대법원 2008. 12. 11. 선고 2006두17550 판결 | 리걸엔진

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제목

요지

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상장조건부 자산재평가와 관련한 구 조감법부칙 실효당부

요지

전부개정된 법률이 종전의 법률 부칙의 경과규정을 계속 적용한다는 별도의 규정을 두지 않았다고 하더라도 종전의 경과규정이 계속 적용된다고 볼 사정이 있는 경우에는 전부개정되기 전 법률 부칙의 경과규정이 실효되지 않음

주문

원심판결을 파기하고, 사건을 서울고등법원에 환송한다.

이유

상고이유를 판단한다.

1. 구 조세감면규제법 (1987. 11. 28. 법률 제3939호로 개정된 후 1990. 12. 31. 법률 제4285호로 개정되기 전의 것) 제56조의2(이하 '종전의 제56조의2'라 한다) 제1항은 "증권거래법 제88조 제1항의 규정에 의하여 한국증권거래소에 처음으로 주식을 상장하고자 하는 법인은 자산재평가법 제4조 및 동법 제38조의 규정에 불구하고 매월 1일을 재평가일로 하여 자산재평가법에 의한 재평가를 할 수 있다. 다만, 재평가를 한 법인이 재평가일로부터 2년 이내에 한국증권거래소에 주식을 상장하지 아니하는 경우에는 이미 행한 재평가는 자산재평가법에 의한 재평가로 보지 아니한다."고 규정함으로써 기업을 공개하는 경우에는 자산재평가법에 의한 재평가요건을 갖추지 못한 경우에도 같은 법에 의한 재평가를 할 수 있도록 하였는바, 구 법인세법(1994. 12. 22. 법률 제4803호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제15조 제1항 제5호에 의하면 자산재평가법에 의한 재평가차액은 임의평가차익과는 달리 법인의 소득금액계산상 익금에 산입되지 아니하고, 재평가 이후의 각 사업연도소득을 계산함에 있어서도 재평가된 자산가액을 기초로 감각상각비나 양도차익 등을 산정하게 된다.

그 후 구 조세감면규제법 중 개정법률(1990. 12. 31. 법률 제4285호로 개정된 것)은 종전의 제56조의2를 삭제하고 위 규정에 의하여 이미 재평가를 실시한 법인에 관한 경과규정으로 부칙 제23조(이하 '이 사건 부칙규정'이라 한다)를 두었는데, 그 제1항은 "종전의 제56조의2에 의하여 재평가를 한 법인에 대하여는 재평가일로부터 대통령령이 정하는 기간 이내에 주식을 상장하지 아니하는 경우에 한하여 이미 행한 재평가를 자산재평가법에 의한 재평가로 보지 아니한다"고 하고 제2항은 "재평가를 한 법인이 제1항의 기간 이내에 재평가를 취소하는 경우에는 각 사업연도소득에 대한 법인세를 재계산하여 재평가를 취소한 날이 속하는 사업연도분 법인세 과세표준신고와 함께 신고ㆍ납부하여야 한다"고 하였으며, 구 조세감면규제법 시행령(1990. 12. 31. 대통령령 제13202호로 개정되어 1993. 12. 31. 대통령령 제14084호로 전부개정되기 전의 것) 제66조는 이 사건 부칙규정을 모법으로 하여 "법률 제4285호 조세감면규제법 중 개정법률 부칙 제23조 제1항에서 '대통령령이 정하는 기간'이라 함은 5년을 말한다."고 명시하였다.

한편, 1993. 12. 31. 법률 제4666호로 전부개정되어 1994. 1. 1.부터 시행된 구 조세감면규제법(이하 '전부개정된 조세감면규제법'이라 한다)은 부칙 제2조에서 "이 법 중 소득세 및 법인세에 관한 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 개시하는 과세연도분부터 적용한다."고 하면서도 종전의 제56조의2 내지 이 사건 부칙규정에 대하여는 별도의 경과규정을 두지 아니하였으나, 전부개정된 조세감면규제법이 시행된 후에도 구 조세감면규제법 시행령 등은 여전히 이 사건 부칙규정을 모법으로 하여 그 위임에 의한 '대통령령이 정하는 기간'을 '8년'(1993. 12. 31. 대통령령 제14084호로 전문 개정된 조세감면규제법 시행령 제109조), '10년'(1996. 12. 31. 대통령령 제15197호로 개정된 조세감면규제법 시행령 제109조), '11년'(1998. 12. 31. 대통령령 제15976호로 전문 개정된 조세특례제한법 시행령 제138조), '13년'(2000. 1. 10. 대통령령 제16693호로 개정된 조세특례제한법 시행령 제138조), '2003년 12월 31일까지의 기간'(2001. 12. 31. 대통령령 제17458호로 개정된 조세특례제한법 시행령 제138조)으로 순차 연장하는 내용의 규정을 두어 왔다.

2. 법률의 일부 개정시에는 종전 법률의 부칙에 있던 경과규정은 이를 개정하거나 삭제한다는 별도의 규정이 없는 한 당연히 실효되는 것은 아니고, 다만 개정 법률이 전부개정인 경우에는 종전의 본칙은 물론 부칙과 그 경과 규정도 모두 폐지되는 것이원칙이지만, 이 경우에도 그와 다른 규정을 두거나 그와 같이 볼 특별한 사정이 있는 경우에는 그 효력이 상실되지 않는다(대법원 2002. 7. 26. 선고 2001두11168 판결 등 참조). 따라서 전부개정된 법률이, 종전의 법률 부칙의 경과규정을 계속 적용한다는 별도의 규정을 두지 않았다고 하더라도 종전의 경과규정이 계속 적용된다고 볼 사정이 있는 경우에는 전부개정되기 전 법률 부칙의 경과규정이 실효되지 않으며(대법원 2002. 7. 26. 선고 2001두11168 판결 등 참조), 그와 같은 사정이 있는지 여부는 종전 경과규정의 입법 경위와 취지, 전부 개정된 법령의 입법 취지 및 전반적 체계, 종전의 경과규정이 실효된다고 볼 경우 법률상 공백상태가 발생하는지 여부 등의 여러 사정을 종합하여 판단하여야 한다.

3. 위 법리에 비추어 살피건대, 이 사건 부칙규정은 자산재평가에 관한 특례규정인 종전의 제56조의2가 삭제되면서 위 규정에 따라 이미 자산재평가를 실시한 법인에 관하여 당해 법인의 상장기한 및 미상장시 기존의 자산재평가의 효력(제1항), 법인이 자산재평가를 취소한 경우의 효력(제2항) 등을 정하는 한편 그 상장기한에 대하여 대통령령에 위임하였으므로, 전부개정된 조세감면규제법에서 이 사건 부칙규정을 계속하여 적용한다는 경과규정을 두지 않더라도 이미 폐지된 자산재평가 특례제도와 관련된 사항을 충분히 규율할 수 있다고 보아, 전문 개정된 조세감면규제법은 이에 대한 별도의 경과규정을 두지 않은 것으로 보인다. 그렇지 않고 만약 전부개정된 조세감면규제법의 시행으로 인하여 이 사건 부칙규정의 효력이 1994. 1. 1.자로 상실된다고 한다면 종전의 제56조의2에 따라 자산재평가를 실시한 법인에 대한 사후관리가 불가능하게 되며, 그렇게 되면 상장기한 내에 상장을 하지 않은 법인의 경우 이미 실시한 자산재평가를 자산재평가법에 의한 재평가로 보지 않으면서도 그 재평가차액을 당해 재평가일이 속하는 사업연도의 소득금액계산상 익금에 산입하지 못하게 되거나(이 사건 부칙규정 제1항이 실효되는 경우) 재평가를 취소한 법인이 재평가된 자산가액을 기초로 계산한 감가상각비나 양도차익 등을 재계산하지 못하게 되어(이 사건 부칙규정 제2항이 실효되는 경우), 종전의 제56조의2에 따른 자산재평가를 실시하지 아니한 채 원가주의에 입각하여 법인세 등을 신고ㆍ납부하여 온 법인이나 상장기한 내에 상장을 실시한 법인에 비하여 합리적 이유 없이 우대하는 결과가 되고 이는 조세공평의 이념에도 반하게 될 것인데, 그 반면에 종전의 제56조의2에 의하여 이미 자산재평가를 한 법인에 대하여 이 사건 부칙규정을 적용하여 과세를 하더라도 이를 두고 그 법인에게 예측하지 못한 부담을 지우는 것으로서 법적 안정성을 해친다고 보기는 어렵다(대법원 2008. 11. 27. 선고 2006두19419 판결 참조).

4. 그렇다면, 이 사건 부칙규정은 전부개정된 조세감면규제법의 시행에도 불구하고 실효되지 않았다고 볼 '특별한 사정'이 있다고 보아야 할 것이다.

그럼에도 원심은, 위와 같은 여러 사정을 살피지 아니한 채 전부개정된 조세감면규제법이 이 사건 부칙규정을 계속 적용한다는 별도의 규정을 두지 아니한 점만을 보아, 이 사건 부칙규정이 전부개정된 조세감면규제법의 시행으로 인하여 1994. 1. 1.자로 그 효력을 상실하였다고 판단하였으니, 이러한 원심판결에는 법률의 전부개정시 종전 법률의 실효 여부에 관한 법리를 오해하여 판결결과에 영향을 미친 위법이 있고, 이를 지적하는 상고이유는 이유가 있다.

5. 그러므로 나머지 상고이유에 대한 판단을 생략한 채 원심판결을 파기하고, 사건을 다시 심리ㆍ판단하게 하기 위하여 원심법원으로 환송하기로 하여 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.

[서울고등법원2006누4297 (2006.10.12)]

주문

제1심 판결을 취소한다

피고가 2004. 4. 16. 원고에 대하여 한 별지 부과처분 내역 기재 중 각 사업연도별 본세란 기재 각 법인세, 방위세, 농어촌특별세, 자산재평가세 합계 금 70,767,836,129원의 부과처분을 모두 취소한다.

소송비용은 제1,2심 모두 피고가 부담한다.

청구취지 및 항소취지

주문과 같다.

이유

1. 처분의 경위

다음 각 사실은 당사자 사이에 다툼이 없거나, 갑 제1호증의 1 내지 10, 갑 제2호증의 1, 2, 을 제1호증의 1 내지 13, 을 제2호증의 1, 2, 3, 을 제3호증의 1 내지 11, 을 제4, 5호증의 각 1내지 10, 을 제6호증의 1 내지 12, 을 제7호증의 1 내지 11, 을 제8호증의 1 내지 5, 을 제9, 10호증의 각 1 내지 9, 을 제11호증의 1 내지 5, 을 제12호증, 을 제13호증의 1 내지 9, 을 제14호증의 1 내지 7, 을 제15, 16, 17호증의 각 1 내지 9, 을 제18, 19, 20호증의 각 1 내지 8의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하여 인정할 수 있다.

가. 원고 회사는 유류 및 석유화학제조업 등을 영위하는 회사로서, 구 조세감면규제법(1990. 12. 31. 법률 제4285호로 개정되기 전의 것, 이하 '구 조세감면규제법'이라 한다) 제56조의2에 근거하여 1990. 10. 1. 자산재평가를 실시하고 한국증권거래소에 주식상장을 준비하였으나, 2003. 12. 31.까지 주식의 한국증권거래소 상장이 어렵게 되자, 2003. 12. 30. 위 1990. 10. 1.자 자산재평가를 스스로 취소하였다.

나. 피고는 원고 회사가 구 조세감면규제법 부칙(1990. 12. 31.법률 제4285호) 제23조(이하 '이 사건 부칙조항'이라 한다)에 따라 1990 사업연도 이후 각 사업연도 소득에 대한 법인세를 재계산하여 재평가를 취소한 날이 속하는 사업연도 법인세 과세표준과 함께 신고ㆍ납부하지 않았다는 이유로, 1990~1999 사업연도에 걸쳐 과다계상된 감가상각비 금 173,579,616,995원을 손금불산입하고, 과소계상된 감가상각비 금 6,215,574,406원을 손금산입하며, 과소계상된 자산양도차익 금 4,581,834,590원을 익금산입하여, 2004. 4. 16. 원고 회사에게 별지 부과처분 내역 기재 중 각 사업연도별 고지세액란 기재 각 법인세, 방위세, 농어촌특별세를 부과하고, 종전의 자산재평가가 자산재평가법에 의한 자산재평가에 해당하지 않게 되었다는 이유로 원고 회사가 기존에 신고ㆍ납부한 자산재평가세 금 112,513,027,682 원에 대하여는 환급결정을 함과 동시에 1999. 4. 1.자 제5차 자산재평가에 대하여 자산재평가법 제13조 제1항 제2호에 따라 재평가세율 100분의 3을 적용한 차액과 1990~1999 사업연도까지 감가상각비 부인된 금액을 제외한 잔여금에 대하여 재평가세율 100분의 3을 적용하여 산정한 1999년 귀속 자산재평가세를 부과하는 등 합계 금156,843,073,190원을 각 부과ㆍ고지하였다.

다. 원고 회사는 위 부과처분에 불복하여 2004. 7. 9. 국세심판원에 심판청구를 제기하였고, 국세심판원은 2005. 5. 10. 위 부과처분 중 가산세(과소신고가산세 및 미납부가산세) 부분은 부과하지 않는 것으로 세액을 경정하라는 결정을 하였다. 이에 피고는 2005. 5. 25. 위 부과처분 중 가산세 부분에 대한 부과처분을 취소하였다(이하 2004. 4. 16.자 부과처분에서 가산세 부분을 제외한 별지 부과처분 내역 기재 중 각 사업연도별 법인세, 방위세, 농어촌특별세 및 자산재평가세의 본세 부분을 '이 사건 부과처분'이라 한다).

2. 이 사건 부과처분의 적법 여부

가. 원고 회사의 주장

(1) 이 사건 부칙조항은 구 조세감면규제법이 별도의 경과규정을 두지 아니한 채 1993. 12. 31. 법률 제4666호로 전문 개정되어 1994. 1. 1. 시행됨으로써 그 효력을 상실하였고, 실효된 이 사건 부칙조항의 위임에 근거하여 1994. 1. 1. 이후 상장기한을 규정했던 구 조세감면규제법 시행령(별지 관계법령에 기재된 각 개정된 구 조세감면규제법 시행령의 각 조항 전부를 의미한다. 이하 같다)이나 조세특례제한법 시행령(별지 관계법령에 기재된 조세특례제한법 시행령 중 대통령령 제16693호, 제17458호로 각 개정되기 전의 것 및 현행 조세특례제한법 시행령 각 조항 전부를 의미한다. 이하 같다)도 모두 모법의 위임이 없어 무효이다.

결국, 원고 회사가 2003. 12. 30. 종전의 자산재평가를 취소하더라도 자산재평가법에 따른 재평가 결과는 그대로 유효하여 감가상각비의 과다계상 및 자산양도차익의 과소계상 문제는 발생할 여지가 없으므로 이 사건 부칙조항에 따라 법인세를 재계산하여 신고ㆍ납부할 의무가 없다고 할 것이고, 따라서 실효된 이 사건 부칙조항에 근거한 이 사건 부과처분은 조세법률주의에 위배되어 위법하다.

(2) 가사 이 사건 부칙조항이 이 사건 부과처분 당시 유효하였다 하더라도, 구 조세감면규제법 시행령 및 조세특례제한법 시행령 각 조에서 규정하는 상장기한은 그 기간내에 주식을 상장하지 아니하는 경우 이미 행한 자산재평가를 자산재평가법에 의한 재평가로 보지 아니하고 재평가된 결과에 기초하여 과다계상된 감가상각비 및 과소계상된 자산양도차익이 손금불산입, 익금산입되는 결과가 발생한다는 점에서 제척기간과 무관하게 재평가를 한 법인이 주식을 상장할 수 있는 기간을 의미하는 것에 불과할 뿐, 국세기본법 시행령(별지 관계법령에 기재된 각 개정된 국세기본법 시행령 전부를 의미한다. 이하 같다) 제12조의3(1990. 12. 31. 대통령령 제13192호로 개정되기 전의 구 국세기본법 시행령은 제12조의2이다. 이하 위 제12조의3을 인용하는 경우 이를 포함하는 것으로 한다) 제2항 제2호, 제3호 소정의 국세부과 제척기간 기산일의 예외사유에 해당하지는 아니한다.

따라서 이 사건 부과처분 중 1990~1998 사업연도에 걸친 법인세, 방위세, 농어촌특별세는 모두 국세기본법(별지 관계법령 기재 중 각 개정된 국세기본법 전부를 의미한다. 이하 같다) 제26조의2 제1항에 따라 5년 혹은 2년의 국세부과 제척기간이 만료하였고, 별지 부과처분 내역 기재 중 1999. 4. 1.자 제5차 자산재평가에 근거한 자산재평가세도 재평가일로부터 90일이 경과한 다음날부터 2년이 경과한 2001. 6. 29. 제척기간이 만료됨으로써 모든 납세의무가 소멸하였다.

나. 관계법령

별지 관계볍령 기재와 같다.

다. 판단

(1) 기업공개시 재평가특례규정에 관한 개정 연혁

(가) 구 조세감면규제법 제56조의2 제1항은 한국증권거래소에 처음으로 주식을 상장하고자 하는 법인은 자산재평가법 제4조, 제38조의 규정에 불구하고 매월 1일을 재평가일로 하여 자산재평가법에 의한 재평가를 할 수 있으나, 자산재평가를 한 법인이 재평가일로부터 2년 이내에 주식을 상장하지 아니하는 경우 이미 행한 자산재평가는 자산재평가법에 의한 재평가로 보지 아니한다고 규정하고 있었다.

그런데 구 조세감면규제법은 1990. 12. 31. 법률 제4285호로 개정되면서 위 제56조의2규정을 삭제하여 주식 상장을 위한 자산재평가의 특례제도를 없애는 한편, 이미 시행된 주식 상장을 위한 자산재평가를 규율하기 위하여 이 사건 부칙조항에 기업공개시 재평가특례에 관한 경과조치 등을 규정하면서 제1항에서 구 조세감면규제법 제56조의2 제1항 본문의 규정에 의하여 재평가를 한 법인에 대하여는 재평가일부터 대통령령이 정하는 기간 이내에 주식을 상장하지 아니하는 경우에 한하여 이미 행한 재평가를 자산재평가법에 의한 재평가로 보지 아니한다고 규정하고, 그 제2항에서 재평가를 한 법인이 재평가를 취소하는 경우 각 사업연도소득에 대한 법인세를 재계산하여 재평가를 취소한 날이 속하는 사업연도분 법인세 과세표준신고와 함께 신고ㆍ납부하도록 규정하였다.

(나) 이 사건 부칙조항을 근거규정으로 하여 구 조세감면규제법 시행령(1990. 12. 31. 대통령령 제13202호로 개정되어, 1993. 12. 31. 대통령령 제14084호로 전문 개정되기 전의 것)은 제66조를 신설하여 이 사건 부칙조항 제1항에서 규정하는 '대통령령이 정하는 기간'을 5년으로 정하였고, 그 후 위 기간은 8년(1996. 12. 31. 대통령령 제15197호로 개정되기 전의 구 조세감면규제법 시행령 제109조), 10년(1998. 12. 31. 대통령령 제15976호로 법령명이 조세특례제한법 시행령으로 변경되어 전문 개정되기 전의 구 조세감면규제법 시행령 제109조), 11년(2000. 1. 10. 대통령령 제16693호로 개정되기 전의 구 조세특례제한법 시행령 제138조), 13년(2001. 12. 31. 대통령령 제17458호로 개정되기 전의 구 조세특례제한법 시행령 제138조), 2003. 12. 31.까지(2001. 12. 31. 대통령령 제17458호로 개정된 현행 조세특례제한법 시행령 제138조)로 각 연장되었다.

(다) 한편, 구 조세감면규제법은 1993. 12. 31. 법률 제4666호로 전문 개정되어 1994. 1. 1.부터 시행되었는데, 전문 개정 전의 구 조세감면규제법과 마찬가지로 주식상장을 위한 자산재평가 특례제도는 채택하지 않았고 이미 시행된 주식 상장을 위한 자산재평가를 규율하기 위한 이 사건 부칙조항에 대한 경과조치까지 삭제하여 버리고 별다른 규정을 두지 않았다.

(2) 이 사건 부칙조항의 실효 여부

개정 법률이 전문 개정인 경우에는 기존 법률을 폐지하고 새로운 법률을 제정하는 것과 마찬가지여서 종전의 본칙은 물론 부칙 규정도 모두 소멸하는 것으로 보아야 할 것이므로 특별한 사정이 없는 한 종전의 법률 부칙의 경과규정도 실효되고, 다만 전문 개정된 법률이 종전의 법률 부칙의 경과규정이나 그 이전의 법률 본칙 규정에 관하여 계속 적용한다는 특별한 규정을 둔 경우에는 그러하지 아니한다(대법원 2004. 6. 24. 선고 2002두10780 판결, 대법원 2002. 7. 26. 선고 2001두11168 판결 참조).

1993. 12. 31. 법률 제4666호로 전문 개정된 구 조세감면규제법은 부칙에서 종전 법률의 규정 중 계속적인 적용이 필요한 사항에 대해서는 경과조치를 마련해 두고 있는 바, 제12조는 준비금에 관하여, 제13조는 세액감면에 관하여, 제14조는 세액공제에 관하여, 제15조는 소득공제에 관하여, 제16조는 양도소득세 등의 감면 및 추징에 관하여, 제17조는 산업합리화대상기업에 관하여, 제18조는 박람회조직위원회에 관하여 각 경과규정을 두고 있다. 반면, 위 법률은 이 사건 부칙조항에 관하여는 이를 계속 적용한다거나 구 조세감면규제법 제56조의 2에 관하여 이 사건 부칙 조항을 대체할만한 별도의 경과규정을 둔 바 없으므로, 이 사건 부칙조항은 1994. 1. 1.자로 모두 실효되었다고 보아야 한다.

(3) 이 사건 구 조세감면규제법 시행령 조항 및 조세특례제한법 시행령 조항의 적법 여부

헌법 제38조는 "모든 국민은 법률에 정하는 바에 의하여 납세의무를 진다"고 규정하고 있고, 제59조는 "조세의 종목과 세율은 법률로 정한다"고 규정하여 조세법률주의를 규정하고 있다. 조세법률주의의 원칙은 과세요건과 징수절차 등 조세권행사의 요건과 절차는 국민의 대표기관인 국회가 제정한 법률로써 규정하여야 한다는 것을 의미하나, 과세요건과 징수절차에 관한 사항을 하위법령에 구체적ㆍ개별적으로 위임하는 것을 금지하는 것은 아니다.

한편, 헌법 제75조는 "대통령령은 구체적으로 범위를 정하여 위임받은 사항과 ······ 사항에 관하여 대통령령을 발할 수 있다."고 규정하고 있는 바, 이 사건 부칙조항이 1994. 1. 1. 이후 실효된 이상 위 부칙조항의 위임에 따라 제정 또는 개정된 구조세감면규제법 시행령(1990. 12. 31. 대통령령 제13202호로 신설되어 1993. 12. 31. 대통령령 제14084호로 전문 개정되기 전의 것) 제66조 및 구 조세감면규제법 시행령(1993. 12. 31. 대통령령 제14084호로 전문 개정된 것) 제 109조도 1994. 1. 1. 이후 실효되었거나 효력을 발생함과 동시에 실효되었고, 그 이후에 개정 또는 제정된 각 구 조세감면규제법 시행령 제109조 및 조세특례제한법 시행령 제138조(2001. 12. 31. 대통령령 제17458호로 개정된 것 포함)는 수권법률의 근거없이 개정 또는 제정된 것이므로 모두 처음부터 효력이 없었다고 할 것이다.

(4) 이 사건 부과처분의 적법 여부

이와 같이 이 사건 부칙조항이 실효되었고 2001. 12. 31. 대통령령 제17458호로 개정된 조세특례제한법 시행령 제138조 또한 처음부터 무효이므로 원고 회사가 2003. 12. 30. 자신의 1990. 10. 1.자 자산재평가를 취소하였다고 하더라도 그 취소의 효력이 발생하지 않는다. 한편, 원고 회사는 이 사건 부칙 조항에 의하여 비로소 재평가를 한 것이 아니고 구 조세감면법 제56조의2 제1항에 의하여 자산재평가를 한 것이고, 법률조항 폐지의 효력은 소급하여 미치지 아니하므로 이 사건 부칙조항이 실효되었다고 하더라도 재평가 당시 유효하게 존속하고 있던 법률에 기하여 이루어진 원고 회사의 1990. 10. 1.자 자산재평가는 여전히 적법하다.

구 조세감면규제법 제56조의2 제1항은 재평가일로부터 2년 이내에 한국증권거래소에서 주식을 상장하지 아니하면 이미 행한 재평가는 자산재평가법에 의한 재평가로 보지 아니한다고 규정하고 있었으나, 원고 회사의 경우 위 조항에 의하여 자산재평가가 실효되었다고 할 수도 없다. 원고 회사의 자산재평가일인 1990. 10. 1.부터 구 조세감면규제법 제56조의2 제1항에 의한 2년의 기간이 도과하기 전에 이 사건 부칙 제23조 제1항에 의하여 자산재평가의 해제조건이 이미 5년으로 변경된 상태여서 구 조세감면규제법 제56조의2 제1항 소정의 해제조건의 완성은 논할 수 없게 되었기 때문이다.

결국, 구 조세감면규제법 제56조의2 제1항에 의하여 이루어진 원고 회사의 이 사건 1990. 10. 1.자 자산재평가는 해제조건이 완성되지 아니한 상태에서 1993. 12. 31. 법률 제4666호로 전문개정된 구 조세감면규제법에 의하여 그 해제조건을 규정하고 있는 이 사건 부칙조항이 실효됨으로써 확정적으로 유효한 것이 되었다고 할 것이다.

그렇다면, 원고 회사의 2003. 12. 30.자 자산재평가 취소로 인한 감가상각비의 과다계상이나 자산양도차익의 과소계상 등과 같은 이 사건 부과처분의 과세요건은 발생하지 아니한 것이 되고, 이와 달리 원고 회사의 자산재평가취소가 유효함을 전제로 한 이 사건 부과처분은 위법하다.

(5) 피고 주장에 대한 판단

우선 피고는, 이 사건 부칙조항의 실효를 이유로 자산재평가를 취소한 법인에 대하여 과세하지 못한다면 이는 자산재평가를 하지 아니한 채 원가주의에 입각하여 성실하게 법인세 등을 신고ㆍ납부한 법인에 비하여 불합리하게 원고 회사를 우대하는 결과가 되어 조세실질주의, 조세공평주의에 반한다고 주장한다.

살피건대, 원고 회사는 자산재평가를 실시한 점에서 그렇지 않은 법인과 구별될 수 있으므로 세법상 서로 다른 취급을 받는다고 하여 형평에 반한다고 할 수 없을 뿐만 아니라, 가사 피고 주장과 같은 형평성의 문제가 발생한다고 하더라도 그와 같은 사정만으로 입법의 흠결을 대체할 수는 없다. 조세요건법정주의를 규정한 조세법률주의의 원칙은 헌법상 요구되고 있는 것이고, 비록 이 사건 부칙조항이 경과규정이 없이 실효되고 시행령 조항만 남겨둔 것이 입법상의 과오라고 볼 수 있으나, 조세법률주의의 원칙상 입법상의 과오로 인한 과세누락은 법적안정성과 예측가능성의 보장에 의하여 감수될 수밖에 없으며, 혹 조세공평주의에 반하는 결과가 나올 수 있다고 하더라도 그점만으로 위 부칙조항의 효력이 소멸되지 아니할 특별한 사정이 있었다고 볼 수는 없기 때문이다.

또한 피고는, 원고 회사는 1990. 10. 1. 자산재평가를 실시한 이래 2003. 12. 30. 재평가를 취소하기까지 이 사건 부칙조항이유효함을 전제로 피고에게 재평가에 따른 감가상각비를 과다계상하고 양도차액을 과소계상한 법인세 과세표준을 신고ㆍ납부하고, 피고도 이를 그대로 수용함으로써 조세상의 막대한 이익을 누려오다가, 스스로 자산재평가를 취소한 이후 돌연 이 사건 부칙조항이 이미 1994. 1. 1. 실효되었다고 주장하는 것은 신의성실의 원칙에도 반하는 것이라고 주장하나, 이 사건 부칙조항이 효력을 상실하게 된 것은 입법상의 과오나 미비로 인한 것이고 원고 회사가 위 부칙조항과 시행령이유효한 것으로 오해하고 상장을 연기하다가 결국 재평가를 취소하였다고 하더라도 이를 원고 측의 귀책사유로 돌릴 수는 없을 뿐만 아니라, 피고가 그 동안 원고 회사에 대하여 별도의 과세처분을 하지 아니한 것 또한 피고 스스로 위와 같이 실효된 법령들이유효하다고 신뢰하였던 것에 기한 것이지 상장 시도와 같은 원고 회사의 그동안의 행위를 신뢰하여 이루어진 것이 아니므로, 원고 회사가 종전 행동에 반하여 이 사건에서 위 부칙조항이 실효되었다고 주장하여도 원고 측이 신의성실이나 금반언의 원칙에 반한다고 볼 수는 없다. 그리고 법집행 당국인 피고측이나 수범자인 원고측 쌍방이 이 사건 부칙조항이 계속 유효함을 신뢰하고 행위하였다고 하더라도 그것만으로 조세법규의 형식성이나 엄격성이라는 조세법률주의의 원리를 배제하고 이미 없어진 규범 효력의 존속을 추론할 수 있는 근거나 특별한 사정이 될 수 없음은 규범논리상 당연하다. 따라서 피고의 위 주장도 받아들일 수 없다.

3. 결론

그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 모두 이유 있으므로 나머지 주장에 관하여 나아가 판단할 필요없이 이를 인용할 것인 바, 제1심 판결은 이와 결론을 달리하여 부당하므로 이를 취소하고, 원고의 청구를 모두 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

부과처분내역

사업연도

세목

처분일

세액

*고지세액

본세

가산세

1990

법인세

2004.4.16

15,255,384,750원

5,862,608,336원

9,392,776,421원

방위세

1,758,782,500원

1,465,652,084원

293,130,416원

1991

법인세

64,873,515,410원

26,035,733,598원

38,837,781,819원

1992

〃

32,299,225,390원

13,525,978,975원

18,773,246,421원

1993

〃

18,853,342,030원

8,292,020,910원

10,561,321,129원

1994

법인세

10,046,092,740원

4,636,395,609원

5,409,697,140원

농어촌특별세

318,752,190원

289,774,726원

28,977,472원

1996

법인세

2,473,019,270원

1,273,715,770원

1,199,303,502원

1998

〃

3,748,005,410원

2,173,545,811원

1,574,459,607원

1999

법인세

9,384,290원

4,841,098원

4,543,201원

자산재평가세

7,207,569,210원

7,207,569,212원

합계

156,843,073,190원

70,767,836,129원

86,075,237,128원

* 고지세액은 본세와 가산세를 합산하여 10원 미만을 절사한 금액이다.

<관계법령>

○ 구 조세감면규제법 제56조의 2기업공개시의 재평가특례

(1990. 12. 31. 법률 제4285호로 개정되기 전의 것)

① 증권거래법 제88조 제1항의 규정에 의하여 한국증권거래소에 처음으로 주식을 상장하고자 하는 법인은 자산재평가법 제4조 및 동법 제38조의 규정에 불구하고 매월 1일을 재평가일로 하여 자산재평가법에 의한 재평가를 할 수 있다. 다만, 재평가를 한 법인이 재평가일로부터 2년 이내에 한국증권거래소에 주식을 상장하지 아니하는 경우에 이미 행한 재평가는 자산재평가법에 의한 재평가로 보지 아니한다.

② 1987년 1월 1일부터 1988년 12월 31일까지의 기간 중 한국증권거래소에 처음으로 주식을 상장하는 법인이 1989년 12월 31일까지 자산재평가법에 의한 재평가를 하는 경우에도 제1항 본문의 규정을 준용할 수 있다. 다만, 제1항 본문의 규정에 의하여 재평가를 한 법인의 경우에는 그러하지 아니하다.

○ 구 조세감면규제법 제56조의2 삭제

부칙 제23조기업공개시의 재평가특례에 관한 경과조치 등(1990. 12. 31. 법률 제4285호로 개정된 것)

① 이 법 시행 전에 종전의 제56조의2 제1항 본문의 규정에 의하여 재평가를 한 법인에 대하여는 종전의 동조동항 단서의 규정에 불구하고 재평가일부터 대통령령이 정하는 기간이내에 한국증권거래소에 주식을 상장하지 아니하는 경우에 한하여 이미 행한 재평가를 자산재평가법에 의한 재평가로 보지 아니한다.

② 제1항의 규정에 의한 재평가를 한 법인이 당해 자산재평가적립금의 일부 또는 전부를 자본에 전입하지 아니한 경우에는 재평가일부터 제1항의 규정에 의한 기간이내에 그 재평가를 취소할 수 있으며, 이 경우 당해 법인은 각 사업연도소득에 대한 법인세(가산세와 당해 법인세에 부가하여 과세되는 방위세를 포함한다)를 재계산하여 재평가를 취소한 날이 속하는 사업연도분 법인세 과세표준신고와 함께 신고ㆍ납부하여야 한다.

○ 구 조세감면규제법1993. 12. 31. 법률 제4666호로 전문 개정된 것

전문 개정되면서 종전 법률의 부칙 제23조에 해당하는 규정을 두지 아니함.

○ 구 조세감면규제법 시행령 제66조기업공개시 자산재평가에 관한 특례

(1990. 12. 31. 대통령령 제13202호로 신설되어, 1993. 12. 31. 대통령령 제14084호로 전문 개정되기 전의 것) 법률 제4285호 조세감면규제법 중 개정법률 부칙 제23조 제1항에서 "대통령령이 정하는 기간"이라 함은 5년을 말한다.

○ 구 조세감면규제법 시행령 제109조기업공개시 자산재평가에 관한 특례(1996. 12. 31. 대통령령 제15197호로 개정되기 전의 것) 법률 제4285호 조세감면규제법 중 개정법률 부칙 제23조 제1항에서 "대통령령이 정하는 기간"이라 함은 8년을 말한다.

○ 구 조세감면규제법 시행령 제109조기업공개시 자산재평가에 관한 특례(1998. 12. 31. 대통령령 제15976호로 법령명이 조세특례제한법 시행령으로 변경되어 전문 개정되기 전의 것) 법률 제4285호 조세감면규제법 중 개정법률 부칙 제23조 제1항에서 "대통령령이 정하는 기간"이라 함은 10년을 말한다.

○ 조세특례제한법 시행령 제138조기업공개시 자산재평가에 관한 특례

(2000. 1. 10. 대통령령 제16693호로 개정되기 전의 것) 법률 제4285호 조세감면규제법 중 개정법률 부칙 제23조 제1항에서 "대통령령이 정하는 기간"이라 함은 11년을 말한다.

○ 조세특례제한법 시행령 제138조기업공개시 자산재평가에 관한 특례

(2001. 12. 31. 대통령령 제17458호로 개정되기 전의 것) 법률 제4285호 조세감면규제법 중 개정법률 부칙 제23조 제1항에서 "대통령령이 정하는 기간"이라 함은 13년을 말한다.

○ 조세특례제한법 시행령 제138조기업공개시 자산재평가에 관한 특례

(2001. 12. 31. 대통령령 제17458호로 개정된 것) 법률 제4285호 조세감면규제법 중 개정법률 부칙 제23조 제1항에서 "대통령령이 정하는 기간"이라 함은 2003년 12월 31일까지의 기간을 말한다.

○ 법인세법 제9조각사업연도의 소득

(1998. 12. 28. 법률 제5581호로 전문 개정되기 전의 것)

① 내국법인의 각 사업연도의 소득은 그 사업연도에 속하거나 속하게 될 익금의 총액에서 그 사업연도에 속하거나 속하게 될 손금의 총액을 공제한 금액으로 한다.

② 제1항에서 "익금"이라 함은 자본 또는 출자의 납입 및 이 법에서 규정하는 것을 제외하고 그 법인의 순자산을 증가시키는 거래로 인하여 발생하는 수익의 금액을 말한다.

③ 제1항에서 "손금"이라 함은 자본 또는 지분의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것을 제외하고 그 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손비의 금액을 말한다.

○ 법인세법 제16조익금불산입

(1994. 12. 22. 법률 제4803호로 개정되기 전의 것, 1990. 12. 31. 법률 제4165호로 해당 조항이 개정되었으나 제5호는 개정되지 않았다)

① 다음 각호에 게기하는 익금은 내국법인의 각사업연도의 소득금액계산상 당해 사업연도의 익금에 산입하지 아니한다.

5. 자산재평가법의 규정에 의한 재평가차액

○ 법인세법 제15조익금불산입

(1998. 4. 10. 법률 제5533호로 개정되기 전의 것, 1997. 12. 13. 법률 제5418호로 해당 조항이 개정되었으나 제5호는 개정되지 않았다.

① 다음 각호에 게기하는 익금은 내국법인의 각사업연도의 소득금액계산상 당해 사업연도의 익금에 산입하지 아니한다.

5. 고정자산의 평가차익(자산재평가법에 의한 재평가차액을 포함한다). 다만, 대통령령이 정하는 경우는 그러하지 아니하다.

○ 법인세법 제15조익금불산입

(1998. 12. 28. 법률 제5581호로 전문 개정되기 전의 것)

① 다음 각호에 게기하는 익금은 내국법인의 각사업연도의 소득금액계산상 당해 사업연도의 익금에 산입하지 아니한다.

5. 고정자산의 평가차익(자산재평가법에 의한 재평가차액을 포함하되, 동법 제13조 제1항 제1호의 규정에 의한 토지의 재평가차액은 제외한다). 다만, 대통령령이 정하는 경우는 그러하지 아니하다.

○ 법인세법 제18조평가차익 등의 익금불산입

(2001. 12. 31. 법률 제6558호로 해당 조문이 개정되었으나 제1호는 개정되지 않았다.

다음 각호의 수익은 내국법인의 각 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 익금에 산입하지 아니한다.

1. 자산의 평가차익. 다만, 제42조 제1항 각호의 규정에 의한 평가로 인하여 발생하는 평가차익을 제외한다.

○ 법인세법 제60조과세표준 등의 신고

① 납세의무 있는 내국법인은 각 사업연도의 종료일로부터 3월 이내에 대통령령이 정하는 바에 따라 당해 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 관할 세무관서장에게 신고하여야 한다.

○ 법인세법 시행령 제12조수익과 손비의 정의

(1994. 12. 31. 대통령령 제14448호로 개정되기 전의 것)

① 법 제9조 제2항에서 "수익"이라 함은 법 및 이 영에 규정하는 것을 제외하고 다음 각호에 게기하는 것으로 한다.

3. 자산의 양도금액.

5. 자산의 평가차익.

② 법 제9조 제3항에서 "손비"라 함은 법 및 이 영에 규정한 것을 제외하고 다음 각호에 게기하는 것으로 한다.

5. 고정자산에 대한 감가상각비.

○ 법인세법 시행령 제12조수익과 손비의 정의

(1998. 12. 31. 대통령령 제15970호로 개정되기 전의 것)

① 법 제9조 제2항에서 "수익"이라 함은 법 및 이 영에 규정하는 것을 제외하고 다음 각호에 게기하는 것으로 한다.

3. 자산의 양도금액.

5. 자산의 평가차익(자산재평가법에 의한 재평가차액 및 제10호제5항의 규정에 의한 평가차익에 한한다)

② 법 제9조 제3항에서 "손비"라 함은 법 및 이 영에 규정한 것을 제외하고 다음 각호에 게기하는 것으로 한다(1993. 12. 31. 대통령령 제14080호, 1994. 12. 23. 대통령령 제14446호, 1994. 12. 31. 대통령령 제14468호, 1997. 12. 31. 대통령령 제15564호로 해당 조항이 개정되었으나 제5호는 개정되지 않았다)

5. 고정자산에 대한 감가상각비.

○ 법인세법 시행령 제11조수익의 범위

법 제15조 제1항의 규정에 의한 수익은 법 및 이 영에서 달리 정하는 것을 제외하고는 다음 각호에 규정하는 것으로 한다.(2000. 12. 29. 대통령령 제17033호로 해당 조문이 개정되었으나 제2호, 제4호는 개정되지 않았다)

2. 자산(자기주식을 포함한다)의 양도금액

4. 자산의 평가차익

○ 법인세법 시행령 제19조손비의 범위

법 제19조 제1항의 규정에 의한 손비는 법 및 이 영에서 달리 정하는 것을 제외하고는 다음 각호에 규정하는 것으로 한다.(2001. 12. 31. 대통령령 제17457호로 해당 조문이 개정되었으나 제5호는 개정되지 않았다)

5. 고정자산에 대한 감가상각비

○ 자산재평가법 제4조재평가일

① 이 법의 규정에 의한 재평가의 기준일(이하 "재평가일"이라 한다)은 다음 각호의 1에 해당하는 날로 한다.

1. 법인 : 각사업연도개시일 또는 각사업연도개시일부터 각각 3월ㆍ6월 또는 9월이 경과한 날

2. 개인 : 매년 1월 1일, 4월 1일, 7월 1일 또는 10월 1일

② 대통령령이 정하는 합병을 하고자 하는 법인은 매월 1일을 재평가일로 하여 재평가할 수 있다.

○ 자산재평가법 제5조재평가자산의 범위

① 법인 및 소득세법 제28조의 규정에 의한 사업자는 재평가일 현재 그 기업에 소속된 자산으로서 국내에 소재하는 다음 각호의 자산에 대하여 이 법이 정하는 바에 의하여 재평가를 할 수 있다. 다만, 매매 목적으로 소유하는 자산등으로서 대통령령이 정하는 자산은 예외로 한다.

1. 법인세법에 의하여 감가상각이 가능한 고정자산

2. 1997년 2월 31일 이전에 취득한 토지

○ 자산재평가법 제13조세율

① 재평가세는 제12조의 규정에 의한 과세표준이 되는 금액에 다음 각호의 세율을 적용하여 계산한 금액의 합계액으로 한다.

1. 제5조 제1항 제2호의 규정에 의한 토지(1983년 12월 31일 이전에 취득한 토지로서 1984년 1월 1일 이후 재평가를 실시하지 아니한 토지를 최초로 재평가하는 경우 당해토지를 제외한다)의 재평가차액에 상당하는 과세표준에 대하여는 100분의 1

2. 제1호외의 자산의 재평가차액에 상당하는 과세표준에 대하여는 100분의 3

○ 자산재평가법 제15조재평가신고

① 이 법은 재평가를 한 자가 재평가일로부터 90일내에 대통령령이 정하는 바에 의하여 재평가신고서에 대차대조표ㆍ감정평가서ㆍ재평가액 및 재평가차액에 관한 계산서와 그 부속서류를 첨부하여 납세지 관할 세무서장에게 제출한 경우에 한하여 이를 적용한다. 다만, 대통령령이 정하는 부득이한 사유가 있는 경우로서 대통령령이 정하는 바에 의하여 납세지 관할세무서장의 신고기한 연장승인을 얻은 경우에는 그러하지 아니하다.

○ 자산재평가법 제38조재평가의 제한

(1998. 4. 10. 법률 제5531호로 개정되기 전의 것) 이 법이 규정에 의하여 자산을 재평가한 자는 그 재평가일을 기준으로 도매물가지수가 100분의 25이상 증가한 경우가 아니면 다시 자산을 재평가하지 못한다. 다만, 대통령령이 정하는 합병을 하고자 하는 법인에 있어서는 그러하지 아니하다.

○ 국세기본법 제21조납세의무의 성립시기

(1998. 12. 28. 법률 제5579호로 개정되기 전의 것, 1993. 12. 31. 법률 제 4672호, 1994. 12. 22. 법률 제4810호로 제1항이 개정되었으나 제1호, 제5호는 개정되지 않았다)

① 국세를 납부할 의무는 다음 각호의 시기에 성립한다.

1. 소득세ㆍ법인세 또는 토지초과이득세에 있어서는 과세기간이 종료하는 때. 다만, 청산소득에 대한 법인세에 있어서는 당해 법인이 해산 또는 합병을 하는 때

5. 재평가세에 있어서는 자산재평가를 하는 때

○ 국세기본법 제21조납세의무의 성립시기

(2003. 12. 30. 법률 제7008호로 개정되기 전의 것)

① 국세를 납부할 의무는 다음 각호의 시기에 성립한다.

1. 소득세 또는 법인세에 있어서는 과세기간이 종료하는 때. 다만, 청산소득에 대한 법인세에 있어서는 당해 법인이 해산(분할 또는 분할합병으로 인한 해산을 포함한다) 또는 합병을 하는 때

5. 재평가세에 있어서는 자산재평가를 하는 때

○ 국세기본법 제26조납세의무의 소멸

국세ㆍ가산금 또는 체납처분비를 납부할 의무는 다음 각호의 1에 해당하는 때에는 소멸한다.

2. 제26조의2의 규정에 의하여 국세를 부과할 수 있는 기간내에 국세가 부과되지 아니하고 그 기간이 만료된 때

※참고자료

행법 2005구합19764(2005.12.20)

주문

원고의 청구를 모두 기각한다.

소송비용은 원고가 부담한다.

청구취지

이유

1. 처분의 경위

나. 피고는 원고 회사가 구 조세감면규제법 부칙(1990. 12. 31.법률 제4285호) 제23조(이하 '이 사건 부칙조항'이라 한다)에 따라 1990 사업연도 이후 각 사업연도 소득에 대한 법인세를 재계산하여 재평가를 취소한 날이 속하는 사업연도 법인세 과세표준과 함께 신고ㆍ납부하여야 함에도 이를 이행하지 아니하자, 1990~1999 사업연도에 걸쳐 과다계상된 감가상각비 금 173,579,616,995원을 손금불산입하고, 과소계상된 감가상각비 금 6,215,574,406원을 손금산입하며, 과소계상된 자산양도차익 금 4,581,834,590원을 익금산입하여, 2004. 4. 16. 원고 회사에게 별지 부과처분 내역 기재 중 각 사업연도별 고지세액란 기재 각 법인세, 방위세, 농어촌특별세와 종전의 자산재평가가 자산재평가법에 의한 자산재평가에 해당하지 않게 되었다는 이유로 원고 회사가 기존에 신고ㆍ납부한 자산재평가세 금 112,513,027,682원에 대하여는 환급결정을 함과 동시에 1999. 4. 1.자 제5차 자산재평가에 대하여 자산재평가법 제13조 제1항 제2호에 따라 재평가세율 100분의 3을 적용한 차액과 1990~1999 사업연도까지 감가상각비 부인된 금액을 제외한 잔여금에 대하여 재평가세율 100분의 3을 적용하여 산정한 1999년 귀속 자산재평가세 등 합계 금 156,843,073,190원을 각 부과ㆍ고지하였다.

2. 이 사건 부과처분의 적법 여부

가. 원고 회사의 주장

(1) 피고가 이 사건 부과처분을 함에 있어 적용한 이 사건 부칙조항은 구 조세감면규제법이 별도의 경과규정을 두지 아니한 채 1993. 12. 31. 법률 제4666호로 전문 개정되어 1994. 1. 1. 시행됨으로써 그 효력을 상실하였고, 실효된 이 사건 부칙조항의 위임에 근거하여 1994. 1. 1. 이후 상장기한을 규정했던 구 조세감면규제법 시행령(별지 관계법령에 기재된 각 개정된 구 조세감면규제법 시행령 각 조항 전부를 의미한다. 이하 같다)이나 조세특례제한법 시행령(별지 관계법령에 기재된 조세특례제한법 시행령 중 대통령령 제16693호, 제17458호로 각 개정되기 전의 것 및 현행 조세특례제한법 시행령 각 조항 전부를 의미한다. 이하 같다)도 모두 모법의 위임이 없어 무효라 할 것이므로, 결국 원고가 2003. 12. 30. 종전의 자산재평가를 취소하더라도 자산재평가법에 따른 재평가 결과는 그대로 유효하여 감가상각비의 과다계상 및 자산양도차익의 과소계상 문제는 발생할 여지가 없으므로 이 사건 부칙조항에 따라 법인세를 재계산하여 신고ㆍ납부할 의무가 없다고 할 것이다. 따라서 실효된 이 사건 부칙조항에 근거한 이 사건 부과처분은 조세법률주의에 위배되어 위법하다.

(2) 이 사건 부칙조항이 이 사건 부과처분 당시 유효하였다 하더라도, 구 조세감면규제법 시행령 및 조세특례제한법 시행령 각 조에서 규정하는 상장기한은 그 기간내에 주식을 상장하지 아니하는 경우 이미 행한 자산재평가를 자산재평가법에 의한 재평가로 보지 아니하고 재평가된 결과에 기초하여 과다계상된 감가상각비 및 과소계상된 자산양도차익이 손금불산입, 익금산입되는 결과가 발생한다는 점에서 제척기간과 무관하게 재평가를 한 법인이 주식을 상장할 수 있는 기간을 의미하는 것이므로, 이는 국세기본법 시행령(별지 관계법령에 기재된 각 개정된 국세기본법 시행령 전부를 의미한다. 이하 같다) 제12조의3(1990. 12. 31. 대통령령 제13192호로 개정되기 전의 구 국세기본법 시행령은 제12조의2이다. 이하 위 제12조의3을 인용하는 경우 이를 포함하는 것으로 한다) 제2항 제2호, 제3호 소정의 국세부과 제척기간 기산일의 예외사유에 해당하지 아니하는 것이어서, 이 사건 부과처분 중 1990~1998 사업연도에 걸친 법인세, 방위세, 농어촌특별세는 모두 국세기본법(별지 관계법령 기재 중 각 개정된 국세기본법 전부를 의미한다. 이하 같다) 제26조의2 제1항에 따라 5년 혹은 2년의 국세부과제척기간이 만료하였고, 별지 부과처분 내역 기재 중 1999. 4. 1.자 제5차 자산재평가에 근거한 자산재평가세도 재평가일로부터 90일이 경과한 다음날부터 2년이 경과한 2001. 6. 29. 제척기간이 만료됨으로써 모든 납세의무가 소멸하였다.

나. 관계법령

별지 관계볍령 기재와 같다.

다. 판단

(1) 조세법률주의의 위반 부분

(가) 기업공개시 재평가특례규정에 관한 개정 경위

1) 구 조세감면규제법 제56조의2 제1항은 한국증권거래소에 처음으로 주식을 상장하고자 하는 법인은 자산재평가법 제4조, 제38조의 규정에 불구하고 매월 1일을 재평가일로 하여 자산재평가법에 의한 재평가를 할 수 있으나, 자산재평가를 한 법인이 재평가일로부터 2년 이내에 주식을 상장하지 아니하는 경우 이미 행한 자산재평가는 자산재평가법에 의한 재평가로 보지 아니한다고 규정하고 있었다.

그런데 구 조세감면규제법은 1990. 12. 31. 법률 제4285호로 개정되면서 위 제56조의2규정을 삭제하여 주식 상장을 위한 자산재평가의 특례제도를 없애는 한편, 이미 시행된 주식 상장을 위한 자산재평가를 규율하기 위하여 이 사건 부칙조항에 기업공개시 재평가특례에 관한 경과조치 등을 규정하면서 제1항에서 이 법 시행 전에 구 조세감면규제법 제56조의2 제1항 본문의 규정에 의하여 재평가를 한 법인에 대하여는 재평가일부터 대통령령이 정하는 기간 이내에 주식을 상장하지 아니하는 경우에 한하여 이미 행한 재평가를 자산재평가법에 의한 재평가로 보지 아니한다고 규정하고, 그 제2항에서 재평가를 한 법인이 재평가를 취소하는 경우 각 사업연도소득에 대한 법인세를 재계산하여 재평가를 취소한 날이 속하는 사업연도분 법인세 과세표준신고와 함께 신고ㆍ납부하도록 규정하였다.

2) 이 사건 부칙조항을 근거규정으로 하여 구 조세감면규제법 시행령(1990. 12. 31. 대통령령 제13202호로 개정되어, 1993. 12. 31. 대통령령 제14084호로 전문 개정되기 전의 것)은 제66조를 신설하여 이 사건 부칙조항 제1항에서 규정하는 '대통령령이 정하는 기간'을 5년으로 정하였고, 그 후 위 기간은 8년(1996. 12. 31. 대통령령 제15197호로 개정되기 전의 구 조세감면규제법 시행령 제109조), 10년(1998. 12. 31. 대통령령 제15976호로 법령명이 조세특례제한법 시행령으로 변경되어 전문 개정되기 전의 구 조세감면규제법 시행령 제109조), 11년(2000. 1. 10. 대통령령 제16693호로 개정되기 전의 구 조세특례제한법 시행령 제138조), 13년(2000. 12. 31. 대통령령 제17976호로 개정되기 전의 구 조세특례제한법 시행령 제138조), 2003. 12. 31.까지(조세특례제한법 시행령 제138조)로 각 연장되었다.

3) 한편, 구 조세감면규제법(1990. 12. 31. 법률 제4285호로 개정된 것)은 1993. 12. 31. 법률 제4666호로 전문 개정되어(이하 '이 사건 전문 개정된 조세감면규제법'이라 한다) 1994. 1. 1.부터 시행되었는데, 전문 개정 전의 구 조세감면규제법과 같이 주식상장을 위한 자산재평가 특례제도는 채택하지 않으면서도 이미 시행된 주식 상장을 위한 자산재평가를 규율하기 위한 이 사건 부칙조항에 대한 경과조치까지 삭제하여 버리고 별다른 조치를 규정하지 않았다.

(나) 이 사건 전문 개정된 조세감면규제법의 시행에 따라 이 사건 부칙조항이 실효되는지 여부

1) 원고는 이 사건 전문 개정된 조세감면규제법의 시행에 따라 이 사건 부칙조항은 그 효력이 상실하였다고 주장하고, 이에 대하여 피고는 이 사건 부칙조항은 이 사건 부과처분 당시에도 그 효력을 유지하고 있었다고 주장한다.

한편, 개정 법률이 전문 개정인 경우에는 기존 법률을 폐지하고 새로운 법률을 제정하는 것과 마찬가지여서 종전의 본칙은 물론 부칙 규정도 모두 소멸하는 것으로 보아야 할 것이므로 "특별한 사정"이 없는 한 종전의 법률 부칙의 경과규정도 실효된다(대법원 2004. 6. 24. 선고 2002두10780 판결 참조)

그러므로, 이 부분 쟁점은 이 사건 전문 개정된 조세감면규제법이 시행되었음에도 이 사건 부칙조항이 실효되지 아니하는 것으로 볼 "특별한 사정"이 있었는지 여부이다.

2) 보건대, ① 기업공개시의 자산재평가 특례를 규정한 구 조세감면규제법 제56조의2는 법인으로 하여금 기업공개를 유도하기 위하여 정책적으로 법인이 상장을 전제로 자산재평가를 실시하면 이를 자산재평가법에 의한 재평가로 보아 법인세율보다 저율의 자산재평가를 부담하게 함으로써 법인의 조세부담을 경감시켜 주는 것이었는데, 이러한 기업공개시의 자산재평가 특례제도는 구 조세감면규제법이 1990. 12. 31. 법률 제4285호로 개정되면서 위 제56조의2를 삭제하여 폐지되었으나, 다만 종전에 구 조세감면규제법 제56조의2 규정에 의하여 자산재평가를 이미 실시한 법인에 대해서는 이 사건 부칙조항을 마련하여 주식 상장기한의 유예를 허용하되 그 구체적인 기한의 정함은 대통령령에 위임하였고, 이에 근거하여 구 조세감면규제법 시행령(1990. 12. 31. 대통령령 제13202호로 개정된 것) 제66조가 신설되어 주식 상장 유예기간을 재평가일로부터 5년(구 조세감면규제법 제56조의2는 상장기한을 재평가일로부터 2년으로 규정하고 있었다)으로 규정하게 되었다. 따라서 구 조세감면규제법 제56조의2에 근거하여 이미 자산재평가를 실시한 법인은 이 사건 전문 개정된 조세감면규제법 시행일인 1994. 1. 1. 이전에는 위 구 조세감면규제법 시행령 제66조에 따라 재평가일로부터 5년간 주식을 상장할 수 있는 기한이유예되어 있었고, 위 유예기한 동안 조세감면의 혜택을 누리면서 주식 상장을 준비하고 실시할 기대이익을 가지고 있었다 할 것인데(원고 회사는 재평가일인 1990. 10. 1.로부터 5년간이고, 구 조세감면규제법 제56조의 2에 따라 자산재평가를 실시한 타 법인의 경우에도 사정은 유사할 것으로 보인다), 만약 이 사건 부칙조항이 이 사건 전문 개정된 조세감면규제법 시행일인 1994. 1. 1. 실효된다고 한다면 이 사건 부칙조항과 이에 근거한 구 조세감면규제법 시행령이유효한 것으로 믿고 주식상장을 준비해 오던 법인은 주식 상장이 당장 불가능하게 되어, 이는 재평가한 법인을 소급하여 불이익하게 취급하고, 종래 유지되던 법률관계의 안정성과 재평가한 법인의 신뢰를 크게 해치게 된다는 점(이러한 점에서 이 사건 전문 개정된 조세감면규제법의 입법취지가 기존 법령에 자산재평가에 따른 주식 상장 유예기간이 설정되어 있었음에도 이 사건 부칙조항의 효력을 소멸시킴으로써 이를 조기에 종료시키기 위한 것이었다면 오히려 이 사건 부칙조항의 효력을 정지시키는 명시적인 조항을 규정하였어야 할 것이다), ② 이 사건 전문 개정된 조세감면규제법은 그 부칙조항에서 구 조세감면규제법(1990. 12. 31. 법률 제4285호로 개정된 것) 본문 규정 중 일부 규정에 대해서 경과규정을 두면서도 이 사건 부칙조항에 대해서는 경과규정을 두지 않았는데, 이는 이 사건 부칙조항의 근거가 되었던 구 조세감면규제법 제56조의2가 이미 삭제되어 자산재평가 특례제도가 폐지된 이상 자산재평가 특례제도에 대한 경과조치는 규정할 필요가 없었고, 이 사건 부칙조항은 폐지된 자산재평가 특례제도의 한시적인 기한유예규정에 불과하였으며, 그 구체적인 유예기한에 대해서는 이미 위 구 조세감면규제법 시행령 제66조가 이미 별도로 마련되어 있었던 것에서 유래한 것으로 보이는 점, ③ 구 조세감면규제법 제56조의2에서 규정하고 있던 기업공개를 위한 자산재평가의 특례는 통상의 자산재평가와는 달리 주식 상장을 위하여 자산재평가법 제4조, 제38조 등의 규정에도 불구하고 인정되던 특수한 자산재평가라고 할 것인데, 그 근거규정이던 구 조세감면규제법 제56조의2 및 그 폐지 이후의 경과규정이던 이 사건 부칙조항이 모두 폐지되거나 실효된다고 한다면 기존에 구 조세감면규제법 제56조의2 규정에 따라 시행하였던 자산재평가는 자산재평가법에서 규정하고 있는 자산재평가의 요건을 흠결하여 재평가로서 인정을 받을 수 없게 되고, 나아가 구 조세감면규제법 제56조의2 제1항 단서의 규정에 의하면 같은 항 본문의 규정에 의한 기업공개를 위한 자산재평가는 일정 기간내 주식 미상장을 해제조건으로 그 효력이 인정된다고 할 것인 바, 통상의 자산재평가의 요건을 갖추지 못하고 일정 기간내 주식을 상장시키지도 못한 원고 회사가 행한 자산재평가의 경우에는 결국 자산재평가로서의 적법한 효력을 가질 수 없어 그동안 과다계상하였던 감가상각비, 과소계상하였던 자산양도차익 등을 모두 부인당하게 되어 이 사건 부칙항이 실효된다고 하더라도 결국 조세상의 불이익이 발생하게 되는 동일한 점, ④ 구 조세감면규제법 제56조의2에 따라 자산재평가를 실시하였다가 이를 취소한 법인에 대하여 이 사건 부칙조항의 실효를 이유로 과세하지 못하게 된다면 이는 자산재평가를 실시하지 아니한 채 원가주의에 입각하여 성실하게 법인세 등을 신고ㆍ납부한 법인에 비하여 불합리하게 우대하는 결과가 되어 조세실질주의, 조세공평주의에 반하게 된다는 점에 비추어 보면, 이 사건 부칙조항은 이 사건 전문 개정된 조세감면법의 시행에 불구하고 그 효력이 소멸하지 아니할 특별한 사정이 있었다 할 것이어서, 이 사건 부과처분 당시 이 사건 부칙조항은 효력을 유지하고 있었다 할 것이다.

나아가 원고 회사는 1990. 10. 1. 자산재평가를 실시한 이래 2003. 12. 30. 재평가를 취소하기까지 이 사건 부칙조항이유효함을 전제로 피고에게 재평가에 따른 감가상각비를 과다계상하고 양도차액을 과소계상한 법인세 과세표준을 신고ㆍ납부하고, 피고도 이를 그대로 수용함으로써 조세상의 막대한 이익을 누려오다가, 스스로 자산재평가를 취소한 이후 돌연 이 사건 부칙조항이 이미 1994. 1. 1. 실효되었다고 주장하는 것은 신의성실의 원칙에도 반하는 것이라 할 것이다.

(다) 따라서, 피고가 이 사건 부칙조항 및 조세특례제한법 제138조를 근거로 하고, 원고 회사가 1999. 4. 1. 실시한 제5차 자산재평가에 대해서 자산재평가법 제13조 제1항 제1호의 100분의 1의 세율이 아닌, 그 제2호의 100분의 1의 세율이 아닌, 그 제2호의 100분의 3의 세율을 적용하여 이 사건 부과처분을 한 것은 적법하다고 할 것이고, 이 사건 부칙조항이 실효되었음을 전제로 이 사건 부과처분이 조세법률주의에 위반한다는 원고의 이 부분 주장은 이유없다.

(2) 제척기간 만료 부분

(가) 국세기본법 제26조의2 제1항의 규정에 의하면 법인세, 방위세는 각 5년, 농어촌특별세는 2년의 제척기간이 만료한 이후에는 국세를 부과할 수 없다고 규정하고 있고, 국세기본법 시행령 제12조의3 제1항 제1호는 국세부과 제척기간의 기산일에 대하여 과세표준과 세액을 신고하는 국세에 있어서는 당해 국세의 과세표준과 세액에 대한 신고기한 또는 신고서 제출기한의 다음날로부터 제척기간이 기산된다고 규정하고 있다.

한편, 법인세법 제60조 제1항에 의하면 납세의무 있는 내국법인은 각 사업연도의 종료일부터 3월 이내에 대통령령이 정하는 바에 따라 당해 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 납세지 관할 세무서장에게 신고하여야 한다고 규정하고 있다.

(나) 이 사건에 관하여 보건대, 앞서 본 바와 같이 이 사건 부과처분 당시 이 사건 부칙조항은 그 효력을 유지하고 있었으므로, 원고 회사는 2003. 12. 30.에 한 자산재평가가 취소에 따라 이 사건 부칙조항 제2항에 의하여 1990. 10. 1. 실시한 자산재평가를 기초로 그 이후 과세연도에 과다계상된 감가상각비를 손금불산입하고, 과소계상된 양도차익을 익금산입하여 각 사업연도소득에 대한 법인세액을 재계산하여 그 금액을 자산재평가를 취소한 날이 속하는 2003 사업연도 법인세 과세표준신고시 함께 신고ㆍ납부하여야 할 의무가 확정되었다고 할 것이다. 따라서 원고는 자산재평가를 취소하여 재계산한 1990~1999 사업연도에 걸친 법인세, 방위세, 농어촌특별세의 과세표준과 세액에 대하여 2003 사업연도 종료일로부터 3개월 이내인 2004. 3. 31.까지 피고에게 이를 신고ㆍ납부하여야 할 것이므로, 국세기본법 시행령 제12조의3 제1항 제1호에 따라 위 국세에 대한 제척기간도 그 다음날부터 기산한다고 하여야 할 것이므로, 2004. 4. 16. 부과된 이 사건 부과처분 중 법인세, 방위세, 농어촌특별세가 각 소정의 제척기간내에 부과된 것임은 역수상 명백하다 할 것이다.

나아가 이 사건 부과처분 중 자산재평가세 역시 그 제척기간은 이 사건 부칙조항 제1항에 따라 원고 회사가 재평가를 취소함으로써 종전의 재평가가 자산재평가법에 의한 재평가로 되지 아니한 2003. 12. 30.을 기준으로 기산하여야 할 것이므로, 이 사건 자산재평가세도 제척기간 내에 부과된 것임은 역수상 명백하다 할 것이다.

(다) 따라서, 이 사건 부과처분 중 1990~1998 사업연도에 부과된 각 법인세, 방위세, 농어촌특별세와 자산재평가세가 제척기간이 경과하여 위법하다는 원고 회사의 이 부분 주장도 이유없다.

(3) 결국, 이 사건 부과처분에는 원고 회사가 주장하는 바와 같은 위법이 있다고 할 수 없다.

3. 결론

그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 모두 이유없어 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

부과처분내역

사업연도

세목

처분일

세액

*고지세액

본세

가산세