AA운수 주식회사

가. 피고가 2010. 2. 3. 원고에 대하여 한，

2007사업연도 법인세 000원의 부과처분 중 00000원을 초과하는 부분을 취소한다.

나. 피고가 2010. 2. 8. 원고에 대하여 한，

2008사업 연도 법인세 000원의 부과처분 중 00000원을 초과하는 부분， 2007년1기 부가가치세 00000원의 부과처분 중 0000원을 초과하는 부분， 2007년 2기 부가가치세 000원의 부과처분 중 0000원을 초과하는 부분， 2008년 1기 부가가치세 0000원의 부과처분 중 00000원을 초과하는 부분，

2008년 2기 부가가치세 0000원의 부과처분 중 0000원을 초과하는 부분을，각 취소한다.

다. 원고의 나머지 청구를 기각한다.

2. 소송총비용 중 4/5는 원고가， 나머지는 피고가 각 부담한다.

가. 피고가 2010. 2. 3. 원고에 대하여 한

2004사업연도 법인세 0000원의 부과처분， 2005사업 연도 법인세 0000원의 부과처분， 2006사업 연도 법인세 00000원의 부과처분， 2007사업연도 법인세 0000원의 부과처분을 각 취소한다.

나. 피고가 2010. 2. 8. 원고에 대하여 한

2008사업 연도 법인세 000원의 부과처분，

2007년 1기 부가가치세 0000원의 부과처분， 2007년 2기 부가가치세 0000원의 부과처분， 2008년 1기 부가가치세 000원의 부과처분， 2008년 2기 부가가치세 0000원의 부과처분을 각 취소한다.

[원고는 당심에서 피고에 대한 청구취지를 위와 같이 변경하고，제1심 피고 서울지방 국세청장에 대한 소를 취하하였다]

2. 항소취지

가. 원고의 항소취지

제1심 판결을 위 청구취지와 같이 변경한다.

나. 피고의 항소취지

제1심 판결 중 피고 패소부분을 취소하고， 그 부분에 해당하는 원고의 청구를 기각한 다.

아래와 같은 사실은 갑 제1， 2호증， 을 제l 내지 7， 8 내지 14호증(가지번호 포함)의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하여 인정되거나，이 사건 기록상 명백하다.

[1]

"○ 원고는 택시운수업 및 부동산임대업을 영위하는 법인이다. 한편으로 BB프라임산업 주식회사(이하BB프라임')，CC운수 주식회사(이하CC운수')， DD교통 주식회사(이하DD교통')， EE실업 주식회사(이하 'EE실업')는 모두 원고의 대표이사 정FFFF 및 가족 들이 100%의 지분을 보유한 주식회사들로서 모두 「법인세법」 시행령(2007. 2. 28. 대통령 령 제19891호로 개정되기 전의 것，이하 같다) 제87조 제1항 제3， 4호에 의하여 원고와 특수관계자의 지위에 있다.",○ 제1심 피고 서울지방국세청장은 2009. 8. 11.부터 2009. 10. 30.까지 사이에 원고의 2004사업연도 내지 2008사업연도의 법인제세 통합조사를 실시한 결과，▲원고가 금융 기관 등으로부터 대출을 받아 2004년부터 2008년까지 OOO프라임，CC운수， DD교통， EE실업 및 원고의 대표이사 정FFFF에게 자금을 대여하면서 연 6%의 이자를 수수하여 시가보다 낮은 이율로 대여한 것으로 보고，▲원고가 그 소유의 서울 양천구 OOO동 0000및 00000소재 건물(이하 '이 사건 건물I)을 2007. 5. 13.부터 2008. 12. 31. 까지 CC운수 및 DD교통에게 시가보다 낮은 임대료로 임대한 것으로 보아， 이를 피고에게 통보하였다.

○ 제1심 피고 서울지방국세청은 2010. 2. 3. 원고가 위와 같이 2008년에 대표이사 정 FFFF에게 자금을 시가보다 낮은 이율로 대여한 것에 관한 인정이자 0000원을 대표이사에 대한 상여로 소득처분하고， 원고에게 위 00000원의 소득금액변동통지를 하였다.

[2]

O 피고는 원고가 위 통보와 같이 금융기관 등으로부터 대출을 받아 2004년부터 2008 년까지 BB프라임， CC운수， DD교통' EE실업 및 원고의 대표이사 정FFFF에게 자금 을 대여하면서 연 6%의 이자를 수수하여 시가보다 낮은 이율로 대여한 것으로 보고， 또한 위와 같은 대여는 원고의 업무와 관련 없는 대여로 보아， ▲[법인세법] (2009. 12. 31. 법률 제9898호로 개정되기 전의 것， 이하 같다) 제52조1 같은 시행령 제88조 제l항 제6호， 제89조 제3항， 같은 시행규칙(2007. 3. 30. 재정경제부령 제547호로 개정 되기 전의 것， 이하 같다) 제43조 제l항， 국세청고시 제2001-3호 '부당행위계산의 부인시 적용할 당좌대월이자율 변경고시'에 의하여 계산한 이자와 실제 수수한 이자의 차액 0000원을 원고의 2004사업연도 내지 2008년 사업연도 익금에 산입하고，▲「법인세법」 제28조 제l항 제4호 나.목， 같은 시행령 제53조 제l항에 의하여 원고가 지급한 차입금의 지급이자 0000원을 원고의 2004사업연도 내지 2008사업연도 손금에 불산입하였다.

O 피고는 또한 원고가 위 통보와 같이 그 소유의 이 사건 건물을 2007. 5. 13.부터 2008. 12. 31.까지 CC운수 및 DD교통에게 시가보다 낮은 임대료로 임대한 것으로 보아， ▲[법인세법] 제52조， 같은 시행령 제88조 제1항 제6호， 제89조 제4항 제l호에 의하여 계산한 임대수입과 실제 수수한 임대수입의 차액 000원을 원고의 2007 사업연도 및 2008사업연도 익금에 산업하고， ▲[부가가치세법] (2010. 1. 1. 법률 제 9915호로 개정되기 전의 것， 이하 같다) 제13조 제l항 제3의 2호， 같은 시행령(2012. 2. 2. 대통령령 제23595호로 개정되기 전의 것， 이하 같다) 제50조 제l항 제2호에 의하여 위와 같은 차액을 원고의 2007년 1기 내지 2008년 2기 부가가치세 과세표준에 산입하였다.

O 위와 같은 익금 산입， 손금 불산입， 과세표준 산입의 내역은 아래 표 기재와 같다.

(아래표 생략)

[3]

O 이에 따라 피고가 2010. 2. 3. 원고에 대하여 2004사업연도 법인세 000원, 2005사업 연도 법인세 0000원， 2006사업 연도 법인세 00000원， 2007사업연도 법인세 0000원의 각 부과처분을 하였다.

O 또한 피고가 2010. 2. 8. 원고에 대하여 2008사업연도 법인세 0000원，2007년 1기 부가가치세 0000원， 2007년 2기 부가가치세 000원， 2008년 1기 부가가치세 000원， 2008년 2기 부가가치세 000원의 각 부과처분을 하였다. 0한편오로 피고는 원고가 부가가치세 매입세액에 관하여 2007년 1기 매입분을 2007년 2기 매입분으로 신고한 것을 확인하고 이를 2007년 2기 매입세액에서 불콩제하여，2010. 2，8. 원고에 대하여 2007년 2기 부가가치세 0000원의 부과처분을 하였다.

O 원고가 2010. 4. 30. 위 각 부과처분에 대하여 조세심판원에 심판청구를 제기하였고， 조세심판원이 20111. 4. 18. 원고의 심판청구를 기각하였다.

[4]

O 원고는 20111. 7. 12. 이 사건 소를 제기하여 제1심 피고 서울지방국세청장이 앞서 본 바와 같이 원고에 대하여 한 0000원의 소득금액변통통지，피고가 앞서 본 바와 같이 원고에 대하여 한 법인세 부과처분 및 부가가치세 부과처분 모두의 취소를 구하였다.

O 그런데 제1심 피고 서울지방국세청장이 당심에서 위 0000원의 소득금액변동통지를 취소하였고， 원고가 당심에서 위 피고에 대한 소를 취하하였다.

O 피고도 당심에서 위 0000원을 원고의 2008사업연도 익금에 산입하지 않는 것 으로 경정하여 앞서 본 2008사업연도 법인세 0000원의 부과처분을 0000원 으로 감액하였다(이하 피고가 원고에 대하여 한 법인세 부과처분 및 부가가치세 부과 처분 중 위와 같이 감액되어 잔존하는 부분을 '이 사건 처분'이라고 한다).

O 한편으로 원고는 당심에서 앞서 본 2007년 2기 부가가치세 0000원의 부과처분에 대한 소를 취하하였다.

2. 본안전 항변

이 부분에 설시할 이유는 제l심 판결문 제5면 8행부터 17행까지의 "2. 피고 양천세무 서장의 본안 전 항변" 부분 기재와 같으므로 「행정소송법」 제8조 제2항， 「민사소송법」 제420조 본문에 의하여 이를 인용한다.

3. 대여금 이자

가. 원고의 주장

「법인세법」 제52조 제l항， 제2항에 의하면， 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당 하게 감소시킨 것으로 볼 수 있는 경우로서 특수관계자가 아닌 자간의 정상적인 거래에서 적용될 것오로 판단되는 이자율을 시행령 등 하위법령에서 구체화할 것을 요구하고 있는바， 이에 관한 「법인세법」 시행령 제89조 제3항1 같은 시행규칙 제43조 제1항은 개별 기업의 특성을 전혀 고려하지 않은 채 모든 기업에 대하여 획일적오로 국세청장이 3년 만기 회사채의 유통수익률을 감안하여 정한 이자율을 적용하도록 함으로써 부당행위계산부인에 관한 위 법률조항의 입법취지를 실현하지 못하고 있으므로， 위 시행령 및 시행규칙은 위법하고 위헌적이다. 설령 획일적인 이자율을 정할 필요가 있다고 하더라도 정상적인 시가를 가장 잘 반영 하는 은행평균 대출금리나 회사채의 유통수익률을 감안하지 아니하고， 이보다 고율의 연 9%의 이자율을 적용하는 국세청고시 제2001-3호 '부당행위계산의 부인시 적용할 당좌대월이자율 변경고시'(이하 '국세청고시')는 위임한계를 벗어난 것으로 위법하다. 따라서 이 사건 처분 중 2004사업연도 내지 2008사업연도 법인세 부과처분에 있어서 위와 같은 시행령과 시행규칙 및 국세청고시에 의하여 계산한 이자와 원고가 실제 수수한 이자의 차액을 익금에 산입한 것은 위법하다.

나. 판단

(1) [법인세법] 제52조 제l항에서 특수관계자와의 거래로서 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당히 감소시키는 것을 '부당행위계산'으로 정의하면서 제2항에서 '시가'에 관하여 건전한 사회통념 및 상관행과 특수관계자가 아닌 자간의 정상적인 거래 에서 적용될 것으로 판단되는 가격을 기준으로 하고 제4항에서 구체적인 부당행위계산의 유형을 시행령에 위임하고 있다. 「법인세법」 시행령 제88조 제1항 제6호는 이를 받아 부당행위계산의 유형 중 하나로 '자산을 시가보다 낮은 이율로 대부하는 경우'를 적시하는 한편，위 시가에 관하여 「법인세법」 시행령 제89조 제3항은 금전의 대여에 있어서는 재정경제부령이 정하는 '당좌 대출이자율'을 시가로 정의하면서 그 구체적인 수치는 재정경제부령에 위임하고 있다. 「법인세법」 시행규칙 제43조 제1항은 이에 관하여 금융기관이 보증한 3년 만기 회사채의 유통수익률을 감안하여 국세청장이 정한 이자율로 정하고 있고， 국세청고시는 위 이자율을 연 9%로 정하고 있다.

(2) 위와 같은 국세청고시에 관하여 살펴보면 아래와 같다.

■국세청장은 당좌대출이자율을 아래 표 기재와 같이 고시하였다.

■회사채의 유통수익률이 1997년 14~15% 정도에서 2001년 7~8% 정도로 급락한 이후 에는 큰 폭의 변통 없이 하향 안정화 추세에 접어들었는데， 국세청장은 위와 같은 유통수익률 변화 추세에 맞추어 1997. 12. 31. 당좌대출이자율을 20%로 고시한 이후 지속적으로 하향 고시하여 오다가 2001. 12. 31.에 이르러 9%까지 낮추는 내용으로 고시 하였다.

■이후에 유통수익률은 점차적으로 하람하여 왔지만 매년 그 변동 폭도 크지 않는 등 안정화 단계에 접어들었던 데다가 당좌대출이자율이 이미 9%까지 하락한 상태에서 추가적으로 당좌대출이자율을 낮춘다면 특수관계자 사이에 무분별한 자금의 대여를 억제 하고자 하는 상위 법령의 규정취지를 잠탈할 우려도 있었기 때문에 더 이상 당좌대출 이자율을 낮추지 않았던 것으로 보인다.

■더욱이 「법인세법」 시행규칙(200▲ 3. 14. 재정경제부령 제356호로 개정된 것) 제43 조 제l항은 시가로 의제되는 당좌대출이자율은 유통수익률이 아닌 금융기관의 당좌대출이자율을 고려하여 국세청장이 정하도록 개정되었는데，위 시행규칙 개정 이후 금융 기관의 당좌대출이자율도 점차 하락하는 추세였지만 7~8% 정도 수준으로 국세청장이 고시한 당좌대출이자율과 별반 차이가 없다.

■그 이후에도 시장이자율이 전반적으로 하락하고 있었음에도 「법인세」 시행규칙 (2009. 3. 30. 기획재정부령 제66호로 개정된 것) 처1143조 제3항이 당좌대출이자율을 기존에 국세청장이 고시했던 9%에서 불과 0.5% 내린 8.5%로 직접 규정하였고， 이후에는 아무런 변통이 없다.

■국세청장이 상위 법령에 따라 당좌대출이자율을 결정함에 있어서 유통수익률이나 금융기관의 당좌대출이자율을 주로 고려하여야 할 것이지만， 그 이외에도 재무구조의 건실화와 기업경영의 투명성 제고를 유도하고 특수관계자 간의 부당행위를 규제하기 위 한 규정취지를 달성하기 위하여 중요한 정책적 ・ 기술적 판단을 할 필요가 있었다고 볼 수 있다. 이러한 이유에서 입법자가 국세청장에게 당좌대출이자율 결정 권한 자체를 위임했던 것으로 볼 수 있으므로 국세청장이 당좌대출이자율을 정하는 데 재량권이 있었고， 국세청장이 9%로 당좌대출이자율을 정한 데에는 앞서 본 바와 같은 사정을 고려 할 때 재량권을 일탈， 남용하였다고 보기 어렵다.

■과세관청이 개별적인 과세처분을 할 때마다 「법인세법」 제52조 제1항， 제2항의 규정 취지를 고려하여 적정한 이자율을 산출하도록 하는 것은 과도한 행정비용을 유발할 뿐만 아니라， 과세관청의 자의적인 조치를 야기할 수도 있으므로， 국세청장이 그 때 그때 의 경제적 상황에 맞추어 적정 이자율을 일률적으로 고시하도록 하는 제도를 불합리하다고 보기 어렵다.

(3) 위와 같은 사정을 종합해 보면， 국세청장이 9%로 당좌대출이자율을 정한 근거 가 되는 「법인세법」 시행령 및 시행규칙 규정은 그 입법목적을 달성하기 위한 목적정 당성과 수단적합성을 지니고 있는데다가 침해최소성， 법익균형성을 상실한 것으로 볼 수 없어 이를 위헌적인 규정으로 볼 수 없고， 또한 위 「법인세법」 시행령 및 시행규칙 이 상위 법률에 위반한다거나, 국세청고시가 상위 법령에서 정한 위임의 한계를 일탈 한 것이라고 볼 수 없다. 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

4. 업무 무관 대여

가. 원고의 주장

원고는 LPG 공급업체인 OO프라임과 매출할인약정을 체결하여 L당 00원씩 할인하여 공급받는 대가로 OO프라임에게 자금을 대여하였으므로， 이는 원고의 업무와 관련 없는 대여라고 할 수 없다. 따라서 이 사건 처분 중 2004사업연도 내지 2008사업연도 법인세 부과처분에 있어서 위와 같은 대여를 원고의 업무와 관련 없는 대여로 보고 차입금의 지급이자를 손금에 불산입한 것은 위법하다.

나. 판단

"(1) [법인세법] 제28조 제l항 제4호 나목은， 법인이 특수관계자에게 업무와 관련 없이 지급한 가지급금 등으로서 대통령령이 정하는 자산을 취득・보유하고 있는 때에는 그 법인이 지급한 차입금의 이자 중 대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 금액을 각 사업연도의 소득금액 계산에 있어서 손금에 산입하지 않도록 규정하고 있다. 「법인세법」 시행령 제53조 제l항은 위와 같이 대통령령이 정하는 자산에 관하여，명칭 여하를 불구하고 당해 법인의 업무와 관련이 없는 자금의 대여액'이라 정의하고 있다.",(2) 위 규정들의 입법 목적은 차입금을 보유하고 있는 법인이 특수관계자에게 업무와 관련 없이 가지급금 등을 지급한 경우 이예 상당하는 차입금의 지급이자를 손금 불산입하도록 하는 조세상의 불이익을 주어 차입금을 생산적인 부분에 사용하지 아니 하고 계열사 등 특수관계자에게 대여하는 비정상적인 행위를 제한함으로써 타인자본에 의존한 무리한 기업 확장으로 기업의 재무구조가 악화되는 것을 방지하고 기업자금의 생산적 운용을 통한 기업의 건전한 경제활동을 유도하는 데 있다(헌법재판소 2007. 1. 17. 선고 2005헌자75 결정 참조). 한편으로 「법인세법」 상 지급이자 손금불산입의 대상이 되는 l업무와 관련 없이 지급 한 가지급금 등l에서의 업무와 관련성 여부는 당해 법인의 목적사업이나 영업내용을 기준으로 객관적으로 판단되어야 한다(대법원 2007. 10. 25. 선고 2006두끄125 판결 등 참조).

(3) 살피건대， 갑 제9호증의 기재만으로는 BB프라임과 원고 사이의 매출할인약정 과 OO프라임에 대한 대여금이 필연적인 대가관계에 있다고 보기 어렵고， 택시운수업체인 원고의 목적사업과 영업내용 등에 비추어 볼 때 OO프라임 이외에 CC운수， OOO교통， EE실업 및 원고의 대표이사 정FFFF에게 자금을 대여한 것이 원고의 업무와 관련 있다고 보기 어렵다 원고의 이 부분 주장도 이유 없다.

5. 임대수입

가. 원고의 주장

"원고가 이 사건 건물을 OO운수 및 DD교통에게 임대하기 이전에 특수관계가 없는 GG교통 주식회사(이하GG교통')에게 보증금 00원 및 월세 0000 원에 임대한 바 있고 위 임대료가 이 사건 건물의 임대료 시가에 부합하는 것임에도， 피고는 이 사건 건물의 임대료 시가를 알 수 없다는 전제에서 2007사업연도 법인세와 2008사업연도 법인세에 관하여 「법인세법」 시행령 제89조 제4항 제l호에 의하여 계산한 임대수입과 원고가 실제 수수한 임대수엽의 차액을 익금에 산입하고 2007년 1기 내지 2008년 2기 부가가치세에 관하여 「부가가치세법」 시행령(2012. 2. 2. 대통령령 제23595호로 개정되기 전의 것， 이하 같다) 제50조 제l항 제2호， 「법인세법」 시행령 제89조 제4항 제1호에 의하여 위와 같은 차액을 과세표준에 산입하였다. 따라서 이 사건 처분 중 2007사업연도 법인세와 2008사업연도 법인세 및 2007년 1기 내지 2008년 2기 부가가치세에 있어서 위와 같이 익금에 산입하고 과세표준에 산입한 것은 위법하다.",나. 판단

(1) [법인세법] 시행령 제88조 제l항 제6호에 의하면， 자산 또는 용역을 시가보다 낮은 임대료로 제공하는 경우를 부당행위계산의 유형으로 정의하고 있고， 제89조 제1 항은 '시가'에 관하여 l당해 거래와 유사한 상황에서 당해 법인이 특수관계자 외의 불 특정다수인과 계속적으로 거래한 가격'으로 하되， 제89조 제4항 제1호는 위 제1항을 적용할 수 없는 경우에는 당해 자산 시가의 100분의 50예 상당하는 금액에서 그 자산 의 제공과 관련하여 받은 보증금을 차감한 금액에 정기예금이자율을 곱하여 산출한 금액을 시가로 보도록 규정하고 있다. 한편으로 「부가가치세법」 제13조 제l항 제3의 2호에 의하면， 용역의 콩급에 대하여 부당하게 낮은 대가를 받은 경우에는 콩급한 용역의 시가를 콩급가액으로 보고， 같은 시행령 제50조 제l항 제1호는 시가에 관하여 사업자가 특수관계자 외의 자와 당해 거래와 유사한 상황에서 계속적으로 거래한 가격이라고 규정하고， 제2호에서 제1호에 의한 시가가 불분명한 경우에는 「법인세법」 시행령 제89조 제4항의 규정에 의한 가격을 시 가로보고 있다.

(2) 법인과 특수관계자 사이의 금전， 그 밖의 자산 또는 용역의 대부행위가 「법인세법」 상 부당행위계산 부인 사유언 '금전， 그 밖의 자산 또는 용역을 무상 또는 시가 보다 낮은 이율 ・ 요율이나 임차료로 대부하거나 제공한 경우'에 해당한다는 사실의 입증책임은 과세관청에 있다(대법원 2004. 10. 15. 선고 2003두5235 판결， 대법원 1995. 12. 2▲ 선고 95누3589 판결 등 참조). 따라서 부당행위계산 부인의 적용기준이 되는 '시가' 또는 I적정 임대료1에 대한 주장, 입증책임은 부당행위계산 부인을 주장하는 과세관청에게 있다(대법원 2005. 5. 12. 선 고 2003두15287 판결 참조).

(3) 갑 제 10， 15호증， 을 제 15， 21， 22， 25， 26， 28， 29호증(가지 번호 포함)의 각 기 재에 변론 전체의 취지를 종합하여 인정되는 사실 및 그에 비추어 본 사정은 아래와 같다.

• 이 사건 건물은 서울 양천구 OOO동 000 및 00000 소재 건물로서 1982. 12. 30. 소유권보존등기가 마쳐졌다. 이 사건 건물은 등기부상 4 철근콘크리트조 슬래브지붕 2층 사무실(1층 144.59㎡' 2층 113.39㎡， 지층 103.47㎡)， ，▲ 세멘벽돌조 슬래브지붕 단 층 차고 40.5㎡， ，▲ 철근콘크리트조 슬래브지붕 지하 및 대피소 775.5㎡， ，▲ 경량철골 조 슬래브지붕 근런생활시설(수리점) 128㎡로서, 연면적이 1，305.45㎡이다.

• 위와 같이 소유권보존등기가 마쳐진 때로부터 약 20년 후인 2002. 9. 12. 원고가 영 성교통과 사이에 이 사건 건물에 관한 임대차계약을 체결하고 2002. 10. 1.부터 2007. 4. 30.까지 보증금 0000원 및 월세 0000원에 임대하였다. GG교통은 원고와 특수관계자의 지위에 있지 않으므로， 특별한 사정이 없는 한 위와 같 보증금 및 월세는 불특정다수인과 계속적으로 거래한 가격 또는 특수관계자가 아닌 제3자간에 일반적으로 거래된 가격으로 볼 수 있다.

"• 원고가 위와 같이 2002. 9. 12. GG교통과 사이에 임대차계약을 체결하였을 당시 작 성된 임대차계약서(갑 제15호증의 1)에는 임대목적물이서울 양천구 OO동 000， 4 호 철근콘크리트 건물 외 ① 건물 2층 113.39㎡(사무실 외)，② 건물 1층 40.5㎡(배차 실 외 휴게실)，③ 수리점 1층 128㎡ 외 주차장 및 지하대피소 중 일부'로 기재되어 있 다.",위와 같은 임대목적물을 이 사건 건물의 등기부와 비교해 보면， 원고가 GG교통에게 임대한 것은 이 사건 건물의 전부가 아닌 일부이다.

" ■원고는 위와 같이 2007. 4. 30.까지 이 사건 건물의 일부를 GG교통에게 임대하였다 가 그로부터 약 2주일 후인 2007. 5. 13. CC운수 및 DD교통과 사이에 이 사건 건물 에 관한 임대차계약을 각기 체결하고 2007. 5. 13.부터 2008. ▲ 30.까지 각기 보증금 0000원씩에 임대하였다. 원고가 위와 같이 CC운수 및 DD교통과 사이에 임대차계약을 각기 체결하였을 당시 작성된 임대차계약서(갑 제10호증의 1， 2)에는 CC운수에 대한 임대목적물과 DD교통 에 대한 임대목적물이 모두 '서울 양천구 OOO동 00000， 4호 철근콘크리트 건물 외 ① 건물 2층 56.7㎡(사무실 외)，② 건물 1층 20.3㎡(배차실 외 휴게실)，③ 수리점 1층 64 ㎡ 외 주차장 및 지하대피소 중 일부'로 통일하게 기재되어 있다. 이와 같이 원고가 CC운수 및 DD교통과 사이에 임대차계약을 각기 체결하였음에도 그 임대차계약서에 임대목적물이 통일하게 기재된 점에 비추어 보면， 원고가 CC운수 및 DD교통에게 이 사건 건물의 일부를 공동으로 임대하거나 1/2씩 분할하여 임대한 것으로 보인다. 또한 위와 같은 임대목적물을 GG교통에 대한 임대목적물 및 이 사건 건물의 등기부 와 비교해 보면， 원고가 CC운수 및 DD교통에게 임대한 것은 이 사건 건물의 전부 가 아닌 일부이고， 또한 GG교통에 임대한 것보다 면적이 적다.",위와 같이 원고가 이 사건 건물의 일부를 GG교통에게 보증금 0000원 및 월세 00000원에 임대하였다가 그 임대차 종료로부터 약 2주일 후에 GG교통에게 임대하였던 것 보다 적은 면적을 CC운수 및 DD교통에게 각기 보증금 0000원씩 합계 0000원으로 임대하였던 점에 비추어 보면， 이러한 보증금 합계 0000원이 GG교통에게 임대하였을 당시의 보증금 0000원 및 월세 0000원에 비하여 부당하게 적은 금액으로서 경제적 합리성을 결여한 것이라고 보기 어렵다.

• 한편으로 원고가 GG교통과 사이에 임대차계약을 체결한 2002. 9. 12. 당시와 원고 가 OO운수 및 DD교통과 사이에 임대차계약을 체결한 2007. 5. 13. 당시를 비교해 보면， 소비자물가지수가 15.4% 상승하였고， 이 사건 건물의 대지인 서울 양천구 OOO 000및 00000 토지의 개별공시지가가 000원에서 0000원으로 약3배 상승하였 다. 그러나 앞서 본 바와 같이 GG교통이 원고와 특수관계자의 지위에 있지 않고， 원고가 GG교통에게 이 사건 건물을 임대하였을 당시 이 사건 건물은 소유권보존등기가 마쳐 진 때로부터 약 20년이 경과한 상태이었으며， 위와 같이 특수관계자의 지위에 있지 않은 GG교통과의 임대차가 4년 8개월 이상 보증금 0000원 및 월세 720만 원으로 변동 없이유지되었던 점에 비추어 보면，위와 같이 소비자물가지수와 대지의 개별콩시지가 상승하였다는 점만으로 CC운수 및 DD교통에 대한 위 보증금 합계 0000원이 경제적 합리성을 결여한 것이라고 단정하기 어렵다.

"• 원고는 위와 같이 2008. ▲ 30.까지 이 사건 건물의 일부를 CC운수 및 DD교통에 게 임대하였다가 2008. 7. 1. 또다시 CC운수 및 DD교통과 사이에 이 사건 건물에 관한 임대차계약을 각기 체결하고 2008. 7. 1.부터 2008. 12. 31.까지 각기 보증금 0000원씩에 임대하였다. 원고가 위와 같이 CC운수 및 DD교통과 임대차계약을 체결하였을 당시 작성된 임대차계약서(갑 제10호증의 3， 4)에는 임대목적물이CC운수 서울 양천구 OO동 00000， 4호 철근콘크리트 건물 외 ① 건물 2층 113.39㎡(사무실 외)，② 건물 1층 40.5㎡(배차 실외 휴게실)，③ 수리점 1층 128㎡ 외 주차장 및 지하대피소 중 일부'로 기재되어 있다. 위와 같은 임대목적물을 종전의 임대목적물과 GG교통에 대한 임대목적물 및 이 사건 건물의 등기부와 비교해 보면，원고가 CC운수 및 DD교통에게 또다시 임대한 것은 이 사건 건물의 전부가 아닌 일부이고， 종전에 임대하였던 것보다 면적이 증가하면서 GG교통에 임대하였던 것과는 면적이 같다. 위와 같이 원고가 이 사건 건물의 일부를 CC운수 및 DD교통에게 각기 보증금 0000원씩 합계 00000원에 임대하였다가 약 1년의 임대기간이 종료한 후 종전보다 임대면적 을 증가시키면서 보증금을 000원씩 합계0000원 증가시켜 보증금 합계 0000원에 다시 임대하였던 점에 비추어 보면， 이러한 보증금 합계 3억 원이 경제적 합리성을 결여한 것이라고 보기 어렵다.",■이에 관하여 피고는， CC운수 및 DD교통이 원고의 특수관계자이므로 GG교통과는 달리 이 사건 건물을공실 없이 전부 사용하였을 것이라고 주장하는바， CC운수 및 DD교통과 사이에 작성된 임대차계약서를 GG교통과 사이에 작성된 임대차계약서 및 이 사건 건물의 등기부와 비교해 볼 때 원고가 CC운수 및 DD교통에게 임대한 것은 이 사건 건물의 전부가 아닌 일부임은 앞서 본 같고， 그밖에 CC운수 및 DD교통이 이 사건 건물을 콩실 없이 전부 사용하였다는 점을 인정할 만한 증거가 없다. 피고의 위 주장은 이유 없다.

■한편으로 원고에 대한 세무조사 당시 피고 소속 공무원이 '원고가 PP운수 및 DD 교통에게 이 사건 건물을 저가 임대하여 임대수입 금액이 누락되었음을 확인한다'는 내용의 확인서를 작성하고， 이에 원고의 대표이사 정FFFF이 서명한 사실이 인정된다(을 제15호즘의 2). 그러나 위 확인서는 피고 소속 콩무원이 원고와 CC운수 및 DD교통 사이의 임대차 관계에 관하여 이를 저가임대로 판단한 내용을 기재한 것으로서， 이는 원고와 CC운수 및 DD교통 사이에서 수수된 보증금 자체는 그대로 인정하면서 이를 시가보다 낮은 것으로 보는 판단을 기재한 것이어서， 위 확인서에 원고의 대표이사가 서명하였다는 사실만으로 위 보증금을 시가보다 낮은 것으로 볼 수는 없고， 위 보증금이 시가보다 낮은 것인지 여부는 앞서 본 바와 같은 사정을 종합하여 판단해야 할 것이다.

(4) 그렇다면， 이 사건 처분 중 2007사업연도 법인세와 2008사업연도 법인세에 있어서 원고가 CC운수 및 DD교통에게 이 사건 건물을 시가보다 낮은 임대료로 임대 하였음을 이유로 「법인세법」 등에 의하여 계산한 임대수입과 원고가 실제로 수수한 임 대수입의 차액을 익금에 산입한 것은 위법하고， 또한 이 사건 처분 중 2007년 1기 내 지 2008년 2기 부가가치세 부과처분에 있어서 위와 같은 차액을 과세표준에 산입한 것도 위법하다. 원고의 이 부분 주장은 이유 있다.

6. 결론

이상에서 본 바와 같이 이 사건 처분 중 2007사업연도 법인세 및 2008사업연도 법인세에 있어서 이 사건 건물의 임대에 관련된 부분이 위법하고, 또한 이 사건 처분 중 2007년 1기 내지 2008년 2기 부가가치세에 있어서 이 사건 건물의 임대에 관련된 부 분이 위법하므로, 이와 같이 위법한 부분을 시정하여 정당한 세액을 계산하면 별지 기 재와같다. 그렇다면 이 사건 처분의 취소를 구하는 원고의 청구는 위 인정범위 내에서 이유 있어 이를 인용하고 나머지 청구는 이유 없어 이를 기각할 것인바， 당심에서의 청구취지 변경에 따라 제l심 판결을 위와 같이 변경하기로 하여 주문과 같이 판결한다.