2.소송비용은 피고가 부담한다.

다음의 각 사실은 당사자 사이에 다툼이 없거나, 갑 1호증, 갑 2호증의 1,2,3, 갑3호증

갑 4호증, 갑8호증, 을1호증, 을2호증,을3호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 더하여 인정할 수 있다.

가. 원고는 소재지를 ☐☐ ☐☐구 ☐☐동 463-6, 목적을 철제문과 문틀의 제조, 판매, 설치 및 애프터서비스 등으로 하여 건설산업기본법이 정한 바에 따라 전문건설업등록을 한 회사로서, 1996.9.18.○○시 ○○면 ○○리에 지점을 설치한 후, 1997.1.경부터 구 부가가치세법(2010.1.1.법률 제9915호로 개정되기 전의 것, 이하 "구법"이라 한다)제4조 제2항, 부가가치세법 시행령 제5조에 의하여 주된 사업장인 본점에서 부가가치세를 총괄납부하고 있다.

나. 원고의 ○○지점에서는 방화문 등을 생산하기 위한 원재료 등을 매입하여 방화문 등을 제조한 후 일부를 바로 판매하기도 하나 거의 대부분은 주된 사업장인 본점에 공급하며, 본점에서는 공급받은 방화문 등을 판매하거나, ☆☆건설 주식회사, △△건설 주식회사 등으로부터 하도급받은 방화문설치공사 등을 시공하는 데 사용하였다. 그런데 원고의 본점에서 하도급받은 공사의 시공 중에는 부가가치세가 면제되는 사업인 구 조세특례제한법(2008.12.26.법률 제 9272호로 개정되기 전의 것)제106조 제1항 제4호가 정한 국민 주택 및 당해 주택의 건설용역의 공급에 해당하는 부분도 상당히 있었다.

다. 원고는 2008.4.25.2008년 제1기분 부가가치세 예정신고 당시, 면세사업에 관련된 매출이 발생한 본점에 관하여는 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용되어 실지귀속을 구분할 수 없는 매입세액(이하"공통매입세액"이라 한다)이 있다는 이유로, 부가가치세법 시행령(이하"시행령"이라 한다)제61조 제1항이 정한 매입세액의 안분 계산 방법에 따라 매출세액 323,261,435원에서, 접대비 등을 불공제한 매입세액 181,648,078원 중 면세사업에 관련된 분의 비율 약 0.3139(=면세사업에 관련된 공급가액 1,506,130,902원 ÷ 총 공급가액 4,797,085,608원)을 곱한 57,031,665원을 면세사업에 관련된 매입세액(이하"면세매입세액"이라 한다)으로 보아 불공제하는 것으로 하여 나머지 124,616,413원(=181,648,078 - 57,031,665원)을 뺀 198,645,022원(=323,261,813원 - 124,616,413원)을 세액으로 신고하고, 지점에 관하여는 매출세액 18,722,813원에서 접대비 등을 불공제한 매입세액 386,654,806원을 뺀 367,931,993원을 환급세액으로 각 신고하면서, 총괄하여 169,286,971원)=198,645,022원 - 367,931,993원)을 조기환급신고하였다.

라. 피고는 원고에 대한 실지조사를 실시하여 원고가 신고한 2008년 제1기분 부가가치세 중 지점분에 관하여도 공통매입세액이 있다고 보아, 2008.7.5.원고에 대하여 앞서 본 매입세액 386,654,806원에 면세사업에 관련된 부분의 비율 약 0.3021( 본점과 지접의 면세공급가액 1,506,130,902원 ÷ 본점과 지점의 총 공급가액 4,984,313,715원)을 곱한 116,837,098원을 불공제하고 거기에 신고불성실가산세 11,683,710원을 합한 128,520,808원을 위 총괄환급세액에서 뺀 40,766,159원을 환급하는 것으로 결정하였다[이하 원고의 위 환급신고 중 나머지 128,520,812원(= 169,286,971원 - 40,766,159원)에 해당하는 부분을 거부한 결정 부분을 "이 사건 처분"이라 한다].

2. 관계 법령

별지 관계법령 기재와 같다.

3. 처분의 적법 여부

가. 쟁점

피고가 원고의 지점분 매입세액에도 공통매입세액이 있다고 본 다음, 지점만이 아니라 본점까지 고려하여 "공통매입세액 x 전 사업장의 면세공급가액/전 사업장의 총 공급가액"이라는 산식에 따라 면세매입세액을 계산하여 이 사건 처분을 하였는바, 쟁점은 지점에서 방화문 등을 공급받아 본점에서 면세매출이 발생한 원고의 경우 지점에도 공통매입세액이 존재하는지, 그리고 지점분 공통매입세액이 있어 이를 안분계산할 때 지점의 면세공급가액과 총공급가액을 기초로 하지 않고 전사업장의 그것을 기초로 하는 것이 허용되는지 여부이다.

나. 판단

피고가 한 이 사건 처분은 다음과 같은 이유로 위법하다.

먼저 부가가치세는 부가가치세법 제4조 제1항이 정한 사업장과세의 원칙에 따라 각 사업장마다 납부하여야 하고 원칙적으로 각 사업장 소재지가 납세지가 되며 각 사업장은 과세상 독립된 장소적 단위가 된다. 이 사건에서 원고의 본점과 지점은 각 독립된 사업장이고, 그 중 지점은 방화문 등의 원재료를 공급받아 방화문 등을 제조하여 판매하거나 본점에 공급하는 사업장으로서 거기서 어떠한 면세사업을 영위하고 있다고 볼 수 없으므로, 원고의 지점에서 공통매입세액이 있다고 할 수 없다.

그리고 앞서 본 사업장과세의 원칙상 각 사업장에서 과세표준 및 세액의 신고를 하여야하고, 동일인이 수 개의 사업장을 겸영하는 경우에도 매출세액・매입세액은 각 사업장간에 통산되지 않는다. 총괄납부승인제도는 단지 그 세액의 납부 또는 환급만은 주된 사업장에서 총괄 처리하게 함으로써 사업자의 자금관리 등 편의와 세무관서의 행정능률을 제고하려는 것에 불과하므로, 주사업장 총괄납부승인을 받더라도 납부세액계산에 한하여 사업장간 통산이 허용될 뿐이므로, 이때에도 납부의무 이외의 신고의무 등 각종 의무는 사업장마다 이행하여야 하고, 또한 납부세액이 아닌 매출세액이나 매입세액은 통산할 수는 없다(대법원 1989.6.27.선고 88누9497 판결, 대법원 2005.6.10.선고 2005도1855 판결 등 참조). 또 시행령 제61조 제1항, 제5항을 보더라도, 원칙적으로 면세매입세액은 사업장과세의 원칙에 따라 사업장별로 "공통매입세액 x 면세공급가액/총공급가액"이라는 산식에 의하여 계산하되, 전기통신사업법에 의한 전기통신사업자 등의 경우에만 "면세매입세액 = 공통매입세액 x 전 사업장의 면세공급가액/전 사업장의 총공급가액"이라는 산식에 의하여 할 수 있도록 규정하고 있으므로, 그러한 규정에 따라 전 사업장을 기초로 할 수 있는 경우가 아닌 한 사업장과세의 원칙을 �아야 한다고 본다.

피고는, 원고의 지점에서 제조된 제품이 본점으로 공급된 후 본점에서 과세매출과 면세매출에 공통으로 사용됨에도 불구하고 지점에서 면세매출이 없다는 이유로, 지점의 매입세액이 전액 공제될 경우 결국 최종적으로 면세매출에 사용된 매입세액마저도 공제되는 결과가 되어 면세매입세액을 불공제하도록 규정한 부가가치세법은 물론, 부가가치세의 과세체계에 부합하지 않는다는 취지에서 이 사건 처분을 하였으나, 그러한 이유만으로 앞서 본 사업장과세의 원칙에 반하여 본점과 지점의 매출세액을 통산할 수는 없다.

피고가 주목한 문제점은 원고에게 새로운 부가가치세를 부과함으로써 해결될 수 있다.

즉, 원고의 지점에서 방화문 등을 제조하여 본점으로 공급하는 행위는 원칙적으로 재화의 공급으로 보지 않으나, 그것을 원고의 본점에서 면세사업을 위하여 사용 또는 소비하는 경우, 이는 구 법 제6조 제2항에 의한 시행령 제15조 제1항 제1호가 정한 바에 따라 원고가 자기의 사업과 관련하여 생산 또는 취득한 재화를 자기의 면세사업을 위하여 사용 또는 소비하는 것으로서 재화의 공급으로 보아야 하고, 따라서 원고가 그에 관한 부가가치세를 부담하여야 한다. 그 취지는 부가가치세가 최종소비자에게 전가가 예정된 간접소비세인데, 과세사업을 위하여 생산 또는 취득함으로써 부가가치세법 제176조 제1항에 따라 그 매입세액을 공제받은 재화를 면세사업에 전용하는 경우에는 매출세액이 발생하지 아니하여 부가가치세의 전가가 중단되므로, 이러한 경우의 사업자를 최종소비자의 지위에 있는 것과 마찬가지로 봄으로써 부가가치세의 기본구조를 유지하고, 아울러 다른 면세사업자는 같은 법 제17조 제2항 제4호에 의하여 그와 같은 재화를 공급받는 데 부가가치세를 부담함으로, 그 사이에 과세의 형평을 유지하기 위한 데 있다(대법원 1992.8.14.선고 91누13229 판결 등 참조). 그러한 경우 구 법 제9조 제1항, 제13조 제1항, 시행령 제21조 제1항 제6호, 제50조의 각 규정에 의하면, 재화의 공급시기는 방화문 등이 사용 또는 소비되는 때, 공급가액은 방화문 등의 가액이 된다.

4. 결 론

그러므로 원고의 청구를 인용한다.