2. 소송비용은 원고가 부담한다.

가. 원고는 1989. 2. 20. ○○ ○○구 ○○동 ○○ ○○아파트 ○○동 ○○○호를 취득하여 보유하고 있었는데, 원고의 배우자인 권○○가 1999. 3. 13. ○○ ○○구 ○○동 ○○ ○○아파트 ○○동 ○○○호를 취득하였고, 2000. 5. 22. 원고가 상속으로 인하여 ○○ ○○구 ○○동 ○○-○ 다가구주택(이하 '이 사건 주택'이라 한다)을 취득하였다.

나. 원고는 2003. 6. 9. 이 사건 주택을 양도하고, 2003. 8. 31. 양도가액을 124,726,980원으로, 취득가액을 123,417,494원으로 하여 양도소득세 예정신고를 하였다.

다. 피고는 이에 대하여 원고가 1세대 3주택 보유자라는 이유로 실거래가액을 기준으로 양도차액을 신고할 것을 요구하는 수정신고 안내문을 원고에게 보냈고, 원고는 이에 따라 2004. 5. 31. 양도가액을 실거래가액인 285,000,000원으로, 취득가액은 실지거래가액을 취득당시의 기준시가 비율로 환산한 가액인 282,007,836원으로 하여 수정신고를 하였다.

라. 그러나, 피고는 원고의 수정신고 내용을 인정하지 아니하고, 양도가액은 실거래가액인 285,000,000원으로, 취득가액은 구 상속세 및 증여세법(2005. 1. 14. 법률 제7335호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제61조의 규정에 따라 보충적으로 평가한 가액인 123,417,494원으로 하여 양도차익을 산정한 다음 2006. 5. 15. 원고에게 2003년 귀속분 양도소득세 50,539,270원을 경정 · 고지하는 이 사건 부과처분을 하였다.

마. 원고가 이 사건 부과처분에 불복하여 2006. 7. 28. 심판청구를 제기하였으나 2007. 6. 29. 기각결정을 받았다.

2. 이 사건 부과처분의 적법성 여부

가. 원고의 주장

① 원고가 이 사건 주택의 양도로 인하여 얻은 양도차익이 미미한데도 피고는 거액의 양도차익이 있음을 전제로 양도소득세를 부과하고 있고, ② 원고가 투기를 목적으로 거래를 한 것도 아니고, 직장 사정 또는 상속으로 인하여 불가피하게 3주택 보유자가 되었음에도 세법상 이에 대한 예외를 인정하지 아니하고 무조건 실거래가로 과세함은 부당하고, ③ 상속세는 시가기준 과세가 원칙이고 과세표준 미달로 인하여 원고가 시가로 신고하지 못한 것에 대하여 양도시에 기준시가를 취득가액을 인정하여 과세함은 부당하고, ④ 양도소득세 과세의 일반 원칙에 위배하여 취득가액은 기준시가로 적용하고, 양도가액은 실거래가액을 적용하여 과세한 것은 위법하다.

나. 관계 법령

구 소득세법(2003. 12. 30. 법률 제7006호로 개정되기 전의 것)

제89조 비과세양도소득다음 각호의 소득에 대하여는 양도소득에 대한 소득세(이하 "양도소득세"라 한다)를 과세하지 아니한다.

3. 대통령령이 정하는 일세대 일주택(가액이 대통령령이 정하는 기준을 초과하는 고가주택을 제외한다)과 이에 부수되는 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 대통령령이 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지(이하 이 조에서 "주택부수토지"라 한다)의 양도로 인하여 발생하는 소득

제94조 양도소득의 범위

① 양도소득은 당해연도에 발생한 다음 각호의 소득으로 한다.

1. 토지(지적법에 의하여 지적공부에 등록하여야 할 지목에 해당하는 것을 말한다) 또는 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함한다)의 양도로 인하여 발생하는 소득

제96조 양도가액

① 제94조 제1항 제1호 및 제2호의 규정에 의한 자산의 양도가액은 당해 자산의 양도당시의 기준시가에 의한다. 다만, 당해 자산이 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 양도자와 양수자간에 실제로 거래한 가액(이하 "실지거래가액"이라 한다)에 의한다.

7. 기타 당해 자산의 종류·보유기간·보유수·거래규모 및 거래방법 등을 감안하여 대통령령이 정하는 경우

제97조 양도소득의 필요경비계산

① 거주자의 양도차익의 계산에 있어서 양도가액에서 공제할 필요경비는 다음 각호에 규정하는 것으로 한다.

1. 취득가액

가. 제94조 제1항 제1호 및 제2호의 규정에 의한 자산의 경우에는 당해 자산의 취득당시의 기준시가. 다만, 당해 자산이 제96조 제1항 각호의 1에 해당하는 경우에는 그 자산의 취득에 소요된 실지거래가액에 의한다.

나. 제94조 제1항 제3호 및 제4호의 자산의 경우에는 당해 자산의 취득에 소요된 실지거래가액

다. 가목 단서 또는 나목의 경우에 있어서 취득당시의 실지거래가액을 확인할 수 없는 경우에는 대통령령이 정하는 매매사례가액, 감정가액 또는 환산가액

⑤ 취득에 소요된 실지거래가액의 범위, 증여세 상당액 계산등 필요경비의 계산에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

구 소득세법 시행령(2003. 12. 30. 대통령령 제18173호로 개정되기 전의 것)

제155조 1세대1주택의 특례

① 국내에 1주택을 소유한 1세대가 그 주택을 양도하기 전에 다른 주택을 취득(자기가 건설하여 취득한 경우를 포함한다)함으로써 일시적으로 2주택이 된 경우 다른 주택을 취득한 날부터 1년 이내에 종전의 주택을 양도하는 경우(1년 이내에 양도하지 못하는 경우로서 재정경제부령이 정하는 사유에 해당하는 경우를 포함한다)에는 이를 1세대1주택으로 보아 제154조제1항의 규정을 적용한다. 이 경우 종전의 주택 및 그 부수토지의 일부가 제154조 제1항 제2호 가목의 규정에 의하여 협의매수되거나 수용되는 경우로서 당해 잔존하는 주택 및 그 부수 토지를 그 양도일 또는 수용일부터 2년 이내에 양도하는 때에는 당해 잔존하는 주택 및 그 부수토지의 양도는 종전의 주택 및 그 부수토지의 양도 또는 수용에 포함되는 것으로 본다.

제162조 의2양도가액

⑤ 법 제96조 제1항 제7호에서 "대통령령이 정하는 경우"라 함은 3주택 이상을 소유한 1세대가 주택(이에 부수되는 토지를 포함한다)을 양도하는 경우를 말한다.

제163조 양도자산의 필요경비

⑨ 상속 또는 증여받은 자산에 대하여 법 제97조 제1항 제1호 가목 단서 및 나목의 규정을 적용함에 있어서는 상속개시일 또는 증여일 현재 상속세 및 증여세법 제60조 내지 제66조의 규정에 의하여 평가한 가액을 취득당시의 실지거래가액으로 본다. 다만, 지가공시 및 토지 등의 평가에 관한 법률에 의하여 1990년 8월 30일 개별공시지가가 고시되기 전에 상속 또는 증여받은 토지의 경우에는 상속개시일 또는 증여일 현재 상속세 및 증여세법 제60조 내지 제66조의 규정에 의하여 평가한 가액과 제164조 제4항의 규정에 의한 가액중 많은 금액에 의한다.

구 상속세 및 증여세법(2005. 1. 14. 법률 제7335호로 개정되기 전의 것)

제60조 평가의 원칙등

① 이 법에 의하여 상속세 또는 증여세가 부과되는 재산의 가액은 상속개시일 또는 증여일(이하 "평가기준일"이라 한다) 현재의 시가에 의한다. 이 경우 제63조 제1항 제1호 가목 및 나목에 규정된 평가방법에 의하여 평가한 가액(제63조 제2항의 규정에 해당하는 경우를 제외한다)은 이를 시가로 본다.

② 제1항의 규정에 의한 시가는 불특정다수인사이에 자유로이 거래가 이루어지는 경우에 통상 성립된다고 인정되는 가액으로 하고 수용·공매가격 및 감정가격등 대통령령이 정하는 바에 의하여 시가로 인정되는 것을 포함한다.

③ 제1항의 규정을 적용함에 있어서 시가를 산정하기 어려운 경우에는 당해 재산의 종류·규모·거래상황등을 감안하여 제61조 내지 제65조에 규정된 방법에 의하여 평가한 가액에 의한다.

④ 제1항의 규정을 적용함에 있어서 제13조의 규정에 의하여 상속재산의 가액에 가산하는 증여재산의 가액은 증여일 현재의 시가에 의한다.

제61조 부동산등의 평가

① 부동산에 대한 평가는 다음 각호의 1에서 정하는 방법에 의한다.

1. 토지

지가공시및토지등의평가에관한법률에 의한 개별공시지가(이하 "개별공시지가"라 한다). 다만, 개별공시지가가 없는 토지의 가액은 납세지관할세무서장이 인근 유사토지의 개별공시지가를 참작하여 대통령령이 정하는 방법에 의하여 평가한 금액으로 하고, 지가가 급등하는 지역으로서 대통령령이 정하는 지역의 토지에 대하여는 배율방법에 의하여 평가한 가액으로 한다.

2. 건물

건물의 신축가격·구조·용도·위치·신축년도 등을 참작하여 매년 1회 이상 국세청장이 산정·고시하는 가액

다. 판단

(1) 양도차익 산정과 관련된 위법성 주장에 관하여

구 소득세법(2003. 12. 30. 법률 제7006호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제94조 제1항, 제96조 제1항 제7호, 제97조 제1항 제1호 가목 단서 및 다목, 구 소득세법 시행령(2003 12. 30. 대통령령 제18173호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제162조의2 제5항에 의하면, 3주택 이상을 소유한 1세대가 주택을 양도하는 경우에는 자산의 양도가액과 취득가액을 실지거래가액에 의하여 계산하여야 하고, 이 경우 취득 당시의 실지거래가액을 확인할 수 없을 때에는 대통령령이 정하는 매매사례가액, 감정가액 또는 환산가액을 순차로 적용하여 산출한 금액을 취득가액으로 할 수 있으며, 한편 구 소득세법 제97조 제5항은 "취득에 소요된 실지거래가액의 범위, 증여세 상당액 계산 등 필요경비의 계산에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다."고 규정하고 있고, 구 소득세법 시행령 제163조 제9항은 "상속 또는 증여받은 자산에 대하여 법 제97조 제1항 제1호 가목 단서의 규정을 적용함에 있어서는 상속개시일 또는 증여일 현재 상속세 및 증여세법 제60조 내지 제66조의 규정에 의하여 평가한 가액을 취득 당시의 실지거래가액으로 본다."고 규정하고 있다.

피고는 위 각 규정을 근거로 이 사건 주택의 양도로 인한 양도차익을 산정함에 있어 실거래가액으로 평가한 양도가액 285,000,000원에서, 구 상속세법 및 증여세법 제61조의 규정에 의한 보충적 평가방법에 의하여 평가한 취득가액인 123,417,494원과 필요경비 3,702,524원를 공제하는 방법으로 양도차익을 산정한 만큼 양도차익 산정방법에 있어서는 아무런 위법이 없고, 상속 또는 증여받은 자산을 양도한 경우 상속세 또는 증여세 과세표준에 해당하는 가액(상속개시일 또는 증여일 현재 상속세 및 증여세법 제60조 내지 제66조의 규정에 의하여 평가한 가액)을 양도차익 산정시 당해 자산의 필요경비로 인정해 주고, 양도가액이 위 가액을 초과하여 양도소득이 있는 경우에만 양도소득세를 부과하는 것이 조세누락이나 이중과세를 방지할 수 있다는 점에 비추어 볼때, 위와 같은 방법으로 양도차익을 산정하도록 하고 있는 소득세법 규정들이 조세법률주의나 과세형평에 위배된 무효의 규정이라고 볼 수도 없다.

(2) 1세대 3주택 보유자 요건과 관련된 위법성 주장에 관하여

구 소득세법 제89조 제3호에서 1세대 1주택 비과세에 관하여 규정하면서도 구 소득세법 시행령 제155조 제1항에서 직장이나 이사 등의 불가피한 사유로 인하여 일시적으로 1세대 2주택자가 된 자에 대하여는 1년 이내에 종전 주택을 처분하여 1세대 1주택 비과세혜택을 유지할 수 있는 방법을 따로 마련하고 있는 만큼 원고가 위 시행령에서 정하여진 기간 내에 보유주택을 처분하지 아니하고 계속 보유하고 있다가 결국 1세대 3주택 보유자가 되어 이 사건 주택의 양도차액에 관하여 실거래가를 기준으로 과세되게 된 것이 현저히 조세 형평에 반하여 무효라고 보이지도 아니하고, 원고가 객관적으로 1세대 3주택 보유자에 해당하는 만큼 이 사건 주택을 취득한 목적이 투기 목적이 아니었다고 하여 달리 볼 것도 아니다.

따라서, 이 사건 부과처분은 어느 모로 보나 적법하다.

3. 결론

그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 이유 없어 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.