2. 소송비용은 원고가 부담한다.

청 구 취 지

피고가 2014. 2. 12. 원고에게 한 2011년 귀속 양도소득세 311,006,990원의 부과처분을 취소한다.

가. 원고는 2004. 4. 16. BB시 CC동 595-2 전 1,317㎡(이하 '①토지'라 한다)와

같은 동 595-6 전 319㎡(이하 '②토지'라 한다) 및 같은 동 596 답 585㎡(이하 '③토지'라 한다, 이하 위 ①, ②, ③토지를 합쳐 '이 사건 토지'라 한다)를 취득하여 보유하다가 ①토지는 2011. 6. 16. 소외 주식회사 DD건설(이하 '소외 회사'라 한다)에게, ②, ③토지는 2011. 9. 22. 소외 서EE과 김FF에게 각 소유권이전등기를 경료해 주었다.

나. 원고는 2011. 12. 30. BB시 XXX읍 YY리 146 전 1,309㎡(이하 '대토농지'라 한다)를 취득한 다음 2012. 5. 31. 이 사건 토지의 양도소득세를 신고하면서 양도가액을 1,336,000,000원(=①토지 716,000,000원＋②,③토지 620,000,000원)으로, 취득가액을 532,632,116원으로, 필요경비를 450,658,560원으로 하여 양도소득세액을 81,749,128원으로 산정한 후 농지대토에 대한 양도소득세 감면규정을 적용하여 세액감면을 신청하였다.

다. 피고는 2013. 10.경 이 사건 토지에 대한 실지조사를 실시하여 원고가 자경한 사실이 없다는 이유로 농지대토에 대한 양도소득세 감면신청세액을 부인한 다음, 취득가액을 526,047,619원만 인정하고, 원고가 신고한 필요경비 중 327,458,555원을 부인하여 2014. 2. 12. 원고에게 2011년 귀속 양도소득세 311,006,990원을 부과하는 이 사건 처분을 하였다.

라. 원고는 이에 불복하여 이의신청을 거쳐 2015. 1. 3. 조세심판원에 심판청구를 하였는데, 조세심판원은 2015. 5. 15. '이 사건 토지의 양도시기 및 양도가액을 재조사하여 그 결과에 따라 과세표준 및 세액을 경정하고, 나머지 심판청구는 기각한다'는 내용의 결정을 하였다.

마. 이에 따라 피고는 2015. 6.경 양도소득세 재조사를 실시하였으나, 양도가액 및 양도시기가 당초 조사와 동일함을 확인한 후 2015. 8. 27. 원고에게 당초 처분이 정당하다는 취지의 재조사결과통지문을 보냈다.

[인정근거] 다툼 없음, 갑 1 내지 3, 19, 을 1 내지 8의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

1) 원고가 이 사건 토지의 거래 과정에서 실질적으로 취득한 금액은 711,000,000원에 불과하므로, 이 사건 토지의 실제 양도인인 김GG이 양도한 1,336,000,000원과 원고가 취득한 711,000,000원의 차액은 김GG에게 과세하여야 함에도, 피고는 원고에게 양도가액이 1,336,000,000원임을 전제로 이 사건 처분을 하였는바, 이는 실질과세의 원칙을 위반한 것이다(한편 원고는 이 부분 주장에서 이 사건 토지에 관하여는 잔금 청산보다 소유권이전등기가 먼저 마쳐졌으므로 양도시기를 소유권이전등기 접수일로 보아야 한다는 주장도 하나, 피고가 이 사건 처분을 함에 있어서 이 사건 토지의 각 등기접수일인 2011. 6. 16.과 2011. 9. 22.을 기준으로 양도가액을 산정하였음이 명백하므로, 원고의 위 주장은 착오나 오해에 기한 것으로 보인다).

2) 피고가 이 사건 토지의 취득가액을 인정함에 있어, 원고가 이 사건 토지를 포함한 수 필지의 토지를 일괄적으로 취득한 가액이 실지거래가액으로 확인되므로 그 전체실지거래가액을 전체 취득 토지 중 이 사건 토지가 차지하는 면적비율로 나눈 금액을 취득가액으로 인정하여야 함에도, 피고는 면적비율이 아닌 개별공시지가를 기준으로 환산한 금액비율에 따라 취득가액을 결정한 잘못이 있다.

3) 원고는 이 사건 토지의 소유권이전등기 경료 후 1년 이내에 대토농지를 취득하여 남편과 함께 밭작물을 경작하고 있고, 이 사건 토지에 관하여도 매수인 이HH, 김II과 그로부터 매수인 지위를 양수한 근저당권자 김GG과의 잔금 지급 문제와 이웃토지의 건축행위 등으로 부득이하게 취득 시부터 계속해서 경작해 오던 밭농사를 일시적으로 하지 못한 것임에도, 피고가 원고의 자경을 부인하고 농지대토에 대한 감면신청을 받아주지 아니한 것은 잘못이다.

4) 이 사건 토지 인근의 BB시 CC동 595-1 도로 44㎡, 같은 동 596-1 도로 124㎡ 및 같은 동 595-7 도로 152㎡, 같은 동 596-3 도로 45㎡ 부분은 이 사건 토지의 양도와 관련된 건축허가를 위한 통로로서 이웃 토지 거주자들도 함께 사용하는 도로에 해당함이 명백하므로, 소득세법 시행규칙 제79조에 따라 위 토지들의 취득가액을 필요경비로 산입해 주어야 함에도 피고가 이를 반영해 주지 아니한 잘못이 있다.

나. 관계 법령

별지와 같다.

다. 판단

1) 첫째 주장에 대하여

국세기본법 제14조 제1항은 실질과세의 원칙을 명시하고 있는데, 소득의 귀속이 명목뿐이고 사실상 그 소득을 얻은 자가 따로 있는 경우에는 사실상 그 소득을 얻은 자에게 소득세를 부과해야 하는바, 이처럼 소득의 귀속이 명목뿐이고 사실상 그 소득을 얻은 자가 따로 있다는 점은 이를 주장하는 자에게 입증책임이 있다(대법원 1984. 12.11. 선고 84누505 판결 참조). 또한 부동산에 관하여 소유권이전등기가 마쳐져 있는 경우 등기명의자는 제3자에 대하여서뿐만 아니라 그 전의 소유자에 대하여도 적법한 등기원인에 의하여 소유권을 취득한 것으로 추정되므로, 이를 다투는 측에서 무효사유를 주장・입증하여야 한다(대법원 2013. 1. 10. 선고 2010다75044 판결 등 참조).

위와 같은 법리에 비추어 이 사건에 관하여 보면, 을 3 내지 5(가지번호 포함)의 각 기재와 변론 전체의 취지에 의하여 인정되는 다음과 같은 사정 즉, 원고가 스스로 이 사건 토지에 관하여 양도인을 원고로, 양도가액을 1,336,000,000원으로 하여 양도소득세 신고를 하고, 위 양도가액에 부합하는 각 매매계약서와 부동산등기부 등본을 첨부하여 제출한 점, 또한 원고는 그 주장에 의하더라도 2011. 2. 23.자로 '이 사건 토지의 거래와 관련하여 토지대금을 완납 받았음을 확인하고 추후 어떠한 이유로도 더 이상의 금품을 요구하지 않겠다'는 취지의 토지대금 완납확인서를 작성해 주고, 소유권이전등기 신청 시 첨부된 이 사건 토지에 관한 각 매매계약서에 모두 직접 날인하였던 점, 토지매매 잔금채권의 실현 가능성이 전혀 없게 된 것이 객관적으로 명백하다는 점이 입증되지 아니한 이상 권리확정주의에 따라 신고한 양도가액 전부에 대하여 과세하는 것이 원칙인 점 등에 비추어 보면, 원고가 제출한 갑 4 내지 7, 갑 9 내지 18(가지번호 포함)의 각 기재만으로는 위와 같은 소득 귀속의 명목성과 소유권이전등기의 추정력을 번복하여 이 사건 토지의 실제 양도인이 김GG이라거나 위 토지의 양도가액이 711,000,000원에 불과하다는 점을 인정하기에 부족하고, 달리 이를 인정할 증거가 없

다. 원고의 위 주장은 이유 없다.

2) 둘째 주장에 대하여

구 소득세법(2011. 7. 25. 법률 제10900호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제100조 제2항, 구 소득세법 시행령(2011. 10. 14. 대통령령 제23218호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제166조 제6항 및 구 부가가치세법 시행령(2011. 9. 29. 대통령령 제23162호로 개정되기 전의 것) 제48조의2 제4항 단서 제1호에 의하면, 토지와 건물 등의 가액 구분이 불분명한 때에는 공급계약일 현재의 기준시가에 따라 계산한 가액에 비례하여 안분계산하도록 규정하고 있다.

그런데 이 사건에서 원고가 양도소득세 신고 당시 제출한 매매계약서(갑 19)에 의하면 이 사건 토지 3필지를 포함하여 광주시 탄벌동 362, 595, 595-1, 596, 596-1 등 5필지 총 4,211㎡를 대금 1,000,000,000원에 취득한다는 내용으로 기재되어 있을 뿐, 지번의 면적 및 취득가액의 구분이 되어 있지 아니하고, 그 필지별 용도나 기준시가에 상당한 차이가 있으며, 그 토지의 평당가격을 동일하게 평가하여 매매가액을 정하였다고 볼 사정도 없으므로, 이는 이 사건 토지를 포함한 각 취득 토지의 필지별 가액 구분이 불분명한 때에 해당되는 것으로 볼 수 있다. 따라서 피고가 이 사건 토지의 취득가액을 정함에 있어서 전체 취득 토지의 당시 개별공시지가를 기준으로 각 토지의 환산금액을 산정한 다음, 위 실지거래가액 1,000,000,000원 중 이 사건 토지의 개별공시지가 합계액의 비율에 따라 취득가액을 결정한 데에 어떠한 잘못이 있다고 할 수 없다. 원고의 위 주장은 이유 없다.

3) 셋째 주장에 대하여

구 조세특례제한법(2011. 12. 31. 법률 제11133호로 개정되기 전의 것) 제70조 제1항 및 구 조세특례제한법 시행령(2012. 2. 2. 대통령령 제23590호로 개정되기 전의 것) 제67조에 따라 농지대토에 의한 양도소득세 감면을 받기 위해서는 양도소득세 감면대상이 되는 토지가 '농지'라는 점과 해당 토지를 양도 전 3년 이상 '자경'하였다는 점에대한 입증책임은 양도소득세 감면을 주장하는 납세의무자에게 있다.

그런데 을 9, 11, 12의 각 기재와 영상 및 변론 전체의 취지에 의하여 인정되는 다음과 같은 사정 즉, 2009. 6.경부터 2012. 5.경까지 촬영된 항공사진에 의하면 이 사건 토지는 나대지로 보이는 점, 원고는 이 사건 토지의 보유기간 동안 ○○○○○ 어학원 등의 사업을 영위하고, 2011년도부터 2015년도까지는 ○○선재 등에서 근무하면서 상당한 액수의 근로소득이 발생하였던 점, 원고가 농작물을 경작하는 데 필요한 종자나 영농자재 구입내역 혹은 경비 관련 자료나, 수확한 작물의 판매 또는 사용처 등에 관한 객관적인 자료를 제출하고 있지 아니한 점 등에 비추어 원고가 제출한 갑 21 내지 23(가지번호 포함)의 각 기재 등만으로는 위와 같은 '농지'나 '자경'에 관한 충분한 입증이 된다고 보기 어렵고, 원고의 그 주장만으로는 자경하지 못한 데 대한 부득이한 사유가 있다고 볼 수도 없어서, 원고의 위 주장도 이유 없다.

4) 넷째 주장에 대하여

구 소득세법 제97조 제1항 제2호, 구 소득세법 시행령 제163조 제3항 제4호 및 구 소득세법 시행규칙(2011. 8. 3. 기획재정부령 제224호로 개정되기 전의 것) 제79조 제1항 제4호에 의하면, '토지이용의 편의를 위하여 해당 토지에 도로를 신설하여 국가 또는 지방자치단체에 이를 무상으로 공여한 경우'에 그 도로로 된 토지의 취득당시 가액은 자본적 지출액으로서 필요경비에 반영해 주어야 한다.

그러나 을 7의 1, 2 각 기재와 변론 전체의 취지에 의하면, 원고가 주장하는 BB시 CC동 595-1 및 596-1 각 도로의 경우 원고가 이 사건 토지를 취득하기 전인 2003. 1. 2. 이미 도로로 지목변경이 되어 원고가 취득 후 도로를 신설한 것으로 볼 수 없고, 원고가 위 도로를 포함하여 BB시 CC동 595-7 및 596-3 각 도로를 국가나 지방자치단체에 소유권을 이전한 바도 없으므로 위 시행규칙 규정상의 '국가 또는 지방자치단체에 이를 (무상으로) 공여'하였다고 볼 수도 없어서, 결국 원고의 위 주장도 이유 없다.

라. 따라서 원고의 주장은 모두 받아들일 수 없고, 이 사건 처분은 적법하다.

3. 결 론

원고의 청구를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

관계 법령

◈ 구 소득세법(2011. 7. 25. 법률 제10900호로 개정되기 전의 것)

— 제97조(양도소득의 필요경비 계산)

① 거주자의 양도차익을 계산할 때 양도가액에서 공제할 필요경비는 다음 각 호에서 규정하는 것으로 한다.

2. 자본적지출액 등으로서 대통령령으로 정하는 것

— 제100조(양도차익의 산정)

① 양도차익을 계산할 때 양도가액을 실지거래가액(제96조 제3항에 따른 가액 및 제114조 제7항에 따라 매매사례가액・감정가액이 적용되는 경우 그 매매사례가액・감정가액 등을 포함한다)에 따를 때에는 취득가액도 실지거래가액(제97조 제7항에 따른 가액 및 제114조 제7항에 따라 매매사례가액・감정가액・환산가액이 적용되는 경우 그 매매사례가액・감정가액・환산가액 등 을 포함한다)에 따르고, 양도가액을 기준시가에 따를 때에는 취득가액도 기준시가에 따른다.

② 제1항을 적용할 때 양도가액 또는 취득가액을 실지거래가액에 따라 산정하는 경우로서 토지와 건물 등을 함께 취득하거나 양도한 경우에는 이를 각각 구분하여 기장하되 토지와 건물 등의 가액 구분이 불분명할 때에는 취득 또는 양도 당시의 기준시가 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분계산(안분계산)한다. 이 경우 공통되는 취득가액과 양도비용은 해당 자산의 가액에 비례하여 안분계산한다.

③ 양도차익을 산정하는 데에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

◈ 구 조세특례제한법(2011. 12. 31. 법률 제11133호로 개정되기 전의 것)

-제70조(농지대토에 대한 양도소득세 감면)

① 농지 소재지에 거주하는 대통령령으로 정하는 거주자가 직접 경작한 토지를 경작상의 필요에 의하여 대통령령으로 정하는 경우에 해당하는 농지로 대토(대토)함으로써 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다. 다만, 해당 토지가 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」에 따른 주거지역・상업지역 및 공업지역(이하 이 조에서 주거지역등 이라 한다)에 편입되거나 「도시개발법」 또는 그 밖의 법률에 따라 환지처분(환지처분) 전에 농지 외의 토지로 환지예정지 지정을 받은 경우에는 주거지역 등에 편입되거나, 환지예정지 지정을 받은 날까지 발생한 소득으로서 대통령령으로 정하는 소득에 대해서만 양도소득세를 면제한다.

◈ 구 소득세법 시행령(2011. 10. 14. 대통령령 제23218호로 개정되기 전의 것)

— 제163조(양도자산의 필요경비)

③ 법 제97조 제1항 제2호에서 자본적지출액 등으로서 대통령령으로 정하는 것 이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 말한다.

4. 제1호 내지 제3호, 제3호의2 및 제3호의3에 준하는 비용으로서 기획재정부령이 정하는 것

— 제166조(양도차익의 산정 등)

⑥ 법 제100조 제2항의 규정을 적용함에 있어서 토지와 건물 등의 가액의 구분이 불분명한 때에는 「부가가치세법 시행령」 제48조의2 제4항 단서의 규정에 의하여 안분계산 한다.

◈ 구 부가가치세법 시행령(2011. 9. 29. 대통령령 제23162호로 개정되기 전의 것)

— 제48조의2(과세표준의 안분계산)

④ 사업자가 토지와 그 토지에 정착된 건물 및 그 밖의 구축물 등(이하 이 조에서 건물등 이라 한다)을 함께 공급하는 경우에 그 건물등의 공급가액은 실지거래가액에 의한다. 다만, 실지거래가액중 토지의 가액과 건물등의 가액의 구분이 불분명한 경우에는 다음 각호에 정하는 바에 의한다.

1. 토지와 건물등에 대한 「소득세법」 제99조의 규정에 의한 기준시가(이하 이 조에서 기준시가 라 한다)가 모두 있는 경우에는 공급계약일 현재의 기준시가에 따라 계산한 가액에 비례하여 안분계산한다. 다만, 감정평가가액[제21조에 규정된 공급시기(중간지급조건부 또는 장기할부판매의 경우는 최초 공급시기)가 속하는 과세기간의 직전 과세기간 개시일부터 공급시기가 속하는 과세기간의 종료일까지 「부동산가격공시 및 감정평가에 관한 법률」에 따른 감정평가법인이 평가한 감정평가가액을 말한다. 이하 이 항에서 같다]이 있는 경우에는 그 가액에 비례하여 안분계산한다.

◈ 구 조세특례제한법 시행령(2012. 2. 2. 대통령령 제23590호로 개정되기 전의 것)

— 제67조(농지대토에 대한 양도소득세 감면요건 등)

① 법 제70조 제1항에서 대통령령으로 정하는 거주자 란 3년 이상 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 지역(경작을 개시할 당시에는 당해 지역에 해당하였으나 행정구역의 개편 등으로 이에 해당하지 아니하게 된 지역을 포함한다. 이하 이 조에서 농지소재지 라 한다)에 거주한자를 말한다. (이하 생략)

② 법 제70조 제1항에서 직접 경작 이라 함은 거주자가 그 소유농지에서 농작물의 경작 또는 다년성 식물의 재배에 상시 종사하거나 농작업의 2분의 1 이상을 자기의 노동력에 의하여 경작 또는 재배하는 것을 말한다.

⑦ 법 제70조 제2항에서 대통령령으로 정하는 토지 란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 농지를 말한다. (이하 생략)

⑧ 법 제70조 제3항의 규정에 따라 양도소득세의 감면신청을 하고자 하는 자는 당해 농지를 양도한 날이 속하는 과세연도의 과세표준신고(예정신고를 포함한다)와 함께 기획재정부령이 정하는 세액감면신청서를 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다.

◈ 구 소득세법 시행규칙(2011. 8. 3. 기획재정부령 제224호로 개정되기 전의 것)

— 제79조(양도자산의 필요경비 계산 등)

① 영 제163조 제3항 제4호에서 기획재정부령이 정하는 것 이라 함은 다음 각 호의 비용을 말한다.

3. 토지이용의 편의를 위하여 해당 토지 또는 해당 토지에 인접한 타인 소유의 토지에 도로를 신설한 경우의 그 시설비

4. 토지이용의 편의를 위하여 해당 토지에 도로를 신설하여 국가 또는 지방자치단체에 이를 무상으로 공여한 경우의 그 도로로 된 토지의 가액. 끝.