부가가치세법(이하 '법'이라 한다) 제17조 제2항 제1호의2 는, 교부받은 세금계산서에 제16조 제1항 제1호 내지 제4호 의 규정에 의한 기재사항의 전부 또는 일부가 사실과 다르게 기재된 경우의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니하되, 다만 대통령령이 정하는 경우의 매입세액은 제외하는 것으로 규정하고 있고, 제16조 제1항 제4호 에서는 필요적 기재사항의 하나로서 "작성연월일"을 규정하고 있으며, 부가가치세법시행령(1999. 12. 31. 대통령령 제16661호로 개정된 것, 이하 '시행령'이라 한다) 제60조 제2항 제3호 (이하 '이 사건 쟁점조항'이라 한다)는 법 제17조 제2항 제1호의2 단서에 규정하는 대통령령이 정하는 경우의 하나로서, 재화 또는 용역의 공급시기 이후에 교부받은 세금계산서로서 당해 공급시기가 속하는 과세기간 내에 교부받은 경우를 규정하고 있다.

원심판결 이유에 의하면, 원심은 판시와 같은 사실을 인정한 다음, 이 사건 쟁점조항에 의하면 재화 또는 용역의 공급시기 이후에 교부받은 세금계산서에 의하여 매입세액을 공제받을 수 있는 것은 세금계산서의 실제작성일이 속하는 과세기간과 사실상의 거래시기가 속하는 과세기간이 동일한 경우에 한하는 것이고, 이는 그 거래시기가 속하는 과세기간 내에 세금계산서를 교부받지 못한 데에 납세의무자의 탓으로 돌리기 어려운 특별한 사정이 있는 경우라도 마찬가지라고 해석해야 하는데, 이러한 경우에까지 획일적으로 매입세액의 공제를 허용하지 않는 것은 부가가치세 제도의 본질 및 실질과세의 원칙에 반하고, 세금계산서의 교부시기에 따라 매입세액의 공제 여부를 달리하는 것이어서 조세평등의 원칙에 반하며, 납세자의 재산권을 침해하는 것으로서 국민의 재산권 보장에 관한 헌법 제23조의 규정에 위반되므로, 이 사건 쟁점조항은 무효이고, 따라서 위 조항에 근거한 이 사건 처분도 위법하다는 원고의 주장에 대하여, 이 사건 쟁점조항을 그 문언대로 해석하는 경우에는 원고의 주장처럼 헌법에 위반되어 무효라고 볼 여지가 있으나, 법 제17조 제2항 제1호의2 단서 및 이 사건 쟁점조항은 '대통령령이 정하는 경우의 매입세액'에 한하여 매출세액에서 공제할 수 있고 그 밖의 경우는 어떠한 경우에도 공제할 수 없다는 취지의 규정은 아니고, 특별한 사정이 있는 경우에는 '대통령령이 정하는 경우의 매입세액'에 해당하지 않더라도 매출세액에서 공제할 수 있는 여지를 남겨두고 있는 규정으로 해석하여야 하며, 따라서 이 사건의 경우와 같이 세금계산서의 기재사항에 의하여 거래사실이 확인되고 나아가 납세의무자가 실제 공급시기가 속한 과세기간 내에 공급자로부터 세금계산서를 교부받기 위하여 할 수 있는 모든 노력을 다 하였으나 공급시기에 관한 견해 차이 등으로 인하여 그 과세기간이 경과한 이후에야 비로소 세금계산서를 교부받게 된 경우에는 '대통령령이 정하는 경우의 매입세액'에 해당하지 않더라도 매출세액에서 공제하는 것이 허용된다고 해석하여야 하며, 이와 같이 해석하는 한 이 사건 쟁점조항은 헌법에 위반되지 않는다고 판단하여서, 결과적으로 이 사건 처분의 취소를 구하는 원고의 청구를 인용하였다.

2. 대법원의 판단

그러나 원심의 위와 같은 판단은 다음과 같은 이유로 수긍하기 어렵다.

이 사건 쟁점조항이 신설되기 이전에 시행령 제60조 제2항 제2호 의 해석으로도, 전단계세액공제법을 채택하고 있는 현행 부가가치세법 체계에서 세금계산서의 발급에 의한 상호검증기능을 훼손시키지 않기 위하여, 같은 조항에 의하여 매입세액을 공제받을 수 있는 것은 세금계산서의 실제작성일이 속하는 과세기간과 사실상의 거래시기가 속하는 과세기간이 동일한 경우에 한한다고 보아야 하고( 대법원 2004. 11. 18. 선고 2002두5771 전원합의체 판결 참조), 이러한 법리는 이 사건 쟁점조항이 신설된 이후에도 마찬가지라고 할 것이다 ( 대법원 2004. 11. 26. 선고 2003두5853 판결 참조).

그런데 원심이 확정한 사실관계에 의하더라도, 원고는 재화의 공급시기가 2000. 1. 21.인 이 사건 부동산에 관하여 그 공급시기가 속한 과세기간이 경과한 이후인 2000. 8. 19.에야 작성일자를 2000. 1. 21.로 소급하여 작성한 이 사건 세금계산서를 교부받아 매입세액의 공제를 신청하였다는 것인바, 그렇다면 이 경우의 매입세액은, 비록 원고가 그 공급시기가 속하는 과세기간 내에 세금계산서를 교부받지 못한 데에 그 주장하는 바와 같은 특별한 사정이 있다고 하더라도, 매출세액에서 공제되어서는 아니된다고 할 것이다.

그럼에도 불구하고, 원심은 이 사건 세금계산서에 의한 매입세액이 공제되어야 한다고 판단하였으니, 원심판결에는 법 제17조 제2항 제1호의2 소정의 '세금계산서의 필요적 기재사항이 사실과 다르게 기재된 경우'에 관한 법리를 오해하여 판결에 영향을 미친 위법이 있다 할 것이다. 이 점을 지적하는 상고이유는 그 이유가 있다.

3. 결 론

그러므로 원심판결을 파기하고, 사건을 다시 심리·판단하게 하기 위하여 원심법원에 환송하기로 하여 관여 법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.