2. 소송비용은 원고가 부담한다.

청 구 취 지

피고가 2013. 9. 23. 원고에 대하여 한 양도소득세경정청구거부처분을 취소한다.

가. 원고는 2002. 11. 12. 수원시 OO구 OO동 OOO 대 224.7㎡(이하 '이 사건 토지'라고 한다) 지상에 지하 1층, 지상 3층 총 19세대의 다가구주택{지층 114.50㎡(다가구주택), 1층 113.33㎡(다가구주택), 2층 132.74㎡(다가구주택), 3층 132.74㎡(다가구주택), 연면적 493.31㎡, 이하 '이 사건 주택'이라 한다}을 신축하여 관할관청으로부터 사용승인을 받았다.

나. 원고는 2010. 12. 28. BBB에게 이 사건 토지 및 주택을 매매대금 OOO원에 양도(이하 '이 사건 양도'라고 한다)하였는데, 이 사건 주택은 취득 당시 및 이 사건 양도 당시 그 기준시가가 모두 40,000,000원을 초과한다.

다. 원고는 2011. 1. 25. 피고에게 이 사건 주택의 양도에 조세특례제한법 제99조의3을 적용하여 양도소득세 감면신청을 하였으나, 피고로부터 수정신고 안내문을 받은 후인 2013. 4월경 2010년 귀속 양도소득세 55,784,000원을 수정신고 및 납부하였다.

라. 원고는 2013. 7. 26. 피고에게 이 사건 주택의 양도는 조세특례제한법 제99조의3 규정에 따른 감면적용 대상이 된다고 주장하면서 경정청구를 하였으나, 피고는 2013. 9. 23. 이 사건 주택이 고급주택에 해당한다는 이유로 원고의 경정청구에 대해 거부통지(이하 '이 사건 처분'이라 한다)를 하였다.

[인정근거] 갑 제1 내지 3, 8호증, 을 제1, 2호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

이 사건 처분은 아래와 같은 이유로 위법하다.

1) 소득세법 관련 규정의 해석에 따르면 다가구주택을 양도할 경우 이를 단독주택으로 볼 것인지 공동주택으로 볼 것인지는 납세자의 선택에 따라 주택 수를 결정하게 한 다음, 그에 따라 주택의 면적 및 가액을 검토하여 고급주택 여부를 판단하여야 함에도, 피고가 다가구주택을 하나의 매매단위로 하여 양도한 경우 다른 선택의 여지 없이 이를 단독주택으로 보고 고급주택 여부를 판단한 것은 잘못이다.

2) 과세관청이 종래 다가구주택을 포함하여 수 개의 주택을 소유한 거주자가 다가구주택을 양도할 경우 소유자가 이를 단독주택으로 볼 것인지 공동주택으로 볼 것인지에 대해 선택할 수 있다는 태도를 보여 왔음에도 피고가 이 사건 처분을 한 것은 원고의 신뢰를 저버리는 것이다.

3) 소득세법 시행령에서 고급주택을 판정하는 가액의 기준인 '양도 당시의 실지거래가액'은 그 표현 문언에도 불구하고 '취득 당시의 거래가액'에 따라 판단하여야 한다.

나. 관계법령

별지 기재와 같다.

다. 판단

1) 구 조세특례제한법(2002. 12. 11. 법률 제6762호로 개정되기 전의 것, 이하 '구 조세특례제한법'이라 한다) 제99조의3 제1항은 본문에서 거주자가 신축주택을 취득하여 그 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면하도록 하는 한편, 단서에서는 당해 신축주택이 소득세법 제89조 제3호의 규정에 의하여 양도소득세의 비과세대상에서 제외되는 고급주택에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다고 규정하고 있다.

한편 구 소득세법(2002. 12. 18. 법률 제6781호로 개정되기 전의 것, 이하 '구 소득세법'이라 한다) 제89조 제3호는 대통령령이 정하는 1세대 1주택(거주용건물의 연면적・가액 및 시설 등이 대통령령이 정하는 기준을 초과하는 고급주택을 제외한다)과 이에 부수되는 일정한 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세를 과세하지 아니한다고 규정하고 있는데, 그 위임에 따른 구 소득세법 시행령(2002. 12. 30. 대통령령 제17825호로 개정되기 전의 것)은 제154조 제1항에서 1세대 1주택의 개념에 관하여 규정하고, 제155조 제15항에서 제154조 제1항의 규정을 적용함에 있어서 다가구주택을 가구별로 분양하지 아니하고 하나의 매매단위로 하여 1인에게 양도하는 경우에는 이를 단독주택으로 본다고 규정한 다음, 제156조에서 구 소득세법 제89조 제3호에서 말하는 고급주택의 범위를 다음과 같이 설정하였다. 즉 구 소득세법 제89조제3호에서 말하는 고급주택은, 단독주택으로서 기준시가가 4천만 원 이상이면서 주택의 연면적이 264㎡ 이상이고 그 주택 및 이에 부수되는 토지의 양도 당시의 실지거래가액의 합계액이 6억 원을 초과하는 것이거나(제1호 가목), 공동주택(다가구주택을 포함하되, 제155조 제15항의 규정에 의하여 단독주택으로 보는 경우를 제외한다)으로서 주택의 전용면적이 149㎡ 이상이고 양도 당시의 실지거래가액이 6억 원을 초과하는 것(제2호)을 말한다.

2) 이 사건 주택이 구 조세특례제한법 제99조의3 제1항에 따른 양도소득세 감면대상 여부앞서 본 관련 조항을 종합하여 보면, 다가구주택을 신축한 다음 가구별로 분양하지 아니하고 하나의 매매단위로 하여 1인에게 양도하는 경우 그 주택이 구 소득세법제89조 제3호에서 정한 고급주택에 해당하는지 여부는 이를 단독주택으로 보아 판단하여야 하고, 따라서 그러한 신축주택의 기준시가가 4천만 원 이상이면서 주택의 연면적이 264㎡ 이상이고 그 주택 및 이에 부수되는 토지의 양도 당시의 실지거래가액의 합계액이 6억 원을 초과한다면 위 주택은 구 소득세법 제89조 제3호에서 말하는 고급주택에 해당하여 구 조세특례제한법 제99조의3 제1항 단서에 따라 양도소득세 감면대상에서 제외된다고 보아야 할 것이다(대법원 2012. 10. 25. 선고 2010두6878 판결 참조).

이 사건에 관하여 보건대, 앞서 본 바와 같이 원고는 다가구주택인 이 사건 주택을 신축한 다음 가구별로 분양하지 아니하고 하나의 매매단위로 하여 1인에게 양도하였으므로, 이 사건 주택이 구 소득세법 제89조 제3호에서 정한 고급주택에 해당하는지 여부는 이를 단독주택으로 보아 판단하여야 할 것이고, 나아가 이 사건 주택은 취득 당시 및 이 사건 양도 당시 그 기준시가가 모두 40,000,000원을 초과하고, 주택의 연면적 이 264㎡ 이상이며, 이 사건 주택 및 이에 부수되는 토지의 양도 당시의 실지거래가액의 합계액이 6억 원을 초과하고 있음은 앞서 본 바와 같으므로, 이 사건 주택은 구 소득세법 시행령 제156조 제1호 (가)목에 규정된 단독주택의 고급주택 기준을 충족하여 구 소득세법 제89조 제3호의 규정에 의하여 양도소득세 비과세대상에서 제외되는 고급주택에 해당하고, 그에 따라 이 사건 주택은 구 조세특례제한법 제99조의3 제1항 단서에 따라 양도소득세 감면대상에서 제외된다고 봄이 상당하다.

3) 신뢰보호원칙 위반 여부

살피건대, 갑 제5호증의 1, 2의 각 기재만으로는 이 사건 처분 이전에 피고를 포함한 행정청이 원고에게 신뢰의 대상이 되는 공적인 견해를 표명하였음을 인정하기에 부족하고, 달리 이를 인정할만한 증거가 없으므로, 이 사건 처분이 원고의 신뢰를 침해하였다고 볼 수 없다(원고가 들고 있는 소득세법 시행령 제167조의3 제2항 제1호는 2003. 12. 30. 대통령령 제18173호로 개정된 소득세법 시행령에서 신설되었을 뿐만 아니라 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택의 경우에 적용되는 조항이어서 이 사건에 적용될 수는 없다).

4) 구 소득세법 시행령상 '양도 당시의 실지거래가액'이라는 규정의 의미를 '취득 당시의 거래가액'으로 볼 수 있는지 여부

살피건대, 조세법률주의의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하며, 특히 감면요건 규정 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합한다.

구 조세특례제한법(2002. 12. 11. 법률 제6762호로 개정된 것) 부칙 제29조 제1항은 '이 법시행 전에 종전의 제99조 제1항 또는 제99조의3 제1항의 규정에 의하여 주택건설업자와 최초로 매매계약을 체결하고 계약금을 납부하였거나, 자기가 건설한 신축주택으로서 사용승인 또는 사용검사(임시사용승인을 포함한다)를 받은 신축주택을 이 법 시행 후 양도하는 경우 양도소득세의 감면 및 양도소득세과세대상소득금액의 계산에 관하여는 제99조 제1항 또는 제99조의3 제1항의 개정규정에 불구하고 종전의 규정을 적용한다. 이 경우 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 날 또는 자기가 건설한 신축주택으로서 사용승인 또는 사용검사를 받은 날 당시의 고급주택 기준을 적용한다'고 규정하였는바, 위 부칙조항에 의하여 이 사건 양도에 관하여 적용되는 구 조세특례제한법 제99조의3 제1항 단서에서는 '당해 주택이 소득세법 제89조 제3호의 고급주택에 해당하는 경우 양도소득세가 감면되지 아니한다'고 규정하였다.

그런데 이 사건 주택이 사용승인을 받은 날 당시 고급주택의 기준을 정하고 있던 구소득세법 및 구 소득세법 시행령의 관련 조항에 따르면, 앞서 본 바와 같이 이 사건주택은 다가구주택임에도 단독주택으로 보아 고급주택 여부를 판단하여야 하는데, '단독주택으로서 그 주택에 대한 기준시가가 4천만 원 이상이면서 주택의 연면적이 264㎡ 이상이고, 그 주택 및 이에 부수되는 토지의 양도 당시의 실지거래가액의 합계액이 6억 원을 초과하는 것'을 고급주택에 해당한다고 규정하였다.

따라서 위 관련 조항을 종합하여 보면, 구 조세특례제한법은 제99조의3 제1항에서 양도소득세 감면배제 대상인 고급주택 여부의 판단 기준을 직접 규정하지 않고 이 사건 주택과 같이 자기가 건설한 신축주택으로서 사용승인을 받은 날 당시 고급주택의 기준을 정하고 있던 구 소득세법 제89조 제3호에 따라 규율할 것을 예정하고 있었고, 구 소득세법의 위임에 따른 구 소득세법 시행령은 이 사건 주택이 양도소득세 비감면대상인 고급주택에 해당하는지를 '양도 당시의 실지거래가액'을 기준으로 판단하여야 한다고 명백히 규정하고 있었으므로, 이를 '취득 당시의 거래가액'이라고 해석하여야 한다는 원고의 위 주장은 받아들일 수 없다.

5) 따라서 피고의 이 사건 처분은 적법하다.

3. 결론

그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.