2. 원고의 나머지 항소를 기각한다.

3. 소송총비용은 원고가 부담한다.

" 가. 원고는 2001. 12. 20. OO시 OO구 OO동 613-23 대 330.2㎡ 지상에 2층 규모의 다가구주택(이하이 사건 주택'이라고 한다)을 신축한 후 이 사건 주택을 임대해 왔다.", 나. 원고는 2011. 4. 5. 재단법인 BBB문화재단에 이 사건 주택을 OOOO원에 매도하였는데, 당시 원고는 이 사건 주택을 포함하여 3개의 주택을 소유하고 있었다.

" 다. 원고는 2011. 6. 28. 피고에게 양도소득과세표준 예정신고를 하면서 구 소득세법(2011. 7. 14. 법률 제10854호로 개정되기 전의 것, 이하구 소득세법'이라 한다) 제95조에 따른 장기보유 특별공제를 적용하여 양도소득세 OOOO원을 납부하였다.", " 라. 원고는 2011. 12. 2. 이 사건 주택이 구 조세특례제한법 (2011. 4. 14. 법률 제10596호로 개정되기 전의 것, 이하구 조세특례제한법'이라 한다) 제97조의2 제1항에서 규정하는 신축임대주택에 해당한다고 주장하면서 원고가 납부한 양도소득세 전액을 감면해 달라는 경정청구를 하였다.", " 마. 피고는 2012. 1. 4. 원고가 임대주택법상 임대사업자로 등록하지 않아 구 조세특례제한법 제97조의2 제1항에서 규정하는 신축임대주택에 해당하지 않는다는 이유로 원고의 경정청구를 거부하였다(이하이 사건 거부처분'이라고 한다).", " 바. 또한 피고는 2012. 1. 7. 원고가 1세대 3주택자에 해당하므로 구 소득세법 제95조에 따른 장기보유 특별공제 대상에도 해당하지 않는다는 이유로 원고에게 2011년 귀속 양도소득세 OOOO원(신고불성실 가산세 OOOO원, 납부불성실 가산세 OOOO원 포함)을 증액하여 경정・고지하였다(이하이 사건 증액경정처분'이라고 한다).", 사. 원고는 이 사건 거부처분 및 증액경정처분에 불복하여 2012. 3. 15. 이의신청을 하였으나 기각결정을 받았고, 2012. 5. 1. 조세심판원에 심판청구를 하였으나 2012. 8. 3. 기각결정을 받았다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 10호증, 을 제1 내지 3, 5, 6호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 소의 적법 여부에 대한 직권 판단

납세자가 감액경정청구 거부처분에 대한 취소소송을 제기한 후 증액경정처분이 이루어져서 그 증액경정처분에 대하여도 취소소송을 제기한 경우에는 특별한 사정이 없는 한 동일한 납세의무의 확정에 관한 심리의 중복과 판단의 저촉을 피하기 위하여 감액경정청구 거부처분의 취소를 구하는 소는 그 취소를 구할 이익이나 필요가 없어 부적법하다(대법원 2005. 10. 14. 선고 2004두8972 판결 참조). 한편, 이러한 법리가 소송제기의 전후에 따라 달라질 이유가 없으므로, 거부처분에 대한 취소소송과 증액경정 처분에 대한 취소소송을 동시에 제기하는 경우에도 위 법리가 적용된다고 봄이 타당하다.

살피건대, 원고가 이 사건 주택에 관하여 양도소득세과세표준 예정신고를 한 후, 구 조세특례제한법 저1197조의2에 따라 감면 신청을 하였는데 피고가 이를 거부한 사실, 피고는 같은 납세의무에 대하여 원고가 1세대 3주택자라는 이유로 이 사건 증액경정처분을 한 사실은 이미 본 바와 같다. 원고는 이 사건 소를 제기하면서 2011년 귀속 양도소득세 납세의무에 관하여 이 사건 거부처분 및 증액경정처분의 취소를 함께 구하고 있다. 그렇다면 원고가 이 사건 거부처분의 취소를 구하는 소는 그 취소를 구할 이익이나 필요가 없으므로 부적법하다.

따라서, 원고가 이 사건 거부처분의 취소를 구하는 부분에 관한 소는 부적법하므로 이를 각하함이 상당하다.

3. 본안에 대한 판단

가. 관계법령

별지 관계 법령 기재와 같다.

나. 구 조세특례제한법에 의한 양도소득세 감면 주장에 대한 판단

(1) 원고의 주장

이 사건 주택은 12개의 가구가 독립하여 거주할 수 있는 구조이므로 12호의 공동주택에 해당함에도 관할구청은 이 사건 주택을 1호로 보고 임대주택법에 따른 임대사업자 등록 신청을 거부하였다 이에 원고는 이 사건 주택에 관하여 관할세무서장인 역삼세무서장에게 임대사업자로 신고・등록하고 성실하게 임대업을 영위하였다. 이는 임대주택법에 따른 임대사업자 등록을 한 것과 다름없으므로 피고는 구 조세특례제한법 제97조의2 제1항에 따라 원고의 양도소득세를 감면하여야 한다.

(2) 인정사실

갑 제2, 3호증, 을 제4, 7호증의 각 기재에 변론전체의 취지를 종합하면 ①, ② 사실을 인정할 수 있다. ① 원고는 이 사건 주택을 신축한 후 강남구청장에게 임대사업자 등록을 신청하였다. 그러나 강남구청장은 이 사건 주택이 다가구주택으로 호수 별 등기가 불가능하고 1호의 주택으로 등기될 수밖에 없어 임대주택법 시행령 제7조 제1항 제1호 요건을 충족하지 못하였다는 이유로 원고의 신청을 거부하였다. ② 이후 원고는 2004. 12. 31. 역삼세무서장에게 이 사건 주택의 임대사업자로 등록하였다.

(3) 판단

" (가) 구 조세특례제한법 제97조의2 제1항은 대통령령으로 정하는 거주자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 국민주택을 5년 이상 임대한 후 양도하는 경우에는 해당 주택(이하신축임대주택'이라고 한다)을 양도함으로써 발생하는 소득에 대한 양도소득세를 면제한다 고 규정하고, 같은 항 제1호는임대주택법에 따른 건설임대주택'을 규정하고 있다. 구 임대주택법(2011. 8. 4. 법률 제11021호로 개정되기 전의 것, 이하구 임대주택법'이라 한다) 제2조, 제6조에 의하면,건설임대주택'이란 주택임대사업을 하기 위하여 특별자치도지사・시장・군수 또는 구청장에게 등록한 임대사업자가 임대를 목적으로 건설하여 임대하는 주택을 의미한다. 또한 구 조세특례제한법 제97조의2 제2항, 제97조 제3항, 구 조세특례제한법 시행령 제97조 제4항 제1호에 의하면 양도소득세를 감면받고자 하는 거주자는 세액감면신청서에 임대주택법 제6조의 규정에 의한 임대사업자등록증을 첨부하여 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다.", (나) 조세법률주의의 원칙상 조세법규의 해석은 과세요건이거나 비과세요건

또는 조세감면요건을 막론하고 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니한다. 특히 감면요건 규정 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합한다(대법원 2011. 12. 13 선고 2011두20116 판결 등 참조).

" 구 조세특례제한법 제97조의2 제1항에 따른 양도소득세 감면대상인 건설임대주택은구 임대주택법에 따라 지방자치단체장에게 등록한 임대사업자가 임대를 목적으로 건설하여 임대하는 주택'으로 한정함이 법령의 문언에 충실한 해석이다. 그리고 임대주택법상 임대사업자로 하여금 지방자치단체장에게 등록을 하게 하는 것은 임대주택 건설 촉진 및 주거생활 안정을 목적으로 하고 있는 반면에 소득세법상 임대사업자로 하여금 관할 세무서장에게 등록을 하게 하는 것은 세금의 부과를 목적으로 하고 있어 그 등록의 목적을 달리한다 한편, 구 조세특례제한법 제97조의2 제l항에 따라 양도소득세를 감면받기 위해서는 임대주택법상의 임대사업자등록증을 세액감면신청서에 첨부할 것을 요구하고 있다. 이상의 사정을 고려하면 관할세무서장에 대한 임대사업자 등록으로 임대주택법에 따른 임대사업자 등록을 갈음할 수 없다고 봄이 타당하다.", (다) 원고가 구 임대주택법에 따른 임대사업자 등록을 하지 못한 사실은 앞서 본 바와 같으므로, 원고는 구 조세특례제한법 제97조의2에 따른 감면대상에 해당한다고 볼 수 없다 원고의 이 부분 주장도 이유 없다.

다. 구 소득세법에 의한 양도소득세 감면 주장에 대한 판단

(1) 원고의 주장

원고는 구 소득세법에 따른 1세대 3주택자에 해당하지 않으므로 피고는 원고에게 구 소득세법 95조에 따른 장기보유 특별공제를 적용하여 원고의 양도소득세를 감면하여야 한다.

(2) 판단

" 구 소득세법 제95조는 보유기간이 3년 이상인 토지나 건물에 대하여 장기보유 특별공제를 적용하면서 소득세법 제104조 제1항 제4호에서 정한대통령령으로 정 하는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택'은 그 적용에서 제외하고 있다. 구 소득세법 시행령(2011. 6. 3. 대통령령 제22950호로 개정되기 전의 것, 이하구 소득세법 시행령'이라 한다) 제167조의3 제1항에 따르면 '대통령령으로 정하는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택'이란 국내에 주택을 3개 이상 소유하고 있는 1세대가 소유하는 주택으로, 같은 항 제2호, 제3호에서는 소득세법 제168조에 따른 사업자등록과 임대주택법 제6조에 따른 임대사업자 등록을 한 거주자가 임대주택으로 등록하여 임대하는 일정 기준의 주택 및 조세특례제한법 제97조의2의 규정에 의하여 양도소득세가 감면되는 임대주택으로서 5년 이상 임대한 국민주택은 1세대 3주택에서의 주택에 해당하지 않는다고 하고 있다.", 살피건대, 원고가 이 사건 주택을 양도할 당시 3개의 주택을 소유하고 있던 사실, 원고가 이 사건 주택에 관하여 임대주택법 제6조에 따른 임대사업자 등록을 하지 않은 사실은 앞서 인정한 바와 같다. 또한 이 사건 주택이 구 조세특례제한법 제97조의2 규정에 의하여 양도소득세가 감면되는 임대주택에 해당하지 않음은 앞서 본 바와 같다.

그렇다면 이 사건 주택은 구 소득세법 시행령 제167조의3 제1항 제2호, 제3호에 따라 1세대 3주택에서 주택으로 보지 않는 경우에 해당하지 않는다. 따라서 1세대 3주택자인 원고는 소득세법 제95조에 따른 장기보유 특별공제 대상에 해당한다고 볼 수 없으므로, 원고의 이 부분 주장 역시 이유 없다.

라. 신뢰보호원칙 주장에 대한 판단

(1) 원고의 주장

피고는 원고의 질의사항에 대하여 임대주택법에 따른 사업자등록을 하지 않은 경우에도 구 조세특례제한법 제97조에 따라 양도소득세를 감면받을 수 있다고 답변하였고, 원고는 이 답변에 대하여 신뢰를 형성하여 행동하였음에도 불구하고 임대주택법에 따른 사업자등록을 하지 않았음을 이유로 양도소득세를 감면하지 않고 한 피고의 이 사건 증액경정처분은 신뢰보호의 원칙에 위반된다.

(2) 판단

과세처분에 있어서의 신의성실의 원칙은 과세관청이 자기의 언동을 신뢰하고 행동을 한 납세자의 이익을 침해해서는 안된다는 것을 뜻하는 것으로 금반언의 법리와 같은 것인바, 이러한 신의성실의 원칙이 적용되는 요건으로서는, 첫째로 과세관청이 납세자에게 신뢰의 대상이 되는 공적인 견해표명을 하여야 하고, 둘째로 과세관청의 견해표명이 정당하다고 신뢰한 데에 대하여 납세자에게 귀책사유가 없어야 하며, 셋째로 납세자가 그 견해표명을 신뢰하고 이에 따라 행위를 하여야 하고, 넷째로 과세관청이 이미 표명된 견해에 반하는 처분을 함으로써 실제로 납세자의 이익이 침해되어야 한다(대법원 1988. 9. 13. 선고 86누101 판결 참조).

" 살피건대, 갑 제6호증, 갑 제7호증의 각 기재에 의하면, 원고는 2006. 4. 7., 2006. 11. 15. 국세청으로부터 5호 이상 임대하는 거주자가 당해 주택을 5년 이상 임대한 후 양도하는 경우에는 '조세특례제한법 제97조'의 규정에 의해 양도소득세가 감면된다는 내용의 회신을 받은 사실을 인정할 수 있다. 그렇다면 구 조세특례제한법 제97조를 적용하여 양도소득세를 감면한다는 국세청의 회신은, 구 조세특례제한법 제97조의2 적용 여부가 문제되어 그 요건과 사실관계를 달리하는 이 사건 사안에 대한 피고의 공적인 견해표명이라고 할 수 없다. 그밖에 구 조세특례제한법 제97조의2가 적용되는 사건에 대한 피고의 공적인 견해표명이 있었다는 점에 대한 주장・입증이 없으므로, 원고의 이 부분 주장 역시 이유 없다.", 마. 소결

따라서 원고의 주장은 모두 이유 없고, 피고의 이 사건 증액경정처분의 취소를 구하는 원고의 청구 부분은 받아들일 수 없다.

4. 결 론

그렇다면, 원고의 이 사건 소 중 양도소득세경정청구 거부처분에 관한 부분은 부적법하므로 이를 각하하고, 나머지 청구는 이유 없어 이를 기각할 것인바, 이와 결론을 일부 달리한 제1심 판결 중 위 양도소득세경정청구 거부처분에 관한 부분은 부당하므로 이를 취소하고 그 취소 부분에 해당하는 원고의 소를 각하하며, 원고의 나머지 항소는 이유 없어 이를 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.