2. 소송비용은 피고가 부담한다.

갑 제1호증의 1, 2, 갑 제2 내지 6호증, 을 제1호증의 1 내지 3, 을 제3호증, 을 제4호증의 1의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면, 다음의 각 사실을 인정할 수 있다.

가. 원고는 비상장법인인 주식회사 ○○엔터테인먼트(이하 '○○엔터테인먼트'라 한다)의 주식 138,500주(이하 '이 사건 주식'이라 한다)를 소유하고 있었다.

나. 코스닥 상장법인인 주식회사 ○○○○DVD(이하 '○○○○DVD'라 한다)는 2005. 6. 3. ○○엔터테인먼트와 사이에 주식을 포괄적으로 교환하여 ○○○○DVD를 완전모회사, ○○엔터테인먼트를 완전자회사로 하는 내용의 주식의 포괄적 교환 계약을 체결하였는데, 위 교환계약에는 '1주 미만 단주에 대하여는 주식교환 신주가 코스닥 시장에 상장되는 초일의 종가를 기준으로 계산한 금액을 ○○엔터테인먼트의 주주에게 현금으로 지급한다'는 내용이 포함되어 있었다.

다. 위 교환계약을 체결함에 있어 ○○○○DVD와 ○○엔터테인먼트는 우선 ○○회계법인에 의뢰하여 ○○엔터테인먼트 발행 주식을 1주당 44,075원으로 평가하였다. 한편 ○○○DVD와 ○○엔터테인먼트는 코스닥시장의 거래가액{(최근1개월간 가중산술 평균종가+최근1주일간 가중산술 평균종가+최근일 종가)÷3}을 기초로 하여 ○○○○DVD 주식 1주당 가치를 3,809원으로 산정한 다음 ○○엔터테인먼트 주식 1 주당 ○○○○DVD 주식 11,57082주의 비율로 교환하는 것으로 약정하였다.

라. 위 주식교환계약에 따라 2005. 8. 23. ○○○○DVD는 ○○엔터테인먼트의 완전모회사가 되었고, ○○엔터테인먼트는 ○○○○DVD의 완전자회사가 되었으며, 그 과정에서 원고 소유의 이 사건 주식은 ○○○DVD에게 이전되었고, 원고는 코스닥 상장 법인인 ○○○○DVD의 주주가 되었다.

마. 이후 원고는 2006. 5. 31. 이 사건 주식의 취득가액을 1주당 500원, 양도가액을 위 평가액인 1주당 44,075원으로 보고 양도소득세 603,263,000원과 증권거래세 30,520,000원을 신고ㆍ납부하였다.

바. 그런데, 피고는 이 사건 주식의 양도와 관련한 양도가액은 위 평가액인 1주당 44,075원으로 볼 수 없고, 소득세법상의 기준시가액인 1주당 86,708원으로 보아야 한다는 이유로 원고에 대하여 2007. 5. 1. 양도소득세 688,429,070원을, 2007. 5. 8. 증권거래세 40,098,540원을 경정ㆍ부과하는 이 사건 처분들을 하였다.

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 당사자들의 주장

(1) 원고

위 감정평가액 1주당 44,075원은 이 사건 주식의 양도와 관련된 실지거래가액으로서 원고가 이 사건 주식의 양도소득세 및 증권거래세액을 산정하면서 양도가액을 1주당 44,075원을 기준으로 한 것은 적법하고, 위 주식교환 당시 원고는 ○○○○DVD와 특수관계인의 지위에 있지도 않았고, 위 주식교환이 부당한 거래도 아니어서 원고의 이 사건 주식 양도가 소득세법 제101조가 정한 부당행위계산 부인의 대상이 될 수 없음에도 불구하고, 피고가 이와 달리 보고 한 이 사건 처분들은 부적법하다.

(2) 피고

포괄적 주식교환에 있어서 ○○회계법인의 위 감정평가액은 주식교환비율을 산정하기 위한 평가액에 불과한 것으로서 이를 실지거래가액이라 할 수 없고, 평가대상 법인이 임의로 제시한 추정 재무자료를 근거로 단기간에 졸속 평가되었던 점, 위 교환계약은 ○○○○DVD와 ○○엔터테인먼트의 실질적 최대주주인 원고가 주도한 것으로서 그 목적이 ○○엔터테인먼트의 우회장상에 있었던 점, 주식가치평가는 계속기업을 전제로 하여야 하는데 위 주식가치평가는 계속기업으로서의 가치를 산정한 것이 아닌 점, 매출액 및 총이익을 과대계상하고 발생비용을 계상하지 않는 등으로 위 주식가치 평가시에는 2005년도 1주당 추정이익이 2,072원이었으나, 실제로는 51,565원의 손실이 났고, 2006년도 1주당 추정이익이 8,148원이었으나 실제로는 2006. 상반기에 41,527원의 손실이 난 점, 1주당 본질가치를 62,965원으로 산출한 후 아무런 근거 없이 이를 임의로 30% 할인하여 44,075원으로 교환가액을 산출한 점, 2005. 6. 3. 주식교환계약 체결시 2006. 사업연도 1주당 수익가치 추정액은 8,149원이었으나, 2006. 5. 22. 영업양수도계약시 ○○회계법인이 평가한 2006 사업년도 1주당 수익가치 추정액은 4,976원 손실로 많은 차이를 보이고 있는 점 등에 비추어 보면, ○○회계법인의 ○○엔터테인먼트 주식가치평가는 그 적정성을 인정할 수 없을 정도로 부당하게 평가된 것이어서, 소득세법 제101조가 규정하고 있는 부당행위계산부인의 법리에 따라 위 평가액을 기준으로 양도소득세 등을 산정할 수 없으므로, 원고의 이 사건 주식의 양도와 관련한 양도소득세 및 증권거래세를 산정함에 있어 양도가액을 소득세법상의 기준시가액인 1주당 86,708원으로 보고 한 이 사건 처분들은 적법하다.

나. 관련 법령

상법 제360조의2 (주식의 포괄적 교환에 의한 완전모회사의 설립)

소득세법 제94조 (양도소득의 범위)

소득세법 제96조 (양도가액)

소득세법 제101조 (양도소득의 부당행위계산)

소득세법 제114조 (양도소득과세표준과 세액의 결정ㆍ경정 및 통지)

다. 판단

(1) ○○회계법인의 주식가치평가의 적정성 여부

○○회계법인의 공인회계사인 증인 김○호가 이 법정에서 ○○회계법인의 ○○엔터테인먼트 주식에 대한 가치평가는 증권거래법 및 시행령, 시행규칙에서 정하는 방법에 따라 일반적인 회계기준에 의하여 계속 기업을 전제로 정당하게 평가하였다는 취지로 진술하였는데 그 진술의 신빙성을 의심할 자료가 없는 점, 미래에 대한 불확실성이 많은 엔터테인먼트기업인 ○○엔터테인먼트의 기업 특성상 추정 매출액 및 손익을 정확하게 평가하는 것은 사실상 어려운 점, 피고가 주장하는 실제 경영실적 및 ○○회계법인의 평가는 ○○엔터테인먼트가 ○○○○DVD의 자회사가 되는 등으로 경영환경이 급변한 후 나타난 것으로서 피고 주장의 위 실제 경영 실적이나 ○○회계법인의 평가내용만으로 ○○회계법인의 주식가치평가가 부당한 것이라고 인정하기는 어려운 점, 피고 주장의 실제 경영실적 및 ○○회계법인의 평가에 따르면 위 ○○회계법인의 평가는 이 사건 주식의 가치를 과대평가하였다는 취지로 보이는데 이는 이 사건 주식의 가치가 과소평가되어 양도소득세를 더 납부하여야 한다는 피고의 논리와 모순되는 점, 피고는 원고가 영향력을 행사하여 이 사건 주식의 평가액을 과소평가하도록 하였다는 취지로 주장하나 이 사건 주식의 평가액을 축소하면 원고로서는 교환으로 받을 수 있는 주식 수가 줄게 되어 양도소득세를 덜 내는 이익보다 더 큰 불이익을 받게 됨에도 불구하고 원고가 이 사건 주식의 가치를 과소평가하도록 영향력을 행사하였다는 피고의 주장은 납득하기 어려운 점 등 제반 사정을 참작하면, ○○회계법인의 이 사건 주식가치평가는 적절하게 이루어진 것으로 보이고, 위 주식가치평가가 부당하다는 취지의 피고 주장은 이유 없다.

(2) ○○회계법인의 평가액을 실지거래가액으로 볼 수 있는지 여부

소득세법(2005. 12. 31. 법률 제7837호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제94조 제1항 제3호 다목, 제96조 제2항의 규정에 의하면 거래소에 상장되지 아니한 주식의 양도로 인하여 발생하는 양도소득세를 산정함에 있어 그 양도가액은 양도당시의 실지거래가액에 의하도록 되어 있고, 소득세법 제114조 제5항, 소득세법시행령(2000. 12. 31. 대통령령 제19254호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제176조의2 제1항 제1호, 제3항의 각 규정에 의하여 양도가액을 실지거래가액에 의하여 정하는 경우라 하더라도 양도당시의 실지거래가액의 확인을 위하여 필요한 장부ㆍ매매계약서ㆍ영수증 기타 증빙서류가 없거나 그 중요한 부분이 미비되어 양도당시 또는 취득당시의 실지거래가액을 인정 또는 확인할 수 없는 경우에는 매매사례가액, 감정가액, 환산가액 또는 기준시가 등에 의하여 추계조사하여 결정 또는 경정할 수 있다.

일반적으로 양도소득세액의 산정기준이 되는 실지양도가액이라 함은 거래 당시 양도자가 당해 자산을 양도함에 있어서 그 대가로 지급받은 가액으로서 매매계약 기타 증빙자료에 의하여 객관적으로 인식되는 가액을 말하고, 사후에 양도 당시로 소급하여 한 시가감정에 의하여 파악되는 양도당시의 객관적인 교환가치에 의한 가액을 가리키는 것은 아니다(대법원 1992. 5. 12. 선고 91누10848 판결 등 참조). 다만, 양도소득세의 과세대상이 되는 거래가 단순한 교환인 경우에는 그 실지양도가액을 확인할 수 없다고 할 것이지만, 교환대상 목적물에 대한 시가감정을 하여 그 감정가액의 차액에 대한 정산절차를 수반한 교환의 경우에는 그 실지양도가액을 확인할 수 있는 경우에 해당하고, 이 경우 교환으로 양도되는 목적물의 소유자가 교환으로 취득하는 목적물의 감정가액과의 차액을 현금으로 지급받는 경우에는 교환으로 취득하는 목적물의 감정가액과 그 현금을 합한 금액이 교환으로 양도되는 목적물의 실지양도가액이 된다고는 할 것이다(대법원 1997. 2. 11. 선고 96누860 판결 참조).

돌이켜 이 사건에서 보건대, 위 인정사실에 의하여 인정되는 다음과 같은 점 즉, 코스닥 상장법인인 ○○○○DVD가 ○○엔터테인먼트와 사이에 주식을 포괄적으로 교환하여 ○○○○DVD를 완전모회사, ○○엔터테인먼트을 완전자회사로 하는 내용의 주식의 포괄적 교환에 관한 계약을 체결하여 그 이행과정에서 이 사건 주식 또한 ○○○○DVD 주식으로 교환된 점, 위 주식교환시 비상장회사인 ○○엔터테인먼트의 주식 1주당 가치는 ○○회계법인이 증권거래법 등 관련 규정에 따라 적정하게 평가한 감정평가액을 기초로 하여 산정되었고, 상장회사인 ○○○○DVD의 주식 1주당 가치는 실제 거래소에서 거래되는 가액을 기준으로 평가되어 그 가치 평가가 객관성을 지니고 있는 점, 포괄적 주식 교환의 방법으로 주식을 취득하는 경우 교환되는 주식들의 가치를 평가하여 평가된 가치에 해당하는 수의 주식을 새로 취득하고 그 과정에서 단주 발생시에는 현금으로 정산되어 그 교환은 합의된 가치의 교환으로 볼 수도 있는 점, 상장 주식을 교환으로 취득한 경우 그 환가 및 가액 평가가 용이하여 환가 및 평가가 어려운 물건을 교환하는 경우와 달리 볼 수 있는 점 등 제반 사정을 참작하면, 주식교환 과정에서 ○○엔터테인먼트의 주식 1주당 가액으로 평가된 44,075원은 이 사건의 주식의 교환거래에 있어서 적용된 실지거래가액이고 그 가액은 관련 서류에 의하여 확인 가능한 것이어서, 위 평가액 44,075원은 이 사건 주식의 양도와 관련한 양도소득세 및 증권거래세 산정의 기준이 되는 실지거래가액으로 봄이 상당하여, 이 부분에 대한 원고의 주장이 이유 있고, 피고의 주장은 이유 없다.

(3) 부당행위계산부인의 대상이 되는지 여부

제(1)항에 살펴본 바와 같이 ○○회계법인의 주식가치평가는 적정하게 이루어졌으므로, 적정하게 평가된 가치에 따라 양도된 이 사건 주식의 교환거래를 들어 소득세법 제101조 제1항이 정한 소득에 대한 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우라고 할 수 없어 나머지 부당행위계산부인의 요건에 대하여는 더 살필 필요 없이 이 부분에 대한 피고 주장은 이유 없다.

(4) 소결론

따라서, 이 사건 주식의 양도와 관련하여 ○○회계법인이 평가한 1주당 44,075원은 이 사건 주식의 양도와 관련한 실지거래가액으로서 원고는 이 금액을 기준으로 양도소득세 및 증권거래세를 납부하면 된다 할 것이어서, 피고가 이와 달리 보고 소득세법상의 이 사건 주식의 기준시가액인 1주당 86,708원을 양도가액으로 보고 한 이 사건 처분들은 위법하다.

3. 결론

그렇다면, 위법한 이 사건 처분들의 취소를 구하는 원고의 청구는 이유 있어 이를 인용한다.