이 부분 사건을 서울고등법원에 환송한다.

나머지는 상고를 기각한다.

1. 구매승인서 관련 부분에 관한 상고이유에 대하여

부가가치세법 제11조 제1항 제1호, 구 부가가치세법 시행령(2002.12.30. 대통령령 제17827호로 개정되기 전의 것) 제24조 제2항 제1홍에 의하면 수출하는 재화의 공급에 대하여는 영세율을 적용하고, 사업자가 재정경제부령이 정하는 내국신용장 또는 구매확인서에 의하여 공급하는 재화의 경우에는 위 수출하는 재화에 포함시켜 영세율을 적용한다고 규정하고 있다.

한편 부가가치세제하에서 영세율의 적용은 이중과세를 방지하기 위하여 수출의 경우에만 원칙적으로 인정되고, 국내의 공급소비에 대하여는 위 수출에 준하는 경우로서 외국환의 관리 및 부가가치세의 징수질서를 해하지 않는 범위 내에서 외화획득의 장려라는 국가정책상의 목적에 부합되는 경우에만 예외적ㆍ제한적으로 인정되는 것이다(대법원 1983.12.27 선고 83누409 판결 등 참조)

이와 같은 영세율 적용에 관한 취지와 관계 법령에 비추어 볼 때, 재화의 공급자가 구매자와 공모하여 허위의 구매확인서를 발급받았거나 구매확인서의 발급에 하자가 있음을 알면서도 영세율을 적용하여 판매한 경우 또는 구매자가 수출을 목적으로 하지 아니하고 국내에 판매함으로써 조세를 포탈할 의도하에 하자 이는 구매확인서를 이용하는 사정을 알면서도 이를 묵인하는 경우 등 부가가치세의 징수질서를 해하는 특별한 사정이 있는 경우에는 영세율의 적용을 받지 못한다고 할 것이다(대법원 2004.6.11. 선고 2003두3642 판결 등 참조)

원심은, 그 채용 증거를 종합하여 판시와 같은 사실을 인정한 다음 원고가 주식회사○○금속, 주식회사 ○○무역(이하 ○○무역이라 한다) 및 주식회사 ○○금속에게 각 금지금을 매출함에 이어 위 회사들이 원고로부터 매입한 금지금을 수출하려는 것이 아니라 국내에 판매함으로써 조세를 포탈할 의도하에 구매승인서를 이용한다는 사정을 알고 있었던 경우에 해당하는다는 이유로 위 회사들과의 거래는 영세율 적용대상이 아니라고 판단하였는바, 앞서 본 법리와 관련 증거들 기록에 비추어 살펴보면, 원심의 사실인정과 판단은 정당하여 수긍이 가고, 거기에 상고이유로 주장하는 바와 같은 부가가치세법상 구매승인서에 의한 거래와 영세율 적용의 예외에 관한 법리오해, 심리미전이나 채증법칙 위반으로 인한 사실오인 등의 위법이 있다고 할 수 없다.

2. 가공 세금계산서 관련 부분에 관한 상고이유에 대하여

부가가치세법 제1조 제1항 제1호는 부가가치세 과세대상으로서 재화의 공급을 규정하고 이고, 제6조 제1항은 재화의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 의하여 재화를 인도 또는 양도하는 것으로 한다고 규정하고 이는바, 부가가치세가 다단계 거래로서의 특성이 이는 점 등에 비추어 볼 때, 부가가치세법 제6조 제1항 소정의 인도 또는 양도는 실질적으로 얻은 이익의 유무에 불구하고 재화를 사용ㆍ소비할 수 있는 권한을 이전하는 일체의 원인행위를 모두 포함한다고 할 것이고(대법원 1985.9.24. 선고 85누286 판결, 대법원 2001.3.13. 선고 99두 9247 판결 등 참조) 이 경우 어느 일련의 거래과정 가운데 특정 거래가 부가가치세법 소정의 재화의 공급에 해당하는지 여부는 각 거래별로 거래당사자의 거래의 목적과 경위 및 태양, 이익의 귀속주체, 대가의 지급관계 등 제반 사정을 종합하여 개별적ㆍ구체적으로 판단하여야 하며, 그 특정 거래가 실질적인 재화의 인도 또는 양도가 없는 명목상의 거래라는 이유로 그 거래과정에서 수취한 세금계산서가 매입세액의 공제가 부인되는 부가가치세법 제17조 제2항 제1의 2호가 규정하고 이는 사실과 다른 세금계산서에 해당한다는 점에 관한 증명 책임은 과세관청이 부담함이 원칙이다(대법원 1992.9.22. 선고 92누 2431 판결, 대법원 2006.12.28까지 주식회사 ○○쥬얼리(이하 ○○쥬얼리라 한다)로부터 합계 29,263,195,000원 상당의 금지금을 매입하고 그 대금을 모두 지급(이하 원고와 ○○쥬얼리 사이의 위 거래를 이 사건 거래라 한다) 한 다음 ○○쥬얼리로부터 이 사건 거래에 따른 세금계산서 34장(이하 이 사건 세금계산서라 한다)을 교부받은 사실, 원고는 위 금지금을 ○○선물 주식회사 등에 매도하고 그 과정에서 일정한 이득을 남긴 사실을 알 수 있는 바, 이러한 사실 및 기록에 나타나는 여러 사정을 앞서 본 법리에 비추어 살펴보면, ○○쥬얼리가 명목상 대표이사를 두고 설립된 회사로서 단기간(3개월)에 고액의 금지금 거래를 한 후 폐업하였다거나, 운송서류상으로는 이 사건 세금계산서의 공급대상인 금지금의 운송경로가 ○○글로벌 주식회사에서 참신무역과 ○○쥬얼리를 거쳐 원고로 기재되어 있으나 실제로는 ○○무역의 요청으로 ○○글로벌 주식회사에서 출고된 금지금이 ○○무역이나 ○○쥬얼리를 거치지 않고 직접 원고에게 운송되었고, 거래대금도 당일 송금되었다는 등의 사정만으로는 이 사건 거래가 명목상의 거래로서 부가가치세 과세대상이 되는 재화의 공급이 아니라고 보기는 어렵다고 할 것이다.

그럼에도 불구하고 원심은 그 판시와 같은 사정만으로 이 사건 세금계산서가 실제 거래 없이 가공으로 작성된 것이라고 판단하여 2000년 제2기 부가가치세 부과처분 중 이와 관련한 부분의 취소를 구하는 원고의 청구를 배척하고 말았으니, 원심판결에는 재화의 공급 및 사실과 다른 세금계산서에 관한 법리 등을 오해하여 판결 결과에 영향을 미친 위법이 있고, 이를 지적하는 상고이유의 주장은 이유 있다.

3. 결론

그러므로 원심판결 중 2000년 제2기 부가가치세 부과처분에 관한 원고 패소 부분을 파기하고, 이 부분 사건을 다시 심리ㆍ판단하게 하기 위하여 원심법원에 환송하기로 하되, 나머지 상고를 기각하기로 하여 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.