2. 소송비용은 원고가 부담한다.

〈원고는 2007. 2. 23.자 청구취지 변경신청서에서 피고가 원고에 대하여 2005. 7. 21. 한 2000년도 1기분 부가가치세 48,965,550원의, 2005. 11. 4. 한 2000년도 2기분 부가가치세 99,398,310원의 2001년도 1기분 부가가치세 47,973,200원의, 2001년도 2기분 부가가치세 131,760,540원의, 2002년도 1기분 부가가치세 68,657,970원의, 2002년도 2기분 부가가치세 120,045,850원의, 2003년도 1기분 부가가치세 52,684,550원의, 2003년도 2기분 부가가치세 120,362,370원의, 2004년도 1기분 부가가치세 55,549,420원의, 2004년도 2기분 부가가치세 114,545,940원의 각 부과처분에 대한 취소를 구하고 있으나, 위 각 부과처분은 위 청구취지 기재와 같이 각 감액경정되었으므로(이유 제1의 라.항, 마.항 참조), 감액된 각 부과처분의 취소를 구하는 것으로 선해한다)

가. 원고는 1994년경부터 현재까지 소외 ○○광역시장과 사이에 원고가 ○○광역시 일원에서 배출되는 폐기물의 반입과 폐기물처리시설의 운영 · 관리업무 등을 대행하기로 하는 계약('○○광역시 쓰레기매립장 운영 · 관리 및 조성사업 위탁협약'등 계약의 명칭은 다양하다. 이하 이러한 계약을 통틀어 '이 사건 대행계약'이라 한다.)을 체결하고 폐기물처리업무를 수행하여 왔다.

나. 원고는 피고에게 2000년도 1기분부터 2004년도 2기분까지 부가가치세 신고를 함에 있어 이 사건 대행계약에 따라 사업장폐기물의 처리와 관련하여 ○○광역시로부터 지급받은 대행사업비(이하 '이 사건 대행사업비'라 한다.)를 부가가치세 면세 대상으로 신고하였다.

다. 이에 대하여 피고는 이 사건 대행사업비를 부가가치세 과세대상으로 보아 이를 각 과세기간별로 원고의 부가가치세 과세표준에 산입하고 신고불성실가산세, 납부불성실가산세 및 세금계산서미교부가산세 또는 세금계산서합계표미제출가산세를 가산하여, 2005. 7. 21. 원고에 대하여 2000년도 1기분 부가가치세 48,965,550원의 부과처분을 하였고, 2005. 11. 4. 원고에 대하여 2000년도 2기분 부가가치세 99,398,310원의, 2001년도 1기분 부가가치세 68,657,970원의, 2002년도 2기분 120,045,850원의, 2003년도 1기분 부가가치세 52,684,550원의, 2003년도 2기분 부가가치세 120,362,370원의, 2004년도 2기분 부가가치세 114,545,940원의 각 부과처분을 하였다.

라. 원고는 2005. 10. 18. ○○지방국세청장에게 2000년도 1기분 부가가치세 부과처분에 대하여 이의신청을 하였는데, ○○지방국세청장은 원고의 이의신청을 일부 받아들여 2006. 1. 17. 2000년도 1기분 부가가치세액을 40,560,217원으로 감액경정하였다.

마. 한편 원고는 2006. 1. 27. ○○지방국세청장에게 2000년도 2기분부터 2004년도 2기분까지의 각 부가가치세 부과처분에 대하여 이의신청을 하였는데, ○○지방국세청장은 원고의 이의신청을 일부 받아들여 2006. 4. 4. 피고가 2005. 11. 4. 원고에게 부과하였던 2000년도 2기분 부가가치세액을 88,051,844원으로, 2001년도 1기분 부가가치세액을 41,853,680원으로, 2001년도 2기분 부가가치세액을 95,757,838원으로, 2002년도 1기분 부가가치세액을 41,901,548원으로, 2002년도 2기분 부가가치세액을 106,252,232원으로, 2003년도 1기분 부가가치세액을 45,915,926원으로, 2003년도 2기분 부가가치세액을 107,967,711원으로, 2004년도 1기분 부가가치세액을 48,744,886원으로 2004년도 2기분 부가가치세액을 102,408,411원으로 각 감액경정하였다(이하 이와 같이 감액된 2000년도 1기분부터 2004년도 2기분까지의 각 부가가치세 부과처분을 '이 사건 각 처분'이라 한다.).

바. 원고는 2006. 6. 2. 이 사건 각 처분에 대하여 국세심판원에 심판청구를 하였으나, 국세심판원은 2006. 11. 2. 심판청구를 기각하였다.

2. 이 사건 각 처분의 적법 여부에 대한 판단

가. 원고의 주장

(1) 원고가 수행한 폐기물처리용역은 면세대상 용역임

원고는 ○○광역시가 처리하여야 할 사업장폐기물 처리 용역을 이 사건 대행계약에 따라 ○○광역시로부터 위탁받아 수행한 것으로 결국 이 사건 대행계약에 따른 용역은 실질적으로 ○○광역시가 제공하는 용역이라고 할 것인데, 이는 부가가치세법상 면세대상인 수탁자인 원고에 대하여도 부가가치세가 과세되어서는 안된다.

(2) 신의성실의 원칙 및 금반언의 원칙 위반

국세심판원은 2000전1102 국세심판청구사건에서 원고의 폐기물처리시설 운영·관리 대행사업은 부가가치세 면세대상이라고 결정한바 있고, 피고는 위 결정이후부터 원고에 대하여 사업장폐기물처리 용역에 관하여 부가가치세를 부과하지 않았는데, 피고가 그로부터 5년 이상이 경과한 뒤에 이 사건 각 처분을 한 것은 신의성실의 원칙 내지 금반언의 원칙에 반한다.

(3) 용역의 제공과는 대가성이 없는 부분에 대한 부가가치세 부과의 위법성

이 사건 대행사업비 중 대행수수료를 제외한 나머지 부분은 사업장폐기물처리용역과 사이에 대가관계가 없으며 ○○광역시가 부담하여야 할 비용을 원고가 단순히 대납하기 위하여 지급된 것에 불과하므로 부가가치세 과세대상이 아니다.

(4) 가산세 부과의 위법성

위 (2)항과 같은 경위에 비추어 볼 때 원고는 피고가 부과한 각 부가가치세를 신고납부하지 못한 것에 대하여 정당한 사유가 있었다고 할 것이고, 특히 2000년 1기분부터 2001년 1기분까지의 각 부가가치세에 대하여는 이미 피고에게 부가가치세를 신고·납부하였다가 피고로부터 이를 환급받았으므로 이에 대하여 가산세를 부과하는 것은 위법하다.

나. 관련법령

별지 기재와 같다.

다. 판단

(1) 원고가 수행한 폐기물처리용역은 면세대상 용역이라는 주장에 대하여

살피건대 제1항에서 인정한 사실에서 알 수 있는 바와 같이 피고가 이 사건 각 처분에서 부가가치세 과세대상으로 삼은 것은 이 사건 대행계약에 따라 원고가 ○○광역시로부터 지급받은 이 사건 대행사업비에 한정되고, 원고가 사업장폐기물 배출 사업자로부터 받은 사업장폐기물의 반입수수료는 과세대상으로 삼지 아니한 점에서 비추어 볼 때, 이 사건 각 처분의 과세원인이 되는 용역은 원고가 폐기물 배출 사업자에게 폐기물 반입과 관련하여 제공한 용역이 아니라 원고가 ○○광역시에게 제공한 사업장폐기물처리 대행용역으로서 이러한 용역은 부가가치세법령상 소정의 면세사업에 해당하지 아니한다.

한편 원고는 ○○광역시가 처리하는 용역을 위탁받은 것이라고 주장하면서 원고가 수행한 폐기물처리용역은 실질적으로 ○○광역시가 제공하는 용역으로서 부가가치세법에 의해 면세가 되어야 한다고 주장하나, 이러한 주장은 폐기물 반입과 관련하여 폐기물 배출 사업자에게 제공한 용역에 대하여 적용되는 것일 뿐으로서 원고가 ○○광역시에게 제공한 용역에 대하여는 적용될 수 없다 할 것이다.

따라서 원고의 이 부분 주장은 이유없다.

(2) 신의성실의 원칙 내지 금반언의 원칙 위반 주장에 대하여

(가) 살피건데 갑 제3호증의 기재에 의하면, 국세심판원은 2000. 12. 22. 2000전1102 국세심판청구사건에서 폐기물처리업의 허가를 받은 사업자가 공급하는 생활폐기물처리용역은 부가가치세가 면세된다는 취지의 부가가치세법 시행규칙제11조의2 제4호에 따라 원고가 ○○광역시로부터 위탁받은 폐기물처리용역에 대하여는 부가가치세가 면세된다고 보고 원고에게 부과한 1994년도 2기분부터 1999년도 1기분까지의 각 부가가치세 과세처분 중 생활폐기물처리용역에 관한 부분의 과세를 취소하여 감액경정한다고 결정(이하 이를 '이 사건 국세심판원 결정'이라 한다)한 사실은 인정되나, 나아가 이 사건 국세심판원 결정에 원고가 주장하는바와 같이 국세심판원이 사업장폐기물처리용역을 포함하여 원고가 이 사건 대행계약에 따라 수행하는 모든 폐기물처리용역이 부가가치세 면세대상이라고 결정하는 내용은 포함되지 아니한 사실이 인정되는바, 위 인정사실에 의하면 과세관청이 원고에게 사업장 폐기물처리용역이 부가가치세 면세대상이라는 취지의 공적인 견해를 표명하였다고 볼 수 없으므로, 이 사건 대행계약에 따른 원고의 사업장폐기물처리용역에 대하여 부가가치세를 부과한 피고의 이 사건 각 처분이 신의성실의 원칙이나 금반언의 원칙에 반한다고 할 수 없다.

(나) 한편 원고가 주장하는 바와 같이 피고가 이 사건 국세심판원 결정 이후 5년간 원고의 사업장폐기물처리용역에 대하여 부가가치세를 부과하지 아니하다가 이 사건 각 처분을 하였다는 사정만으로는 그 것이 세법상의 신의성실의 원칙이나 금반언의 원칙에 반한다고 할 수 없으므로(대법원 1993. 2. 23. 선고 92누12919 판결 참조), 원고의 이 부분 주장 또한 이유없다.

(3) 이 사건 대행사업자의 용역의 제공에는 대가성이 없는 부분이 포함되었다는 주장에 대하여

(가) 부가가치세법 제13조는 부가가치세의 과세표준에 대하여 규정하고 있으며, 부가가치세법 시행령 제48조 제1항은 법 제13조 제1항에 규정하는 과세표준에는 거래상대자로부터 받은 대금 · 요금 · 수수료 기타 명목 여하에 불구하고 대가관계가 있는 모든 금전적 가치 있는 것을 포함한다고 규정하고 있다.

(나) 이 사건으로 돌아와 보건대, 갑 제1호증, 갑 제2호증의 1 내지 5, 갑 제12호증, 갑 제14호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면, 이 사건 대행계약상 이 사건 대행사업비는 정액으로 정해져 있는 사실, 원고는 이 사건 대행계약과 관련하여 ○○광역시로부터 사업비(시설비), 인건비(급여, 수당, 퇴직금), 경비(복리후생비, 여비, 소모품비, 공공요금 등), 자본예산(공구비품 등) 대행수수료로 구성된 이 사건 대행사업비를 일괄적으로 지급받아 온 사실이 인정되고, 갑 제1호증의 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면 원고는 피고에게 부가가치세신고를 하면서 이 사건 대행사업비 전액을 원고의 수입금액으로 신고함과 아울러 이 사건 대행사업비 중 원고가 주장하는 ○○광역시의 재산 및 실질적인 인원과 관련하여 발생하는 비용에 대하여 원고의 소득금액 계산시 손금에 산입하였던 사실이 인정된다.

위와 같은 인정 사실과 과세표준에 대한 부가가치세법령의 규정 취지를 종합하면, 이 사건 대행사업비에 포함된 시설비, 인건비, 경비 등은 단순히 원고가 ○○광역시를 위하여 지출을 대행한 것이 아니라 원고가 ○○광역시에게 공급한 폐기물처리용역과 대가관계에 있는 것이라고 할 것이어서, 이를 포함한 이 사건 대행사업비 전액과 원고의 폐기물처리용역 사이에는 서로 대가관계가 인정된다고 할 것이다(대법원 2003. 4. 11. 선고 2001두10707 판결 참조)

(다) 한편 갑 제2호증의 1내지 5, 갑 제12호증의 각 기재에 의하면, 이 사건 대행계약상 이 사건 대행사업비와 관련하여 원고가 전년도 8월 말까지 미리 예산을 편성하여 ○○광역시의 승인을 받아 그 승인 범위 내에서 집행하여야 하고 승인된 집행사항 중 중요한 변경사항이 있는 경우 ○○광역시의 재승인을 받아야 하며 다음해 3월초까지 위탁비용집행정산서를 ○○광역시에 정산, 보고하여야 하는 것으로 약정되어 있는 사실은 인정되나, 이는 원고가 지출한 시설비, 인건비, 경비 등을 사후 정산하는 것에 목적이 있는 것이 아니라 원고가 ○○광역시와 출자관계에 있는 법인 또는 지방공기업법에 의해 설립된 법인이라는 이유로 대행수수료를 포함한 전체 대행사업비의 지출에 대하여 ○○광역시로부터 통제를 받는 것에 불과할 뿐이라고 할 것이어서, 위와 같은 사정만으로 위 (나)항에서의 인정과 달리 이 사건 대행사업비에 포함된 시설비, 인건비, 경비 등과 원고의 폐기물처리용역과 사이에 대가관계를 부정할 수는 없다고 할 것이다.

(라) 따라서 원고의 이 부분 주장 또한 이유없다.

(4) 가산세 부과의 위법 여부

(가) 세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고·납세 등 각종 의무를 위반한 경우에 법이 정하는 바에 따라 부과하는 행정상 제재로서 납세자의 고의·과실은 고려되지 아니하고 법령의 부지·착오 등은 그 위무위반을 탓할 수 없는 정당한 사유에 해당하지 아니한다(대법원 2004. 6. 24. 선고 2004두10780 판결 등 참조).

살피건대 위 2의 다, (2)항에서 인정한 바와 같이 이 사건 국세심판원 결정에서는 원고의 폐기물처리용역 전체를 부가가치세 면세 대상으로 결정한 것이 아니라 그 중 생활폐기물처리용역에 대하여만 면세되는 것으로 인정한 것이므로 원고가 폐기물처리용역 전체가 면세대상이라고 받아들인 것은 이 사건 국세심판원 결정의 취지를 잘못 이해한 것으로 보이며, 이러한 착오는 이 사건 각 처분에서의 가산세 부과가 면제되는 정당한 사유에 해당하지 않는다고 할 것이다.

(나) 한편 갑 제6호증의 11, 을 제18호증의 2 내지 4의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면, 피고는 원고가 피고에게 신고납부한 2000년 1기분부터 2001년 1기분까지의 각 부가가치세에 대하여 원고의 경정청구에 따라 감액경정결정을 하고 원고에게 감액된 세액을 환급하였던 사실이 인정되는바, 이러한 사정이 피고가 이 사건 각 처분 중 2000년 1기분부터 2001년 1기분까지의 부가가치세 부과처분에 있어 원고에게 가산세 면책 사유가 될 수 있는지에 관하여 본다.

살피건대 을 제13호증의 2, 을 제18호증의 2 내지 4의 각 기재에 의하면 원고는 피고에게 2000년도 1기분부터 2001년도 1기분까지의 부가가치세에 대하여 경정청구를 하였으나 그 중 이 사건 국세심판원 결정에 따라 경정청구를 한 것은 2000년도 2기분 부가가치세뿐이었던 사실, 피고는 2000년도 1기분 및 2001년도 1기분 부가가치세에 대하여는 매입세액의 증가를 이유로 환급결정을 한 것으로서 경정결정을 함에 있어 매출세액은 오히려 증가되었던 사실이 인정되는바, 이를 종합하면 피고가 위와 같이 각 경정결정을 함에 있어 이 사건 각 처분의 과세표준이 된 사업장폐기물처리용역과 관련한 대행사업비를 매출세액에서 공제한 것은 2000년 2기분 부가가치세에 한정됨을 알 수 있다. 따라서 위 각 경정결정은 이 사건 각 처분 중 2000년도 1기분 및 2001년도 1기분 부가가치세 부과처분과 관계가 없다고 할 것이므로 적어도 그에 대하여는 원고에게 가산세 부과를 면할 정당한 사유가 되지 않는다고 할 것이다.

나아가 2000년도 2기분 부가가치세와 관련하여 보건데 갑 제3호증, 을 제13호증의 2, 을 제16, 17호증의 각 가재에 변론 전체의 취지를 종합하면 원고는 피고에게 자진신고하였던 2000년 2기분 부가가치세 예정신고분에 대하여 사업장폐기물처리용역 부분을 포함한 전체 대행사업비를 과세표준에서 제외시키는 내용의 경정청구를 한 사실, 원고가 위 경정청구를 할 당시 이 사건 국세심판원 결정은 생활폐기물처리용역과 관련된 대행사업비만을 부가가치세 과세대상에서 제외하기로 결정하였을 뿐인 사실이 인정되는바, 위 인정사실에 의하면 원고가 위 경정청구를 함에 있어 생활폐기물 처리용역 뿐만 아니라 사업장폐기물처리용역에 대한 대행사업비 부분을 포함시킨 것은 원고에게 책임이 있다고 할 것이고, 신고납세방식이 적용되는 부가가치세에 있어 원고가 자진신고한 부가가치세 예정신고분에 대하여 피고가 원고의 경정청구에 따라 경정결정을 한 것을 두고 과세관청의 공적인 견해표명에 해당한다고 보기에 어려운 점을 감안할 때, 위 경정결정은 가산세 면책이 되는 정당한 사유에 해당한다고 볼 수 없다.

(대법원 1991. 9. 13 선고 91누773 판결 등 참조)

(다) 따라서 원고의 이 부분 주장도 이유없다.

(5) 소결론

그러므로 이 사건 각 처분은 적법하고 원고의 청구는 이유없다.

3. 결론

그렇다면 이 사건 청구를 모두 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

관 계 법 령

■ 부가가치세법

제12조 면세

① 다음 각 호의 재화 또는 용역의 공급에 대하여는 부가가치세를 면제한다.

4. 의료보건용역(수의사의 용역을 포함한다)으로서 대통령령이 정하는 것과 혈액

17. 국가·지방자치단체 또는 지방자치단체조합이 공급하는 재화 또는 용역으로서 대통령령이 정하는 것

제13조 과세표준

① 재화 또는 용역의 공급에 대한 부가가치세의 과세표준은 다음 각호의 가액의 합계액(이하 "공급가액"이라 한다)으로 한다. 다만, 부가가치세는 포함하지 아니한다.

1. 금전으로 대가를 받는 경우에는 그 대가

2. 금전 이외의 대가를 받는 경우에는 자기가 공급한 재화 또는 용역의 시가

3. 재화의 공급에 대하여 부당하게 낮은 대가를 받거나 대가를 받지 아니하는 경우에는 자기가 공급한 재화의 시가

3의2. 용역의 공급에 대하여 부당하게 낮은 대가를 받는 경우에는 자기가 공급한 용역의 시가

4. 폐업하는 경우의 재고재화에 대하여는 시가

■ 부가가치세법 시행령

제29조 의료보건용역의 범위법 제12조제1항제4호에 규정하는 의료보건용역은 다음 각호에 규정하는 것(「의료법」 또는 「수의사법」의 규정에 의하여 의료기관 또는 동물병원을 개설한 자가 제공하는 것을 포함한다)으로 한다.

11. 「폐기물관리법」 제26조의 규정에 의하여 생활폐기물 또는 감염성폐기물의 폐기물처리업 허가를 받은 사업자가 공급하는 생활폐기물 또는 감염성폐기물의 수집·운반 및 처리용역과 동법 제30조의 규정에 의하여 폐기물처리시설의 설치승인을 얻거나 그 설치의 신고를 한 사업자가 공급하는 생활폐기물의 재활용용역

제38조 국가·지방자치단체 또는 지방자치단체조합이 공급하는 재화 또는 용역에 대한 면세범위법 제12조 제1항 제17호에서 "대통령령이 정하는 것"이라 함은 다음 각 호의 재화 또는 용역을 제외한 것을 말한다.

1. 「우정사업운영에 관한 특례법」에 의한 우정사업조직이 「우편법」 제15조제1항에 규정된 부가우편역무중 소포우편물을 방문접수하여 배달하는 용역

2. 「철도건설법」에 규정하는 고속철도에 의한 여객운송용역

3. 부동산 임대업, 도·소매업, 음식·숙박업, 골프장·스키장운영업, 기타 운동시설 운영업. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우는 제외한다.

가. 국방부 또는 「국군조직법」에 따른 국군이 「군인사법」 제2조에 따른 군인, 「군무원인사법」 제2조에 따른 군무원 그 밖에 이들의 직계존비속 등 재정경제부령이 정하는 자에게 제공하는 재화 또는 용역

나. 국가·지방자치단체 또는 지방자치단체조합이 그 소속직원의 복리후생을 위하여 구내에서 식당을 직접 경영하여 공급하는 음식용역

제48조 과세표준의 계산

① 법 제13조 제1항에 규정하는 과세표준에는 거래상대자로부터 받은 대금·요금·수수료 기타 명목여하에 불구하고 대가관계에 있는 모든 금전적 가치있는 것을 포함한다.