2. 항소비용은 원고가 부담한다.

이 법원이 이 부분에 관하여 설시할 이유는, 제1심 판결의 “1 처분 경위” 부분(제2쪽 제3행~제3쪽 제8행) 중에서 제1심 판결문 제2쪽 제13~14행의 “다. 피고는 2010. 8. 18. 원고의 위 양도소득세 기한 후 신고에 대하여 신고시인결정을 하고 원고에게 양도소득세 고지세액이 없다는 결정내용을 통지했다.” 부분을 “다. 피고는 2010. 8. 17.자로 원고의 위 양도소득세 기한 후 신고에 관하여 신고시인결정을 하고, 원고에게 양도소득세 고지세액이 없다는 결정내용을 통지했다(을 제1호증의 1, 이하, 위 신고시인결정을 ‘이 사건 처분’이라 한다).”라고 고쳐 쓰는 이외에는 위 처분 경위 부분 기재와 같으므로, 행정소송법 제8조 제2항 , 민사소송법 제420조 본문에 의하여 이를 인용한다.

2. 이 사건 처분을 행정처분으로 볼 수 있는지에 대하여

가. 관련 법리

행정소송 제도는 행정청의 위법한 처분, 그 밖에 공권력의 행사·불행사 등으로 인한 국민의 권리 또는 이익의 침해를 구제하고 공법상의 권리관계 또는 법률 적용에 대한 다툼을 적정하게 해결함을 목적으로 하는 것이므로, 항고소송의 대상이 되는 행정처분에 해당하는지 여부는 그 행위의 성질·효과 이외에 행정소송 제도의 목적이나 사법권에 의한 국민의 권익보호 기능도 충분히 고려하여 합목적적으로 판단하여야 한다( 대법원 2012. 6. 14. 선고 2010두19720 판결 등 참조). 또한, 행정청의 어떤 행위가 항고소송의 대상이 될 수 있는지의 문제는 추상적·일반적으로 결정할 수 없고, 구체적인 경우 행정처분은 행정청이 공권력의 주체로서 행하는 구체적 사실에 관한 법집행으로서 국민의 권리의무에 직접적으로 영향을 미치는 행위라는 점을 염두에 두고, 관련 법령의 내용과 취지, 그 행위의 주체·내용·형식·절차, 그 행위와 상대방 등 이해관계인이 입는 불이익과의 실질적 견련성, 그리고 법치행정의 원리와 당해 행위에 관련한 행정청 및 이해관계인의 태도 등을 참작하여 개별적으로 결정하여야 한다( 대법원 2012. 9. 27. 선고 2010두3541 판결 등 참조).

한편 신고납세방식의 조세라 하더라도 납세의무자가 법정신고기한 내에 신고하지 아니하여 그 기한이 경과된 경우에는 부과납세방식의 조세로 변경된다고 보아야 할 것이므로, 양도소득세에 관한 법정신고기한이 경과한 후에 한 납세의무자의 과세표준 등의 신고에는 그 납세의무를 확정시키는 효력이 없다고 할 것이다( 대법원 2005. 5. 27. 선고 2003다66271 판결 참조).

나. 판단

살피건대, 다음과 같은 이 사건 처분의 성질·효과, 그 내용과 형식, 그로 인하여 원고가 입는 불이익과의 실질적 견련성, 이 사건 처분에 관한 피고의 종전 태도 및 행정소송의 목적 등의 여러 사정을 앞서 본 법리와 종합해 볼 때, 이 사건 처분은 단순히 피고가 원고의 양도소득세 신고납부를 확인하고, 원고에 대한 양도소득세 고지세액이 없다는 내용을 통지한 사실행위에 불과하다고 볼 수는 없고, 항고소송의 대상이 되는 행정처분으로 봄이 상당하다.

(1) 원고가 전체양도주식을 양도한 2007. 5.경부터 2007. 11.경까지 사이에 시행되던 구 「국세기본법」(2006. 12. 30. 법률 제8139호로 개정된 것) 제45조의3 제1항 , 제3항 에서는 납세자가 양도소득세 등과 같은 신고납세방식의 조세에 관하여 법정신고기한이 지난 후에 과세표준신고서를 제출한 경우에 관할세무서장은 세법에 의하여 당해 양도소득세의 과세표준과 세액을 결정하도록 규정하고 있으므로, 과세관청은 납세자가 기한 후에 자진신고·납부한 양도소득세액이 내부적으로 결정한 과세표준 및 세액과 동일하여 새로이 납부할 세액이 없다고 하더라도, 그 취지를 서면으로 통지하여야 할 것인데, 피고는 이 사건 처분서(을 제1호증의 1)를 통하여 원고의 2010. 4. 30.자 양도소득 과세표준 신고 및 자진납부계산서(갑 제1호증, 이하, 위 계산서에 따른 원고의 신고를 ‘이 사건 신고’라 한다) 내용이 정당하여 신고시인 결정을 하였다는 취지를 통지하였으므로, 이는 기한 후 신고인 이 사건 신고에 대한 과세관청의 결정에 해당한다고 볼 수 있다.

(2) 또한, 앞서 인용한 사실과 증거 등에 의하면, 피고는 이 사건 처분서 이외에 달리 원고에게 기한 후 신고만 있었던 전체양도주식 양도에 관한 과세표준과 세액의 결정을 통지한 바 없는 것으로 보이는 이상, 기한 후 신고에 해당하는 이 사건 신고에 관한 결정 등의 법적 효과는 이 사건 처분서를 작성함으로써 발생한 것이라고 볼 수 있고, 그 상대방인 원고로서도 이 사건 처분서 외에 달리 피고 명의로 전체양도주식의 양도에 관한 처분서 형식의 문서를 별도로 받지 아니한 이상, 이 사건 처분서를 통하여 피고가 이 사건 신고에 관한 결정을 하는 것이라고 이해할 수밖에 없었을 것으로 보인다.

(3) 비록 이 사건 처분서는 관련 법령에 따른 납세고지서 형식을 갖추고 있지 않지만, 그 내용 중에는 원고가 신고·납부한 대로 과세표준과 세액을 결정한다는 취지가 기재되어 있고, 원고가 제출한 위 계산서에는 과세표준과 세율 및 구체적 세액이 자세히 기재되어 있음과 아울러 원고가 위 계산서에 따라 해당 세액을 자진하여 납부한 이상, 납세고지서의 기재사항 중 징수고지와 관련된 납부기한, 납부장소 등은 불필요한 사항에 불과하므로, 피고는 사실상 이 사건 처분서를 통하여 원고에 대한 전체양도주식 양도에 대한 양도소득세 부과를 대외적으로 공식화함과 아울러 원고의 권리의무에 변동을 가져오는 법적 효과가 발생하게 되었다고 볼 여지도 충분하다( 대법원 1997. 4. 11. 선고 96누19352 판결 참조).

(4) 피고는 원고가 이 사건 처분의 위법을 이유로 그 취소를 구하며 조세심판원에 제기한 심판청구 당시나 이 사건 제1심의 변론종결일까지는 기본적으로 이 사건 처분이 행정처분에 해당함을 전제로 이 사건 처분이 적법하다고만 주장하였던 점에 비추어 보면, 피고도 애초에는 이 사건 처분이 행정처분에 해당한다는 점을 당연히 전제하고 있었던 것으로 보인다.

(5) 한편 원고는 피고가 만들어낸 이 사건 처분서와 같은 외관과 이 사건 처분의 행정처분 해당 여부에 관한 종전의 피고 입장을 믿고서 이 사건 소를 유지한 것인데, 만일, 이 사건 처분이 행정처분이 아니라 단순한 사실행위에 불과하다고 본다면, 원고로서는 이 사건 신고 등에 따른 일련의 절차에서 납부한 양도소득세의 부담이라는 중대한 법률관계의 변화가 발생하였고, 위와 같이 납부한 양도소득세는 납부할 의무 없이 납부한 것으로 이를 전액 환급받아야 한다는 견해를 가지고 있음에도, 이 사건 처분은 행정처분이 아니라는 이유만으로, 원고가 부담한 양도소득세에 대한 위법사유를 주장할 기회가 제한될 수 있어 이는 부당하다.

(6) 비록 「국세기본법」 제45조의2 등에서는 신고한 과세표준과 세액 등에 잘못이 있는 경우에 납세의무자에게 감액경정청구권을 부여하고 있으나, 그와 같은 경정청구는 원칙적으로 신고납세방식의 조세에 관하여는 그 법정신고기한 내에 과세표준신고서를 제출한 경우에 허용되어, 기한 후에 위 계산서를 제출한 원고에게 감액경정청구권 자체가 없다고 볼 여지가 많아 보이고, 설령 원고에게 어떠한 경청청구권이 인정된다고 보더라도, 굳이 원고로 하여금 이 사건 신고에 대한 경정청구를 한 다음에 과세관청이 이를 거부할 경우 그 거부처분을 다투게 하는 것보다는, 이 사건 신고에 따라 원고가 부담한 양도소득세액이 정당하다는 과세관청의 의사가 최초로 이루어진 이 사건 처분 단계에서 원고로 하여금 그 적법성을 다툴 수 있도록 하여 원고가 주장하는 법적 불안 등에서 벗어날 기회를 제공하는 것이 법치행정의 원리에 부합한다.

다. 소결론

따라서 제1심 판결이 이 사건 처분은 사실행위에 불과하고 이를 항고소송의 대상이 되는 행정처분으로 볼 수 없다는 이유로, 원고가 이 사건 처분의 취소를 구하는 이 사건 소는 불복대상인 처분이 존재하지 않거나 항고소송이 될 수 없는 행위의 취소를 구하는 것으로 부적법하다고 보아 이 사건 소를 각하한 것은, 위와 결론을 달리하여 부당하지만, 이 사건에서는 이 법원이 본안 판단을 할 수 있을 정도로 심리가 된 경우에 해당한다고 판단되므로, 제1심 판결을 취소하여 이를 환송하지 아니하고, 아래에서 이 사건 본안에 대하여 판단하기로 한다( 행정소송법 제8조 제2항 , 민사소송법 제418조 주1) 단서 ).

3. 본안에 관한 판단

가. 원고의 주장 요지

회사의 주주 입장에서는 전혀 재산적 가치의 변동이 발생하지 않는 무상증자의 본질, 그와 관련된 대법원의 판결과 국세청의 기존 질의회신의 내용 및 실질과세의 원칙·조세형평 등을 고려해 보면, 원고가 2007년도에 양도한 전체양도주식 중에서, 원고가 2001. 9. 14. 소외 회사(에버테크노 주식회사)의 유상증자에 참여하여 취득한 쟁점1주식에 대한 자본잉여금의 자본전입에 따른 무상증자에 따라 원고가 2002. 3. 22.과 2006. 8. 8.추가로 취득한 쟁점양도주식(쟁점2, 3주식)에 관하여는, 위 양도 당시에 시행되던 「조세특례제한법」 제14조 규정 등의 해석상 양도소득세 비과세 대상에 해당한다고 볼 것이다.

따라서 피고는 이 사건 신고 당시에 위와 같은 비과세를 간과하고 원고가 납부한 양도소득세 중에서 이미 환급한 쟁점1주식 외에 쟁점양도주식에 관한 양도소득세도 환급할 의무가 있다 할 것이므로, 그와 다른 전제에 기초한 쟁점양도주식에 관한 이 사건 처분도 위법하여 취소되어야 한다.

나. 관계 법령

[별지] 기재와 같다.

다. 판단

(1) 원고가 주장한 양도소득세 비과세 적용을 받기 위한 요건

구 「조세특례제한법」(2008. 12. 26. 법률 제9272호로 개정되기 전의 것, 이하, ‘개정된 구 조세특례제한법’이라 한다) 제13조 제2항 , 제14조 제1항 제4호 , 구 「조세특례제한법 시행령」(2010. 2. 18. 대통령령 제22037호로 개정되기 전의 것, 이하, ‘구 조세특례제한법 시행령’이라 한다) 제12조 제1항 등에 의하면, 개정된 구 조세특례제한법 제14조 제1항 제4호 (이하, ‘이 사건 과세특례규정’이라 한다)에 따른 일정 주식 등의 양도소득세 비과세 적용을 받으려면, “① 창업 후 3년 이내인 벤처기업 또는 벤처기업으로 전환한 지 3년 이내인 벤처기업으로서 출자자와 구 「법인세법 시행령」(2011. 6. 3. 대통령령 제22951호로 개정되기 전의 것) 제87조 에서 정하는 특수관계가 없는 벤처기업일 것, ② 양도대상 주식은, ㉮ 1999. 1. 1.부터 2000. 12. 31.까지 사이에 벤처기업에 출자함으로써 최초로 취득한 것이거나[ 구 「조세특례제한법」(1998. 12. 28. 법률 제5584호로 전부 개정된 것, 이하, 위 법을 지칭할 경우에는 ‘개정전 구 조세특례제한법’이라 한다) 제14조 제1항 제4호 , 다만 타인의 주식을 양수하는 방법으로 취득한 것은 제외], ㉯ 2001. 1. 1.부터 설립 시 자본금으로 납입하거나 당해 기업의 설립 후 7년 이내에 유상증자, 잉여금의 자본전입, 채무의 자본전환에 의하여 취득한 것일 것, ③ 양도대상 주식은 출자일로부터 5년이 경과한 후에 양도하였을 것”이라는 요건이 충족되어야 한다.

(2) 원고의 쟁점양도주식 양도에 관하여 이 사건 과세특례규정의 적용 여부

(가) 앞서 인용한 사실과 갑 제2호증의 1, 2의 각 기재에 의하면, ① 원고가 2001. 9. 14. 창업 후 3년 이내이고 중소기업이며 벤처기업인 소외 회사의 유상증자에 참여하여 쟁점1주식을 취득할 당시에는 원고와 소외 회사 사이에 특수관계가 없었는데, 원고가 2002. 3. 22. 소외 회사 자본잉여금의 자본전입에 따른 무상주인 쟁점2주식을 취득할 당시에는 원고는 소외 회사 총 발행주식의 약 18%를 보유하고 있어 원고와 소외 회사는 특수관계에 있었던 사실, ② 또한, 원고가 2006. 8. 8. 소외 회사 자본잉여금의 자본전입에 따른 무상주인 쟁점3주식을 취득할 당시에도 원고는 소외 회사 총 발행주식의 9%를 보유하고 있어 원고와 소외 회사는 특수관계에 있었던 사실을 각 인정할 수 있고, 달리 반증이 없다.

(나) 한편, 이 사건 과세특례규정과 같이 개정되기 전인 개정전 구 조세특례제한법 제14조 제1항 제4호 의 입법 취지가 ‘개인의 벤처기업에 대한 직접 투자의 경우, 그 출자주식 및 지분 양도 시 양도세를 비과세함으로써 벤처기업에 대한 세제지원 효과를 배가’하려는 데에 있고, 이 사건 과세특례규정은 그 비과세의 대상이 되는 주식취득 방법으로 “설립 시” 자본금 납입과 ”7년 이내“의 유상증자, 잉여금의 자본전입 또는 채무의 자본전환에 의한 취득까지로 확대하여 규정한 취지 등에 비추어 보면, 구 조세특례제한법 시행령 제12조 제1항 제2호 가 ‘개인이 「특수관계가 없는 벤처기업에 대하여」 행한 출자’로 비과세대상을 규정한 문언상 의미는, 개인의 출자나 무상주 취득 당시에 개인 투자자와 벤처기업 사이에서 특수관계에 있지 않아야 한다는 것으로 이해된다. 따라서 원고가 소외 회사와 특수관계자의 지위에 있는지 여부를 판단함에 있어서는, 원고의 출자로 인한 주식 취득시점이나 무상주의 취득시점을 기준으로 소외 회사와 특수관계에 있었는지 여부로 판단하여야 한다고 봄이 상당하다.

(다) 그런데 위 인정 사실에 의하면, 원고가 쟁점2주식을 취득한 2002. 3. 22.과 쟁점3주식을 취득한 2006. 8. 8. 기준으로 원고는 쟁점1주식을 취득할 때와 달리 소외 회사와 특수관계자의 지위에 있었던 이상, 원고는 이 사건 과세특례규정을 적용하기 요건 중에서 위 “①”의 요건을 충족하지 못한다고 판단될 뿐만 아니라, 앞서 인용한 사실에 의하면, 쟁점3주식 양도에 있어서는 원고가 그 취득일인 2006. 8. 8.로부터 5년이 지나기 이전인 2007. 5.경부터 2007. 11. 사이에 이를 양도한 이상, 위 “③”의 요건도 갖추었다고 보기 어렵다고 판단된다.

(3) 쟁점양도주식의 취득시점에 대한 원고의 주장에 관한 판단

(가) 원고는, 자본잉여금의 자본전입에 따라 무상주가 발행되는 경우에 기존 주식에 이미 반영되어 있던 재산적 가치인 자본잉여금이 자본금으로 전입되면서 그 증자액만큼 신주가 발행되어 기존 주주에게 그 주식 수에 따라 균등하게 분배되는 것인데, 이러한 경우 회사 자본금은 변경되지만 순재산의 변동은 없고, 주주도 원칙적으로 그가 가진 주식의 수만큼 주식의 수가 늘어날 뿐 그가 보유하는 총주식의 자본금에 대한 비율이나 실질적인 재산적 가치에 아무런 변동이 없는 이상, 무상증자의 본질은 기존 주식의 분할로서 무상주는 기존 주식과 동일물에 해당하므로, 이 사건에서 원고가 무상주인 쟁점양도주식을 취득할 당시에 소외 회사와 특수관계에 있는지 여부는 무상주 취득 당시가 아니라 원고가 유상증자에 참여한 시기를 기준으로 판단함이 타당하다고 주장한다.

(나) 살피건대, 조세법률주의의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석하여야 할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하고, 특히 감면요건 규정 가운데 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세 공평의 원칙에도 부합한다고 할 것인데( 대법원 2008. 2. 15. 선고 2006두8969 판결 등 참조), ① 원고의 주장과 같이 무상주에 해당하는 쟁점양도주식의 성질이 기존에 원고가 유상증자로 취득한 쟁점1주식이 분할된 것이라고 보더라도, 원고가 쟁점1주식을 취득한 것과 쟁점양도주식을 취득한 것은, 그 취득일자와 취득원인이 엄연히 구별되는 이상, 쟁점양도주식이 실질적으로 쟁점1주식으로부터 분할된 것으로 평가할 수 있다는 사정만으로 원고가 쟁점양도주식을 취득한 시기 자체가 쟁점1주식을 원고가 취득한 시기로 소급하여 의제할 수 없다고 판단되는 점, ② 원고는, 주식발행초과금 등 상법상의 자본준비금과 자산재평가법상의 재평가적립금 등의 자본전입에 따른 무상주의 발행은 기존 주식의 재산적 가치에 반영되고 있던 주식발행초과금 등이 전입되면서 자본금이 증가함에 따라 그 증자액에 해당하는 만큼의 신주가 발행되어 기존의 주주에게 그가 가진 주식의 수에 따라 무상으로 배정되는 것이어서 회사의 자본금은 증가하지만, 순자산에는 아무런 변동이 없고, 주주로서도 원칙적으로 그가 가진 주식의 수만 늘어날 뿐 그가 보유하는 총 주식의 자본금에 대한 비율이나 실질적인 재산적 가치에는 아무런 차이가 없으므로 위 무상주는 실질적으로 기존 주식이 분할된 것과 다르지 않다고 볼 수 있다는 ‘ 대법원 2009. 3. 12. 선고 2007두8652 판결 ’, ‘ 대법원 2011. 7. 28. 선고 2009다90856 판결 ’ 등이 존재함을 이유로 쟁점양도주식의 취득시기를 원고가 실제로 취득한 시점이 아니라 쟁점1주식을 취득한 시점을 기준으로 결정하여야 한다는 취지로 주장하지만, 위 대법원 판결은 주식발행초과금 등의 자본전입에 따라 무상주가 발행되는 경우 그 법률적 효과에 대한 판단에 해당할 뿐이고, 위와 같은 경위로 발행된 무상주 취득시점을 기존 주식의 취득시점으로 볼 수 있다고 판단한 것은 아닐 뿐만 아니라, 대법원의 판결 중에는 무상주가 기존 주식에서 파생된 것이라 할지라도 그것이 신주로 발행되고 나면 그 근거주와 법률상 별개의 것으로 독립된 가치를 가지고, 주물과 종물의 관계에 있게 되는 것도 아니라고 본 사안( 대법원 1974. 6. 25. 선고 74다164 판결 참조)도 있는 사정에 비추어 볼 때, 대법원은 구체적 사안에 따라 해당 무상주의 법률적 성질을 달리 평가한다고 볼 여지도 충분한 점, ③ 한편, 주식의 양도차익에 대한 비과세 인정 여부는 입법 정책상의 문제로서, 무상증자로 취득한 주식의 법적 성격을 주주가 기존에 가지고 있던 주식의 분할로 인정할 수 있다는 사정만으로, 무상주를 기존 주식과 달리 평가하여 양도소득세를 부과할 수 없다는 논리 필연적인 결과가 발생한다고 단정하기도 어려운 점, ④ 나아가, 조세법률관계에서 과세관청의 행위에 대하여 비과세의 관행이 성립되었다고 하려면 장기간에 걸쳐 어떤 사항에 대하여 과세하지 아니하였다는 객관적 사실이 존재할 뿐만 아니라, 과세관청 자신이 그 사항에 대하여 과세할 수 있음을 알면서도 어떤 특별한 사정에 의하여 과세하지 않는다는 의사가 있고, 이와 같은 의사가 대외적으로 명시적 또는 묵시적으로 표시될 것이 필요한데( 대법원 2010. 9. 9. 선고 2009두23419 판결 등 참조), 비록 원고의 주장과 같이 국세청에서는 벤처기업에 최초로 출자할 당시에 벤처기업과 특수관계가 없었으나, 주식발행초과금의 자본전입에 따른 무상증자로 취득한 무상주 취득 당시에는 벤처기업과 특수관계에 해당하는 주주의 경우에 있어 무상증자로 취득한 무상주에 대하여 이 사건 과세특례규정이 적용되는지에 대한 질의에 대하여, 이 사건 과세특례규정이 적용될 수 있다는 취지로 회신(2009. 2. 18. 재산세과-577, 기록 87쪽 이하 참조)하였던 적이 있었던 것으로 보이나, 원고가 제출한 증거들만으로는 국세청이 위와 같은 해석을 장기간에 걸쳐 계속 유지하는 등으로 원고로 하여금 위 해석을 신뢰하는 것이 무리가 아니라고 인정될 정도로 이른 경우라고 단정할 수 없고, 달리 이를 인정할 객관적 증거도 부족한 점 등을 위 법리와 종합해 볼 때, 원고가 이 법원에서 주장하는 모든 사정을 고려한다고 하더라도, 쟁점양도주식의 양도에 관하여 이 사건 과세특례규정이 적용되어야 한다는 원고의 위 주장을 받아들일 수 없다.

라. 소결론

따라서 쟁점양도주식의 양도에 관하여는 이 사건 과세특례규정이 적용되어야 함을 전제로 이 사건 처분 중 쟁점양도주식에 관한 피고의 신고시인이 위법하다는 취지인 원고의 주장은 이유 없다.

4. 결론

그렇다면, 제1심 판결이 이 사건 소를 각하한 것은 부당하고, 앞서 살핀 바와 같은 이유로 원고의 이 사건 청구를 기각하여야 하지만, 원고만이 항소한 이 사건에서 불이익변경금지의 원칙상 항소인인 원고에게 불이익하게 원고의 청구를 기각하는 판결을 할 수 없으므로 제1심 판결을 취소하지 않고, 원고의 항소를 기각하기로 하여( 대법원 2002. 12. 10. 선고 2000다24894 판결 등 참조), 주문과 같이 판결한다.

[별지 관계법령 생략]

주1) 민사소송법 제418조(필수적 환송) 소가 부적법하다고 각하한 제1심 판결을 취소하는 경우에는 항소법원은 사건을 제1심 법원에 환송(환송)하여야 한다. 다만, 제1심에서 본안판결을 할 수 있을 정도로 심리가 된 경우, 또는 당사자의 동의가 있는 경우에는 항소법원은 스스로 본안판결을 할 수 있다.