가. 청구법인은 2018.7.19. OOO 토지 661㎡를 취득한 후 같은 날 처분청에 취득가액 OOO을 과세표준으로 하여 산출한 취득세 OOO을 신고·납부하였고, 2018.12.24. 위 토지상에 건축물 1,078.72㎡(위 토지와 함께 이하 “쟁점부동산”이라 한다)를 신축하여 사용승인을 받아 취득한 후 취득가격 OOO을 과세표준으로 하여 산출한 취득세 OOO을 신고·납부하였다.

나. 청구법인은 위 건축물 중 149.6㎡를 본점 사업용으로 사용함에 따라 동 건축물 및 부속토지가 「지방세법」 제13조 제1항에 규정된 중과세율 적용대상인 것으로 보아, 2019.1.2. 처분청에 동 건축물 및 부속토지의 취득가격(건축물OOO원, 토지 OOO)을 과세표준으로 하고 중과세율을 적용하여 산출한 건축물분 취득세 OOO 및 토지분 취득세 OOO을 신고·납부하였다.

다. 청구법인은 2019.5.17. 쟁점부동산이 「지방세특례제한법」제58조의3에 따른 창업벤처중소기업이 취득하는 것으로서 취득세 등의 감면대상이라는 취지의 경정청구를 하였으나, 처분청은 청구법인이 쟁점부동산의 취득일 현재 벤처기업확인서상 유효기간이 만료되어 창업벤처중소기업에 해당하지 아니한다는 이유로 2019.7.16. 이를 거부하는 통지를 하였다.

라. 청구법인은 이에 불복하여 2019.8.16. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 청구법인은 2013.11.28. OOO에서 플라스틱 사출 및 금형업(제조업)을 목적사업으로 하여 설립되었고, 창업일부터 3년 이내인 2016.2.29. OOO으로부터 유효기간을 2016.2.29.부터 2018.2.28.까지로 하여 벤처기업으로 확인을 받아 창업벤처중소기업이 되었으나, 유효기간 갱신을 신청하지 않았을 뿐 벤처인증기간이 만료된 날부터 현재까지 사업의 내용은 동일하고, 벤처기업요건에 해당하지 아니한 사실은 없다.

(2) 처분청은 유효기간이 만료된 OOO은 ‘취소된 창업벤처중소기업’과 같다는 의견이나, 다수의 심판 결정례(조심 2018서2607 등)에서 「벤처기업육성에 관한 특별조치법」상 벤처기업 확인서의 유효기간 만료는 취소가 아니고, 벤처기업 확인의 취소 사유에 해당하지 않는다고 결정하였으며, 법령상 유효기간이 만료된 부분을 마치 취소인 것처럼 회신한 OOO 담당자의 의견은 문서로 확인된 사항도 아니다.

또한, 청구법인의 목적사업 변경부분도 동일한 사업부분이 일부 추가된 것에 불과하고, 기계를 보유하여 제조하는 동일한 사업을 계속 영위하고 있으며, 법인대표자의 변경은 동업을 하다가 의견차이로 인한 대표자 변경에 불과하다.

(3) 「조세특례제한법」 제6조에서는 창업중소기업 등에 대한 세액감면의 혜택 중 벤처기업의 확인이 취소되거나 벤처기업의 유효기간이 만료된 경우 소득세 및 법인세의 감면을 적용하지 아니한다고 명시되어 있는 반면에, 「지방세특례제한법」제58조의3은 창업한 후 3년 이내에 벤처기업으로 확인을 받은 기업은 확인일부터 4년 이내 취득한 부동산에 대하여 취득세 등을 경감을 받을 수 있다고만 규정되어 있을 뿐, 유효기간이 만료될 경우에 대한 명시적인 규정이 없으므로, 청구법인은 창업일부터 3년 이내에 「벤처기업육성에 관한 특별조치법」제25조에 따라 벤처기업으로 확인을 받았고, 그 확인받은 날부터(2016.2.29.) 4년 이내인 2018.7.19. 취득한 쟁점부동산은 취득세 경감대상에 해당한다 할 것이다.

나. 처분청 의견

(1) 청구법인은 2013.11.28. 설립(창업)된 후 유효기간을 2016.2.29.부터 2018.2.28.까지로 하고 주형 및 금형 제조업을 업종으로 하여 창업벤처중소기업으로 확인을 받았으나, 그 후 연장 요청을 하지 않았는바, 쟁점부동산의 취득 당시에 청구법인은 「지방세특례제한법」 제58조의3 제1항 제2호의 「벤처기업육성에 관한 특별조치법」에 따라 벤처기업으로 확인받은 기업에 해당하지 않는다 할 것이다. 즉, 청구법인이 쟁점부동산을 취득한 날(2018.7.16.)에 벤처기업 확인서상의 유효기간(2016.2.9.〜2018.2.28.)이 종료되었고, 이후 벤처기업 확인서를 갱신·연장한 내역도 없다.

(2) 청구법인은 벤처인증기간이 만료된 날부터 현재까지의 기간동안 사업의 내용에 변동이 없다고 주장하나, 벤처기업 확인서상 대표자는 김기렬이나 현재는 최명수로 변경되었고, 2016.7.8. 창업당시와 다른 업종을 추가 등기하는 등 유효기간 만료 후부터 현재까지 같은 내용의 사업을 영위하였다고 보기 어렵다 할 것이다.

(3) 2015년 「지방세특례제한법」에 창업중소기업에 대한 감면규정이 신설되면서 그 당시 조세특례제한법을 차용하여 사용하였으나, 「조세특례제한법」 제6조 제2항 제2호에서 벤처기업확인서의 유효기간이 만료된 경우 유효기간 만료일이 속하는 과세연도부터 소득세 및 법인세는 감면은 적용하지 않도록 2017년부터 개정한바, 이는 벤처인증 기간이 만료된 상태의 청구법인이 취득한 쟁점부동산은 취득세 감면 요건을 충족하는 것으로 보기는 어렵다 할 것이고, 처분청이 청구법인의 벤처기업 유효기간 만료 후에도 벤처기업에 해당하는지 여부에 대하여, OOO에 질의하여 회신 받았는바, 인증이 만료된 벤처기업의 확인서는 효력은 없고, 이는 취소와 같으며, 유효기간 연장 신고는 없었다는 내용이다.

따라서, 쟁점부동산은 「지방세특례제한법」제58조의3 제1항 제2호 규정에 의한 창업벤처중소기업 감면대상에 해당하지 않는 것으로 보아 경정청구를 거부한 이 건 처분은 잘못이 없다 할 것이다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

청구법인이 취득한 쟁점부동산이 「지방세특례제한법」 제58조의3 제1항에 따른 취득세 등의 감면대상인지 여부

나. 관련 법령 : ＜별지＞ 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인 및 처분청이 제출한 자료에 의하면 아래와 같은 사실이 확인된다.

(가) 청구법인은 2013.11.28. OOO을 사업장소재지로 하고, 플라스틱 사출 및 금형 등의 제조업 등을 목적사업으로 하여 설립되었으며, 2016.2.29. OOO으로부터 벤처기업으로 확인을 받았다.

(나) 청구법인은 2018.7.19. OOO 토지 661㎡를 취득한 후 같은 날 처분청에 취득가액OOO과세표준으로 하여 산출한 취득세 OOO을 신고·납부하였고, 2018.12.24. 위 토지상에 건축물 1,078.72㎡를 신축하여 사용승인을 받아 취득한 후 취득가격 OOO을 과세표준으로 하여 산출한 취득세 OOO을 신고·납부하였다.

(다) 청구법인은 2019.5.17. 쟁점부동산이 「지방세특례제한법」제58조의3에 따른 OOO이 취득하는 것으로서 취득세 등의 감면대상이라는 취지의 경정청구를 하였으나, 처분청은 청구법인이 쟁점부동산의 취득일 현재 OOO에 해당하지 아니한다는 이유로 2018.7.16. 이를 거부하는 통지를 하였다.

(라) 청구법인의 등기사항일부증명서의 주요내용은 아래와 같다.

OOO

(마) OOO이 2016.2.29. 발행한 벤처기업 확인서에 의하면, 대상법인은 청구법인, 대표자는 OOO 유효기간은 2016년 2월 29일부터 2018년 2월 28일까지로 기재되어 있고, 이 업체는 「벤처기업 육성에 관한 특별조치법」제25조의 규정에 의하여 벤처기업임을 확인한다는 내용이 나타난다.

(바) 처분청이 2019.7.5. OOO에 유효 기간 만료 후에도 벤처기업으로 인정되는지 여부 등에 대하여 질의하였고,OOO은 내부 지침상 회신공문은 보낼 수 없으나, 유효 기간 만료 후에는 벤처기업확인서의 효력은 없고, 이는 취소와 같으며, 청구법인의 유효기간 연장 신고는 없었다는 회신을 하였다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다.

「지방세특례제한법」(2017.12.26. 법률 제15295호로 개정된 것) 제58조의3 제1항에서 「중소기업창업 지원법」 제2조 제1호에 따른 창업을 한 기업으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 기업이 해당 사업을 하기 위하여 대통령령으로 정하는 날(이하 이 조에서 "창업일"이라 한다)부터 4년 이내에 취득하는 부동산에 대해서는 취득세의 100분의 75에 상당하는 세액을 경감하되 이 경우 제2호의 경우에는 「벤처기업육성에 관한 특별조치법」 제25조 에 따라 벤처기업으로 확인받은 날(이하 이 조에서 "확인일"이라 한다)부터 4년간 경감한다고 규정하면서 그 제2호에서 2020년 12월 31일까지 「벤처기업육성에 관한 특별조치법」 제2조 제1항에 따른 벤처기업 중 대통령령으로 정하는 기업으로서 창업일부터 3년 이내에 같은 법 제25조에 따라 벤처기업으로 확인받은 기업(이하 이 조에서 "창업벤처중소기업"이라 한다)을 규정하고 있다.

처분청은 쟁점부동산이 취득세 등의 감면대상이 아니라는 의견이나, 청구법인은 2013.11.28. 제조업 등을 목적사업으로 하여 설립되었고 그로부터 3년 이내인 2016.2.29. OOO으로부터 벤처기업으로 확인을 받은 후 그로부터 4년 이내인 2018.7.19. 등에 쟁점부동산을 취득하였으므로 쟁점부동산은 「지방세특례제한법」 제58조의3 제1항에서 제2호에 따른 취득세 등의 감면요건을 충족한 것으로 보는 것이 타당한 점, 「조세특례제한법」(2016.12.20. 법률 제14390호로 개정된 것) 제6조 제2항 제2호에서는 「벤처기업육성에 관한 특별조치법」 제25조 제2항에 따른 벤처기업확인서의 유효기간이 만료된 경우(해당 과세연도 종료일 현재 벤처기업으로 재확인받은 경우는 제외한다)에는 소득세 또는 법인세의 감면을 적용하지 아니한다고 규정하고 있으나 창업벤처중소기업에 대한 취득세 등의 감면을 규정한 「지방세특례제한법」에는 위와 같은 규정이 없는 점, 청구법인과 같이 정당하게 창업벤처중소기업으로 인정받아 4년의 감면기간을 부여받은 기업에 대하여 법령에 근거 없이 4년의 감면기간을 축소하거나 박탈하는 것은 조세법률주의 원칙상 타당하지 아니하고, 「지방세특례제한법」 제58조의3에서 벤처기업확인서상 유효기간이 만료된 경우 창업벤처중소기업에 대하여 취득세 등의 감면을 배제하겠다는 규정이 없으므로 청구법인이 벤처기업확인서상 유효기간이 만료된 이후에 쟁점부동산을 취득하였다 하더라도 취득세 등의 감면대상이 아닌 것으로 보기 어려운 점, 「조세특례제한법」(2016.12.20. 법률 제14390호로 개정된 것) 제6조 제2항 제2호에서 벤처기업확인서의 유효기간이 만료된 경우에는 소득세 또는 법인세의 감면을 적용하지 아니한다는 규정이 신설되기 전에 우리 원은 벤처기업확인서상 유효기간이 만료된 경우에도 법인세 등을 감면받을 수 있다고 결정(조심 2016중1262, 2016.10.24.)한 점 등에 비추어, 청구법인은 설립일부터 3년 이내에 벤처기업으로 확인받은 기업으로서 OOO에 해당하고, 쟁점부동산은 청구법인이 벤처기업으로 확인받은 날부터 4년 이내에 취득한 것으로서 취득세 등의 감면대상으로 보는 것이 타당하므로 처분청이 이 건 취득세 등의 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 있다고 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 ｢지방세기본법｣ 제96조 제6항과 ｢국세기본법｣ 제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

＜별지＞ 관련 법령

(1) 지방세특례제한법(2017.12.26. 법률 제15295호로 개정된 것)

제58조의3(창업중소기업 등에 대한 감면) ① 「중소기업창업 지원법」 제2조 제1호에 따른 창업을 한 기업으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 기업이 해당 사업을 하기 위하여 대통령령으로 정하는 날(이하 이 조에서 "창업일"이라 한다)부터 4년 이내에 취득하는 부동산에 대해서는 취득세의 100분의 75에 상당하는 세액을 경감한다. 이 경우 제2호의 경우에는 「벤처기업육성에 관한 특별조치법」 제25조에 따라 벤처기업으로 확인받은 날(이하 이 조에서 "확인일"이라 한다)부터 4년간 경감한다.

1. 2020년 12월 31일까지 수도권과밀억제권역 외의 지역에서 창업한 중소기업(이하 이 조에서 "창업중소기업"이라 한다)

2. 2020년 12월 31일까지 「벤처기업육성에 관한 특별조치법」 제2조제1항에 따른 벤처기업 중 대통령령으로 정하는 기업으로서 창업일부터 3년 이내에 같은 법 제25조에 따라 벤처기업으로 확인받은 기업(이하 이 조에서 "창업벤처중소기업"이라 한다)

② 2020년 12월 31일까지 창업하는 창업중소기업 및 창업벤처중소기업이 해당 사업에 직접 사용(임대는 제외한다)하는 부동산(건축물 부속토지인 경우에는 대통령령으로 정하는 공장입지기준면적 이내 또는 대통령령으로 정하는 용도지역별적용배율 이내의 부분만 해당한다)에 대해서는 창업일(창업벤처중소기업의 경우에는 확인일)부터 3년간 재산세( 「지방세법」 제111조에 따라 부과된 세액을 말한다. 이하 이 조에서 같다)를 면제하고, 그 다음 2년간은 재산세의 100분의 50에 상당하는 세액을 경감한다.

④ 창업중소기업과 창업벤처중소기업의 범위는 다음 각 호의 업종을 경영하는 중소기업으로 한정한다.

1. 광업

2. 제조업

⑥ 제1항부터 제4항까지의 규정을 적용할 때 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우는 창업으로 보지 아니한다.

1. 합병ㆍ분할ㆍ현물출자 또는 사업의 양수를 통하여 종전의 사업을 승계하거나 종전의 사업에 사용되던 자산을 인수 또는 매입하여 같은 종류의 사업을 하는 경우. 다만, 종전의 사업에 사용되던 자산을 인수하거나 매입하여 같은 종류의 사업을 하는 경우 그 자산가액의 합계가 「부가가치세법」 제5조제2항에 따른 사업개시 당시 토지ㆍ건물 및 기계장치 등 대통령령으로 정하는 사업용자산의 총가액에서 차지하는 비율이 100분의 50 미만으로서 대통령령으로 정하는 비율 이하인 경우는 제외한다.

2. 거주자가 하던 사업을 법인으로 전환하여 새로운 법인을 설립하는 경우

3. 폐업 후 사업을 다시 개시하여 폐업 전의 사업과 같은 종류의 사업을 하는 경우

4. 사업을 확장하거나 다른 업종을 추가하는 경우 등 새로운 사업을 최초로 개시하는 것으로 보기 곤란한 경우

(2) 지방세특례제한법 시행령(2017.12.29. 대통령령 제28525호로 개정된 것)

제29조의2(창업중소기업 등의 범위) ② 법 제58조의3 제1항 제2호에서 "대통령령으로 정하는 기업"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 기업을 말한다.

1. 「벤처기업육성에 관한 특별조치법」 제2조의2의 요건을 갖춘 중소기업(같은 조 제1항 제2호 나목에 해당하는 중소기업은 제외한다)

(3) 벤처기업육성에 관한 특별조치법

제2조(정의) ① "벤처기업"이란 제2조의2의 요건을 갖춘 기업을 말한다.

제2조의2(벤처기업의 요건) ① 벤처기업은 다음 각 호의 요건을 갖추어야 한다

1. 「중소기업기본법」제2조에 따른 중소기업(이하 "중소기업"이라 한다)일 것

2. 다음 각 목의 어느 하나에 해당할 것

가. 다음 각각의 어느 하나에 해당하는 자의 투자금액의 합계(이하 이 목에서 "투자금액의 합계"라 한다) 및 기업의 자본금 중 투자금액의 합계가 차지하는 비율이 각각 대통령령으로 정하는 기준 이상인 기업

(1) 「중소기업창업 지원법」 제2조 제4호에 따른 중소기업창업투자회사(이하 "중소기업창업투자회사"라 한다)

(2) 「중소기업창업 지원법」 제2조제5호에 따른 중소기업창업투자조합(이하 "중소기업창업투자조합"이라 한다)

(3) 「여신전문금융업법」에 따른 신기술사업금융업자(이하 "신기술사업금융업자"라 한다)

(4) 「여신전문금융업법」에 따른 신기술사업투자조합(이하 "신기술사업투자조합"이라 한다)

(5) 제4조의3에 따른 한국벤처투자조합

(6) 제4조의9에 따른 전담회사

(7) 중소기업에 대한 기술평가 및 투자를 하는 금융기관으로서 대통령령으로 정하는 기관

(8) 투자실적, 경력, 자격요건 등 대통령령으로 정하는 기준을 충족하는 개인

나. 기업(「기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률」 제14조의2제1항에 따라 인정받은 기업부설연구소를 보유한 기업만을 말한다)의 연간 연구개발비와 연간 총매출액에 대한 연구개발비의 합계가 차지하는 비율이 각각 대통령령으로 정하는 기준 이상이고, 대통령령으로 정하는 기관으로부터 사업성이 우수한 것으로 평가받은 기업

다. 다음 각각의 요건을 모두 갖춘 기업[창업하는 기업에 대하여는 (3)의 요건만 적용한다]

(1) 「기술보증기금법」에 따른 기술보증기금(이하 "기술보증기금"이라 한다)이 보증(보증가능금액의 결정을 포함한다)을 하거나, 「중소기업진흥에 관한 법률」 제68조에 따른 중소기업진흥공단(이하 "중소기업진흥공단"이라 한다) 등 대통령령으로 정하는 기관이 개발기술의 사업화나 창업을 촉진하기 위하여 무담보로 자금을 대출(대출가능금액의 결정을 포함한다)할 것

(2) (1)의 보증 또는 대출금액과 그 보증 또는 대출금액이 기업의 총자산에서 차지하는 비율이 각각 대통령령으로 정하는 기준 이상일 것

(3) (1)의 보증 또는 대출기관으로부터 기술성이 우수한 것으로 평가를 받을 것

제25조(벤처기업의 해당 여부에 대한 확인) ① 벤처기업으로서 이 법에 따른 지원을 받으려는 기업은 벤처기업 해당 여부에 관하여 기술보증기금 등 대통령령으로 정하는 기관이나 단체(이하 "벤처기업확인기관"이라 한다)의 장에게 확인을 요청할 수 있다.

② 벤처기업확인기관의 장은 제1항에 따라 확인 요청을 받으면 중소벤처기업부령으로 정하는 기간 내에 확인하여 그 결과를 요청인에게 알려야 한다. 이 경우 그 기업이 벤처기업에 해당될 때에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 유효기간을 정하여 벤처기업확인서를 발급하여야 한다.

제25조의2(벤처기업 확인의 취소) ① 벤처기업확인기관의 장은 벤처기업이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하면 제25조 제2항에 따른 확인을 취소할 수 있다. 다만, 제1호에 해당하는 경우에는 확인을 취소하여야 한다.

1. 거짓이나 그 밖의 부정한 방법으로 벤처기업임을 확인받은 경우

2. 제2조의2의 벤처기업의 요건을 갖추지 아니하게 된 경우

3. 휴업ㆍ폐업 또는 파산 등으로 대통령령으로 정하는 기간 동안 기업활동을 하지 아니하는 경우

4. 대표자ㆍ최대주주 또는 최대출자사원 등이 기업재산을 유용(流用)하거나 은닉(隱匿)하는 등 기업경영과 관련하여 주주ㆍ사원 또는 이해관계인에게 피해를 입힌 경우 등 대통령령으로 정하는 경우

(4) 벤처기업육성에 관한 특별조치법 시행령

제18조의4(벤처기업확인서의 유효기간) 법 제25조 제2항 후단에 따른 벤처기업확인서의 유효기간은 확인일부터 2년으로 한다.

(5) 조세특례제한법(2016.12.20. 법률 제14390호로 개정된 것)

제6조(창업중소기업 등에 대한 세액감면) ② 「벤처기업육성에 관한 특별조치법」 제2조 제1항에 따른 벤처기업(이하 "벤처기업"이라 한다) 중 대통령령으로 정하는 기업으로서 창업 후 3년 이내에 같은 법 제25조에 따라 2021년 12월 31일까지 벤처기업으로 확인받은 기업(이하 "창업벤처중소기업"이라 한다)의 경우에는 그 확인받은 날 이후 최초로 소득이 발생한 과세연도(벤처기업으로 확인받은 날부터 5년이 되는 날이 속하는 과세연도까지 해당 사업에서 소득이 발생하지 아니하는 경우에는 5년이 되는 날이 속하는 과세연도)와 그 다음 과세연도의 개시일부터 4년 이내에 끝나는 과세연도까지 해당 사업에서 발생한 소득에 대한 소득세 또는 법인세의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면한다. 다만, 제1항을 적용받는 경우는 제외하며, 감면기간 중 다음 각 호의 사유가 있는 경우에는 다음 각 호의 구분에 따른 날이 속하는 과세연도부터 감면을 적용하지 아니한다.

1. 벤처기업의 확인이 취소된 경우: 취소일

2. 「벤처기업육성에 관한 특별조치법」 제25조 제2항에 따른 벤처기업확인서의 유효기간이 만료된 경우(해당 과세연도 종료일 현재 벤처기업으로 재확인받은 경우는 제외한다): 유효기간 만료일

(6) 조세특례제한법(2016.12.20. 법률 제14390호로 개정되기 전의 것)

제6조(창업중소기업 등에 대한 세액감면) ② 「벤처기업육성에 관한 특별조치법」 제2조 제1항에 따른 벤처기업(이하 "벤처기업"이라 한다) 중 대통령령으로 정하는 기업으로서 창업 후 3년 이내에 같은 법 제25조에 따라 2018년 12월 31일까지 벤처기업으로 확인받은 기업(이하 "창업벤처중소기업"이라 한다)의 경우에는 그 확인받은 날 이후 최초로 소득이 발생한 과세연도(벤처기업으로 확인받은 날부터 5년이 되는 날이 속하는 과세연도까지 해당 사업에서 소득이 발생하지 아니하는 경우에는 5년이 되는 날이 속하는 과세연도)와 그 다음 과세연도의 개시일부터 4년 이내에 끝나는 과세연도까지 해당 사업에서 발생한 소득에 대한 소득세 또는 법인세의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면한다. 다만, 제1항을 적용받는 경우는 제외하며, 감면기간 중 벤처기업의 확인이 취소된 경우에는 취소일이 속하는 과세연도부터 감면을 적용하지 아니한다.