2. 원고의 나머지 청구를 기각한다.

3. 소송비용 중 1/3은 원고가, 나머지는 피고가 각 부담한다.

가. 원고는 1999. 9. 15. 설립되어 문서관리장비 판매 및 수출입업 등을 영위하는 법인이고, 김AA은 원고가 설립된 이후 현재까지 원고의 대표이사로 재직하고 있다.

나. 피고는 2013. 1. 30.부터 2013. 5. 12.까지 원고에 대한 법인세 통합조사를 실시한 결과, 원고가 2002년부터 2004년, 2006년, 2010년에 해외 거래처로부터 제품을 수입하여 국내 거래처에 납품하는 과정에서 해외 거래처로부터 지급받은 중개수수료○○원에 대하여 법인세 및 부가가치세 신고를 누락하였고, 2003년 제2기부터 2006년 제1기 부가가치세 과세기간 동안 주식회사 BB(이하 'BB'라한다)와 CC로부터 실물거래 없이 공급가액 ○○원의 허위 세금계산서를 수취하여 관련 매입세액을 부가가치세 매출세액에서 공제하고, 위 공급가액을 원가로 손금산입하여 부가가치세 및 법인세를 신고한 사실을 확인하였다.

다. 피고는 2013. 9. 3. 원고의 중개수수료 신고 누락금액을 익금산입하고, 허위 세금계산서 수취에 따른 매입세액을 불공제하고 가공원가를 손금불산입하여 2003년부터2006년까지 각 사업연도별로 부가가치세 및 법인세를 경정・고지하는 한편, 익금산입한 중개수수료 신고 누락금액 중 수입장비 정산대금으로 확인된 금액만을 기타사외유출로 소득처분하고, 나머지 중개수수료 신고 누락금액 및 허위 세금계산서 수취분 공급가액(이하 '이 사건 소득금액'이라 한다)을 그 귀속자인 원고의 대표이사 김AA에게 상여로 소득처분(이하 '이 사건 소득처분'이라 한다)한 후, 2013. 9. 3. 원고에게 별지 1목록 기재 각 소득금액변동통지를 하였다(이하 '이 사건 각 소득금액변동통지'라 한다).

라. 원고는 2013. 9. 16. 이 사건 각 소득금액변동통지 등에 대하여 심판청구를 하였으나, 조세심판원은 2014. 4. 2. 원고의 심판청구를 기각하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 3호증, 을 제1 내지 6호증(가지번호 있는 것은 가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 각 소득금액변동통지의 적법 여부

가. 당사자의 주장

(1) 원고의 주장

원고가 2003년부터 2006년 사이에 사실과 다른 세금계산서를 수취하거나 중개수수료 매출을 누락 신고한 것을 두고, 원고의 대표이사가 장차 은닉된 소득이 사외유출되어 그 귀속자가 밝혀지지 아니함에 따라 인정상여처분을 받을 것까지 모두 예상하여 그로 인해 부과될 소득세를 포탈하기 위하여 행한 것으로 보기 어렵고, 달리 이를 인정할 만한 객관적인 증거도 없으므로, 원고의 대표이사 김AA에 대한 2003년부터 2006년까지 귀속분 소득세에 대한 부과제척기간은 국세기본법 제26조의2 제1항 제3호에 의하여 5년이 적용되어야 한다. 따라서 원고의 대표이사 김AA의 2003년부터 2006년까지 귀속분 소득세의 부과제척기간은 이 사건 각 소득금액변동통지일인 2013. 9. 3. 이전에 이미 완료되었으므로, 원천납세의무자의 소득세 납세의무가 소멸된 이후에 이루어진 이 사건 각 소득금액변동통지는 위법하다.

(2) 피고의 주장

(가) 원고가 2002년부터 2004년, 2006년, 2010년에 걸쳐 해외 거래처로부터 제품을 수입하여 국내 거래처에 납품하는 과정에서 해외 거래처로부터 지급받은 중개수수료에 대해 실제와 다른 장부를 작성하고, 법인세 및 부가가치세를 신고하면서 중개수수료에 대하여 매출신고를 누락한 점, 중개수수료를 원고의 계좌로 송금받지 않고 원고의 대표이사 김AA이 해외 출장하여 해외 거래처로부터 직접 현금으로 수령하거나, 원고의 대표이사 개인 계좌, 대표이사의 부인 계좌 및 원고의 직원 계좌로 송금받은 점 등을 고려할 때, 원고는 조세포탈의 의도를 가지고 조세의 부과・징수를 불가능하게 하거나 현저히 곤란하게 하였다고 할 것이므로, 이는 국세기본법 제26조의2 제1항 제1호의 '사기 기타 부정한 행위'에 해당한다.

(나) 2011. 12. 31. 법률 제11124호로 신설되어 2012. 1. 1. 이후 최초로 법인세법 제67조에 따라 처분하는 금액부터 적용되는 국세기본법 제26조의2 제1항 제1호 후단 개정 규정(이하 '쟁점 규정'이라 한다)은, 부정행위로 포탈하거나 환급・공제받은 국세가 법인세이면 이와 관련하여 법인세법 제67조에 따라 처분된 금액에 대한 소득세 등의 부과제척기간을 10년으로 명시하고 있고, 원고의 사기 기타 부정한 행위에 따라 이루어진 원고의 대표이사 김AA에 대한 이 사건 소득처분은 2012. 1. 1. 이후인 2013. 9. 3. 이루어졌는바, 이 사건 소득처분으로 인한 김AA의 소득세에 대한 부과제척기간은 쟁점 규정에 따라 10년이라고 보아야 한다. 따라서 그와 같은 전제에서 피고가 원고에 대하여 한 이 사건 각 소득금액변동통지는 적법하다.

나. 관계 법령

별지 2 기재와 같다.

다. 판단

(1) 관련 법리 및 판례

구 국세기본법 제26조의2 제1항 제1호의 '사기 기타 부정한 행위'는 조세범처벌법 제9조의 '사기 기타 부정한 행위'와 동일한 의미로 해석할 수 있는바, 조세범처벌법 제9조에서 말하는 '사기 기타 부정한 행위'라 함은 조세의 부과와 징수를 불가능하게 하거나 현저히 곤란하게 하는 위계 기타 부정한 적극적인 행위를 말하는 것이고, 조세포탈죄에 있어서 범의가 있다고 함은 납세의무를 지는 사람이 자기의 행위가 사기 기타 부정한 행위에 해당하는 것을 인식하고 그 행위로 인하여 조세포탈의 결과가 발생한다는 사실을 인식하면서 부정행위를 감행하거나 하려고 하는 것이다(대법원 2006. 6. 29. 선고 2004도817 판결 참조).

한편, 법인세법의 규정에 따라 법인의 대표자에 대한 상여로 소득처분되는 금액은 당해 법인이 소득금액변동통지서를 받은 날에 그 소득금액을 지급한 것으로 보게 되는바, 이는 그 소득금액을 현실적으로 대표자에게 지급하는 것을 의미하는 것이 아니라 법으로써 의제하는 것에 불과하므로, 위와 같은 소득금액변동통지서를 받은 법인의 원천징수의무가 성립하려면 그 성립시기인 위 소득금액변동통지서를 받은 때에 소득금액을 지급받은 것으로 보아야 할 원천납세의무자의 소득세 납세의무가 성립되어 있어야 하며, 원천납세의무자의 소득세 납세의무가 그 소득세에 대한 부과제척기간의 도과 등으로 이미 소멸하였다면 법인의 원천징수의무도 성립할 수 없다(대법원 1989. 3. 14. 선고 85누451 판결, 대법원 1992. 9. 22. 선고 91다40931 판결 참조).

또한 대법원은 법인의 대표자가 허위의 세금계산서를 수취하여 장부상 매입액을 과다계상하여 소득을 은닉한 사안에서, 그 대표자가 장차 은닉된 소득이 사외유출되어 그 귀속자가 밝혀지지 아니함에 따라 자신이 그 법인의 대표자로서 인정상여처분을 받을 것까지 모두 예상하여 그로 인해 부과될 소득세를 포탈하기 위하여 행한 것으로 보기는 어려우므로, 그 인정상여처분으로 인한 소득세에 관한 한 구 국세기본법 제26조의2 제1항 제1호에서 정한 '납세자가 사기 기타 부정한 행위로써 국세를 포탈한 경우'에 해당한다고 볼 수는 없고, 해당연도 귀속분 소득세에 대한 부과제척기간은 원칙으로 돌아가 같은 항 제3호에 의하여 5년이 된다고 하였다(대법원 2010. 4. 29. 선고 2007두11382 판결 참조).

그리고 대법원은 법인의 대표자가 법인의 자금을 횡령하는 과정에서 법인의 장부를 조작하는 등의 행위를 한 사안에서도, 그러한 행위는 횡령금을 빼돌린 사실을 은폐하기 위한 것일 뿐, 그 횡령금에 대하여 향후 과세관청의 소득처분이 이루어질 것까지 예상하여 그로 인해 자신에게 귀속될 상여에 대한 소득세를 포탈하기 위한 것으로 보기 어려우므로, 구 국세기본법 제26조의2 제1항 제1호에서 정한 '납세자가 사기 기타 부정한 행위로써 국세를 포탈한 경우'에 해당하지 않는다고 보았다(대법원 2010. 1. 28. 선고 2007두20959 판결 참조).

(2) 관련 법령의 개정 등

국세기본법은 제26조의2 제1항 제1호에서 국세의 부과제척기간에 관하여 '납세자가 사기, 그 밖의 부정한 행위로 국세를 포탈하거나 환급ㆍ공제받은 경우에는 그 국세를 부과할 수 있는 날부터 10년간'이라고만 규정하고 있다가, 2011. 12. 31. 법률 제11124호로 개정되면서 '이 경우 부정행위로 포탈하거나 환급ㆍ공제받은 국세가 법인세이면 이와 관련하여 법인세법 제67조에 따라 처분된 금액에 대한 소득세 또는 법인세에 대해서도 그 소득세 또는 법인세를 부과할 수 있는 날부터 10년간으로 한다.'라는 내용이 추가되었고, 그 부칙 제2조는 '제26조의2 제1항 제1호 후단의 개정규정은 2012년 1월 1일 이후 최초로「법인세법」제67조에 따라 처분하는 금액부터 적용한다.'고 규정하였다.

한편, 조세법률주의를 규정한 헌법 제38조, 제59조의 취지에 의하면 국민에게 새로운 납세의무나 종전보다 가중된 납세의무를 부과하는 규정은 그 시행 이후에 부과요건이 충족되는 경우만을 적용대상으로 삼을 수 있음이 원칙이고(대법원 2011. 9. 2. 선고 2008두17363 전원합의체 판결 등 참조), 새로운 납세의무나 종전보다 가중된 납세의무를 규정하는 세법 조항의 소급 적용은 과세요건을 실현하는 행위 당시 납세의무자의 신뢰가 합리적 근거를 결여하여 이를 보호할 가치가 없는 경우, 그보다 중한 조세공평의 원칙을 실현하기 위하여 불가피한 경우 또는 공공복리를 위하여 절실한 필요가 있는 경우 등에 한하여 법률로써 그 예외를 설정할 수 있다(대법원 1983. 4. 26. 선고 81누423 판결 등 참조). 그리고 소급입법은 새로운 입법으로 이미 종료된 사실관계 또는 법률관계에 적용케 하는 진정 소급입법과 현재 진행 중인 사실관계 또는 법률관계에 적용케 하는 부진정 소급입법으로 나눌 수 있는바, 이 중에서 기존의 법에 의하여이미 형성된 개인의 법적 지위를 사후입법을 통하여 박탈하는 것을 내용으로 하는 진정 소급입법은 개인의 신뢰보호와 법적 안정성을 내용으로 하는 법치국가 원리에 의하여 허용되지 아니하는 것이 원칙인 데 반하여, 부진정 소급입법은 원칙적으로 허용되지만 소급효를 요구하는 공익상의 사유와 신뢰보호를 요구하는 개인보호의 사유 사이의 교량과정에서 그 범위에 제한이 가하여지는 것이다. 또한 법률불소급의 원칙은 그법률의 효력발생 전에 완성된 요건사실에 대하여 당해 법률을 적용할 수 없다는 의미일 뿐, 계속 중인 사실이나 그 이후에 발생한 요건사실에 대한 법률적용까지를 제한하는 것은 아니다(대법원 1994. 2. 25. 선고 93누20726 판결, 대법원 2001. 11. 13. 선고 2001두5705 판결 등 참조).

(3) 판단

앞서 본 법리와 판례 및 국세기본법 제26조의2 제1항 제1호의 개정 경위 등에 비추어 이 사건 각 소득금액변동통지의 적법 여부를 2003년, 2004년, 2005년 귀속분 소득에 대한 소득금액변동통지와 2006년 귀속분 소득에 대한 소득금액변동통지로 나누어 살펴보기로 한다.

(가) 2003년, 2004년, 2005년 귀속분 소득에 대한 소득금액변동통지의 적법 여부

1) 대표자 등에게 실지로 귀속된 소득으로서 소득처분의 대상이 되는 소득(예컨대 횡령금)이라도 그것이 근로소득의 명목으로 지급된 것으로 보기는 어려우므로 소득처분이 없는 상태에서 이를 '상여와 유사한 성질의 급여'로 보아 종합소득세 납세의무를 부담시키기는 어렵고, 소득처분이 있을 때 그것이 비로소 소득세법 제20조 제1항 제1호 (다)목 소정의 '법인세법에 의하여 상여로 처분된 금액'에 해당하여 종합소득세의 과세대상이 된다고 보아야 한다(대법원 2006. 7. 27. 선고 2004두9944 판결 및 대법원 2008. 4. 24. 선고 2006두187 판결 참조).

2) 처분의 경위에서 인정한 사실에 의하면, 원고가 2003, 2004 사업연도에 해외 거래처로부터 지급받은 중개수수료를 누락하거나, 2003, 2004, 2005 사업연도에 BB와 CC로부터 실물거래 없이 허위의 세금계산서를 수취한 것은 그 경위 등에 비추어 볼 때 원고의 소득을 은닉함으로써 그에 대한 법인세를 포탈하기 위한 행위로 볼 수 있을지언정, 원고의 대표이사 김AA이 향후 과세관청의 소득처분이 이루어질 것까지 예상하여 그로 인해 자신에게 귀속될 상여에 대한 소득세를 포탈하기 위한 것으로 보기 어렵다. 따라서 이 사건 소득처분으로 인한 김AA의 2003년, 2004년, 2005년 귀속분 소득세에 관하여는 구 국세기본법(2007. 12. 31. 법률 제8830호로 개정되기 전의 것, 이하 '구 국세기본법'이라 한다) 제26조의2 제1항 제1호 소정의 '납세자가 사기 기타 부정한 행위로써 국세를 포탈하거나 환급・공제받는 경우'에 해당한다고 볼 수 없고, 그렇다면 김AA의 2003년, 2004년, 2005년 귀속분 소득세에 대한 부과제척기간은 원칙으로 돌아가 구 국세기본법 제26조의2 제1항 제3호에 의하여 5년이 된다고 보아야 하므로, 김AA의 2003년, 2004년, 2005년 귀속분 소득세에 관하여는 그 신고기한인 2004. 5. 31., 2005. 5. 31., 2006. 5. 31.의 다음날부터 5년이 지난 2009. 6. 1., 2010. 6. 1., 2011. 6. 1. 그 부과제척기간이 도과하였다.

3) 앞서 본 바와 같이 김AA의 2003년, 2004년, 2005년 귀속분 소득세에 관하여 쟁점 규정이 신설되어 시행되기 이전에 이미 부과제척기간이 도과되었는바, 만약 피고의 주장과 같이 쟁점 규정을 근거로 김AA에 대한 이 사건 소득처분에 따른 2003년, 2004년, 2005년 귀속 소득세에 대한 부과제척기간을 10년으로 인정할 수 있다고 해석한다면, 이는 개정 규정이 사실상 이미 완성된 사실 또는 법률관계를 규율대상으로 하는 진정 소급입법에 해당하는 것으로서 헌법적으로 허용될 수 없는 해석이다. 또한, 피고가 제출한 증거들만으로는 이 사건에서 쟁점 규정을 통한 진정 소급입법을 허용할 만한 중대한 공익상 필요 등 특별한 사정이 인정되지도 않으므로 쟁점 규정을 근거로 김AA에 대한 2003년, 2004년, 2005년 귀속 소득세의 부과제척기간을 10년이라고 볼 수는 없다.

4) 결국 김AA의 2003년, 2004년, 2005년 귀속분 소득세 납세의무가 피고의 원고에 대한 소득금액변동통지일인 2013. 9. 3. 이전에 이미 부과제척기간의 도과로 이미 소멸한 이상 원고의 원천징수의무도 성립할 수 없으므로, 이 사건 각 소득금액변동통지 중 순번 1, 2, 3은 위법하다.

(나) 2006년 귀속분 소득에 대한 소득금액변동통지의 적법 여부

1) 원고가 2006 사업연도에 해외 거래처로부터 지급받은 중개수수료를 누락하거나, BB와 CC로부터 실물거래 없이 허위의 세금계산서를 수취한 것은 그 경위 등에 비추어 볼 때 원고의 소득을 은닉함으로써 그에 대한 법인세를 포탈하기 위한 행위로 볼 수 있을지언정, 원고의 대표이사 김AA이 향후 과세관청의 소득처분이 이루어질 것까지 예상하여 그로 인해 자신에게 귀속될 상여에 대한 소득세를 포탈하기 위한 것으로 보기 어려움은 2003, 2004, 2005 사업연도와 마찬가지이다.

따라서 이 사건 소득처분으로 인한 김AA의 2006년 귀속 소득세에 대한 부과제척기간은 구 국세기본법 제26조의2 제1항 제3호에 의하여 5년이 되고, 그 신고기한인 2007. 5. 31.의 다음날부터 5년의 부과제척기간이 진행된다고 보아야 한다. 그런데 2011. 12. 31. 법률 제11124호로 신설되어 2012. 1. 1. 이후 최초로 법인세법 제67조에 따라 처분하는 금액부터 적용되는 쟁점 규정은, 부정행위로 포탈하거나 환급・공제받은 국세가 법인세이면 이와 관련하여 법인세법 제67조에 따라 처분된 금액에 대한 소득세 등의 부과제척기간을 10년으로 한다고 규정하고 있는바, 이 사건 소득처분으로 인한 김AA에 대한 2006년 귀속 소득세에 관하여는 쟁점 규정이 시행될 2012. 1. 1. 당시에는 아직 5년의 부과제척기간이 도과하지 않았으므로, 쟁점 규정은 김AA에 대한 2006년 귀속 소득세에 관하여는 과거에 시작되었으나 아직 완성되지 아니하고 현재 진행 중에 있는 사실관계에 적용하는, 이른바 부진정 소급입법에해당하고 이는 원칙적으로 허용된다.

따라서 이 사건 소득처분으로 인한 김AA의 2006년 귀속 소득세에 대한 부과제척기간은 쟁점 규정에 의하여 10년이 된다.

2) 이에 대하여 원고는, 쟁점 규정은 2011. 12. 31. 법률 제11124호로 개정된 국세기본법 부칙 제2조 제1항에 따라 2012. 1. 1. 이후 신고된 법인세 과세표준에 대하여 신고의무자와 과세관청이 소득처분을 하는 경우에 한하여 적용되는 것이므로 이 사건에 적용될 수 없다는 취지로 주장하나, 위 국세기본법 부칙 제2조 제1항은 "제26조의2 제1항 제1호 후단의 개정규정은 2012년 1월 1일 이후 최초로 법인세법 제67조에 따라 처분하는 금액부터 적용한다."고만 규정하고 있을 뿐이고, 원고의 주장과 같이 2012. 1. 1. 이후 신고된 법인세 과세표준에 대하여 소득처분을 하는 경우에 한하여 적용된다고 제한적으로 해석할 아무런 근거가 없으므로, 원고의 위 주장은 받아들일 수 없다.

3) 결국 김AA의 2006년 귀속분 소득세 납세의무는 피고의 원고에 대한 소득금액변동통지일인 2013. 9. 3. 당시 부과제척기간이 도과하지 아니한 상태였으므로, 이 사건 각 소득금액변동통지 중 순번 4는 적법하다.

3. 결론

그렇다면 원고의 이 사건 청구는 위 인정 범위 내에서 이유 있어 이를 인용하고, 나

머지는 이유 없어 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.