2. 소송비용은 피고가 부담한다.

청 구 취 지

주문과 같다.

가. 원고는 AA공제회법에 근거하여 AA공무원 등으로 재직 중이거나 재직하였던 자에 대한 효율적인 공제제도를 확립・운영함으로써 이들의 생활안정과 복지 증진을 위하여 회원에 대한 급여, 대여, 회원을 위한 각종 복리・후생사업 등을 영위하는 비영리내국법인(이하 '비영리법인'이라 한다)이다.

나. 원고는 회원들로부터 매월 일정 금액(이하 '부담금'이라 한다)을 납입 받아 이를 재원으로 하여 주식, 채권, 부동산 등에 투자하거나 AA병원 장례식장 운영 등 각종 수익사업을 하고, 회원에게 퇴직, 면직 등의 사유가 발생한 경우 회원들이 납부한 부담금 원금에 원고의 정관에서 정한 지급 기준에 따른 비율의 금액(이하 '부가금'이라 한다)을 합한 금액을 퇴직급여(이하 '이 사건 퇴직급여'라 한다)로 지급하고 있다.

다. 원고는 위와 같이 수익사업을 통해 얻은 소득과 관련하여 2010 사업연도 법인세 신고를 하면서 위 사업연도 기말에 적립해야 할 지급준비금 총액(해당 사업연도 기말 현재 부담금을 납부한 회원들이 일시 퇴직할 경우 지급해야 하는 부가금 총액)에서 장부상 적립되어 있는 지급준비금 잔액을 뺀 나머지 금액인 71,099,074,223원을 추가로 지급준비금으로 적립한 후, 그 중 고유목적사업준비금 한도액인 53,000,000,000원을 신고조정을 통해 손금산입하여 위 사업연도 소득금액을 11,333,356,402원으로 산정하고, 산출세액을 2,469,338,408원으로 계산하여 법인세를 신고・납부하였다.

라. 원고는 2014. 3. 27. 피고에게 위와 같이 2010 사업연도에 추가로 적립한 71,099,074,223원의 지급준비금 전부가 수익사업의 수익에 대응하는 비용으로 수익사업 소득 산정시 직접 손금에 산입되어야 함을 이유로 아래 표 기재와 같이 위 71,099,074,223원 전부를 손금에 산입하였을 경우의 세액보다 과다 납부한 위 사업연도 법인세 2,529,050,660원을 환급하여 달라는 경정청구를 하였으나, 피고는 2014. 5. 15. 원고의 위 경정청구를 거부하였다(이하 '이 사건 처분'이라 한다).

구분

당초 신고시

경정 청구시

당기순이익

20,751,166,231

20,751,166,231

익금산입/손금불산입

179,853,357,488

179,853,357,488

손금산입/익금불산입

189,271,167,317

207,370,241,540

소득금액

11,333,356,402

△6,765,717,821

과세표준

11,333,356,402

△6,765,717,821

산출세액

2,469,338,408

0

가산세액

59,712,252

0

결정세액

2,529,050,665

0

마. 원고는 이 사건 처분에 불복하여 2014. 7. 29. 조세심판원에 심판청구를 하였으나, 2016. 4. 14. 기각되었다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 9호증, 을 제 1, 2호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 주장 및 판단

가. 당사자들의 주장

1) 원고의 주장

가) 주위적으로, 원고가 회원들로부터 납입 받은 부담금을 재원으로 운영한 수익사업에서 얻은 소득에 대하여 법인세를 과세하는 이상 회원들에게 지급되는 부가금은 부담금 납입에 대한 대가로서 지급되는 이자비용에 해당하여 손금산입되어야 하고, 부가금이 원고의 고유목적사업으로 정한 퇴직급여로서 지급되는 것이라고 하더라도, 원고가 지급하여야 하는 부가금은 부담금의 운용수익에 대응하는 비용으로서 부담금 운용수익과 수익・비용 대응의 관계에 있다고 할 것이므로, 수익사업의 손금에 해당한다.

나) 예비적으로, 부가금은 원고의 고유목적사업으로 정한 이 사건 퇴직급여 사업의 지출이 아닌 수익사업의 지출에 해당하므로 수익사업의 손금으로 산입되어야 하거나, 피고의 주장처럼 부가금이 비수익사업인 급여사업의 비용에 해당하여 수익사업의 손금에서 제외되어야 한다면 부담금의 운용수익을 수익사업이 아니라 원고의 고유목적사업인 기금조성사업의 수익에 해당한다고 보아야 하므로, 법인세 과세대상에서 제외하여야 한다.

다) 결국 원고가 2010 사업연도에 추가로 적립한 71,099,074,223원의 지급준비금 전부를 손금산입하거나, 원고의 부담금 운용수익을 과세대상 소득으로 보지 않을 경우 원고가 위 사업연도에 납부할 법인세가 존재하지 않게 됨에도, 이와 다른 전제에서 원고의 경정청구를 받아들이지 아니한 피고의 이 사건 처분은 위법하므로 취소되어야 한다.

2) 피고의 주장

가) 부가금의 지급은 고유목적사업행위 그 자체로서 원고의 구성원에 대한 배당과 같은 성격을 갖는 것이므로 수익사업에 관한 비용으로 볼 수 없고, 법인세법에 따라 고유목적사업준비금으로 계상된 금액 중 한도액 범위 내의 것만이 법인세법상 특례에 따라 손금으로 인정될 수 있을 뿐이다. 설령 부가금 지급비용이 회계상 비용에 해당한다고 보더라도, 부가금의 지급은 구성원에 대한 이익의 배분과 유사한 성격의 것이고, 이익잉여금의 처분과 같은 자본거래는 법인세법상 손금에 산입되지 않는 것이므로, 법인세법상 손금으로 인정할 수 없다.

나) 법인세법 등 관계 법령에 의할 때 법인이 지급하는 이자의 경우 결산을 확정함에 있어서 이미 경과한 기간에 대응하는 이자를 당해 사업연도의 손금으로 계상한 경우에 그 계상한 사업연도의 손금으로 하는 것인데, 원고가 손금산입되어야 한다고 주장하는 부가금이 결산서에 손금으로 계상된 바 없으므로, 이를 손금으로 인정할 수 없다.

나. 관계 법령

별지 기재와 같다.

다. 인정사실

1) 원고의 사업에 관한 정관의 내용은 아래와 같다.

제27조(목적사업) 공제회는 그 목적을 달성하기 위하여 다음의 사업을 한다.

1. 회원퇴직(중도탈퇴), 사망, 공상, 출산, 결혼, 장학금 등 정관 제40조 및 급여규정 제9조에 규정된 회원에 대한 급여

2. 회원에 대한 대여

3. 회원을 위한 각종 복지후생사업 및 시설의 운영

4. AA행정 발전을 위한 연구 활동 및 AA관서 사용 토지 등 지원

5. 부담금, 정부보조금, 상속, 증여, 기부, 출연 등 공제회의 목적을 달성하기 위한 기금조성사업

6. 목돈수탁복지저축

제28조(수익사업) ① 공제회는 그 목적을 달성하기 위하여 다음과 같은 수익사업을 할 수 있다.

1. 금융투자상품(이자 또는 처분익 등을 목적으로 하는 모든 금융상품)의 매매 등

2. 일반사업

③ 제1항 제2호의 일반사업은 다음 각호와 같다.

1. 제조업, 건설업, 도・소매업 및 소비자용품수리업, 부동산 임대 및 사업 서비스업 등 수익이 발생하는 사업으로 관련 법령이 정하는 것

2. 고정자산의 처분

3. 제1항 제1호 이외의 이자소득이 발생하는 사업

4. 배당소득 및 분배금이 발생하는 사업(출자 등)

5. 그 밖에 상기 이외에 대가를 얻는 계속적 행위로 인하여 생기는 수입

6. 용역경비업

7. 위생관리용역업

8. 근로자파견업

9. 방역소독업

10. 시설물유지관리업

11. 일반용역업

12. 주차장관리업

2) 원고의 정관 제27조 제1호에서 목적사업으로 규정하고 있는 이 사건 퇴직급여의 경우, 국가AA공무원 등과 같이 원고의 회원으로 가입할 수 있는 자가 원고의 정관 및 AA공제급여규정(이하 '급여규정'이라 한다)에서 정한 가입절차에 따라 가입신청을 하고 부담금을 납입함으로써 회원이 되고, 회원은 60구좌 이내에서 원하는 구좌수를 선택하여 1구좌당 매월 5,000원의 부담금을 납입하여야 하며, 회원이 퇴직을 하면 그 동안 납부한 부담금에 부가금을 가산한 급여금을 지급받고, 회원이 퇴직, 사망 이외의 해약(탈퇴) 등의 사유로 자격을 상실하는 경우에는 그 동안 납부한 부담금에 정관 등에서 정한 중도탈퇴자 지급율을 적용한 부가금을 가산한 급여금을 지급받게 된다[위 각 급여금은 회원들이 납입한 부담금과 그 부담금을 납입한 시점에 따라 연 14.5% ~ 연 7%의 이율(복리)을 적용하여 산출한 금액(부가금)을 합산한 금액으로, 위 이율 산정의 기준이 되는 원고 정관 별표 2의 가-1.부터 가-5.는 부담금 납입 시점에 따라 달라지는 퇴직급여금 지급율을 경과년수에 따른 배율로 산정한 것이고, 급여규정 별표 1의 가.는 1구좌(5,000원)를 기준으로 경과년수 및 경과월수에 따른 배율을 산정한 것이다].

3) 원고의 회원 가입자격과 자격취득에 관한 정관 및 급여규정의 내용은 아래와 같다.

정관

제4조(회원 및 가입자격) ① 공제회의 회원은 일반회원과 특별회원으로 구분한다.

② 일반회원에 가입할 수 있는 사람은 다음 각호의 1에 해당하는 자로 한다.

1. AA공무원법에 의한 국가AA공무원

2. 제주특별자치도 설치 및 국제자유도시 조성을 위한 특별법에 의한 자치AA공무원

3. AA관서에 근무하는 일반직, 기능직, 별정직 공무원 및 무기계약직

4. 공제회의 임원 및 직원

③ 특별회원에 가입할 수 있는 사람은 일반회원으로 총 3년 이상 있었던 사람으로 한다.

제5조(자격취득) ① 일반회원 및 특별회원이 되고자 하는 사람은 공제회가 정한 가입절차에 따라 가입신청을 하고 일반회원은 최초의 부담금을, 특별회원은 최초의 예탁금을 납부한 날부터 그 자격을 각각 취득한다.

제6조(권리・의무) 회원은 다음 각호에 정한 권리와 의무를 갖는다.

1. 회원이 그 자격을 상실하거나 원에 의하여 공제회를 탈퇴한 때에는 납부한 부담금 또는 예탁금의 반환을 청구할 권리를 갖는다.

2. 회원은 복지시설이용 등 공제회의 복지혜택을 받는다.

3. 회원은 소정의 부담금 또는 예탁금을 납부하고, 공제회 운영에 협조할 의무를 진다.

제7조(자격상실) 회원이 다음 각호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생한 때에는 그 자격을 상실한다.

1. 퇴직

2. 탈퇴 또는 해약

3. 제명

4. 계속하여 6개월 이상 부담금을 납입하지 아니한 때

5. 사망

급여규정

제3조(회원가입 절차) ① 정관 제4조에 의한 회원가입 자격이 있는 자는 최초 부담금을 납부함으로써 회원의 자격을 얻는다.

4) 원고의 자본금, 부담금 및 급여 등에 관한 정관 및 급여규정의 내용은 아래와 같다.

정관

제29조(대차대조표의 구분) ① 공제회의 대차대조표는 자산, 부채와 자본으로 구분한다.

② 자본 중 다음에 해당하는 자본은 기본자본금으로 하고 그 이외는 이익잉여금 등 기업회계기준에 따라 구분, 표시한다.

1. 설립시 승계 또는 보유하고 있는 자본

2. 기부에 의하거나 무상으로 취득한 자산 중 대의원회에서 기본자본금으로 편입할 것을 의결한 자산

3. 그 밖에 이익잉여금 중 대의원회에서 기본자본금으로 편입할 것을 의결한 자산

제37조(부담금) ① 일반회원의 부담금은 원하는 구좌수별로 하되 1구좌당 5,000원으로 한다.

② 가입구좌 한도 및 부담금 관리운영은 별도의 규정으로 정한다.

제38조(부담금의 납부방법) 회원은 매월 소정의 절차에 따라 부담금을 납부한다.

제40조(급여의 종류) ① 회원에 대한 급여의 종류는 다음 각호와 같다.

1. 퇴직급여

2. 순직급여

3. 사망급여

② 회원에 대한 부조금의 종류는 다음 각호와 같다.

1. 공상요양부조금

2. 출산부조금, 결혼축의금 등

3. 장학금

③ 전항 제1호의 급여금은 별표 2의 급여금 지급기준에 따라 산출하여 지급한다. 다만, 퇴직급여금의 경우 1989년 10월부터 1999년 3월 31일 까지는 별표 2 '가-5' 퇴직급여금지급율(연 14.5%)을 적용하고, 1999년 4월 1일부터 1999년 8월 31일까지는 별표 2 '가-4' 퇴직급여금지급율(연 12.5%)을 적용하며, 1999년 9월 1일부터 2002년 6월 30일까지는 별표 2 '가-3' 퇴직급여금지급율(연 10%)을 적용하며, 2002년 7월 1일부터 2005년 12월 31일까지는 별표 2 '가-2' 퇴직급여금지급율(연 8%)을 적용하며, 그 이후부터는 별표 2 '가-1' 퇴직급여금지급율(연 7%)을 적용하여 산출한 금액을 합산 지급한다.

제40조의2(퇴직급여율의 조정) ① 기준금리가 최종급여율 조정 당시보다 10% 이상 변동될 때에는 별표 2의 퇴직급여금지급율표를 조정할 수 있다.

② 제1항의 기준금리는 최근 1년간 국제결제은행 기준 자기자본비율 상위 5개 시중은행의 1년 만기 정기예금금리의 평균금리로 한다.

제40조의3(부담금의 반환) ① 일반회원이 정관 제7조 제2, 3, 4호에 해당하는 사유로 자격이 상실된 때에는 부담금을 반환한다.

② 부담금의 반환은 별표 2의 '나' 중도탈퇴자 급여금 지급률을 적용, 산출한 급여금을 지급한다.

제41조(급여금의 계산) 회원이 자격상실시에 급여금 계산은 자격을 취득한 날이 속하는 달부터 기산하여 부담금을 마지막 납부한 달까지로 하되 부담금을 납부하지 않은 달은 산입하지 아니 한다.

급여규정

제6조(부담금 가입한도 및 납부의무) ① 정관 제37조 제2항의 규정에 의한 회원의 가입구좌한도는 60구좌 이하로 한다.

② 회원은 구좌수에 의한 부담금을 매월 봉급에서 지부장 또는 분회장을 거쳐 이사장에게 납부한다.

제9조(급여 및 부조금의 지급) ① 회원에 대한 급여금은 다음 각호와 같이 지급한다.

1. 퇴직하였을 경우 : 퇴직급여금(중도탈퇴 포함)

2. 순직하였을 경우 : 퇴직급여금과 순직급여금(일반・특별)

3. 사망하였을 경우 : 퇴직급여금과 순직급여금

② 회원에 대한 부조금은 다음 각호와 같이 지급한다.

1. 공상을 입었을 경우 : 공상요양 부조금

2. 회원본인 또는 배우자가 출산하였을 경우 : 출산부조금

3. 회원본인이 결혼하였을 경우 : 결혼축의금

4. 회원본인이 공적인 업무와 관련하여 권리구제・명예회복 등을 위해 중재・소송을 제기한 경우 : 법률구조지원금

③ 퇴직급여금은 정관 별표 2의 급여금 지급기준에 의하여 작성한 별표 1 '가'의 퇴직급여금 지급액 조견표에 의거 지급하며, 일반순직・특별순직・사망급여금, 공상요양부조금 및 출산부조금, 결혼축의금은 별표 1 '나'・'나-1'・'다'・'라'・'마'의 지급액 표에 의거 지급하고, 법률구조지원금의 지원범위와 지급방법 등 세부사항은 이사장이 따로 정한다.

④ 정관 제40조의3에 의한 부담금의 반환은 정관 별표 2 '나'의 지급률 표에 의거 지급한다.

5) 원고의 회원 수는 2010. 12. 31. 기준 000명이고, 원고의 2010 사업연도 기초 시점의 지급준비금(이월된 2009 사업연도 기말 시점의 지급준비금 잔액)은 364,782,648,836원이며, 2010 사업연도 지급준비금 감소액은 32,594,489,347원, 증가액은 491,723,598원이고, 이를 반영한 2010 사업연도 기말 시점의 지급준비금 잔액은 332,679,883,087원(= 364,782,648,836원 - 32,594,489,347원 + 491,723,598원)이 되며, 2010 사업연도 기말 현재 부담금을 납부한 회원들이 일시 퇴직할 경우를 상정하였을 경우 원고가 회원들에게 지급해야 하는 부가금 총액은 403,778,957,310원이다.

6) 원고는 위와 같이 2010 사업연도 기말 현재 부담금을 납부한 회원들이 일시 퇴직할 경우 지급하여야 하는 부가금 총액은 403,778,957,310원과 위 사업연도 기말 시점의 지급준비금 잔액인 332,679,883,087원의 차액인 71,099,074,223원을 원고의 2010 사업연도 공제사업회계 손익계산서에 지급준비금 전입액으로 계상하고, 그 중 고유목적사업준비금 한도액인 53,000,000,000원을 신고조정을 통해 손금산입하여 법인세를 신고・납부하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제2 내지 6, 10 내지 14, 19호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

라. 판단

1) 비영리법인의 수익사업에 관한 손금

가) 구 AA공제회법(2014. 12. 30. 법률 제12913호로 개정되기 전의 것, 이하 'AA공제회법'이라 한다)은, AA공무원법에 따른 국가AA공무원 등을 공제회의 회원이 될 수 있는 자로 하면서 회원이 되고자 하는 자는 가입신청서를 제출하고 최초의 부담금(회비)을 납입한 날에 그 자격을 취득하고(제7조), 회원은 부담금을 납부하고 공제회의 운영에 협조할 의무를 지며, 정관이 정하는 바에 의하여 급여 및 대여와 복지시설을 이용할 권리가 있고, 퇴직 등의 사유로 자격을 상실하거나 임의로 공제회를 탈퇴한 때에는 정관으로 정하는 바에 의하여 본인이 납부한 부담금 등의 반환을 청구할 수 있으며(제8조), 공제회는 그 목적을 달성하기 위하여 회원에 대한 급여의 지급, 회원을 위한 복지후생시설의 설치・운영, 기금조성을 위한 사업 등의 사업을 하되, 그 목적 달성을 위한 필요한 범위 안에서 수익사업을 할 수 있고(제16조), 공제회의 자본금은 회원의 부담금과 국가의 보조금으로 한다(제17조 제1항)고 규정하고 있다.

나) 한편 구 법인세법(2010. 12. 30. 법률 제10423호로 개정되기 전의 것, 이하 '법인세법'이라고 한다)은 비영리법인이 '각 사업연도의 소득' 및 '토지 등 양도소득'에 대하여는 법인세 납세의무를 진다(제3조 제1항)고 규정하고 있고, 비영리법인의 각 사업연도의 수입은 그 각 호의 사업 또는 수입에서 생기는 소득으로 한다(제3조 제3항)고 규정하고 있다. 또한 법인세법 제29조 제1항은 비영리법인이 각 사업연도에 그 법인의 고유목적사업 등에 지출하기 위하여 고유목적사업준비금을 손금으로 계상한 경우에 일정 한도액의 범위 안에서 이를 손금에 산입하도록 규정하고 있고, 제3항 제4호는 고유목적사업준비금을 손금에 계상한 사업연도의 종료일 이후 5년이 되는 날까지 고유목적사업 등에 사용하지 아니한 때에는 그 잔액을 해당 사유가 발생한 날이 속하는 사업연도의 익금에 산입하도록 규정하고 있다. 이와 같은 규정들은 비영리법인이 고유목적사업준비금으로 계상한 부분에 대하여 고유목적사업 등에 지출하기 전이라도 미리 손금에 산입할 수 있도록 허용하는 대신 고유목적사업준비금을 손금에 계상한 사업연도의 종료일 이후 5년이 되는 날까지는 고유목적사업 등에 지출이 이루어져야 한다는 점을 전제로 하여 위 기간 동안 과세를 이연함으로써 비영리법인이 공익사업을 원활하게 수행할 수 있도록 하기 위한 것으로서(대법원 2017. 3. 9. 선고 2016두59249 판결 등 참조), 비영리법인이 수익사업의 수익에 대응하는 비용에 해당하는지 여부에 관계 없이 고유목적사업준비금을 손금으로 계상한 경우에 이를 손금으로 인정하여 주는 특례를 마련하여 둔 것으로 봄이 타당하므로, 고유목적사업준비금에 관한 위 규정이 비영리법인의 수익사업의 수익에 대응하는 비용을 손금으로 산입하는 것을 배제하는 규정이라고 볼 수 없다.

다) 위와 같은 법령의 규정과 고유목적사업준비금의 취지에 비추어 보면, 비영리법인인 공제회가 회원들로부터 수취한 부담금 등을 재원으로 수익사업을 하고 그 수익으로 마련한 부가금을 해당 회원의 부담금 상당액에 더하여 지급하는 경우에는, 그와 같은 부가금의 지급이 급여사업으로서 공제회의 고유목적사업에 해당한다고 하더라도, 그 고유목적사업을 수행하기 위하여 영위하는 수익사업에 관하여는 그로 인한 소득금액에 관하여 법인세가 과세되는 것이므로 비영리법인인 공제회의 수익사업과 관련하여 발생하는 비용이 있다면 이는 수익사업에 관한 손금으로 인정되어야 한다고 볼 것이고, 이와 달리 비영리법인의 수익사업에 관한 손금 산입과 영리법인의 사업에 관한 손금 산입을 서로 달리 취급할 이유가 없다.

2) 부가금이 원고의 수익사업에서의 수익에 대응하는 비용인지 여부

가) 관련 법리 등

수익・비용대응의 원칙이란 실현된 수익과 그 수익에 관련된 원가・비용・손실을 대상적으로 또는 기간적으로 대조하여 계산・표시하는 것을 말하는 것으로서, 동일한 거래나 사건에 관련된 수익과 비용을 동시에 인식하도록 함으로써 수익・비용에 관한 인식의 왜곡을 막고자 함에 그 취지가 있는데, 법인세법은 이를 명시적으로 규정하고 있지는 않으나 제14조 제1항에서 '내국법인의 각 사업연도의 소득은 그 사업연도에 속하는 익금의 총액에서 그 사업연도에 속하는 손금의 총액을 공제한 금액으로 한다'고 규정하는 등으로 이를 뒷받침하고 있다. 수익・비용대응의 원칙에 따라 비용을 인식하는 방법에는 수익획득과 직접적인 인과관계가 성립할 때 그 비용을 인식하는 방법(예컨대, 매출원가나 판매비 등), 특정수익과 직접적인 인과관계를 명확히 알 수 없지만 발생한 원가가 일정기간 동안 수익창출활동에 기여한 것으로 판단되면 해당하는 기간에 합리적이고 체계적으로 배분하는 방법(예컨대, 유형자산에 대한 감가상각비 등), 당기에 발생한 원가가 미래에 경제적 효익을 제공하지 못하는 경우 발생 즉시 비용을 인식하는 방법(예컨대, 일반관리비나 광고선전비 등)이 있을 수 있다. 어느 법인이 타인자본을 이용하여 재고자산 또는 고정자산을 취득하여 이로써 수익을 올리고 있는 경우 그 타인자본은 재고자산 또는 고정자산을 취득하는 재원(財源)으로서 사업상 필요에 의하여 차입한 것이므로 그 지급이자는 수익사업에 따른 수익과 직접적인 인과관계를 명확히 알 수 없더라도 비용으로 인식되어야 한다.

한편 영리법인이 수익사업을 영위하기 위한 재원을 조달하는 방법으로는 자기자본과 타인자본이 있는데, 자기자본을 조달한 경우에는 그 수익에 관하여 법인세가 부과되기 때문에 주주들이 받는 배당소득은 이중과세조정을 위하여 일정한 범위에서 배당소득공제를 하며, 타인자본을 조달한 경우에는 총수입금액에서 그 지급이자를 뺀 금액에 관하여 법인세를 부과하고 지급이자에 관하여는 채권자에게 별도로 이자소득세를 과세한다. 비영리법인이 구성원의 출연금으로 수익사업을 영위하였다가 수익의 일부를 다시 구성원에게 배분하는 경우, 그 출연금이 자기자본인 출자의 성격을 갖는 것이라면 구성원에게 배분하는 금액이 일정한 요건을 갖추면 고유목적사업에 사용되는 것으로 볼 수 있고 이 금액은 비영리법인의 소비에 해당하므로 구성원은 이를 증여받는 것이며, 다만 비영리법인은 일정한 한도 내에서 특별히 고유목적사업준비금 등의 손금 산입을 적용받을 수 있다. 만약 구성원의 출연금이 타인자본인 대여의 성격을 갖는 것이라면 구성원에게 배분하는 금액은 비영리법인의 지급이자로서 손금이 되기 때문에 비영리법인은 수익사업에서 발생한 총수입금액에서 그 지급이자를 뺀 금액에 관하여 법인세를 부담하고, 구성원이 배분받은 금액은 이자소득세의 과세대상이 된다.

그런데 비영리법인인 직장공제회로부터 그 회원이 반환받는 직장공제회 초과반환금 중 회원의 퇴직・탈퇴로 지급되는 급여의 부가금은 소득세법 제16조 제1항 제10호, 소득세법 시행령 제26조 제2항에 따른 이자소득세 과세대상이 되고, 회원의 퇴직・탈퇴 전에 지급되는 급여의 부가금은 소득세법 제16조 제1항 제12호에 따른 이자소득세 과세대상이 된다(대법원 2010. 2. 25. 선고 2007두18284 판결 참조). 비영리법인인 직장공제회가 지급하는 부가금은 비영리법인의 구성원이 그 급여의 출연 여부나 출연금의 크기 등을 스스로 선택할 뿐만 아니라 원본의 크기와 시간 가치에 비례하여 지급되는 이자의 성격을 갖기 때문이다.

나아가 구성원이 지급받는 급여의 부가금이 이자소득에 해당하면 이를 지급하는 비영리법인은 이자비용을 지출한 것으로 보아야만 우리 세법상 과세체계에 들어맞고, 만약 구성원이 지급받는 급여의 부가금을 이자소득에 해당하는 것으로 보았음에도 비영리법인에 대하여는 고유목적사업에 사용한 금액으로 보게 되면 비록 고유목적사업준비금 등의 손금 산입 특례를 적용받더라도 이에 관하여는 한도가 있기 때문에 일정한 범위에서는 비영리법인의 수익이 법인세 과세 단계와 구성원의 소득세 과세 단계에서 이중으로 과세되는 문제가 발생한다. 이에 관하여는 구성원이 지급받는 급여의 부가금이 비영리법인의 고유목적과 관련이 있기 때문에 비영리법인의 지출은 고유목적사업에 사용된 것이고 구성원이 지급받는 소득의 종류만을 이자소득으로 정한 것이라고 보는 견해가 있을 수 있으나, 비영리법인의 지출을 고유목적사업에 사용된 것으로 본다면 구성원이 지급받는 금액은 증여의 성질을 가질 뿐 소득의 일종이라고 볼 수는 없으므로 이자소득세의 과세대상이 될 수 없다고 보아야만 하는데, 앞서 본 바와 같이 구성원이 지급받는 금액을 자기가 출연한 원본의 크기와 시간 가치에 비례하여 받는 이자소득으로 보는 이상 비영리법인이 구성원에게 지급하는 급여의 부가금이 비영리법인의 고유목적과 일정 부분 연관성이 있다고 하여 이를 세법상 고유목적사업에 사용된 금액으로 볼 수는 없다.

따라서 비영리법인인 공제회가 회원들로부터 수취한 부담금을 회원의 퇴직, 해약 또는 만기일의 도래 등 일정 조건 하에 회원들에게 반환하면서 그 부담금 운용수익으로 해당 회원의 부담금, 납입기간, 약정이율에 따라 계산된 부가금을 지급하는 경우 그 부가금이 이자비용으로 인정된다면 그 이자비용을 공제회의 수익사업에 관한 손금으로 산입할 수 있다고 보는 것이 타당하다.

나) 판단

위와 같은 법리에 비추어 이 사건에 관하여 보건대, 위 인정사실 및 변론 전체의 취지에 의하여 인정되는 아래와 같은 사정들을 종합하면, 이 사건 퇴직급여의 부가금은 수익사업의 재원이 되는 부담금의 조달비용 내지 이자비용으로서 원고의 수익사업에 관한 손금으로 산입할 수 있다고 봄이 상당하다.

① 원고는 회원이 부담금을 예치한 데 대한 대가로서 그 운용실적과 관계없이 사전 약정에 따라 그 부담금에 시중은행 기준금리 등을 고려하여 정관 등으로 정한 일정한 이율에 의하여 산정한 금액을 이 사건 퇴직급여의 부가금으로 설정하였으므로, 위 부가금의 산정방식은 차입금에 대한 이자의 지급과 본질적으로 유사하고, 부담금의 운용실적이나 처분가능이익의 발생 여부와 관계없이 부담금의 금액과 납입기간에다가 미리 정해진 이율을 적용하여 산정한 금액을 위 부가금으로 산정하므로, 구성원에 대한 이익배당과는 성질이 다르다고 할 것이다.

② 원고가 000여 명에 달하는 회원으로부터 부담금을 납입 받아 이를 각종 금융상품과 부동산 등에 투자하여 얻는 수익금으로 부가금을 지급하는 운용방식을 취하고 있고, 원고의 회원은 60구좌 이내에서 원하는 구좌수를 선택하여 1구좌당 매월 5,000원의 부담금을 납입하여야 하며, 퇴직, 사망, 해약(탈퇴) 등의 사유가 발생하게 되면 그 동안 납부한 부담금에 부가금을 가산한 급여금을 지급받게 되는바, 이와 같은 이 사건 퇴직급여의 운용 및 지급방식 등은 은행 기타 금융기관의 정기적금 상품과 별반 다르지 않다.

③ 또한 위에서 본 바와 같이 이 사건 퇴직급여의 부가금은 소득세법 제16조 제1항 제10호 등에 따라 이자소득세의 과세대상이 될 뿐, 배당소득의 과세대상이 되지 아니하므로, 이를 지출하는 원고의 입장에서도 부가금이 이자비용에 해당하는 것으로서 구성원에 대한 이익배당과는 다르다고 보는 것이 논리적일 뿐 아니라, 우리 세법상 과세체계에도 보다 부합하는 것으로 보인다.

④ 피고는 AA공제회법에서 회원들이 납입하는 부담금을 자본금으로 규정하고 있으므로, 이 사건 퇴직급여의 재원이 되는 부담금의 법적 성격 또한 자본금으로 보아야 하고, 부가금은 출자금에 대한 과실로 손금에 산입할 수 없는 배당금의 성격을 가진다고 주장한다. 그러나, ㉠ 부담금은 동시에 이 사건 퇴직급여의 원금에 해당하고, 원고의 회원들이 언제든 회원에서 탈퇴하여 부담금의 반환을 구할 수 있는 점, ㉡ 위에서 본 바와 같이 이 사건 퇴직급여의 부가금이 이자소득세의 과세대상이 될 뿐, 배당소득의 과세대상이 되는 것이 아닌 점, ㉢ 원고가 회원들로부터 부담금을 납입받거나 회원들에게 부담금을 반환함에 있어 증여세가 과세되지도 않는 점, ㉣ 원고와 유사한 성격의 비영리법인인 DD공제회, EE공제회 및 FF공제회의 경우 그 근거 법률에서 회원들의 부담금와 관련하여 '자본금'이라는 용어 대신 '재정'이라는 용어를 사용하고 있는 점 등을 고려할 때, 부담금 및 부가금의 성격과 관련한 피고의 위 주장은 받아들이기 어렵다.

⑤ 법인세법 제113조 제1항은 비영리법인이 수익사업을 영위하는 경우에는 자산ㆍ부채 및 손익을 당해 수익사업에 속하는 것과 수익사업이 아닌 기타의 사업에 속하는 것을 각각 별개의 회계로 구분하여 경리하도록 규정하고 있고, 법인세법 제113조 제6항 및 구 법인세법 시행령(2010. 12. 30. 대통령령 제22577호로 개정되기 전의 것) 제156조의 위임에 따라 법인세법 시행규칙 제76조는 제3항에서 비영리법인이 기타의 사업에 속하는 자산을 수익사업에 지출 또는 전입한 경우 그 자산의 시가에 의한 자산가액은 자본의 원입으로 경리하도록 하고 있다. 그러나 이는 과세소득과 세액 계산의 정확성을 도모하고자 하는 구분경리(원고의 회계처리)를 위한 규정일 뿐 회원과의 관계에서의 부담금이나 부가금의 성격을 결정하는 규정이 될 수 없는바, 부담금이 원고의 수익사업에 관한 자본금으로 회계처리되었다고 하여 그 실질이 자본금에 해당한다고 할 수 없고, 마찬가지로 원고가 이 사건 부가금을 이자비용으로 회계처리하지 않았다고 하더라도 이를 손금으로 볼 수 없는 것도 아니다.

3) 이자비용의 손금 인식 시기와 손금 계상 여부

가) 법인세법 제40조 제2항의 위임에 따른 법인세법 시행령 제70조 제1항 제2호는 '법인이 지급하는 이자 및 할인액의 경우 손금의 귀속사업연도는 소득세법 시행령 제45조의 규정에 의한 수입시기에 해당하는 날이 속하는 사업연도(소득세법 시행령 제45조 제9호는 직장공제회 초과반환금의 경우 약정에 따른 납입금 초과이익 및 반환금 추가이익의 지급일을 이자소득의 수입시기로 규정하고 있다). 다만 결산을 확정함에 있어서 이미 경과한 기간에 대응하는 이자 및 할인액을 당해 사업연도의 손금으로 계상한 경우에는 그 계상한 사업연도의 손금으로 한다'고 규정하고 있다. 따라서 비영리법인이 직장공제회 초과반환금을 지급할 경우 그 지급이자는 실제로 지급한 날에 손금에 산입할 수 있을 것이나, 위 단서 조항에 따라 결산 확정시에 그 이자를 사업연도의 손금으로 계상하였다면 이는 그 계상한 사업연도의 손금이 될 수 있다.

한편 신고조정사항의 경우에는 세법에 따라 반드시 반영되어야만 하는 것이므로 결산 확정시에 손금으로 반영하지 아니하였다고 하더라도 손금으로 인정되어야 하지만, 결산조정사항의 경우에는 법인이 미리 손금으로 조금씩 인정받을 것인지 아니면 향후에 한꺼번에 손금으로 인정받을 것인지를 선택하도록 한 것이므로 법인이 결산 확정시에 반영하여야만 손금으로 인정될 수 있다. 따라서 비영리법인이 결산조정사항인 손금을 결산에 반영하지 아니한 경우에는 비록 결산조정사항인 다른 항목을 결산에 반영하였다가 부인액이 발생하였다고 하더라도 특별한 사정이 없는 한 법인이 그 부인액의 범위에서 애당초 결산에 반영하지 아니한 새로운 손금 항목을 결산에 반영한 것으로 대체할 수 없는 것이 원칙이나, 법인이 손금 항목에 관한 법적 평가를 잘못하여 정당한 결산조정사항과는 다른 결산조정사항으로 반영한 경우 어느 손금 항목으로 볼 것인지에 관한 견해의 대립이 가능할 뿐만 아니라 정당한 결산조정사항과 잘못 반영한 결산조정사항은 그 취지가 같고 실질이유사하며 법인이 당초 반영하려는 구체적 손금 항목 자체가 동일한 경우에는 정당한 결산조정사항의 범위 내에서는 손금으로 계상한 것으로 볼 수 있다고 봄이 상당하다(대법원 2014. 3. 13. 선고 2013두20844 판결 참조).

따라서 비영리법인이 결산 확정시에 구성원에게 지급할 직장공제회 초과반환금으로서 이미 경과한 기간에 대응하는 이자를 고유목적사업의 지급준비금으로 잘못 계상하였다고 하더라도, 비영리법인이 구성원에게 지급할 직장공제회 초과반환금의 이미 경과한 기간에 대응하는 금액을 지급이자로 볼 것인지 또는 고유목적사업에 사용될 금액으로 볼 것인지에 관한 견해의 대립이 가능할 뿐만 아니라 이러한 두 가지 결산조정사항은 비영리법인이 구성원에게 지급할 금액을 손금으로 인정하려는 것으로서 그 취지가 같고 실질이유사하며 비영리법인이 당초 반영하려는 구체적 손금 항목 자체가 동일하므로, 이는 법인세법 시행령 제70조 제1항 제2호 단서에 따른 지급이자를 손금으로 계상한 경우로 볼 수 있다.

나) 살피건대, 원고가 2010 사업연도 기말 시점에 요구되는 부가금 총액 403,778,957,310원에서 위 시점의 지급준비금 잔액 332,679,883,087원을 뺀 71,099,074,223원을 원고의 2010 사업연도 공제사업회계 손익계산서에 비용 항목인 지급준비금 전입액으로 계상한 사실은 앞서 본 바와 같고, 위 지급준비금 전입액은 발생주의에 따라 2010 사업연도에 대응하는 미지급이자를 계상한 것으로 볼 수 있으므로, 위 지급준비금 전입액 71,099,074,223원은 이자비용으로 법인세법 시행령 제70조 제1항 제2호 단서에 따라 손금으로 인정되어야 하고, 원고가 비영리법인의 구분경리에 관한 법인세법 등 관계 규정 및 당시의 과세실무에 따라 고유목적사업 지급준비금을 원고의 영리목적사업회계 손익계산서가 아니라 비영리목적사업회계 손익계산서에 계상하였다고 하여 이와 달리 볼 수 없다[피고는 위 지급준비금 전입액은 회원의 일시 탈퇴 시 지급해야 할 부가금 누계액에 해당하므로 위 지급준비금 전입액이 2010 사업연도 수익사업에 대응하는 비용에 해당한다고 볼 수 없다는 취지의 주장도 하고 있으나, 앞서 본 바와 같이 위 지급준비금 전입액은 2010 사업연도의 지급준비금 전입액(부가금 총액 - 지급준비금 잔액)에 해당하는 것으로서 부가금 누계액에 해당하는 부가금 총액인 403,778,957,310원과는 구별되는 것이므로 피고의 위 주장 역시 이유 없다].

4) 정당세액의 계산

결국 원고가 2010 사업연도 법인세 신고를 하면서 손금산입한 고유목적사업준비금 한도액 53,000,000,000원을 초과하여 위에서 본 지급준비금 전입액 71,099,074,223원 전부를 이자비용으로서 손금에 산입할 경우 원고의 2010 사업연도의 법인세 정당세액은 제1의 라.항 기재 표와 같이 0원이 되어 당초 결정세액이 정당세액보다 2,529,050,660원이 더 많으므로, 피고가 원고의 2010 사업연도의 법인세 2,529,050,660원의 감액경정청구를 거부한 것은 위법하다고 할 것이다(피고는 원고의 위 지급준비금 전입액 71,099,074,223원의 산정에 오류가 있다는 취지의 주장도 하고 있는 것으로 보이나, 위 금액은 원고의 2010 사업연도 재무제표상의 금액을 기초로 산정한 것으로, 원고의 위 재무제표에 어떠한 오류가 있음을 인정할 객관적인 자료가 없는 이상 원고의 위 지급준비금 전입액 산정에도 오류가 있다고 할 수 없다).

5) 소결론

따라서 이 사건 처분은 위법하므로 취소되어야 한다(원고의 주위적 주장을 받아들이는 이상 예비적 주장에 대하여는 판단하지 아니한다).

3. 결론

그렇다면 원고의 청구는 이유 있으므로 이를 인용하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.