1. 제1점에 대하여

구 소득세법(1994. 12. 22. 법률 제4803호로 전문 개정되기 전의 것) 제23조 제2항의 위임에 의하여 양도소득세 장기보유특별공제 대상에서 제외되는 토지에 관하여 규정한 구 소득세법시행령(1994. 12. 31. 대통령령 제14467호로 전문 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제46조의3 본문은 "법 제23조 제2항 제2호에서 '대통령령이 정하는 토지'라 함은 나대지(재무부령이 정하는 무허가건물이 정착되어 있는 것을 포함한다)와 건축물에 부수되는 토지로서 당해 건축물의 바닥면적에 제15조 제9항의 배율을 곱하여 산정한 면적(당해 건축물의 연면적을 건축법에 의한 당해 지역의 용적율로 나눈 면적의 100분의 120에 해당하는 면적이 제15조 제9항의 배율을 곱하여 산정한 면적보다 클 때에는 이를 기준으로 한 면적)을 초과하는 경우의 그 초과하는 부분의 토지를 말한다."고 규정하고 있고, 구 소득세법시행규칙(1995. 5. 3. 총리령 제505호로 전문 개정되기 전의 것) 제18조의2 제1항은 "영 제46조의3 본문에서 '건축물'이라 함은 지방세법시행령 제75조의2의 규정에 의한 건축물과 구축물을 말한다."고 규정하고 있으며, 구 지방세법시행령(1994. 12. 31. 대통령령 제14481호로 개정되기 전의 것) 제75조의2는 "법 제104조 제4호의 규정에 의한 대통령령이 정하는 건물과 구축물은 다음 각 호에 게기한 것으로 한다."고 하면서, 제1호에서 "건물"은 "주택·점포·사무실·공장·창고·수상건물 등 지붕과 벽 또는 기둥이 있는 것"으로, 제2호에서 "구축물"은 "풀장, 스케이트장, 전망대, 옥외 스탠드, 유원지의 옥외 오락시설, 수조, 저유조, 싸이로, 저장조 등 저장용 옥외 구축물, 잔교, 독크 및 조선대, 송유관(연결시설 포함) 및 옥외 주유시설, 옥외 가스충전시설, 급·배수시설, 복개설비와 내무부령으로 정하는 구축물"로 규정하고 있을 뿐이고 이에 따른 내무부령이 제정되고 있지 아니하므로, 구 지방세법시행령 제75조의2 제2호에서 명시적으로 열거하고 있는 건물이나 구축물이 아닌 시설이 설치되어 있는 토지의 경우에는 양도소득세 장기보유특별공제의 대상이 되는 토지에 해당하지 않는다고 할 것이다.

같은 취지에서 원심이, 그 판시 자동차운전교습을 위한 각종 시설물들은 구 지방세법시행령 제75조의2 제2호에서 열거하고 있는 구축물에 해당하지 않는다고 보고 양도소득세 장기보유특별공제 대상이 되는 토지의 범위를 판단한 조치는 정당하고, 거기에 상고이유에서 지적하는 구 소득세법시행령 제46조의3, 제15조 제9항 제1호, 같은법시행규칙 제18조의2, 구 지방세법시행령 제75조의2 소정의 구축물의 정의에 관한 법리오해의 위법이 없다. 이 점에 관한 상고이유는 받아들일 수 없다.

2. 제2점에 대하여

구 소득세법시행령 제46조의3 단서에 의하면 "양도일 현재 토지초과이득세법 제8조의 규정에 의한 유휴토지 등에 해당하지 아니하는 토지"는 같은 조 본문의 규정에 의한 토지에 해당하는 경우라 하여도 양도소득세 장기보유특별공제의 대상이 되는 것이고, 구 토지초과이득세법(1994. 12. 22. 법률 제4807호로 개정되기 전의 것) 제8조 제1항은 "개인이 소유하는 토지로서 토지초과이득세의 과세대상이 되는 유휴토지 등은 다음 각 호의 1에 해당하는 토지로 한다."고 하여, 제13호로 "임대에 쓰이고 있는 토지(대통령령이 정하는 토지를 제외한다). 다만, 건축물에 부수하여 임대하는 건축물의 부속토지로서 제1호 내지 제4호의 규정에 해당하지 아니하는 토지를 제외한다."고 규정하고 있고, 1993. 8. 27. 대통령령 제13965호로 개정된 토지초과이득세법시행령 제20조 제2항 제3호는 "1989년 12월 31일 현재 지상건축물이 있는 토지로서 그 당시 토지의 소유자와 그 지상건축물의 소유자가 서로 다른 경우의 당해 토지"를 임대에 쓰이고 있는 토지에서 제외되는 토지로 규정하고 있으며, 위 개정 시행령 부칙 제2항은 "이 영은 이 영 시행 후 최초로 신고하는 과세기간분부터 적용한다."라고 규정하고 있으므로, 양도소득세 장기보유특별공제 대상에서 제외되는 유휴토지를 판정함에 있어서도 1993. 8. 27. 대통령령 제13965호로 개정된 토지초과이득세법시행령 제20조 제2항 제3호가 소급 적용된 다고 봄이 상당하다(대법원 1996. 3. 12. 선고 95누17281 판결 참조).

그럼에도 불구하고 원심이, 위 개정 시행령 부칙 제2항은 그 모법인 토지초과이득세법에 한하여 적용되고 위 개정 시행령 규정은 양도소득세와 관련해서는 소급 적용되지 않는다고 판단한 조치는 구 소득세법시행령 제46조의3, 1993. 8. 27. 대통령령 제13965호로 개정된 토지초과이득세법시행령 제20조 제2항 제3호 및 부칙 제2항의 법리를 오해한 위법을 저지른 것이라고 하겠다.

그러나 1993. 8. 27. 대통령령 제13965호로 개정된 토지초과이득세법시행령 제20조 제2항 제3호에 의하여 임대에 쓰이는 토지에서 제외되는 토지로서 양도소득세 장기보유특별공제의 대상이 되는 토지는 토지의 소유자와 그 지상건축물의 소유자가 서로 다른 경우의 "당해 토지"만을 의미하는 것인바, 기록에 의하면 판시 양도소득세 부과대상인 토지 중 1989. 12. 31. 현재 지상건축물이 있는 토지는 대전 대덕구 (주소 생략) 답 1,030㎡뿐인데, 피고가 이 사건 양도소득세 부과처분을 하면서 위 토지의 면적을 초과하는 1,817.2㎡에 대하여 장기보유특별공제를 인정하여 양도소득세를 부과함으로써 이미 위 (주소 생략) 토지 전체를 장기보유특별공제의 대상이 되는 토지에 포함시킨 사실이 인정되므로, 피고의 이 사건 양도소득세 부과처분이 정당하다는 원심의 판단은 결과적으로 정당하고, 원심의 위에서 본 바와 같은 위법은 판결에 영향이 없는 것이라고 하겠다. 이 점에 관한 상고이유도 받아들일 수 없다.

3. 그러므로 상고를 기각하고, 상고비용은 상고인인 원고의 부담으로 하기로 관여 법관의 의견이 일치되어 주문과 같이 판결한다.