원판결 이유에 의하면 원심은 피고가 세무조사결과 원고 법인의 이중장부를 적출하여 그 장부에 의해 인정되는 누락 수입을 과세표준에 가산하였으나, 위 장부에는 수입금액 외에 경비명세도 기재되어 있어 그 기재에 의하면 각 사업연도의 비용합계액이 신고된 수입금액보다도 많고 원고가 수입금액을 과소신고함에 있어 비용역시 실지금액보다 적게 신고한 사실이 인정되는데도 원고가 신고한 비용만을 공제함으로써 결과적으로 비용이 계상되지 아니한 누락수입 전액을 과세표준금액에 가산한 피고의 처분은 위법하다고 판단하고 나서, 소득금액계산에 필요한 증빙서류가 없거나 미비하여 실지조사에 의해 비용산출할 수 없으니 법인세법 제32조 제3항 단서, 그 시행령 제93조 제1항 제1호 소정의 추계사유에 해당된다고 보고 서비스, 위생서비스업종의 소득표준율을 적용하여 과세표준 및 세액을 산출한 다음 위 정당세액을 초과하는 부과처분을 취소하였다.

그러나 누락수입에 대하여 실질조사결정에 의해 과세처분을 할 때에는 그 누락수입에 대응하는 별도비용의 지출이 있었다고 볼 증거가 없는 한 그 수입액 전체가 소득액에 가산되어야 하고 누락수입에 대응하는 비율도 선고누락되었다는 점에 관하여는 그 별도의 공제를 구하는 납세의무자가 주장입증하여야 하며, 또 실지조사방법에 의하여 소득금액을 결정할 수 있는 때에는 추계조사방법으로 결정할 수 없는 것이라 하겠다 ( 1987.10.13. 선고 85누1004 판결 ; 1990.12.11. 선고 90누42 판결 등 참조).

원심이 원고의 이중장부에 경비명세가 기재되어 있는 실지비용액이 원고가 신고한 비용액보다 많은 사실이 인정된다고 하면서도 한편으로는 실질조사에 의해 비용산출할 수 없다고 보아 소득금액 계산에 필요한 증빙서류가 없거나 미비하므로 추계사유에 해당된다고 판단한 것은 누락수입에 대응하는 별도비용 지출의 증빙이 없더라도 반드시 비용공제되어야 함을 전제로 한 판단이라 하니할 수 없으니, 원판결에는 법인세법상의 손금산입, 추계과세에 관한 법리를 오해한 위법이 있고 이는 원판결 중 피고 패소부분에 영향을 미친 것이라 할 것이므로 논지는 이유 있다.

이에 원판결 가운데 피고의 패소부분을 파기하여 사건을 다시 심리판단하게 하기 위하여 원심법원에 환송하기로 관여 법관의 의견이 일치되어 주문과 같이 판결한다.