가.청구법인이 2007년 12월부터 2012년 4월까지 OOO에게 OOO 국민임대주택단지 조성공사 용역(이하 “쟁점용역”이라 한다)을 제공하고 부가가치세가 면제되는 면적비율을 65.19%[국민주택 건설용지 면적(94,323㎡)/유상 공급면적(144,696㎡)]로 하여 부가가치세를 신고하였다.

나.처분청은 2014년 6월 OOO가 OOO국세청장에게 쟁점용역이 국민주택단지 조성과 직접 관련이 없는 단지 밖 토지 조성을 위한 공사라고 확인한 사실을 근거로 쟁점용역이 주택건설을 위하여 필수적으로 부수하여 공급한 것이 아니므로, 부가가치세 면제대상이 아니라 하여 쟁점용역 전체를 부가가치세 과세대상으로 하여 2014.7.7. 청구법인에게 2009년 제2기 부가가치세 OOO을 경정·고지하였다.

다.청구법인은 이에 불복하여 2014.10.2. 심판청구를 제기하였다.

2.청구법인 주장 및 처분청 의견

가.청구법인 주장

(1)국민주택 건설에 사용되는 택지조성공사는 국민주택건설용역의 범위에 포함되어 부가가치세 면제대상 용역에 해당하며, 주택단지 밖(무상공급면적)의 공사가액도 주택단지 건설에 필수적으로 수반되는 공사인바, 쟁점용역의 전체공급가액에 ‘국민주택 건설용지 면적(94,323㎡)/유상 공급면적(144,696㎡)’ 비율(65.19%)을 곱한 가액을 국민주택건설용역으로 보아 부가가치세를 면제하여야 한다.

또한, 청구법인이 적용한 위의 부가가치세 면제비율(65.19%)은 국민주택규모를 초과하는 건설용역의 경우 부가가치세 면제금액을 ‘당해 건설용역의 총 부가가치세×국민주택 건설용지 면적/유상 공급면적’으로 산정한다는 서울특별시 감사관의 ‘국민주택건설용역 부가가치세 산정방법 개선’이라는 보고서, ‘공공택지조성원가 산정기준 및 적용방법’이라는 건설교통부 고시(제2006-288호)에도 부합한다.

(2)설령, 쟁점용역에 있어 부가가치세 면제비율을 ‘국민주택 건설용지 면적/유상 공급면적’으로 보는 것이 타당하지 않다 하더라도 청구법인이 주택단지 안(국민주택분 포함)과 주택단지 밖의 택지조성공사 전체를 수행하였다는 사실과 주택 부수토지 조성공사가 주택에 필수적으로 부수되는 용역이라는 사실은 명확한바, 최소한 부가가치세 면제비율을 ‘국민주택 건설용지 면적(94,323㎡)/전체 공급면적(263,814㎡)’인 35.75%로 보아야 한다.

(3)설령, 쟁점용역 전체가 부가가치세 과세대상에 해당한다 하더라도 청구법인은 위 서울특별시 감사관의 보고서 내용에 따라 부가가치세 면제비율을 65.19%로 하여 부가가치세를 신고하였는바, 이는 권한있는 정부의 공적 견해 표명에 따른 것이어서 청구법인의 의무해태를 탓할 사유가 없으므로, 이 건 가산세는 취소되어야 한다.

나.처분청 의견

(1)청구법인은 쟁점용역의 부가가치세 면제비율을 ‘국민주택 건설용지 면적/유상 공급면적’ 또는 ‘국민주택 건설용지 면적/전체 공급면적’으로 하여야 한다고 주장하나, 청구법인이 수행한 택지조성공사는 국민주택건설에 필수적으로 부수되는 용역이 아닌 일반토목(사회간접시설) 공사로서, OOO는 서울특별시장이 승인한 토지이용계획에 따라 택지를 지정용도로 개발하기 위한 각종 공사(택지조성, 도로, 상하수도 등 간선시설, 전기, 통신 등)와 공동주택 건설용지로 지정된 용지에 대한 공동주택건설용역(단지토목공사, 건축, 전기통신, 조경 등)에 대하여 공사별로 토목공사업체와 건설업체는 별도로 각 계약하였는바,「조세특례제한법」(2010.1.1. 법률 제9921호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제106조 제1항 제4호에 따른 부가가치세 면제대상은 국민주택 및 그 주택의 건설용역을 의미하는 것이나, 쟁점용역은 택지를 지정용도로 개발하기 위하여 상하수도, 도로 등 사회간접시설 설치공사일 뿐, 주택에 부수하는 시설에 해당하지 않으므로 청구주장은 이유 없다.

(2)세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고·납부 등 각종 의무를 위반한 경우에 부과되는 행정상의 제재이고, 그와 같은 제재는 납세의무자가 그 의무를 알지 못하는 것이 무리가 아니었다고 할 수 있어 그를 정당시할 수 있는 사정이 있을 때 또는 그 의무의 이행을 그 당사자에게 기대하는 것이 무리라고 하는 사정이 있을 때 등 그 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우에는 이를 가할 수 없다할 것(대법원 2005.4.15. 선고 2003두4089 판결)인바, 청구법인이 납부세액을 바르게 신고하지 못한 데에 정당한 사유가 있었다고 볼만한 사정을 찾기 어렵다 할 것이므로, 이 건 가산세 부과처분이 부당하다는 청구주장을 받아들일 수 없다.

3.심리 및 판단

가.쟁점

①쟁점용역 관련 부가가치세 면제대상금액을 ‘국민주택 건설용지면적/유상 공급면적’으로 보아야 한다는 청구주장의 당부(주위적 청구)

②쟁점용역 관련 부가가치세 면제대상금액을 ‘국민주택 건설용지면적/전체 공급면적’으로 보아야 한다는 청구주장의 당부(예비적 청구)

③청구법인에게 가산세를 면제할 정당한 사유가 있는지 여부(예비적 청구)

나.관련 법령 : <별지> 기재

다.사실관계 및 판단

(1)청구법인이 제출한 자료에 대하여 살펴본다.

(가)OOO사장의 시설공사 시공실적증명서(2012.5.14.), 건설교통부 고시(제2007-552호, 2007.12.12.) 등에 따르면, 청구법인은 2007.12.13.OOO에게 OOO 국민임대주택단지 조성공사(공사기간 2007.12.20.～2012.4.30.)를 OOO원에 제공하기로 계약을 체결하였으며, 전체공사면적은 263,814㎡으로 나타난다.

(나)OOO사장이 청구법인에게 송부한 ‘세곡지구 개발면적 및 면세비율 회신’ 문서(2013.12.10.)에 따르면, OOO는 청구법인에게 쟁점용역의 면세비율을 준공시 기준으로 65.19%[국민주택 건설용지 면적(94,323㎡)/유상 공급면적(144,696㎡)]로 회신한 것으로 나타난다.

(다)OOO사장이 세곡지구 국민임대주택단지 조성공사 현장대리인에게 송부한 ‘국민주택건설 용역 부가가치세 관련 변경계약 요청’ 문서(2008.1.15.)에 따르면, OOO는 청구법인에게 발주한 세곡지구 국민임대주택단지 조성공사(쟁점용역)의 부가가치세 면제비율을 당초 ‘국민주택 건설용지 면적/전체 공급면적’으로 하여 계약을 체결하였으나, 서울특별시가 ‘국민주택건설용역 부가가치세 산정방법 개선’ 지침을 통해 면제비율을 ‘국민주택 건설용지 면적/유상 공급면적’으로 하도록 하고 있는바, 이에 따라 조속히 변경계약이 추진될 수 있도록 조치하여 주기 바란다고 기재되어 있다.

(라)서울특별시 감사관의 ‘국민주택건설용역 부가가치세 산정방법 개선’ 보고서(2007년 8월)에 따르면, 국민주택건설용역은 「조세특례제한법」제106조 제1항 제4호에 따라 부가가치세 면제대상으로서, OOO는 국민주택규모와 국민주택규모 초과 부분의 구분이 명확한 주택·건축 공사의 경우 부가가치세를 구분하여 납부하고 있으나, 택지비 등의 경우 과세 및 면세 구분이 불명확하다는 이유로 건설용역 전체에 대하여 부가가치세를 납부하고 있는바, 국민주택규모와 국민주택규모 초과 부분을 혼재하여 건설하는 경우 면세금액은 ‘당해 건설용역의 총 부가가치세×국민주택규모면적/총 유상공급면적’으로 산정하여야 하며, 이에 따라 기납부한 부가가치세는 경정청구하고, 미납부한 부가가치세는 감액 조치하도록 하라고 기재되어 있다.

(마)그 밖에 청구법인은 서울특별시장이 OOO사장에게 송부한 ‘국민주택건설용역 경정청구 및 감액 설계변경 철저 시행’ 문서(2007.9.3.),건설교통부 고시(제2006-288호,공공택지조성원가 산정기준 및 적용방법), OOO 현장 도면·항공사진등을 제출하였다.

(2)OOO가 작성한 확인서(2013년 5월)에 따르면, OOO는 각 지구별로 국민주택단지 조성과 직접 관련이 없는 단지 밖 토지 조성비, 도로·상하수도 건설비 및 조경 공사비(국민주택단지 밖 공원 조성비) 등을 국민주택건설용역에 부속되는 건설용역으로 보아 총 택지조성 면적 중 국민주택단지조성 면적으로 안분계산하여 국민주택단지 조성비에 대하여는 각 시행사로부터 세금계산서가 아닌 계산서를 수취하였음을 확인하고 있으며, 여기에 첨부된 각 지구별·시행사별 세금계산서 및 계산서 수취 현황에는 청구법인(세곡지구)이 기재되어 있다.

(3)이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 먼저, 쟁점① 및 쟁점②에 대하여 살피건대, 「조세특례제한법」제106조 제1항 제4호 및 같은 법 시행령(2010.2.18. 대통령령 제22037호로 개정되기 전의 것) 제106조 제4항에서「주택건설촉진법」등에 의하여 등록을 한 자가 공급하는 일정규모 이하의 주택건설용역에 대하여는 부가가치세를 면제하도록 규정되어 있는바, 이 때 부가가치세 면제대상인 국민주택건설용역은 당해 국민주택건설용역과「주택건설촉진법」등이 규정하고 있는 부대시설 및 복리시설을 주택의 공급에 부수하여 공급하고 그 대가를 아파트 분양가액에 포함하여 받은 경우를 말한다 할 것(대법원 1992.2.11. 선고 91누7040 판결, 같은 뜻임)이나, 쟁점용역은 국민주택 단지 밖에 위치한 사회간접시설공사로서「주택건설촉진법」등이 규정하고 있는 국민주택부대시설 및 복리시설에 해당하지 아니하며, 동 공사의 비용은 주택공급시 분양가격에 직접적으로 반영되지 않을 뿐 아니라 주택건설에 필수적으로 부수하여 공급되는 것도 아니어서 주택법령에서 규정하고 있는 국민주택복리시설 및 복리시설에 해당하지 않는 것으로 나타나고 있어 쟁점용역이 국민주택건설용역에 부수하여 공급되어 부가가치세 면제대상용역에 해당한다고 할 수 없으므로, 청구주장을 받아들일 수 없다 할 것이다(조심 2014중3577, 2014.10.27., 같은 뜻임).

(4)다음으로, 쟁점③에 대하여 살피건대, 세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고·납부 등 각종 의무를 위반한 경우에 부과되는 행정상의 제재이고, 그와 같은 제재는 납세의무자가 그 의무를 알지 못하는 것이 무리가 아니었다고 할 수 있어 그를 정당시할 수 있는 사정이 있을 때 또는 그 의무의 이행을 그 당사자에게 기대하는 것이 무리라고 하는 사정이 있을 때 등 그 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우에는 이를 가할 수 없다 할 것(대법원 2005.4.15. 선고 2003두4089 판결)인바,청구법인이 서울특별시 감사관의 보고서 내용에 따라 부가가치세를 신고하였다 하더라도 청구법인이 부가가치세가 면제되는 국민주택건설용역의 범위를 오인하였다는 사정은 가산세를 부과하지 아니할 수 있는 정당한 사유에 해당하지 않으므로, 청구법인에게 가산세를 포함하여 부가가치세를 부과한 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다(조심 2014서1206, 2014.9.17. 외 다수, 같은 뜻임).

4.결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

(1)조세특례제한법(2010.1.1. 법률 제9921호로 개정되기 전의 것)

제106조(부가가치세의 면제 등) ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 재화 또는 용역의 공급에 대하여는 부가가치세를 면제한다. 이 경우 제1호부터 제3호까지 및 제9호의 규정은 2009년 12월 31일까지 공급한 분에 한하여 이를 적용하고, 제4호의2 및 제11호는 2011년 12월 31일까지 공급한 분에 한하여 이를 적용하며, 제8호의 규정은2010년 12월 31일까지 실시협약이 체결된 분에 한하여 이를 적용한다.

4. 대통령령이 정하는 국민주택 및 당해 주택의 건설용역(대통령령이 정하는 리모델링 용역을 포함한다)

(2)조세특례제한법 시행령(2010.2.18. 대통령령 제22037호로 개정되기 전의 것)

제106조(부가가치세 면제 등) ④ 법 제106조 제1항 제4호에서 "대통령령이 정하는 국민주택 및 당해 주택의 건설용역"이란 다음 각 호의 것을 말한다.

1. 제51조의2 제3항에 규정된 규모 이하의 주택

2. 제1호의 규정에 의한 주택의 건설용역으로서「건설산업기본법」·「전기공사업법」·「소방법」·「정보통신공사업법」·「주택법」·「하수도법」 및 「가축분뇨의 관리 및 이용에 관한 법률」에 의하여 등록을 한 자가 공급하는 것

3. 제1호의 규정에 의한 주택의 설계용역으로서「건축사법」,「전력기술관리법」,「소방시설공사업법」,「기술사법」및「엔지니어링 기술진흥법」에 따라 등록 또는 신고를 한 자가 공급하는 것

(3)국세기본법(2010.1.1. 법률 제9911호로 개정되기 전의 것)

제48조(가산세의 감면 등) ① 정부는 이 법 또는 세법에 따라 가산세를 부과하는 경우 그 부과의 원인이 되는 사유가 제6조 제1항의 규정에 따른 기한연장 사유에 해당하거나 납세자가 의무를 불이행한 것에 대하여 정당한 사유가 있는 때에는 해당 가산세를 부과하지 아니한다.

제6조(천재 등으로 인한 기한의 연장) ① 천재·지변 기타 대통령령이 정하는 사유로 인하여 이 법 또는 세법에 규정하는 신고·신청·청구 기타 서류의 제출·통지·납부를 정하여진 기한까지 할 수 없다고 인정하거나 납세자의 신청이 있는 경우에는 관할세무서장은 대통령령이 정하는 바에 의하여 그 기한을 연장할 수 있다.

(4)국세기본법 시행령(2010.2.18. 대통령령 제22038호로 개정되기 전의 것)

제2조(기한연장 및 담보제공) ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우로서 세무서장이 인정하는 때에는 법 제6조의 규정에 의하여 기한을 연장할 수 있는 사유가 있는 것으로 한다.

1. 납세자가 화재·전화 기타 재해를 입거나 도난을 당한 때

2. 납세자 또는 그 동거가족이 질병으로 위중하거나 사망하여 상 중인 때

3. 납세자가 그 사업에 심한 손해를 입거나, 그 사업이 중대한 위기에 처한 때(납부의 경우에 한한다)

3의2. 정전, 프로그램의 오류 기타 부득이한 사유로 한국은행(그 대리점을 포함한다) 및 체신관서의 정보통신망의 정상적인 가동이 불가능한 때

3의3. 금융기관(한국은행 국고대리점 및 국고수납대리점인 금융기관에 한한다) 또는 체신관서의 휴무 그밖에 부득이한 사유로 인하여 정상적인 세금납부가 곤란하다고 국세청장이 인정하는 때

4. 권한있는 기관에 장부·서류가 압수 또는 영치된 때

5. 납세자의 형편, 경제적 사정 등을 고려하여 기한의 연장이 필요하다고 인정되는 경우로서 국세청장이 정하는 기준에 해당하는 때(납부의 경우에 한한다)

6. 제1호·제2호 또는 제4호에 준하는 사유가 있는 때