2. 원고의 피고 금천세무서장에 대한 항소를 기각한다.

3. 소송총비용은 원고가 부담한다.

가. 원고는 택시운수업을 영위하는 법인이다. 피고 서울지방국세청장은 2009. 8. 11 부터 2009. 10. 30.까지 원고의 2005 내지 2007 사업연도에 대한 법인제세 통합조사를 실시한 결과, 원고가 원고 공동대표이사 정AA, 정BB 및 정AA의 처와 자녀가 100% 주식지분을 가지고 있는 XX산업 주식회사(이하 'XX'이라 한다)에 2004년부터 2007년까지 자금을 대여하고 연 6%의 이자를 받았고 위 기간 동안 운송수입금액을 누락신고하였다는 사실을 확인하여 피고 금천세무서장에게 과세자료를 통보 하였다.

나. 또한 피고 서울지방국세청장은 위 세무조사결과 원고가 특수관계자인 XX에 시가보다 낮은 이자율로 자금을 대여함으로써 조세부담을 부당하게 감소시킨 것으로 보아 구 법인세법(2009. 12. 31. 법률 제9898호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제52조 제1항, 제2항, 구 법인세법 시행령(2007. 2. 28. 대통령령 제19891호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제88조 제1항 제6호, 제89조 제3항 본문에 따라 당좌대출이자율 연 9%를 적용하여 2005 내지 2007 사업연도 인정이자 합계액 143,313,404원을 익금에 산입하였고, 원고가 보관하고 있던 정산확인서의 일일운송금액 중 신고누락 수입금 331,201,916원을 익금에 산입하여 원고의 대표자에게 상여처분을 하였다.

다. 한편, 피고 금천세무서장은 원고가 XX에게 지급한 대여금은 '법인이 특수관계자에게 업무와 관련 없이 지급한 가지급금 등'에 해당된다고 보고 구 법인세법 제28조 제1항 제4호 나목, 구 법인세법 시행령 제53조 제1항에 의하여 위 대여금과 관련된 2005 내지 2007 사엽연도 원고의 차입금 지급이자 합계액 330,181,139원을 손금 불산입하였다.

라. 각 사업연도별 익금산업 및 손금불산입 상세내역은 다음과 같다. 원고의 대표이사 정AA은 2009. 10. 28. 다음 내용을 확인하는 확인서(이하 '이 사건 확인서'라 한다. 다만, 위 확인서에 첨부된 신고누락 수입금은 부가가치세가 제외된 301,092,650원으로 기재되어 있다)에 서명하였다

마. 피고 금천세무서장은 2010. 2. 3 원고에 대하여 2005 사업연도 법인세 73,100,750원, 2006 사업연도 법인세 176,570,590원, 2007 사업연도 법인세 51,043,080원, 2005년 1기 부가가치세 7,711,380원, 2005년 2기 부가가치세 9,623,700원, 2006년 1기 부가가치세 5,914,760원을 각 경정 ・ 고지(이하 법인세 부분은 '이 사건 각 법인세 부과처분'이라 하고, 부가가치세 부분은 '이 사건 각 부가가치세 부과처분'이라 한다)하 고, 피고 서울지방국세청장은 같은 날 원고의 대표이사 정AA에게 2006년 귀속 303,350,498원, 2007년 귀속 27,851,418원의 각 소득금액변동통지처분(이하 '이 사건 소득금액변동통지처분'이라 한다)을 하였다(이하 통틀어 '이 사건 각 처분'이라 한다).

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 2호증(각 가지번호 포함, 이하 같다), 을 제1 내지 8, 10호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 각 처분의 적법 여부

가. 원고주장

이 사건 각 처분은 아래와 같은 이유로 모두 위법하다.

1) 부당행위계산부인 적용 관련

원고는 은행대출이자율을 적정하게 감안하여 연 6%의 이자율을 적용하고 XX에게 대여한 것으로서 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 사실도 없으므로, 구 법인세법 제52조에서 정한 부당행위계산부인의 대상이 되지 아니한다.

나아가 구 법인세법 제52조 제2항, 구 법인세법 시행령 제89조 제3항, 구 법인세법 시행규칙(2007. 3. 30. 재정경제부령 제547호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제43조 제1항을 종합하면, 국세청 고사에 위임된 범위는 금융기관이 보증한 3년 만기 회사채를 기준으로 건전한 사회통념 및 상관행과 특수관계자가 아닌 자 사이의 정상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 이자융로 제한된다고 할 것인데, 당좌대출이자율을 연 9%로 정한 국세청고시[2001-31호(부당행위계산의 부인시 적용할 당좌 대월이자율 변경고시), 이하 '이 사건 고시'라 한다]는 위 법령에서 위임한 범위를 일탈한 것으로서 위법하다. 나아가 이 사건 고시 및 그 상위 법령인 구 법인세법 시행령 제89조 제3항, 구 법인세법 시행규칙 제43조 제1항도 과잉금지원칙에 반하여 재산권을 침해하는 것으로서 위헌・무효라고 할 것이다.

2) 지급이자 손금불산입 관련

XX은 액화가스충전업체로서 원고의 택시운수업과 밀접한 관련이 있는 점, 원고에게 차량연료를 시가보다 할인된 금액으로 제공하고 있는 점, 원고 소유의 건물을 임차하여 매월 높은 수준의 임대료를 지급하고 있는 점 등을 고려하여 볼 때, 원고의 XX에 대한 대여금은 원고의 업무와 관련성이 있으므로, 이와 관련된 차입금의 지급이자는 구 법인세법 제28조 제1항 제4호 나목 소정의 손금불산입 대상이 되지 아니한다.

3) 소득금액변통통지 관련

이 사건 확인서는 세무공무원이 날인만 하면 잘 처리해 주겠다고 하여 정AA이 내용도 확인하지 않고 서명 ・ 날인한 것인데, 정AA은 명의상 원고의 대표이사일 뿐 실제 경영은 아들인 정CC이 하고 있어 정AA은 위 확인서 작성의 주체가 될 수도 없다 또한, 운송수입금액 누락의 근거로 제시한 정산확인서는 원고가 관할 구청의 전액관리제 점검에 대비하여 작성한 것으로 실제 수입금액이 아니고, 당초 신고한 금액이 정당한 수입금액이다.

나. 관계 법령

별지 기재와 같다.

다. 판단

1) 부당행위계산부인 적용 관련 주장에 관한 판단

가) 구 법인세볍 제52조에 정한 부당행위계산부인이란 법인이 특수관계에 있는 자와의 거래에 있어 정상적인 경제인의 합리적인 방법에 의하지 아니하고 구 법인세법 시행령 제88조 제1항 각 호에 열거된 여러 거래형태를 빙자하여 남용함으로써 조세부담을 부당하게 회피하거나 경감사켰다고 하는 경우에 과세권자가 이를 부인하고 법령에 정하는 방법에 의하여 객관적이고 타당하다고 보이는 소득이 있는 것으로 의제하는 제도로서, 경제인의 엽장에서 볼 때 부자연스럽고 불합리한 행위계산을 함으로 인하여 경제적 합리성을 무시하였다고 인정되는 경우에 한하여 적용되는 것이고, 경제적 합리성의 유무에 대한 판단은 거래행위의 여러 사정을 구체적으로 고려하여 과연 그 거래 행위가 건전한 사회통념이나 상관행에 비추어 경제적 합리성을 결한 비정상적인 것인 지의 여부에 따라 판단하되, 비특수관계자 간의 거래가격, 거래 당시의 특별한 사정 등도 고려하여야 한다(대법원 2010. 10. 28. 선고 2008두15541 판결 등 참조).

이러한 법리에 비추어 이 사건을 본다. 먼저 XX은 원고의 임원인 정AA, 정BB과 그 친족이 발행주식 100%를 소유하고 있는 회사로서, 구 법인세법 시행령 제87조 제1항 제3호, 제4호에 의하여 원고와 특수관계에 있음은 분명하고, 구 법인세법 제52조 제1항에서 특수관계자와의 거래로서 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당히 감소시키는 것을 '부당행위계산'으로 정의하면서 제3항에서 구체적인 부당행위계산의 유형을 시행령에 위임하고 있으며, 구 법인세법 시행령 제88조 제1항 제6호는 부당행위계산의 유형 중 하나로 '자산을 시가보다 낮은 이율로 대부하는 경우'를 적시하고 있다. 한편, 위 시가에 관하여 구 법인세법 시행령 제89조 제3항은 금전의 대여에 있어서는 재정경제부령이 정하는 당좌대출이자율을 시가로 정의하면서 그 구체적인 수치는 재정경제부령에 위임하고 있고, 구 법인세법 시행규칙 제43조 제1항, 국세청고시 등에 의하면 시가에 부합하는 이자율이 연 9%임을 알 수 있다. 앞서 본 바와 같이 원고가 특수관계자인 XX에 자금을 대여하면서 연 9%보다 낮은 연 6%의 이자를 받은 이상, 위 법령들에 의하여 부당행위계산에 해당된다고 보아 원고의 위와 같은 계산을 배제하고, 시가에 부합하는 이자율인 연 9%로 이자소득을 재산정하여 각 사업연도별로 익금산입한 이 사건 각 법인세 부과처분에 어떠한 위법이 있다고 보기 어렵다. 이 부분 원고 주장은 이유 없다.

나) 나아가 이 사건 고시가 상위 법령에서 정한 위임의 한계를 일탈한 것인지 여부를본다.

관련 법령의 규정 및 갑 제11, 12, 17 내지 20호증, 을 제 15, 16호증의 각 기재, 변론 전체의 취지를 종합하여 인정되는 다음과 같은 사정 등에 비추어 보면, 당좌대출 이자율을 9%로 정한 국세청고시가 구 법인세법 제52조 제1항, 제2항, 구 법인세법 시행령 제88조 제1항 제6호, 제89조 제3항 본문, 구 법인세법 시행규칙 제43조 제1항에서 정한 위임의 한계를 일탈한 것이라고 볼 수는 없다. 이 부분 원고 주장도 이유 없다.

(1) 국세청장이 상위 법령에 근거하여 고시한 당좌대출이자율의 변천은 아래 표와 같다.

(2) 상위 법령은 특수관계자 사이에 금전을 대여함에 있어서 시가로 의제되는 이자율을 당좌대출이자율로 보고 이를 국세청장이유통수익률을 감안하여 정하도록 규정 하고 있었고 국세청장은 위와 같은 상위 법령에 근거하여 2001. 12. 31. 당좌대출이자율을 9%로 결정하는 내용의 이 사건 고사를 하였다. 실제 유통수익률이 1997년 14-15% 정도에서 2001년 7-8% 정도로 급락한 이후에는 큰 폭의 변동 없이 하향 안정화 추세에 접어들었는데 국세청장은 위와 같은 유통수익률 변화 추세에 맞추어 1997. 12. 31 당좌대출이자율을 20%로 고시한 이후 지속적으로 하향 고시하여 오다가 2001. 12. 31. 9%까지 낮추는 내용의 이 사건 고시를 한 것이다. 위와 같이 연 9%로 정한 당좌대출이자율은 상위 법령에 따라 정당하게 정하여진 것으로 볼 수 있다.

(3) 이후에 유통수익률은 점차적으로 하락하여 왔지만 매년 그 변동 폭도 크지 않는 등 안정화 단계에 접어들었던 데다가 당좌대출이자율이 이미 9%까지 하락한 상태에서 추가적으로 당좌대출이자율을 낮춘다면 특수관계자 사이에 무분별한 자금의 대여를 억제하고자 하는 상위 법령의 규정취지를 잠탈할 우려도 있었기 때문에 더 이상 당좌대출이자율을 낮추지 않았던 것으로 보인다.

(4) 더욱이 법인세법 시행규칙(2006. 3. 14. 재정경제부령 제356호로 개정된 것) 제43조 제1항은 시가로 의제되는 당좌대출이자융은 유통수익률이 아닌 금융기관의 당좌대출이자율을 고려하여 국세청장이 정하도록 개정되었는데, 위 시행규칙 개정 이후 금융기관의 당좌대출이자율도 점차 하락하는 추세였지만 7-8% 정도 수준으로 국세청장이 고시한 당좌대출이자율과 별다른 차이가 없다.

(5) 그 이후에도 시장이자율이 전반적으로 하락하고 있었음에도 법인세법 시행규칙(2009. 3. 30. 기획재정부령 제66호로 개정된 것) 제43조 제3항에서 당좌대출이자율을 기존에 국세청장이 고시했던 9%에서 불과 0.5% 내린 8.5%로 직접 규정하였고, 이후에는 아무런 변동이 없다.

(6) 국세청장이 상위 법령에 따라 당좌대출이자율을 결정하는 데 유통수익률이나 금융기관의 당좌대출이자율을 주로 고려하여야 할 것이지만, 그 이외에도 재무구조의 건설화와 기업경영의 투명성 제고를 유도하고 특수관계자 간의 부당행위를 규제하기 위한 규정취지를 달성하기 위하여 중요한 정책적 ・ 기술적 판단을 할 필요가 있었다고 볼 수 있다. 이러한 이유에서 입법자가 국세청장에게 당좌대출이자율 결정 권한 자체를 위임했던 것으로 볼 수 있으므로 국세청장이 당좌대출이자율을 정하는 데 재량권이 있었고, 국세청장이 9%로 당좌대출이자율을 정한 데에는 앞서 본 바와 같은 사정을 고려할 때 재량권을 일탈・남용하였다고 보기 어렵다. 결국 국세청장이 당좌대출이자율을 9%로 정한 이 사건 고시는, 금융기관이 보증한 3년 만기 회사채의 유통수익률을 감안 하여 건전한 사회통념 및 상관행과 특수관계자가 아닌 자간의 정상적인 거래에서 적용 되거나 적용될 것으로 판단되는 이자융로 보일 뿐 국세청 고시에 위임된 범위를 넘는 것으로는 볼 수 없다. 이 부분 원고 주장도 이유 없다.

다) 구 법인세법 시행령 제88조 제1항 제6호, 제89조 제3항 본문, 구 법인세법 시행규칙 제43조 제1항 및 이 사건 고시가 과잉금지원칙에 위배되는지 여부를 본다.

위에서 본 바와 같이 국세청장이 9%로 당좌대출이자율을 정한 근거가 되는 상위 법령 및 이 사건 고시는 특수관계자 사이의 부당행위를 규제함으로써 조세회피의 방지와 조세부담의 공평을 기하고자 하는 데 입법목적이 있는 점, 이를 달성하기 위하여 당좌 대출이자율을 시가로 의제하는 등의 방법을 사용한 것이므로 수단의 적절성도 인정되는 점, 조세회피행위에 대처하기 위하여는 경제현실 변화 등에 즉시 반응할 필요성도 있는데, 이를 위하여 국세청장에게 유통수익율을 감안하여 당좌대출이자율을 정하도록 하는 한편, 앞서 본 정책척・기술적 측면 등을 고려하여 국세청장에게 폭넓은 재량권을 부여한 것으로 보이고, 그 일환으로서 대여자의 가중평균차입이자율 등이 아니라 유통 수익율을 감안하도록 규정한 것이 재량권을 벗어났다고 보기도 어려우므로 최소침해성 원칙에 반한다고 볼 수도 없는 점, 그 과정에서 불가피하게 발생하는 사적 불이익이 특수관계자 간의 부당행위를 규제함으로써 달성되는 공익보다 크다고 단정할 수 없는 점 등을 종합하여 보면, 이 사건 고시 및 상위 법령이 과잉금지원칙에 위배된다고 볼 수도 없다 이에 반하는 이 부분 원고 주장도 이유 없다.

2) 지급이자 손금불산입 관련 주장에 관한 판단

구 법인세법 제28조 제1항 제4호 나목은, 법인이 특수관계자에게 업무와 관련 없이 지급한 가지급금 등으로서 대통령령이 정하는 자산을 취득・보유하고 있는 때에는 그 법인이 지급한 차입금의 이자 중 대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 금액(차업금 중 당해 자산가액에 상당하는 금액의 이자를 한도로 한다)을 각 사업연도의 소득금액 계산에 있어서 손금에 산업하지 않도록 규정하고 있는바, 위 규정의 입법 목적은 차입금을 보유하고 있는 법인이 특수관계자에게 엽무와 관련 없이 가지급금 등을 지급한 경우 이에 상당하는 차입금의 지급이자를 손금불산입하도록 하는 조세상의 불이익을 주어 차입금을 생산적인 부분에 사용하지 아니하고 계열사 등 특수관계자에게 대여하는 비정상적인 행위를 제한함으로써 타인자본에 의존한 무리한 기업 확장으로 기업의 재무구조가 악화되는 것을 방지하고 기업자금의 생산적 운용을 통한 기업의 건전한 경제활동을 유도하는 데 있으며(헌법재판소 2007. 1. 17 선고 2005헌바75 결정 참조), 한편 법인세법상 지급이자 손금불산입의 대상이 되는 '업무와 관련 없이 지급한 가지급금 등'에서의 업무와 관련성 여부는 당해 법인의 목적사업이나 영업내용을 기준으로 객관적으로 판단되어야 한다(대법원 2007. 10. 25. 선고 2006두11125 판결 등 참조).

위 법리에 비추어 이 사건을 보건대, 원고가 제출한 증거만으로는 액화석유가스충전업체인 XX이 택시운수업체인 원고에게 시가보다 할인된 금액에 연료를 제공 하고 있고, 원고 소유 건물을 임차하면서 높은 수준의 임대료를 지급하고 있다는 점을 인정하기에 부족하고, 설령 위와 같은 사정들이 인정된다고 하더라도, 택시운수업체인 원고의 목적사업 및 영업내용 등에 비추어 볼 때 위 대여금이 원고의 사업과 어떤 직 접적인 관련성이 있다고 보기도 어렵다. 이 부분 원고 주장도 이유 없다.

3) 소득금액변동통지 관련 주장에 관한 판단

과세관청이 세무조사를 하는 과정에서 납세의무자로부터 확인서를 작성 받았다면 그 확인서가 작성자의 의사에 반하여 강제로 작성되었거나 혹은 그 내용의 마비 등으로 인하여 구체적인 사실에 대한 입증자료로 삼기 어렵다는 등의 특별한 사정이 없는 한 그 확인서의 증거가치는 쉽게 부인할 수 없다(대법원 2002. 12. 6. 선고 2001두2560 판결 등 참조).

위 법리에 비추어 이 사건에 관하여 보컨대, 앞서 본 사실관계 및 을 제9 내지 12호증의 각 기재와 변론 전체의 취지를 종합하여 인정할 수 있는 다음과 같은 사정, 즉 ① 원고의 정산확인서는 해당 월에 대한 근로자별 입금내역이 상세히 기재되어 있고 원고가 임의로 작성하여 보관하고 있는 상태에서 피고 서울지방국세청장이 원고에 대한 법인제세 통합조사시 원고의 사무실 컴퓨터에 저장된 자료를 확보한 것으로 그 내용을 신빙할 수 있는 점. ② 원고의 대표이사 정AA은 원고 법인을 설립한 창업주로서 원고 주식의 100%를 소유하고 있고. 2007년에 원고로부터 급여를 받은 내역도 존재하는 점. ③ 원고의 대표이사 정AA은 피고 서울지방국세청장이 원고에 대한 조사 후 정산확인서가 첨부된 이 사건 확인서에 서명하였고, 위 확인서가 정AA의 의사에 반하여 강제로 작성되었거나 내용이 미비하여 구체적인 사실에 대한 증명자료로 삼기 어렵다고 보이지 않는 점 등을 종합하면, 피고 서울지방국세청장이 이 사건 확인서와 정산확인서를 바탕으로 한 이 사건 각 부가가치세 처분과 이 사건 소득금액변동통지처분은 적법하다. 이 부분 원고 주장 역시 이유 없다.

4. 결론

원고의 피고들에 대한 청구는 모두 이유 없어 이를 기각하여야 한다. 제1심 판결 중 피고 금천세무서장에 대한 부분은 정당하다(소득금액변동통지처분 부분은 항소심에서 한 피고 경정으로 취하되어 그 부분 제1심 판결이 실효되었다). 원고의 피고 금천세무서장에 대한 항소와 항소심에서 추가된 피고 서울지방국세청장에 대한 청구를 모두 기각한다.