2. 소송비용은 원고가 부담한다.

청 구 취 지

피고가 2017. 4. 7. 원고에 대하여 한 2016년 귀속 종합소득세 ○○○,○○○원의 부과처분을 취소한다.

가. 원고는 2002. 12. 16. BBB으로부터 ○○○○구 ○○동 ○○○○ 대 ○○㎡(이하 '이 사건 토지'라 한다)를 취득하여, 위 지상에 2003. 11. 28. 지하 1층, 지상 10층의 오피스텔 ○○○○㎡(이하 '이 사건 건물'이라 하고, 위 토지와 합하여 '이 사건 부동산'이라 한다)를 신축하여 소유권보존등기를 마쳤고, 2016. 7. 14. 이 사건 부동산을 ○○○○○○원에 양도하고 취득가액을 ○○○○○○원으로 하여 양도소득세

○○○○○○원을 신고・납부하였다.

나. 피고는 2017. 2. 20.부터 2017. 3. 11.까지 원고에 대한 양도소득세 조사를 실시하여 이 사건 부동산의 취득가액을 ○○○○○○원(토지는 기준시가에 의한 환산취득가액인 ○○○○○○원, 건물은 세금계산서 등으로 확인되는 가액인 ○○○○○○원을 적용)으로 산정하여 2017. 4. 7. 원고에게 2016년 귀속 양도소득세 ○○○○○○원을 경정・고지하였다(이하 '이 사건 처분'이라 한다).

다. 원고는 이에 불복하여 2017. 5. 30. 조세심판원에 심판청구를 하였고, 조세심판원은 2017. 9. 7. 원고의 청구를 기각하였다.

[인정사실] 다툼 없는 사실, 갑 제1호증 내지 갑 제4호증(각 가지번호 있는 것은 가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 원고의 주장 및 판단

가. 원고의 주장

이 사건 처분에는 다음과 같은 하자가 있으므로 취소되어야만 한다.

1) 피고가 2016. 3. 6. 원고에게 통보한 세무조사결과통지표에는 이 사건 부동산에 대한 과세표준과 산출내역만 고지되어 있을 뿐 산출의 근거가 되는 세율 등 구체적인 내역이 기재되지 않았고, 가산세 산정내역도 기재되지 않아 부적법하다.

2) 피고는 이 사건 처분을 하면서 원고가 양도소득세 예정신고시 이미 납부한 양도소득세 ○○○○원을 공제하지 않고 부과하였으므로 이 사건 처분은 이중과세에 해당하여 위법하다.

3) 원고는 이 사건 토지를 ○○○○○○원에 매수하고 경계측량비용 ○○○○원, 등록세 등 등기비용 ○○○○원, 취득세 ○○○○원, 중개수수료 ○○○○원, 국민주택채권매입액 ○○○○원을 각 지출하였으므로 이 사건 토지의 취득가액은 위 금액을 모두 합산한 ○○○○○○○○원임에도 불구하고 피고가 이 사건 처분을 함에 있어서 이 사건 토지에 대한 취득가액을 기준시가에 의한 환산취득가액인 ○○○○원으로 산정한 것은 위법하다.

4) 이 사건 건물은 원고가 원고의 누나 CCC과 직영으로 2002년경 착공하여 2005년 완공한 것으로 원고가 이 사건 건물의 완공 즉시 관할세무서에 신고한 공사원가명세서상의 금액은 별지 1 기재와 같이 1,335,133,130원이므로 이를 이 사건 토지와 건물의 취득가액으로 보아야 한다. 또한 원고는 별지 2 기재와 같이 이 사건 건물을 완공한 이후 2004. 1. 1.부터 이 사건 건물에 관하여 자본적 지출액으로 ○○○○원을 지출하였으므로 이를 취득가액에 반영하여야 한다.

나. 관계 법령

별지 4 기재와 같다.

다. 판단

1) 첫 번째 주장에 대하여

갑 제2호증, 을 제2호증(각 가지번호 있는 것은 가지번호 포함)의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면, 피고는 2017. 3. 6. 원고에게 국세기본법 제81조의12(세무공무원은 세무조사를 마쳤을 때에는 그 조사를 마친 날부터 20일 이내에 세무조사내용, 결정 또는 경정할 과세표준, 세액 및 산출근거, 그 밖에 대통령령으로 정하는 사항이 포함된 조사결과를 납세자에게 설명하고, 이를 서면으로 통지하여야 한다)에 따라 다음과 같이 이 사건 처분의 귀속년도, 수입금액, 과세표준, 산출세액, 예상고지세액, 경정된 취득가액 및 경정내용 등을 기재하여 세무조사결과 통지서를 발송하여 원고가 이를 수령한 사실, 이후 피고는 2017. 4. 7. 원고에게 이 사건 처분의 납세고지서를 발송하였고, 위 납세고지서는 2017. 4. 12. 원고의 배우자가 수령하였던 사실, 위 납세고지서에는 세액의 산출근거로 과세표준과 세율, 산출세액, 가산세, 각종 공제세액 및 납기내 고지세액이 순차적으로 기재되어 있고, 가산세 산출근거에는 가산세 구분, 대상금액, 세율, 세액이 별도로 기재되어 있는 사실을 각 인정할 수 있으므로, 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

2) 두 번째 주장에 대하여

을 제1호증의 1, 2의 각 기재에 의하면, 피고는 이 사건 부동산의 양도가액 ○○○○원에서 취득가액으로 ○○○○원, 필요경비로 ○○○○원을 차감하여 양도차익 ○○○○원을 산정한 후 장기보유특별공제 ○○○○원과 양도소득기본공제 ○○○○원을 각 공제한 후 ○○○○원을 과세표준금액으로 결정하고, 여기에 양도소득세율을 적용하여 계산한 산출세액 ○○○○원과 신고불성실가산세 ○○○○원, 납부불성실가산세 ○○○○원을 각 가산하여 총결정세액 ○○○○원을 정하였으며, 여기에서 원고가 기납부한 세액 ○○○○원을 차감하여 원고에 대한 이 사건 경정・고지액 ○○○○원(10원 이하 단수는 버림)이 산정된 사실을 인정할 수 있으므로, 원고의 이 부분 주장 역시 이유 없다.

3) 세 번째 주장에 대하여

가) 관련 법리 등

(1) 과세표준과 세액은 실지조사의 방법에 의하여 밝혀진 실액에 의하여 결정하는 것이 원칙이고 추계조사 방법에 의하여 이를 결정하려면 납세자의 장부나 증빙서류 등이 없거나 그 중요 부분이 미비 또는 허위로 기재되어 신뢰성이 없고 달리 과세관청이 그 소득의 실액을 밝힐 수 있는 방법이 없는 때에 한하여 예외적으로 허용되는 것이므로, 납세자가 소득세법이 정하는 장부를 비치ㆍ기장한 바 없다고 하더라도 계약서 등 다른 증빙서류를 근거로 과세표준을 계산할 수 있다면 과세표준과 세액은 실지조사 방법에 의하여 결정하여야 하고 추계조사 방법에 의해서는 아니 된다(대법원 1999. 1. 15. 선고 97누20304 판결 등 참조).

(2) 구 소득세법(2016. 1. 19. 법률 제13796호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제97조 제1항은 양도가액에서 공제할 필요경비는 취득가액(제1호), 자본적 지출액 등으로서 대통령령이 정하는 것(제2호), 양도비 등으로서 대통령령이 정하는 것(제4호)이라고 규정하면서, 취득가액은 자산의 취득에 소요된 실지거래가액으로 하고, 취득 당시의 실지거래가액을 확인할 수 없는 경우에는 대통령령이 정하는 매매사례가액, 감정가액 또는 환산가액으로 한다고 규정하고 있으며, 구 소득세법 시행령 제89조는 타인으로부터 매입한 자산의 취득가액은 매입가액에 취득세・등록세 기타 부대비용을 가산한 금액이라고 규정하고 있고, 취득 시 소요된 부대비용은 당해 부동산의 취득과 관련되어 지출된 부대비용으로, 취득을 위한 인지세, 중개수수료, 법무사비용이 이에 속한다.

나) 판단

(1) 위와 같은 법리에 비추어 이 사건에 관하여 보건대, 피고는 이 사건 처분 시 원고가 이 사건 토지를 취득할 당시의 실지거래가액을 확인할 수 없음을 이유로 구 소득세법 제97조 제1항 제1호 나목을 적용하여 '환산가액(○○○○원)'을 취득가액으로 산정하였고, 필요경비는 구 소득세법 제97조 제2항 제2호, 구 소득세법 시행령 제163조 제6항에 따라 취득 당시 기준시가의 3%에 해당하는 금액(○○○○원)을 개산공제하였다.

(2) 그러나 갑 제5호증 내지 갑 제9호증, 갑 제11호증(각 가지번호 있는 것은 가지번호 포함)의 각 기재, 증인 BBB의 증언, 법무사 DDD에 대한 사실조회결과에 변론 전체의 취지를 종합하면, 원고는 2002. 10. 17. BBB과 사이에 이 사건 토지에 관하여 매매대금을 ○○○○○○원으로 하여 매매계약을 체결하고, 2016. 12. 16. 이 사건 토지를 담보로 ○○○○농협으로부터 ○○○○○원을 대출받아 잔금을 지급하는 등 BBB에게 위 매매대금을 전액 지급한 사실, 원고는 2002. 10. 23. 대한지적공사에게 이 사건 토지의 경계측량비로 ○○○○원을 지출한 사실(세금계산서 비고란에 ○○동 ○○○○이라고 기재되어 있다), 원고는 2002. 12. 16. DDD 법무사에게 이 사건 토지에 대한 등록세 ○○○○원을 지급한 사실, 원고는 2003. 1. 14. 이 사건 토지의 취득세와 농어촌특별세로 ○○○○원을 지출한 사실, 이 사건 토지 매매는 공인중개사의 중개를 통하여 이루어졌는데 원고는 2002. 12. 16. 공인중개사에게 중개수수료로 ○○○○원을 지급한 사실을 인정할 수 있는바, 위와 같은 인정사실에 비추어 보면 이 사건 토지는 취득 당시의 실지거래가액을 확인할 수 있는 경우에 해당하므로, 이 사건 토지의 양도가액에서 공제될 취득가액은 매입가액 ○○○○○○원 및 취득세・등록세 기타 부대비용 ○○○○원 합계 ○○○○원이라고 봄이 상당하다(원고는 국민주택채권 매입비용으로 ○○○○원을 지출하였다고 주장하나, 갑 제14호증의 1, 2의 국민주택채권 발행 및 매도 영수증상 원고가 아닌 BBB으로 기재되어 있고, 갑 제7호증의 등기비용 영수증에는 원고가 이 사건 토지와 관련하여 국민주택채권을 매입한 후 매도한 내역이 표시되어 있어 국민주택채권 매각차손이 이미 포함되어 있으므로, 원고의 이 부분 주장은 이유 없다).

(3) 따라서 이 부분에 관한 원고의 주장은 이유 있다.

4) 네 번째 주장에 대하여

가) 관련 법리 등

(1) 구 소득세법 제97조 제1항은 양도가액에서 공제할 필요경비로 '취득가액','자본적 지출액 등으로서 대통령령이 정하는 것' 등을 규정하고 있고, 구 소득세법 시행령 제163조 제3항 제1호, 제3호, 제67조 제2항은 '양도 자산의 용도변경ㆍ개량 또는 이용편의를 위하여 지출한 비용'이나 '사업자가 소유하는 감가상각자산의 내용연수를 연장시키거나 당해 자산의 가치를 현실적으로 증가시키기 위하여 지출한 수선비'등을'자본적 지출액 등으로서 대통령령이 정하는 것'에 해당한다고 규정하고 있다. 결국 필요경비의 일종으로서 자본적 지출 등에 해당하려면 양도 자산의 내용연수를 연장시키거나 가치를 현실적으로 증가시키기 위하여 지출한 수선비나 용도변경ㆍ개량 또는 이용편의를 위하여 지출한 비용에 해당하여야 한다.

(2) 납세의무자가 작성하여 비치하고 있는 장부에 자산 가액이 기재되어 있다 하더라도 그 기재가 자산의 실지취득가액을 확정시키는 효과가 있다고 볼 수 없음은 물론, 그 기재를 실지취득가액으로 추정하여야 한다고는 볼 수 없다(대법원 1988. 2. 9. 선고 87누536 판결 등 참조). 따라서 장부가액은 원칙적으로 실제의 취득가격에 부합하는 것으로 볼 수 있는 신빙성이 있음을 전제로 하여 그 장부가액을 실지취득가액으로 인정하는 것이 타당하다.

(3) 한편, 소득세과세처분 취소소송에서 과세근거로 되는 과세표준에 대한 입증책임은 과세관청에 있는 것이고, 과세표준은 수입으로부터 필요경비를 공제한 것이므로 수입 및 필요경비의 입증책임도 원칙적으로 과세관청에 있다 할 것이나, 필요경비는 납세의무자에게 유리한 것일 뿐 아니라 필요경비를 발생시키는 사실관계의 대부분은 납세의무자가 지배하는 영역 안에 있는 것이어서 과세관청으로서는 그 입증이 곤란한 경우가 있으므로, 그 입증의 곤란이나 당사자 사이의 형평 등을 고려하여 납세의무자로 하여금 입증케 하는 것이 합리적인 경우에는 납세의무자에게 입증의 필요성을 인정하는 것이 공평의 관념에 부합한다(대법원 2007. 10. 26. 선고 2006두16137 판결 등 참조).

나) 판단

(1) 위와 같은 법리에 비추어 이 사건에서 보건대, 갑 제19호증, 을 제3호증 내지 을 제5호증(각 가지번호 있는 것은 가지번호 포함)의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하여 보면, BBB은 2002. 12. 4. ○○광역시 ○○구청장으로부터 이 사건 건물에 대한 건축허가를 받았고, 원고는 2002. 12. 26. 건축주를 BBB에서 원고로 변경하는 건축관계자변경신고를 하였으며, 2002. 12. 31. 건물신축공사를 착공하여 2003. 11. 21. 이 사건 건물에 대한 사용승인을 받은 사실, 이 사건 건물의 집합건축물 대장상에는 건축주로 원고, 설계자 및 감리자로 EEE 건축사사무소FF, 공사시공자로 ○○○○건설 주식회사가 기재되어 있는 사실, 원고는 2002. 12. 17. ○○○○건설 주식회사(이하 '○○○○건설'이라 한다)와 사이에 도급금액을 ○○○○○○원으로 하는 민간건설공사 표준도급계약(다만 설비, 전기, 창호공사 및 주차시설, 내부 인테리어공사는 제외하였음)을 체결하였고, 2002. 10. 29. FF건축사무소와 사이에 계약금액을 ○○○○원으로 하는 건축물의 설계계약과 계약금액을 ○○○○원으로 하는 건축물의 공사감리계약을 각 체결한 사실, 그 후 원고는 이 사건 건물을 취득하기 위하여 2003. 4. 17.'○○건설'이라는 상호로 건물신축판매업 사업자등록(일반과세자)을 하였고, 2003. 12. 31.까지 ○○○○건설, FF건축사사무소, ○○엘리베이터 주식회사, 주식회사 ○○○○산업, ○○○○ ○○○대리점 등으로부터 공급가액 합계 ○○○○원의 세금계산서를 수취하였으며, 원고가 ○○○○건설로부터 수취한 세금계산서 합계액은 위 도급계약상 도급금액과 유사한 ○○○○원인 사실, 원고의 누나 CCC은 현재까지 건설업을 포함하여 사업자등록을 한 사실이 없고, 2002년부터 현재까지 신고된 소득 내용이 없으며, 원고 역시 이 사건 토지를 매입한 2002년 전까지 소득을 신고한 바가 없는 사실, 피고는 위와 같은 자료 및 사실관계를 바탕으로, 세금계산서 발행금액을 고려하여 이 사건 건물의 실지취득가액을 ○○○○원으로 산정한 사실이 인정되는바, 위 인정사실에 비추어 볼 때, 원고가 ○○○○건설의 면허를 빌리기 위해 ○○○○건설과 사이에 형식적으로 도급계약서를 작성하였을 뿐이고 실제로는 이 사건 건물을 원고가 직영으로 준공하였다는 원고의 주장은 믿기 어렵고, 달리 이를 인정할 증거가 없으며, 피고는 적법한 실지조사의 방법에 의하여 이 사건 건물의 실지취득가액을 결정하였다고 봄이 상당하다.

(2) 한편 원고는 세금계산서에 의해 인정되는 금액을 초과하여 별지 1 공사원가명세서상 금액을 이 사건 토지와 건물의 취득가액으로 인정하여야 한다고 주장하나, 장부가액도 증빙서류 등에 의하여 그 기재가 실지와 부합하는 것이 확인되는 경우에 한하여 실지거래가액으로 인정하는 것이 원칙인데, 원고는 이에 대한 증빙을 제출한 바가 없고, 원고와 ○○○○건설과의 민간건설공사 표준도급계약서상 금액은 ○○○○원에 불구하고 사건 공사원가명세서상에는 외주비가 ○○○○원으로 계상되어 있고, 이 사건 토지의 매매계약서상 계약금액은 ○○○○○○원(이와 관련된 제세금은 공사원가명세서상 세금과 공과금계정으로 별도로 기재되어 있다)에 불과함에도 당기용지매입액이 ○○○○원으로 계상되어 있는 등 위 공사원가명세서상 기재금액을 그대로 믿기 어렵고, 이 법원의 ○○회계사사무소 ○○○세무사에 대한 사실조회 결과만으로는 위 장부가액이 이 사건 토지와 건물의 실지취득가액이라고 인정하기에는 부족하고, 달리 이를 인정할 증거가 없다.

(3) 또한 원고는 별지 2 기재금액이 이 사건 건물에 대한 자본적 지출액이라고 주장하나, 원고가 제출한 증거만으로는 원고가 제시하는 영수증상의 금액들이 실제 지급된 것인지 불분명할 뿐만 아니라 실제 지급되었다고 하더라도 이 사건 건물의 공사 내지 이 사건 건물의 내용연수를 연장시키거나 가치를 현실적으로 증가시키기 위하여 지급된 것인지도 불분명하다. 따라서 원고의 이 부분 주장 역시 이유 없다.

5) 정당한 세액의 계산

피고는 이 사건 처분 당시 이 사건 토지에 대한 실지거래가액을 확인할 수 없음을 이유로 환산가액을 기준으로 취득가액을 인정하였으나 앞에서 본 바와 같이 이 사건 토지의 실지거래가액은 ○○○○원임을 인정할 수 있으므로 이를 이 사건 토지의 취득가액으로 하고, 여기에 이 사건 건물의 취득가액 ○○○○원을 반영하여 원고가 납부하여야 할 양도소득세를 다시 산정하면, 정당한 세액은 별지 3 양도소득세액 계산 기재와 같이 ○○○○원(단, 10원 미만 버림)이라고 할 것인데, 이는 피고가 원고에게 경정・고지한 ○○○○원보다 많으므로 결국 원고의 주장은 이유 없다.

3. 결 론

그렇다면 원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

심급 사건

참조조문

참조판례