2. 원고의 나머지 청구를 기각한다.

2. 소송비용 중 5/6는 원고가, 나머지 1/6은 피고가 각 부담한다.

청 구 취 지

피고가 OOOO. O. O. 원고에 대하여 한 2015년 2기분 부가가치세 중 0원의 증액경정처분을 취소한다.

가. 원고는 2015. 1. 7. 서울중앙지방법원 2014회합000호로 회생절차개시결정을 받았고, 2015. 7. 3. 회생계획인가결정을 받았다(위와 같이 인가된 회생계획을 이하 '이사건 회생계획'이라 한다).

나. 이 사건 회생계획은 "① 특수관계에 있는 회생채권자에 대해서는 원금 및 개시전이자의 85%를 출자전환하고 15%는 현금으로 변제하며, ② 그 밖의 회생채권자에 대해서는 원금 및 개시 전 이자의 50%를 출자전환하고 50%는 현금으로 변제하되, 출자전환하는 채무는 채무자가 신규로 발행하는 주식의 효력발생일에 당해 회생채권의 변제에 갈음한다. 출자전환 후 액면가 5,000원의 보통주와 우선주 각각 5주를 액면가5,000원의 보통주와 우선주 각각 1주로 재병합한다. 다만 회생채권 특수관계인 채무에

대하여 출자전환된 주식은 전량 무상소각한다."고 정하고 있었다.

다. 이 사건 회생계획에 따라, 원고에 대한 회생채권은 현금으로 변제하기로 한 부분을 제외한 나머지 금액이 출자전환되었는데, 위와 같이 출자전환으로 발행된 신주 중 원고와 특수관계에 있는 회생채권자들인 주식회사 00, 주식회사 00IT부문, 주식회사 00인재개발원, 주식회사 컨설팅부문(이하 통틀어 '특수관계자'라 한다)이 취득한 주식은 모두 무상소각되었고, 원고와 특수관계에 있지 않은 회생채권자들인 주식회사 000에너지, 주식회사 0000테크, 주식회사 000철강, 주식회사 000, 주식회사 00H.S, 00중기(이하 통틀어 '비특수관계자'라 한다)가 취득한 주식은 2015. 7. 31. 5:1의 비율로 주식병합되었다.

라. 특수관계자 및 비특수관계자(이들을 모두 통틀어 이하 '이 사건 회생채권자들'이라 한다)는 이 사건 회생계획에 따라 출자전환 대상이 된 회생채권의 장부가액과 위 출자전환을 통하여 교부받은 주식 시가의 차액 부분 또는 부도어음으로 인하여 부가가치세법상의 대손이 발생한 것으로 보아, 2016. 1.경부터 이와 관련된 부가가치세 상당금액에 대하여 대손세액공제 신고를 하였다.

마. 피고는 이 사건 회생채권자들의 대손세액공제 신고에 따라 그 대손세액 금액에 해당하는 원고의 매입세액 공제를 부인하여 2016. 8. 1. 2015년 2기분 부가가치세로 0원을 증액하는 증액경정처분(이하 '1차 증액경정처분'이라 한다)을 하였다가 2016. 10. 4. 다시 2015년 2기분 부가가치세로 0원을 추가로 증액하는 증액 경정처분(이하 '2차 증액경정처분'이라 한다)을 하였다. 이후 피고는 위 1차 증액경정처분 중 000살수의 부도어음에 대한 대손세액공제 부분은 공제대상이 아닌 것으로 보아 2016. 11. 21. 직권으로 0원을 감액 결정하였다.

바. 원고는 1차 증액경정처분에 불복하여 2016. 10. 28., 2차 증액경정처분에 불복하여 2017. 1. 5. 각 조세심판원에 심판청구를 하였으나, 조세심판원은 2017. 5. 31. '이 사건 회생계획에 따라 출자전환된 주식의 시가를 재조사하여 그 결과에 따라 과세표준및 세액을 경정한다'는 취지의 재조사결정을 하면서 원고의 나머지 심판청구를 기각하였다.

사. 피고는 위 재조사결정에 따라 이 사건 회생채권자들별로 아래와 같이 일부 대손금액을 감액하거나 증액하는 후속처분을 한 후 이를 반영하여 2017. 7. 19. 원고에게2015년 2기분 부가가치세 세액 중 0원을 감액경정하였다(이하 1차 및 2차 증액경정처분으로 증액경정된 부분에서 피고가 직권으로 감액한 000살수 관련 0원을 제외하고, 위 후속처분에 의하여 일부 감액경정되고 남은 0원 부분을 '이 사건 처분'이라 한다). 다만 이 사건 회생채권자들 중 주식회사 0000테크, 주식회사 000, 주식회사 00H.S, 00중기의 경우 당초 피고도 위 회생채권자들의 신고 사유와 같이 부도어음으로 인한 대손세액공제로 보았으나, 위 심판청구 및 재조사결정에 따른 후속처분 과정에서 나머지 회생채권자들과 마찬가지로 모두 출자전환 대상 회생채권의 장부가액과 출자전환으로 교부받은 주식의 시가(1주당 809.9353원)의 차액(이하 '이 사건차액'이라 한다) 상당만이 대손금으로 결정되었다.

[인정 근거] 다툼이 없는 사실, 갑 제1 내지 7호증, 을 제1, 2, 3, 6 내지 19호증의 각 기재(각 가지번호 포함, 이하 같다), 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

1) 피고는 이 사건 차액 부분이 구 법인세법 시행령(2016. 4. 29. 대통령령 제27115호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제19조의2 제1항 제5호에서 정한 '채무자회생 및 파산에 관한 법률(이하 '채무자회생법'이라 한다)에 따른 회생계획인가의 결정에 따라 회수불능으로 확정된 채권'에 해당하여 부가가치세법 제45조에서 정한 대손세액공제 대상에 해당한다고 보아 이 사건 처분을 하였다.

2) 그러나 ① 구 법인세법 시행령 제72조 제2항 제4의2호 단서, 제15조 제4항 제1호에 의하면, 채무자회생법에 의한 회생계획에 따라 채무를 출자전환하는 경우 출자전환에 따른 주식의 취득가액은 출자전환된 채권의 장부가액이 되므로 출자전환 시 대손금액이 발생한다고 볼 수 없고, ② 채무자회생법 및 이 사건 회생계획상 출자전환의방식이나 규정 취지를 보더라도 출자전환된 주식의 교부로 당초 채무는 전액 변제된 것으로 볼 수 있으며, ③ 상법상 신주발행의 법리에 의하더라도 이 사건 차액 부분에 관하여 '주식에 대한 납입금'으로서의 실질을 부인할 수 없으므로, 결국 이 사건 차액 부분은 모두 변제로 소멸된 것으로 보아야 하고, 이를 '회생계획인가의 결정에 따라 회수불능으로 확정된 채권'으로 볼 수 없다.

3) 따라서 이 사건 차액 부분을 부가가치세법상 대손세액공제 대상으로 본 이 사건 처분은 위법하므로 취소되어야 한다.

나. 관련 법령

별지 기재와 같다.

다. 판단

1) 대손세액공제 제도의 취지와 내용

가) 부가가치세법상 사업자는 재화 또는 용역(이하 '재화 등'이라 한다)을 공급하는 때에 거래상대방으로부터 부가가치세를 거래징수하고(부가가치세법 제31조) 거래징수한 부가가치세를 매출세액으로 납부하되, 그 거래징수한 세액(매출세액)에서 자신이 재화 등을 공급받을 때에 징수당한 부가가치세(매입세액)를 공제한 차액을 납부함으로써 거래 단계에서 창출한 부가가치에 해당하는 부분에 대해서만 부가가치세를 부담하게 된다(이른바 '전단계 세액공제방식'). 전단계 세액공제방식을 채택하고 있는 우리나라의 부가가치세는 소득세ㆍ법인세와 달리 실질적인 소득이 아닌 형식적인 거래의 외형에 대하여 부과하는 거래세의 형태를 띠고 있으므로, 비용 공제의 개념이 없고, 사업자의 손익 여부와 무관하게 부과된다(헌법재판소 2011. 2. 24. 선고 2009헌바11 결정참조).

나) 부가가치세 납세의무자는 재화 등을 공급받는 자가 아니라 공급하는 자이고(부가가치세법 제2조 제3호, 제3조 제1호), 재화 등의 공급자는 실제 대가를 지급받는 시점이 아닌 재화 등의 공급시기가 속한 과세기간에 대한 신고ㆍ납부기한 내에 부가가치세를 신고ㆍ납부하여야 하므로, 사업자가 재화 등을 외상으로 공급한 후 거래상대방의 부도 또는 파산 등의 사유로 대가를 지급받지 못한 경우 사업자는 재화 등의 공급가액뿐만 아니라 국가에 납부한 부가가치세액까지 경제적 손실을 입게 된다. 부가가치세법 제45조에서는 이러한 경우 사업자의 자금부담을 완화하려는 목적에서, 사업자가 상대방으로부터 지급받지 못한 부가가치세 상당액, 즉 대손세액을 추후 납부해야 할 매출세액에서 차감하여 주는 대손세액공제 제도를 규정하고 있는바(대법원 2008. 4. 24. 선고 2006두13855 판결 참조), 이는 실질적 소득이 아닌 형식적 거래의 외형에 대하여 과세한다는 부가가치세의 과세 원칙에 대한 예외로서 조세경감 혜택을 인정한 것으로 볼 수 있다(헌법재판소 2011. 12. 29. 선고 2011헌바33 결정 참조).

다) 이러한 대손세액공제 제도의 입법 취지는 그 연혁에서도 알 수 있는바,

1976. 12. 22. 법률 제2934호로 제정된 부가가치세법은 대손세액공제 규정을 두고 있지 않다가 1993. 12. 31. 법률 제4663호로 개정된 부가가치세법에서 제17조의2로 대손세액공제 규정이 신설되면서 1994. 1. 1. 이후 최초로 공급하거나 공급받는 분부터 대손세액공제를 적용받을 수 있게 되었다.

신설된 대손세액공제 제도와 관련하여 1993. 12. 31. 대통령령 제14081호로 개정된 부가가치세법 시행령 제63조의2는 파산, 강제집행, 사망실종선고, 회사정리계획인가의 결정을 대손세액공제 사유로 규정하고 있다가 1996. 7. 1. 대통령령 제15103호로 개정된 부가가치세법 시행령 제63조의2는 상법상의 소멸시효가 완성된 경우와 수표 또는 어음의 부도발생일로부터 6월이 경과한 경우를 대손세액공제 사유로 추가하였다. 이후 부가가치세법령은 상당 기간 대손세액공제 사유를 법인세법 등의 대손금 인정 사유와는 별도로 규정하고 있다가, 2006. 2. 9. 대통령령 제19330호로 개정된 부가가치세법 시행령 제63조의2 제1항에서 "법 제17조의2 제1항에서 '파산강제집행 기타 대통령령이 정하는 사유'라 함은 소득세법 시행령 제55조 제2항 및 법인세법 시행령 제62조 제1항의 규정에 따라 대손금으로 인정되는 사유를 말한다."라고 규정하여 법인세법 등의 대손금 인정 사유와 일치시킨 이래 현행 부가가치세법 시행령 제87조 제1항에 이르기까지 같은 방식으로 대손세액공제 범위를 규정하고 있다. 위 대통령령 제19330호로 개정된 부가가치세법 시행령 제63조의2 제1항의 개정 이유는 재화 또는 용역을 공급받은 자의 파산 등으로 인하여 그 외상매출금 등을 회수하지 못하는 경우에 매출세액에서 차감하여 주는 대손세액공제의 범위를 확대하여 법인세법 및 소득세법상 대손금의 인정범위와 일치시킴으로써 영세한 자영사업자의 자금부담을 완화할 수 있도록 하여 영세자영업자의 경영여건 개선을 지원하기 위한 것이다.

2) 관련 조항의 해석 및 법리

가) 부가가치세법 제17조의2 제1항 본문은 '사업자는 부가가치세가 과세되는 재화 또는 용역을 공급하고 외상매출금이나 그 밖의 매출채권(부가가치세를 포함한 것을 말한다)의 전부 또는 일부가 공급을 받은 자의 파산ㆍ강제집행이나 그 밖에 대통령령으로 정하는 사유로 대손되어 회수할 수 없는 경우'에는 대손되어 회수할 수 없는 금액의 10/110(이하 '대손세액'이라고 한다)을 그 대손이 확정된 날이 속하는 과세기간의 매출세액에서 뺄 수 있다고 규정하고, 제3항 본문은 '제1항 및 제2항을 적용할 때 재화 또는 용역을 공급받은 사업자가 대손세액에 해당하는 금액의 전부 또는 일부를 제38조에 따라 매입세액으로 공제받은 경우로서 그 사업자가 폐업하기 전에 재화 또는 용역을 공급하는 자가 제1항에 따른 대손세액공제를 받은 경우에는 그 재화 또는 용역을 공급받은 사업자는 관련 대손세액에 해당하는 금액을 대손이 확정된 날이 속하는 과세기간에 자신의 매입세액에서 뺀다.'고 규정하고 있다.

그리고 구 부가가치세법 시행령(2019. 2. 12. 대통령령 제29535호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제87조 제1항은 '법 제45조 제1항 본문에서 파산ㆍ강제집행이나 그 밖에 대통령령으로 정하는 사유' 중 하나로 '법인세법 시행령 제19조의2 제1항에 따라 대손금으로 인정되는 사유'를 들고 있고, 법인세법 시행령 제19조의2 제1항 제5호는 '채무자회생법에 따른 회생계획인가의 결정 또는 법원의 면책결정에 따라 회수불능으로 확정된 채권'을 대손금으로 규정하고 있다.

나) 한편 회생계획인가의 결정이 있는 때에는 회생채권자ㆍ회생담보권자ㆍ주주ㆍ지분권자의 권리는 회생계획에 따라 변경되며(채무자회생법 제252조 제1항), 법원은 신주의 발행으로 감소하게 되는 부채액 등의 사항을 회생계획에 정하여 주식회사인 채무자가 회생채권자ㆍ회생담보권자 또는 주주에 대하여 새로 납입 또는 현물출자를 하게 하지 아니하고 신주를 발행하게 할 수 있다(채무자회생법 제206조 제1항). 법원은 감소할 자본의 액과 자본감소의 방법을 회생계획에 정한 때에는 회생계획에 의하여 주식회사인 채무자의 자본을 감소할 수 있고, 이 경우 상법 제343조(주식의 소각) 제2항, 제439조(자본감소의 방법, 절차) 제2항ㆍ제3항, 제440조(주식병합의 절차), 제441조(주식병합의 절차), 제445조(감자무효의 소) 및 제446조(준용규정)의 규정은 적용되지 아니한다(채무자회생법 제205조 제1항, 제264조 제1항 및 제2항).

다) 결국 회생계획에서 별도의 납입 등을 요구하지 아니하고 신주발행 방식의 출자전환으로 기존 회생채권 등의 변제에 갈음하기로 하면서도 그 출자전환에 의하여 발행된 주식은 무상으로 소각하기로 정하였다면 그 인가된 회생계획의 효력에 따라 새로 발행된 주식은 그에 대한 주주로서의 권리를 행사할 여지가 없고 다른 대가 없이 그대로 소각될 것이 확실하게 된다. 그렇다면 위와 같은 출자전환의 전제가 된 회생채권 등은 회생계획인가의 결정에 따라 회수불능으로 확정되었다고 봄이 상당하다(대법원 2018. 6. 28. 선고 2017두68295 판결, 대법원 2018. 7. 11. 선고 2016두65565 판결 등 참조).

라) 다만, 조세법률주의의 원칙상 과세요건이나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 않고, 특히 감면요건 규정 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합한다(대법원 2009. 8. 20. 선고 2008두11372 판결 참조). 또한 부가가치세가 거래세의 성격을 가진다는 점에 비추어 볼 때, 법인의 소득에 대한 과세를 규율하는 법인세법에서조차 대손금으로 인정하지 않은 사유를 부가가치세에 있어서 대손세액공제 사유로 해석하는 것은 회생계획인가의 결정에 따라 회수불능으로 확정되었다고 볼 수 있는 등의 특별한 사정이 있는 예외적인 경우에 한하여 허용되어야 할 것이다.

3) 이 사건 차액 중 특수관계자의 회생채권으로 인한 부분이 '회수불능이 확정된 채권'으로서 대손세액공제 대상에 해당하는지 여부

앞서 본 관련 법리 등을 기초로 하여 살피건대, 이 사건 회생계획에서 정한 바에 따라 특수관계자의 원고에 대한 회생채권 중 현금 변제 부분을 제외한 나머지 금액이 출자전환되었다가 이로 인해 특수관계자가 취득한 주식이 전량 무상소각된 사실은 앞서 본 바와 같으므로, 특수관계자의 원고에 대한 회생채권은 구 법인세법 시행령 제19조의2 제1항 제5호에서 규정하고 있는 '회생계획인가의 결정에 따라 회수불능으로 확정된 채권'에 해당한다고 봄이 상당하다. 따라서 이 사건 차액 중 특수관계자의 회생채권으로 인한 부분에 상응하는 금액을 원고의 2015년 2기분 부가가치세 매입세액에서 차감하여 한 이 사건 처분 중 454,711,750원 부분은 적법하다고 할 것이고, 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

4) 이 사건 차액 중 비특수관계자의 회생채권으로 인한 부분도 마찬가지로 대손세액공제 대상에 해당하는지 여부

앞서 본 대손세액공제 제도의 취지와 내용 및 관련 규정에 비추어 살피건대, 앞서 본 인정사실에 변론 전체의 취지를 더하여 알 수 있는 다음과 같은 사정들을 종합하여 보면, 비특수관계자의 원고에 대한 회생채권은 구 법인세법 시행령 제19조의2 제1항 제5호가 대손금으로 정하고 있는 '회생계획인가의 결정 또는 법원의 면책결정에 따라 회수불능으로 확정된 채권'에 해당한다고 보기 어렵다. 따라서 이 사건 차액 중 비특수관계자의 회생채권으로 인한 부분이 구 법인세법 시행령 제19조의2 제1항 제5호가 규정한 대손금에 해당하여 구 부가가치세법 시행령 제87조 제1항에 따라 회생채권자들의 대손세액에 해당한다는 전제 하에 이루어진 이 사건 처분 중 0원 부분은 위법하다.

① 출자전환은 채무의 일부 또는 전부를 변제하기 위하여 채무자가 채권자에게 지분증권(주식)을 발행하는 채권ㆍ채무조정의 한 유형으로 결과적으로 타인자본을 자기자본으로 전환하는 자본구조의 변경을 통하여 부채를 조정하는 것이다. 이와 같이 신주발행 방식의 출자전환으로 기존 채권의 변제에 갈음하기로 한 경우에 채권자와 채무자 사이에 출자전환으로 인하여 소멸되는 기존채권의 가액에 관한 약정 내지 합의가 있으면 그에 따르고, 그에 관한 합의가 없는 때에는, 특별한 사정이 없는 한 신주발행의 효력발생일을 기준으로 신주의 가액을 평가하여 그 평가액 상당의 기존채권이 변제된 것으로 봄이 타당하다(대법원 2008. 7. 24. 선고 2008다18376 판결 참조). 그런데 회생계획안의 경우 회생채권자 조의 3분의 2 이상의 동의, 회생담보권자 조의 4분의 3 또는 5분의 4 이상의 동의라는 가결요건(채무자회생법 제237조)을 얻어 법원의 인가를 받아야 하고, 회생계획안이 인가된 이상 이해관계인들은 그 회생계획에 따라야 하므로, 회생계획에 기재된 사항에 대하여 이해관계인들 사이에 합의가 존재하는 것으로 보아야 하고, 결국 출자전환으로 소멸되는 기존채권의 가액에 관한 합의가 존재하는 회생계획에서 정하는 바에 따라 회생회사의 주채무도 변제되어 소멸된 것으로 봄이 타당하다. 이 사건 회생계획 역시 '출자전환하는 채무는 신규로 발행하는 주식의 효력 발생일에 당해 회생채권의 변제에 갈음한다'고 정하고 있다.

② 상법 제421조 제1항, 제423조 제1, 2항의 규정에 의하면, 신주발행의 경우 신주인수인은 납입기일에 그 인수한 주식에 대한 인수가액의 전액을 납입할 의무가 있고, 만약 신주인수인이 납입기일에 납입 또는 현물출자의 이행을 하지 아니하면 그 권리를 잃으며, 신주발행의 효력은 발행예정주식 중 납입기일에 납입이 이루어진 주식에 한하여 발생한다. 이러한 신주발행의 법률관계에 비추어 보면, 채무의 출자전환으로 주식을 발행하는 경우에는 출자전환되는 채무 전부가 주식에 대한 인수가액으로 납입된 것으로 인정되어야만 발행예정주식 전부에 대하여 신주발행의 효력이 발생하는 것이므로, 그 결과로서 나타나는 경제적 측면에서의 효과를 이유로 출자전환되는 채무 중 발행 주식의 시가 초과 부분만을 따로 떼어내어 주식에 대한 납입금으로서의 실질을 부인할 수는 없다(대법원 2012. 11. 22. 선고 2010두17564 전원합의체 판결 참조).

③ 구 법인세법 시행령 제72조 제2항 제4의2호 단서, 제15조 제4항 제1호는 자산의 취득가액에 관하여 '채무의 출자전환에 따라 취득한 주식'의 경우 원칙적으로 취득 당시 시가에 의하고, 다만 채무자회생법에 따라 채무를 출자로 전환하는 내용이 포함된 회생계획인가의 결정을 받은 법인이 채무를 출자전환하는 경우에는 출자전환된 채권의 장부가액을 주식의 취득가액으로 하도록 규정하여, 출자전환 시점에서 회생회사의 채무면제익이 과세되지 않도록 배려하고 있다. 위 규정은 오로지 채무면제익을 배제하기 위한 조항이라고만 보기는 어렵고, 구 법인세법 시행령 제19조의2 제1항 제5호가 대손금으로 정하고 있는 '회생계획인가의 결정 또는 법원의 면책결정에 따라 회수불능으로 확정된 채권'에 해당하는지 여부의 판단과 이러한 판단을 기초로 부가가치세법상 대손세액공제 사유 해당 여부를 판단하는 데 있어서도 원칙적으로 적용되는 조항이라 할 것이다.

④ 피고는, 대법원 2018. 6. 28. 선고 2017두68295 판결 및 대법원 2018. 7. 11. 선고 2016두65565 판결 등의 법리가 이 사건 차액 중 비특수관계자의 회생채권으로 인한 부분에도 적용되어야 하므로, 그에 상응하는 금액을 원고의 2015년 2기분 부가가치세 매입세액에서 제외한 이 사건 처분은 모두 적법하다고 주장한다. 그러나 위 대법원 판례들은 앞서 본 특수관계자의 회생채권과 같이 회생계획에서 출자전환과 함께 출자전환주식을 전부 무상으로 소각하기로 정한 예외적인 경우로서 종전 채권자가 주주로서의 권리를 행사할 여지가 없고, 출자전환된 주식 전부가 아무런 대가 없이 그대로 소각될 것이 확실한 예외적인 경우에 적용된다 할 것이다. 그에 반하여 비특수관계자의 회생채권과 같이 출자전환 후 출자전환된 주식을 일정한 비율로 주식병합하여 잔존주식이 있게 되는 경우에는 회생채권자가 주주의 지위를 유지하게 되어 장래에 주식가치가 상승할 경우 그 이익을 얻을 수 있게 되고, 출자전환된 주식과 주식병합 후 남은 주식 사이에 실질적 가치에는 아무런 변동이 없어 출자전환된 주식이 무상으로 전부 소각되는 것과 동일하게 볼 수 없으므로, 비특수관계자의 회생채권이 회생계획인가의 결정에 따른 출자전환으로 인하여 회수불능으로 확정되었다고 보기는 어렵다.

⑤ 회생계획은 회생채권자들의 결의가 있어야 인가될 수 있고, 회생채권자들은 회생계획대로 회생채권이 변경됨을 전제로 현금으로 변제받는 부분을 제외한 나머지 회생채권을 전부 출자전환하여 변제에 갈음할지, 아니면 일부만 출자전환하고 나머지는 확정적으로 면제할지 등에 관하여 자유롭게 결의할 수 있으므로, 회생계획대로 회생채권의 변경을 인정하는 것이 불합리하다고 보기 어렵다. 회생계획에서 회생채권 중 일정비율을 출자전환하여 변제에 갈음하는 것으로 정하였음에도, 나중에 이를 부인하며 실제로는 주식의 시가에 해당하는 금액만이 변제된 것이고 나머지는 회수불능으로 확정된 채권에 해당한다고 보게 되면, 회생회사는 회생계획에서 예측하지 못한 채무를 부담하게 되고, 일부 회생채권자들은 회생계획에서 예상하지 않았던 이익을 보게 되어다른 회생채권자들과의 관계에서 형평에 반하게 되므로, 채무자 또는 그 사업의 효율적인 회생을 도모하고자 하는 채무자회생제도의 취지에 반한다. 이러한 사정까지 고려하여 보면, 앞서 본 바와 같이 실질적 소득이 아닌 형식적 거래의 외형에 대하여 부과한다는 부가가치세의 과세 원칙에 대한 예외로서 조세경감 혜택이라 할 수 있는 대손세액공제를, 주식이라는 재산을 보유하고 있는 비특수관계자의 회생채권의 경우까지 그 범위를 확장하여 적용할 필요성이 크다고 보기 어렵다.

5) 비특수관계자의 회생채권이 부도발생일로부터 6개월이 경과한 중소기업의 외상매출금 채권으로서 대손세액공제 대상에 해당하는지 여부

피고는 주식회사 000를 제외한 비특수관계자의 회생채권이 원고의 부도발생일(2015. 1. 2.)로부터 6개월이 경과한 중소기업의 외상매출금 채권으로서 구 법인세법 시행령 제19조의2 제1항 제9호 본문의 대손금 요건을 갖추고 있으므로, 위 회생채권의 대손세액에 상응하는 원고의 매입세액 공제를 부인함이 타당하다고 주장한다.

구 법인세법 시행령 제19조의2 제2항은 동조 제1항 제9호에 따른 부도발생일은 소지하고 있는 부도수표나 부도어음의 지급기일로서 '지급기일 전에 해당 수표나 어음을 제시하여 금융회사 등으로부터 부도확인을 받은 경우에는 그 부도확인일을 말한다'고 규정하고 있다.

살피건대, 원고가 발행한 수표나 어음의 지급기일을 알 수 있는 자료가 없고, 원고가 어음을 발행한 사정(을 제27호증 참조) 및 2015. 1. 2. 원고의 회사재산보전처분신청 및 포괄적 금지명령이 내려진 사정만으로는 원고가 발행한 수표나 어음이 그 지급기일을 경과하였다거나 금융회사 등으로부터 부도확인을 받았다고 볼 수는 없는바, 위 일부 비특수관계자의 회생채권이 원고의 부도발생일로부터 6개월이 경과한 중소기업의 외상매출금 채권에 해당한다고 보기 어렵다.

나아가 이 사건 회생계획에서 '비특수관계자에 대해서는 원금 및 개시 전 이자의 50%를 출자전환하고 50%는 현금으로 변제하되 출자전환하는 채무는 원고가 신규로 발행하는 주식의 효력발생일에 당해 회생채권의 변제에 갈음한다'고 정하고 있는 이상, 비특수관계자가 현금으로 변제받기로 한 부분을 제외한 나머지 회생채권은 출자전환으로 변제에 갈음하여 소멸하고, 이때 취득하게 되는 주식의 취득가액은 법인세법 시행령 제72조 제2항 제4의2호에 따라 출자전환된 채권의 장부가액으로 봄이 타당하다(출자전환으로 신주를 발행하는 경우 회수되는 금액은 출자전환되는 채권의 장부가액이 아니라 교부받은 신주의 시가로 보는 것이 타당하다는 피고의 주장은 받아들일 수 없다). 결국 원고가 출자전환을 통해 비특수관계자에 대한 채무를 변제한 것으로 보는 이상, 채권의 대손으로 회수할 수 없는 경우에 해당하지 아니하거나 대손금액을 회수한 경우에 해당하므로 그 밖에 부가가치세법 제45조 제1항이 정한 다른 대손세액의 공제특례에 해당하지도 않는다.

따라서 피고의 위 주장은 어느 모로 보나 이유 없다.

6) 소결론

따라서 이 사건 처분 중 0원의 세액을 증액한 부분은 적법하고, 나머지 이 사건 차액 중 0원이 부가가치세법상 대손세액공제 대상임을 전제로 그에 관한 원고의 매입세액 공제를 부인함에 따라 원고에 대하여 같은 금액으로 부과된2015년 2기분 부가가치세 부분은 위법하므로, 결국 이 사건 처분 중 0원을 초과하여 세액을 증액한 부분은 취소되어야 한다.

3. 결론

그렇다면 원고의 청구는 위 인정 범위 내에서 이유 있어 인용하고, 나머지 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.