2. 원고의 나머지 청구를 기각한다.

3. 소송비용 중 55%는 원고가, 나머지 45%는 피고가 각 부담한다.

가. 원고는 석유화학제품의 제조·판매업을 영위하는 법인으로서, 2012. 12. 27. 주식회사 케이피케미칼을 흡수합병하면서 상호를 종전의 호남석유화학 주식회사에서 현재의 상호로 변경하였다.

나. 원고는 정부가 2005년부터 실시해 온 온실가스 배출 감축사업(Korea Voluntary Emission Reduction, 이하 ‘KVER’이라 한다)에 참여하여, 정부로부터 KVER 사업을 위탁받은 에너지관리공단(현재는 한국에너지공단으로 명칭을 변경하였다. 이하 ’공단‘이라고만 한다)에 원고의 온실가스 감축실적(이하 ‘감축실적’이라 한다)을 판매하는 형식으로 공단으로부터 2010년 제1기(부가가치세 과세기간을 말한다. 이하 같다)에 326,137,977원, 2010년 제2기에 29,057,261원, 2011년 제1기에 630,194,988원 합계 985,390,226원(이하 ‘이 사건 지급금’이라 한다)을 수령하였다. 원고는 이 사건 지급금에 대하여 세금계산서를 발급·교부하지 않았고, 이 사건 지급금을 부가가치세 과세표준에 포함시키지 않았다.

다. 그러나 피고는 원고가 공단에 감축실적을 판매한 것은 부가가치세법상 재화의 공급에 해당한다고 보아, 원고에게 별지 처분 목록 기재와 같이 부가가치세 합계 164,707,950원(이 사건 지급금을 부가가치세가 포함된 공급대가로 보아 계산한 매출세액에 가산세를 더한 것)을 경정·고지하였다(이하 ‘이 사건 각 처분’이라 한다).

라. 원고는 2010년 제1기분 부가가치세에 불복하여 2015. 10. 5. 이의신청을 하였으나 2015. 11. 12. 기각결정을 받았고, 이 사건 각 처분에 불복하여 2016. 2. 4. 조세심판원에 조세심판을 청구하였으나 2016. 4. 27. 기각결정을 받았다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 6호증(가지번호 있는 것은 가지번호 포함, 이하 같다), 을 제1, 4호증, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 각 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

1) 원고와 공단은 KVER 사업의 근거 법령인 「온실가스배출 감축실적 정부구매 및 거래기준」에 따라 정부가 원고의 감축실적을 구매하는 형식을 취하기는 하였다. 그러나 감축실적은 정부가 구매하는 것 외에는 실제 시장에서 거래된바 없어 교환가치를 인정할 수 없고, 명목상의 실적에 불과하여 현실적인 이용가치도 없으므로 부가가치세법상 ‘재화’로 볼 수 없다. 또한 원고는 감축실적을 정부에 인도하거나 양도하지도 않았으므로 부가가치세법상 재화의 ‘공급’이 있었다고 볼 수도 없다. 나아가 위 거래의 실질은 원고가 온실가스 배출량을 감축한 데 대하여 정부가 인센티브로서 보조금을 지급하는 것에 불과하고, 정부가 지급하는 보조금의 액수는 정부의 예산규모 및 총 예상 감축실적의 양에 따라 정해질 뿐 감축실적의 국제시세에 기초한 것도 아니어서, 이 사건 지급금은 감축실적의 이전과 대가관계가 없는 국고보조금에 해당하므로 부가가치세 과세표준에 포함될 수 없다. 따라서 이 사건 각 처분은 위법하므로 취소되어야 한다.

2) 정부의 KVER 사업 위탁을 받은 공단은 2010. 12. 28. 원고에게 보낸 공문에서 ‘정부에서 지급되는 보조금은 부가가치세법 제13조 에 따라 과세표준에 포함되지 않는다.’고 밝혔고, 원고는 이를 신뢰하여 세금계산서를 교부하지도, 부가가치세를 신고·납부하지도 않았다. 그럼에도 피고는 원고의 신뢰를 침해하면서까지 이 사건 각 처분을 하였으므로, 이 사건 각 처분은 신의성실의 원칙에 위반된다.

3) 감축실적이 부가가치세법상 ‘재화’에 해당하는지, 원고가 감축실적을 ‘공급’한 것인지, 이 사건 지급금이 재화의 공급과 직접 관련되지 아니하는 국고보조금인지에 관하여는 다른 해석의 가능성이 충분하고, 또 원고는 공단의 견해표명을 신뢰하였으므로, 적어도 가산세 부분만큼은 원고가 의무 해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있어 취소되어야 한다.

나. 관계 법령

별지 관계 법령 기재와 같다.

다. 판단

1) 감축실적의 판매가 부가가치세법상 ‘재화의 공급’에 해당하는지 여부

가) 구 부가가치세법(2013. 6. 7. 법률 제11873호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘부가가치세법’이라 한다) 제1조 는 제1항 제1호 에서 ‘재화 또는 용역의 공급’을 부가가치세의 과세대상으로 규정하면서 제2항 에서 재화를 ‘재산적 가치가 있는 모든 유체물과 무체물’로 규정하고 있고, 제1조 제5항 의 위임을 받은 구 부가가치세법 시행령(2013. 6. 28. 대통령령 제24638호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘부가가치세법 시행령’이라 한다) 제1조 제2항 은 재화에 포함되는 무체물의 하나로 ‘재산적 가치가 있는 권리’를 들고 있다. 이들 규정의 문언 내용과 취지, 부가가치세는 소비재의 사용·소비행위에 담세력을 인정하여 부과되는 소비세인 점, 재화인지 여부의 판단 기준이 되는 재산적 가치의 유무는 그 재화의 경제적 효용가치에 의하여 객관적으로 결정되어야 하고 거래 당사자의 주관적인 평가에 따라 달라져서는 아니 되는 점 등을 종합하면, 부가가치세의 과세거래인 ‘권리의 공급’에 해당하기 위해서는 그 권리가 현실적으로 이용될 수 있고 경제적 교환가치를 가지는 등 객관적인 재산적 가치가 인정되어야 한다( 대법원 2015. 12. 10. 선고 2015두2284 판결 등 참조).

나) 갑 제6, 7, 9호증, 을 제3, 4호증의 각 기재, 한국에너지공단에 대한 사실조회 결과 및 변론 전체의 취지에 의하면 다음 사실이 인정된다.

① 산업자원부장관은 2005. 10. 20. 산업자원부 고시 제2005-88호로 에너지이용합리화법 제14조의2 (현행 에너지이용합리화법 제29조 와 같다) 및 같은 법 시행령 제17조의2 에 근거하여 「온실가스 배출 감축사업 등록 및 관리에 관한 규정」(이하 ‘이 사건 규정’이라 한다)을 제정하였다. 이에 따르면 온실가스 배출 감축 예상량이 일정 규모 이상인 사업자는 사업계획서를 작성하여 감축사업을 등록할 수 있고, 등록된 감축사업 시행자는 사업계획서에 따라 감축사업을 이행하여야 한다. 이 사건 규정은 2007. 7. 11. 산업자원부 고시 제2007-90호로 개정되었는데, 개정 규정에서는 감축사업을 이행한 사업시행자가 감축실적에 대하여 인증을 받을 수 있고, 산업자원부장관이 감축실적을 등록·관리하여야 한다는 조항이 추가되었다. 이후 개정에서는 주무장관의 명칭이 산업자원부장관에서 지식경제부장관으로, 다시 산업통상자원부장관으로 변경되었다.

② 지식경제부장관은 2008. 12. 19. 지식경제부 공고 제2008-361호로 「온실가스배출 감축실적 정부구매 및 거래기준」(이하 ‘이 사건 기준’이라 한다)을 제정하였다. 이 사건 기준 제4조, 제6조는 정부가 사업자로부터 인증받은 감축실적을 구매할 수 있다고 규정하고 있고, 제7조는 정부구매기준가격은 국제시세의 가격변동율, 감축실적 발생톤, 당해연도 예산규모 등을 고려한 산식에 따라 산정한다고 규정하고 있으며, 제9조는 정부가 구매한 감축실적의 소유권은 정부에 귀속된다고 규정하고 있다. 그리고 제11조는 정부는 정부로 귀속된 감축실적 등을 대상으로 해외 탄소시장 및 온실가스 감축프로그램으로 판매 또는 수출을 추진할 수 있다고 규정하고, 제14조 이하에서는 감축실적의 민간거래에 관하여 규정하고 있다.

③ 공단은 원고에게 이 사건 지급금을 지급하면서 공단이 관리하는 원고의 감축실적을 구매량만큼 삭감하고 그 결과를 정부(산업통상자원부)에 보고하였다. 이 사건 기준 제11조에도 불구하고 정부에 귀속된 감축실적이 외국으로 판매되거나 수출된 사실은 없다.

다) 위 인정사실 및 변론 전체의 취지에 의하여 인정되는 다음과 같은 여러 사정에 비추어 보면, 감축실적은 ‘재산적 가치가 있는 권리’로서 부가가치세법상 재화에 해당하고, 공단이 원고에게 이 사건 지급금을 지급하면서 원고의 감축실적을 삭감하고 그 결과를 취합하여 정부에 보고한 것은 이 사건 기준 제9조에 따른 ‘감축실적의 귀속’으로서 부가가치세법상 재화의 공급이라고 볼 수 있으므로, 이와 다른 전제에 선 원고의 주장은 받아들이지 않는다.

① KVER 사업은, 1992. 6.경 ‘기후변화에 관한 국제연합 기본협약’, 1997. 12. 11. ‘기후변화협약에 대한 교토의정서’ 등에서 국가간 배출권 거래제, 국내적 배출권 거래제 등이 도입되자, 온실가스 의무감축국이 아니었던 대한민국도 향후 의무감축국에 포함될 것이 예상되는 상황에서, 배출권 거래제에 대한 산업계의 대응력을 높이기 위하여 도입되었다. 도입 초기인 2005년경에는 감축사업의 등록 및 이행에 그쳤으나, 2007년에는 감축실적의 인증제도가, 2008년에는 감축실적의 정부구매제도가 차례로 도입되었다. 2010. 1. 13. 제정된 「저탄소 녹색성장 기본법」 제43조 제1항 은 ‘정부는 관리업체가 목표관리를 받기 전에 자발적으로 행한 실적에 대해서는 이를 목표관리 실적으로 인정하거나 그 실적을 거래할 수 있도록 하는 등 자발적으로 온실가스를 미리 감축하는 행동을 하도록 촉진하여야 한다.’고 규정하고, 제46조 제1항 은 ‘정부는 시장기능을 활용하여 효율적으로 국가의 온실가스 감축목표를 달성하기 위하여 온실가스 배출권을 거래하는 제도를 운영할 수 있다.’고 규정하여 감축실적의 거래제도가 법에 규정되기에 이르렀고, 2012. 5. 14. 제정된 「온실가스 배출권의 할당 및 거래에 관한 법률」 제15조 제1항 은 위와 같은 감축실적에 대하여는 배출권 할당계획 수립 시 반영하거나 배출권을 추가 할당할 수 있다고 규정하였다. 이와 같이 감축실적의 ‘권리성’ 및 ‘재산적 가치’는 점차 강화되어 왔다.

② 교토의정서상의 온실가스 의무감축국인 EU 국가들은 배출권 거래를 부가가치세 과세대상인 용역의 공급(EU 국가들의 부가가치세법상 ‘재화’에는 ‘권리’가 포함되지 않는다)으로 보아 과세하다가 사기거래 등의 문제로 인하여 면세대상으로 변경한 바 있고, 국내법상으로도 「온실가스 배출권의 할당 및 거래에 관한 법률」에 따른 배출권의 공급은 부가가치세법상 재화의 공급에 해당한다는 전제에서 조세특례제한법에서 면세대상으로 규정하고 있다. 법령 등의 규제가 없다면 사업자들은 온실가스를 자유롭게 배출할 수 있으므로 이 경우 온실가스 배출권 자체의 재산적 가치를 인정하기는 어려우나, 법령 등에 따라 온실가스 배출이 규제된다면 그 규제를 벗어날 수 있는 권리로서 온실가스 배출권의 재산적 가치를 인정할 수 있으므로, 온실가스 배출권의 재산적 가치는 기본적으로 법령이나 정부정책 등에 따라 창설되는 것이다.

③ 이 사건 기준에 따르면 인증받은 감축실적은 사업자, 거래중개 전문기관, 해외 구매자 등 사이에서 거래할 수 있고, 정부에 판매할 수도 있으며, 정부는 구매한 감축실적을 해외 탄소시장으로 판매 또는 수출할 수 있다고 되어 있다. 민간사업자들 사이에 실제 감축실적의 거래가 없었다거나 정부가 감축실적을 해외에 판매한 사실이 없었다고 하더라도, 정부의 규제시책 등에 따라서 향후 감축실적을 필요로 하는 사업자가 생겨날 수 있음이 예상되거나(이 사건 기준 제14조 제1항 제3호, 제4호, 제15조 제2호 등 참조) 또는 향후 감축실적이 배출권할당량의 증대에 도움이 될 것이 예상된다면, 당장 수요나 이용방법이 없다고 하여 감축실적의 재산적 가치를 부인할 수는 없다. 그 과정에서 민간거래가 활성화되기 전까지 정부가 일정한 가액으로 실제 감축실적을 구매하였다면 적어도 정부가 구매한 가액만큼의 재산적 가치는 인정할 수 있다.

④ 이 사건 기준이 2015. 7. 29. 산업통상자원부공고 제2015-412호로 개정되어 종전의 ‘정부구매’라는 용어가 ‘정부 인센티브 지원’으로 바뀌고 민간거래에 관한 여러 규정이 삭제되었다. 그 이유는 2015년경 국내 배출권거래제 외부상쇄사업의 시행으로 더 이상 KVER 사업에 따른 감축실적은 상쇄배출권으로 인정되지 않기 때문이었다(한국에너지공단의 사실조회 회신 8항). 그러나 이 사건에서 문제된 2010~2011년 당시 위와 같은 제도 변경이 예정되어 있었다고 인정할 자료가 없는 이상 이 사건 기준의 개정 내용을 근거로 감축실적이 재화가 아니라고 볼 수는 없다.

⑤ 이 사건 기준 제9조에 의하면 정부가 구매한 감축실적의 소유권은 정부에 귀속되고, 공단이 관리하는 원고의 감축실적은 그만큼 삭감된다. 이 사건 기준에 따라 공단에 감축실적을 판매할 의사를 밝힌 사업자는 정부로부터 금원을 지급받는 경우 그에 상응하는 자신의 감축실적을 정부에 양도한다는 의사를 표시하였다고 봄이 상당하고, 감축실적을 관리하고 있는 공단에 대하여 추가로 권리양도의 의사표시를 할 필요는 없다.

2) 이 사건 지급금이 부가가치세 과세표준에 포함되는 국고보조금인지 여부

가) 부가가치세법 제13조 제1항 은 재화 또는 용역의 공급대가를 금전으로 받는 경우 그 대가를 과세표준으로 한다고 규정하면서 제2항 에서 국고보조금은 과세표준에 포함하지 아니한다고 규정하고 있다. 부가가치세법 시행령 제48조 제1항 은 부가가치세 과세표준에는 거래상대자로부터 받은 대금·요금·수수료 기타 명목 여하에 불구하고 대가관계에 있는 모든 금전적 가치 있는 것을 포함한다고 규정하고, 제10항 은 과세표준에 포함하지 않는 국고보조금은 재화 또는 용역의 공급과 직접 관련되지 아니하는 국고보조금으로 한다고 규정하고 있다. 이 사건 지급금이 부가가치세 과세표준에 포함되는지 여부는 이 사건 지급금이 감축실적 공급의 대가인지, 아니면 감축사업의 조성 및 재정상 원조에 해당하는지에 따라 결정된다( 대법원 2014. 4. 24. 선고 2014두601 판결 등 참조).

나) 그런데 앞서 본 바와 같이 감축실적은 장래 수요가 있을 것으로 예상되는 등의 사정에 기초하여 일정한 재산적 가치를 지니고 있고, 사업자가 정부에 감축실적을 판매하는 경우 그 감축실적은 정부에 귀속되어 사업자는 더 이상 감축실적을 판매 또는 이용할 수 없게 되는 점, 정부가 감축실적에 대하여 지급하는 돈은 정부가 구매하는 감축실적의 양에 비례하고, 그 지급단가는 이 사건 기준 제7조에 따라 국제시세의 가격변동율, 감축실적 발생톤, 당해연도 예산규모 등에 따라 정해지는 점 등의 사정을 종합하여 보면, 이 사건 지급금은 사업자가 정부에 감축실적을 공급한 대가로 봄이 타당하고 감축사업의 조성 및 재정상 원조라고 보기는 어려우므로, 부가가치세 과세표준에 포함되어야 한다. 이 부분 원고 주장은 이유 없다.

3) 신의성실의 원칙 위반 여부

일반적으로 조세법률관계에 있어서 과세관청의 행위에 대하여 신의성실의 원칙을 적용하기 위해서는, 과세관청이 납세자에게 신뢰의 대상이 되는 공적인 견해표명을 하여야 하고, 과세관청의 견해표명이 정당하다고 신뢰한 데 대하여 납세자에게 귀책사유가 없어야 하며, 납세자가 그 견해표명을 신뢰하고 이에 따라 무엇인가 행위를 하여야 하고, 과세관청이 위 견해표명에 반하는 처분을 함으로써 납세자의 이익이 침해되는 결과가 초래되어야 한다( 대법원 2009. 10. 29. 선고 2007두7741 판결 참조).

그런데 갑 제8호증의 기재에 의하면 정부의 KVER 사업 위탁을 받은 공단은 2010. 12. 28. 원고에게 ‘2010년 하반기 감축실적 정부구매 실시결과 알림’이라는 제목의 공문에서 ‘정부에서 지급되는 보조금은 부가가치세법 제13조 에 따라 과세표준에 포함되지 않는다.’고 밝힌 사실은 인정되나, 공단은 부가가치세 과세에 관한 권한이 있는 기관이 아닌 점, 따라서 원고가 공단의 견해를 신뢰하였다고 하더라도 원고에게 귀책사유가 없다고 보기 어려운 점 등의 사정에 비추어 보면 이 사건 각 처분이 신의성실의 원칙에 위반된다고 보기 어렵다. 이 부분 원고 주장은 이유 없다.

4) 가산세 부과의 적법 여부

국세기본법 제48조 제1항 은 ‘정부는 이 법 또는 세법에 따라 가산세를 부과하는 경우 납세자가 의무를 이행하지 아니한 데 대한 정당한 사유가 있는 때에는 해당 가산세를 부과하지 아니한다.’고 규정하고 있다. 이에 따라 가산세를 면할 정당한 사유가 있는지가 문제될 때에는 가산세 부과의 근거가 되는 개별 법령 규정의 취지를 충분히 고려하면서, 납세의무자가 그 의무를 알지 못한 것이 무리가 아니었다거나 의무의 이행을 기대하는 것이 무리라고 할 만한 사정이 있어 납세의무자가 의무이행을 다하지 못한 것을 탓할 수 없는 경우에 해당하는지 여부에 따라 판단하여야 한다( 대법원 2016. 10. 13. 선고 2014두39760 판결 참조). 그리고 단순한 법률의 부지나 오해의 범위를 넘어 세법해석상 의의(의의)로 인한 견해의 대립이 있는 등으로 납세의무자가 의무를 알지 못하는 것이 무리가 아니었다고 할 수 있어서 그를 정당시할 수 있는 사정이 있을 때 또는 의무의 이행을 당사자에게 기대하는 것이 무리라고 하는 사정이 있을 때 등 의무를 게을리한 점을 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우에는 이러한 제재를 과할 수 없다( 대법원 2016. 10. 27. 선고 2016두44711 판결 참조).

원고가 공단으로부터 이 사건 지급금을 지급받을 당시는 이 사건 기준에 따른 감축실적 정부구매 제도가 도입된 지 얼마 되지 않은 시기였고, 현실적으로는 감축실적의 구매를 원하는 민간사업자가 없었을 뿐만 아니라 정부구매 이외에는 감축실적을 이용할 방법이 없어, 법령의 규정이나 이 사건 규정, 이 사건 기준의 내용만으로는 감축실적의 판매가 부가가치세 과세대상 재화의 공급에 해당한다는 점을 판단하기 어려웠을 것으로 보인다. 게다가 주관부처로부터 KVER 사업을 위탁받아 수행하는 공단이 이 사건 지급금은 부가가치세 과세대상이 아니라는 견해를 표명한 점에 비추어 보면, 주관부처 역시 감축실적의 판매가 부가가치세 과세대상 재화의 공급인지에 관하여 적법한 판단을 내리지 못하였음을 알 수 있다. 이러한 점에 비추어 보면, 원고가 감축실적의 판매에 관하여 세법상 의무를 알지 못한 데에는 정당한 사유가 있다고 볼 수 있으므로, 이 사건 각 처분 중 가산세 부분은 위법하다. 이 부분 원고 주장은 이유 있다.

3. 결론

원고의 청구는 가산세 부분에 한하여 이유 있어 인용하고 나머지 청구는 이유 없어 기각하며 소송비용은 원고와 피고가 승소비율에 따라 분담하도록 하여 주문과 같이 판결한다.

[별지 각 생략]

판사 하태흥(재판장) 박용근 이정훈

심급 사건

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