2. 원고의 나머지 청구를 기각한다.

3. 소송비용 중 4/5는 원고가, 나머지는 피고가 각 부담한다.

청 구 취 지

"주문 제1항 및 피고가 원고에게 2011. 12. 15. 한 별지 2 부과내역의부과세액' 란 기재 각 금액의 법인세 및 부가가치세 부과처분 중원고주장 정당세액' 란 기재 각 해당금액을 초과하는 부분 및 2011. 11. 11. 한 별지 3 소득금액변동통지내역 기재 각 소득금액변동통지를 모두 취소한다.",이유

1. 처분의 경위

가. 원고는 철도신호설비 제작 및 전기공사업 등을 영위하는 회사로서, ① 2008년 하

반기에 거래처인 주식회사 0000에 공급대가 합계 1,706,712,202원의 매출세금계산서를 발행・교부하고, 주식회사 00전방, 000브텍, 00스템(이하 위 3개 회사를 '00전방 등'이라 한다)으로부터 공급대가 합계 2,037,922,202원의 매입세금계산서를 수령하였으며, ② 2009년 하반기에 00전방으로부터 공급대가 합계 300,000,000원의 매입세금계산서를 수령하였는데, 그 구체적인 내역은 아래 표 기재와 같다.

나. 중부지방국세청은 2011. 7. 21.부터 2011. 10. 22.까지 원고에 대하여 법인세 통합조사(과세대상기간 : 2006. 1. 1. ~ 2010. 12. 31.)를 실시하였는데, 그 결과 원고가 주식회사 00씨앤에스 및 00전방 등과 사이에 주고받은 위 각 세금계산서(이하 '이 사건 각 세금계산서'라 한다) 등이 실물 거래 없이 수수된 가공의 세금계산서로서 위 각세금계산서의 수수 과정에서 원고의 자금이 사외로 유출되었고, 원고가 00종합건설주식회사로부터 공사대금의 대물변제조로 인도받은 부동산을 정당한 이유 없이 원고본인이 아닌 원고 대표자의 처 000 명의로 등기함으로써 원고의 소득에 대한 조세의 부담을 부당히 감소시켰으며, 원고가 소속 직원의 급여를 실제보다 더 많이 지급한것처럼 회계장부에 기록함으로써 그 비용을 과다 계상하였다고 보아 피고에게 해당 조사결과를 통보하였다.

다. 피고는 이에 따라 이 사건 각 세금계산서의 해당 매입세액 공제를 부인하고 가공

매입금액 중 동일 과세기간의 가공매출금액을 초과하여 사외 유출된 것으로 판단한 부

분을 익금산입하고 00순 명의로 등기된 부동산의 시가 상당액을 부당행위계산 부인

으로 익금산입하는 등으로 원고에 대한 누락 과세금액을 산정하여, 원고에게 2011. 11.11. 위 각 세금계산서 수수 과정에서 사외 유출된 것으로 인정되어 익금산입된 금액합계 1,157,572,000원을 원고의 대표이사 000에 대한 인정상여로 소득처분하는 내용의 소득금액변동통지를 하고, 2011. 12. 15. 부가가치세 283,361,760원 및 법인세629,555,920원을 경정・고지하였다.

라. 원고는 피고의 위 각 과세처분에 불복하여 2012. 2. 7. 조세심판원에 심판청구를

하였는데, 조세심판원은 2012. 12. 12. 원고와 00전방 사이의 실물 거래 여부 및 원

고의 직원들에 대한 급여 지급 여부 등을 재조사하여 그 결과에 따라 과세표준, 세액

및 소득금액변동통지 대상금액을 경정하라는 내용의 결정을 하였다.

마. 중부지방국세청은 위 재조사 결정에 따라 2012. 12. 28.부터 2013. 1. 25.까지 원

고에 대한 재조사를 실시한 다음 당초의 과세금액 중 일부를 감경하여 2013. 1. 28. 원고에 대하여 해당 세무조사결과를 통지하였고, 피고는 위 조사결과에 따라 원고에 대한 부과세액 및 소득금액변동통지 대상금액을 감액 경정하였는데, 이와 같이 최종적으로 감액 경정된 과세처분(이하 '이 사건 과세처분'이라 한다)의 구체적인 내역은 별지2 부과내역 및 별지 3 소득금액변동통지내역의 각 기재와 같다.

바. 한편, 피고는 이 사건 과세처분 이후 원고가 대표이사 00석의 위 소득금액변동

에 기한 원천징수분 근로소득세를 납부하지 아니하자, 원고에 대한 체납처분으로 별지

1 강제징수내역 기재와 같이 2013. 2. 19. 원고에 대한 2012년 제2기분 부가가치세 환급금 71,833,830원을 위 원천징수분 근로소득세에 충당하고 2013. 3. 29. 원고의 한국철도시설공단에 대한 매출채권 중 187,922,000원을 압류 및 추심하여 위 원천징수분근로소득세에 충당함으로써 총 259,755,830원(= 71,833,830원 + 187,922,000원)을 강제징수하였다(이하 '이 사건 징수처분'이라 하고, 이 사건 징수처분의 근거가 된 피고의원고에 대한 위 원천징수분 근로소득세의 조세채권을 '이 사건 원천징수대상채권'이라한다).

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 4, 17, 18호증, 을 제2, 5, 6호증(가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 각 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

1) 이 사건 각 세금계산서 중 원고가 00전방으로부터 2008. 10. 1.(공급대가

110,000,000원), 2009. 7. 31.(공급대가 150,000,000원), 2009. 8. 31.(공급대가

150,000,000원) 각 수령한 매입세금계산서의 각 공급대가 및 2008. 12. 30. 수령한 매입세금계산서(공급대가 110,000,000원) 중 공급대가 55,000,000원에 해당하는 부분은원고가 0000공사로부터 고속철도 2중화 구축공사를 도급받아 이를 시행하는 과정에서 00전방으로부터 위 공사에 필요한 용역 등을 공급받고 그 대가로서 00전방에실제로 지급한 금액이므로 이를 가공거래로 볼 수 없다. 따라서 이 사건 과세처분 중위 각 공급대가 합계 465,000,000원(= 110,000,000원 + 150,000,000원 + 150,000,000원 + 55,000,000원)에 해당하는 부분은 취소되어야 한다.

2) 피고는 이 사건 각 세금계산서 중 원고가 2008년 하반기에 00전방 등으로부터

수령한 매입세금계산서상의 각 가공매입대가 합계 1,872,922,202원(= 전체 매입대가

2,037,922,202원 - 원고가 같은 기간 중 대우전방으로부터 실제로 공급받았다고 주장

하는 용역 등에 대한 매입대가 165,000,000원)과 원고가 2008년 하반기에 주식회사 0000에스에 발행・교부한 매출세금계산서상의 가공매출대가 1,706,712,202원의 차액인166,210,000원(= 1,872,922,202원 - 1,706,712,202원)이 귀속 불분명 상태에서 사외 유출된 것으로 보고 이를 원고의 대표이사 000에 대한 인정상여로 소득처분하였으나,원고는 주식회사 000에스 및 00전방 등과 사이에 위 각 세금계산서에 기재된공급대가를 실제로 주고받았고 이 과정에서 위 차액만큼의 손실을 보게 된 것이므로,위 차액 166,210,000원이 귀속 불분명 상태에서 사외 유출되었다고 볼 수 없다. 따라서 이 사건 과세처분 중 위 차액 166,210,000원에 대한 소득금액변동통지 부분은 취소되어야 한다.

3) 원고는 2006년부터 2010년까지 원고의 상무로 근무한 000의 급여로 총

151,590,000원을 지출하였으므로, 원고에 대한 법인세 과세표준 산정에 있어 위 지출

액이 추가로 손금산입되어야 한다.

4) 원고는 2011. 11. 23. 법원에 회생절차개시신청을 하여 2011. 12. 5. 회생절차개시

결정을, 2012. 4. 18. 회생계획인가결정을 각 받았는데, 피고는 위 회생절차에서 회생채권 신고기간 내에 이 사건 원천징수대상채권을 회생채권으로 신고하지 아니하여 위 채권이 실권・면책되었음에도 이후 위와 같이 실권・면책된 조세채권에 기하여 원고에 대한 체납처분인 이 사건 징수처분을 하였다. 따라서 이 사건 징수처분은 그 하자가 중대・명백하여 당연 무효이다.

나. 관계법령

별지 관계법령 기재와 같다.

다. 판단

1) 첫 번째 주장에 관하여

살피건대, 을 제3, 5, 6호증(가지번호 포함)의 각 기재, 갑 제3, 4, 8 내지 12호증의

각 일부 기재 및 변론 전체의 취지에 의하여 인정되는 다음의 각 사정, 즉 ① 원고의

대표이사 000은 허위 세금계산서 수취로 인한 조세범처벌법위반죄 등으로 기소되어

2012. 9. 14. 제1심(수원지방법원 2012고단1741)에서 징역 1년 및 집행유예 2년의 유

죄판결을 선고받았고, 위 판결은 2012. 12. 26. 확정되었는데, 위 확정판결의 범죄사실에는 이 사건 각 세금계산서 중 일부의 수수와 관련하여 "000이 2008. 10. 1.경 00전방과 00고덕 고속전철선로 선로변 정보처리 모듈 전기공사와 관련하여

150,000,000원의 합의각서를 체결하였음에도, 대우전방과 부가가치세법에 의한 세금계산서를 허위기재하여 교부받기로 통정하여 0000방으로부터 2008. 10. 1.경 공급가액1억 원, 2008. 11. 28.경 공급가액 3억 원, 2008. 11. 30.경('2008. 12. 30.경'의 오기로보인다) 공급가액 1억 원 상당의 용역을 제공받은 것처럼 거짓으로 기재한 세금계산서3장(이하 '2008년도 각 매입세금계산서'라 한다)을 교부받았다."는 내용이 포함되어 있는 점, ② 000전방의 대표자 000은 이 사건과 관련하여 과세관청으로부터 조사를받으면서 원고 측에게 2008년도 각 매입세금계산서와 2009. 7. 31.자 및 2009. 8. 31.자 각 매입세금계산서(공급대가 각 150,000,000원)를 발행・교부하게 된 경위에 관하여,"원고와 사이에 고속철도 2중화 구축공사 등에 관한 계약서를 작성한 사실은 있으나실제로 위 공사는 원고가 모두 수행하였고, 00전방의 명의로 발행된 위 각 매입세금계산서에 기재된 공급가액 부분은 원고와의 거래에서 실제로 발생한 금액이 아니라 원고가 필요한 금액만큼 임의로 기재한 것이다. 원고의 원활한 공사 진행을 위하여 원고에게 00전방 명의의 예금통장, 인감도장 등을 넘겨주었고, 00전방 명의의 위 예금계좌로 공사대금이 일부 송금된 사실은 알고 있으나 그 출금 및 사용 내역에 대하여는전혀 알지 못한다."는 취지로 진술하였고, 달리 위 진술의 신빙성을 의심할 만한 정황을 찾을 수 없는 점 등을 종합하면, 원고가00으로부터 수령한 위 각 매입세금계산서는 실물 거래 없이 수수된 가공의 세금계산서라고 봄이 상당하므로, 피고가 이사건 과세처분을 하면서 위 각 매입세금계산서의 해당 매입세액 공제를 부인하고 위각 매입세금계산서에 기재된 가공매입금액을 원고에 대한 익금산입 및 원고의 대표자000에 대한 소득처분 대상에 포함시킨 것은 정당하다. 따라서 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

2) 두 번째 주장에 관하여

법인이 매출사실이 있음에도 그 매출액을 장부에 기재하지 아니하거나 가공의 비용

을 장부에 계상한 경우 특별한 사정이 없는 한 그 매출누락액 또는 가공비용 상당의

수익은 사외로 유출된 것으로 보아야 하고(대법원 1999. 12. 24. 선고 98두16347 판결등 참조), 사외유출된 법인의 수입금은 그 귀속이 분명치 않은 한 대표자에 대한 상여로 소득처분할 수밖에 없으며, 그 경우 매출누락액 또는 가공비용 상당의 수익이 사외로 유출된 것이 아니라거나 그 귀속이 분명하다고 볼 특별사정은 이를 주장하는 납세의무자에게 있다(대법원 2002. 12. 6. 선고 2001두2560 판결 등 참조).

위 법리에 기초하여 이 사건에 관하여 보건대, 원고가 2008년 하반기에 거래처인

주식회사 000앤에스에 공급대가 합계 1,706,712,202원의 매출세금계산서를 발행・교

부하고, 00전방 등으로부터 공급대가 합계 2,037,922,202원의 매입세금계산서를 수령한 사실, 그 중 원고가 00전방으로부터 수령한 공급대가 합계 550,000,000원의 2008년도 각 매입세금계산서는 실물 거래 없이 수수된 가공의 세금계산서인 사실은 앞서본 바와 같고, 나아가 갑 제 3, 4, 12호증, 을 제3 내지 6호증(가지번호 포함)의 각 기재 및 변론 전체의 취지를 종합하여 알 수 있는 다음의 각 사정, 즉 ① 원고는 2008년경 부산지하철 스크린도어 설치공사와 관련하여 주식회사 000에스와 함께 운영사업자 공모절차에 참여하여 해당 공사의 수주를 시도한 적이 있는데, 이 과정에서 영업실적을 부풀릴 목적으로 주식회사 000앤에스 및 대우전방 등과 통모하여 실물 거래없이 위 각 세금계산서를 수수하게 된 점, ② 원고의 대표이사 000은 위 각 세금계산서의 수수와 관련하여 조세범처벌법위반죄로 기소되어 2012. 9. 14. 제1심(수원지방법원 2012고단1741)에서 징역 1년 및 집행유예 2년의 유죄판결을 선고받았고, 위 판결은 2012. 12. 26. 확정된 점 ③ 원고는 위 각 세금계산서를 수수하면서 이를 실제 거래로 위장할 목적으로 주식회사 0000에스와 00전방 등 외에도 주식회사 000넷,000씨앤씨 주식회사 등 여러 업체와 통모하여 위 각 업체를 차례로 경유하여 공급대가로 기재된 금액을 순환시키는 형태의 소위 회전거래 방식을 이용하였고, 이에따른 형식적인 대금 수수 내역을 회계장부에 기재하는 과정에서 위와 같이 가공매입대금과 가공매출대금의 차액이 발생하기에 이르렀으므로, 특별한 사정이 없는 한 위 차액은 사외유출된 것으로 보아야 하는 점, ④ 위 회전거래 과정에서 원고의 자금이 원고에게 매입세금계산서를 교부한 대우전방 등의 예금계좌로 송금되었다 하더라도 이는실제 거래를 가장하기 위한 형식적인 송금에 불과하고 실제로 대우전방 등에게 지급된것이 아니므로, 위와 같이 사외유출된 가공매입대금과 가공매출대금의 차액이 00전방 등에게 귀속되었다고 볼 수는 없는 점 등에 비추어 보면, 갑 제5 내지 8호증의 각기재만으로는 위와 같이 사외 유출된 차액의 귀속이 분명하다고 보기에 부족하고, 달리 이를 인정할 증거가 없다. 따라서 원고의 이 부분 주장도 이유 없다.

3) 세 번째 주장에 관하여

누락수입에 대하여 실지조사결정에 의해 과세처분을 할 때에는 그 누락수입에 대응

하는 별도 비용의 지출이 있었다고 볼 증거가 없는 한 그 수입액 전체가 소득액에 가

산되어야 하고 누락수입에 대응하는 비용도 신고누락되었다는 점에 관하여는 그 별도

의 공제를 구하는 납세의무자가 주장・증명하도록 하는 것이 경험칙과 형평의 원칙에

부합한다(대법원 2011. 4. 28. 선고 2010두28076 판결 등 참조).

이 사건에 관하여 보건대, 원고가 2006년부터 2010년까지 권용복의 급여로 지출하

였다고 주장하는 151,590,000원이 원고의 회계장부에 비용으로 계상되어 있지 아니한

사실은 원고가 자인하고 있으므로, 위 금액이 원고의 손금으로 인정되려면 원고가 000이 원고의 직원으로 근무하였고 000에게 위 급여를 실제로 지급하였다는 사실

을 증명하여야 할 것인바, 갑 제13, 27호증의 각 기재만으로는 원고의 위 주장사실이

증명되었다고 보기에 부족하고, 달리 이를 인정할 증거가 없으므로, 원고의 이 부분 주장 역시 이유 없다.

4) 네 번째 주장에 관하여

가) 채무자 회생 및 파산에 관한 법률(이하 '채무자회생법'이라 한다) 제118조 제1

호는 '채무자에 대하여 회생절차개시 전의 원인으로 생긴 재산상의 청구권'을 회생채권으로 규정하고 있고, 채무자회생법 제131조는 "회생채권에 관하여는 회생절차가 개시된 후에는 특별한 규정이 있는 경우를 제외하고는 회생계획에 규정된 바에 따르지 아니하고는 변제하거나 변제받는 등 이를 소멸하게 하는 행위를 하지 못한다. 다만 관리인이 법원의 허가를 받아 변제하는 경우와 제140조 제2항의 청구권(국세징수법 또는지방세기본법에 의하여 징수할 수 있는 청구권)에 해당하는 경우로서 그 체납처분이나담보물권의 처분 또는 그 속행이 허용되는 경우, 체납처분에 의한 압류를 당한 채무자의 채권에 관하여 그 체납처분의 중지 중에 제3채무자가 징수의 권한을 가진 자에게

임의로 이행하는 경우에는 그러하지 아니하다."라고 규정하고 있는바, 회생절차에 있어채무자회생법 제131조에 규정된 방법 이외의 방법으로 회생채권자가 그 회생채권의 만족을 얻는 행위는 금지되며, 이를 위반할 경우 해당 행위는 무효이다(대법원 1980. 10.14. 선고 80도1597 판결 등 참조).

또한, 채무자회생법 제180조 제1항, 제179조 제1항 제9호에 의하면, 원천징수하는

조세로서 회생절차개시 당시 아직 납부기한이 도래하지 아니한 것은 공익채권에 해당

하고, 이러한 공익채권은 회생절차에 의하지 아니하고 수시로 변제할 수 있으나, 구 법인세법 제67조(2010. 12. 30. 법률 제10423호로 개정되기 전의 것, 이하 같다)의 규정에 의하여 대표자에게 귀속된 것으로 보는 상여에 대한 조세는 원천징수된 것에 한하여 공익채권으로 할 수 있으므로, 구 법인세법 제67조에 의하여 대표자에 대한 상여로소득처분된 조세 중 원천징수되지 않은 것은 공익채권이 아닌 회생채권으로 보아야 한다. 그리고 채무자회생법 제251조에 의하면, 회생계획인가의 결정이 있는 때에는 회생계획이나 위 법의 규정에 의하여 인정된 권리를 제외하고는 채무자는 모든 회생채권과회생담보권에 관하여 그 책임을 면하게 된다.

나) 이 사건에 관하여 보건대, 피고가 이 사건 과세처분 이후 원고가 대표이사 000의 위 소득금액변동에 기한 원천징수분 근로소득세를 납부하지 아니하자, 원고에 대

한 체납처분으로 별지 1 강제징수내역 기재와 같이 2013. 2. 19. 원고에 대한 2012년

제2기분 부가가치세 환급금 71,833,830원을 위 원천징수분 근로소득세에 충당하고

2013. 3. 29. 원고의 한국철도시설공단에 대한 매출채권 중 187,922,000원을 압류 및

추심하여 위 원천징수분 근로소득세에 충당함으로써 총 259,755,830원(= 71,833,830원+ 187,922,000원)을 강제징수하는 이 사건 징수처분을 한 사실은 앞서 본 바와 같고,갑 제14, 16, 19 내지 26호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지에 의하면, 원고는 2011.11. 23. 서울중앙지방법원 2011회합165호로 회생절차개시신청을 하여 위 법원으로부터2011. 12. 5. 회생절차개시결정을, 2012. 4. 18. 회생계획인가결정을 받았고, 위 회생절차(이하 '이 사건 회생절차'라 한다)는 2013. 7. 15. 종결된 사실, 위 법원은 이 사건 회생절차개시결정을 하면서 회생채권의 신고기간을 2011. 12. 23.부터 2012. 1. 3.까지로정하였고, 이후 진행된 이 사건 회생절차에서 2012. 4. 18. 회생계획안 심리를 위한 관계인집회가 이루어졌는데, 피고는 위 신고기간이 지나도록 이 사건 원천징수대상채권에 관한 회생채권 신고를 하지 않다가 위 관계인집회가 끝난 후 약 2달이 지난 2012.6. 24.에서야 비로소 이 사건 원천징수대상채권에 대한 회생채권 추후 보완신고를 하였고, 이에 위 법원은 2012. 8. 21. 피고의 위 신고가 회생계획안 심리를 위한 관계인집회가 끝난 후 제기된 것이어서 부적법하다는 이유로 이를 각하하는 결정을 한 사실을 인정할 수 있다.

위 인정사실을 앞서 본 법리 및 법령의 규정에 비추어 보면, 이 사건 원천징수대

상채권은 회생채무자인 원고에 대하여 회생절차개시 전의 원인으로 생긴 조세채권으로

서 구 법인세법 제67조에 의하여 원고의 대표자 000에 대한 상여로 소득처분된 조

세 중 원천징수되지 않은 것이므로 채무자회생법 소정의 회생채권에 해당함이 명백하

고, 피고가 이 사건 회생절차에서 이 사건 원천징수대상채권에 대한 회생채권 신고기

한을 도과하는 바람에 위 채권에 관하여 적법한 회생채권 신고가 이루어지지 아니한

채 회생계획인가결정이 내려졌으므로 이 사건 원천징수대상채권은 채무자회생법 제251조에 의하여 실권・면책되었다고 할 것이다. 그러므로 피고는 이 사건 회생계획인가결정이 있은 후에는 이 사건 원천징수대상채권에 기하여 원고에 대한 체납처분을 할 수 없다고 보아야 하고, 만일 이를 위반하여 체납처분을 강행하였을 경우 이는 채무자회생법에 위배되는 것으로서 그 하자가 중대・명백하여 당연 무효라고 봄이 상당하다.

따라서 피고가 이 사건 회생계획인가결정이 있은 후인 2013. 2. 19. 및 2013. 3.

29.에 이 사건 원천징수대상채권에 기하여 원고에 대한 체납처분인 이 사건 징수처분

을 한 것은 무효라 할 것이어서, 원고의 이 부분 주장은 이유 있다.

3. 결론

그렇다면 원고의 이 사건 청구는 위 인정범위 내에서 이유 있어 이를 인용하고, 나머

지 청구는 이유 없어 이를 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.