가. 2009년 1기분 부가가치세 689,517,730원의 부과처분 중 243,744,519원을 초과하

는 부분을,

나. 2009년 2기분 부가가치세 426,585,240원의 부과처분 중 150,797,883원을 초과하

는 부분을,

다. 2010년 2기분 부가가치세 274,214,030원의 부과처분 중 96,934,661원을 초과하

는 부분을,

라. 2011년 1기 부가가치세 706,063,130원의 부과처분 중 249,593,319원을 초과하는

부분을,

마. 2011년 2기분 부가가치세 950,245,340원의 부과처분 중 335,911,731원을 초과하

는 부분을,

바. 2012년 1기분 부가가치세 2,110,767,690원의 부과처분 중 746,156,380원을 초과

하는 부분을,

사. 2012년 2기분 부가가치세 3,032,731,050원의 부과처분 중 1,072,070,427원을 초

과하는 부분을

각 취소한다.

2. 원고의 나머지 청구를 기각한다.

3. 소송비용 중 3/8은 원고가, 나머지는 피고가 각 부담한다.

가. 원고는 2009. 1. 12.경 구 담배사업법(2014. 1. 21. 법률 제12269호로 개정되기

전의 것, 이하 '담배사업법'이라 한다) 제19조 제1항의 특수용담배인 외항선 선원에게

판매하는 담배를 주식회사 xxxx 등 특수용담배를 취급하는 도매업체들(이하 '쟁점거래 업체'라 한다)에게 중국 수출용으로 판매하기로 하였다.

나. 쟁점 거래업체는 원고에게 담배를 주문하면서 '에세라이트(국, 여객선용)'이라고

기재한 '특수용 (국제여객선) 제조담배 매입신청서'를 제출하는 등 마치 국제선 여객선

용이나 외항선 선원에게 판매하는 특수용담배를 주문하는 것과 같은 형식을 취하였다.

다. 원고는 2009년부터 2012년 사이의 부가가치세 과세기간 동안(2010년 1기는 제

외) 쟁점 거래업체에게 '외항선 또는 원양어선의 선원'이나 '국제항로에 취항하는 항공

기 또는 여객선의 승객'에게 판매할 목적으로 제작되어 "면세용, DUTY FREE"라는 문

구가 인쇄된 담배(이하 '쟁점 담배'라 한다)를 중국 수출용으로 판매하였고(이하 '이 사

건 거래'라 한다), 이 사건 거래의 거래명세서, 영수증 등에는 쟁점 담배의 용도가 '여

"객선용',국제여객' 등으로 표시되었다.",라. 원고는 이 사건 거래를 하면서 쟁점 거래업체로부터 수출신고필증을 교부받았으나, 내국신용장이나 구매확인서를 교부받지는 아니하였다.

마. 쟁점 거래업체는 원고로부터 공급받은 담배 중 일부를 중국으로 수출하고, 나머

지 대부분은 국내로 유통시켰다.

바. 서울지방국세청은 2013. 3. 6.부터 2013. 7. 24.까지 원고에 대한 법인세제통합

세무조사를 실시하였고, 원고가 위와 같이 특수용담배인 외항선 선원에게 판매하는 담

배를 수출용으로 판매한 것을 확인하였다.

사. 피고는 '원고가 국내 업체인 쟁점 거래업체에게 수출용으로 담배를 판매하면서도

내국신용장 또는 구매확인서를 교부받지 아니하였으므로 이 사건 거래는 영세율 거래

가 아닌 과세거래에 해당하고, 특수용담배로 반출된 담배를 해당 용도가 아닌 수출용

으로 공급하여 담배소비세 역시 면제되지 않는다'고 판단한 후, 원고가 쟁점 거래업체

에게 담배소비세 등이 포함된 합계 55,974,831,385원의 담배를 판매하고도 이에 대한

부가가치세를 무신고・무납부하였다는 이유로, 2014. 1. 6. 원고에 대하여 2009년 1기분

부가가치세 689,517,730원(가산세 포함, 이하 같다), 2009년 2기분 부가가치세

426,585,240원, 2010년 2기분 부가가치세 274,214,030원, 2011년 1기 부가가치세

706,063,130원, 2011년 2기분 부가가치세 950,245,340원, 2012년 1기분 부가가치세

2,110,767,690원, 2012년 2기분 부가가치세 3,032,731,050원을 각 부과하였다(이하 '이사건 처분'이라 한다).

아. 원고는 이에 불복하여 2014. 4. 4. 조세심판원에 심판청구를 하였으나, 조세심판

원은 2015. 2. 4. 원고의 청구를 기각하였다.

인정근거다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 4, 7호증, 을 제1, 2호증(가지번호 있는 것은 각 가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법여부

가. 원고의 주장

1) 영세율 적용 과세거래

원고는 쟁점 거래업체에게 쟁점 담배를 수출용으로 공급하고, 수출신고필증을 교부받는 등 다양한 과정을 거쳐 쟁점 거래업체의 중국 수출사실을 확인하였다. 원고가

내국신용장 또는 구매확인서를 받지는 않았지만, 내국신용장이나 구매확인서보다 강력

한 증빙서류인 수출신고필증을 교부받고 수출용으로 쟁점 담배를 공급한 이상 이는 영

세율 거래로 보아야 한다.

2) 담배소비세 등의 과세표준 불포함

설령 이 사건 거래가 영세율 거래에 해당하지 않는다고 하더라도 수출에 제공된

담배는 구 지방세법(2015. 7. 24. 법률 제13427호로 개정되기 전의 것) 제54조에 따라 담배소비세 면제대상이다. 따라서 원고가 쟁점 담배를 수출용으로 반출한 이상 이 사건 처분의 과세표준에는 담배소비세 및 이에 기초한 지방교육세, 국민건강증진부담금,

폐기물처리부담금(이하 '담배소비세 등'이라 한다)이 포함되어서는 아니 된다.

나아가 원고는 쟁점 거래업체로부터 담배소비세 등을 이 사건 거래의 대가로 받은

사실도 없으므로, 거래상대방으로부터 받은 대가를 과세표준으로 하고 있는 부가가치

세법 제13조 제1항 제1호에 의하더라도 담배소비세 등은 과세표준에 포함되어서는 아

니 된다.

3) 가산세 적용의 배제

법률해석에 있어 견해의 대립이 있는 경우 가산세 부과를 할 수 없는 정당한 사유

가 있다고 할 것인데, 수출된 재화라면 구매확인서를 교부받지 않거나 늦게 교부받았

더라도 실체법상으로는 영세율에 해당된다고 서울고등법원 재판부에서 설시한 바가 있

고 대법원에서 파기되기 전까지 법률해석에 견해대립이 있었으므로, 수출신고필증을

구비해 왔던 원고로서는 내국신용장 또는 구매확인서가 없다는 이유로 이 사건 거래가

과세거래에 해당한다고 판단하기는 어려웠다. 따라서 이 사건 거래가 영세율 거래인지

과세거래인지 여부는 세법 해석상의 의의(疑意)에 기한 것으로서 원고가 그 의무를 이

행하지 아니한 데 대한 정당한 사유가 있는 때에 해당하므로, 이 사건 처분 중 가산세

부분은 위법하다.

나. 관계 법령

별지 기재와 같다.

다. 판단

1) 이 사건 거래가 영세율 적용 거래에 해당하는지 여부

가) 구 부가가치세법(2013. 1. 1. 법률 제11608호로 전부개정되기 전의 것, 이하

'부가가치세법'이라 한다) 제11조 제1항 제1호, 구 부가가치세법 시행령(2013. 6. 28.

대통령령 제24638호로 전부개정되기 전의 것, 이하 '부가가치세법 시행령'이라 한다)

제24조 제2항 제1호, 구 부가가치세법 시행규칙(2013. 3. 23. 기획재정부령 제329호로 개정되기 전의 것) 제9조의2는, 수출하는 재화의 공급에 대하여는 영(零)의 세율을 적용하고, 사업자가 내국신용장 또는 구매확인서에 의하여 국내 업체에게 공급하는 재화인 경우에도 위 수출하는 재화에 포함시켜 영세율을 적용하되, 여기서 '내국신용장'은'사업자가 국내에서 수출용원자재・수출용완제품 또는 수출재화임가공 용역을 공급받고자하는 경우에 당해 사업자의 신청에 의하여 외국환은행의 장이 재화 또는 용역의 공급시기가 속하는 과세기간 종료 후 20일 이내에 개설하는 신용장'을, '구매확인서'는 '외국환은행의 장이 내국신용장에 준하여 재화 또는 용역의 공급시기가 속하는 과세기간종료 후 20일 이내에 발급하는 확인서로서 수출용 재화 또는 용역에 관한 수출신용장등 근거서류 및 그 번호와 선적기일 등이 기재된 것'을 말한다고 각 규정하고 있다.

한편 부가가치세제에서 영세율은 국외의 소비자들이 우리나라 부가가치세의 부담을 지지 않도록 함으로써 소비지국 과세원칙을 구현하기 위하여 원칙적으로 수출의 경

우에만 적용되고, 예외적으로 국내에서 수출용 원자재 또는 수출용 완제품을 공급받고

자 하는 사업자(수출업자)에게 내국신용장 또는 구매확인서에 의하여 재화를 공급하는

거래에 대해서만 수출의 전단계 거래이거나 실질적으로 수출과 다를 바 없는 거래로서

일단 과세하고 다시 환급하는 번거로움을 회피하고, 수출업자 등의 원자재구매가 용이

해지게 되는 수출지원 효과 등을 위해서 미리 영세율을 적용하는 것이다. 따라서 국내

의 공급소비에 대하여는 수출에 준하는 경우로서 외국환의 관리 및 부가가치세의 징수

질서를 해하지 않는 범위 내에서 외화획득의 장려라는 국가정책상의 목적에 부합되는

경우에만 법령이 정하는 바에 따라 예외적・제한적으로 인정되는 것으로, 내국신용장,

구매확인서에 의하여 국내에 공급하는 재화를 수출하는 재화에 포함시켜 영세율을 적

용하는 위 관계 법령은 엄격히 해석하여야 한다(대법원 2011. 5. 26. 선고 2011두2774 판결 등 참조).

위와 같은 관계 법령과 법리 등에 비추어 이 사건에서 보건대, 원고가 국내 업체

인 쟁점 거래업체에게 내국신용장 또는 구매확인서에 의하지 아니하고 담배를 수출용

으로 공급하였음은 앞서 본 바와 같으므로, 이 사건 거래는 내국신용장 또는 구매확인

서를 갖추지 못해 영세율 적용 대상이 아니라고 할 것이다. 원고의 이 부분 주장은 이

유 없다.

나) 이에 대하여 원고는, 부가가치세법이 수출 목적의 국내 거래에 영세율 적용을

위해서 내국신용장, 구매확인서를 요구하는 취지가 수출사실의 확인에 있다는 점에 비

추어 보면, 내국신용장, 구매확인서보다 수출 사실에 대하여 증명력이 높은 증빙인 수

출신고필증을 구비한 이상 이 사건 거래는 영세율 거래에 해당한다고 주장한다.

그러나 앞서 본 바와 같이 내국신용장 또는 구매확인서에 의한 국내 거래에 영세

율을 적용하는 취지는 수출의 전단계 거래이거나 실질적으로 수출과 다를 바 없는 거

래로 일단 과세하고 다시 환급하는 번거로움을 피하고, 그 결과 수출업자 등의 원자재

구매가 용이해지게 되어 수출지원을 위한 것으로, 재화 공급시 내국신용장 또는 구매

확인서를 요구하는 것은 수출사실의 확인에 있는 것이 아니라 수출에 사용될 재화의

공급이라는 것을 확인하기 위한 것이다. 따라서 내국신용장 또는 구매확인서에 의하여

공급하는 재화는 공급된 후에 공급받은 자가 수출에 사용하지 않고 국내에 판매한다

할지라도 이미 적용된 영세율에는 영향을 미치지 아니하며, 부가가치세법 역시 수출신

고가 완료된 이후에 세관이 수출자에게 물품이 수출됨을 증명하기 위해 발급하는 '수

출신고필증'이 아닌 수출업자가 받은 원신용장(master L/C) 등을 근거로 수출이행에

필요한 수출용 원자재 또는 수출용 완제품을 국내에서 원활하게 조달하기 위하여 국내

의 생산업자를 수혜자로 하여 수출업자의 거래은행이 개설한 신용장인 '내국신용장' 또는 수출금용 한도 부족 등으로 내국신용장 개설이 어려운 중소수출업체가 내국신용장에 준하여 외국환은행의 장으로부터 발급받는 확인서인 '구매확인서'를 요구하고 있는것이다.

결국 위와 같이 내국신용장 또는 구매확인서에 의한 국내 거래에 영세율을 적용

하는 취지, 관련 규정에 비추어 보면, 수출신고필증은 국내 거래에 영세율을 적용하기

위한 증빙서류로 볼 수 없으므로, 수출신고필증을 구비한 이 사건 거래에 영세율이 적

용되어야 한다는 원고의 주장은 이유 없다.

다) 나아가 원고는, 대법원 2005. 2. 18. 선고 2004두8224 판결을 통해 사업자가

부가가치세 신고 시에 영세율 증빙서류를 제출하지 아니한 경우 당해 과세표준이 영세

율 적용대상임이 확인되는 때에는 실질과세원칙에 따라 영세율을 적용할 수 있다고 판

단되었으므로 실질이 수출거래라면 구매확인서가 없더라도 영세율 적용에 방해가 되지

않는다고 주장하나, 위 판결은 국내 거래가 아닌 직접 재화를 수출하는 수출업자에 대

한 것으로 이 사건에 원용할 수 없다.

2) 담배소비세 등이 과세표준에 포함되는지 여부

구 지방세법(2015. 7. 27. 법률 제13427호로 개정되기 전의 것, 이하 같다)1) 제49

조 제1항은 '제조자는 제조장으로부터 반출한 담배에 대하여 담배소비세를 납부할 의

무가 있다'고 규정하고 있는데, 같은 지방세법 제50조 제1항이 '제49조 제1항과 제2항

의 경우 담배소비세의 납세지는 담배가 매도된 소매인의 영업장 소재지로 한다'고 규

정하고 있는 점, 기본적으로 담배소비세는 담배의 소비를 과세물건으로 하는 간접소비

세로 징세의 편의를 위하여 제조장 등에서 반출될 때에 제조자에게 미리 납부하도록

하는 것인 점(헌법재판소 2004. 6. 24. 선고 2002헌가27 전원재판부 결정 등 참조) 등에 비추어, 여기에서 '반출'이라 함은 담배를 제조장 밖으로 물리적으로 실어 내는 것을 의미하는 것이 아니라 담배를 제조자가 구매자에게 인도하는 것을 의미한다.

한편 국세기본법 제14조 제2항은 '세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득,

수익, 재산, 행위 또는 거래의 명칭이나 형식에 관계없이 그 실질 내용에 따라 적용한

다'고 규정하고 있다.

이상과 같은 해석 및 관련 규정의 내용에 비추어 보면, 제조자의 담배 반출이 구

1) 2010. 3. 31. 법률 제10221호로 개정된 지방세법이 2011. 1. 1.부터 시행됨으로써 이 사건 처분 중 2010년 제2기분까지의 부가가치세 과세처분에는 구 지방세법(2010. 3. 31. 법률 제10221호로 전부 개정되기 전의 것)이 적용되나, 구 지방세법(2010.

3. 31. 법률 제10221호로 전부 개정되기 전의 것) 제225조 제1항은 '제조자는 제조장으로부터 반출한 담배에 대하여 담배소비세를 납부할 의무가 있다'고, 제5항은 '제232조의 규정에 의한 면세담배를 반출한 후 당해 용도에 사용하지 아니하고 매도・

판매・소비 그 밖의 처분을 한 경우에는 제1항 내지 제4항의 규정에 불구하고 그 처분을 한 자를 담배소비세의 납세의무자로본다'고, 제232조 제1항은 '제조자 또는 수입판매업자가 담배를 다음 각호의 용도에 제공하는 경우에는 담배소비세를 면제한

다'라고 하면서 제1호로 '수출'을 들고 있어, 그 내용에 별다른 차이가 없으므로, 이하 2011. 1. 1. 적용되는 법률만을 기재한다.

지방세법 제54조 제1항 각 호의 과세면제 사유 중 어느 호에 해당하는지는 담배의 반

출신고 등 형식이 아니라 담배 인도의 실질적인 태양에 따라 판단하여야 한다.

이 사건에서 보건대, 원고가 '외항선 선원에 대한 판매용'으로 반출신고를 하였으

나 실제로는 쟁점 담배를 쟁점 거래업체에게 수출용으로 인도하였음은 앞서 본 바와

같다.

사정이 이와 같다면, 이 사건 거래는 '외항선 선원에 대한 판매' 용도가 아니라 '수

출' 용도로 쟁점 담배를 반출한 것에 해당하므로 구 지방세법 제54조 제1항 제1호에

따라 담배소비세가 면제된다. 이와 달리 원고가 쟁점 담배를 '외항선 선원용'으로 반출

하고 그 용도와는 다른 용도로 쟁점 거래업체에게 공급하였으므로 담배소비세가 면제

되지 않는다고 판단하고는, 그 과세표준에 담배소비세까지 포함시킨 이 사건 처분은

위법하다. 원고의 이 부분 주장은 이유 있다.

이에 대하여 피고는, 쟁점 담배가 수출되지 않고 국내 시장에 반입되어 유통되는

것에 원고에게 귀책사유가 있으므로 구 지방세법 제49조 제5항에 따라 원고에게 담배

소비세가 과세되어야 한다고 주장하나, 가사 원고의 직원이 쟁점 담배의 국내 유통에

일부 가담하였다고 하더라도, 원고가 쟁점 담배를 쟁점 거래업체에게 양도하여 쟁점

거래업체가 쟁점 담배의 처분 주체가 된 이상 원고는 구 지방세법 제49조 제5항 소정

의 '해당 용도에 사용하지 않고 매도, 판매, 소비, 그 밖의 처분을 한 자'에 해당하지

않아 담배소비세의 납세의무자가 아니므로, 피고의 위 주장은 이유 없다.

3) 가산세 적용의 배제 여부

세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세

자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고, 납세 등 각종 의무를 위반한 경우에 법이

정하는 바에 따라 부과하는 행정상 제재로서 납세자의 고의・과실은 고려되지 아니하고

법령의 부지・착오 등은 그 의무위반을 탓할 수 없는 정당한 사유에 해당하지 아니한다

(대법원 2014. 3. 13. 선고 2012두7370 판결 등 참조).

위 법리에 비추어 이 사건에서 보건대, ① 원고가 법률해석의 견해대립으로 들고

있는 서울고등법원 판결(서울고등법원 2010. 12. 27. 선고 2010누26843 판결)은 대법

원 2005. 2. 18. 선고 2004두8224 판결을 기초로 하고 있는데, 2004두8224 판결은 직접 재화를 수출하는 수출업자에 대한 것으로 국내 거래를 전제로 한 서울고등법원 판결 및 이 사건에 원용할 수 없는바, 서울고등법원 판결과 이를 파기한 대법원 2011. 5.26. 선고 2011누2774 판결은 견해의 대립이 아니라 하급심의 잘못된 해석을 대법원이조세법률주의 원칙에 따라 바로 잡은 것에 불과한 점, ② 부가가치세법 시행령 제24조 제2항 제1호는 영세율이 적용되기 위한 국내 거래의 증빙서류로 내국신용장 또는 구매확인서만을 규정하고 있는 점, ③ 담배를 전문적으로 수출・판매하는 원고라면 국내 거래의 영세율 적용을 위한 증빙서류의 종류에 대해 잘 알고 있었을 것으로 보이는 점,④ 내국신용장・구매확인서와 수출신고필증은 그 성격이 상이한 점, ⑤ 내국신용장 또는 구매확인서에 의한 국내 거래에 대해서만 예외적으로 영세율을 적용하고 있는 취지 등에 비추어 보면, 원고에게 신고・납부 의무의 해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있다고 보기 어렵다. 따라서 원고의 이 부분 주장도 이유 없다.

4) 정당한 세액의 산출

결국 이 사건 처분에는 담배소비세 등이 과세표준에 포함된 잘못이 있으므로, 이

사건 처분 중 담배소비세 등을 과세표준에서 제외한 후 아래와 같이 계산한 정당한 세

액을 초과하는 부분은 위법하다.

3. 결 론

그렇다면 원고의 이 사건 청구는 위 인정 범위 내에서 이유 있어 인용하고, 나머지

청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.