2. 원고의 나머지 청구를 기각한다.

3. 소송비용 중 2/3는 원고가, 나머지는 피고가 각 부담한다.

다음의 각 사실은 당사자 사이에 다툼이 없거나 갑 제1호증의 1 내지 6, 갑 제2호 증, 갑 제3호증의 1 내지 5의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면 인정할 수 있다.

가. BBBB 주식회사(이하 'BBBB'이라 한다)는 2002. 6. 25. 이사회에서 그 사업 중 정밀화학 사업부문을 별도로 분할, 설립되는 법인으로 하여금 영위하도록 하는 내용으로 결의하였고, 이에 따라 2002. 9. 15. 정밀화학제품 등의 제조 및 판매를 사업목적으로 하는 원고가 설립되어 BBBB으로부터 정밀화학 사업부문의 자산 및 부채를 별지 제1 목록 기재 표와 같이 분할기준일 전일인 2002. 9. 14. 당시의 장부가액 그대로 각 승계받았다(이하 '이 사건 분할'이라 한다).

나. 원고는 2003. 3. 31. 피고에게 별지 제2 목록 기재와 같이 감가상각방법 및 내용 연수를 각 신고(이하 '이 사건 감가상각방법 ・ 내용연수 신고'라 한다)하였는데, 이 사건 감가상각방법 ・ 내용연수 신고서에 기재된 내용연수범위, 신고내용연수 및 신고상각방법은 BBBB이 이전에 피고에게 신고한 그것과 모두 동일하다.

다. 원고가 2003. 3.경부터 2007. 3.경까지 피고에게 2002 사업연도 내지 2006 사업 연도의 각 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 신고함에 있어 감가상각자산의 취득가액은 BBBB의 당초 취득가액을 기준으로, 내용연수는 BBBB에서 상각되고 남은 잔여내용연수를 기준으로 각 감가상각범위액을 산정하여 별지 제3 목록 기재 표 와 같이 감가상각비를 각 해당 사업연도의 손금으로 계상하였다.

라. 그러나 피고는 원고의 2002 사업연도 내지 2006 사업연도의 각 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 계산함에 있어 감가상각자산의 취득가액은 BBBB의 당초 취득가액에서 감가상각누계액을 차감한 가액을 기준으로, 내용연수는 이 사건 감가상각방법 ・ 내용연수 신고서에 기재된 내용연수를 기준으로 각 감가상각범위액을 산정한 다음, 원고가 손금으로 각 계상한 감가상각비 중 2002 사업연도 감가상각비 1,190,404,531원을, 2003 사업연도 감가상각비 4,876,821,156원을, 2004 사업연도 감가상각비 4,677,346,294원을, 2005 사업 연도 감가상각비 4,161,333,628원을, 2006 사업연도 감가상각비 2,603,916,936원을 각 손금에 불산입하는 등 각 해당 사업연도의 소득에 대한 법인세를 각 증액 ・ 경정한 후 각 기납부세액 등을 공제한 나머지 세액으로 별지 제4 목록 기재 표의 고지세액 기재와 같이 원고에 대하여 2008. 3. 5. 2002 사업 연도 법인세 526,954,630원을 부과하고, 2008. 5. 3. 2003 사업연도 법인세 1,187,090,740원, 2004 사업 연도 법인세 2,591,702,340원, 2005 사업 연도 법인세 1,379,000,810원, 2006 사업연도 법인세 798,968,360원을 부과하는 이 사건 각 부과처분을 하였다.

2.이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

(1) 분할에 의하여 취득한 자산의 취득가액

다음과 같은 구 법인세법 시행령(2008. 2. 29. 대통령령 20720호로 일부개정 되기 전의 것, 이하 같다) 등 관련 규정의 문리해석, 인적분할의 법적 성질에 관한 법인세법 등의 규정 내용, 그리고 정액법과 정률법의 비교를 통한 과세형평의 원칙에 비추어 보면 분할에 의하여 취득한 자산의 취득가액은 감가상각누계액을 차감하지 아니한 당초의 취득가액을 의미하므로, 이와 다른 견해에서 한 이 사건 각 부과처분은 위법하다.

(가) 구 법인세법 시행령 제26조 제2항은 당해 감가상각자산의 취득가액을 '제 72조의 규정에 의한 취득가액'이라고 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제72조는 현물출자 ・ 합병 또는 분할에 의하여 취득한 자산의 취득가액을 '장부에 계상한 출자가액 또는 승계가액'이라고 규정하고 있는바, 이와 같은 관련 법령의 규정에 의하면 분할에 의하여 취득한 감가상각자산의 취득가액은 분할신설법인이 분할법인으로부터 승계한 장부가액이지 승계한 장부가액에서 세무조정사항을 가감한 가액이 아니다.

(나) 이 사건 분할은 분할법인인 BBBB의 기존 주주가 분할신설법인인 원고의 주식을 그 주식의 보유비율에 따라 교부받은 이른바 '비례적 인적 분할'에 해당하고, 당시 법인세법 등의 관련 법령은 이와 같은 인적 분할을 물적 분할과는 달리 자본 거래로 취급한 결과 비례적 인적 분할의 경우에 있어서는 분할평가차익이 발생하지 않았음에도 불구하고, 이 사건 분할로 원고가 승계받은 자산의 취득가액을 분할법인의 당초 취득가액으로 보지 아니한 이 사건 각 부과처분은 비례적 인적 분할을 자산의 유상양도로 보지 아니한 당시의 관련 법령의 내용에 반하는 위법한 처분이다.

(다) 구 법인세법 시행령 제26조 제2항 제2호는 정률법에 의한 상각방법을 '당해 감가상각자산의 취득가액에서 이미 감가상각비로 손금에 산입한 금액을 공제한 잔액에 당해 자산의 내용연수에 따른 상각률을 곱하여 계산한 각 사업연도의 상각범위액이 매년 체감되는 상각방법'으로 규정하고 있다. 따라서, 만약 BBBB이 정액법이 아닌 정률법에 의하여 감가상각범위액을 계산한 후 감가상각비를 계상하였다면, 피고는 BBBB의 당초 (감가상각누계액을 차감하지 아니한) 취득가액을 원고가 분할에 의하여 이전받은 감가상각자산의 취득가액으로 보고 그 감가상각범위액을 계산하였을 것임에도, 정액법에 의하여 감가상각범위액을 계산하는 경우 이와 달리 그 취득가액을 당초의 취득가액에서 감가상각누계액을 차감한 가액이라고 해석한 이 사건 각 부과처분은 조세법의 체계적 해석이나 과세형평의 원칙에 반하는 위법한 처분이다.

(라) 2010. 12. 30. 대통령령 제22577호로 개정된 법인세법 시행령은 제29조의2의 개정을 통하여 적격합병・적격분할 등에 의하여 자산이 승계된 경우 합병 ・ 분할 등 전후에 동일한 감가상각한도가 적용될 수 있는 규정을 신설하였다. 이와 같은 법인세 법 시행령 제29조의2 제2항의 규정은 인적 분할의 경우 분할신설법인이 분할법인의 신고상각방법 및 신고내용연수, 취득가액, 미상각잔액 등을 그대로 사용하여 상각범위액을 계산할 수 있다는 법리를 확인한 규정에 불과하므로, 이는 이 사건에 있어서 그대로 적용되어야 한다. 따라서, 이와 반대 견해에서 한 이 사건 각 부과처분은 위법하다.

(2) 내용연수변경의 신고

원고가 2003. 3. 31. 피고에게 제출한 이 사건 내용연수 신고서는 원고가 남해 화학과 달리 새로운 내용연수를 적용받기 위하여 내용연수를 연장하여 달라고 신고한 것이 아니라, BBBB이 신고한 내용연수 중 잔존 내용연수를 적용받기 위하여 신고한 것임에도, 이 사건 내용신고서를 원고가 BBBB과 달리 새로운 내용연수를 적용 받고자 신고한 것으로 오인한 나머지 내린 이 사건 각 부과처분은 실질과세의 원칙에 반하는 위법한 처분이다.

(3) 가산세 부분

가사 이 사건 각 부과처분이 적법하다고 하더라도, 구 법인세법 시행령 제72 조 제1항 3호 소정의 '장부에 계산한 승계가액'에 관한 명백한 정의규정이 없어 세법해석상 의의(疑意)로 인한 견해의 대립이 있는 점, 피고 또한 원고의 신고내역을 당초의 사업연도에 이를 경정함이 없이 신고를 그대로 받아들였다가 일시에 5개 사업연도의 법인세를 전부 경정함으로써 원고에게 스스로 이를 경정할 수 있는 기회를 전혀 부여하지 않은 점, 회사 분할에 있어서의 감가상각처리방법에 관하여 구체적 지침이 없어 피고 또한 2008. 4. 8. 기획재정부로부터 질의회신을 받아 이를 기초로 이 사건 각 부과처분을 한 점, 이 사건 각 부과처분과 관련된 감가상각비의 총액은 동일하고, 다만 그 손금의 산입시기에 차이가 있는 것에 불과한 점 등에 비추어 보면, 원고가 2002 사업연도 내지 2006 사업연도 각 소득에 대한 법인세 과세표준과 세액을 과소신고 하였다고 하더라도 그 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있으므로, 이 사건 각 부과 처분 중 가산세 부분은 위법하다.

나. 관련 법령

별지 관련 법령 기재와 같다.

다. 판단

(1) 분할에 의하여 취득한 자산의 취득가액에 대한 원고의 주장에 관한 판단

(가) 원고의 첫 번째, 두 번째 주장에 관한 판단

1) 먼저, 합병 또는 분할에 의하여 취득한 자산의 상각범위액의 계산과 관련된 규정들을 본다.

구 법인세법 시행령 제26조 제2항은 감가상각자산의 취득가액을 '제72조의 규정에 의한 취득가액'으로 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제72조 제1항 제3호는 현물출자 ・ 합병 또는 분할에 의하여 취득한 자산의 취득가액을 '장부에 계상한 출자가액 또는 승계가액'이라고 규정하고 있다. 또한, 같은 법 시행령 제28조 제1항 제2호는 시험연구용 자산과 무형고정자산 등을 제외한 감가상각자산의 내용연수와 당해 내용연수에 따른 상각률을 '구조 또는 자산별 ・ 업종별로 재정경제부령이 정하는 기준내용연수에 그 기준내용연수의 100분의 25를 가감하여 재정경제부령이 정하는 내용연수범위 안에서 법인이 선택하여 납세지 관할세무서장에게 신고한 내용연수와 그에 따르는 상각률, 다만 제3항 각호의 신고기한 내에 신고를 하지 아니한 경우에는 기준내용연수와 그에 따른 상각률'로 규정하고 있고, 같은 조 제3항은 '법인이 제1항 제2호의 규정에 의하여 내용 연수를 신고하고자 하는 때에는 재정경제부령이 정하는 내용연수신고서를 신설법인과 새로 수익사업을 개시한 비영리내국법인의 경우에는 그 영업을 개시한 날이 속하는 사업연도의 법인세과세표준의 신고기한까지 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다'고 규정하고 있는 한편, 같은 법 시행령 제29조의2 제1항은 '내국법인이 합병 ・ 분할에 의하여 자산을 승계한 경우 또는 기준내용연수의 100분의 50 이상이 경과된 자산을 다른 법인 또는 「소득세법」 제28조의 규정에 의한 사업자로부터 취득한 경우에는 그 자산의 기준내용연수의 100분의 50에 상당하는 연수와 기준내용연수의 범위 내에서 선택하여 납세지 관할세무서장에게 신고한 연수를 내용연수로 할 수 있다'고 규정하고 있으며, 같은 조 제2항은 '제1항의 규정은 내국법인이 다음 각 호에 규정하는 기한 내에 재정경제부령이 정하는 내용연수변경신고서를 제출한 경우에 적용한다'고 규정하고 있다.

2) 위와 같은 관련 법령의 규정들을 체계적 ・ 종합적으로 해석할 때 드러나는 아래와 같은 사정에 비추어 보면, 구 법인세법 시행령 제29조의2의 규정은, 합병 ・ 분할에 의하여 자산을 승계받은 경우 합병법인 ・ 분할신설법인이 피합병법인 ・ 분할법인의 취득가액 ・ 감가상각누계액 및 내용연수를 그대로 승계하는 것으로 보고 감가상각범위액을 계산하는 것이 아니라, 그 자산을 승계한 시점에서 합병법인 ・ 분할신설법인이 신규자산을 취득한 것으로 보고 그 승계시점에서의 자산의 가액에 같은 법 시행령 제28조 제2항 소정의 내용연수와 상각률을 적용하여 감가상각범위액을 계산하는 것을 전제로 한 규정이라고 할 것이므로, 원고의 위 첫 번째, 두 번째 주장은 모두 이유 없다.

가) 2000. 12. 29. 대통령령 제17033호로 개정된 법인세법 시행령은 제29조 의2에서 내국법인이 합병 ・ 분할에 의하여 자산을 승계한 경우 또는 다른 법인으로부터 중고자산을 취득하는 경우 이른바 '수정내용연수'를 적용하여 감가상각범위액을 계산할 수 있는 규정을 신설하였는바, 이는 합병 또는 분할로 인하여 자산을 취득하거나 중고 자산을 취득하는 경우에는 취득하는 자산이 신규자산이 아님에도 불구하고 신규자산을 취득하는 경우 적용되는 내용연수 및 상각률로 인하여 감가상각기간이 장기화되는 등 물리적 내용연수와의 괴리가 발생하고 자산의 원가 배분 또한 적절히 이루어지지 않는 문제점이 발생한다는 반성적 고려 하에서 단축된 내용연수를 적용할 수 있도록 허용하기 위하여 도입된 제도이다. 만약, 원고가 주장하는 바와 같이 구 법인세법 시행령 등 관련 규정의 해석상 분할에 의하여 자산을 취득하는 경우 분할신설법인이 분할법인의 취득가액 ・ 감가상각누계액 및 내용연수를 당연히 승계하는 것이라면, 법인의 조세부담 을 경감시키기 위한 이와 같은 규정을 신설할 필요가 없다.

나) 합병 ・ 분할에 의하여 자산을 승계 받은 것은 그 권리가 포괄적으로 이전된다는 점에서 유상양도에 의한 권리의 이전과 차이가 있기는 하나, 합병법인 ・ 분할 신설법인이 피합병법인 ・ 분할법인의 중고자산을 취득한다는 점에 있어서는 매매계약 등을 통하여 다른 법인으로부터 중고자산을 취득하는 것과 동일하다. 구 법인세법 시행령 제29조의2 등 관련 법령의 문언, 규정 형식 등에 비추어 볼 때, 구 법인세법 시행령은 다른 법인 또는 사업자로부터 중고자산을 취득한 경우와 합병 ・ 분할에 의하여 자산을 승계한 경우(합병 ・ 분할에 의하여 중고자산을 취득한 경우)를 동일하게 취급하고 있으므로, 매매 ・ 양도 등에 의하여 중고자산을 취득하는 경우와 달리, 분할(또는 비례적 인적 분할)에 의하여 자산을 취득하는 경우에만 그 전 소유자인 분할법인의 취득 가액・ 감가상각누계액 및 내용연수를 그대로 승계할 수 있다고 해석할 수는 없다.

다) 합병 ・ 분할에 의하여 자산이 이전하는 경우, 형식적 측면에 있어서는 그 소유권의 변동이 있음이 분명하므로 이를 자산의 평가나 과세 계기로 삼을 수도 있는 반면, 경제적 측면에 있어서는 소유자의 변동이 없으므로(특히 비례적 인적 분할에서 그와 같은 측면이 부각된다) 이러한 점에 착안하여 자산을 평가하지 않거나 과세하지 않을 수도 있는데, 자산평가 ・ 과세의 여부, 그 시기 및 범위는 입법자가 기업조직개편의 구체적 형태, 기업의 조직개편을 과세계기로 삼을 때와 삼지 않을 때의 이익을 비교 ・ 형량하여 정책적으로 판단할 문제로서, 자산평가 ・ 과세의 여부 및 그 범위가 반드시 일률적 ・ 통일적으로 정해질 필요는 없다・ 원고가 주장하는 바와 같이 비례적 인적 분할을 자본거래로 보아 이를 과세계기로 삼지 않았다고 하더라도, 감가상각범위액을 정함에 있어서는 자산의 소유권이 이전되었다는 형식적인 측면을 강조하여 그 시점에 서 자산을 취득한 것으로 보고 그 계산방법을 위한 취득가액 ・ 내용연수를 새로이 정할 수 있다 할 것인데, 구 법인세법 시행령 제29조의2는 앞서 본 바와 같이 분할에 의하여 자산을 승계한 경우 그 시점에서 법인이 신규자산을 취득한 것으로 보아 취득가액 과 내용연수가 적용됨을 전제로 한 규정이다.

(나) 원고의 세 번째 주장에 관한 판단

구 법인세법 시행령 제26조 제2항 제2호는 정률법에 의한 상각방법을 '당해 감가상각자산의 취득가액에서 이미 감가상각비로 손금에 산입한 금액을 공제한 잔액에 당해 자산의 내용연수에 따른 상각률을 곱하여 계산한 각 사업연도의 상각범위액이 매년 체감되는 상각방법'으로 정하고 있는바, 법인이 분할에 의하여 자산을 취득하는 경우의 구 법인세법 시행령 제26조 제2항 제2호 소정의 '당해 감가상각자산의 취득가액'은 원고가 주장하는 바와 같이 분할법인의 당초 취득가액이 아니라 당초 취득가액에서 감가상각누계액을 차감한 가액이라고 할 것이다. 따라서, 분할에 의하여 감가상각자산을 승계한 당해 사업연도에는 취득가액에서 공제될 '이미 감가상각비로 손금에 산입한 금액'은 0원이고, 그 다음 사업연도부터 당해 감가상각자산의 취득가액(분할법인이 당초 취득한 가액 - 분할법인으로부터 승계받기 이전의 감가상각누계액)에서 이미 감가상각비로 손금에 산입한 금액(분할법인으로부터 승계받은 이후의 감가상각누계액)을 공제한 잔액에 당해 자산의 내용연수에 따른 상각률을 곱하여 각 사업연도의 상각범위액을 계산하여야 한다. 결국, 구 법인세법 시행령 제26조 제2항 제1호 소정의 당해 감가상각자산의 취득가액과 같은 항 제2호 소정의 당해 감가상각자산의 취득가액은 모두 당초의 취득가액에서 감가상각누계액을 차감한 가액을 의미한다고 할 것이어서, 구 법인세법 시행령 제26조 제2항 제l호 소정의 취득가액을 당초의 취득가액에서 감가상각 누계액을 차감한 가액이라고 해석하는 것이 같은 항 제2호와의 체계적 해석에 반한다는 원고의 이 부분 주장 또한 이유 없다.

(라) 원고의 네 번째 주장에 관한 판단

2010. 12. 30. 대통령령 제22577호로 개정된 법인세법 시행령은 제29조의2의 개정을 통하여 적격합병 ・ 적격분할 등에 의하여 자산이 승계된 경우 양수법인에게 양도법인의 상각범위액을 승계하는 방법과 양수법인의 상각범위액을 적용하는 방법 중 어느 하나에 해당하는 방법으로 감가상각대상자산의 상각범위액을 정할 수 있는 선택권을 부여하고 있다. 이와 같은 관련 규정의 내용 및 형식 등에 비추어 볼 때, 적격분할 된 신설법인이 분할법인의 신고상각방법 및 신고내용연수, 취득가액, 미상각잔액 등을 그대로 승계하여 상각범위액을 계산하는 방법은 분할에 의하여 취득한 자산의 상각 범위액을 정함에 있어서 입법자가 고려할 수 있는 여러 방법 중의 하나에 불과한 것으로 보일 뿐, 비례적 인적 분할에 있어서 관련 법령의 규정 없는 경우에도 이와 같은 방법으로 상각범위액을 정할 수 있다거나 논리 필연적으로 이와 같은 방법이 반드시 적용되어야 한다고 볼 것은 아니다. 따라서, 법인세법 시행령 29조의2의 규정이 확인적 규정이라는 원고의 이 부분 주장 또한 이유 없다.

(2) 내용연수변경의 신고에 대한 원고의 주장에 관한 판단

살피건대, 갑 제2호증의 기재에 의하면, 원고는 2003. 3. 31. 피고에게 이 사건 감가상각방법 ・ 내용연수 신고서를 제출하면서 별지 제2 목록 기재와 같이 감가상각 방법신고서란 및 내용연수 신고란에만 표시를 하고, 감가상각방법변경신청서란, 내용연수승인(변경승인)신청서란 및 내용연수 변경신고서란에는 표시를 하지 않은 사실을 인정할 수 있다. 위 인정사실에 의하면, 이는 구 법인세법 시행령 제26조 제3항 제1호 및 제28조 제3항 제1호에 따른 신고라 할 것이고, 달리 이 사건 감가상각방법 ・ 내용연수 신고서가 구 법인세법 시행령 제29조의2 제2항에 따른 내용연수변경신청서라고 인정할 만한 증거가 없는 이 사건에 있어서, 이 사건 내용연수 신고서의 제출로 BBBB이 신고한 내용연수 중 상각되고 남은 내용연수만을 변경신청한 것이라고 볼 수 없다. 따라서, 원고의 이 부분 주장 또한 이유 없다.

(3) 가산세 부분에 관한 원고의 주장에 관한 판단

(가) 세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세의무자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고, 납세 등 각종 의무를 위반한 경우에 법이 정하는 바에 따라 부과하는 행정상의 제재로서 그 의무의 이행을 납세의 무자에게 기대하는 것이 무리인 사정이 있을 때 등 그 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우에는 이를 부과할 수 없다(대법원 2008. 12. 11. 선고 2006두17840 판결, 대법원 1997. 5. 16. 선고 95누14602 판결, 대법원 2005. 11. 25. 선고 2004두930 판결 등 참조).

(나) 돌이켜 이 사건에 관하여 보건대, 앞서 인정한 각 사실에 변론 전체의 취지를 종합하여 인정되는 다음과 같은 사정들, 즉 ① 구 법인세법 시행령 제25조 제1항은 '법인이 각 사업연도에 감가상각자산의 감가상각비를 손금으로 계상하는 경우에는 당해 감가상각자산의 장부가액을 직접 감액하는 방법 또는 장부가액을 가액하지 아니하고 감가상각누계액으로 계상하는 방법 중 선택하여 계상하여야 한다'고 규정하여 감가상각비 계상방법으로 직접법과 간접법 모두 인정하고 있음에도 불구하고, 감가상각자산의 취득가액을 정한 구 법인세법 시행령 제72조 제1항 제3호는 그 취득가액을 단순 히 '장부에 계상한 출자・가액 또는 승계가액'이라고만 규정하고 있어 세법해석상 의의(疑意)로 인한 견해의 대립이 있을 수 있는 점[이와 달리, 상속세 및 증여세법 시행령 제55조 제1항 후문은 '이 경우 당해 법인의 자산을 법 제60조 제3항 및 법 제66조의 규정에 의하여 평가한 가액이 장부가액(취득가액에서 감가상각비를 차감한 가액을 말 한다, 이하 이 항에서 같다)보다 적은 경우에는 장부가액으로 하되, 장부가액보다 적은 정당한 사유가 있는 경우에는 그러지 아니하다'고 규정함으로써 장부가액의 의미를 명확히 밝히고 있다], 원고가 2003. 3. 31. 피고에게 당초 취득가액에서 감가상각누계액 을 차감하지 않은 가액을 감가상각자산의 취득가액으로 보고 감가상각범위액을 계산하여 감가상각비를 손금으로 계상한 후 2002 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준 및 세액을 신고하였고, 그 이후에도 같은 방법으로 각 해당 사업연도의 소득에 대 한 법인세의 과세표준 및 세액을 신고하였음에도 불구하고, 피고는 그 손금의 배분, 귀속이 잘못되었다 하여 당초의 사업연도에 이를 경정함이 없이 원고의 신고를 그대로 받아들였다가 2008년경 비로소 5개 사업연도의 법인세 전부를 경정함으로써 원고에게 스스로 이를 경정할 수 있는 기회가 주어지지 아니한 점, 원고 주장의 계산방법에 따라 손금으로 계상된 감가상각비는 원고가 BBBB으로부터 분할되지 아니하였을 경우 BBBB이 손금으로 제상할 수 있는 감가상각비와 그 금액이 동일한 점, 원고 주장의 계산방법에 따라 손금으로 계상되는 감가상각비의 총액과 피고 주장의 계산방법에 따라 손금으로 계상되는 감가상각비의 총액은 원고의 각 사업연도를 통틀어 동일하나, 다만 손금 귀속시기의 차이에 불과한 점, 피고 또한 기획재정부장관에게 질의하여 그로부터 질의회신을 받고 나서야 명확하게 구 법인세법 시행령 제72조 제1항 제3호에서 정하고 있는 그 취득가액의 의미를 알게 된 것으로 보이는 점 등에 비추어 볼 때, 이는 단순히 사실관계의 오인이나 법률상의 부지・오해를 넘어 해석의 의의(疑意)로 인한 견해의 대립이 있었고, 그 때문에 원고도 납세의무를 알지 못한 것이라고 볼 수 있으므로, 원고에게는 그 납부의무의 해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있고, 따라서 원고의 이 부분 주장은 이유 있다.

(4) 소결론

따라서, 원고에 대한 이 사건 각 부과처분의 정당한 세액은, 이 사건 각 부과처분의 고지세액에서 가산세액을 뺀 금액으로 별지 제4 목록 기재 표의 [고지세액 - 가산세]란의 각 기재와 같다.

3.결론

그렇다면, 이 사건 각 처분 중 2002 사업연도 법인세 526,954,630원의 부과처분 중 가산세 205,775,440원을 부과한 부분, 2003 사업연도 법인세 1,187,090,740원의 부과처분 중 가산세 461,480,789원을 부과한 부분, 2004 사업연도 법인세 2,591,702,340원의 부과처분 중 가산세 921,293,860원을 부과한 부분, 2005 사업연도 법인세 1,379,000,810원의 부과처분 중 가산세 347,779,404원을 부과한 부분, 2006 사업연도 법인세 798,968,360원의 부과처분 중 가산세 153,626,551원을 부과한 부분은 위법하여 이를 취소하여야 할 것이므로, 원고의 이 사건 청구는 위 인정범위 내에서 이유 있어 이를 인용하고, 나머지 청구는 이유 없어 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.