상고비용은 피고가 부담한다.

1. 상고이유 제1점에 대하여

원심이 인용한 제1심은, 그 채용증거를 종합하여 그 판시와 같은 사실을 인정한 다음, 원고가 2003. 제2기분부터 2004. 제1기분까지 일본 ○○상사 ○○법인으로부터 수입한 면세 금지금 59,133,945,000원 상당을 한국자금중개 주식회사를 통하여 추천받은 주식회사 재승상사 등 5개 도매업체들에게 매출하면서 교부받은 이 사건 세금계산서는 그 계산서상의 공급자와 실제 공급자가 다르게 기재된 '사실과 다른 세금계산서'에 해당하지 아니한다고 판단하였다.

이 부분에 관한 상고이유는 원심의 위와 같은 판단이 잘못이라는 취지이나, 이는 사실심인 원심의 전권사항에 속하는 증거의 취사선택이나 사실인정을 탓하는 것에 불과하여 적법한 상고이유가 될 수 없다.

2. 상고이유 제2점에 대하여

부가가치세법 제11조 제1항 제1호, 구 부가가치세법 시행령(2002. 12. 30. 대통령령 제17827호로 개정되기 전의 것) 제24조 제2항 제1호에 의하면 수출하는 재화의 공급에 대하여는 영세율을 적용하고, 사업자가 내국신용장 또는 구매확인서에 의하여 공급하는 재화인 경우에도 위 수출하는 재화에 포함시켜 영세율을 적용한다고 규정하고 있다.

한편 부가가치세제하에서 영세율의 적용은 이중과세를 방지하기 위하여 수출의 경우에만 원칙적으로 인정되고, 국내의 공급소비에 대하여는 위 수출에 준하는 경우로서 외국환의 관리 및 부가가치세의 징수질서를 해하지 않는 범위 내에서 외화획득의 장려라는 국가정책상의 목적에 부합되는 경우에만 예외적, 제한적으로 인정되는 것이다(대법원 1983. 12. 27. 선고 83누409 판결 참조).

이와 같은 영세율 적용에 관한 취지와 관계 법령에 비추어 볼 때, 재화의 공급자가 구매자와 공모하여 허위의 구매확인서를 발급받았거나 구매확인서의 발급에 하자가 있음을 알면서도 영세율을 적용하여 판매한 경우, 구매자가 수출을 목적으로 하지 아니하고 국내에 판매함으로써 조세를 포탈할 의도 하에 하자 있는 구매확인서를 이용하는 사정을 알면서도 이를 묵인하는 경우 등 부가가치세의 징수질서를 해하는 특별한 사정이 있는 경우에는 영세율의 적용을 받지 못한다고 할 것이다(대법원 2004. 6. 11. 선고 2003두3642 판결 참조). 그리고 위와 같은 특별한 사정은 납세기간, 납세대상, 납세의무자 및 징수의무자별로 해당 사건에서 개별적으로 증명되어야 한다(대법원 2009. 11. 26. 선고 2007두18093 판결 참조).

원심이 인용한 제1심은, 그 채용증거에 의하여 판시사실을 인정한 다음, 원고가 일본 ○○상사 ○○법인의 국내 에이전트로서 금지금 수입업 및 수입ㆍ수출대행업 등을 영위하여 온 법인이라는 사정과 그 판시와 같은 사실관계만으로는 원고가 이 사건 영세율 거래 당시 구매확인서의 발급과정에 하자가 있다는 점이나 원고가 구매자들에게 판매한 금지금이 수출되지 않고 국내에서 유통되리라는 점을 알고 있었다고 인정하기에 부족하고 달리 이를 인정할 증거가 없다고 판단하였다.

앞서 본 법리와 이 사건 기록에 비추어 살펴보면, 원심의 위와 같은 인정과 판단은 정당한 것으로 수긍할 수 있고, 거기에 상고이유의 주장과 같이 부가가치세법상 구매확인서에 의한 거래와 영세율 적용의 예외에 관한 법리오해 등의 위법이 있다고 할 수 없다.

3. 결론

그러므로 상고를 기각하고 상고비용은 패소자가 부담하기로 하여, 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.