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경정
가산세 부과처분이 정당한지 여부

조세심판원 조세심판 | 조심2016지0891 | 지방 | 2017-03-29

[청구번호]

[청구번호]조심 2016지0891 (2017. 3. 29.)

[세목]

[세목]취득[결정유형]경정

[결정요지]

[결정요지]취득세 납세의무가 발생하지 않은 시점에 쟁점토지에 대하여 신고납부하여야 할 금액보다 훨씬 상회하는 금액을 선납부한 것으로 보아 청구법인으로 하여금 쟁점토지에 대한 취득세 신고ㆍ납부를 기대하기는 어렵다 할 것인 점 등에 비추어 청구법인이 쟁점토지에 대하여 취득세 신고의무를 이행하지 아니하였다하더라도 가산세를 면할 정당한 사유가 있다고 보는 것이 합리적이라 할 것임.

[관련법령]
[참조결정]

[참조결정]조심2012지0053

[주 문]

OOO군수가 2016.4.18. 청구법인에게 한 취득세 등 OOO의 부과처분은 가산세 OOO을 감액하는 것으로 하여 그 세액을 경정한다.

[이 유]

1. 처분개요

가. 청구법인은 1997.3.19.OOO일원 공유수면에발전소 및 석탄회처리장 부지를 조성할 목적으로 공유수면매립실시계획 인가를 받고 공유수면매립공사를 시행함에 따라 2008.8.28. OOO1단계 1공구(556,719㎡), 2016.2.16. 1단계 2공구(253,500㎡, “이 건 2공구”라 한다)가 각 준공·인가되었다.

나. 청구법인은 이 건 2공구가 준공인가되기 전 2010.2.26. OOO(이하 “경량골재시설부지”라 한다)에 건축허가를 받아 2011년 3월에 착공 후, 이유로 2011.3.15.까지 투입된 공사비 OOO을 과세표준으로 하여 산출한 취득세 등 OOO을 신고·납부(이하 “2011년 신고납부”라 한다)하였다.

다. 처분청은 이 건 2공구가 2016.2.16. 준공인가되자 총매립공사비OOO에서 취득세로 2011년 신고납부된 공사비를 차감한 잔여가액 OOO을 취득세 과세표준으로 확정한 후, 청구법인이 2013.11.5. 이 건 2공구의 일부 면적 30,000㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)에 사용허가를 받아 석탄회재활용시설을 건축한 사실을 확인하고, 준공면적(253,500㎡)에서 청구법인이 취득한 면적(249,778.4㎡, 이하 “이 건 토지”라 한다) 중 쟁점토지의 취득시기가 준공검사 전 사용허가를 받은 2013.11.5.[나머지 토지(219,778.4㎡)의 취득시기는 공유수면매립 준공인가일인 2016.2.16.]임에도 청구법인이 쟁점토지에 대한 취득세 등의 신고납부를 이행하지 않은 것으로 보아 2016.4.18. 쟁점토지에 대한 공사비 OOO을 과세표준으로 하여 산출한 취득세 OOO농어촌특별세 OOO지방교육세 OOO합계 OOO(가산세 OOO 포함)을 부과·고지하였다.

라. 청구법인은 쟁점토지의 가산세 부과처분에 불복하여 2016.7.8. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

공유수면매립으로 토지를 원시취득하는 경우, 취득시기는 원칙적으로 공사준공인가일이고 그 전에 사용허가를 받은 경우에는 사용허가일이 되는 것이므로 이 건 토지 중 쟁점토지를 제외한 나머지 토지의 취득시기는 공사준공인가일인 2016.2.16.이고 준공인가 전 사용허가를 받은 쟁점토지의 취득시기는 2013.11.5.로서 쟁점토지의 사용허가일에 나머지 토지는 취득세 납세의무가 발생하지 않았으므로 쟁점토지를 취득하기 이전인 2011.3.28. 신고·납부한 취득세 등 OOO에는 쟁점토지에 대한 취득세가 포함되었다고 볼 수 있다.

처분청의 의견과 같이 2011.3.15.을 경량골재시설부지의 취득일로 본다 하더라도 쟁점토지의 면적은 이 건 토지의 약 12퍼센트[(30,000㎡/249,778.4㎡)×100]에 해당하는 반면, 2011년 신고납부한 취득세의 과세표준은 이 건 토지 과세표준의 약 69퍼센트(OOO / OOO×100)로, 2011년 신고납부한 취득세 과세표준의 비율이 쟁점토지의 이 건 토지에 대한 비율을 훨씬 상회하여 2011년 신고납부한 취득세에 쟁점토지에 대한 취득세가 포함되었다고 볼 수 있으므로 선입선출법 방식으로 할 경우 쟁점토지의 사용허가일에 취득세를 신고·납부할 의무가 없다.

또한, 이 건 토지에 대한 공사금액은 2015.8.17. 이 건 2공구 매립실시계획 변경승인 고시(인천광역시 제2015-210호)에 의해 OOO에서 OOO으로 변경되어 쟁점토지를 취득(2013.11.5.)할 당시에는 과세표준조차 확정되지 않았음에도 처분청은 이와 같은 사실은 고려하지 않은 채 쟁점토지에 대하여 가산세를 부과한 것은 부당하다.

나. 처분청 의견

「지방세법 시행령」(2011.12.31. 대통령령 제23482호로 일부개정되기 전의 것, 이하 같다) 제20조 제8항은 관계 법령에 따라 매립ㆍ간척 등으로 토지를 원시취득하는 경우에는 공사준공인가일을 취득일로 보되, 공사준공인가일 전에 사용승낙이나 허가를 받은 경우에는 사용승낙일 또는 허가일을 취득일로 본다고 규정하고 있고, 「공유수면 관리 및 매립에 관한 법률」제44조 제1항에서 매립면허취득자는 제45조에 따른 준공검사 전까지는 매립지를 사용할 수 없지만, 매립면허관청으로부터 준공검사 전 사용허가를 받은 경우에는 그러하지 아니하는 것으로 규정하고 있다.

청구법인은 ① 2013.8.22. 석탄회재활용시설 신축을 위하여 쟁점토지(면적 30,000㎡)에 대한 공유수면매립지 준공 전 사용허가 신청을 하고, ② 2013.10.29. 처분청으로부터 OOO건축허가 기본설계도서 제출에 대한 검토결과를 회신 받았으며, ③ 2013.11.5. OOO으로부터 쟁점토지(면적 30,000㎡)에 대하여 석탄재활용시설 설치를 위한 준공검사 전 사용허가를 받았는바,

공유수면 매립 토지에 대한 취득의 시기에 대하여, 대법원은 구 종합토지세 납세의무자를 종합토지세 과세기준일 현재 토지를 사실상으로 소유하고 있는 자로 규정하고 있는데, 이러한 사실상의 소유자가 되는 취득의 시기에 대하여 별도로 규정하고 있지 아니하므로 취득세의 취득시기에 관한 법령을 준용하여 결정(대법원 1998.5.23. 선고 94누13831 판결)하여야 하고 공유수면매립에 의한 원시취득의 경우라 하여 달리 볼 근거는 없으므로 공유수면 매립공사 준공인가 전에 사용허가를 받은 경우에 그 허가일을 사실상 소유자가 되는 취득시기로 보아야 한다(대법원 1999.9.7. 선고 98두14549 판결, 같은 뜻임)고 판시하였고,

조세심판원은 공유수면매립토지에 대하여 준공인가 전 건축허가를 받은 경우 그 취득시기를 준공인가일과 건축허가일 중 언제로 볼 것인지에 대하여 건축허가를 받은 사실로 하여 이를 토지에 대한 사용승낙 또는 허가를 받았다고 보기 어려우므로 취득일을 준공인가일이 아닌 건축허가일로 보아 취득세 등을 부과한 처분은 잘못(조심2012지53, 2013.5.3. 결정)이라고 결정하였다.

따라서 관계 법령에 따라 매립ㆍ간척 등으로 토지를 원시취득하는 경우에는 공사준공인가일을 취득일로 보아야 할 것이고, 공사준공인가일 전에 사용승낙이나 허가를 받은 경우에는 사용승낙일 또는 허가일을 취득일로 보아야 할 것으로, 쟁점토지(30,000㎡)에 대한 취득의 시기는 준공검사 전 사용허가를 받은 2013.11.5.로 보는 것이 타당하므로 가산세를 포함하여 이 건 취득세 등을 부과한 처분은 달리 잘못이 없다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

가산세 부과처분의 당부

나. 관련 법령

제54조(가산세의 감면 등) ① 지방자치단체의 장은 이 법 또는 지방세관계법에 따라 가산세를 부과하는 경우 그 부과의 원인이 되는 사유가 제26조 제1항에 따른 기한연장 사유에 해당하거나납세자가 해당 의무를 이행하지 아니한 정당한 사유가 있을 때에는 그 가산세를 부과하지 아니한다.

제6조(정의)취득세에서 사용하는 용어의 뜻은 다음 각 호와 같다.

1. "취득"이란 매매, 교환, 상속, 증여, 기부, 법인에 대한 현물출자, 건축, 개수(改修), 공유수면의 매립, 간척에 의한 토지의 조성 등과 그 밖에 이와 유사한 취득으로서 원시취득, 승계취득 또는 유상·무상의 모든 취득을 말한다.

2. "부동산"이란 토지 및 건축물을 말한다.

3. "토지"란 「측량·수로조사 및 지적에 관한 법률」에 따른 토지를 말한다

제7조(납세의무자 등) ① 취득세는 부동산, 차량, 기계장비, 항공기,선박, 입목, 광업권, 어업권, 골프회원권, 승마회원권, 콘도미니엄 회원권 또는 종합체육시설 이용회원권(이하 이 장에서 "부동산등"이라 한다)을 취득한 자에게 부과한다.

② 부동산등의 취득은 「민법」, 「자동차관리법」, 「건설기계관리법」, 「항공법」, 「선박법」, 「입목에 관한 법률」, 「광업법」 또는 「수산업법」 등 관계 법령에 따른 등기·등록 등을 하지 아니한 경우라도 사실상 취득하면 각각 취득한 것으로 보고 해당 취득물건의 소유자 또는 양수인을 각각 취득자로 한다. 다만, 차량, 기계장비, 항공기 및 주문을 받아 건조하는 선박은 승계취득인 경우에만 해당한다.

제20조(취득의 시기 등) ⑥ 건축물을 건축하여 취득하는 경우에는사용승인서를 내주는 날(사용승인서를 내주기 전에 임시사용승인을 받은 경우에는 그 임시사용승인일을 말한다)과 사실상의 사용일 중 빠른 날을 취득일로 본다. 다만, 「도시개발법」에 따른 도시개발사업이나 「도시 및 주거환경정비법」에 따른 정비사업(주택재개발사업 및 도시환경정비사업만 해당한다)으로 건축한 주택을 「도시개발법」 제40조에 따른 환지처분 또는 「도시 및 주거환경정비법」 제54조에 따른 소유권 이전으로 취득하는 경우에는 환지처분 공고일의 다음 날 또는 소유권 이전 고시일의 다음 날과 사실상의 사용일 중 빠른 날을 취득일로 본다.

⑧ 관계 법령에 따라매립ㆍ간척 등으로 토지를 원시취득하는 경우에는 공사준공인가일을 취득일로 본다. 다만, 공사준공인가일 전에 사용승낙이나 허가를 받은 경우에는 사용승낙일 또는 허가일을 취득일로 본다.

제2조(정의) 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

1. "공유수면"이란 다음 각 목의 것을 말한다.

가. 바다 : 「측량·수로조사 및 지적에 관한 법률」 제6조제1항제4호에 따른 해안선으로부터 「배타적경제수역법」에 따른 배타적 경제수역 외측 한계까지의 사이

나. 바닷가 : 「측량·수로조사 및 지적에 관한 법률」 제6조제1항제4호에 따른 해안선으로부터 지적공부(地籍公簿)에 등록된 지역까지의 사이

다. 하천·호소(湖沼)·구거(溝渠), 그 밖에 공공용으로 사용되는 수면 또는 수류(水流)로서 국유인 것

4."공유수면매립"이란 공유수면에 흙, 모래, 돌, 그 밖의 물건을 인위적으로 채워 넣어 토지를 조성하는 것(간척을 포함한다)을 말한다.

제8조(공유수면의 점용·사용허가) ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 행위를 하려는 자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 공유수면관리청으로부터공유수면의 점용 또는 사용(이하 "점용·사용"이라 한다)의 허가(이하 "점용·사용허가"라 한다)를 받아야 한다.다만, 제28조에 따라 매립면허를 받은 자가 매립면허를 받은 목적의 범위에서 해당 공유수면을 점용·사용하려는 경우에는 그러하지 아니하다.

1. 공유수면에 부두, 방파제, 교량, 수문, 건축물( 「건축법」 제2조제1항제2호에 따른 건축물로서 공유수면에 토지를 조성하지 아니하고 설치한 건축물을 말한다. 이하 이 장에서 같다), 그 밖의 인공구조물을 신축·개축·증축 또는 변경하거나 제거하는 행위

제38조(공유수면매립실시계획의 승인) ① 매립면허취득자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 공유수면매립실시계획(이하 "매립실시계획"이라 한다)을 수립하여 매립면허관청의 승인을 받아야 한다. 승인받은 내용을 변경하려는 경우에도 또한 같다.

② 매립면허취득자는 매립면허를 받은 날부터 1년 이내에 매립실시계획의 승인을 받아야 한다. 다만, 천재지변 등 대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있으면 매립면허관청으로부터 1년의 범위에서 한 번만 그 기간을 연장받아 승인을 받을 수 있다.

③ 매립면허취득자는 공유수면매립 관련 권리자로부터 공사 착수에 관한 동의를 받거나 제32조에 따른 보상 또는 시설 설치를 한 후에 매립실시계획의 승인을 신청하여야 한다.

④ 매립면허관청은 제1항에 따라 매립실시계획을 승인하거나 변경승인하였을 때에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 그 사실을 고시하여야 한다.

제40조(매립공사) 매립면허취득자는 승인받은 매립실시계획의 내용대로 매립공사를 시행하여야 한다.

제44조(매립지의 사용) ①매립면허취득자는 제45조에 따른 준공검사 전까지는 매립지에 건축물ㆍ시설물, 그 밖의 인공구조물을 설치하는 등 매립지를 사용할 수 없다. 다만, 매립면허관청으로부터 매립목적 달성에 지장을 주지 아니하는 범위에서 해양수산부령으로 정하는 바에 따라 준공검사 전 사용허가를 받은 경우에는 그러하지 아니하다.

② 매립면허관청은 제1항 단서에 따른 준공검사 전 사용허가를 할 때에는 제24조 제1항 제2호에 따른 매립목적 및 같은 항 제3호에 따른 토지이용계획에 적합한 경우에만 허가하여야 한다.

③ 준공검사 전에 매립지를 사용하려는 자가 제1항 단서에 따른 허가를 받은 경우에는 다음 각 호의 인가ㆍ신고ㆍ허가 또는 검사(이하 "인가등"이라 한다)를 받은 것으로 본다.

1. 「건축법」 제20조제1항ㆍ제2항에 따른 가설건축물의 건축허가 또는 신고

제45조(준공검사) ① 매립면허취득자는 매립공사를 완료하였을 때에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 매립지의 위치와 지목(「측량ㆍ수로조사 및 지적에 관한 법률」 제67조에 따른 지목을 말한다)을 정하여 매립면허관청에 준공검사를 신청하여야 한다.

② 제1항에 따라 준공검사를 신청받은 매립면허관청은 대통령령으로 정하는 바에 따라 준공검사를 한 후 그 공사가 매립실시계획의 승인된 내용대로 시행되었다고 인정하면 해양수산부령으로 정하는 준공검사확인증을 내주고 그 사실을 고시하여야 하며, 매립실시계획의 승인된 내용대로 시행되지 아니한 경우에는 지체 없이 보완공사 등 필요한 조치를 명하여야 한다.

③ 제1항에 따라 준공검사를 신청한 자가 제2항에 따른 준공검사확인증을 받은 경우에는 제39조 제1항 각 호의 인가ㆍ허가등에 따른 해당 사업의 준공검사 또는 준공인가를 받은 것으로 본다. 이 경우 매립면허관청은 그 준공검사에 관하여 미리 관계 행정기관의 장과 협의하여야 한다.

제5조(전원개발사업 실시계획의 승인) ① 전원개발사업자는 전원개발사업 실시계획(이하 "실시계획"이라 한다)을 수립하여 산업통상자원부장관의 승인을 받아야 한다. 다만, 대통령령으로 정하는 전원개발사업에 대하여는 그러하지 아니하다.

② 전원개발사업자가 제1항에 따라 승인받은 사항을 변경하려는 경우에는 산업통상자원부장관의 승인을 받아야 한다. 다만, 대통령령으로 정하는 경미한 사항을 변경하려는 경우에는 신고하여야 한다.

제6조(다른 법률과의 관계) ①전원개발사업자가 제5조에 따라 실시계획의 승인 또는 변경승인을 받았을 때에는다음 각 호의 허가·인가·면허·결정·지정·승인·해제·협의 또는 처분 등(이하 "인·허가등"이라 한다)을 받은 것으로 보고, 같은 조 제5항에 따른 고시가 있은 때에는다음 각 호의 인·허가등의 고시 또는 공고가 있은 것으로 본다.

5.「공유수면 관리 및 매립에 관한 법률」 제8조에 따른 공유수면의 점용·사용허가, 같은 법 제17조에 따른 점용·사용 실시계획의 승인 또는 신고, 같은 법 제28조에 따른 공유수면의 매립면허, 같은 법 제35조에 따른 국가 등이 시행하는 매립의 협의 또는 승인 및 같은 법 제38조에 따른 공유수면매립실시계획의 승인

③ 전원개발사업자가 제5조에 따라 실시계획의 승인 또는 변경승인을 받은 전원개발사업을 시행하기 위하여 「건축법」 제2조 제1항 제2호에 따른 건축물을 건축하려는 경우에는 같은 법 제11조 제2항에 따른 기본설계도서를 관계 행정기관의 장에게 제출함으로써 같은 법 제11조 또는 제14조에 따른 건축허가를 받거나 신고한 것으로 본다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 다음과 같은 사실들이 확인된다.

(가) 청구법인은 전력생산 및 공급을 하는 발전(發電) 공기업으로서 1995.7.6. 구 통상산업부장관으로부터 전원개발사업 실시계획 승인( 「전원개발촉진법」 제6조에 따라 공유수면매립면허 등 의제 처리)을 받은 후 1997.3.19. 인천광역시장으로부터 ‘공유수면매립실시계획인가’를 받고(고시 제1997-69호) 공유수면매립공사를 시행함에 따라 2008.8.28. OOO1단계 1공구, 2016.2.16. 1단계 2공구(이 건 2공구)가 각 준공·인가되었는바, 이 건 2공구가 준공·인가되기 전 주요 사업내용은 다음과 같다.

1) 인천광역시장은 1997.3.19. 아래와 같이 공유수면매립실시계획인가를 하였다.

<공유수면매립실시계획인가 주요 내용>

2) 청구법인은 2010.2.26. 이 건 2공구 내의 경량골재시설부지에 발전소 건축을 내용으로 하는 건축허가(증축)를 신청(공작물 축조신고)하였다.

3) 청구법인은 2011.2.21. 인천광역시장으로부터 공사 기간을 당초 1997.6.30 2011.3.31.에서 1997.6.30. 2016.12.31.로, 인가조건을 ‘매립이 완료되어 사용 중인 토지에 대하여는 세법에 따라 매립공사 준공 전 세금을 납부할 것’으로 내용으로 하는공유수면매립실시계획(변경)승인(고시 제2011-39호)을 받았다.

4) 청구법인의 OOO토목팀 차장 등과 처분청의 재무과 세정팀장 등은 2011.3.28. 이 건 2공구 취득세 납부와 관련한 협의를 하였으며 청구법인은 같은 날 그 협의·결정내용에 따라 취득세 등을 신고하고 2011.3.31. 납부하였는바, 그 협의 및 결정사항과 신고납부내역은 다음과 같다.

<협의 및 결정사항>

이 건 2공구 공유수면 매립 준공 전 실사용에 따라 취득세를 아래와 같이 분할납부토록 협의함

① 2011.3.15.까지 투입된 공사비로 산정한 과세표준액의 20/1000을 적용하여 우선 취득세를 납부(2011.3.)

② 이 건2공구 준공(2016.12.)후 정산한 과세표준액의 8/1000적용하여 추가납부

③ 이 건2공구 준공 시 정산한 과세표준액과 2011년 3월 적용한 과세표준액이 차이가 있을 경우 차액금액에 20/1000을 적용하여 추가하거나 감액

<이 건 2공구 취득세 신고납부 내역>

과세대상

경량골재시설부지 사용에 따른 이 건 2공구 취득세

사용면적 및 현황

253,500㎡(허가면적 전체), 인공경량골재 설비 부지

과세표준액 및 세율

OOO(과세대상 공사비 전체), 20/1000

납부금액

취득세 등 OOO

5) 청구법인은 2011.6.10. 처분청으로부터 경량골재시설부지에 아래와 같이 건축물 임시사용승인(도시개발과-17021)을 받았다.

<건축물 임시사용승인 주요 내용>

건축주

청구법인

대지위치

OOO

승인기간

2011.6.10. 2013.6.9.

승 인 내 용

동명칭및번호

주 용 도

승인면적(㎡)

122동

발전시설(경량골재 시설동)

6,236.50㎡

123동

발전시설(경량골재 관리동)

487.50㎡

131동

발전시설(화장실)

41.00㎡

132동

발전시설(전기실, 운전실)

83.74㎡

6) 청구법인은 2013.8.22. 「공유수면 관리 및 매립에 관한 법률」 제44조 제1항 단서 및 같은 법 시행규칙 제31조에 따라 이 건 2공구 내 쟁점토지에 대하여 석탄회 재활용시설 신축을 위한 공유수면매립지 준공 전 사용허가를 신청하였고, 인천광역시장은 2013.11.5. 아래와 같이 이를 허가(항만공항시설과-6591, 6633)하였다.

<준공검사 전 사용허가 주요내용>

(단위 : ㎡)

구분

매립면적

허가내용

사용면적

사용기간

사용목적

이 건 2공구

253,500

30,000

2013.11. 2016.12.31.

석탄회재활용시설

7) 인천광역시장은 2015.8.17. 실적정산을 이유로 총 공사비를 당초 OOO만원에서 OOO만원으로 변경하는 것을 내용으로 하는 공유수면 OOO이 건 2공구 매립실시계획변경승인을 고시(제2015-210호)하였다.

8) 인천광역시장은 2016.2.22. 이 건 2공구 공유수면 매립공사 준공을 아래와 같이 고시(제2016-26호)하였는바 준공검사 확인증에 의하면 정산된 총사업비는 OOO만원으로, 청구법인에게 귀속되는 매립지는 OOO면적 249,778.4㎡로 나타난다.

<공유수면매립공사 준공 고시 주요 내용>

(나) 청구법인은 이 건 2공구가 준공·인가되기 전인 2011.3.28. 처분청에 과세물건을 이 건 2공구 매립지 253,500㎡ 공유수면매립, 취득일을 2011.3.15., 과세표준액을 OOO원으로 하여 취득세 등 OOO을 신고·납부하였는바, 이 건 토지가 준공되기 전에 쟁점토지에 대하여 2013.11.5. 준공 전 사용허가를 받은 것 외에는 인천광역시장으로부터 경량골재시설부지 등에 대하여 준공 전 사용허가를 받지 않지 않은 것에 대하여는 청구법인과 처분청 간에 다툼이 없다.

(다) 처분청은 2016.4.18. 쟁점토지(30,000㎡)가 2013.11.5. 사용허가되었으므로 해당일을 취득일로 보아 청구법인에게 신고 및 납부불성실가산세 OOO을 포함한 취득세 등을 부과·고지하였는바 그 과세표준 산출내역은 다음과 같다.

<과세표준 산출내역>

(2) 「지방세법 시행령」제20조 제8항, 「공유수면 관리 및 매립에 관한 법률」제8조, 제44조제45조 등을 종합하면 매립면허취득자가 공유수면에 건축물 등의 신축 등을 하려는 경우에는 공유수면관리청으로부터 점용·사용허가를 요하지 아니하고, 공유수면매립실시계획의 승인을 받아 매립공사를 시행하면서 준공검사 전 매립지에 건축물 등을 설치하려는 경우에는 반드시 매립면허관청으로부터 사용허가를 받아야 하며, 매립면허취득자의 토지 원시취득(매립)에 따른 취득세와 관련하여서는 공사준공인가일이 취득일이 되는 것이나 그 전에 사용승낙이나 허가를 받은 경우에는 사용승낙일 또는 허가일이 취득일이 된다고 규정하고 있으므로 매립면허취득자가 매립공사를 통한 매립지의 준공검사 전 사용허가 또는 공사준공을 받지 않은 이상 단지 공유수면에 건축물 등의 건축허가를 받아 점용·사용하였다하여 그 공유수면을 취득세 과세대상이 되는 취득이라고 볼 수는 없다 할 것이다.

(3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구법인은 2010.2.26. 경량골재시설부지에 공작물 축조신고를 하고 공사를 진행하던 중 2011.3.28. 처분청과 협의하에 취득세를 신고·납부하였지만 위 축조신고를 하면서 인천광역시장으로부터 매립지 준공 전 사용허가 등을 받은 사실이 나타나지 않으므로 이는 공유수면 상태의 점용·사용에 불과하여 경량골재시설부지를 원시취득하였다고 할 수 없어 취득세 납세의무가 발생하였다고 보기 어려운 점, 결국 청구법인은 이 건 2공구에 대하여 쟁점토지의 준공검사 전 사용허가일(2013.11.5.)과 나머지 토지의 준공일(2016.2.16.)에 취득세 납세의무가 발생하였음에도 2011.3.28. 그 취득가액의 일부(전체 가액의 69%)를 2011.3.28. 미리 신고·납부한 것으로 볼 수 있는 점, 취득세 납세의무가 발생하지 않은 시점에 쟁점토지에 대하여 신고·납부하여야 할 금액을 훨씬 상회하여 선납부한 청구법인이 동 토지에 대한 취득세 등을 신고·납부할 것을 기대하기는 어려운 점 등에 비추어 청구법인이 쟁점토지에 대하여 취득세 등의 신고의무를 이행하지 아니하였다 하더라도 가산세를 면제할 만한 정당한 사유가 있다고 보는 것이 합리적이라 할 것이다.

따라서 처분청이 2016.4.18. 청구법인에게 한 취득세 등의 부과처분은 가산세 OOO을 감액하여 그 세액을 경정하는 것이 타당한 것으로 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 「지방세기본법」 제96조 제4항「국세기본법」 제81조제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.