1. 구 소득세법(2012. 1. 1. 법률 제11146호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘소득세법’이라고 한다) 제94조 제1항 제1호 는 과세대상인 양도소득의 하나로서 ‘토지 또는 건물의 양도로 발생하는 소득’을 규정하고, 제95조 제2항 은 양도차익에서 차감할 장기보유특별공제액을 규정하면서 그 본문에서 ‘ 소득세법 제94조 제1항 제1호 에 따른 자산으로서 보유기간이 3년 이상인 것에 대하여 그 자산의 양도차익에 〈표 1〉(보유기간에 따라 100분의 10부터 100분의 30까지)에 규정된 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액’을, 그 단서에서 ‘대통령령으로 정하는 1세대 1주택에 해당하는 자산의 경우에는 그 자산의 양도차익에 〈표 2〉(보유기간에 따라 100분의 24부터 100분의 80까지)에 규정된 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액’을 각각 들고 있으며, 제95조 제4항 본문은 “제2항에서 규정하는 자산의 보유기간은 그 자산의 취득일부터 양도일까지로 한다.”고 규정하고 있다.

그리고 구 소득세법 시행령(2010. 12. 30. 대통령령 제22580호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘소득세법 시행령’이라고 한다) 제159조의2 는 “ 법 제95조 제2항 〈표〉 외의 부분 단서에서 ‘대통령령으로 정하는 1세대 1주택’이란 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 소유하고 있는 경우의 그 주택( 제155조 · 제155조의2 · 제156조의2 및 그 밖의 규정에 의하여 1세대 1주택으로 보는 주택을 포함한다)을 말한다.”고 규정하고, 제154조 제8항 제1호 는 “1세대 1주택의 거주기간 또는 보유기간을 계산함에 있어서 거주하거나 보유하는 중에 노후 등으로 인하여 멸실되어 재건축한 주택의 경우 그 멸실된 주택과 재건축한 주택에 대한 거주기간 및 보유기간을 통산한다.”고 규정하고 있다. 한편 소득세법 시행령 제154조 제3항 단서는 “주택의 연면적이 주택 외의 부분의 연면적보다 적거나 같을 때에는 주택 외의 부분은 주택으로 보지 아니한다.”고 규정하고 있다.

위 규정들의 내용과 1세대 1주택에 대하여 별도로 더 높은 비율의 장기보유특별공제율을 정한 취지 등에 비추어 보면, 장기보유특별공제를 적용하기 위한 보유기간은 소득세법 제94조 제1항 제1호 에 규정된 자산을 계속하여 보유한 기간만을 통산하여야 하므로 그것이 멸실되었다가 신축되거나 다른 공제율을 적용하여야 하는 자산으로 변동된 경우에는 그 보유기간을 통산할 수 없음이 원칙이라고 할 것이다. 다만 재건축·재개발 조합원이 기존주택과 토지를 제공하고 취득한 조합원입주권에 기하여 새로운 주택을 취득한 경우에는 소득세법 시행령 제159조의2 에 의한 1세대 1주택에 해당하면 기존주택과 조합원입주권 등의 보유기간까지 통산하여 소득세법 제95조 제2항 의 〈표 2〉에 규정된 장기보유특별공제율을 적용하여야 할 것이나 ( 대법원 2007. 6. 14. 선고 2006두16854 판결 참조), 상가의 연면적이 주택의 연면적보다 크거나 같은 겸용주택을 제공하고 취득한 조합원입주권에 기하여 새로운 주택을 취득한 경우에는 종전 겸용주택의 상가 부분과 그에 상응한 새로운 주택 부분은 이를 1세대 1주택으로 보아 그 보유기간을 통산할 만한 아무런 법률적 근거가 없으므로 종전 겸용주택의 상가 부분과 새로운 주택 부분은 소득세법 제95조 제2항 의 〈표 1〉과 〈표 2〉에 규정된 장기보유특별공제율을 적용하기 위한 보유기간을 각각 계산하여야 한다 .

2. 원심이 인용한 제1심판결 이유에 의하면, 원고는 1985. 1. 1. 전에 취득하여 보유하고 있던 종전 겸용주택(상가 365.89㎡, 주택 85.79㎡, 공용면적 51.74㎡, 합계 503.42㎡)을 도시 및 주거환경정비법에 따른 주택재개발사업을 하는 정비사업조합에 제공하고 그에 관한 조합원입주권을 보유하다가 2005. 3. 24. 관리처분계획의 인가에 따라 서울 용산구 용산동5가 ○○타워 (동호수 생략)(전용면적 243.85㎡, 이하 ‘이 사건 주택’이라고 한다)를 취득한 사실, 원고는 2010. 3. 8. 제3자에게 1세대 1주택 요건을 충족한 고가주택인 이 사건 주택을 5,650,000,000원에 양도한 사실 등을 알 수 있다.

이러한 사실관계를 앞서 본 법리에 비추어 살펴보면, 이 사건 주택 중 종전 겸용주택의 주택 부분에 상응한 부분은 1세대 1주택으로 보아 종전 겸용주택의 주택 부분과 그 보유기간을 통산하여 소득세법 제95조 제2항 의 〈표 2〉에 규정된 1세대 1주택의 장기보유특별공제율을 적용하여야 하고, 이 사건 주택 중 종전 겸용주택의 상가 부분에 상응한 부분은 종전 겸용주택의 상가 부분과 각각 그 보유기간을 계산하여 소득세법 제95조 제2항 의 〈표 1〉과 〈표 2〉에 규정된 장기보유특별공제율을 별도로 적용하여야 한다.

그럼에도 원심은 이와 달리 종전 겸용주택 중 상가 부분에 대하여 소득세법 제95조 제2항 의 〈표 1〉에 규정된 장기보유특별공제율 30%(10년 이상 보유)를 적용하여야 할 뿐만 아니라, 이 사건 주택 중 종전 겸용주택의 상가 부분에 대하여도 종전 겸용주택의 취득일로부터 이 사건 주택의 양도일까지 10년 이상 보유한 것으로 보아 소득세법 제95조 제2항 의 〈표 2〉에 규정된 장기보유특별공제율 80%(10년 이상 보유)를 적용하여야 한다고 판단하였으니, 이러한 원심의 판단에는 소득세법 제95조 제2항 이 규정한 장기보유특별공제를 적용하기 위한 보유기간의 계산방법 등에 관한 법리를 오해하여 판결에 영향을 미친 위법이 있다고 할 것이다. 이 점을 지적하는 상고이유는 이유 있다.

3. 그러므로 원심판결을 파기하고, 사건을 다시 심리·판단하게 하기 위하여 원심법원에 환송하기로 하여, 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.