결론을 같이하여 정당하므로 원고의 항소를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.