2. 항소비용은 원고가 부담한다.

다음 사실은 당사자 사이에 다툼이 없거나 갑제1호증의 1 내지 4, 갑제11호증의 6, 갑제13호증의 1 내지 3, 갑제17호증의 1, 2, 갑제18호증의 1 내지 3, 을제l호증의 1. 2. 3, 을제2호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하여 인정할 수 있다.

가. 원고는 AA해운 주식회사(이하 'AA해운'이라고 한다)에게 ① 2003. 2. 18. AA해운 주식 35,887주를 6억 원에 양도하고(이하 '이 사건 제1주식양도'라고 한다), 같은 해 4. 30. 양도소득세 21,476,700원을 예정신고ㆍ납부하였으며, ② 2005. 8. 12. 김BB에게 명의신탁한 AA해운 주식 18,642주를 포함한 원고의 AA해운 주식 47,849주를 2,952,187,602원에 양도하고(이하 '이 사건 제2주식양도'라고 한다), 같은 해 10. 31. 양도소득세 210,505,980원을 예정신고ㆍ납부하였다.

나. 한편, AA해운은 원고로부터 자기주식을 취득한 후 그 주식을 전부 소각하는 방법으로 각 양수금액 상당의 자본감소절차를 이행하였다.

다. 부산지방국세청은 피고에 대한 정기 업무감사에서 AA해운이 자기주식을 취득하여 곧 소각한 것을 밝혀내고 이 사건 각 주식양도가 양도거래가 아닌 AA해운의 자본의 환급이라고 보아 소득세법 제17조 제1항 제3호에 따른 의제배당소득 금액을 산정하여 피고에게 과세자료 통보를 하였다.

라. 이에 피고는 2008. 2. 5. 원고에 대하여 이 사건 각 주식양도의 양도차익이 소득세법 제17조 제1항 제3호에 정한 의제배당소득에 해당한다는 이유로 2003년 귀속 종합소득세 64,113,540원을, 2005년 귀속 종합소득세 364,064,690원을, 김BB에 대하여 위와 같은 이유로 2005년 귀속 종합소득세 234,659,480원을 각 결정ㆍ고지하였다가, 김BB의 주식이 원고가 명의신탁한 것임을 확인한 후 2008. 5. 20. 원고에 대하여 2005년 귀속 종합소득세와 관련하여 김BB가 납부한 234,659,480원을 원고의 종합소득세 납부액으로 인정하여 이를 공제한 나머지 24,193,290원을 종합소득세로 경정결정하여 고지하였다(피고는 원고가 예정신고ㆍ납부한 양도소득세를 환급 결정하였다. 이하 원고에 대한 위 각 부과처분을 '이 사건 각 부과처분'이라고 한다).

2. 이사건각부과처분의적법여부

가. 원고의주장

원고는 박CC와 사이에 이 사건 각 주식양도계약을 체결하였는데, AA해운이 자기주식소각에 의한 자본감소절차를 밟는 것을 알지 못한 채 박CC의 요청에 따라 이 사건 각 주식양도계약의 양수인을 AA해운으로 변경해 주었을 뿐이다. 따라서 이 사건 각 주식양도는 원고와 박CC 사이의 개인적인 주식매매이므로 그 양도차익에 대하여 양도소득세를 부과하여야 함에도 이를 배당소득으로 보아 한 이 사건 각 부과처분은 위법하다.

나. 관계법령

별지 기재와 같다.

다. 인정사실

다음 사실은 당사자 사이에 다툼이 없거나 갑제3, 8, 9, 14, 15호증, 갑제16호증의 1, 2, 갑제27, 28, 29, 33, 34, 38, 39, 43, 44, 45호증, 을제2 내지 14호증, 을 제15, 16호증의 각 1, 2, 을제17호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하여 인정할 수 있다.

(1) 원고와 박CC는 1988. 5. 12. 다른 투자자 3명과 함께 AA해운을 설립하였는데, 원고와 박CC를 제외한 나머지 투자자들은 1995년 내지 1996년 투자금을 회수하여 AA해운을 떠났다. 박CC는 AA해운의 대표이사로, 원고는 상무이사 겸 부산지점 장으로 근무하였다. 그 뒤 원고는 박CC와 아래에서 보는 것과 같은 분쟁 끝에 2001. 10. 16. 부산지점장에서 해임되고, 2001. 11. 9. 이사직에서 해임되었으며, 2002. 4. 25.부터는 법록해운 주식회사를 설립하여 운영하고 있다.

(2) 원고는 2000년 11월경 다른 회사에 대한 검찰의 조사과정에서 박CC가 비자금 을 조성한 사실을 알게 되자 박CC에게 AA해운의 경영합리화와 지분의 정리를 요구 하였고, 박CC가 이에 응하지 않자 2001. 10. 13. 박CC를 횡령 및 배임으로 검찰에 고소하였다.

(3) 이에 수사기관의 조사를 받게 된 박CC가 원고에게 합의를 요청하여 원고와 박 CC는 2001. 12. 11. 원고가 위 고소를 취하하고, 박CC가 작성한 자산평가서에 따른 AA해운 자산 34억 원의 50%인 17억 원에 원고가 AA해운의 발전에 기여한 공로를 고려한 위로금 3억 원을 추가한 합의금 20억 원을 박CC가 원고에게 지급하기로 하는 합의를 하였는데, 그 주요 내용은 아래와 같다(이하 '이 사건 합의'라고 한다).

① 원고는 합의서가 작성되는 즉시 고소를 취하하기로 한다(제1항).

② 본 사건의 종결시점에 원고가 보관하고 있는 박CC 및 AA해운에 관한 모든 자료를 즉시 박CC에게 인도하고, 이후 어떠한 일이 있어도 박CC 및 AA해운의 업무에 직ㆍ간접적으로 관여하지 않기로 한다(제6항).

③ 이 합의서 작성 이후 원고는 박CC 및 AA해운에 대하여 본 합의서 및 합의서에 첨부된 '주식양도일정표'에 따른 권리의무를 제외하고 어떠한 권리도 주장하지 않을 것과 어떠한 문제도 제기하지 않을 것을 확약한다(제8항).

④ 박CC는 원고에게 합의서 공증시 3억 원, 2002. 5. 14. 3억 원, 2002. 8. 14. 2억 원, 2002. 10. 14. 2억 원, 2002. 12. 14. 2억 원, 2003년 말일 2억 원, 2004년 말일 2억 원, 2005년 말일 2억 원, 2006년 말일 2억 원 합계 20억 원을 지급하고, 이로써 원고의 주식은 물론 원고가 그동안 기여한 내용까지 포함하여 일괄 처리되었음을 확인한다(제10항).

⑤ 박CC가 제10항과 같이 원고에게 합의금을 지급하는 즉시 원고는 박CC가 지정하는 자에게 원고 소유의 AA해운 주식(원고 명의의 주식 100,982주, 김BB에게 명의신탁한 주식 18,642주 합계 119,624주)을 순차적으로 양도하기로 한다. 이때 양도가액은 주당 1만 원으로 하고, 양도할 주식 수는 합의금 20억 원을 지급받는 비율로 산정하기로 한다(제11항).

(4) 원고는 이 사건 합의에 따라 박CC로부터 1, 2차 합의금 합계 6억 원을 지급받고 박CC에게 2회에 걸쳐 AA해운 주식 17,944주를 각 양도하였다. 그런데 3 내지 5 차 합의금 합계 6억 원과 그에 상응하는 주식의 양도는 위 합의내용에 따라 순차적으로 이루어지지 아니하고, 2003. 1. 15. 박CC가 원고에게 3회분 합의금 6억 원을 지급하고 원고가 박CC에게 3회분 양도주식 35,887주를 양도하는 것으로 주식양도계약서를 작성하였다가 박CC의 요청에 의해 2003. 2. 18. 원고와 AA해운 사이에 원고가 AA해운에게 AA해운 주식 35,887주를 6억 원에 매도하기로 하는 계약서(이 사건 제1주식양도임)를 작성하고, AA해운이 같은 날 원고에게 주식양수대금 6억 원을 지급하였다.

(5) 그런데 원고는 2003년 말경 박CC가 원고 모르게 조성한 비자금이 수백억 원에 이르는 사실을 알게 되어 2003년 12월경 서울지방국세청에 AA해운의 비자금 조성에 따른 조세포탈 등에 대한 고발장과 AA해운 비자금 자료를 제출하였고, 2003. 12. 17. 서울지방검찰청에 박CC를 고소하였다.

(6) 다시 수사기관의 조사를 받게 된 박CC는 원고에게 적극적으로 합의를 요청하여 2004. 4. 29. 원고와 사이에, 박CC가 원고에게 원고의 형사고소 취하에 대한 합의 금, 위자료 및 원고의 나머지 AA해운 주식의 양도대가 등의 명목으로 120억 원을 지급하고, 원고는 형사고소 및 국세청에 대한 고발을 모두 취소하는 등의 내용으로 합의서를 작성하였다.

(7) 그런데 박CC는 자신에 대한 형사고소사건 및 국세청 고발사건이 마무리되자 2004. 7. 28. 원고를 서울중앙지방검찰청에 공갈죄로 고소하고, 위 (6)항의 합의에 따라 박CC와 AA해운이 공동으로 발행하여 원고에게 교부한 약속어음 공정증서에 대한 청구이의의 소(서울중앙지방법원 2004가합66204)를 제기하였다.

(8) 그 후 위 청구이의 사건의 소송절차에서 2005. 4. 11. ① 박CC와 AA해운이 연대하여 원고에게 31억 원을 분할하여 지급(2005. 6. 30.까지 16억 원, 2005. 12. 31.까지 3억 5,000만 원, 2006. 6. 30.까지 3억 5,000만 원, 2006. 12. 31.까지 8억 원)하고, ② 원고는 박CC와 AA해운으로부터 2005. 6. 30.까지 16억 원을 지급받음과 동시에 원고가 소유하고 있는 AA해운의 주식 전부(김BB에게 명의신탁한 주식 포함)를 박CC 또는 박CC가 지정하는 자에게 양도하며, ③ 조정의 성립으로 원고와 박CC, AA해운 사이의 모든 분쟁을 완전히 종결하고 이후 상대방에 대하여 일체의 민ㆍ형사상 조치를 취하거나 이의를 제기하지 않기로 하는 내용으로 조정(이하 '이 사건 조정'이라고 한다)이 성립되었다.

(9) 이 사건 조정에 따라 원고, 김BB와 AA해운은 2005. 8. 12. 원고 명의의 AA 해운 주식 29,207주와 김BB 명의의 AA해운 주식 18,642주 합계 47,849주를 2,952,196,700원에 AA해운에게 양도하되, 원고가 이 사건 조정에 따른 1차 지급금인 16억 원을 수령함과 동시에 주권을 모두 AA해운에게 이전하여 주기로 하는 내용의 계약서(이 사건 제2주식양도임)를 작성하였다. AA해운은 위 매매계약 당일에 원고에 게 16억 원을 지급하고, 이 사건 조정에서 정한 일정에 따라 나머지 대금도 모두 지급 하였다.

(10) 한편, AA해운은 이 사건 제1주식양도 직전인 2003. 1. 27. 자기주식 취득 및 자본감소를 안건으로 하여 임시주주총회를 개최하였는데, 여기서 원고의 AA해운 주식 35,887주를 주당 16,719원에 매수하고, 매수한 자기주식을 소각하여 AA해운의 자본을 감소하기로 하는 결의가 이루어졌고, AA해운은 2003. 2. 12. 위와 같은 결의 내용을 밝히면서 자본감소에 이의가 있는 채권자는 이의할 것을 매일경제신문에 공고하였다. 또한 AA해운은 이 사건 제2주식양도 직전인 2005. 8. 9. 자기주식 취득 및 자본감소를 안건으로 하여 임시주주총회를 개최하였는데, 여기서 이 사건 조정에 따라 원고의 AA해운 주식 47,849주를 주당 61,698원에 매수하고, 매수한 자기주식을 소각하여 AA해운의 자본을 감소하기로 하는 결의가 이루어졌고, AA해운은 2005. 11. 29. 위와 같은 결의 내용을 밝히면서 자본감소에 이의가 있는 채권자는 이의할 것을 매일경제신문에 공고하였다.

(11) AA해운은 2003. 3. 13. 위 2003. 1. 27. 주주총회 결의에 따라 발행주식의 총 수를 362,500주에서 326,613주로, 자본의 총액을 3,625,000,000원에서 3,266,130,000원으로(감소금액 358,870,000원은 AA 해운이 원고로부터 매수하여 소각한 35,887주의 액면금 합계액이다) 각 변경하고, 2003. 3. 22. 이러한 내용의 변경등기를 하고, 2005. 12. 30. 위 2005. 8. 9. 주주총회결의에 따라 발행주식의 총수를 280,087주에서 232,238주로, 자본의 총액을 2,800,870,000원에서 2,322,380,000원으로(감소금액 478,490,000원은 AA해운이 원고로부터 매수하여 소각한 47,849주의 액면금 합계액이다) 각 변경하고, 같은 날 변경등기를 하였다.

(12) 이 사건 제1주식양도 이후 2003. 12. 31. 현재 대차대조표상 AA해운의 자본금 은 2002. 12. 31.의 3,625,000,000원에서 3,266,130,000원으로 감소하였고, 241,130,000원(매매대금 6억 원에서 자본감소액 358,870,000원을 뺀 금액이다)의 감자차손이 발생한 것으로 나타났다. 이 사건 제2주식양도 이후 2005. 12. 31. 현재 대차대조표상 AA해운의 자본금은 2004. 12. 31.의 2,800,870,000원에서 2,322,380,000원으로 감소하였고, 2,473,706,700원(매매대금 2,952,196,700원에서 자본감소액 478,490,000원을 뺀 금액이다)의 감자차손이 발생한 것으로 나타났다.

라. 판단

(1) 소득세법 제17조 제1항에 규정된 의제배당은 기업경영의 성과인 잉여금 중 사외 에 유출되지 않고 법정적립금, 이익준비금 기타 임의적립금 등의 형식으로 사내에 유보된 이익이 위 법조 각 호 소정의 사유로 주주나 출자자에게 환원되어 귀속되는 경우에 이러한 이익은 실질적으로 현금배당과 유사한 경제적 이익이므로 과세형평의 원칙에 비추어 이를 배당으로 의제하여 과세한다는 것이고, 주식의 매도가 자산거래인 주식의 양도에 해당하는가 또는 자본거래인 주식의 소각 내지 자본의 환급에 해당하는가는 법률행위 해석의 문제로서 그 거래의 내용과 당사자의 의사를 기초로 하여 판단하여야 할 것이지만, 실질과세의 원칙상 단순히 당해 계약서의 내용이나 형식에만 의존할 것이 아니라, 당사자의 의사와 계약체결의 경위, 대금의 결정방법, 거래의 경과 등 거래의 전체과정을 실질적으로 파악하여 판단하여야 한다(대법원 2002. 12. 26. 선고2001두6227 판결 등 참조).

(2) 이 사건에 관하여 살피건대, 위 인정사실에 의하면 ① 이 사건 합의는 원고가 보유하고 있던 AA해운의 주식을 박CC가 지정하는 자에게 양도하는 대가로 원고가 보유한 AA해운의 주식과 그동안 원고가 AA해운에 기여한 내용을 포함하여 평가해 합의금을 20억 원으로 정한 것으로 원고와 박CC 사이의 단순한 주식거래로 보기 어려운 점,

② 원고가 AA해운의 비자금이 수백억 원에 이르는 사실을 알게 되어 박CC를 고소한 결과 원고의 나머지 주식양도의 대가 명목으로 120억 원으로 합의하였고, 그 후 박CC와 AA해운이 공동으로 발행하여 원고에게 교부하여 준 약속어음 공정증서에 대한 청구인의 사건의 소송절차에서 박CC가 원고를 공갈죄로 고소한 사건에 대하여도 합의를 하면서 원고의 나머지 주식양도의 대가를 31억 원으로 확정하였으므로, 이 사건 조정에서 정하여진 금액도 이 사건 제2주식양도의 대가로만 보기 어려운 점, ③ AA해운의 주식 1주의 액면가액은 10,000원인데, 이 사건 제1주식양도 당시 1주의 가격을 16,719원으로 평가했고, 이 사건 제2주식양도 당시 1주의 가격을 61,698원으로 평가했는데, 이는 AA해운의 실제 주식가치가 아니라 박CC가 작성한 AA해운의 자산평가서 또는 원고가 보유하고 있다고 믿은 AA해운 비자금 액수를 기초로 이 사건 각 주식양도의 대금을 산정한 점, ④ AA해운이 주주 중 1인인 원고가 소유하고 있는 주식을 박CC와 원고(이 사건 제1주식양도) 또는 박CC, AA해운과 원고(이 사건 제2주식양도)가 합의하여 정한 금액으로 지급하고 유상취득하여 그 주식 전부를 소각하는 방법으로 자본을 감소함으로써 특정주주의 출자자본금을 AA해운의 자금으로 환급하여 주고, 그 환급자금을 AA해운의 자본감소로 충당처리한 점, ⑤ 원고가 이 사건 각 주식거래로 인한 대금을 AA해운으로부터 직접 지급받은 점, ⑥ 원고와 박CC 사이의 2004. 7. 29.자 합의에 따라 작성된 약속어음 공정증서에 선성해운이 박CC와 함께 공동발행인으로 되어 있고, 이 사건 조정에서 AA해운이 박CC와 연대하여 원고에게 31억 원을 지급하는 것으로 합의된 것은 이 사건 각 주식양도가 원고의 AA해운에 대한 출자지분을 정리하기 위한 이유인 것으로 보이는 점 등을 알 수 있다.

위와 같은 사정들을 종합하면 이 사건 각 주식양도는 원고와 박CC 사이의 일반적인 주식양도가 아니라 AA해운의 실질주주인 원고와 박CC가 AA해운의 운영을 둘러싼 분쟁을 해결하고 AA해운에 대한 원고의 출자지분을 정리하기 위하여 이루어 진 것으로서, AA해운이 비자금의 형태로 가지고 있던 자산 중 원고가 파악한 금액을 기초로 원고와 박CC가 협의하여 주식매매대금을 정하여 원고가 보유하던 주식을 AA해운에 매도하고, AA해운은 그 매매대금을 법인의 자본감소로 충당 처리한 것으로 보이고, 위와 같은 과정 전체를 실질적으로 고찰하면 이 사건 각 주식양도는 AA해운의 주식소각방법에 의한 자본감소절차의 일환으로 이루어진 것으로서 주식의 유상소각에 의한 자본의 환급에 해당한다고 봄이 상당하다.

(3) 따라서 이 사건 각 주식양도의 매매대금과 원고가 이 사건 각 주식을 취득하기 위하여 소요된 금액과의 차액은 소득세법 제17조 제1항 제3호 소정의 의제배당소득이 된다고 할 것이므로, 원고의 주장은 이유 없다.

3. 결론

그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 이유 없어 이를 기각할 것인바, 제l심 판결은 이와 결론을 같이하여 정당하므로 원고의 항소를 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.