2. 피고가 2004. 3. 12.에 원고에 대하여 한 1998 사업연도 귀속 법인세 612,034,670원의 부과처분을 취소한다.

3. 소송총비용은피고가부담한다.

가. 원고는 ☆☆파이낸스 주식회사에 1998. 9. 14. 비상장법인인 ☆☆산업 주식회사의 주식 2만 주를, 1998. 9. 18. 비상장법인 @@개발 주식회사의 주식 17,508주를 액면가인 주당 5,000원에 각 양도하였다(이하 회사명칭에서 주식회사는 생략한다).

나. 주식양도인인 원고의 대주주인 심★★는 주식양수인인 ☆☆파이낸스의 대주주이다.

다. 중부지방국세청장은 2001. 11. 22.부터 2002. 2. 28.까지 ☆☆산업 및 그 계열회사인 @@개발 등에 대한 주식이동상황과 그 주식의 순자산가치를 조사하고 평가하는 과정에서 ☆☆산업과 ○○개발이 보유한 임대주택사업용 부동산 중 임대용 주택의 토지는 개별공시지가로, 건물은 시가표준액을 기준으로 1998년의 ☆☆산업 주식 1주당 순자산가치를 43,305원, ○○개발 주식의 1주당 순자산가치를 17,500원오로 산정하고, 원고가 특수관계자에 있는 ☆☆파이낸스에 위와 같은 평가가액 보다 낮은 가액으로 주식을 양도한 것이라 하여 부당행위계산 부인을 하고 2002. 5. 10. 원고에 대하여 그 시가와의 차액 984,950,000원을 1998 사업연도에 익금산입하고 그에 대한 법인세를 330,943,200원으로 한 과세결정전 통지를 하였다.

라. 원고는 과세전적부심사청구를 하였고, 이에 대하여 중부지방국세청장은 2002. 7. 25. 현실적으로 임대주택의 부속토지는 임대주태의 분양가격 산정기준에서 정하는 가 격 이상으로 매매할 수 없도록 제한을 받고 있으므로 임대주태 분양가격 산정기준에 의한 가액을 주식평가기준일 당시의 시가로 인정함에 따라 피고는 1998년의 ☆☆산업 주식의 가액을 0원, ○○개발 주식의 가액을 7,697원으로 각 산정하여 원고에 대하여 는 법인세를 부과하지 아니하였다.

마. 그러나 감사원이 2003. 10. 14. - 2003. 11. 27. 중부지방국세청에 대한 감사결과 임대주택 건설용 토지와 건물가액을 토지는 개별공지지가로, 건물은 시가표준액으로 명가하여야 함에도 불구하고 중부지방국세청이 위와 같이 분양전환가액 산정기준에 따 라 토지 및 건물을 평가함으로써 관련 법인세가 부족하게 징수결정되었다는 이유로 각 추가 징수결정을 하라는 시정요구를 함에 따라, 피고는 다시 ☆☆산업과 ○○개발이 보유한 임대주택의 가액을 건물은 시가표준액(건축 중인 건물은 투입된 장부가격), 토지는 개별공시지가로 평가한 뒤 2004. 3. 12. 원고 메디아소프트에 대하여 1998 사업 연도 귀속 법인세 612,034,670원을 경정고지 하였다(이하 이 사건 과세처분이라 한다).

바. 원고는 2004. 4. 26. 감사원에 심사청구를 하였으나 2005. 4. 14. 기각되었다. [인정 근거] 다툼 없는 사실, 을 제1, 3호증의 각 기재

2. 과세처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

(1) 과세전적부심사 결정의 구속력 위배

이 사건 과세처분은 중부국세청장에 대한 위 과세전적부심사 결정에 배치되어 위법하다.

(2) 순자산가치 평가의 오류

☆☆산업, ○○개발은 임대건설사업자이자 비상장 법인으로서 (총 자산 가액 중 부동산이 50% 이상을 차지하고 있으므로) 위 회사들 주식가액의 형가는 순자산가치에 의하여 평가되어야 하고, 그 순자산가치를 평가함에 있어서 위 회사들이 소유하고 있는 임대용 주택의 토지 및 임대주택 건설용 토지는 원칙적으로 시가에 의하여 평가하여야 하는데, 임대주택용 택지비는 공급가격에 이자율과 임대기간을 곱한 금액으로 분양전환가격을 산정한 후 그 이상의 가격으로 분양할 수 없도록 임대주택법령에서 정하고 있으므로, 임대용 주택의 토지 및 임대주택 건설용 토지의 최대의 교환가치, 즉시 가는 임대주택법령에서 분양전환가격으로 정한 택지비라 할 것임에도 이를 초과하는 개별공시지가를 기준으로 위 회사들의 순자산가치를 명가하여 한 이 사건 과세처분은 위법하다.

나. 관계법령

별지 기재와 같다.

다. 판단

(1) 과세전적부심사 결정의 기속력 여부

과세전적부심사청구에 대한 결정은 과세관청에 대하여 사실상의 구속력을 가짐은 별론으로 하더라도 이는 과세처분 이전 단계에서 납세자로 하여금 세액결정전에 미리 통보받은 과세내용에 대하여 이의를 청구하도록 하여 위법한 과세처분을 사전에 방지하고자 하는 제도로 과세처분 이전의 단계에서의 과세관청의 행위이므로 법적 구속력이 있는 것이 아니어서, 원고의 이에 관한 주장은 받아들이지 아니한다.

(2) 순자산가치에 대한 형가의 오류

법인의 비상장주식을 보충적 평가방법에 의하여 평가함에 있어 구 상속세 및 증여 세법 시행령(1998. 12. 31. 대통령령 제15971호로 개정되기 전의 것) 제55조 제1항 (1996. 12. 31. 대통령령 제15193호로 전문 개정되기 전의 구 상속세법 시행령 제42조 제1항, 제5조 제6항 제1호 라목도 통일한 내용임)은 제54조 제1항의 규정에 의한 순자산가액은 평가기준일 현재 당해 법인의 자산을 이 법의 규정에 의하여 평가한 가액에서 부채를 차감한 가액으로 한다 고 규정하고 있는데, 상속세 및 증여세법 제60조 제1항(1996. 12. 30. 법률 제5193호로 전문 개정되기 전의 구 상속세법 제34조의7, 제9 조 제2항도 통일한 내용임)에 의하면 여기에서 말하는 '평가기준일'이라 함은 상속개시 일 또는 증여일을 의미하므로, 비상장법인의 주식 1주당 가액을 보충적 평가방법에 의 하여 평가하는 경우에 그 기초가 되는 순자산가액은 상속개시일 또는 증여일 현재의 가액에 의하여 산정하여야 한다.

한편, 증여재산의 가액을 평가함에 있어서 하나의 거래단위를 이루고 있는 공동주택은 그 토지와 건물을 일체로서 평가한 객관적 교환가치가 존재하지 않고 구 상속세 및 증여세법(1999. 12. 28. 법률 제6048호로 개정되기 전의 것) 제61조 제3항(1996. 12. 31. 대통령령 제15193호로 전문 개정되기 전의 구 상속세법 시행령 제42조 제1항, 제5조 제2항 제1호의2 나목도 동일한 내용임) 소정의 '국세청장이 토지와 건물의 가액 을 일괄하여 산정ㆍ고시한 가액'이 없는 이상 토지와 건물을 분리하여 각각 다른 방법으로 평가할 수 있다.

그런데 1996년 및 1997년에 시행되던 구 임대주택법(2002. 12. 26. 법률 제6833호 로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제15조는 임대사업자는 임대의무기간이 경과한 후 대통령령이 정하는 건설임대주택을 매각하는 경우에는 대통령령이 정하는 바에 따라 일정기간의 무주택세대주에게 우선하여 매각하여야 한다 고 규정하고, 그 위임을 받은 구 임대주택법 시행령(1998. 11. 13. 대통령령 제15928호로 개정되기 전의 것) 제13조 는 제3항에서 제2항의 규정에 의하여 공공건설임대주택을 매각하는 경우 매각방법 및 절차에 관하여 필요한 사항은 건설교통부령으로 정한다 고 규정하고 있을 뿐 그 매각 가격의 산정기준에 대하여는 별도의 규정을 두지 아니하였으나, 건설교통부 내부 사무 처리준칙인 '공공임대주택건설 및 관리지침'(이하 '이 사건 지침'이라 한다)에서 입주자 모집공고시 그 공고내용에 포함되는 것 중의 하나로 '매각가격(분양전환가격) 산정기 준'을 정하고 있었는데, 이 사건 지침은 입주자모집 공고사 그 공고내용에 포함되는 것 중의 하나로 '매각가격(분양전환가격) 산정기준'을 정하고 있는데, 그 '매각가격(분양전환가격) 산정기준'에 의하면 임대주택의 매각가격은 분양전환 당시의 주택분양가원가 연동제시행지침에 의하여 산출한 당해 주택의 분양가격에서 임대기간 중의 감가상각비를 공제한 금액을 초과할 수 없고, 그 당해 주택의 분양가격은 택지비와 분양전환 당시의 건축비의 합계액으로 한다 는 취지로 규정하여 임대주택의 매각가격에 대한 제한을 가하고 있었던 점, 한편, 구 주택공급에 관한 규칙(1998. 6. 15. 건설교통부령 제137호로 개정되기 전의 것) 제8조 제1항 제1호, 제4항 제8호, 구 임대주택법 시행규칙 (1999. 1. 28. 건설교통부령 제165호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제2조의2 제3호 에 의하면, 임대사업자는 입주자를 모집하고자 할 때에는 장래의 매각가격의 산정기준 이 포함되어 있는 입주자모집공고안을 마련하여 입주자모집승인권자인 시장 또는 군수 의 승인을 얻어 이를 공고하여야 하고, 그 후 임차인과 임대차계약을 체결할 때에는 구 임대주택법 제18조, 구 임대주택법 시행규칙 제8조에 의하여 위와 같이 공고된 당해 임대주택의 매각가격 산정기준을 표준임대차계약서의 내용에 포함시켜 이를 준수하여야 하며, 만일 이를 준수하지 아니할 때에는 구 임대주택법 제25조에 의하여 과태료에 처하게 될 뿐만 아니라, 임대주택을 실제로 매각할 때에는 구 임대주택법 시행규칙 제4조 제1항 제3호에 의하여 그 매각가격의 산출근거서류를 제출하여야 하는 것으로 정하고 있었는바, 이러한 제반 사정을 종합하여 보면 임대사업자가 임대의무기간이 만료되어 임대주택을 매각하는 경우에는 이 사건 지침에서 정한 매각가격 산정기준에 따른 제한을 받는다고 할 것이다(대법원 2009. 1. 30. 선고 2006두14049 판결 참조).

따라서 원고가 ☆☆파이낸스에 ☆☆산업과 ○○개발의 주식을 양도할 당시 임대사업자인 위 회사들로서는 이 사건 지침에서 정한 매각가격 산정기준을 준수하여야 하므로, 그 산정기준에서 정하고 있는 임대주택의 토지에 대한 최고 거래한도액인 택지비보다 높은 개별공시지가를 기준으로 임대주택의 토지 가액을 산정할 수는 없다(나대지 에 대하여는 구 임대주택법 제7조 제3항, 제8조 제l항에 의한 제한이 따르므로 동일하게 볼 것이다)고 할 것임에도 이와 다른 전제에서 한 피고의 이 사건 과세처분은 위법하다.

이에 대하여 피고는, ☆☆산업과 @@개발이 소유한 임대주택은 종국적으로 분양전환될 것이기 때문에 주식 양도 당시 암대주택의 법령상 분양전환가격은 합리적이고 객관적인 시가로 볼 수 있으므로, 이를 기초로 위 회사들의 순자산가액을 산정할 수 있고, 그럴 경우 순자산가치는 오히려 이 사건 과세처분시보다 증가한다고 주장하나, 위 회사들이 보유한 임대주택이 어느 시점에 얼마나 분양전환될 것인지를 양도일 현재로는 확정지을 수 없는 이상 위와 같이 명가할 수는 없으므로, 위 주장은 받아들이지 아니한다.

3. 결론

그렇다면 이와 결론을 달리 한 제1심 판결을 부당하므로 이를 취소하고, 이 사건 과세처분을 취소하기로 하여 주문과 같이 판결한다.